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可切断的DNA编码化文库的制作方法

2022-12-09 22:55:08 来源:中国专利 TAG:

技术特征:
1.式(i)表示的化合物,[化学式33]式(i)中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,l为接头,d为反应性官能团;所述化合物在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位。2.用于制备化合物文库的头片段的组合物,其包含权利要求1所述的化合物。3.用于制备dna编码化文库的头片段的组合物,其包含权利要求1所述的化合物。4.式(i)表示的化合物,[化学式34]式(i)中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,l为接头,d为反应性官能团;所述化合物在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位,并且,所述化合物用作化合物文库的头片段。5.式(i)表示的化合物,[化学式35]
式(i)中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,l为接头,d为反应性官能团;所述化合物在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位,并且,所述化合物用作dna编码化文库的头片段。6.化合物文库的头片段,其为式(i)表示的化合物,[化学式36]式(i)中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,l为接头,d为反应性官能团;并且,在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位。7.dna编码化文库的头片段,其为式(i)表示的化合物,[化学式37]式(i)中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,
l为接头,d为反应性官能团;并且,在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位。8.式(ii)表示的化合物,[化学式38]式(ii)中,x及y为寡核苷酸链,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,其中,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,lp为环部位,l为接头,d为来自反应性官能团的2价基团,sp为键或2官能性间隔基团,an为由至少1个构筑单元构成的部分结构;所述化合物中,x与y具有至少一部分能形成双股链的序列,x以5

末端与e结合,y以3

末端与f结合,在e、f或lp中的至少任意1个部位具有至少1个可选择性地切断的部位。9.如权利要求8所述的化合物,其由式(iii)表示,an-sp-c-bn(iii)式(iii)中,an及sp表示与权利要求8相同的含义,bn表示由寡核苷酸链x和寡核苷酸链y形成的双链寡核苷酸标签,c为式(i),[化学式39]式(i)中,e、lp、l、d及f表示与权利要求8相同的含义,其中,d与an直接结合,或者介由2
官能性间隔基团而结合,e和f结合于双链寡核苷酸标签bn的各个对应的末端侧。10.如权利要求8或9所述的化合物,其中,an与权利要求8相同,并且为由n个构筑单元α1~αn(n为1~10的整数)构建的部分结构,bn为由寡核苷酸链x和寡核苷酸链y形成的双链寡核苷酸标签,并且为含有包含能鉴定an的结构的碱基序列的寡核苷酸的部分结构。11.如权利要求1、4、5、8~10中任一项所述的化合物,其中,lp为由(lp1)p-ls-(lp2)q表示的环部位,ls为选自以下的(a)至(c)所记载的化合物组中的部分结构,(a)核苷酸,(b)核酸类似物,(c)可具有取代基的c1~14的3价基团;lp1为从以下的(1)及(2)所记载的化合物组中单独或不同地选择p个的各部分结构,(1)核苷酸,(2)核酸类似物;lp2为从以下的(1)及(2)所记载的化合物组中单独或不同地选择q个的各部分结构,(1)核苷酸,(2)核酸类似物;p与q的总数为0~40。12.如权利要求11所述的化合物,其中,p与q的总数为2~20。13.如权利要求11所述的化合物,其中,p与q的总数为2~10。14.如权利要求11所述的化合物,其中,p与q的总数为2~7。15.如权利要求11所述的化合物,其中,p与q的总数为0。16.如权利要求11~15中任一项所述的化合物,其中,lp1、lp2及ls各自为从以下的结构中单独或不同地选择的结构,(a)核苷酸;或者(b)将以下的(b11)至(b15)作为必要条件的核酸类似物,(b11)具有磷酸(或相当部位)及羟基(或其相当部位),(b12)由碳、氢、氧、氮、磷或硫构成,(b13)分子量为142至1500,(b14)残基间原子数为3~30,(b15)残基间的原子的结合方式全部为单键,或者,包含1至2个双键且其余为单键。17.如权利要求11~16中任一项所述的化合物,其中,lp1、lp2及ls各自为从以下的结构中单独或不同地选择的结构,(a)核苷酸;或者(b)将以下的(b21)至(b25)作为必要条件的核酸类似物,(b21)具有磷酸及羟基,(b22)由碳、氢、氧、氮或磷构成,
(b23)分子量为142至1000,(b24)残基间原子数为3~15,(b25)残基间的原子的结合方式全部为单键。18.如权利要求11~17中任一项所述的化合物,其中,lp1、lp2及ls各自为从以下的结构中单独或不同地选择的结构,(a)核苷酸;或者(b)将以下的(b31)至(b35)作为必要条件的核酸类似物,(b31)具有磷酸及羟基,(b32)由碳、氢、氧、氮或磷构成,(b33)分子量为142至700,(b34)残基间原子数为4~7,(b35)残基间的原子的结合方式全部为单键。19.如权利要求11~18中任一项所述的化合物,其中,lp1及lp2各自为以下的任一者,(b41)d-spacer,(b5)聚亚烷基二醇磷酸酯。20.如权利要求11~19中任一项所述的化合物,其中,lp1及lp2各自为二乙二醇磷酸酯或三乙二醇磷酸酯。21.如权利要求11~20中任一项所述的化合物,其中,lp1及lp2各自为三乙二醇磷酸酯。22.如权利要求11~19中任一项所述的化合物,其中,lp1及lp2各自为d-spacer。23.如权利要求11~18中任一项所述的化合物,其中,lp1及lp2各自为核苷酸。24.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为式(a)~式(g)中的任一者,[化学式40]式中,*是指与接头的结合位置,**是指与lp1或lp2的结合位置,r为氢原子或甲基。
25.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为式(h):[化学式41]式(h)中,*是指与接头的结合位置,**是指与lp1或lp2的结合位置。26.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为聚亚烷基二醇磷酸酯。27.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为式(i)~式(k):[化学式42]式中,n1、m1、p1及q1各自独立地为1~20的整数,*是指与接头的结合位置,**是指与lp1或lp2的结合位置。28.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为式(l):[化学式43]式(l)中,*是指与接头的结合位置,**是指与lp1或lp2的结合位置。29.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(b42)、(b43)或(b44)中的任一者,(b42)amino c6 dt,(b43)mdc(teg-amino),(b44)uni-link(商标注册)氨基改性剂。30.如权利要求11~23中任一项所述的化合物,其中,ls为核苷酸。31.如权利要求11~15及19~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(c)可具有取代基的c1~14的3价基团,(c)为以下的结构中的任一者,(1)可具有取代基且可被1~3个杂原子取代的c1~10脂肪族烃,(2)可具有取代基的c6~14芳香族烃,(3)可具有取代基的c2~9芳香族杂环,或(4)可具有取代基的c2~9非芳香族杂环。
32.如权利要求11~15及19~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(c)可具有取代基的c1~14的3价基团,(c)为以下的结构中的任一者,(1)可具有取代基的c1~6脂肪族烃,(2)可具有取代基的c6~10芳香族烃,或(3)可具有取代基的c2~5芳香族杂环。33.如权利要求11~15及19~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(c)可具有取代基的c1~14的3价基团,(c)为以下的结构中的任一者,(1)c1~6脂肪族烃,(2)苯,或(3)c2~5含氮芳香族杂环,其中,所述(1)~(3)是未经取代的,或者可以被从取代基组st1中单独或不同地选择的1~3个取代基取代,取代基组st1为由c1~6烷基、c1~6烷氧基、氟原子及氯原子构成的组,其中,在取代基组st1对脂肪族烃进行取代的情况下,不从取代基组st1中选择烷基。34.如权利要求11~15及19~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(c)可具有取代基的c1~14的3价基团,(c)为以下的结构中的任一者,(1)c1~6烷基,或(2)未经取代或者被1个或2个c1~3烷基或c1~3烷氧基取代的苯。35.如权利要求11~15及19~23中任一项所述的化合物,其中,ls为(c)可具有取代基的c1~14的3价基团,(c)为以下的结构:(1)c1~6烷基。36.如权利要求1、4、5、8~35中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,e及f的链长各自为3至40。37.如权利要求1、4、5、8~36中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,e及f的链长各自为4至30。38.如权利要求1、4、5、8~37中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,e及f的链长各自为6至25。39.如权利要求1、4、5、8~38中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,e与f的双股链寡核苷酸为突出末端。40.如权利要求39所述的化合物,其中,所述突出末端的突出部为2个碱基以上的长度。41.如权利要求1、4、5、8~38中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸或核酸类似物构成的寡聚物,e与f包含彼此互补的碱基序列,形成双股链寡核苷酸,e与f的双股链寡核苷酸为平滑末端。42.如权利要求1、4、5、8~41中任一项所述的化合物,其中,e与f中包含的、彼此互补的
碱基序列的链长各自为3个碱基以上。43.如权利要求1、4、5、8~42中任一项所述的化合物,其中,e与f中包含的、彼此互补的碱基序列的链长各自为4个碱基以上。44.如权利要求1、4、5、8~43中任一项所述的化合物,其中,e与f中包含的、彼此互补的碱基序列的链长各自为6个碱基以上。45.如权利要求1、4、5、8~44中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核苷酸构成的寡聚物。46.如权利要求1、4、5、8~45中任一项所述的化合物,其中,核苷酸为核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸。47.如权利要求1、4、5、8~46中任一项所述的化合物,其中,核苷酸为脱氧核糖核苷酸。48.如权利要求1、4、5、8~47中任一项所述的化合物,其中,核苷酸为脱氧腺苷、脱氧鸟苷、胸苷、或脱氧胞苷。49.如权利要求1、4、5、8~44中任一项所述的化合物,其中,e及f各自独立地为由核酸类似物构成的寡聚物。50.如权利要求1、4、5、8~49中任一项所述的化合物,其中,l为:(1)可具有取代基且可被1~3个杂原子取代的c1~20脂肪族烃,或者(2)可具有取代基的c6~14芳香族烃。51.如权利要求1、4、5、8~50中任一项所述的化合物,其中,l为可具有取代基的c1~6脂肪族烃、可被1个或2个氧原子取代的c1~6脂肪族烃、或者可具有取代基的c6~10芳香族烃。52.如权利要求1、4、5、8~51中任一项所述的化合物,其中,l为可经取代基组st1取代的c1~6脂肪族烃、或可经取代基组st1取代的苯,其中,取代基组st1为由c1~6烷基、c1~6烷氧基、氟原子及氯原子构成的组,其中,在取代基组st1对脂肪族烃进行取代的情况下,不从取代基组st1中选择烷基。53.如权利要求1、4、5、8~52中任一项所述的化合物,其中,l为:c1~6烷基;或者,未经取代或者被1个或2个c1~3烷基或c1~3烷氧基取代的苯。54.如权利要求1、4、5、8~53中任一项所述的化合物,其中,l为c1~6烷基。55.如权利要求1、4、5、8~54中任一项所述的化合物,其中,d的反应性官能团为能构成c-c、氨基、醚、羰基、酰胺、酯、脲、硫醚、二硫醚、亚砜、磺酰胺、或磺酰基键的反应性官能团。56.如权利要求1、4、5、8~55中任一项所述的化合物,其中,d的反应性官能团为具有离去基团的c1烃、氨基、羟基、羰基的前体、硫醇基、或醛基。57.如权利要求1、4、5、8~56中任一项所述的化合物,其中,d的反应性官能团为具有卤素原子的c1烃、具有磺酸系离去基团的c1烃、氨基、羟基、羧基、卤代羧基、硫醇基、或醛基。58.如权利要求1、4、5、8~57中任一项所述的化合物,其中,d的反应性官能团为-ch2cl、-ch2br、-ch2oso2ch3、-ch2oso2cf3、氨基、羟基、或羧基。59.如权利要求1、4、5、8~58中任一项所述的化合物,其中,d的反应性官能团为伯氨基。60.如权利要求1、4、5、8~59中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位是并非脱氧腺苷、脱氧鸟苷、胸苷、及脱氧胞苷中的任一者的脱氧核糖核苷。
61.如权利要求1、4、5、8~60中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为脱氧尿苷、溴脱氧尿苷、脱氧肌苷、8-羟基脱氧鸟苷、3-甲基-2
’‑
脱氧腺苷、n6-桥亚乙烯基-2
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脱氧腺苷、7-甲基-2
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脱氧鸟苷、2
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脱氧黄苷、或5,6-二羟基-5,6二氢脱氧胸苷。62.如权利要求1、4、5、8~61中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为脱氧尿苷或脱氧肌苷。63.如权利要求1、4、5、8~62中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为脱氧尿苷。64.如权利要求1、4、5、8~62中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为脱氧肌苷。65.如权利要求1、4、5、8~59中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为从脱氧肌苷起往3

方向的第2个磷酸二酯键。66.如权利要求1、4、5、8~59中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为核糖核苷。67.如权利要求1、4、5、8~66中任一项所述的化合物,其中,可选择性地切断的部位为1个。68.如权利要求1、4、5、8~66中任一项所述的化合物,其中,e或(lp1)p中包含至少1个可切断的部位,并且f或(lp2)q中包含至少1个可切断的部位。69.如权利要求68所述的化合物,其中,e或(lp1)p中包含的可切断的部位、与f或(lp2)q中包含的可切断的部位能够以不同的条件切断。70.如权利要求8~69中任一项所述的化合物,其中,an为由n个构筑单元α1~αn(n为1~10的整数)构建的部分结构。71.如权利要求8~70中任一项所述的化合物,其中,an为低分子有机化合物。72.如权利要求8~71中任一项所述的化合物,其中,an的构筑单元是分子量为500以下的化合物。73.如权利要求8~72中任一项所述的化合物,其中,an的构筑单元是分子量为300以下的化合物。74.如权利要求8~73中任一项所述的化合物,其中,an的构筑单元是分子量为150以下的化合物。75.如权利要求8~74中任一项所述的化合物,其中,an是由从下述元素组中单独或不同地选择的元素构成的有机化合物,所述元素组由h、b、c、n、o、si、p、s、f、cl、br及i组成。76.如权利要求8~75中任一项所述的化合物,其中,an为具有从由芳基、非芳香族环基、杂芳基及非芳香族杂环基组成的取代基组中单独或不同地选择的取代基的低分子有机化合物。77.如权利要求8~76中任一项所述的化合物,其中,an的分子量为5000以下。78.如权利要求8~77中任一项所述的化合物,其中,an的分子量为800以下。79.如权利要求8~78中任一项所述的化合物,其中,an的分子量为500以下。80.如权利要求8~70中任一项所述的化合物,其中,an为多肽。81.如权利要求8~80中任一项所述的化合物,其中,sp为键。82.如权利要求8~80中任一项所述的化合物,其中,sp为2官能性间隔基团,
该2官能性间隔基团为spd-spl-spx,spd为来自能构成c-c、氨基、醚、羰基、酰胺、酯、脲、硫醚、二硫醚、亚砜、磺酰胺、或磺酰基键的反应性基团的2价基团,spl为聚亚烷基二醇、聚乙烯、可任选地被杂原子取代的c1~20脂肪族烃、肽、寡核苷酸、或它们的组合,spx为来自形成氨基、羰基、酰胺、酯、脲、或磺酰胺键的反应基团的2价基团。83.如权利要求8~80中任一项所述的化合物,其中,sp为2官能性间隔基团,该2官能性间隔基团为spd-spl-spx,spd为来自伯氨基的2价基团,spl为聚乙二醇或聚乙烯,spx为来自羧基的2价基团。84.如权利要求8~83中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x与寡核苷酸链y为能形成双股链的序列。85.如权利要求8~84中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x与寡核苷酸链y包含互补的碱基序列。86.如权利要求8~85中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y各自为1~200个碱基的长度。87.如权利要求8~86中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y各自为3~150个碱基的长度。88.如权利要求8~87中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y各自为30~150个碱基的长度。89.如权利要求8~88中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y具有平滑末端。90.如权利要求8~88中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y具有突出末端。91.如权利要求90所述的化合物,其中,突出末端的突出部为1~30个碱基的长度。92.如权利要求90或91所述的化合物,其中,突出末端的突出部为2~5个碱基的长度。93.如权利要求90~92中任一项所述的化合物,其中,寡核苷酸链x和寡核苷酸链y具有突出末端,在该突出末端进一步结合特定分子识别序列。94.如权利要求8~93中任一项所述的化合物,其中,在x及y中的任一者上结合有功能性分子。95.如权利要求8~93中任一项所述的化合物,其中,在x及y中的任一者上结合有生物素。96.化合物文库,其包含权利要求1、4、5、8~95中任一项所述的化合物。97.dna编码化文库,其包含权利要求1、4、5、8~95中任一项所述的化合物。98.如权利要求96或97所述的文库,其由1000种以上的不同的化合物构成。99.化合物an-sp-c-bn的制造方法,an为由n个构筑单元α1~αn(n为2~10的整数)构建的部分结构,sp为键或2官能性间隔基团,
c为具有至少一个“可选择性地切断的部位”的发夹型的头片段,bn为含有包含能鉴定an的结构的碱基序列的寡核苷酸的部分结构,所述方法包括:针对c,通过以下的工序得到化合物a1-sp-c-b1,工序(a),使α1-sp结合、或者使sp及α1结合,以及工序(b),使包含能鉴定α1的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合;接着,针对a(m-1)-sp-c-b(m-1)(m为2~n的整数),以m由2至n的升序重复实施以下的工序(c)及(d),由此得到化合物am-sp-c-bm,工序(c),使αn结合于a部分,以及工序(d),使包含能鉴定αn的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合于b部分的末端;所述方法中,工序(a)及(b)、工序(c)及(d)可以按任意的顺序进行。100.an-sp-c-bn的制造方法,所述an-sp-c-bn为权利要求9~95中任一项所述的化合物,an为由n个构筑单元α1~αn(n为2~10的整数)构建的部分结构,sp为键或2官能性间隔基团,c为具有至少一个“可选择性地切断的部位”的发夹型的头片段,bn为含有包含能鉴定an的结构的碱基序列的寡核苷酸的部分结构,所述方法包括:针对c,通过以下的工序得到化合物a1-sp-c-b1,工序(a),使α1-sp结合、或者使sp及α1结合,以及工序(b),使包含能鉴定α1的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合;接着,针对a(m-1)-sp-c-b(m-1)(m为2~n的整数),以m由2至n的升序重复实施以下的工序(c)及(d),由此得到化合物am-sp-c-bm,工序(c),使αn结合于a部分,以及工序(d),使包含能鉴定αn的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合于b部分的末端;所述方法中,工序(a)及(b)、工序(c)及(d)可以按任意的顺序进行。101.an-sp-c-bn的制造方法,所述an-sp-c-bn为权利要求9~95中任一项所述的化合物,其中,an、sp、c及bn表示与上述相同的含义,所述方法包括:针对c,通过以下的工序得到化合物a1-sp-c-b1,工序(a),使α1-sp结合、或者使sp及α1结合,以及工序(b),使包含能鉴定α1的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合;接着,针对a(m-1)-sp-c-b(m-1)(m为2~n的整数),以m由2至n的升序重复实施以下的工序(c)及(d),由此得到化合物am-sp-c-bm,工序(c),使αn结合于a部分,以及工序(d),使包含能鉴定αn的结构的碱基序列的寡核苷酸标签结合于b部分的末端;所述方法中,工序(a)及(b)、工序(c)及(d)可以按任意的顺序进行。102.化合物文库的评价方法,所述化合物文库包含至少1个由式(iii)表示的化合物,an-sp-c-bn(iii)
式(iii)中,an为由n个构筑单元α1~αn(n为1~10的整数)构建的部分结构,sp为键或2官能性间隔基团,c为具有至少一个“可选择性地切断的部位”的发夹型的头片段,bn为含有包含能鉴定an的结构的碱基序列的寡核苷酸的部分结构;所述方法由以下的步骤构成:(1)使化合物文库与生物学靶标在适合于化合物文库的至少1个文库分子与靶标结合的条件下接触,(2)将不与靶标结合的文库分子除去从而选出对生物学靶标具有亲和性的文库分子,(3)将可选择性地切断的部位切断,(4)对构成bn的寡核苷酸的序列进行鉴定,(5)使用在(4)中确定的序列对与生物学靶标结合的1种以上的化合物的结构进行鉴定。103.化合物文库的评价方法,所述化合物文库包含至少1个由式(iii)表示的权利要求8~95中任一项所述的化合物,an-sp-c-bn(iii)式(iii)中,an为由n个构筑单元α1~αn(n为1~10的整数)构建的部分结构,sp为键或2官能性间隔基团,c为具有至少一个“可选择性地切断的部位”的发夹型的头片段,bn为含有包含能鉴定an的结构的碱基序列的寡核苷酸的部分结构;所述方法由以下的步骤构成:(1)使化合物文库与生物学靶标在适合于化合物文库的至少1个文库分子与靶标结合的条件下接触,(2)将不与靶标结合的文库分子除去从而选出对生物学靶标具有亲和性的文库分子,(3)将可选择性地切断的部位切断,(4)对构成bn的寡核苷酸的序列进行鉴定,(5)使用在(4)中确定的序列对与生物学靶标结合的1种以上的化合物的结构进行鉴定。104.如权利要求102或103所述的方法,其包括在步骤(3)与(4)之间对构成bn的寡核苷酸进行扩增的步骤。105.如权利要求102~104中任一项所述的方法,其中,将可选择性地切断的部位切断的步骤是利用酶将可选择性地切断的部位切断的步骤。106.如权利要求102~104中任一项所述的方法,其中,将可选择性地切断的部位切断的步骤是利用酶与化学条件变化的组合而将可选择性地切断的部位切断的步骤。107.如权利要求105或106所述的方法,其中,酶选自糖基化酶及核酸酶中的至少1种。108.如权利要求107所述的方法,其中,酶为尿嘧啶dna糖基化酶。109.如权利要求107所述的方法,其中,酶为核酸内切酶viii。110.如权利要求107所述的方法,其中,酶为尿嘧啶dna糖基化酶与核酸内切酶viii的
组合。111.如权利要求107所述的方法,其中,酶为烷基腺嘌呤dna糖基化酶。112.如权利要求107所述的方法,其中,酶为核酸内切酶v。113.如权利要求106~112中任一项所述的方法,其中,化学条件变化是包含水的溶液中的50~100℃的加热。114.如权利要求106~113中任一项所述的方法,其中,化学条件变化是包含水的溶液中的80~95℃的加热。115.如权利要求106~114中任一项所述的方法,其中,化学条件变化是ph8~13的碱性条件。116.如权利要求106~115中任一项所述的方法,其中,化学条件变化是ph8~11的碱性条件。117.如权利要求106~116中任一项所述的方法,其中,化学条件变化是ph9~10的碱性条件。118.如权利要求102~117中任一项所述的方法,其中,在dna标签的末端附近设置可切断的部位,根据需求而将该部位切断,生成新的突出末端,在该粘性末端连接特定分子识别序列,对构成bn的寡核苷酸的序列进行鉴定。119.如权利要求118所述的方法,其中,在dna标签的末端附近设置的可切断的部位、与c中包含的可切断的部位以不同的条件被切断。120.使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸、将可切断部位切断从而制成双链核酸来利用的方法。121.如权利要求120所述的方法,其中,使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合、且在化学上比双链核酸稳定的核酸,将可切断部位切断从而制成双链核酸来利用。122.如权利要求120或121所述的方法,其中,使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸,对所述化合物实施化学结构转化之后,将可切断部位切断从而制成双链核酸来利用。123.如权利要求120~122中任一项所述的方法,其中,使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸,进一步对所述核酸实施化学结构转化之后,将可切断部位切断从而制成双链核酸来利用。124.如权利要求120~123中任一项所述的方法,其中,使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸,进一步对所述核酸实施核酸延伸反应之后,将可切断部位切断从而制成双链核酸来利用。125.如权利要求120~124中任一项所述的方法,其中,使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸,将可切断部位切断从而使其可作为双链核酸来利用,实施pcr反应。126.如权利要求120~125中任一项所述的方法,其用于化合物的功能性评价。127.如权利要求120~126中任一项所述的方法,其用于化合物的生物活性评价。128.如权利要求120~127中任一项所述的方法,其用于del。129.如权利要求120~124中任一项所述的方法,其用于del的制造。130.一种方法,其中,针对使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸合
成的del化合物,将可切断的部位切断而转化成具有单链dna的del。131.一种方法,其中,针对使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸合成的del化合物,将可切断的部位切断而转化成具有单链dna的del,使其与交联剂修饰dna形成双链。132.一种方法,其中,针对使用与具有可切断部位及发夹结构的化合物结合的核酸合成的del化合物,将可切断的部位切断,赋予交联剂修饰引物,使所赋予的引物延伸,从而合成交联剂修饰双链del化合物。

技术总结
本发明涉及包含可选择性地切断的部位的核酸化合物的利用方法。另外,本发明中,涉及包含可选择性地切断的部位的DNA编码化文库、其合成用组合物及其使用方法。合成用组合物及其使用方法。


技术研发人员:丹羽雅俊 德川宗史 林田润 深野一
受保护的技术使用者:日产化学株式会社
技术研发日:2021.05.24
技术公布日:2022/12/8
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