包含细菌和微生物胞外囊泡的固体剂型
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2.本技术要求以下的权益：于2019年12月27日提交的美国临时申请号62/954,153；将所述申请的全部内容通过引用以其整体并入本文。
技术实现要素：
3.在某些方面，本文提供了药剂的固体剂型。在某些实施例中，此类固体剂型包括胶囊、片剂和微型片剂。在一些实施例中，用一层肠溶包衣或两层肠溶包衣(例如，内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)包衣胶囊、片剂或微型片剂。在一些实施例中，可以将肠溶包衣微型片剂(具有一层肠溶包衣或具有两层肠溶包衣)装入胶囊中。
4.本披露的方面部分地基于以下发现：药剂的某些固体剂型与该药剂的其他剂型相比(例如，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比)，提供了增加的治疗功效和/或生理作用。可以将固体剂型配制为包含比其他剂型更低剂量(例如，剂量的1/10或更少)的药剂(例如，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比)，仍产生相当的治疗功效和/或生理作用。可替代地，可以将此类固体剂型配制为包含与其他剂型相同剂量的药剂(例如，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比)，但产生更大的治疗功效和/或生理作用(例如，10倍或更多的治疗功效或生理作用)。本文所述的药剂的固体剂型可以提供其中包含的药剂在小肠中的释放。可以制备固体剂型以允许药剂在小肠中的特定位置释放。药剂在小肠中特定位置的释放允许药剂靶向并影响位于这些特定位置的细胞(例如，上皮细胞和/或免疫细胞)，例如，这可能在胃肠道中引起局部作用和/或引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
5.在某些实施例中，本文所述的药剂的固体剂型可以用于递送多种可以作用于小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞的药剂，以引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)和/或可以在胃肠道中引起局部作用。
6.在一些实施例中，药剂可以是细菌来源的(例如，所选菌株或其组分的混合物，例如所选菌株的混合物的微生物胞外囊泡(mev))。药剂可以是细菌来源的(例如，单个所选菌株和/或其组分，例如该单个所选菌株的微生物胞外囊泡(mev))。
7.如本文所述，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比，使用包含一层肠溶包衣的药剂的某些固体剂型可以看到改善的治疗效果。
8.在一些实施例中，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比，本文所述的固体剂型尤其可以提供在临床前体内模型中将药剂的药理效力提高10倍或更多的药剂(例如，药剂的配制品)。例如，对于用药剂的比较配制品获得的给定水平的治疗功效和/或生理作用，当以本文所述的固体剂型制备时，剂量可以降低(例如降低至1/10或更少)。
9.在一些实施例中，或给定剂量的药剂，可以增加靶标接合(例如，在小肠中)，从而对于给定剂量的药剂，当药剂以本文所述的固体剂型制备时可以增加靶标接合(例如，在小肠中)、具有更好的功效。
10.在一些方面，本披露提供了包含药剂(例如其治疗有效量)的固体剂型(例如用于口服施用)(例如，用于治疗用途)，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中该固体剂型是经肠溶包衣的(例如，包含肠溶包衣；例如，用肠溶包衣进行包衣)。
11.在某些实施例中，固体剂型包含胶囊。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊是0号胶囊。
12.在一些实施例中，固体剂型包含片剂。在一些实施例中，片剂(例如，肠溶包衣片剂)是5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、11mm、12mm、13mm、14mm、15mm、16mm、17mm或18mm片剂。
13.在一些实施例中，固体剂型包含微型片剂。在一些实施例中，微型片剂(例如，肠溶包衣微型片剂)是1mm微型片剂、1.5mm微型片剂、2mm微型片剂、3mm微型片剂或4mm微型片剂。在一些实施例中，在胶囊中包含多个肠溶包衣微型片剂(例如0号胶囊可以包含约31至约35(例如33)个微型片剂，其中微型片剂的尺寸为3mm)。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊包含hpmc(羟丙基甲基纤维素)或明胶。
14.在一些实施例中，肠溶包衣包含一层肠溶包衣。
15.在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
16.在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
17.在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
18.在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
19.在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
20.在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
21.在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
22.在一些实施例中，固体剂型包括例如在肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣)下的粉衣层。粉衣层可以例如用于视觉上掩盖药剂的外观。
23.在一些实施例中，药剂包含细菌。
24.在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
25.在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
26.在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
27.在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如小肠外)的免疫作用。
28.在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
29.在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用，例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
30.在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
31.在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
32.在一些实施例中，药剂包含活细菌。
33.在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
34.在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
35.在一些实施例中，药剂包含来自一种细菌菌株的细菌。
36.在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
37.在一些实施例中，细菌经γ照射。
38.在一些实施例中，细菌经uv照射。
39.在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
40.在一些实施例中，细菌经酸处理。
41.在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
42.在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
43.在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
44.在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
45.在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
46.在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
47.在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
48.在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
49.在一些实施例中，细菌是难养细菌。
50.在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
51.在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
52.在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
53.在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
54.在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
55.在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
56.在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科(veillonellaceae)、月形单胞菌科(selenomonadaceae)、氨基酸球菌科(acidaminococcaceae)或sporomusaceae科。
57.在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属(megasphaera)、月形单胞菌属(selenomonas)、propionospora属、或氨基酸球菌属(acidaminococcus)。
58.在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种(megasphaera sp.)、菲利克斯月形单胞菌(selenomonas felix)、肠氨基酸球菌(acidaminococcus intestine)、或propionospora属物种细菌。
59.在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
60.在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
61.在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
62.在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌(bifidobacterium animalis)细菌。
63.在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
64.在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
65.在一些实施例中，细菌是普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b50329)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
66.在一些实施例中，细菌是双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
67.在一些实施例中，细菌是韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因
组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
68.在一些实施例中，细菌来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
69.在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
70.在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
71.在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
72.在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科(akkermansiaceae)、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科(lachnospiraceae)、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科(prevotellaceae)、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科(sutterellaceae)、互养菌科(synergistaceae)、或韦荣氏球菌科。
73.在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属(akkermansia)、克里斯滕森菌属(christensenella)、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属(eubacterium)、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属(erysipelatoclostridium)。
74.在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌(blautia hydrogenotrophica)、
排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)、韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌(enterococcus villorum)、鹑鸡肠球菌(enterococcus gallinarum)；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌(bifidobacterium bifidium)、长双歧杆菌(bifidobacterium longum)、动物双歧杆菌或短双歧杆菌(bifidobacterium breve)细菌。
75.在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属(agathobaculum)、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌(tyzerella nexilis)或奈瑟菌属细菌。
76.在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
77.在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
78.在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
79.在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
80.在一些实施例中，细菌是屎肠球菌(enterococcus faecium)细菌。
81.在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
82.在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
83.在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
84.在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌(roseburia hominis)细菌。
85.在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌(bacteroides thetaiotaomicron)细菌。
86.在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌(bacteroides coprocola)细菌。
87.在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
88.在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌(megasphera massiliensis)细菌。
89.在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
90.在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌(parabacteroides distasonis)细菌。
91.在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
92.在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
93.在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
94.在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
95.在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
96.在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
97.在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
98.在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
99.在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
100.在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
101.在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
102.在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
103.在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
104.在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
105.在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
106.在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
107.在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属(faecalibacterium)。
108.在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
109.在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
110.在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
111.在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(faecalibacterium prausnitzii)(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
112.在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
113.在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
114.在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
115.在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
116.在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门(bacteroidota)]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目(bacteroidales)。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科(porphyromonoadaceae)。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的(diderm)。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0117]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目(eubacteriales)。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的(monoderm)。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0118]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目(veillonellales)。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且
该细菌是革兰氏阴性染色。
[0119]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲(synergistia)[互养菌门(synergistota)]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目(synergistales)。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0120]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0121]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0122]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属(olsenella)。
[0123]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属(dialister)；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0124]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0125]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌(megasphaera massiliensis)或肠罗斯氏菌(roseburia intestinalis)。
[0126]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[0127]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[0128]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[0129]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[0130]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[0131]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[0132]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[0133]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[0134]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[0135]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[0136]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[0137]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0138]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[0139]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0140]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[0141]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[0142]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[0143]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0144]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[0145]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[0146]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[0147]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[0148]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[0149]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0150]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0151]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0152]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的细菌菌株。
[0153]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0154]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0155]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0156]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0157]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[0158]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0159]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0160]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[0161]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[0162]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0163]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0164]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0165]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0166]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0167]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0168]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0169]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0170]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、
双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0171]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[0172]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0173]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0174]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0175]
在一些实施例中，mev来自排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)细菌。
[0176]
在一些实施例中，mev来自韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)细菌。
[0177]
在一些实施例中，mev来自鹑鸡肠球菌细菌。
[0178]
在一些实施例中，mev来自屎肠球菌细菌。
[0179]
在一些实施例中，mev来自两歧双歧杆菌细菌。
[0180]
在一些实施例中，mev来自短双歧杆菌细菌。
[0181]
在一些实施例中，mev来自长双歧杆菌细菌。
[0182]
在一些实施例中，mev来自人罗斯氏菌细菌。
[0183]
在一些实施例中，mev来自多形拟杆菌细菌。
[0184]
在一些实施例中，mev来自粪居拟杆菌细菌。
[0185]
在一些实施例中，mev来自erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0186]
在一些实施例中，mev来自马赛巨型球菌细菌。
[0187]
在一些实施例中，mev来自真杆菌属细菌。
[0188]
在一些实施例中，mev来自狄氏副拟杆菌细菌。
[0189]
在一些实施例中，mev来自植物乳杆菌细菌。
[0190]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌。
[0191]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。
[0192]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
[0193]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科的细菌。
[0194]
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。
[0195]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属的细菌。
[0196]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌属的细菌。
[0197]
在一些实施例中，mev来自propionospora属的细菌。
[0198]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌属的细菌。
[0199]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。
[0200]
在一些实施例中，mev来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0201]
在一些实施例中，mev来自肠氨基酸球菌细菌。
[0202]
在一些实施例中，mev来自propionospora属物种细菌。
[0203]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌。
[0204]
在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。
[0205]
在一些实施例中，mev来自粪杆菌属的细菌。
[0206]
在一些实施例中，mev来自fournierella属的细菌。
[0207]
在一些实施例中，mev来自harryflintia属的细菌。
[0208]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属的细菌。
[0209]
在一些实施例中，mev来自普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0210]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0211]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0212]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0213]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0214]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0215]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0216]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0217]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0218]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0219]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0220]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0221]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0222]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0223]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0224]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中如通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0225]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0226]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0227]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量
为约10mg至约3500mg，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0228]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0229]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0230]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德(bradford)测定或bca确定)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0231]
在一些实施例中，固体剂型还包含一种或多种另外的药剂。
[0232]
在一些实施例中，固体剂型还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
[0233]
在一些方面，本披露提供了治疗受试者(例如人)(例如需要治疗的受试者)的方法，该方法包括：
[0234]
向受试者施用固体剂型，其中该固体剂型包含药剂(例如其治疗有效量)，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中该固体剂型是经肠溶包衣的(例如，包含肠溶包衣；例如，用肠溶包衣进行包衣)。
[0235]
在一些方面，本披露提供了用于治疗受试者(例如人)(例如需要治疗的受试者)的固体剂型，其中该固体剂型包含药剂(例如其治疗有效量)，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中该固体剂型是经肠溶包衣的(例如，包含肠溶包衣；例如，用肠溶包衣进行包衣)。
[0236]
在一些方面，本披露提供了固体剂型用于制备用于治疗受试者(例如人)(例如，需要治疗的受试者)的药物的用途，其中该固体剂型包含药剂(例如其治疗有效量)，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中该固体剂型是经肠溶包衣的(例如，包含肠溶包衣；例如，用肠溶包衣进行包衣)。
[0237]
在一些实施例中，固体剂型经口服施用(例如用于口服施用)。
[0238]
在一些实施例中，固体剂型(例如，胶囊、片剂或多个微型片剂(例如，包含在胶囊中))被施用(例如，用于施用)每天1、2、3或4次。
[0239]
在一些实施例中，固体剂型包含胶囊、片剂或多个微型片剂(例如，包含在胶囊中)并且每天1、2、3或4次施用(例如，用于施用)1、2、3或4个固体剂型(例如，胶囊、片剂或多个微型片剂(例如，包含在胶囊中)。
[0240]
在一些实施例中，固体剂型与其他剂型相比(例如，与以不包含肠溶包衣的形式、例如以非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂或生物质或粉末的悬浮液形式施用的相同剂量的药剂相比)，提供了药剂的增加的功效或生理作用(例如，十倍或更多倍)。
[0241]
在一些实施例中，固体剂型提供了包含在该固体剂型中的药剂在小肠中的释放。
[0242]
在一些实施例中，固体剂型将药剂递送至小肠，其中该药剂可作用于小肠中的免
疫细胞和/或上皮细胞，例如以引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0243]
在一些实施例中，固体剂型例如与以不包含肠溶包衣的形式、例如以悬浮液或非肠溶包衣片剂或非肠溶包衣微型片剂的形式施用的相同剂量的药剂相比)，提供了增加的功效或增加的生理作用(功效增加10倍或更多倍)(例如，如通过药剂的系统作用(例如，在胃肠道外)测量的，例如在炎症的dth模型中的耳厚度；癌症模型中的肿瘤大小)。
[0244]
在一些实施例中，例如当口服施用时，药剂在胃肠道外(例如在小肠外)提供一种或多种有益的免疫作用。
[0245]
在一些实施例中，例如当口服施用时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如小肠外)的免疫作用。
[0246]
在一些实施例中，例如当口服施用时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0247]
在一些实施例中，例如当口服施用时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用，例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0248]
在一些实施例中，固体剂型经口服施用并且在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用(例如，药剂与小肠中的细胞之间的相互作用调节全身性免疫应答)。
[0249]
在一些实施例中，固体剂型经口服施用并且在胃肠道外调节免疫作用(例如，药剂与小肠中的细胞之间的相互作用调节全身性免疫应答)。
[0250]
在一些实施例中，固体剂型经口服施用并激活先天抗原呈递细胞(例如在小肠中)。
[0251]
在一些实施例中，受试者需要治疗(和/或预防)癌症。
[0252]
在一些实施例中，受试者需要治疗(和/或预防)自身免疫性疾病。
[0253]
在一些实施例中，受试者需要治疗(和/或预防)炎性疾病。
[0254]
在一些实施例中，受试者需要治疗(和/或预防)代谢性疾病。
[0255]
在一些实施例中，受试者需要治疗(和/或预防)菌群失调(dysbiosis)。
[0256]
在一些实施例中，固体剂型与另外的药剂组合施用。
[0257]
在某些实施例中，固体剂型包含胶囊。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊是0号胶囊。
[0258]
在一些实施例中，固体剂型包含片剂。在一些实施例中，片剂(例如，肠溶包衣片剂)是5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、11mm、12mm、13mm、14mm、15mm、16mm、17mm或18mm片剂。
[0259]
在一些实施例中，固体剂型包含微型片剂。在一些实施例中，微型片剂(例如，肠溶包衣微型片剂)是1mm微型片剂、1.5mm微型片剂、2mm微型片剂、3mm微型片剂或4mm微型片剂。在一些实施例中，在胶囊中包含多个肠溶包衣微型片剂(例如0号胶囊可以包含约31至约35(例如33)个微型片剂，其中微型片剂的尺寸为3mm)。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊包含hpmc(羟丙基甲基纤维素)或明胶。
[0260]
在一些实施例中，肠溶包衣包含一层肠溶包衣。
[0261]
在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
[0262]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶
包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
[0263]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[0264]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[0265]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[0266]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
[0267]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
[0268]
在一些实施例中，药剂包含细菌。
[0269]
在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
[0270]
在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
[0271]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
[0272]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如小肠外)的免疫作用。
[0273]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0274]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用，例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0275]
在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
[0276]
在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
[0277]
在一些实施例中，药剂包含活细菌。
[0278]
在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
[0279]
在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
[0280]
在一些实施例中，药剂包含来自微生物(例如细菌)的一种菌株的细菌。
[0281]
在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
[0282]
在一些实施例中，细菌经γ照射。
[0283]
在一些实施例中，细菌经uv照射。
[0284]
在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0285]
在一些实施例中，细菌经酸处理。
[0286]
在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0287]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
[0288]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
[0289]
在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
[0290]
在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0291]
在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
[0292]
在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
[0293]
在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
[0294]
在一些实施例中，细菌是难养细菌。
[0295]
在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
[0296]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0297]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0298]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0299]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[0300]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0301]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0302]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0303]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0304]
在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
[0305]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0306]
在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0307]
在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌细菌。
[0308]
在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
[0309]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0317]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0318]
在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属。
[0319]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0320]
在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0321]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0322]
在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
[0323]
在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
[0324]
在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
[0325]
在一些实施例中，细菌是屎肠球菌细菌。
[0326]
在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
[0327]
在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
[0328]
在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
[0329]
在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌细菌。
[0330]
在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌细菌。
[0331]
在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌细菌。
[0332]
在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0333]
在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌细菌。
[0334]
在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
[0335]
在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌细菌。
[0336]
在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
[0337]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
[0338]
在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
[0339]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
[0340]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
[0341]
在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
[0342]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
[0343]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
[0344]
在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
[0345]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
[0346]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
[0347]
在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0348]
在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
[0349]
在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
[0350]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
[0351]
在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
[0352]
在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属。
[0353]
在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
[0354]
在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
[0355]
在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
[0356]
在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0357]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0358]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0359]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0360]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0361]
在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0362]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一
些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0363]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0364]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0365]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0366]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0367]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0368]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0369]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0370]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0371]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[0372]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[0373]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[0374]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[0375]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[0376]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[0377]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[0378]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[0379]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[0380]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[0381]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[0382]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0383]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[0384]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0385]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[0386]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[0387]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[0388]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0389]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[0390]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[0391]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[0392]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[0393]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[0394]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0395]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0396]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0397]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的细菌菌株。
[0398]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0399]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0400]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0401]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0402]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[0403]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0404]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0405]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[0406]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[0407]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，
乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0408]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0409]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0410]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0411]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0412]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0413]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自
以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0414]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0415]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0416]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[0417]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0418]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0419]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0420]
在一些实施例中，mev来自排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)细菌。
[0421]
在一些实施例中，mev来自韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)细菌。
[0422]
在一些实施例中，mev来自鹑鸡肠球菌细菌。
[0423]
在一些实施例中，mev来自屎肠球菌细菌。
[0424]
在一些实施例中，mev来自两歧双歧杆菌细菌。
[0425]
在一些实施例中，mev来自短双歧杆菌细菌。
[0426]
在一些实施例中，mev来自长双歧杆菌细菌。
[0427]
在一些实施例中，mev来自人罗斯氏菌细菌。
[0428]
在一些实施例中，mev来自多形拟杆菌细菌。
[0429]
在一些实施例中，mev来自粪居拟杆菌细菌。
[0430]
在一些实施例中，mev来自erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0431]
在一些实施例中，mev来自马赛巨型球菌细菌。
[0432]
在一些实施例中，mev来自真杆菌属(eubacterium)细菌。
[0433]
在一些实施例中，mev来自狄氏副拟杆菌细菌。
[0434]
在一些实施例中，mev来自植物乳杆菌细菌。
[0435]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌。
[0436]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。
[0437]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
[0438]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科的细菌。
[0439]
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。
[0440]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属的细菌。
[0441]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌属的细菌。
[0442]
在一些实施例中，mev来自propionospora属的细菌。
[0443]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌属的细菌。
[0444]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。
[0445]
在一些实施例中，mev来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0446]
在一些实施例中，mev来自肠氨基酸球菌细菌。
[0447]
在一些实施例中，mev来自propionospora属物种细菌。
[0448]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌。
[0449]
在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。
[0450]
在一些实施例中，mev来自粪杆菌属的细菌。
[0451]
在一些实施例中，mev来自fournierella属的细菌。
[0452]
在一些实施例中，mev来自harryflintia属的细菌。
[0453]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属的细菌。
[0454]
在一些实施例中，mev来自普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0455]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0456]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0457]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0458]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0459]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0460]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛
螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0461]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0462]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0463]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0464]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0465]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0466]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0467]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0468]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0469]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0470]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0471]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0472]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且包含药剂(例如细菌和/或mev)的药物物质的剂量为约10mg至约3500mg，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0473]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且包含药剂(例如细菌和/或mev)的药物物质的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0474]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0475]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德测定或bca确定)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[0476]
在一些实施例中，固体剂型还包含一种或多种另外的药剂。
[0477]
在一些实施例中，固体剂型还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
[0478]
在一些方面，本披露提供了用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[0479]
a)将药剂装入胶囊中；以及
[0480]
b)对胶囊进行肠溶包衣，从而制备肠溶包衣胶囊。
[0481]
在一些实施例中，方法包括在装入胶囊之前将药剂与药学上可接受的赋形剂组合。
[0482]
在一些实施例中，用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法(其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev))包括：
[0483]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[0484]
b)将药剂和药学上可接受的赋形剂装入胶囊中；以及
[0485]
c)对胶囊进行肠溶包衣，从而制备肠溶包衣胶囊。
[0486]
在一些实施例中，方法还包括在装入胶囊之后并且在对胶囊进行肠溶包衣之前将胶囊镶边(banding)。在一些实施例中，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[0487]
在一些实施例中，本披露提供了用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包
衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[0488]
a)将药剂装入胶囊中；
[0489]
b)对胶囊进行镶边；以及
[0490]
c)对胶囊进行肠溶包衣，从而制备肠溶包衣胶囊。
[0491]
在一些实施例中，本披露提供了用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[0492]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[0493]
b)将药剂和药学上可接受的赋形剂装入胶囊中；
[0494]
c)对胶囊进行镶边；以及
[0495]
d)对胶囊进行肠溶包衣，从而制备肠溶包衣胶囊。
[0496]
在某些实施例中，固体剂型包含胶囊。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊是0号胶囊。
[0497]
在一些实施例中，胶囊包含hpmc或明胶。在一些实施例中，胶囊包含hpmc。
[0498]
在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
[0499]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
[0500]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[0501]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[0502]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[0503]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
[0504]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
[0505]
在一些实施例中，药剂包含细菌。
[0506]
在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
[0507]
在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
[0508]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
[0509]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如
小肠外)的免疫作用。
[0510]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0511]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用(例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用))。
[0512]
在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
[0513]
在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
[0514]
在一些实施例中，药剂包含活细菌。
[0515]
在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
[0516]
在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
[0517]
在一些实施例中，药剂包含来自微生物(例如细菌)的一种菌株的细菌。
[0518]
在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
[0519]
在一些实施例中，细菌经γ照射。
[0520]
在一些实施例中，细菌经uv照射。
[0521]
在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0522]
在一些实施例中，细菌经酸处理。
[0523]
在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0524]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
[0525]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
[0526]
在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
[0527]
在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0528]
在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
[0529]
在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
[0530]
在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
[0531]
在一些实施例中，细菌是难养细菌。
[0532]
在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
[0533]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0534]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0535]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0536]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[0537]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0538]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌
科或sporomusaceae科。
[0539]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0540]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0541]
在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
[0542]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0543]
在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0544]
在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌细菌。
[0545]
在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
[0546]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0547]
在一些实施例中，细菌是普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b50329)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0548]
在一些实施例中，细菌是双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0549]
在一些实施例中，细菌是韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0550]
在一些实施例中，细菌来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指
定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0551]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0552]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0553]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0554]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0555]
在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属。
[0556]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0557]
在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0558]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0559]
在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
[0560]
在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
[0561]
在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
[0562]
在一些实施例中，细菌是屎肠球菌细菌。
[0563]
在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
[0564]
在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
[0565]
在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
[0566]
在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌细菌。
[0567]
在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌细菌。
[0568]
在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌细菌。
[0569]
在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0570]
在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌细菌。
[0571]
在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
[0572]
在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌细菌。
[0573]
在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
[0574]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
[0575]
在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
[0576]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
[0577]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
[0578]
在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
[0579]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
[0580]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
[0581]
在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
[0582]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
[0583]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
[0584]
在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0585]
在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
[0586]
在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
[0587]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
[0588]
在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
[0589]
在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属。
[0590]
在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
[0591]
在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
[0592]
在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
[0593]
在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0594]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0595]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0596]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0597]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0598]
在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0599]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0600]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0601]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0602]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0603]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0604]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0605]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦
荣氏球菌属。
[0606]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0607]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0608]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[0609]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[0610]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[0611]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[0612]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[0613]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[0614]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[0615]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[0616]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[0617]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[0618]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[0619]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0620]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[0621]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0622]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[0623]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[0624]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[0625]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0626]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[0627]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[0628]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[0629]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[0630]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[0631]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0632]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0633]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0634]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[0635]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0636]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0637]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0638]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0639]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[0640]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0641]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0642]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[0643]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[0644]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0645]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0646]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0647]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0648]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％
(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0649]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0650]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0651]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0652]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0653]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[0654]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0655]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0656]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌(blautia hydrogenotrophica)细菌。
[0657]
在一些实施例中，mev来自排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)细菌。
[0658]
在一些实施例中，mev来自韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)细菌。
[0659]
在一些实施例中，mev来自鹑鸡肠球菌细菌。
[0660]
在一些实施例中，mev来自屎肠球菌细菌。
[0661]
在一些实施例中，mev来自两歧双歧杆菌细菌。
[0662]
在一些实施例中，mev来自短双歧杆菌细菌。
[0663]
在一些实施例中，mev来自长双歧杆菌细菌。
[0664]
在一些实施例中，mev来自人罗斯氏菌细菌。
[0665]
在一些实施例中，mev来自多形拟杆菌细菌。
[0666]
在一些实施例中，mev来自粪居拟杆菌细菌。
[0667]
在一些实施例中，mev来自erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0668]
在一些实施例中，mev来自马赛巨型球菌细菌。
[0669]
在一些实施例中，mev来自真杆菌属细菌。
[0670]
在一些实施例中，mev来自狄氏副拟杆菌细菌。
[0671]
在一些实施例中，mev来自植物乳杆菌细菌。
[0672]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌。
[0673]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。
[0674]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
[0675]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科的细菌。
[0676]
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。
[0677]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属的细菌。
[0678]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌属的细菌。
[0679]
在一些实施例中，mev来自propionospora属的细菌。
[0680]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌属的细菌。
[0681]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。
[0682]
在一些实施例中，mev来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0683]
在一些实施例中，mev来自肠氨基酸球菌细菌。
[0684]
在一些实施例中，mev来自propionospora属物种细菌。
[0685]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌。
[0686]
在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。
[0687]
在一些实施例中，mev来自粪杆菌属的细菌。
[0688]
在一些实施例中，mev来自fournierella属的细菌。
[0689]
在一些实施例中，mev来自harryflintia属的细菌。
[0690]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属的细菌。
[0691]
在一些实施例中，mev来自普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0692]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0693]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0694]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0695]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0696]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0697]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0698]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0699]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0700]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0701]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0702]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0703]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0704]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0705]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0706]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0707]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0708]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0709]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约10mg至约3500mg，其中剂量是每片剂的剂量。
[0710]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且包含药剂(例如细菌和/或mev)的药物物质的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0711]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0712]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德测定或bca确定)，其中剂量是每胶囊的剂量。
[0713]
在一些实施例中，可以是(或存在于)药品、医疗食品、食品或膳食补充剂中。
[0714]
在一些实施例中，固体剂型还包含一种或多种另外的药剂。
[0715]
在一些实施例中，固体剂型还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
[0716]
在一些方面，本披露提供了用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣片剂的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[0717]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[0718]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成片剂；以及
[0719]
c)对该片剂进行肠溶包衣，从而制备肠溶包衣片剂。
[0720]
在一些实施例中，片剂(例如，肠溶包衣片剂)是5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、11mm、12mm、13mm、14mm、15mm、16mm、17mm或18mm片剂。
[0721]
在一些实施例中，肠溶包衣包含一层肠溶包衣。
[0722]
在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
[0723]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
[0724]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[0725]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[0726]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[0727]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
[0728]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
[0729]
在一些实施例中，药剂包含细菌。
[0730]
在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
[0731]
在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
[0732]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
[0733]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如小肠外)的免疫作用。
[0734]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[0735]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用(例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用))。
[0736]
在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
[0737]
在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
[0738]
在一些实施例中，药剂包含活细菌。
[0739]
在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
[0740]
在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
[0741]
在一些实施例中，药剂包含来自微生物(例如细菌)的一种菌株的细菌。
[0742]
在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
[0743]
在一些实施例中，细菌经γ照射。
[0744]
在一些实施例中，细菌经uv照射。
[0745]
在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0746]
在一些实施例中，细菌经酸处理。
[0747]
在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0748]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
[0749]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
[0750]
在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
[0751]
在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0752]
在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
[0753]
在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
[0754]
在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
[0755]
在一些实施例中，细菌是难养细菌。
[0756]
在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
[0757]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0758]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0759]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0760]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[0761]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0762]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0763]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0764]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0765]
在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
[0766]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0767]
在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0768]
在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌细菌。
[0769]
在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
[0770]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0771]
在一些实施例中，细菌是普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0772]
在一些实施例中，细菌是双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0773]
在一些实施例中，细菌是韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0774]
在一些实施例中，细菌来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0775]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少
90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0776]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0777]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0778]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0779]
在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属。
[0780]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0781]
在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0782]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0783]
在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
[0784]
在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
[0785]
在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
[0786]
在一些实施例中，细菌是屎肠球菌细菌。
[0787]
在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
[0788]
在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
[0789]
在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
[0790]
在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌细菌。
[0791]
在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌细菌。
[0792]
在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌细菌。
[0793]
在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0794]
在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌细菌。
[0795]
在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
[0796]
在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌细菌。
[0797]
在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
[0798]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
[0799]
在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
[0800]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
[0801]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
[0802]
在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
[0803]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
[0804]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
[0805]
在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
[0806]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
[0807]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
[0808]
在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0809]
在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
[0810]
在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
[0811]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
[0812]
在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
[0813]
在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属。
[0814]
在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
[0815]
在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
[0816]
在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
[0817]
在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0818]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0819]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0820]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0821]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％
序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0822]
在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0823]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0824]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0825]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0826]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0827]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0828]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0829]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[0830]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0831]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0832]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[0833]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[0834]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[0835]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[0836]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[0837]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[0838]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[0839]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[0840]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[0841]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[0842]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[0843]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0844]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[0845]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0846]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[0847]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[0848]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[0849]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0850]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[0851]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[0852]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[0853]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[0854]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[0855]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0856]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0857]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[0858]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的细菌菌株。
[0859]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0860]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0861]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[0862]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0863]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[0864]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0865]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0866]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[0867]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[0868]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0869]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0870]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0871]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0872]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自
以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[0873]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[0874]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[0875]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[0876]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[0877]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[0878]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[0879]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[0880]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[0881]
在一些实施例中，mev来自排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)细菌。
[0882]
在一些实施例中，mev来自韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)细菌。
[0883]
在一些实施例中，mev来自鹑鸡肠球菌细菌。
[0884]
在一些实施例中，mev来自屎肠球菌细菌。
[0885]
在一些实施例中，mev来自两歧双歧杆菌细菌。
[0886]
在一些实施例中，mev来自短双歧杆菌细菌。
[0887]
在一些实施例中，mev来自长双歧杆菌细菌。
[0888]
在一些实施例中，mev来自人罗斯氏菌细菌。
[0889]
在一些实施例中，mev来自多形拟杆菌细菌。
[0890]
在一些实施例中，mev来自粪居拟杆菌细菌。
[0891]
在一些实施例中，mev来自erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[0892]
在一些实施例中，mev来自马赛巨型球菌细菌。
[0893]
在一些实施例中，mev来自真杆菌属细菌。
[0894]
在一些实施例中，mev来自狄氏副拟杆菌细菌。
[0895]
在一些实施例中，mev来自植物乳杆菌细菌。
[0896]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌。
[0897]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。
[0898]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
[0899]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科的细菌。
[0900]
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。
[0901]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属的细菌。
[0902]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌属的细菌。
[0903]
在一些实施例中，mev来自propionospora属的细菌。
[0904]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌属的细菌。
[0905]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。
[0906]
在一些实施例中，mev来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[0907]
在一些实施例中，mev来自肠氨基酸球菌细菌。
[0908]
在一些实施例中，mev来自propionospora属物种细菌。
[0909]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌。
[0910]
在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。
[0911]
在一些实施例中，mev来自粪杆菌属的细菌。
[0912]
在一些实施例中，mev来自fournierella属的细菌。
[0913]
在一些实施例中，mev来自harryflintia属的细菌。
[0914]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属的细菌。
[0915]
在一些实施例中，mev来自普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[0916]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[0917]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[0918]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[0919]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[0920]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0921]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[0922]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0923]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[0924]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[0925]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[0926]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[0927]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦
荣氏球菌属。
[0928]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[0929]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[0930]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每片剂的剂量。
[0931]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每片剂的剂量。
[0932]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每片剂的剂量。
[0933]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约10mg至约3500mg，其中剂量是每片剂的剂量。
[0934]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且包含药剂(例如细菌和/或mev)的药物物质的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每片剂的剂量。
[0935]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每片剂的剂量。
[0936]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德测定或bca确定)，其中剂量是每片剂的剂量。
[0937]
在一些实施例中，可以是(或存在于)药品、医疗食品、食品或膳食补充剂中。
[0938]
在一些实施例中，固体剂型还包含一种或多种另外的药剂。
[0939]
在一些实施例中，固体剂型还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
[0940]
在一些方面，本披露提供了用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣微型片剂的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[0941]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[0942]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成微型片剂；以及
[0943]
c)对该微型片剂进行肠溶包衣，从而制备该肠溶包衣微型片剂。
[0944]
在一些实施例中，将一个或多个微型片剂装载到胶囊中。在一些实施例中，方法还包括在装入胶囊之后将胶囊镶边。在一些实施例中，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[0945]
在一些实施例中，微型片剂(例如，肠溶包衣微型片剂)是1mm微型片剂、1.5mm微型片剂、2mm微型片剂、3mm微型片剂或4mm微型片剂。在一些实施例中，在胶囊中包含多个肠溶包衣微型片剂(例如0号胶囊可以包含约31至约35(例如33)个微型片剂，其中微型片剂的尺寸为3mm)。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊包含hpmc(羟丙基甲基纤维素)或明胶。
[0946]
在一些实施例中，肠溶包衣包含一层肠溶包衣。
[0947]
在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
[0948]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
[0949]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[0950]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[0951]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[0952]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
[0953]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
[0954]
在一些实施例中，药剂包含细菌。
[0955]
在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
[0956]
在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
[0957]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
[0958]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如小肠外)的免疫作用。
[0959]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道
外的作用)。
[0960]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用(例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用))。
[0961]
在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
[0962]
在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
[0963]
在一些实施例中，药剂包含活细菌。
[0964]
在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
[0965]
在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
[0966]
在一些实施例中，药剂包含来自微生物(例如细菌)的一种菌株的细菌。
[0967]
在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
[0968]
在一些实施例中，细菌经γ照射。
[0969]
在一些实施例中，细菌经uv照射。
[0970]
在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[0971]
在一些实施例中，细菌经酸处理。
[0972]
在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[0973]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
[0974]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
[0975]
在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
[0976]
在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[0977]
在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
[0978]
在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
[0979]
在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
[0980]
在一些实施例中，细菌是难养细菌。
[0981]
在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
[0982]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0983]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[0984]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[0985]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[0986]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[0987]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[0988]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基
酸球菌属。
[0989]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[0990]
在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
[0991]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[0992]
在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[0993]
在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌细菌。
[0994]
在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
[0995]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[0996]
在一些实施例中，细菌是普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b50329)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[0997]
在一些实施例中，细菌是双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[0998]
在一些实施例中，细菌是韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[0999]
在一些实施例中，细菌来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[1000]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种
细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[1001]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[1002]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[1003]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[1004]
在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属。
[1005]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[1006]
在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[1007]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[1008]
在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
[1009]
在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
[1010]
在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
[1011]
在一些实施例中，细菌是屎肠球菌细菌。
[1012]
在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
[1013]
在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
[1014]
在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
[1015]
在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌细菌。
[1016]
在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌细菌。
[1017]
在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌细菌。
[1018]
在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[1019]
在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌细菌。
[1020]
在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
[1021]
在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌细菌。
[1022]
在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
[1023]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
[1024]
在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
[1025]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
[1026]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
[1027]
在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
[1028]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
[1029]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
[1030]
在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
[1031]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
[1032]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
[1033]
在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[1034]
在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
[1035]
在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
[1036]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
[1037]
在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
[1038]
在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属。
[1039]
在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
[1040]
在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
[1041]
在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
[1042]
在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[1043]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[1044]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[1045]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[1046]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基
因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[1047]
在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1048]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[1049]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1050]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1051]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[1052]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[1053]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[1054]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[1055]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属
或消化链球菌属。
[1056]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[1057]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[1058]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[1059]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[1060]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[1061]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[1062]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[1063]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[1064]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[1065]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[1066]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[1067]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[1068]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[1069]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[1070]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[1071]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[1072]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[1073]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[1074]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[1075]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[1076]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[1077]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[1078]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[1079]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[1080]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[1081]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[1082]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[1083]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的细菌菌株。
[1084]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[1085]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌
科或sporomusaceae科。
[1086]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[1087]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[1088]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[1089]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[1090]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[1091]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[1092]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[1093]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[1094]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[1095]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[1096]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[1097]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少
99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[1098]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[1099]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[1100]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[1101]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[1102]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[1103]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[1104]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[1105]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[1106]
在一些实施例中，mev来自排泄物布劳特氏菌(blautia stercoris)细菌。
[1107]
在一些实施例中，mev来自韦氏布劳特氏菌(blautia wexlerae)细菌。
[1108]
在一些实施例中，mev来自鹑鸡肠球菌细菌。
[1109]
在一些实施例中，mev来自屎肠球菌细菌。
[1110]
在一些实施例中，mev来自两歧双歧杆菌细菌。
[1111]
在一些实施例中，mev来自短双歧杆菌细菌。
[1112]
在一些实施例中，mev来自长双歧杆菌细菌。
[1113]
在一些实施例中，mev来自人罗斯氏菌细菌。
[1114]
在一些实施例中，mev来自多形拟杆菌细菌。
[1115]
在一些实施例中，mev来自粪居拟杆菌细菌。
[1116]
在一些实施例中，mev来自erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[1117]
在一些实施例中，mev来自马赛巨型球菌细菌。
[1118]
在一些实施例中，mev来自真杆菌属细菌。
[1119]
在一些实施例中，mev来自狄氏副拟杆菌细菌。
[1120]
在一些实施例中，mev来自植物乳杆菌细菌。
[1121]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌。
[1122]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。
[1123]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。
[1124]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科的细菌。
[1125]
在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。
[1126]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属的细菌。
[1127]
在一些实施例中，mev来自月形单胞菌属的细菌。
[1128]
在一些实施例中，mev来自propionospora属的细菌。
[1129]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌属的细菌。
[1130]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。
[1131]
在一些实施例中，mev来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[1132]
在一些实施例中，mev来自肠氨基酸球菌细菌。
[1133]
在一些实施例中，mev来自propionospora属物种细菌。
[1134]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌。
[1135]
在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。
[1136]
在一些实施例中，mev来自粪杆菌属的细菌。
[1137]
在一些实施例中，mev来自fournierella属的细菌。
[1138]
在一些实施例中，mev来自harryflintia属的细菌。
[1139]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属的细菌。
[1140]
在一些实施例中，mev来自普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[1141]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[1142]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[1143]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细
菌。
[1144]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[1145]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1146]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[1147]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1148]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1149]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[1150]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[1151]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[1152]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆
菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[1153]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[1154]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[1155]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1156]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1157]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1158]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约10mg至约3500mg，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1159]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1160]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1161]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德测定或bca确定)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1162]
在一些实施例中，固体剂型还包含一种或多种另外的药剂。
[1163]
在一些实施例中，固体剂型还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
[1164]
在一些方面，本披露提供了用于制备胶囊的方法，该胶囊包含含有药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣微型片剂，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法
包括：
[1165]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1166]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成微型片剂；
[1167]
c)对该微型片剂进行肠溶包衣(例如，从而制备肠溶包衣微型片剂)，以及
[1168]
d)将肠溶包衣微型片剂装入胶囊中(例如0号胶囊可以包含约31至约35(例如33)个微型片剂，其中微型片剂的尺寸为3mm)，
[1169]
从而制备胶囊。
[1170]
在一些实施例中，方法还包括在装入胶囊之后将胶囊镶边。在一些实施例中，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[1171]
在一些实施例中，微型片剂(例如，肠溶包衣微型片剂)是1mm微型片剂、1.5mm微型片剂、2mm微型片剂、3mm微型片剂或4mm微型片剂。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊包含hpmc(羟丙基甲基纤维素)或明胶。
[1172]
在一些实施例中，肠溶包衣包含一层肠溶包衣。
[1173]
在一些实施例中，肠溶包衣包含内部肠溶包衣和外部肠溶包衣，并且其中该内部和外部肠溶包衣不相同(例如，该内部和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。
[1174]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物。
[1175]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[1176]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[1177]
在一些实施例中，一层肠溶包衣包含尤特奇(eudragit)共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)、尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[1178]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、aqua-zein(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、或海藻酸钠。
[1179]
在一些实施例中，肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包含阴离子聚合物材料。
[1180]
在一些实施例中，药剂包含细菌。
[1181]
在一些实施例中，药剂包含微生物胞外囊泡(mev)。
[1182]
在一些实施例中，药剂包含细菌和微生物胞外囊泡(mev)。
[1183]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂在胃肠道外具有一种或多种有益的免疫作用。
[1184]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂调节受试者的胃肠道外(例如
小肠外)的免疫作用。
[1185]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[1186]
在一些实施例中，例如当口服施用固体剂型时，药剂对小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞起作用(例如引起系统作用(例如，胃肠道外的作用))。
[1187]
在一些实施例中，药剂包含分离的细菌(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量))。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是分离的细菌(例如目的细菌)。
[1188]
在一些实施例中，药剂包含细菌，并且这些细菌已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射。
[1189]
在一些实施例中，药剂包含活细菌。
[1190]
在一些实施例中，药剂包含经杀灭细菌。
[1191]
在一些实施例中，药剂包含非复制型细菌。
[1192]
在一些实施例中，药剂包含来自微生物(例如细菌)的一种菌株的细菌。
[1193]
在一些实施例中，细菌被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)(例如，粉末形式)。
[1194]
在一些实施例中，细菌经γ照射。
[1195]
在一些实施例中，细菌经uv照射。
[1196]
在一些实施例中，细菌经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[1197]
在一些实施例中，细菌经酸处理。
[1198]
在一些实施例中，细菌经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[1199]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阳性细菌。
[1200]
在一些实施例中，细菌是革兰氏阴性细菌。
[1201]
在一些实施例中，细菌是需氧细菌。
[1202]
在一些实施例中，细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[1203]
在一些实施例中，细菌是嗜酸细菌。
[1204]
在一些实施例中，细菌是嗜碱细菌。
[1205]
在一些实施例中，细菌是嗜中性细菌。
[1206]
在一些实施例中，细菌是难养细菌。
[1207]
在一些实施例中，细菌是非难养细菌。
[1208]
在一些实施例中，细菌属于表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[1209]
在一些实施例中，细菌是表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[1210]
在一些实施例中，细菌属于表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)。
[1211]
在一些实施例中，细菌是表j中列出的细菌菌株。
[1212]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[1213]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌
科或sporomusaceae科。
[1214]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[1215]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[1216]
在一些实施例中，细菌属于乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属。
[1217]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[1218]
在一些实施例中，细菌是栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[1219]
在一些实施例中，细菌是动物双歧杆菌细菌。
[1220]
在一些实施例中，细菌是小韦荣氏球菌(veillonella parvula)细菌。
[1221]
在一些实施例中，细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[1222]
在一些实施例中，细菌是普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌是包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[1223]
在一些实施例中，细菌是双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌是以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[1224]
在一些实施例中，细菌是韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌是以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[1225]
在一些实施例中，细菌来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指
定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[1226]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[1227]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[1228]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[1229]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[1230]
在一些实施例中，细菌属于阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属。
[1231]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[1232]
在一些实施例中，细菌是bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
[1233]
在一些实施例中，细菌是产氢营养型布劳特氏菌细菌。
[1234]
在一些实施例中，细菌是排泄物布劳特氏菌细菌。
[1235]
在一些实施例中，细菌是韦氏布劳特氏菌细菌。
[1236]
在一些实施例中，细菌是鹑鸡肠球菌细菌。
[1237]
在一些实施例中，细菌是屎肠球菌细菌。
[1238]
在一些实施例中，细菌是两歧双歧杆菌细菌。
[1239]
在一些实施例中，细菌是短双歧杆菌细菌。
[1240]
在一些实施例中，细菌是长双歧杆菌细菌。
[1241]
在一些实施例中，细菌是人罗斯氏菌细菌。
[1242]
在一些实施例中，细菌是多形拟杆菌细菌。
[1243]
在一些实施例中，细菌是粪居拟杆菌细菌。
[1244]
在一些实施例中，细菌是erysipelatoclostridium ramosum细菌。
[1245]
在一些实施例中，细菌是马赛巨型球菌细菌。
[1246]
在一些实施例中，细菌是真杆菌属细菌。
[1247]
在一些实施例中，细菌是狄氏副拟杆菌细菌。
[1248]
在一些实施例中，细菌是植物乳杆菌细菌。
[1249]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲。
[1250]
在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。
[1251]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。
[1252]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌科。
[1253]
在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。
[1254]
在一些实施例中，细菌属于巨型球菌属。
[1255]
在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌属。
[1256]
在一些实施例中，细菌属于propionospora属。
[1257]
在一些实施例中，细菌属于氨基酸球菌属。
[1258]
在一些实施例中，细菌是巨型球菌属物种细菌。
[1259]
在一些实施例中，细菌来自菲利克斯月形单胞菌细菌。
[1260]
在一些实施例中，细菌是肠氨基酸球菌。
[1261]
在一些实施例中，细菌是propionospora属物种细菌。
[1262]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲。
[1263]
在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。
[1264]
在一些实施例中，细菌属于粪杆菌属。
[1265]
在一些实施例中，细菌属于fournierella属。
[1266]
在一些实施例中，细菌属于harryflintia属。
[1267]
在一些实施例中，细菌属于阿加萨杆菌属。
[1268]
在一些实施例中，细菌是普氏栖粪杆菌(例如，普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[1269]
在一些实施例中，细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[1270]
在一些实施例中，细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[1271]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[1272]
在一些实施例中，细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[1273]
在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌目。在一些实施例中，细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于拟杆菌纲，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1274]
在一些实施例中，细菌属于梭菌纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于真细菌目。在一些实施例中，细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[1275]
在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，细菌属于月形单胞菌科。在一些实施例中，细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1276]
在一些实施例中，细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，细菌属于互养菌目。在一些实施例中，细菌属于互养菌科。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1277]
在一些实施例中，细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[1278]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[1279]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[1280]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦
荣氏球菌属。
[1281]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[1282]
在一些实施例中，细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[1283]
在一些实施例中，药剂包含分离的mev(例如，来自一种或多种细菌菌株(例如，目的细菌)(例如，其治疗有效量)。例如，其中药剂的至少50％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或至少99％的含量是细菌(例如，目的细菌)的分离的mev。
[1284]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含分泌型mev(smev)。
[1285]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev包含经处理的mev(pmev)。
[1286]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由已经经γ照射、uv照射、热灭活、酸处理或氧喷射的细菌产生。
[1287]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev由活细菌产生。
[1288]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自经杀灭细菌。
[1289]
在一些实施例中，药剂包含pmev，并且pmev产生自非复制型细菌。
[1290]
在一些实施例中，药剂包含mev，并且mev来自一种细菌菌株。
[1291]
在一些实施例中，mev被冻干(例如，冻干的产物还包含药学上可接受的赋形剂)。
[1292]
在一些实施例中，mev经γ照射。
[1293]
在一些实施例中，mev被uv照射。
[1294]
在一些实施例中，mev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[1295]
在一些实施例中，mev被酸处理。
[1296]
在一些实施例中，mev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[1297]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阳性细菌。
[1298]
在一些实施例中，mev来自革兰氏阴性细菌。
[1299]
在一些实施例中，mev来自需氧细菌。
[1300]
在一些实施例中，mev来自厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[1301]
在一些实施例中，mev来自嗜酸细菌。
[1302]
在一些实施例中，mev来自嗜碱细菌。
[1303]
在一些实施例中，mev来自嗜中性细菌。
[1304]
在一些实施例中，mev来自难养细菌。
[1305]
在一些实施例中，mev来自非难养细菌。
[1306]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[1307]
在一些实施例中，mev来自表1、表2或表3中列出的细菌菌株。
[1308]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌。
[1309]
在一些实施例中，mev来自表j中列出的细菌菌株。
[1310]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。
[1311]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科或sporomusaceae科。
[1312]
在一些实施例中，mev来自以下属的细菌：巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属、或氨基酸球菌属。
[1313]
在一些实施例中，mev是巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、或propionospora属物种细菌。
[1314]
在一些实施例中，mev来自乳球菌属、普雷沃菌属、双歧杆菌属、或韦荣氏球菌属的细菌。
[1315]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。
[1316]
在一些实施例中，mev来自栖组织普雷沃菌(prevotella histicola)细菌。
[1317]
在一些实施例中，mev来自动物双歧杆菌细菌。
[1318]
在一些实施例中，mev来自小韦荣氏球菌细菌。
[1319]
在一些实施例中，mev来自乳酸乳球菌乳脂亚种细菌。在一些实施例中，乳酸乳球菌乳脂亚种细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少90％或至少97％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列具有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，乳球菌属细菌来自乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[1320]
在一些实施例中，mev来自普雷沃菌属细菌。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自包含与该普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，普雷沃菌属细菌来自普雷沃菌菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)。
[1321]
在一些实施例中，mev来自双歧杆菌属细菌。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，双歧杆菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[1322]
在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌属细菌。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，韦荣氏球菌属细菌来自以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣氏球菌属细菌。
[1323]
在一些实施例中，mev来自活泼瘤胃球菌细菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％
(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌来自以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[1324]
在一些实施例中，mev来自巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌来自以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[1325]
在一些实施例中，mev来自fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌来自以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[1326]
在一些实施例中，mev来自harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌来自以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[1327]
在一些实施例中，mev来自氨基酸球菌科、产碱杆菌科、阿克曼氏菌科、拟杆菌科、双歧杆菌科、伯克霍尔德菌科、catabacteriaceae科、梭菌科、红蝽菌科、肠杆菌科、肠球菌科、梭杆菌科、毛螺菌科、李斯特菌科、分枝杆菌科、奈瑟菌科、臭杆菌科、颤螺旋菌科、消化球菌科、消化链球菌科、卟啉单胞菌科、普雷沃菌科、丙酸杆菌科、理研菌科、瘤胃球菌科、月形单胞菌科、sporomusaceae科、链球菌科、链霉菌科、萨特氏菌科、互养菌科、或韦荣氏球菌科。
[1328]
在一些实施例中，mev来自阿克曼氏菌属、克里斯滕森菌属、布劳特氏菌属、肠球菌属、真杆菌属、罗斯氏菌属、拟杆菌属、副拟杆菌属、或丹毒丝梭菌属的细菌。
[1329]
在一些实施例中，mev来自产氢营养型布劳特氏菌、排泄物布劳特氏菌、韦氏布劳特氏菌、粪真杆菌、扭曲真杆菌、直肠真杆菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、绒毛肠球菌、鹑鸡肠球菌；乳酸双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、动物双歧杆菌或短双歧杆菌细菌。
[1330]
在一些实施例中，mev来自bcg(卡介苗)、副拟杆菌属、布劳特氏菌属、韦荣氏球菌属、唾液乳杆菌、阿加萨杆菌属、活泼瘤胃球菌、解苯副梭菌、turicibacter sanguinus、伯克霍尔德菌属、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种、催产克雷伯氏菌、纳西利斯泰泽菌或奈瑟菌属细菌。
acetispora菌株a)细菌。
[1369]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[1370]
在一些实施例中，mev来自阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[1371]
在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲[拟杆菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自紫单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自普雷沃菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1372]
在一些实施例中，mev来自梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自真细菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自颤螺旋菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自毛螺菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自消化链球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌目xiii科/地位未定41的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲、革兰氏阳性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，mev来自梭菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[1373]
在一些实施例中，mev来自negativicutes纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自韦荣氏球菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自selenomonadales目的细菌。在一些实施例中，mev来自月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自sporomusaceae科的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自negativicutes纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1374]
在一些实施例中，mev来自互养菌纲[互养菌门]的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌目的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌科的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，mev来自互养菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，mev来自互养菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1375]
在一些实施例中，mev来自产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[1376]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[1377]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌
属；或欧陆森氏菌属。
[1378]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[1379]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[1380]
在一些实施例中，mev来自产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[1381]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1382]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1383]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1384]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约10mg至约3500mg，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1385]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且包含药剂(例如细菌和/或mev)的药物物质的剂量为约30mg至约1300mg(按细菌和/或mev的重量计)(约25、约30、约35、约50、约75、约100、约120、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约700、约750、约800、约900、约1000、约1100、约1200、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000、或约3500mg，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1386]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1387]
在一些实施例中，药剂包含细菌和/或mev，并且药剂(例如细菌和/或mev)的剂量为约5mg至约900mg总蛋白(例如，其中总蛋白通过布拉德福德测定或bca确定)，其中剂量是每胶囊的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1388]
在一些实施例中，胶囊或微型片剂还包含一种或多种另外的药剂。
[1389]
在一些实施例中，胶囊或微型片剂还包含赋形剂(例如，本文所述的赋形剂，例如稀释剂、粘结剂和/或粘合剂、崩解剂、润滑剂和/或助流剂、着色剂、调味剂和/或甜味剂)。
附图说明
[1390]
图1是显示乳酸乳球菌乳脂亚种固体剂型在dth模型中激发后24小时对耳厚度的影响的图。
具体实施方式
[1391]
定义
[1392]“佐剂”或“辅助疗法”在广义上是指影响受试者(例如人类)中的免疫学或生理学反应的药剂。例如，佐剂可增加抗原随时间或在目的区域(如肿瘤)中的存在，帮助吸收抗原呈递细胞抗原，活化巨噬细胞及淋巴细胞并且支持细胞因子的产生。通过改变免疫应答，佐剂可允许使用较小剂量的免疫相互作用剂以增加特定剂量的免疫相互作用剂的有效性或安全性。例如，佐剂可预防t细胞耗竭且由此增加特定免疫相互作用剂的有效性或安全性。
[1393]“施用”广义上是指将组合物(例如，药物组合物，如包含如本文所述的药剂的固体剂型)施用于受试者的途径。施用途径的实例包含口服施用、直肠施用、局部施用、吸入(经鼻)或注射。注射施用包含静脉内(iv)、肌内(im)、肿瘤内(it)及皮下(sc)施用。本文描述的药物组合物可以任何形式通过任何有效途径施用，包括(但不限于)瘤内、经口、非经肠、肠内、静脉内、腹膜内、局部、经皮(例如，使用任何标准贴剂)、皮内、经眼、经鼻(鼻内)、局部、非经口(诸如喷雾)、吸入、皮下、肌内、颊、舌下、(经)直肠、阴道、动脉内及鞘内、经黏膜(例如，舌下、经舌、(经)颊、(经)尿道、阴道(例如，经阴道及阴道周围)、植入、膀胱内、肺内、十二指肠内、胃内及支气管内。在优选的实施例中，通过以下形式施用本文所述的药物组合物：经口、经直肠、经肿瘤内、经局部、经膀胱内、通过注射至引流淋巴结中或毗邻引流淋巴结处、经静脉内、通过吸入或气溶胶或经皮下。在另一个优选实施例中，本文所述的药物组合物口服、瘤内或静脉内施用。在另一个实施例中，本文所述的药物组合物经口服施用。
[1394]
如本文所用，术语“抗体”可指完整抗体及其抗原结合片段二者。完整抗体是包含由二硫键相互连接的至少两条重(h)链及两条轻(l)链的糖蛋白。每条重链包含重链可变区(在本文中缩写为vh)及重链恒定区。每条轻链包含轻链可变区(在本文中缩写为v
l
)及轻链恒定区。vh及v
l
区可进一步细分成超变区(称为互补决定区(cdr))及更保守区(称为框架区(fr))，二者散布排列。每个vh及v
l
由三个cdr及四个fr构成，其自氨基-末端至羧基-末端按下列顺序排列：fr1、cdr1、fr2、cdr2、fr3、cdr3、fr4。重链及轻链的可变区含有与抗原相互作用的结合结构域。术语“抗体”包含例如单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人类源化抗体、人类抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、单链抗体及抗原结合抗体片段。
[1395]
如本文所用，术语抗体的“抗原结合片段”及“抗原结合部分”是指抗体中保留结合抗原的能力的一个或多个片段。术语抗体的“抗原结合片段”内所涵盖结合片段的实例包含fab、fab'、f(ab')2、fv、scfv、二硫化物连接的fv、fd、双抗体、单链抗体、经分离cdrh3及其他保留完整抗体的至少一部分可变区的抗体片段。这些抗体片段可使用常规重组和/或酶促技术来获得且可以与完整抗体相同的方式针对抗原结合进行筛选。
[1396]“癌症”在广义上是指宿主自有细胞的不受控、异常生长，其会侵袭宿主中的环绕组织及潜在地远离异常细胞生长初始位点的组织。主要种类包含是上皮组织(例如皮肤、鳞状细胞)癌症的癌瘤；是结缔组织(例如骨、软骨、脂肪、肌肉、血管等)癌症的肉瘤；是血液形成组织(例如骨髓组织)癌症的白血病；是免疫细胞癌症的淋巴瘤及骨髓瘤；及包含脑及脊
柱组织癌症的中枢神经系统癌症。“一种或多种癌症”和“一种或多种赘瘤”在本文中可互换使用。如本文中所使用，“癌症”是指所有类型的新或复发癌症或赘瘤或恶性肿瘤，包含白血病、上皮癌及肉瘤。癌症的具体实例是：上皮癌、肉瘤、骨髓瘤、白血病、淋巴瘤及混合型肿瘤。癌症的非限制性实例是以下新或复发癌症：脑癌、黑色素瘤、膀胱癌、乳腺癌、子宫颈癌、结肠癌、头颈癌、肾癌、肺癌、非小细胞肺癌、间皮瘤、卵巢癌、前列腺癌、肉瘤、胃癌、子宫癌及髓母细胞瘤。在一些实施例中，癌症包括实体瘤。在一些实施例中，癌症包括转移。
[1397]“碳水化合物”是指糖或糖聚合物。术语“糖”、“多糖”、“碳水化合物”及“寡糖”可互换使用。大部分碳水化合物是具有许多羟基的醛或酮，通常在分子的每一碳原子上具有一个羟基。碳水化合物通常具有分子式c
nh2non
。碳水化合物可为单糖、二糖、三糖、寡糖或多糖。最基本的碳水化合物是单糖，例如葡萄糖、蔗糖、半乳糖、甘露糖、核糖、阿拉伯糖、木糖及果糖。二糖是两个接合的单糖。示例性二糖包含蔗糖、麦芽糖、纤维二糖及乳糖。通常，寡糖包含3至6个单糖单元(例如棉子糖、水苏糖)，且多糖包含6个或更多个单糖单元。示例性多糖包含淀粉、糖原及纤维素。碳水化合物可含有经修饰糖单元，例如2
’‑
脱氧核糖，其中去除羟基，2
’‑
氟核糖，其中羟基经氟代替；或n-乙酰基葡萄糖胺，其为葡萄糖的含氮形式(例如2
’‑
氟核糖、脱氧核糖及己糖)。碳水化合物可以许多不同形式存在，例如构象异构体、环状形式、非环状形式、立体异构体、互变异构体、端基差向异构体及异构体。
[1398]“细胞增强”广泛地指细胞的流入或细胞在环境中的扩增，这些细胞在施用组合物之前大体上不存在于该环境中且不存在于所述组合物本身中。增强环境的细胞包括免疫细胞、基质细胞、细菌及真菌细胞。特别受关注的环境是其中癌细胞驻留或定位的微环境。在一些实例中，微环境是肿瘤微环境或肿瘤引流淋巴结。在其他实例中，微环境是癌前组织位点或组合物的局部施用位点或其中该组合物在远程施用后将积聚的位点。
[1399]“进化枝”指系统发育树的otu或成员，它们是系统发育树中的统计有效节点的下游。进化枝包含系统发育树中的一组末端叶，其是不同的单系进化单元且在某种程度上共享序列相似性。
[1400]
来自两种或更多种菌株的细菌的“组合”包括细菌的物理共存(在相同材料或产品中或在物理连接的产品中)，及来自两种或更多种菌株的细菌的时间共施用或共定位。
[1401]
来自两个或更多个微生物(例如细菌)菌株的mev(例如smev和/或pmev)的“组合”包括从其获得mev(例如smev和/或pmev)的微生物在同一材料或产品中或在物理相连的产品中物理共存，以及来自两个或更多个菌株的mev(例如smev和/或pmev)在时间上共同施用或共同定位。
[1402]
术语“降低”或“消耗”意指变化，从而取决于治疗后状态与治疗前状态相比的差异为至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、1/100、1/1000、1/10,000、1/100,000、1/1,000,000或不可检测。可能降低的特性包括免疫细胞、细菌细胞、基质细胞、髓样来源的抑制细胞、成纤维细胞、代谢物的数量；细胞因子的水平；或其他物理参数(例如耳厚度(例如，在dth动物模型中)或肿瘤的大小)。
[1403]“菌群失调”是指肠道或其它身体区域的微生物群或微生物组的状态，包括，例如，黏膜或皮肤表面(或任何其它微生物组生态位)，在该状态下宿主肠道微生物组生态网络“微生物组”的正常的多样性和/或功能被破坏。菌群失调可能导致疾病状态，或者仅在某些条件下或仅长期存在时可能是不健康的。菌群失调可能是由于多种因素引起的，包括环境
因素、传染原、宿主基因型、宿主饮食和/或压力。菌群失调可能导致：一个或多个细菌类型(例如，厌氧菌)、物种和/或菌株的普遍度发生变化(例如，增加或减少)，宿主微生物组群体组成的多样性发生变化(例如，增加或减少)；导致一个或多个有益效应减少或丧失的一个或多个共生生物群体的变化(例如，增加或减少)；一个或多个病原体(例如，病原细菌)群体的过度生长；和/或仅在某些情况下引起疾病的共生生物的存在、和/或过度生长。
[1404]
术语“生态聚生体(ecological consortium)”是交换代谢物且彼此正性共调控的一组细菌，这与经由活化互补宿主通路来诱导宿主协同作用以改进功效的两种细菌形成对比。
[1405]
术语“有效剂量”或“有效量”是对于特定的药用剂、组合物和施用方式有效地在受试者中实现期望的治疗反应的药剂的量。
[1406]
如本文所用，“工程细菌”是通过人类活动已在遗传上自天然状态改变的任何细菌及任何这类细菌的子代。工程改造的细菌包括例如靶向遗传修饰的产物、随机诱变筛选的产物及定向演化的产物。
[1407]
术语“表位”意指可特异性结合至抗体或t细胞受体的蛋白质决定子。表位通常由如氨基酸或糖侧链等分子的化学活性表面分组组成。某些表位可通过抗体能够结合的氨基酸的特定序列来定义。
[1408]
术语“基因”在广义上用于指与生物功能有关的任一核酸。术语“基因”适用于特定基因组序列以及由该基因组序列编码的cdna或mrna。
[1409]
两种核酸分子的核酸序列间“一致性”可使用已知计算机算法(诸如“fasta”程序)使用(例如)如pearson等人(1988)proc.natl.acad.sci.usa[美国国家科学院院刊]85:2444中的预设参数测定为一致性百分比(其他程序包含gcg程序包(devereux,j.等人,nucleic acids research[核酸研究]12(i):387(1984))、blastp、blastn、fasta atschul,s.f.等人,j molec biol[分子生物学杂志]215:403(1990)；guide to huge computers[巨型计算机指南],mrtin j.bishop编辑,academic press[学术出版社],san diego[圣地亚哥],1994及carillo等人(1988)siam j applied math[工业和应用数学学会应用数学杂志]48:1073)。例如，可使用国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information database)的blast功能来测定同一性。其他可商业或公开获得的程序包含dnastar“megalign”程序(威斯康星州麦迪逊市(madison,wis.))及威斯康星大学遗传学计算机集团(university of wisconsin genetics computer group)(uwg)“gap”程序(威斯康星州麦迪逊市(madison,wis.))。
[1410]
如本文中所使用，术语“免疫障碍”是指由免疫系统的活动引起的任何疾病、障碍或疾病症状，包括自身免疫性疾病、炎性疾病及过敏。免疫障碍包括(但不限于)自身免疫性疾病(例如，银屑病、特应性皮炎、狼疮、硬皮病、溶血性贫血、血管炎、一型糖尿病、格雷夫病(grave’s disease)、类风湿性关节炎、多发性硬化、古德帕斯雷综合征(goodpasture’s syndrome)、恶性贫血和/或肌病)、炎性疾病(例如，寻常型痤疮、哮喘、乳糜泻、慢性前列腺炎、肾小球性肾炎、炎性肠病、盆腔炎、再灌注损伤、类风湿性关节炎、结节病、移植排斥、血管炎和/或间质性膀胱炎)，和/或过敏(例如，食物过敏、药物过敏和/或环境过敏)。
[1411]“免疫疗法”是使用受试者的免疫系统以治疗疾病(例如，免疫疾病、炎性疾病、代谢性疾病、癌症)的治疗且包括(例如)检查点抑制剂、癌症疫苗、细胞因子、细胞疗法、car-t
细胞及树突细胞疗法。
[1412]
术语“增加”意指变化，从而取决于治疗后状态大于治疗前状态至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、2倍、4倍、10倍、100倍、10^3倍、10^4倍、10^5倍、10^6倍和/或10^7倍的差别。可能增加的特性包括免疫细胞、细菌细胞、基质细胞、髓样来源的抑制细胞、成纤维细胞、代谢物的数量；细胞因子的水平；或其他物理参数(例如耳厚度(例如，在dth动物模型中)或肿瘤的大小)。
[1413]“先天免疫激动剂”或“免疫佐剂”是特异性靶向先天免疫受体(包括toll样受体(tlr)、nod受体、rlr、c型凝集素受体、sting-cgas通路组分、发炎体复合物)的小分子、蛋白质或其他药剂。例如，lps是细菌源的或合成的tlr-4激动剂且可使用铝作为免疫刺激佐剂。免疫佐剂是特定种类的较宽泛佐剂或辅助疗法。sting激动剂的实例包括(但不限于)2'3'-cgamp、3'3'-cgamp、c-di-amp、c-di-gmp、2'2'-cgamp及2'3'-cgam(ps)2(rp/sp)(2'3'-cgamp的双硫代磷酸酯类似物的rp、sp异构物)。tlr激动剂的实例包括(但不限于)tlrl、tlr2、tlr3、tlr4、tlr5、tlr6、tlr7、tlr8、tlr9、tlrlo及tlri l。nod激动剂的实例包括(但不限于)：n-乙酰基胞壁酰基-l-丙胺酰基-d-异谷氨酰胺(胞壁酰二肽(mdp))、γ-d-谷氨酰基-内消旋-二氨基庚二酸(ie-dap)及去胞壁酰肽(desmuramylpeptide(dmp))。
[1414]“内转录间隔区”或“its”是位于通常用于识别真核物种(特别地，真菌)的共同前体转录本上的结构核糖体rna(rrna)之间的一段非功能性rna。形成核糖体的核的真菌的rrna经转录为信号基因且由8s、5.8s及28s区域及分别在8s与5.8s之间及5.8s与28s区域之间的its4及5组成。如先前描述，在18s与5.8s之间及5.8s与28s区域之间的这类两个双译基因嵌段(intercistronic segment)通过剪接移除且出于条形码的目的在物种之间含有显著变化(schoch等人,nuclear ribosomal internal transcribed spacer(its)region as a universal dna barcode marker for fungi.[核糖体内转录间隔区(its)是真菌的通用dna条形码标记]pnas 109:6241-6246.2012)。18s rdna传统上用于系统发育重建，然而its可发挥此功能，因为其通常是高度保守的，但含有高变区，这些高变区具有足够的核苷酸多样性来区分大多数真菌的属及物种。
[1415]
术语“分离的”或“富集的”涵盖具有以下特征的微生物(例如细菌)、mev(例如smev和/或pmev)或其他实体或物质：(1)与在最初产生(不论在自然界中或在实验环境中)时与其缔合的至少一些组分分离，和/或(2)人工产生、制备、纯化和/或制造。分离的微生物或mev可与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的其最初关联的其他组分分离。在一些实施例中，分离的微生物或mev是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或大于约99％纯的。如本文所用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify、purifying及purified)”是指已与在最初产生或生成(例如不论在自然界中或在实验环境中)时或在其初始产生之后的任一时间期间与其缔合的至少一些组分分离的微生物或其他材料。如果在产生时或在产生之后诸如自含有微生物或微生物群体的材料或环境分离，则该微生物或微生物群体或mev可视为经纯化，且经纯化微生物或微生物群体可含有最高约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％的其他材料且仍视为“经分离”。在一些实施例中，经纯化微生物或微生物群体或mev是大于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约
99％或大于约99％纯的。在本文所提供微生物组合物的情况下，存在于该组合物中的一种或多种微生物类型可与独立于一种或多种产生和/或存在于含有该微生物类型的材料或环境中的其他微生物来纯化。通常自残余生境产物来纯化微生物组合物及其微生物组分。
[1416]
如本文所用，“脂质”包括脂肪、油、三酸甘油酯、胆固醇、磷脂质、任何形式的脂肪酸(包括游离脂肪酸)。脂肪、油及脂肪酸可为饱和、不饱和(顺式或反式)或部分不饱和(顺式或反式)。
[1417]
如本文所用的“代谢物”是指在任何细胞或微生物代谢反应中用作底物或作为产物化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素产生自任何细胞或微生物代谢反应的任何及所有分子化合物、组合物、分子、离子、辅助因子、催化剂或营养素。
[1418]“微生物”是指表征为古生菌、寄生虫、细菌、真菌、微观藻类、原生动物及与该生物体相关的发育阶段或生命周期阶段(例如，植物、孢子(包括孢子形成、休眠及萌发)、潜伏、生物膜)的任何天然或经改造的生物体。肠道微生物的实例包括：葛氏放线菌(actinomyces graevenitzii)、龋齿放线菌(actinomyces odontolyticus)、嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia muciniphila)、粪拟杆菌(bacteroides caccae)、脆弱拟杆菌(bacteroides fragilis)、腐败拟杆菌(bacteroides putredinis)、多形拟杆菌(bacteroides thetaiotaomicron)、普通拟杆菌(bacteroides vultagus)、青春双歧杆菌(bifidobacterium adolescentis)、两歧双歧杆菌(bifidobacterium bifidum)、对沃氏嗜胆菌(bilophila wadsworthia)、布劳特氏菌属(blautia)、丁酸弧菌属(butyrivibrio)、纤细弯曲杆菌(campylobacter gracilis)、梭菌群iii(clostridia cluster iii)、梭菌群iv(clostridia cluster iv)、梭菌群ix(clostridia cluster ix)(氨基酸球菌科群(acidaminococcaceae group))、梭菌群xi(clostridia cluster xi)、梭菌群xiii(clostridia cluster xiii)(消化链球菌群(peptostreptococcus group))、梭菌群xiv(clostridia cluster xiv)、梭菌群xv(clostridia cluster xv)、产气柯林斯菌(collinsella aerofaciens)、粪球菌属(coprococcus)、桑氏棒状杆菌(corynebacterium sunsvallense)、猪脱硫单胞菌(desulfomonas pigra)、产甲酸多尔氏菌(dorea formicigenerans)、长链多尔氏菌(dorea longicatena)、大肠杆菌(escherichia coli)、庞大真杆菌(eubacterium hadrum)、直肠真杆菌(eubacterium rectale)、普拉梭菌(faecalibacteria prausnitzii)、孪生球菌属(gemella)、乳球菌属(lactococcus)、兰氏螺菌属(lanchnospira)、柔膜细菌群xvi(mollicutes cluster xvi)、柔膜细菌群xviii(mollicutes cluster xviii)、普雷沃菌属(prevotella)、黏滑罗氏菌(rothia mucilaginosa)、伶俐瘤胃球菌(ruminococcus callidus)、活泼瘤胃球菌(ruminococcus gnavus)、扭链瘤胃球菌(ruminococcus torques)及链球菌属(streptococcus)。
[1419]“微生物胞外囊泡”(mev)可从微生物如细菌、古生菌、真菌、微藻、原生动物和寄生虫获得。在一些实施例中，mev从细菌获得。mev包括分泌型微生物胞外囊泡(smev)和经加工的微生物胞外囊泡(pmev)。“分泌型微生物胞外囊泡”(smev)是来源于微生物的自然产生的囊泡。smev由微生物脂质和/或微生物蛋白质和/或微生物核酸和/或微生物碳水化合物部分构成，并从培养上清液中分离。这些囊泡的自然产生可以通过操纵细菌细胞正在培养的环境(例如，通过培养基或温度改变)来人为地增强(例如，增加)或减少。此外，smev组合物可以被修饰以减少，增加，添加或去除微生物成分或外来物质，以改变功效、免疫刺激、稳定
性、免疫刺激能力、稳定性、器官靶向性(例如，淋巴结)、吸收(例如，胃肠道)和/或产率(例如，由此改变功效)。如本文所用，术语“纯化的smev组合物”或“smev组合物”是指smev的制剂，其已经从源材料中发现的至少一种相关联物质(例如，从至少一种其他微生物组分分离)或用于制备该制剂的任何方法中与smev相关联的任何材料分离。也可指针对特定组分已显著富集的组合物。“经加工的微生物胞外囊泡”(pmev)是从人工裂解的微生物(例如，细菌)纯化的微生物膜组分(例如，已与其他胞内微生物细胞组分分离的微生物膜组分)的非天然存在的集合，并且其可包含根据纯化方法而具有变化的或选定的尺寸范围的颗粒。通过化学破坏(例如，通过溶菌酶和/或溶葡萄球菌素)和/或物理破坏(例如，通过机械力)微生物细胞并通过离心和/或超速离心或其他方法将微生物膜组分与胞内组分分离来获得pmev池。所得pmev混合物含有富集的微生物膜及其组分(例如，外周缔合的或完整的膜蛋白、脂质、聚糖、多糖、碳水化合物、其他聚合物)，使得相对于完整微生物，微生物膜组分的浓度增加，并且胞内内容物的浓度降低(例如，稀释)。对于革兰氏阳性细菌，pmev可以包括细胞膜或细胞质膜。对于革兰氏阴性细菌，pmev可以包括内膜和外膜。pmev可以被修饰以增加纯度，调节组合物中颗粒的尺寸，和/或被修饰以减少、增加、添加或去除微生物组分或外来物质，以改变功效、免疫刺激、稳定性、免疫刺激能力、稳定性、器官靶向性(例如淋巴结)、吸收(例如胃肠道)和/或产率(例如由此改变功效)。pmev可以通过添加、去除、富集或稀释特定组分(包括来自相同或其他微生物的细胞内组分)被修饰。如本文所用，术语“纯化的pmev组合物”或“pmev组合物”是指pmev的制剂，其已经从源材料中发现的至少一种相关联物质(例如，从至少一种其他微生物组分分离)或用于制备该制剂的任何方法中与pmev相关联的任何材料分离。也可指针对特定组分已显著富集的组合物。
[1420]“微生物组”广泛地指栖居于受试者或患者的身体部位上或中的微生物。微生物组中的微生物可包括细菌、病毒、真核微生物和/或病毒。微生物组中的个别微生物可以是代谢活性、休眠、潜伏或作为孢子存在，可以浮游形式存在或存在于生物膜中，或可以可持续或短暂的方式存在于该微生物组中。微生物组可以是共生或健康状态微生物组或疾病状态或菌群失调微生物组。微生物组对受试者或患者而言可以是天然的，或该微生物组的组分可因健康状态(例如，癌前状态或癌状态)或处理条件(例如，抗生素治疗、暴露于不同微生物)的变化而经调整、引入或消耗。在一些方面中，微生物组出现于黏膜表面。在一些方面中，微生物组是肠道微生物组。在一些方面中，微生物组是肿瘤微生物组。
[1421]
组织或样品的“微生物组谱(microbiome profile)”或“微生物组签名(microbiome signature)”是指微生物组的细菌组成的至少部分表征。在一些实施例中，微生物组谱指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个细菌菌株存在于微生物组中或不存在于微生物组中。在一些实施例中，微生物组谱指示是否至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个癌症相关细菌菌株存在于样本中。在一些实施例中，微生物组谱指示样品中检测的各细菌菌株的相对量或绝对量。在一些实施例中，微生物组谱是癌症相关微生物组谱。癌症相关微生物组谱是以比一般群体更大的频率出现于患有癌症的受试者中的微生物组谱。在一些实施例中，相较于正常存在于取自未患癌症的个体的在其他方面当量的组织或样品的微生物组中的细菌，该癌症相关微生物组谱包含更大数量或量的癌症相关细菌。
[1422]
关于细菌的“经修饰的”广泛地指自野生型形式已经变化的细菌。细菌修饰可以产生自工程菌。细菌修饰的实例包括遗传修饰、基因表达修饰、表型修饰、配制修饰、化学修饰及剂量或浓度。经改善的性质的实例描述于整个说明书中且包括(例如)减毒、营养缺陷、归巢或抗原性。表型修饰可包括(以实例说明的)细菌于修饰细菌的表型的培养基中生长使得其增加或降低毒力。
[1423]
如本文中所使用的“肿瘤生物群系(oncobiome)”包含致瘤和/或癌症相关微生物区，其中该微生物区包含病毒、细菌、真菌、原生生物、寄生虫或其他微生物中的一种或多种。
[1424]“肿瘤营养性(oncotrophic)”或“嗜肿瘤(oncophilic)”微生物及细菌是与癌症微环境高度相关联的微生物或存在于癌症微环境中的微生物。它们可被优先选择用于该环境中，优先在癌症微环境中生长或适应该环境。
[1425]“运算分类单元”及“otu”是指系统发生树中的末端叶且通过核酸序列(例如整个基因组或特定基因序列及所有与此核酸序列在物种层面共享序列同一性的序列)来定义。在一些实施例中，特定基因序列可为16s序列或16s序列的一部分。在其他实施例中，对两种实体的整个基因组进行测序并进行比较。在另一个实施例中，可以基因方式比较所选区域(例如多基因座序列标签(mlst)、特定基因或基因集)。对于16s而言，整个16s或一些16s可变区中共有≥97％平均核苷酸同一性的otu可视为相同otu。参见，例如claesson mj,wang q,o’sullivan o,greene-diniz r,cole jr,ross rp,和o’toole pw.2010.comparison of two next-generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable16s rrna gene regions[使用串联可变16s rrna基因区解析高度复杂的微生物群组成的两种下一代测序技术的比较].nucleic acids res[核酸研究]38:e200.konstantinidis kt,ramette a及tiedje jm.2006.the bacterial species definition in the genomic era[基因组时代的细菌物种类定义].philos trans r soc lond b biol sci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。对于完整基因组、mlst、特定基因(除16s外)或基因集而言，共有≥95％平均核苷酸同一性的otu可视为相同otu。例如参见achtman m及wagner m.2008.microbial diversity and the genetic nature of microbial species[微生物多样性和微生物物种的遗传性质].nat.rev.microbiol.[微生物自然评论]6:431-440.konstantinidis kt,ramette a及tiedje jm.2006.the bacterial species definition in the genomic era[基因组时代的细菌物种类定义].philos trans r soc lond b biol sci[伦敦皇家学会b辑：生物科学哲学学报]361:1929-1940。通常通过比较生物体之间的序列来定义otu。通常，具有小于95％序列同一性的序列并不视为形成相同otu的一部分。还可通过核苷酸标志或基因、尤其高度保守基因(例如“管家”基因)或其组合的任一组合来表征otu。本文提供可分配(例如)属、物种及系统发育进化枝的运算分类单元(otu)。
[1426]
如本文所用，如果基因在至少一些条件下在工程细菌中的表达水平高于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达水平，则该基因在细菌中“过度表达”。类似地，如果基因在至少一些条件下在工程改造的细菌中的表达水平低于相同物种的野生型细菌在相同条件下的表达水平，则该基因在细菌中“表达不足”。
[1427]
术语“多核苷酸”及“核酸”可互换使用。它们是指任何长度的核苷酸的聚合形式
(脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)或其类似物。多核苷酸可具有任何三维结构，且可实施任何功能。多核苷酸的非限制性实例如下：基因或基因片段的编码或非编码区域、定义自连锁分析的多个基因座(loci)(基因座(locus))、外显子、内含子、信使rna(mrna)、微小rna(mirna)、沉默rna(sirna)、转移rna、核糖体rna、核糖酶、cdna、重组多核苷酸、分支多核苷酸、质粒、载体、任何序列的经分离的dna、任何序列的经分离的rna、核酸探针及引子。多核苷酸可包括经修饰核苷酸，例如甲基化核苷酸及核苷酸类似物。如果存在，则可在组装聚合物之前或之后赋予对核苷酸结构的修饰。多核苷酸可通过如与标记组分缀合而经进一步修饰。在本文提供的所有核酸序列中，u核苷酸可与t核苷酸互换。
[1428]
如本文所用，术语“预防”受试者中的疾病或病症是指对受试者施用药剂治疗，例如，施用一种或多种药剂(例如，药剂)，使得疾病或病症的至少一个症状的发作被延迟或预防。
[1429]
如本文所用，物质基本上不含其他组分时是“纯的”。术语“纯化(purify)”或“进行纯化(purifying)”及“纯化的(purified)”是指mev(例如smev和/或pmev)制剂或其他材料已与最初产生或形成(例如，无论在自然中或在实验环境中)时或在初始产生后的任何时间期间与的相关联的至少一些组分分离。若如果mev(例如smev和/或pmev)制剂或组合物在产生时或产生后与(诸如)一种或多种其他细菌组分分离，则该mev(例如smev)制剂或组合物可被视为纯化的，并且纯化的微生物或微生物群体可含有其他材料多达约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或超过约90％且仍被视为“纯化的”。在一些实施例中，纯化的mev(例如smev和/或pmev)超过约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或超过约99％纯。mev(例如smev和/或pmev)组合物(或制剂)例如从残余生境产物纯化。
[1430]
如本文中所使用，术语“纯化的mev组合物”或“mev组合物”是指如下的制剂：其包括已与源材料或在用以产生该制剂的任何方法中与mev(例如smev和/或pmev)相关联的任何材料中发现的至少一种相关联物质分离(例如，与至少一种其他细菌组分分离)的mev(例如smev和/或pmev)。它还指已经显著富集或浓缩的组合物。在一些实施例中，mev(例如smev和/或pmev)被浓缩2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、100倍、1000倍、10,000倍或超过10,000倍。
[1431]“残余生境产物”是指自受试者内或受试者上的微生物群生境衍生的材料。例如，微生物的发酵培养物可以含有污染物，例如其他微生物菌株或形式(例如细菌、病毒、支原体和/或真菌)。例如，微生物生存于胃肠道的粪便中、皮肤本身上、唾液中、呼吸道的黏液中或泌尿生殖道的分泌物中(即，与微生物群落相关联的生物物质)。基本上不含残余生境产物意指该微生物组合物不再含有与人类或动物受试者上或培养物中或人类或动物受试者中的微生物环境相关联的生物物质且是100％不含、99％不含、98％不含、97％不含、96％不含或95％不含与该微生物群落相关联的任何污染生物物质。残余生境产物可包括非生物材料(包括未经消化的食物)或其可包括非所需的微生物。基本上不含残余生境产物亦可意指该微生物组合物不含有来自培养物污染物或人类或动物的可检测细胞且意指仅微生物细胞是可检测的。在一项实施例中，大体上不含残余生境产物亦可意指该微生物组合物不含有可检测的病毒(包括细菌、病毒(例如，噬菌体))、真菌、支原体污染物。在另一个实施例中，这意味着与微生物细胞相比，微生物组合物中少于1x10-2
％、1x10-3
％、1x10-4
％、1x10-5
％、1x10-6
％、1x10-7
％、1x10-8
％的活细胞是人或动物。达到此纯度的方法有很多，这些方
法中无任何一者是限制性的。因此，污染物可经由通过在固体培养基上对单菌落进行多个画线步骤，直至来自系列性单菌落的复制(例如但不限于两个)画线已显示仅单一菌落形态来分离所需成分而减少。可替代地，污染物的减少可通过多轮连续稀释至单一所需细胞(例如，10-8
或10-9
的稀释)，诸如通过多个10倍连续稀释完成。此可通过显示多个经分离的菌落具有相似细胞形状及革兰氏染色行为进一步证实。用于证实足够的纯度的其他方法包括遗传分析(例如，pcr、dna测序)、血清学及抗原分析、酶及代谢分析及使用仪器的方法，诸如使用自污染物区分所需成分的试剂的流式细胞术。
[1432]
如本文所用，“特异性结合”是指抗体能够结合至预定抗原或多肽能够结合至其预定结合配偶体。通常，抗体或多肽以对应于约10-7
m或更小kd的亲和力特异性结合至其预定抗原或结合配偶体，且以相对于结合至非特异性及不相关抗原/结合配偶体(例如bsa、酪蛋白)小至少10倍、小至少100倍或小至少1000倍的其亲和力的亲和力(如通过kd所表示)结合至预定抗原/结合配偶体。可替代地，特异性结合更广泛地适用于二组分系统，其中一种组分是蛋白质、脂质或碳水化合物或其组合且与是蛋白质、脂质、碳水化合物或其组合的第二组分以特定方式接合。
[1433]“菌株”是指具有基因签名的细菌物种的成员，从而其可与相同细菌物种的密切相关成员区分开来。基因特征可为不存在至少一种基因的全部或一部分、不存在至少一个调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)的全部或一部分、不存在(“消除”)至少一种天然质粒、存在至少一种重组基因、存在至少一种突变基因、存在至少一种外来基因(衍生自另一物种的基因)、存在至少一种突变调控区(例如启动子、终止子、核糖开关、核糖体结合位点)、存在至少一种非天然质粒、存在至少一种抗生素抗性盒或其组合。可通过pcr扩增且任选地随后进行一个或多个目的基因组区域或全基因组的dna测序来鉴别不同菌株之间的基因签名。如果一种菌株(与相同物种的另一种菌株相比)已获得或失去抗生素抗性或获得或失去生物合成能力(例如营养缺陷型菌株)，则可通过选择或反选择分别使用抗生素或营养物/代谢物来区分菌株。
[1434]
术语“受试者”或“患者”是指任何哺乳动物。描述为“有需要”的受试者或患者是指需要治疗(或预防)疾病的人。哺乳动物(即哺乳类动物)包括人、实验室动物(例如灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、绵羊、山羊、猪)及家庭宠物(例如狗、猫、啮齿类动物)。受试者可以是人。受试者可为非人哺乳动物，包括但不限于：狗、猫、牛、马、猪、驴、山羊、骆驼、小鼠、大鼠、天竺鼠、绵羊、骆马、猴、大猩猩或黑猩猩。受试者可为健康的，或可患有任一发展阶段的癌症，其中任一阶段由癌症相关或致病病原体引起或伺机性地支持该病原体，或受试者可处于发生癌症或向其他受试者传播癌症相关或癌症致病病原体的风险中。在一些实施例中，受试者患有肺癌、膀胱癌、前列腺癌、浆细胞瘤、结直肠癌、直肠癌、默克尔细胞癌、唾液腺癌、卵巢癌和/或黑色素瘤。受试者可以具有肿瘤。受试者可以具有展示增强的大型胞饮作用的肿瘤，其中此过程的潜在基因组学包含ras活化。在其他实施例中，受试者患有另一种癌症。在一些实施例中，受试者已经接受癌症疗法。
[1435]
如本文所用，在用包含本发明的细菌或mev的药剂(例如，包含细菌或mev的药剂)治疗的受试者中的“系统作用”是指在胃肠道外的一个或多个部位发生的生理作用。一种或多种系统作用可以由免疫调节(例如，通过增加和/或减少一种或多种免疫细胞类型或亚型(例如，cd8 t细胞)和/或一种或多种细胞因子)产生。此类一种或多种系统作用可能是由本
发明的细菌或mev对胃肠道中的免疫细胞或其它细胞(例如上皮细胞)调节的结果，然后这直接地或间接地导致胃肠道外的一个或多个生物化学途径的活性改变(活化和/或失活)。系统作用可包括治疗或预防受试者的疾病或病症。
[1436]
如本文中所使用，术语“治疗”受试者疾病或“治疗”患有或怀疑患有疾病的受试者是指对受试者施用医药治疗(例如施用一种或多种药用剂(例如药剂))，从而降低至少一种疾病症状或预防其恶化。因此，在一个实施例中，“治疗”尤其是指延迟进展、促进缓解、诱导缓解、增大缓解、加速恢复、增加功效或降低替代治疗的抗性，或其组合。
[1437]
如本文所用，细菌的“类型”可以通过以下彼此区分开：属、种、亚种、菌株；或通过任何其他分类学分类彼此区分开(无论是基于形态学、生理学、基因型、蛋白质表达或本领域已知的其他特征)。
[1438]
细菌
[1439]
在某些方面，本文所述的固体剂型的药剂包括细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)(例如smev和/或pmev)。在包含细菌和mev的药剂中，mev可以与药剂的细菌来自相同的细菌起源(例如，相同的菌株)。药剂可以包含来自一个或多个菌株的细菌和/或mev。
[1440]
在一些实施例中，对药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌进行修饰以降低毒性或其他不利影响；提高递送(例如口服递送)(例如，通过改良耐酸性、黏液黏着性和/或渗透性和/或对胆汁酸的抗性、消化酶、对抗微生物肽的抗性和/或抗体中和)；靶向所需细胞类型(例如，m细胞、杯状细胞、肠上皮细胞、树突细胞、巨噬细胞)；增强细菌和/或mev的免疫调节和/或治疗效果(例如单独或与另一治疗剂组合)；和/或通过细菌和/或mev(如smev和/或pmev)(例如通过修饰地产生多糖、纤毛、伞毛、黏附素)增强免疫活化或抑制。在一些实施例中，本文描述的工程改造的细菌被修饰以改善细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)制造(例如，更高的耐氧性、稳定性、改善的冻融耐受性、较短的产生时间)。例如，在一些实施例中，本文描述的工程改造的细菌包括具有一种或多种遗传改变的细菌，此改变包含于细菌染色体或内源性质粒和/或一或多个外源性质粒上的一或多个核苷酸的插入、删除、易位或取代，或其任何组合，其中该遗传改变可导致一或多个基因的过表达和/或低表达。工程改造的细菌可使用本领域中已知的任何技术产生，包括(但不限于)定点诱变、转座子诱变、敲除、敲入、聚合酶链反应诱变、化学诱变、紫外线诱变、转形(化学或通过电穿孔)、噬菌体转导、定向演化或其任何组合。
[1441]
可用作本文描述的药剂的细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)来源的细菌的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的实例是本文提供的术语(例如，表1、表2和/或表3和/或说明书中其他地方(例如，表j)列举的)。在一些实施例中，细菌菌株是具有与本文列举的菌株有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性的基因组的细菌菌株。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是肿瘤营养性细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是免疫调节细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是免疫刺激细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是免疫抑制细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是免疫调节细菌。在某些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是从本文提供的细菌菌株的组合产生的。在一些实施例中，组合是至少2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45或50个细菌菌株的组合。在一些实施例中，组合包括药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌，该细菌来自本文列举的细菌菌株和/或具有与本文列举的(例如，表1、表2和/或表3中列举的和/或说明书中其他地方(例如，表j)列举的)菌株有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性的基因组的细菌菌株。在某些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是从本文提供的细菌菌株产生的。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌来自本文列举的(例如，表1、表2和/或表3中列举的和/或说明书中其他地方(例如，表j)列举的)细菌菌株和/或具有与本文列举的(例如，表1、表2和/或表3中列举的和/或说明书中其他地方(例如，表j)列举的)菌株有至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.1％、99.2％、99.3％、99.4％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性的基因组的细菌菌株。
[1442]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是革兰氏阴性细菌。
[1443]
在一些实施例中，革兰氏阴性细菌属于negativicutes纲。negativicutes代表微生物的一个独特纲，因为它们是厚壁菌门中唯一的双层成员。这些厌氧生物可以在环境中发现，并且是人口腔和胃肠道的正常共生体。由于这些生物体具有外膜，因此对该纲的ev产率进行了研究。发现在以每个细胞为基础，这些细菌产生大量的囊泡(10-150ev/细胞)。来自这些生物的ev在体外测定中具有广泛的刺激性和高效力。对其在几种肿瘤学和炎症体内模型中治疗性应用的研究显示了其治疗性潜力。negativicutes纲包括以下科：韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科和sporomusaceae科。negativicutes纲包括巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属和氨基酸球菌属。示例性negativicutes物种包括但不限于巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、和propionospora属物种。
[1444]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是革兰氏阳性细菌。
[1445]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是需氧细菌。
[1446]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是厌氧细菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含专性厌氧菌。在一些实施例中，厌氧细菌包含兼性厌氧菌。
[1447]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是嗜酸细菌。
[1448]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是嗜碱细菌。
[1449]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是嗜中性细菌。
[1450]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是难养细菌。
[1451]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是非难养细菌。
[1452]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身是经冻干的。
[1453]
在一些实施例中，将药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身经γ照射(例如，以17.5或25kgy)。
[1454]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身是经uv照射的。
[1455]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身是是经热灭活的(例如，在50℃下持续两小时或在90℃下持续两小时)。
[1456]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身是经酸处理的。
[1457]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌或mev自身是经氧喷射的(例如，以0.1vvm进行两小时)。
[1458]
生长阶段会影响细菌和/或细菌产生的mev的数量或性质。例如，在本文提供的mev制备方法中，可以例如在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时从培养物中分离mev。
[1459]
在某些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌获得自专性厌氧细菌。专性厌氧细菌的实例包括革兰氏阴性杆菌(包括拟杆菌属、普雷沃菌属、卟啉单胞菌属、梭杆菌属、嗜胆菌属及萨特氏菌属物种)、革兰氏阳性球菌(主要为消化链球菌属)、革兰氏阳性孢子形成菌(梭菌属)、非孢子形成杆菌(放线菌属、丙酸杆菌属、真杆菌属、乳杆菌属及双歧杆菌属)及革兰氏阴性球菌(主要为韦荣氏球菌属)。在一些实施例中，专性厌氧细菌是选自由以下组成的组的属的细菌：阿加萨杆菌属、奇异菌属(atopobium)、布劳特氏菌属(blautia)、伯克霍尔德菌属(burkholderia)、迪尔莫菌属(dielma)、长链菌属(longicatena)、副梭菌属(paraclostridium)、苏黎世杆菌属(turicibacter)及泰泽菌属(tyzzerella)。
[1460]
negativicutes纲包括以下科：韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科和sporomusaceae科。negativicutes纲包括巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属和氨基酸球菌属。示例性negativicutes物种包括但不限于巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、和propionospora属物种。
[1461]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于negativicutes纲。
[1462]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于韦荣氏球菌科。
[1463]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于月形单胞菌科。
[1464]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于氨基酸球菌科。
[1465]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于sporomusaceae科。
[1466]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于巨球形菌属。
[1467]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于月形单胞菌属。
[1468]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于propionospora属。
[1469]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于氨基酸球菌属。
[1470]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是巨型球菌属物种细菌。
[1471]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是菲利克斯月形单胞菌细菌。
[1472]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是肠氨基酸球菌细菌。
[1473]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是propionospora属物种细菌。
[1474]
微生物梭菌纲中的颤螺旋菌科是脊椎动物的常见共生生物。
[1475]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲。
[1476]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于颤螺旋菌科。
[1477]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于粪杆菌属。
[1478]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于fournierella属。
[1479]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于harryflintia属。
[1480]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于阿加萨杆菌属。
[1481]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是普氏栖粪杆菌(普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[1482]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[1483]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[1484]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[1485]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是选自由以下组成的组的属的细菌：大肠杆菌属、克雷伯氏菌属、乳杆菌属、志贺氏菌属和葡萄球菌属。
[1486]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是选自由以下组成的组的物种：马赛布劳特氏菌(blautia massiliensis)、解苯副梭菌(paraclostridium benzoelyticum)、dielma fastidiosa、longicatena caecimuris、乳酸乳球菌乳脂亚种、纳西利斯泰泽菌(tyzzerella nexilis)、hungatella effluvia、类肺炎克雷伯氏菌拟肺炎亚种(klebsiella quasipneumoniae subsp.similipneumoniae)、产酸克雷伯菌(klebsiella oxytoca)、和当别町韦荣氏球菌(veillonella tobetsuensis)。
[1487]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是普雷沃菌属细菌，该普雷沃菌属细菌选自由以下组成的组：阿尔伯普雷沃菌、羊水普雷沃菌、卑尔根普雷沃菌、二路普雷沃菌、短普雷沃菌、布氏普雷沃菌、颊普雷沃菌、口颊普雷沃菌、粪便普雷沃菌、牙普雷沃菌、栖牙普雷沃菌、解糖胨普雷沃菌、栖组织普雷沃菌、中间普雷沃菌、小斑点普雷沃菌、马斯普雷沃菌、产黑普雷沃菌、彩虹普雷沃菌、多形普雷沃菌、变黑普雷沃菌、口腔普雷沃菌、口普雷沃菌、龈炎普雷沃菌、苍白普雷沃菌、唾液普雷沃菌、斯特塞拉普雷沃菌、坦纳普雷沃菌、蒂莫普雷沃菌、空肠普雷沃菌、橙色普雷沃菌、保氏普雷沃菌、着色普雷沃菌、人体普雷沃菌、丹塔普雷沃菌、栖居普雷沃菌、斐氏普雷沃菌、深黑色普雷沃菌、解肝素普雷沃菌、洛氏普雷沃菌、嗜糖普雷沃菌、南锡普雷沃菌、稻普雷沃菌、沼泽普雷沃菌、胸膜炎普雷沃菌、栖瘤胃普雷沃菌、解糖普雷沃菌、靶心普雷沃菌、赛赫普雷沃菌、动胶普雷沃菌和真空腔普雷沃菌。
[1488]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是如下细菌菌株，该细菌菌株包含如下基因组序列，所述基因组序列与表3中提供的以atcc保藏号保藏的细菌菌株的基因组序列具有至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一
性)。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是如下细菌菌株，该细菌菌株包含如下16s序列，所述16s序列与表3中提供的以atcc保藏号保藏的细菌菌株的16s序列具有至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)。
[1489]
negativicutes纲包括以下科：韦荣氏球菌科、月形单胞菌科、氨基酸球菌科和sporomusaceae科。negativicutes纲包括巨型球菌属、月形单胞菌属、propionospora属和氨基酸球菌属。示例性negativicutes物种包括但不限于巨型球菌属物种、菲利克斯月形单胞菌、肠氨基酸球菌、和propionospora属物种。
[1490]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于negativicutes纲。
[1491]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于韦荣氏球菌科。
[1492]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于月形单胞菌科。
[1493]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于氨基酸球菌科。
[1494]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于sporomusaceae科。
[1495]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于巨球形菌属。
[1496]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于月形单胞菌属。
[1497]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于propionospora属。
[1498]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于氨基酸球菌属。
[1499]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是巨型球菌属物种细菌。
[1500]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是菲利克斯月形单胞菌细菌。
[1501]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是肠氨基酸球菌细菌。
[1502]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是propionospora属物种细菌。
[1503]
微生物梭菌纲中的颤螺旋菌科是脊椎动物的常见共生生物。
[1504]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲。
[1505]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于颤螺旋菌科。
[1506]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于粪杆菌属。
[1507]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于fournierella属。
[1508]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于harryflintia属。
[1509]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于阿加萨杆菌属。
[1510]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是普氏栖粪杆菌(普氏栖粪杆菌菌株a)细菌。
[1511]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是fournierella massiliensis(例如，fournierella massiliensis菌株a)细菌。
[1512]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是harryflintia acetispora(例如，harryflintia acetispora菌株a)细菌。
[1513]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是阿加萨杆菌属物种(例如，阿加萨杆菌属物种菌株a)细菌。
[1514]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是阿加萨杆菌属物种的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是与阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)的核苷酸序列(例如，基因组序列、16s序列、crispr序列)具有至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％序列同一性(例如，至少99.5％序列同一性、至少99.6％序列同一性、至少99.7％序列同一性、至少99.8％序列同一性、至少99.9％序列同一性)的菌株。在一些实施例中，阿加萨杆菌属物种菌株是阿加萨杆菌属物种菌株a(atcc保藏号pta-125892)细菌。
[1515]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于拟杆菌纲[拟杆菌门]。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是拟杆菌目的细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于紫单胞菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于普雷沃菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是拟杆菌纲的细菌，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是拟杆菌纲、革兰氏阴性染色的细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是拟杆菌纲的细菌，其中细菌是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1516]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是梭菌纲[厚壁菌门]的细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于真细菌目。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于颤螺旋菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于毛螺菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于消化链球菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌目xiii科/地位未定41。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲、革兰氏阳性染色。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于梭菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是单层的并且该细菌是革兰氏阳性染色。
[1517]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于negativicutes纲[厚壁菌门]。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于韦荣氏球菌目。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于韦荣氏球菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于selenomonadales目。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是月形单胞菌科的细菌。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于sporomusaceae科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于negativicutes纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于药剂的细菌或药剂的
mev自其获得的细菌是来自negativicutes纲的细菌的ev，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1518]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌纲[互养菌门]。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌目。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌科。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌纲、革兰氏阴性染色。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌属于互养菌纲，其中细菌的细胞被膜结构是双层的并且该细菌是革兰氏阴性染色。
[1519]
在某些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌来自一种细菌菌株，例如本文提供的一种菌株。
[1520]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌来自一种细菌菌株(例如本文提供的一种菌株)或来自本文提供的一种以上的菌株。
[1521]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是乳酸乳球菌乳脂亚种细菌，例如与乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)的核苷酸序列有至少90％或至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是乳球菌属细菌，例如乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(atcc指定编号pta-125368)。
[1522]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是普雷沃菌属细菌，例如包含与普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的核苷酸序列具有至少90％或至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是普雷沃菌属细菌，例如普雷沃菌属菌株b50329(nrrl登录号b 50329)。
[1523]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是双歧杆菌属细菌，例如与以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌的核苷酸序列有至少90％或至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是双歧杆菌属细菌，例如以atcc指定编号pta-125097保藏的双歧杆菌属细菌。
[1524]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是韦荣球氏菌属细菌，例如与以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣球氏菌属细菌的核苷酸序列有至少90％或至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是韦荣球氏菌属细菌，例如以atcc指定编号pta-125691保藏的韦荣球氏菌属细菌。
[1525]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是活泼瘤胃球菌。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是与以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，活泼瘤胃球菌细菌是以atcc指定编号pta-126695保藏的活泼瘤胃球菌细菌。
[1526]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是巨型球菌属物种细菌。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是与以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，巨型球菌属物种细菌是以atcc指定编号pta-126770保藏的巨型球菌属物种细菌。
[1527]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是fournierella massiliensis细菌。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是与以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，fournierella massiliensis细菌是以atcc指定编号pta-126696保藏的fournierella massiliensis细菌。
[1528]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是harryflintia acetispora细菌。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少90％(或至少97％)基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是与以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌的核苷酸序列有至少99％基因组、16s和/或crispr序列同一性的菌株。在一些实施例中，harryflintia acetispora细菌是以atcc指定编号pta-126694保藏的harryflintia acetispora细菌。
[1529]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是产生代谢产物的细菌，例如，细菌产生丁酸、肌苷、丙酸、或色氨酸代谢产物。
[1530]
在一些实施例中，细菌产生丁酸。在一些实施例中，细菌来自布劳特氏菌属；克里斯滕森菌属；粪球菌属；真杆菌属；毛螺菌科；巨型球菌属；或罗斯氏菌属。
[1531]
在一些实施例中，细菌产生肌苷。在一些实施例中，细菌来自双歧杆菌属；乳杆菌属；或欧陆森氏菌属。
[1532]
在一些实施例中，细菌产生丙酸。在一些实施例中，细菌来自阿克曼氏菌属；拟杆菌属；戴阿利斯特菌属；真杆菌属；巨型球菌属；副拟杆菌属；普雷沃菌属；瘤胃球菌属；或韦荣氏球菌属。
[1533]
在一些实施例中，细菌产生色氨酸代谢产物。在一些实施例中，细菌来自乳杆菌属或消化链球菌属。
[1534]
在一些实施例中，药剂的细菌或药剂的mev自其获得的细菌是产生组蛋白脱乙酰基酶3(hdac3)的抑制剂的细菌。在一些实施例中，细菌来自物种bariatricus massiliensis、普氏栖粪杆菌、马赛巨型球菌或肠罗斯氏菌。
[1535]
表1：细菌，按纲分
[1536]
[1537]
[1538]
[1539]
[1540]
[1541]
[1542][1543]
表2：示例性细菌菌株
[1544]
[1545]
[1546]
[1547]
[1548]
[1549]
[1550]
[1551]
[1552]
[1553]
[1554]
[1555]
[1556]
[1557]
[1558]
[1559]
[1560]
[1561]
[1562]
[1563]
[1564]
[1565]
[1566]
[1567]
[1568]
[1569]
[1570]
[1571]
[1572]
[1573]
[1574]
[1575]
[1576]
[1577]
[1578]
[1579][1580]
表3：示例性细菌菌株
[1581]
[1582][1583]
经修饰的细菌和mev
[1584]
在一些方面，本文描述的细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)经修饰，使得它们包含、连接至和/或结合治疗性部分。
[1585]
在一些实施例中，治疗性部分是癌症特异性部分。在一些实施例中，癌症特异性部分对癌细胞具有结合特异性(例如对癌症特异性抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，癌症特异性部分包含抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，癌症特异性部分包含t细胞受体或嵌合抗原受体(car)。在一些实施例中，癌症特异性部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在一些实施例中，癌症特异性部分是二分(bipartite)融合蛋白，其具有两个部分：结合至和/或连接至细菌的第一部分及可结合至癌细胞(例如通过对癌症特异性抗原具有结合特异性)的第二部分。在一些实施例中，第一部分是全长肽聚糖识别蛋白(诸如pgrp)的片段或全长肽聚糖识别蛋白。在一些实施例中，第一部分对mev具有结合特异性(例如通过对细菌抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，第一和/或第二部分包含抗体或其抗原结合片段。在一些实施例中，第一和/或第二部分包含t细胞受体或嵌合抗原受体(car)。在一些实施例中，第一和/或第二部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在某些实施例中，癌症特异性部分及药剂的共施用(组合施用或分开施用)增加药剂靶向癌细胞。
[1586]
在一些实施例中，本文描述的细菌和/或mev可以是经修饰的，使得它们包含、连接至和/或结合磁性和/或顺磁性部分(例如磁珠)。在一些实施例中，磁性和/或顺磁性部分包含细菌和/或直接连接至细菌。在一些实施例中，磁性和/或顺磁性部分连接至结合至细菌或mev的细菌或mev结合部分的一部分和/或为结合至细菌或mev的细菌或mev结合部分的一部分。在一些实施例中，细菌或mev结合部分是全长肽聚糖识别蛋白(诸如pgrp)的片段或全长肽聚糖识别蛋白。在一些实施例中，细菌或mev结合部分具有对细菌或mev的结合特异性(例如通过对细菌抗原具有结合特异性)。在一些实施例中，细菌或mev结合部分包含抗体或
其抗原结合片段。在一些实施例中，细菌或mev结合部分包含t细胞受体或嵌合抗原受体(car)。在一些实施例中，细菌或mev结合部分包含表达于癌细胞表面上受体的配体或其受体结合片段。在某些实施例中，磁性和/或顺磁性部分及细菌或mev的共施用(一起施用或分开施用)可用以增加mev靶向(例如靶向癌症细胞和/或受试者存在癌细胞的一部分)。
[1587]
经加工的微生物胞外囊泡(pmev)的产生
[1588]
在某些方面，本文描述的pmev可以使用本领域已知的任何方法制备。
[1589]
在一些实施例中，在没有pmev纯化步骤的情况下制备pmev。例如，在一些实施例中，本文描述的pmev自其释放的细菌通过使用让细菌pmev保持完整的方法被杀死且将所得的细菌组分(包括pmev)用于本文描述的方法及组合物中。在一些实施例中，这些细菌通过使用抗生素(例如，使用本文描述的抗生素)被杀死。在一些实施例中，这些细菌通过使用uv照射被杀死。
[1590]
在一些实施例中，本文所述的pmev纯化自一种或多种其他细菌组分。从细菌(和任选的其他细菌组分)纯化pmev的方法是本领域已知的。在一些实施例中，pmev通过使用thein,等人.(j.proteome res.[蛋白质组学研究杂志]9(12):6135-6147(2010))或sandrini,等人.(bio-protocol[生物方案]4(21):e1287(2014))中描述的方法从细菌培养物制备，这些文献的各者以全文引用的方式并入本文中。在一些实施例中，这些细菌经培养至高光密度及然后经离心以使细菌集结成粒(例如，在室温或4℃下10,000-15,000x g 10-15分钟)。在一些实施例中，丢弃上清液，并将细胞沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于补充有1mg/ml dna酶i的100mm tris-hcl(ph 7.5)中。在一些实施例中，在制造商建议的条件下使用emulsiflex c-3(奥维斯丁公司(avestin,inc.))裂解细胞。在一些实施例中，通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。在一些实施例中，然后将上清液在4℃下以120,000x g离心1小时。在一些实施例中，将沉淀物重悬于冰冷的ph 11的100mm碳酸钠中，在4℃下搅拌孵育1小时，然后在4℃下以120,000x g离心1小时。在一些实施例中，将沉淀重悬于ph 7.5的100mm tris-hcl中，在4℃下以120,000x g再离心20分钟，然后重悬于0.1m tris-hcl(ph 7.5)中或于pbs中。在一些实施例中，样品被存储在-20℃。
[1591]
在某些方面，pmev是通过改编自sandrini等人(2014年)的方法获得的。在一些实施例中，细菌培养物在室温或4℃下以10,000-15,500x g离心10-15分钟。在一些实施例中，将细胞沉淀物在-80℃冷冻，并丢弃上清液。在一些实施例中，将细胞沉淀物在冰上解冻，并重悬于10mm tris-hcl(ph 8.0)、补充有0.1mg/ml溶菌酶的1mm edta中。在一些实施例中，将样品在室温或37℃下混合孵育30分钟。在一些实施例中，将样品在-80℃下再次冷冻并再次在冰上解冻。在一些实施例中，添加dna酶i至终浓度为1.6mg/ml，并添加mgcl2至终浓度为100mm。在一些实施例中，使用qsonica q500超声仪以30秒开启和30秒关闭的7个循环对样品进行超声处理。在一些实施例中，通过在4℃下以10,000x g离心15分钟来沉淀碎片和未裂解的细胞。在一些实施例中，然后将上清液在4℃下以110,000x g离心15分钟。在一些实施例中，将沉淀重悬于10mm tris-hcl(ph 8.0)、2％曲通x-100中，并在室温下混合孵育30-60分钟。在一些实施例中，将样品在4℃下以110,000x g离心15分钟。在一些实施例中，将沉淀物重悬于pbs中并储存在-20℃。
[1592]
在某些方面，本文所述的形成(例如，制备)分离的细菌pmev的方法包括以下步骤：
(a)离心细菌培养物，从而形成第一沉淀物和第一上清液，其中该第一沉淀物包含细胞；(b)丢弃该第一上清液；(c)将该第一沉淀物重悬于溶液中；(d)裂解细胞；(e)离心裂解的细胞，从而形成第二沉淀物和第二上清液；(f)丢弃该第二沉淀物并离心该第二上清液，从而形成第三沉淀物和第三上清液；(g)丢弃该第三上清液并将该第三沉淀物重悬于第二溶液中，从而形成分离的细菌pmev。
[1593]
在一些实施例中，方法还包括以下步骤：(h)离心步骤(g)的溶液，从而形成第四沉淀物和第四上清液；(i)丢弃该第四上清液，并将该第四沉淀物重悬于第三溶液中。在一些实施例中，方法还包括以下步骤：(j)离心步骤(i)的溶液，从而形成第五沉淀物和第五上清液；和(k)丢弃该第五上清液，并将该第五沉淀物重悬于第四溶液中。
[1594]
在一些实施例中，步骤(a)的离心是以10,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(a)的离心进行10-15分钟。在一些实施例中，步骤(a)的离心是在4℃或室温下进行的。在一些实施例中，步骤(b)还包括将第一沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，步骤(c)中的溶液是补充有1mg/ml dna酶i的100mm tris-hcl(ph 7.5)。在一些实施例中，步骤(c)中的溶液是10mm tris-hcl(ph 8.0)、1mm edta，补充有0.1mg/ml溶菌酶。在一些实施例中，步骤(c)还包括在37℃或室温下孵育30分钟。在一些实施例中，步骤(c)还包括将第一沉淀物在-80℃冷冻。在一些实施例中，步骤(c)还包括将dna酶i添加至1.6mg/ml的终浓度。在一些实施例中，步骤(c)还包括添加mgcl2至100mm的终浓度。在一些实施例中，在步骤(d)中通过匀浆裂解细胞。在一些实施例中，在步骤(d)中通过emulsiflex c3裂解细胞。在一些实施例中，在步骤(d)中通过超声裂解细胞。在一些实施例中，将细胞超声处理7个循环，其中每个循环包括30秒的超声处理和30秒的不超声处理。在一些实施例中，步骤(e)的离心是以10,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(e)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(e)的离心是在4℃或室温下进行的。
[1595]
在一些实施例中，步骤(f)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(f)的离心是以110,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(f)的离心进行1小时。在一些实施例中，步骤(f)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(f)的离心是在4℃或室温下进行的。在一些实施例中，步骤(g)中的第二溶液是ph 11的100mm碳酸钠。在一些实施例中，步骤(g)中的第二溶液是10mm tris-hcl ph 8.0、2％曲通x-100。在一些实施例中，步骤(g)还包括将溶液在4℃下孵育1小时。在一些实施例中，步骤(g)还包括将溶液在室温下孵育30-60分钟。在一些实施例中，步骤(h)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(h)的离心是以110,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(h)的离心进行1小时。在一些实施例中，步骤(h)的离心进行15分钟。在一些实施例中，步骤(h)的离心是在4℃或室温下进行的。在一些实施例中，步骤(i)中的第三溶液是100mm tris-hcl(ph 7.5)。在一些实施例中，步骤(i)中的第三溶液是pbs。在一些实施例中，步骤(j)的离心是以120,000x g进行的。在一些实施例中，步骤(j)的离心进行20分钟。在一些实施例中，步骤(j)的离心是在4℃或室温下进行的。在一些实施例中，步骤(k)中的第四溶液是100mm tris-hcl(ph 7.5)或pbs。
[1596]
通过本文提供的方法获得的pmev可通过基于尺寸的柱色谱法、通过亲和色谱法及通过梯度超离心，使用可包括但不限于使用蔗糖梯度或optiprep梯度的方法加以进一步纯化。简言之，在使用蔗糖梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，将沉淀物重悬于60％蔗糖、30mm ph 8.0tris中。如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使
用amicon ultra柱将浓缩物缓冲液交换至60％蔗糖、30mm ph 8.0tris中。将样品施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000
×
g离心持续3-24小时。简言之，在使用optiprep梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，则将集结粒重悬于pbs中的35％optiprep中。在一些实施例中，如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用60％optiprep将浓缩物稀释至最终浓度为35％optiprep。将样品施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000
×
g离心持续3-24小时。
[1597]
在一些实施例中，为证实pmev制剂的无菌性及分离，将pmev连续稀释至琼脂培养基(其用于测试中的细菌的例行培养)上，并使用例行条件进行培养。使未经灭菌的制剂通过0.22um过滤器以去除完整细胞。为进一步增加纯度，分离的pmev可用dna酶或蛋白酶k处理。
[1598]
在一些实施例中，pmev制剂的无菌性可通过将一部分pmev接种至琼脂培养基(其用于用以产生pmev的细菌的标准培养)上及使用标准条件进行培养加以证实。
[1599]
在一些实施例中，通过色谱法及pmev上的结合表面部分来分离所选pmev并富集。在其他实施例中，所选pmev通过荧光细胞分选通过使用亲和试剂、化学染料、重组蛋白的方法或本领域技术人员已知的其他方法分离和/或富集。
[1600]
可以对pmev进行分析，例如，如jeppesen等人cell[细胞]177:428(2019)所述。
[1601]
在一些实施例中，pmev被冻干。
[1602]
在一些实施例中，pmev经γ照射(例如，以17.5或25kgy)。
[1603]
在一些实施例中，pmev被uv照射。
[1604]
在一些实施例中，pmev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[1605]
在一些实施例中，pmev被酸处理。
[1606]
在一些实施例中，pmev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[1607]
生长阶段会影响细菌的数量或性质。例如，在本文提供的pmev制备方法中，可以例如在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时从培养物中分离pmev。
[1608]
分泌型微生物胞外囊泡(smev)的产生
[1609]
在某些方面，本文描述的smev可以使用本领域已知的任何方法制备。
[1610]
在一些实施例中，在没有smev纯化步骤的情况下制备smev。例如，在一些实施例中，本文描述的细菌通过使用让smev保持完整的方法被杀死且将所得的细菌组分(包括smev)用于本文描述的方法及组合物中。在一些实施例中，这些细菌通过使用抗生素(例如，使用本文描述的抗生素)被杀死。在一些实施例中，这些细菌通过使用uv照射被杀死。在一些实施例中，细菌被热杀死。
[1611]
在一些实施例中，本文所述的smev纯化自一种或多种其他细菌组分。用于自细菌纯化smev的方法为本领域中已知。在一些实施例中，smev通过使用s.bin park等人,plos one.6(3):e17629(2011)或g.norheim等人,plos one.[公共科学图书馆
·
综合]10(9):e0134353(2015)或jeppesen等人cell[细胞]177:428(2019)中描述的方法制备自细菌培养物，这些文献的各者以全文引用的方式并入本文中。在一些实施例中，这些细菌经培养至高光密度及然后经离心以使细菌沉淀(例如，在4℃下以10,000x g离心30min，在4℃下以15,500x g离心15min)。在一些实施例中，然后使培养上清液通过过滤器以排除完整细菌细胞
(例如，0.22μm过滤器)。在一些实施例中，然后对上清液进行切向流过滤，在此过程中，将上清液浓缩，除去小于100kda的物质，并用pbs对培养基进行部分交换。在一些实施例中，经过滤的上清液经离心以使细菌smev沉淀(例如，在4℃下以100,000至150,000x g离心1至3小时，在4℃下以200,000x g离心1至3小时)。在一些实施例中，这些smev通过重悬所得smev沉淀物(例如，于pbs中)，并将重悬的smev施用至optiprep(碘克沙醇)梯度或梯度(例如30％至60％不连续的梯度、0-45％不连续的梯度)，接着离心(例如，在4℃下以200,000x g离心4至20小时)加以进一步纯化。可以收集smev带，用pbs稀释并离心以使smev沉淀(例如，在4℃下以150,000x g离心3小时，在4℃下以200,000x g离心1小时)。纯化的smev可经储存(例如，在-80℃或-20℃下)直至使用。在一些实施例中，这些smev通过用dna酶和/或蛋白酶k处理加以进一步纯化。
[1612]
例如，在一些实施例中，细菌的培养物可在4℃下以11,000x g离心20至40分钟以使细菌沉淀。可使培养上清液通过0.22μm过滤器以排除完整细菌细胞。然后可使用可包括但不限于硫酸铵沉淀、超离心或过滤的方法浓缩经过滤的上清液。例如，就硫酸铵沉淀而言，可将1.5-3m硫酸铵缓慢添加至经过滤的上清液，同时在4℃下搅拌。可在4℃下将沉淀培养8至48小时及然后在4℃下以11,000x g离心20至40分钟。所得沉淀物含有细菌smev及其他碎片。可使用超离心，经过滤的上清液在4℃下以100,000至200,000x g离心1至16小时。此离心的沉淀物含有细菌smev和其他碎片(例如大蛋白复合物)。在一些实施例中，使用过滤技术，如通过使用amicon超自旋过滤器或通过切向流过滤，上清液可经过滤以便于保留分子量》50或100kda的物质。
[1613]
可替代地，例如通过将生物反应器连接至细胞培养交替切向流(atf)系统(例如来自repligen的xcell atf)，可在生长期间或在生长期间的选定时间点，从细菌培养物连续获得smev。该atf系统保留完整细胞(》0.22um)于生物反应器中，及容许较小组分(例如，smev、游离蛋白质)通过过滤器以供收集。例如，该系统可经结构设计使得《0.22um滤液然后通过100kda的第二过滤器，容许收集如在0.22μm与100kda之间的smev的物质，并将小于100kda的种类泵送回生物反应器中。可替代地，该系统可经结构设计以容许生物反应器中的培养基在培养物的生长期间得到补充和/或修饰。通过此方法收集的smev可通过如上文描述用于经过滤的上清液的超离心或过滤进行进一步纯化和/或浓缩。
[1614]
通过本文提供的方法获得的smev可通过基于尺寸的柱色谱法、通过亲和色谱法、通过离子交换色谱法及通过梯度超离心，使用可包括但不限于使用蔗糖梯度或optiprep梯度的方法加以进一步纯化。简言之，在使用蔗糖梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，将沉淀物重悬于60％蔗糖、30mm ph 8.0tris中。如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用amicon ultra柱将浓缩物缓冲液交换至60％蔗糖、30mm ph 8.0tris中。将样品施加至35％-60％不连续蔗糖梯度中并在4℃下以200,000
×
g离心持续3-24小时。简而言之，在使用optiprep梯度方法时，如果使用硫酸铵沉淀或超离心来浓缩经过滤上清液，则将沉淀物重悬于pbs中并向样品中添加3体积的60％optiprep。在一些实施例中，如果使用过滤来浓缩经过滤上清液，则使用60％optiprep将浓缩物稀释至最终浓度为35％optiprep。将样品施加至0-45％不连续的optiprep梯度，并在4℃下以200,000x g离心3至24小时，例如，在4℃下离心4至24小时。
[1615]
在一些实施例中，为证实smev制剂的无菌性及分离，将smev连续稀释至琼脂培养
基(其用于测试中的细菌的例行培养)上，并使用例行条件进行培养。使未经灭菌的制剂通过0.22um过滤器以去除完整细胞。为进一步增加纯度，分离的smev可用dna酶或蛋白酶k处理。
[1616]
在一些实施例中，为制备用于体内注射的smev，纯化的smev如先前描述进行处理(g.norheim等人,plos one.[公共科学图书馆
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综合]10(9):e0134353(2015))。简而言之，在蔗糖梯度离心后，将含有smev的带于含有3％蔗糖的溶液中或本领域技术人员已知的适用于体内注射的其他溶液中重悬于50μg/ml的终浓度。此溶液还可含有浓度为0-0.5％(w/v)的佐剂(例如氢氧化铝)。在一些实施例中，为了制备用于体内注射的smev，将pbs中的smev无菌过滤至《0.22um。
[1617]
在某些实施例中，为制备与其他测试(例如用以在tem成像或活体外分析之前去除蔗糖)兼容的样本，使用过滤(例如，amicon ultra柱)将样本缓冲液交换至pbs或30mm ph 8.0tris中，透析，或超离心(200,000
×
g，≥3小时，4℃)并重悬。
[1618]
在一些实施例中，smev制剂的无菌性可通过将一部分smev接种至琼脂培养基(其用于用以产生smev的细菌的标准培养)上及使用标准条件进行培养加以证实。
[1619]
在一些实施例中，通过色谱法及smev上的结合表面部分来分离所选smev并富集。在其他实施例中，所选smev通过荧光细胞分选通过使用亲和试剂、化学染料、重组蛋白的方法或本领域技术人员已知的其他方法分离和/或富集。
[1620]
可以对smev进行分析，例如，如jeppesen等人cell[细胞]177:428(2019)所述。
[1621]
在一些实施例中，smev被冻干。
[1622]
在一些实施例中，smev经γ照射(例如，以17.5或25kgy)。
[1623]
在一些实施例中，smev被uv照射。
[1624]
在一些实施例中，smev经热灭活(例如，在50℃下两小时或在90℃下两小时)。
[1625]
在一些实施例中，smev被酸处理。
[1626]
在一些实施例中，smev经氧喷射(例如，以0.1vvm持续两小时)。
[1627]
生长阶段会影响细菌和/或细菌产生的smev的数量或性质。例如，在本文提供的smev制备方法中，可以例如在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时从培养物中分离smev。
[1628]
生长环境(如培养条件)可影响细菌产生smev的量。例如，smev诱导因子可以增加smev的产率，如表4所示。
[1629]
表4：增加smev产率的培养技术
[1630]
[1631][1632]
在本文提供的制备smev的方法中，该方法可任选地包括在从细菌培养物中分离smev之前，将细菌培养物暴露于smev诱导因子。细菌培养物可以在对数生长期开始时、在对数生长期的中间时、和/或一旦达到稳定生长期时暴露于smev诱导因子。
[1633]
固体剂型组合物
[1634]
在某些实施例中，本文提供了包含药剂的固体剂型，该药剂含有细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)。在一些实施例中，药剂可以任选地包含一种或多种另外的组分，例如冷冻保护剂。可以将药剂冻干(例如，产生粉末)。药剂可以与固体剂型中的一种或多种赋形剂(例如药学上可接受的赋形剂)组合。在一些实施例中，药剂可以是(或存在于)药品、医疗食品、食品或膳食补充剂中。
[1635]
在某些实施例中，本文提供了包含含有细菌的药剂的固体剂型。细菌可以是活细菌(例如，其粉末或生物质)；非活(经杀灭)细菌(例如，其粉末或生物质)；非复制型细菌(例如，其粉末或生物质)；经γ照射的细菌(例如，其粉末或其生物质)；和/或冻干细菌(例如，其粉末或生物质)。
[1636]
在某些实施例中，本文提供了包含含有mev的药剂的固体剂型。mev可来自培养基(例如，培养上清液)。mev可来自活细菌(例如，其粉末或生物质)；mev可来自非活(经杀灭)细菌(例如，其粉末或生物质)；mev可来自非复制型细菌(例如，其粉末或生物质)；mev可来自经γ照射的细菌(例如，其粉末或生物质)；和/或mev可来自冻干细菌(例如，其粉末或生物质)。
[1637]
在一些实施例中，药剂包含基本上或完全不含细菌(例如，整个细菌)(例如，活细菌、经杀灭(例如，被杀死的)细菌、非复制型细菌、减毒细菌)的mev。在一些实施例中，药剂包含mev及细菌(例如，完整细菌)(例如，活细菌、被杀死的细菌、减毒细菌)。在一些实施例中，药剂包含来自本文列举的细菌菌株或物种中的一种或多种(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多)的细菌和/或mev。在一些实施例中，药剂包含来自本文列举的细菌菌株或物种中
的一种的细菌和/或mev。在一些实施例中，药剂包含冻干细菌和/或mev。在一些实施例中，药剂包含经γ照射的细菌和/或mev。mev(如smev和/或pmev)可以在mev被分离(如制备)之后进行γ照射。
[1638]
在一些实施例中，为定量样品中存在的mev(例如smev和/或pmev)和/或细菌的数量，可使用电子显微术(例如，超薄冷冻切片的em)以观测mev(例如smev和/或pmev)和/或细菌并计数它们的相对数量。可替代地，可使用纳米颗粒跟踪分析(nta)、库尔特计数或动态光散射(dls)或这些技术的组合。nta及库尔特计数器计数颗粒并显示它们的尺寸。dls给出颗粒的粒度分布，而非浓度。细菌通常具有1至2um(微米)的直径。完整范围是0.2至20um。来自库尔特计数及nta的组合结果可揭示给定样品中的细菌和/或mev(如smev和/或pmev)数量。库尔特计数揭示具有0.7至10um的直径的颗粒的数量。对于大多数细菌和/或mev(如smev和/或pmev)样品，仅库尔特计数器就可以显示样品中细菌和/或mev(如smev和/或pmev)的数量。pmev的直径是20nm-600nm。对于nta，可以从马尔文泛分析公司(malvern pananlytical)获得nanosight仪器。例如，ns300可以在10-2000nm范围内可视化和测量悬浮液中的颗粒。nta允许计数例如直径为50-1000nm的颗粒的数目。dls揭示具有于1nm至3um的近似范围内的不同直径的颗粒的分布。
[1639]
mev可以通过本领域已知的分析方法(例如jeppesen等人cell[细胞]177:428(2019))来表征。
[1640]
在一些实施例中，可以基于颗粒计数来量化细菌和/或mev。例如，可以使用nta测量细菌和/或mev制剂的颗粒数。
[1641]
在一些实施例中，可以基于蛋白质、脂质或碳水化合物的量来定量细菌和/或mev。例如，可以使用布拉德福德测定或bca来测量细菌和/或制剂的总蛋白含量。
[1642]
在一些实施例中，mev与源细菌或细菌培养物的一种或多种其他细菌组分分离。在一些实施例中，细菌与源细菌培养物的一种或多种其他细菌组分分离。在一些实施例中，药剂还包含其他细菌组分。
[1643]
在某些实施例中，从源细菌获得的mev制剂可基于亚群的物理特性(例如，大小、密度、蛋白含量、结合亲和力)被分级成亚群。然后可以将mev亚群中的一个或多个并入到本发明的药剂中。
[1644]
在某些方面，本文提供了包含用于治疗和/或预防疾病(例如癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或代谢性疾病)的细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)的药剂，以及制备和/或鉴定此类细菌和/或mev的方法，和使用此类药剂及其固体剂型的方法(例如，单独或与其他治疗剂组合用于治疗癌症、自身免疫性疾病、炎性疾病或代谢性疾病)。在一些实施例中，药剂包含mev(如smev和/或pmev)及细菌(例如，整个细菌)(例如，活细菌、经杀灭(例如，被杀死的)细菌、非复制型细菌、减毒细菌)。在一些实施例中，药剂包含在不存在mev(例如smev和/或pmev)的情况下的细菌。在一些实施例中，药剂包含在不存在细菌的情况下的mev(例如smev和/或pmev)。在一些实施例中，药剂包含来自本文列举的细菌菌株或物种中的一种或多种的mev(例如smev和/或pmev)和/或细菌。在一些实施例中，药剂包含来自本文列举的细菌菌株或物种中的一种的mev(例如smev和/或pmev)和/或细菌。
[1645]
在某些方面，提供了用于向受试者(例如人受试者)施用的药剂。在一些实施例中，药剂与另外的活性和/或非活性材料组合以产生最终产品，其可呈单剂量单位或呈多剂量
形式。在一些实施例中，药剂与佐剂如免疫佐剂(例如sting激动剂、tlr激动剂或nod激动剂)组合。
[1646]
在一些实施例中，固体剂型包含至少一种碳水化合物。
[1647]
在一些实施例中，固体剂型包含至少一种脂质。在一些实施例中，脂质包含至少一种选自以下的脂肪酸：月桂酸(12:0)、肉豆蔻酸(14:0)、棕榈酸(16:0)、棕榈油酸(16:1)、珍珠酸(17:0)、十七碳烯酸(17:1)、硬脂酸(18:0)、油酸(18:1)、亚油酸(18:2)、亚麻酸(18:3)、十八碳四烯酸(18:4)、花生酸(20:0)、二十碳烯酸(20:1)、二十碳二烯酸(20:2)、二十碳四烯酸(20:4)、二十碳五烯酸(20:5)(epa)、二十二烷酸(22:0)、二十二碳烯酸(22:1)、二十二碳五烯酸(22:5)、二十二碳六烯酸(22:6)(dha)及二十四烷酸(24:0)。
[1648]
在一些实施例中，固体剂型包含至少一种补充矿物质或矿物质源。矿物质的实例包括但不限于：氯化物、钠、钙、铁、铬、铜、碘、锌、镁、锰、钼、磷、钾及硒。任一前述矿物质的合适形式包含可溶性矿物质盐、微溶性矿物质盐、不溶性矿物质盐、螯合矿物质、矿物质复合物、非反应性矿物质(例如羰基矿物质及经还原矿物质)及其组合。
[1649]
在一些实施例中，固体剂型包含至少一种维生素。至少一种维生素可为脂肪可溶性或水可溶性维生素。合适维生素包括但不限于维生素c、维生素a、维生素e、维生素b12、维生素k、核黄素、烟酸(niacin)、维生素d、维生素b6、叶酸、吡哆醇(pyridoxine)、硫胺素、泛酸及生物素。任一前述物质的合适形式是维生素盐、维生素衍生物、与维生素具有相同或类似活性的化合物及维生素代谢物。
[1650]
在一些实施例中，固体剂型包含赋形剂。合适赋形剂的非限制性实例包含缓冲剂、防腐剂、稳定剂、粘结剂、压实剂、润滑剂、分散增强剂、崩解剂、调味剂、甜味剂及着色剂。
[1651]
可以包含在固体剂型中的合适赋形剂可以是本领域已知的一种或多种药学上可接受的赋形剂。例如，参见rowe,sheskey,和quinn编辑,handbook of pharmaceutical excipients[药物赋形剂手册],第六版2009；pharmaceutical press and american pharmacists association[制药出版社和美国药剂师协会]。
[1652]
固体剂型
[1653]
本文所述的固体剂型可以是，例如片剂或微型片剂。此外，多个微型片剂可以处于(例如，装入)胶囊中。
[1654]
在某些实施例中，固体剂型包含胶囊。在一些实施例中，胶囊是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。在一些实施例中，胶囊是0号胶囊。如本文所用，胶囊的尺寸是指在应用肠溶包衣之前的片剂的尺寸。在一些实施例中，在装入之后(并且在对胶囊进行肠溶包衣之前)将胶囊镶边。在一些实施例中，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[1655]
在一些实施例中，固体剂型包含片剂(》4mm)(例如5mm-17mm)。例如，片剂是5mm、6mm、7mm、8mm、9mm、10mm、11mm、12mm、13mm、14mm、15mm、16mm、17mm或18mm片剂。如本领域中已知的，尺寸是指片剂的直径。如本文所用，片剂的尺寸是指在应用肠溶包衣之前的片剂的尺寸。
[1656]
在一些实施例中，固体剂型包含微型片剂。微型片剂的尺寸范围可以为1mm-4mm。例如，微型片剂可以是1mm微型片剂、1.5mm微型片剂、2mm微型片剂、3mm微型片剂或4mm微型片剂。如本领域中已知的，尺寸是指微型片剂的直径。如本文所用，微型片剂的尺寸是指在应用肠溶包衣之前的微型片剂的尺寸。
[1657]
微型片剂可以是在胶囊中。胶囊可以是00号、0号、1号、2号、3号、4号或5号胶囊。包含微型片剂的胶囊可以包含hpmc(羟丙基甲基纤维素)或明胶。微型片剂可以放在胶囊内：胶囊内的微型片剂的数量将取决于胶囊的尺寸和微型片剂的尺寸。例如，0号胶囊可容纳31-35(平均33)个3mm的微型片剂。在一些实施例中，胶囊在装入后镶边。在一些实施例中，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[1658]
包衣：
[1659]
本文所述的固体剂型(例如胶囊剂、片剂或微型片剂)可以用例如一层肠溶包衣或两层肠溶包衣(例如，内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)进行肠溶包衣。内部肠溶包衣和外部肠溶包衣不相同(例如，内部肠溶包衣和外部肠溶包衣不包含相同量的相同组分)。肠溶包衣允许例如在小肠中释放药剂。
[1660]
药剂在小肠中的释放允许药剂靶向并影响位于这些特定位置的细胞(例如，上皮细胞和/或免疫细胞)，例如，这可能在胃肠道中引起局部作用和/或引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)。
[1661]
尤特奇是各种各样的基于聚甲基丙烯酸酯的共聚物的商标名称。它包括基于甲基丙烯酸和甲基丙烯酸/丙烯酸酯或其衍生物的阴离子、阳离子和中性共聚物。
[1662]
可用于肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)的其他材料的实例包括邻苯二甲酸乙酸纤维素(cap)、偏苯三酸乙酸纤维素(cat)、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯(pvap)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯(hpmcp)、脂肪酸、蜡、虫胶(紫胶桐酸的酯)、塑料、植物纤维、玉米醇溶蛋白、(不含醇的水性玉米醇溶蛋白配制品)、直链淀粉、淀粉衍生物、糊精、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素、羟丙基甲基醋酸琥珀酸纤维素(醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯)、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、和/或海藻酸钠。
[1663]
肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)可以包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)。
[1664]
一层肠溶包衣可以包含甲基丙烯酸丙烯酸乙酯(mae)共聚物(1:1)(例如kollicoat mae 100p)。
[1665]
一层肠溶包衣可包含尤特奇共聚物，例如尤特奇l(例如尤特奇l 100-55；尤特奇l 30d-55)，尤特奇s、尤特奇rl、尤特奇rs、尤特奇e、或尤特奇fs(例如尤特奇fs 30d)。
[1666]
可以在肠溶包衣中使用的材料的其他实例(例如，一层肠溶包衣或内部肠溶包衣和/或外部肠溶包衣)包括在如下中描述的那些，例如u.s.6312728；u.s.6623759；u.s.4775536；u.s.5047258；u.s.5292522；u.s.6555124；u.s.6638534；u.s.2006/0210631；u.s.2008/200482；u.s.2005/0271778；u.s.2004/0028737；wo 2005/044240。
[1667]
还参见，例如，u.s.9233074，其提供了可与本文提供的固体剂型一起使用的ph依赖性肠溶聚合物，包括甲基丙烯酸共聚物、聚乙酸乙烯酯邻苯二甲酸酯、羟丙基甲基纤维素乙酸琥珀酸酯、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯和邻苯二甲酸乙酸纤维素；合适的甲基丙烯酸共聚物包括：聚(甲基丙烯酸,甲基丙烯酸甲酯)1:1固体，例如以商品名尤特奇l100出售；聚(甲基丙烯酸,丙烯酸乙酯)1:1固体，例如以商品名尤特奇l100-55出售；部分中和的聚(甲基丙烯酸,丙烯酸乙酯)1:1固体，例如以商品名kollicoat mae-100p出售；以及聚(甲基丙烯酸,甲基丙烯酸甲酯)1:2固体，例如以尤特奇s100商品名出售的。
[1668]
在一些实施例中，固体剂型包括例如在肠溶包衣(例如，一层肠溶包衣)下的粉衣层。粉衣层可以例如用于视觉上掩盖药剂的外观。
[1669]
剂量
[1670]
药剂的剂量(例如，对于人类受试者)是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中使用的全部微型片剂的剂量。
[1671]
在通过总细胞计数确定剂量的实施例中，可以通过coulter计数器确定的总细胞计数。
[1672]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x107至约2x10
12
(例如，约3x10
10
或约1.5x10
11
或约1.5x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x10
10
至约2x10
12
(例如，约1.6x10
11
或约8x10
11
或约9.6x10
11
约12.8x10
11
或约1.6x10
12
)细胞(例如，其中通过coulter计数器确定的总细胞计数来确定细胞数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1673]
在一些实施例中，药剂包含细菌并且细菌的剂量为约1x109、约3x109、约5x109、约1.5x10
10
、约3x10
10
、约5x10
10
、约1.5x10
11
、约1.5x10
12
或约2x10
12
细胞，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1674]
在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x105至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。在一些实施例中，药剂包含mev并且mev的剂量为约1x10
10
至约7x10
13
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1675]
在其中药剂包含mev的一些实施例中，mev的剂量为约2x106至约2x10
16
个颗粒(例如，其中通过nta(纳米颗粒跟踪分析)确定颗粒计数)，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1676]
如果以与粉末形式相同的剂量使用，固体剂型具有更高的功效；和/或允许减少剂量(例如降低1/10剂量)以达到与以粉末形式使用药剂时相似的功效。
[1677]
在其中药剂包含细菌的一些实施例中，对于与以粉末形式使用药剂时相似的功效，剂量可以是大约1/10的剂量，并且该剂量可以是每剂量约3x109或约1.5x10
10
细胞。
[1678]
如果以与粉末制剂相同的剂量使用药剂，则固体剂型可以具有更高的功效。
[1679]
在一些实施例中，药剂剂量可以是按药剂重量确定的毫克(mg)剂量。药剂的剂量是每胶囊或片剂的剂量或是例如胶囊中全部微型片剂的剂量。
[1680]
例如，为了施用约400mg的1x剂量的药剂，每个胶囊存在约200mg的药剂并且施用两个胶囊，从而产生约400mg的剂量。这两个胶囊可以例如每天1次或2次施用。
[1681]
作为另一个实例，为了获得与药剂的粉末形式相似的功效，当制备为本文所述的固体剂型(例如，通过对包含药剂的片剂或微型片剂进行肠溶包衣)时，药剂的剂量可以减少1/10。
[1682]
例如，对于微型片剂：每个微型片剂可以包含约0.1至约3.5mg(0.1、0.35、1.0、3.5mg)的药剂。微型片剂可以放在胶囊内：胶囊内的微型片剂的数量将取决于胶囊的尺寸
和微型片剂的尺寸。例如，平均33(范围为31-35)个3mm微型片剂装于0号胶囊内。作为实例，每微型片剂0.1-3.5mg药剂，剂量范围为每胶囊3.3mg-115.5mg(0号胶囊中33个微型片剂)(3.1mg-108.5mg，0号胶囊中31个微型片剂)(3.5mg-122.5mg，0号胶囊中35个微型片剂)。可以施用多个胶囊和/或更大的胶囊以增加施用的剂量和/或可以每天施用一次或多次以增加施用的剂量。
[1683]
在一些实施例中，药剂的每胶囊或片剂的剂量或例如胶囊中全部微型片剂的剂量可以是约3mg至约125mg。
[1684]
在一些实施例中，药剂的剂量可以是约35mg至约1200mg(例如，约35mg、约125mg、约350mg或约1200mg)。
[1685]
在一些实施例中，药剂的剂量可以是约30mg至约3500mg(约25、约50、约75、约100、约150、约250、约300、约350、约400、约500、约600、约750、约1000、约1250、约1300、约2000、约2500、约3000或约3500mg)。
[1686]
可以基于对模型生物(例如，小鼠)施用的剂量的异速比例(allometric scaling)来适当地计算人剂量。
[1687]
在一些实施例中，一个或两个片剂胶囊可以一天施用一次或两次。
[1688]
药剂包含细菌和/或mev，并且还可以包含一种或多种另外的成分，例如冷冻保护剂、稳定剂等。
[1689]
在一些实施例中，药剂的mg(按重量计)剂量为例如每胶囊或每片剂或是例如胶囊中使用的全部微型片剂约1mg至约500mg。
[1690]
使用方法
[1691]
例如，本文描述的固体剂型允许口服施用其中包含的药剂。
[1692]
本文所述的固体剂型与其他剂型(例如，非肠溶包衣剂型(例如，非微型片剂非肠溶包衣剂型、或非片剂非肠溶包衣剂型)或生物质或粉末的悬浮液)相比，可提供增加的治疗功效和/或生理作用。
[1693]
本文所述的固体剂型可提供固体剂型中包含的药剂在小肠中的释放。
[1694]
本文所述的固体剂型可提供药剂在小肠中的释放，例如，以递送可以作用于小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞的药剂，例如，以引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)和/或可以在胃肠道中引起局部作用。
[1695]
例如与相同剂量药剂的经口管饲相比，本文所述的固体剂型可提供增加的功效和/或生理作用(如通过药剂的系统作用(如通过药剂的系统作用(例如，在胃肠道外)测量的，例如在炎症的dth模型中的耳厚度；癌症模型中的肿瘤大小)。
[1696]
本文所述的固体剂型可用于治疗和/或预防癌症、炎症、自身免疫或代谢病症。
[1697]
本文描述了使用包含药剂(例如其治疗有效量)的固体剂型(例如用于口服施用)(例如用于制药用途)的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中该固体剂型是经肠溶包衣的。
[1698]
例如，本文描述的方法和施用的固体剂型允许口服施用其中包含的药剂。固体剂型可施用于处于进食或禁食状态的受试者。固体剂型可以例如空腹(例如，进食前一小时或进食后两小时)施用。固体剂型可在进食前一小时施用。固体剂型可在进食后两小时施用。
[1699]
本文所述的方法和施用的固体剂型与其他剂型(例如，非肠溶包衣剂型(例如，非
微型片剂非肠溶包衣剂型、或非片剂非肠溶包衣剂型)或生物质或粉末的悬浮液)相比，可提供增加的治疗功效和/或生理作用。
[1700]
本文所述的方法和施用的固体剂型可提供固体剂型中包含的药剂在小肠中的释放。
[1701]
本文所述的方法和施用的固体剂型可提供药剂在小肠中的释放，例如，以递送可以作用于小肠中的免疫细胞和/或上皮细胞的药剂，例如，以引起系统作用(例如，胃肠道外的作用)和/或可以在胃肠道中引起局部作用。
[1702]
例如与相同剂量药剂的经口管饲相比，本文所述的方法和施用的固体剂型可提供增加的功效和/或生理作用(如通过药剂的系统作用(如通过药剂的系统作用(例如，在胃肠道外)测量的，例如在炎症的dth模型中的耳厚度；癌症模型中的肿瘤大小)。
[1703]
本文所述的方法和施用的固体剂型可用于治疗和/或预防癌症、炎症、自身免疫病症、菌群失调或代谢病症。
[1704]
本文提供了用于治疗和/或预防癌症、炎症、自身免疫病症、菌群失调或代谢病症的固体剂型。
[1705]
本文提供了固体剂型用于制备用于治疗和/或预防癌症、炎症、自身免疫病症、菌群失调或代谢病症的药物的用途。
[1706]
制备固体剂型的方法
[1707]
本披露还提供了制备包含药剂的固体剂型(例如，用于口服施用)(例如，用于制药用途)的方法。药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)。药剂还可包含一种或多种另外的组分(例如，冷冻保护剂)。固体剂型是经肠溶包衣的。
[1708]
制备固体剂型的方法可以包括：
[1709]
将药剂装入胶囊中；以及
[1710]
用一层或两层肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)包衣胶囊，从而制备肠溶包衣胶囊，且从而制备固体剂型；
[1711]
任选地在装入胶囊之前将药剂与药学上可接受的赋形剂组合；和/或
[1712]
任选地在装入胶囊之后将胶囊镶边(例如，任选地在装入胶囊之后并且在对胶囊进行肠溶包衣之前将胶囊镶边)。
[1713]
制备固体剂型的方法可以包括：
[1714]
将本文所述的药剂压制成微型片剂；以及
[1715]
用一层或两层肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)包衣微型片剂，从而制备肠溶包衣微型片剂；
[1716]
任选地，用多个肠溶包衣微型片剂填充胶囊，从而制备固体剂型。
[1717]
制备固体剂型的方法可以包括：
[1718]
将本文所述的药剂压制成片剂；以及
[1719]
用一层或两层肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)包衣片剂，从而制备肠溶包衣片剂，且从而制备固体剂型。
[1720]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1721]
a)将药剂装入胶囊中；以及
[1722]
b)对胶囊进行肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣胶囊(从而制备固体剂型)。
[1723]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1724]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1725]
b)将该药剂和药学上可接受的赋形剂装入胶囊中；以及
[1726]
c)对胶囊进行肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣胶囊(从而制备固体剂型)。
[1727]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1728]
a)将药剂装入胶囊中；
[1729]
b)对胶囊进行镶边；以及
[1730]
c)对胶囊进行肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣胶囊(从而制备固体剂型)。
[1731]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1732]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1733]
b)将该药剂和药学上可接受的赋形剂装入胶囊中；
[1734]
c)对胶囊进行镶边；以及
[1735]
d)对胶囊进行肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣胶囊(从而制备固体剂型)。
[1736]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣片剂的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1737]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1738]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成片剂；以及
[1739]
c)对该片剂进行肠溶包衣(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣片剂(从而制备固体剂型)。
[1740]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣微型片剂的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1741]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1742]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成微型片剂；以及
[1743]
c)肠溶包衣微型片剂(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶包衣)，从而制备肠溶包衣微型片剂(从而制备固体剂型)。任选地，将微型片剂装入胶囊。
[1744]
制备固体剂型的方法可包括用于制备包含含有药剂(例如其治疗有效量)的肠溶包衣微型片剂的胶囊的方法，其中该药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，该方法包括：
[1745]
a)将该药剂与药学上可接受的赋形剂组合；
[1746]
b)压制该药剂和药学上可接受的赋形剂，以形成微型片剂；
[1747]
c)肠溶包衣微型片剂(例如，用本文所述的肠溶包衣或内部肠溶包衣和外部肠溶
包衣)，和
[1748]
d)将肠溶包衣微型片剂装入胶囊中，
[1749]
从而制备胶囊(从而制备固体剂型)。
[1750]
固体剂型的其他方面
[1751]
例如，如本文所述的包含药剂(例如，其治疗有效量)的固体剂型(其中药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中固体剂型是经肠溶包衣的)可以向受试者例如人提供治疗有效量的药剂。
[1752]
例如，如本文所述的包含药剂(例如，其治疗有效量)的固体剂型(其中药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中固体剂型是经肠溶包衣的)可以向受试者例如人提供非天然量的治疗有效组分(例如，存在于药剂中)。
[1753]
例如，如本文所述的包含药剂(例如，其治疗有效量)的固体剂型(其中药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中固体剂型是经肠溶包衣的)可以向受试者例如人提供非天然数量的治疗有效组分(例如，存在于药剂中)。
[1754]
例如，如本文所述的包含药剂(例如，其治疗有效量)的固体剂型(其中药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中固体剂型是经肠溶包衣的)可以给受试者例如人带来一个或多个变化，例如治疗或预防疾病或健康失调。
[1755]
例如，如本文所述的包含药剂(例如，其治疗有效量)的固体剂型(其中药剂包含细菌和/或微生物胞外囊泡(mev)，并且其中固体剂型是经肠溶包衣的)具有潜在的重大效用，例如影响受试者(例如人)，例如治疗或预防疾病或健康失调。
[1756]
固体剂型的其他包含物
[1757]
本文所述的固体剂型(例如，肠溶包衣片剂或微型片剂)可用于向小肠递送另外的药剂(例如，代替或除了包含细菌和/或mev的药剂(例如如本文定义的)外)，例如小分子、维生素或矿物质补充剂或膳食补充剂。
[1758]
可以制备到本文所述的固体剂型中的包含小分子的另外的药剂包括以下小分子中的一种或多种：镇痛药、消炎药、麻醉药、抗惊厥药、抗糖尿病药、抗组胺药、抗感染药、抗肿瘤药、抗帕金森病药、抗风湿药、食欲刺激剂、食欲抑制剂、血液调节剂、骨代谢调节剂、心血管药物、中枢神经系统抑制剂、中枢神经兴奋剂、减充血剂、多巴胺受体激动剂、电解质、胃肠道药物、免疫调节剂、肌肉松弛剂、麻醉剂、副交感神经药、拟交感神经药、镇静剂和催眠药；哌仑西平、米索前列醇、熊去氧胆酸、阿洛司琼、西兰司琼、莫沙必利、普鲁卡必利、替加色罗、甲氧氯普胺、溴普利、克来普利、多潘立酮、阿扎普利、西那普利、西沙必利、可待因、吗啡、洛哌丁胺、地芬诺酯、溴代甲基纳曲酮、缬草素(valerian)和甘露醇；选自下组的镇痉药，该组由以下组成：硫酸阿托品、盐酸双环维林、丁溴东莨菪碱、溴丙胺太林、枸橼酸阿尔维林和盐酸麦皮凡林；选自下组的运动性兴奋剂，该组由以下组成：甲氧氯普胺和多潘立酮；选自下组的h2受体拮抗剂，该组由以下组成：甲氰咪胍、法莫替丁尼扎替丁和雷尼替丁；抗毒蕈碱药；选自下组的螯合剂，该组由以下组成：二硝铋酸三钾和硫糖铝；前列腺素类似物；选自下组的对氨基水杨酸钠，该组由以下组成：巴柳氮钠、美沙拉秦、奥沙拉秦和柳氮磺胺吡啶；选自下组的皮质类固醇，该组由以下组成：丙酸倍氯米松、布地奈德、氢化可的松和脱氢皮质醇；选自下组的影响免疫反应小分子，该组由以下组成：环孢素、巯嘌呤、甲氨蝶呤、阿达木单抗和英夫利昔；选自下组的刺激性泻剂，该组由以下组成：比沙可啶、丹蒽醌、
多库酯和匹克硫酸钠；影响胆汁组成和流量的药物；选自下组的胆汁酸螯合剂，该组由以下组成：考来烯胺、羟苄利明、卡米洛芬、美贝维林、曲美布汀、罗奇维林、双环维林、双己维林、双苯美林、哌立度酯、苯并酮(benzilone)、美喷酯、哌佐唑酯、格隆溴铵、氧苯甲鎓、邻苯二甲磺酸酯、溴苯辛、丙胺太林、奥替溴铵、曲地铵、异丙碘铵、己环铵、泊尔定、bevonium、二苯马尼、替莫碘胺、吡芬溴铵、噻哌溴铵、苯维溴铵、罂粟碱、屈他维林、莫沙维林、5-ht3拮抗剂、5-ht4激动剂、芬哌丙烷、地索普明、氯苯沙明、吡那韦、非诺维林、艾丹帕明、普罗沙唑、阿尔维林、曲匹布通、异美汀、卡罗维林、藤黄酚、硅酮、三甲基二苯丙胺、阿托品、莨菪碱、东莨菪碱、丁基东莨菪碱、甲基东莨菪碱、甲基阿托品、芬托溴铵、西托溴铵和主要的多巴胺拮抗剂；选自下组的质子泵抑制剂，该组由以下组成：奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑和雷贝拉唑钠；阿片和阿片受体拮抗剂；选自下组的镇痛药，该组由以下组成：对乙酰氨基酚、双氯芬酸、二氟尼柳、依托度酸、酚洛芬、氟比洛芬、布洛芬、吲哚美辛、酮洛芬、酮咯酸、甲氯芬酸、甲灭酸、美洛昔康、萘丁美酮、萘普生、奥沙普嗪、苯丁氮酮、吡罗昔康、舒林酸、托美汀、塞来昔布、丁丙诺啡、布托啡诺、可待因、氢可酮、氢吗啡酮、左旋啡诺、美沙酮、吗啡、纳布芬、羟考酮、羟吗啡酮、戊唑嗪、丙氧芬和曲马多；选自下组的睡眠药物，该组由以下组成：硝西泮、氟西泮、洛普唑仑、洛美西泮、替马西泮、扎来普隆、唑吡坦、佐匹克隆、水合氯醛、三氯福司、氯美噻唑、奎西泮、三唑仑、艾司唑仑、氯硝西泮、阿普唑仑、艾司佐匹克隆、罗塞米、曲唑酮、阿米替林、多塞平、苯二氮卓类药物、褪黑素、苯海拉明和草药；选自下组的强心苷，该组由以下组成：地高辛和洋地黄毒苷；选自下组的磷酸二酯酶抑制剂，该组由以下组成：依诺昔酮和米利酮；选自下组的噻嗪类和相关利尿剂，该组由以下组成：苄氟噻嗪、氯他利酮、环戊噻嗪、伊那帕胺、美托拉宗和西帕胺；选自下组的利尿剂，该组由以下组成：速尿灵、布美他尼和托拉塞米；选自下组的保钾利尿剂和醛固酮拮抗剂，该组由以下组成：盐酸阿米洛利、氨苯蝶啶、维普列酮和螺内酯；渗透性利尿剂；选自下组的心律失常药物，该组由以下组成：腺苷、盐酸胺碘酮、达舒平、醋酸氟卡胺、盐酸普罗帕酮和盐酸利多卡因；选自下组的β肾上腺素能受体阻滞剂，该组由以下组成：普萘洛尔、阿替洛尔、醋丁洛尔、富马酸比索洛尔、卡维地洛、塞利洛尔、艾司洛尔、列巴托洛尔、酒石酸美托洛尔、纳多洛尔、奈比洛尔、奥普洛尔、品多洛尔、索拉托和噻吗洛尔；选自下组的升压药，该组由以下组成：安布生坦、波生坦、重氮嗪、肼嗪、伊洛前列素、米诺地尔、西地那非、西他生坦、硝普钠、可乐定、甲基多巴、莫索尼定、单硫酸胍乙啶、多沙唑嗪、吲哚胺、哌唑嗪、特拉唑嗪、苯氧基苯胺和甲磺酸酚妥拉明；选自下组的影响肾素血管紧张素系统的药物，该组由以下组成：卡托普利、西拉普利、马来酸依那普利、福辛普利、咪达普利、赖诺普利、莫西普利、培哚普利、喹那普利、雷米普利、曲多普利、坎地沙坦西酯、依普沙坦、厄贝沙坦、氯沙坦、奥美沙坦、替米沙坦、缬沙坦和阿利吉仑；选自下组的硝酸盐、钙通道阻滞剂和抗心绞痛药物，该组由以下组成：三硝酸甘油酯、硝酸异山梨酯、单硝酸异山梨醇、氨氯地平、地尔硫氮卓、非洛地平、依拉地平、拉西地平、乐卡地平、尼卡地平、硝苯地平、尼莫地平、维拉帕米、伊伐布拉定、尼可地尔和雷诺嗪；选自下组的血管扩张药和相关药物，该组由以下组成：西洛他唑、烟酸肌醇、莫西酸盐、草酸萘呋酯和己酮可可碱；选自下组的交感神经能拟似药，该组由以下组成：多巴胺、多培沙明、麻黄碱、间羟胺、酒石酸去甲肾上腺素、酒石酸氢去甲肾上腺素和苯肾上腺素；选自下组的抗凝血剂和鱼精蛋白，该组由以下组成：肝素、贝米帕林、达特肝素、依诺肝素、廷扎帕林、达那帕罗伊德、比伐卢定、麻风素、依前列醇、磺达普利(fondaprinux)、华法林、苊
香豆醇、苯茚二酮、达比加群酯、利伐沙班和硫酸鱼精蛋白；选自下组的抗血小板药，该组由以下组成：阿昔单抗、阿斯匹林、氯吡格雷、潘生丁、依替巴肽、普拉格雷和替罗非班；选自下组的纤溶和抗纤溶药物，该组由以下组成：阿替普酶、瑞替普酶、链激酶、替萘普酶、尿激酶、酚黄乙胺和氨甲环酸；选自下组的调脂药，该组由以下组成：阿托伐他汀、氟伐他汀、普伐他汀、瑞舒伐他汀、辛伐他汀、科列西泮、科来霉胺、科来司地尔、依折米贝、苯扎贝特、环丙贝特、非诺贝特、吉非罗齐、阿西莫克斯、尼可替尼酸、ω三脂肪酸化合物、油酸乙醇胺和十四烷基磺酸钠；选自下组的cns药，该组由以下组成：苯哌利多、氯丙嗪、氟哌噻吨、氟哌丁苯、左旋丙嗪、哌噻嗪、奋乃静、吡莫嗪、丙氯哌嗪、丙嗪、舒必利、三氟拉嗪、左氯丙嗪、氨磺必利、阿立哌唑、氯氮平、奥氮平、帕利培酮、奎硫平、利培酮、舍丁多、佐替平、氟哌啶醇、氟哌嗪、奥氮平双羟萘酸盐、安乐嗪棕榈酸酯、利培酮、癸酸左氯苯噻嗪、卡马西平、丙戊酸盐、丙戊酸、碳酸锂、枸橼酸锂、阿米替林、氯丙咪嗪、多舒立平、丙咪嗪、洛非帕明、去甲替林、曲米帕明、米安色林、曲唑酮、苯乙嗪、异卡波肼、曲尼环丙胺、吗氯贝胺、西酞普兰、依西酞普兰、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林、阿戈美拉汀、度洛西汀、氟哌啶醇、米氮平、瑞波西汀、曲妥芬、文拉辛、阿托莫西汀、地塞米松、哌甲酯、莫达非尼、依西卡巴地平、奥卡巴西平、乙氧舒胺、加巴喷丁、普瑞巴林、拉科塞米、拉莫三嗪、左乙拉西坦、苯巴比妥、普利米酮、苯妥英、鲁非那胺、替加宾、托吡酯、维伐他林、唑尼沙胺、罗哌尼罗、罗替戈汀、复方贝尼多帕、左旋多巴、复方卡雷多帕、雷沙吉林、塞莱吉林、恩塔卡酮、托卡酮、金刚烷胺、奥非那定、原环胺、三己基苯乙交酯、氟哌啶醇、吡拉西坦、利鲁唑、四苯喹嗪、阿卡莫司、二硫仑、安非他酮、伐尼西林、丁丙诺啡、洛非西定、多奈哌齐、加兰他敏、美金刚和利凡斯的明；选自下组的抗感染药，该组由以下组成：苄青霉素、苯氧甲基青霉素、氟氯西林、替莫西林、阿莫西林、氨苄西林、复方阿莫西拉夫、复方氟氨苄青霉素、哌拉西林、替卡西林、吡咪西林、头孢菌素类、头孢克洛、头孢羟氨苄、头孢氨苄、头孢克肟、头孢噻肟、头孢拉定、头孢他啶、头孢呋辛、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、氨曲南、四环素、去甲环素、多西环素、莱姆霉素、米诺环素、氧四环素、替加环素、庆大霉素、丁胺卡那霉素、新霉素、妥布霉素、红霉素、阿奇霉素、克拉霉素、泰利霉素、克林霉素、氯霉素、福西地酸、万古霉素、替考拉宁、达托霉素、利奈唑胺、奎努普利、粘杆菌素、复方新诺明、舒巴地嗪、甲氧苄啶、卷曲霉素、环丝氨酸、乙胺丁醇、异烟肼、吡嗪酰胺、利福布汀、利福平、链霉素、氨苯砜、氯法齐明、甲硝唑、替硝唑、环丙沙星、左氧氟沙星、莫西沙星、萘啶酸、去甲亚麻碱、氧氟沙星、呋喃妥因、马尿酸乌洛托品、两性霉素、阿尼度霉素、卡泊芬净、氟康唑、氟胞嘧啶、格列美脲、伊曲康唑、酮康唑、米卡芬净、制霉菌素、泊沙康唑、特比萘芬、伏立康唑、阿巴卡韦、地丹诺新、恩曲他滨、拉米夫定、司他夫定、替诺福韦酯、齐多夫定、阿他扎那韦、达鲁韦、福沙普列那韦、印地那韦、洛匹那韦、奈非那韦、利托那韦、沙奎那韦、替普拉那韦、依法韦仑、依特拉维林(etravirine)、奈韦拉平、恩夫韦地、马拉韦洛克、雷替格拉韦、阿昔洛韦、泛昔洛韦、异丙肌苷、伐昔洛韦、西多福韦、岗昔洛韦、福斯卡净、伐岗昔洛韦、阿德福韦酯、恩替卡韦、替比夫定、金刚烷胺、奥司他韦、扎那米韦、帕利珠单抗、利巴韦林、蒿甲醚、氯喹、甲氟喹、伯喹、丙胍、乙胺嘧啶、奎宁、强力霉素糠酸双恶唑酯、甲硝唑、替硝唑、甲帕林、斯替泊葡萄糖酸钠、阿托瓦酮、异辛酸戊脒、甲苯咪唑和哌嗪；以及选自下组的其他药物，该组由以下组成：苯丙氨酸、原环胺、联苯胺、金刚烷胺、溴隐亭、培高利特、恩他卡彭、托尔卡彭、塞来格林、普拉克索、布地奈德、福莫特罗、富马酸奎硫平、奥氮平、吡格列酮、孟鲁司特、唑来膦酸、缬沙坦、拉坦前列素、厄贝沙坦、氯吡格雷、阿托
莫西汀、右旋非他明、哌甲酯、莫达非尼、博莱霉素、达卡霉素、柔红霉素、伊达霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、阿扎胞苷、卡培他滨、克拉屈滨、氯法拉滨、阿糖胞苷、氟达拉滨、氟尿嘧啶、吉西他滨、巯基嘌呤、甲氨蝶呤、奈拉滨、培美曲塞、雷替曲松、硫鸟嘌呤、阿扑吗啡、倍他米松、可的松、去氟可特、地塞米松、氢化可的松、甲基强的松龙、强的松龙、曲安西龙、环孢素、西罗莫司、他克莫司、α干扰素和β干扰素。
[1759]
可以制备到本文所述的固体剂型中的包含维生素和/或矿物质补充剂的另外的药剂包括以下维生素和/或矿物质补充剂中的一种或多种：维生素a、生物素、维生素b1(硫胺素)、维生素b12、维生素b6、钙、胆碱、铬、铜、维生素c、维生素d(如维生素d3)、维生素e、氟化物、叶酸、碘、铁、维生素k、镁、锰、烟酸、泛酸、磷、钾、核黄素、硒、硫胺素和/或锌。
[1760]
可以制备到本文所述的固体剂型中的包含膳食补充剂(例如，维生素、矿物质、草药、氨基酸、油和/或酶)包括以下膳食补充剂中的一种或多种：硬枝合欢(acacia rigidula)、bmpea、dmaa、dmba、dmha、甲基辛弗林(methylsynephrine)、菲尼布特(phenibut)、匹卡米隆(picamilon)、咖啡因、噻乃普汀、长春西汀、鱼油、亚麻籽油、ω-3、ω-6、ω-9、二十碳五烯酸(epa)、二十二碳六烯酸(dha)和/或α-亚麻酸(ala)。
[1761]
固体剂型中的另外的药剂的剂量(例如，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中使用的全部微型片剂的剂量)可以是本文所述的包含细菌和/或mev的药剂的剂量。
[1762]
固体剂型中的另外的药剂的剂量(例如，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中使用的全部微型片剂的剂量)可以是例如约0.001mg至约10mg固定剂量(例如，约0.05mg至约10mg；约0.1mg至约10mg；约0.1mg至约5mg；约0.5mg至约5mg；约1mg，约2mg，约3mg，约4mg或约5mg)。
[1763]
固体剂型中的另外的药剂的剂量(例如，其中剂量是每胶囊或片剂的剂量或是胶囊中使用的全部微型片剂的剂量)可以是，特别是对于补充剂，例如，约1mg至约2000mg(例如，约25mg；约50mg；约100mg；约250mg；约500mg；约750mg；约1000mg；约1500mg；或约2000mg)或约10iu至约5000iu(国际单位)(例如，约25iu；约50iu；约100iu；约250iu；约500iu；约750iu；约1000iu；约1500iu；约2000iu；约3000iu；约4000iu；或约5000iu)。
[1764]
用于组合使用的另外的药剂
[1765]
在某些方面，本文提供的方法包括向受试者单独地或与另外的药剂组合地施用本文所述的固体剂型。在一些实施例中，另外的药剂是免疫抑制剂、抗炎剂、类固醇和/或癌症治疗剂。
[1766]
在一些实施例中，在施用另外的药剂之前(例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用固体剂型。在一些实施例中，在施用另外的药剂之后(例如之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用固体剂型。在一些实施例中，同时或接近同时(例如，彼此在一小时内施用)向受试者施用固体剂型及另外的药剂。
[1767]
在一些实施例中，在向受试者施用固体剂型之前(例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之前至少1、2、3、4、5、6、7、
8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用抗生素。在一些实施例中，在向受试者施用固体剂型之后(例如之前至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24小时或之后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30天)向受试者施用抗生素。在一些实施例中，向受试者同时或接近同时施用(例如，彼此在一小时内施用)固体剂型及抗生素。
[1768]
在一些实施例中，另外的药剂是癌症治疗剂。在一些实施例中，癌症治疗剂是化学治疗剂。这些化学治疗剂的实例包含(但不限于)烷基化剂，例如噻替哌(thiotepa)及环磷酰胺(cyclosphosphamide)；磺酸烷基酯，例如白消安(busulfan)、英丙舒凡(improsulfan)及哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶，例如苯并多巴(benzodopa)、卡波醌(carboquone)、米得哌(meturedopa)及乌得哌(uredopa)；乙撑亚胺及甲基密胺，包含六甲密胺(altretamine)、三乙撑密胺(triethylenemelamine)、三乙撑磷酰胺、三乙撑硫化磷酰胺及三羟甲基密胺(trimethylolomelamine)；番荔枝内酯(acetogenin)(尤其布拉他辛(bullatacin)及布拉他辛酮(bullatacinone))；喜树碱(camptothecin)(包含合成类似物托泊替康(topotecan))；苔藓虫素(bryostatin)；卡利抑制素(callystatin)；cc-1065(包含其合成类似物阿多来新(adozelesin)、卡折来新(carzelesin)及比折来新(bizelesin))；念珠藻素(cryptophycin)(尤其念珠藻素1及念珠藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；多卡米星(duocarmycin)(包含合成类似物kw-2189及cb1-tm1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；匍枝珊瑚醇(sarcodictyin)；海绵抑制素(spongistatin)；氮芥(nitrogen mustard)，例如苯丁酸氮芥(chlorambucil)、萘氮芥(chlornaphazine)、氯磷酰胺(cholophosphamide)、雌氮芥(estramustine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、氮芥(mechlorethamine)、盐酸甲氧氮芥、美法仑(melphalan)、新氮芥(novembichin)、苯乙酸氮芥胆甾醇酯(phenesterine)、泼尼莫司汀(prednimustine)、曲磷胺(trofosfmaide)、尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，例如卡莫司汀(carmustine)、氯脲菌素(chlorozotocin)、福莫司汀(fotemustine)、洛莫司汀(lomustine)、尼莫司汀(nimustine)及雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素，例如烯二炔抗生素(例如卡奇霉素(calicheamicin)，尤其卡奇霉素γli及卡奇霉素ωl1；达内霉素(dynemicin)，包含达内霉素a；双膦酸盐类，例如氯膦酸盐(clodronate)；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团(neocarzinostatin chromophore)及相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素(aclacinomysin)、放线菌素(actinomycin)、安曲霉素(authramycin)、氮杂丝氨酸、博来霉素(bleomycin)、放线菌素c(cactinomycin)、卡拉霉素(carabicin)、洋红霉素(caminomycin)、嗜癌素(carzinophilin)、色霉素(chromomycin)、放线菌素d(dactinomycin)、柔红霉素(daunorubicin)、地托比星(detorubicin)、6-重氮基-5-氧代-l-正亮氨酸、多柔比星(doxorubicin)(包含吗啉基-多柔比星、氰吗啉基-多柔比星、2-吡咯啉基-多柔比星及脱氧多柔比星)、表柔比星(epirubicin)、依索比星(esorubicin)、伊达比星(idarubicin)、麻西罗霉素(marcellomycin)、丝裂霉素(mitomycin)(例如丝裂霉素c)、霉酚酸(mycophenolic acid)、诺拉霉素(nogalamycin)、橄榄霉素(olivomycin)、培洛霉素(peplomycin)、泊非霉素(potfiromycin)、嘌呤霉素(puromycin)、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星(rodorubicin)、链黑菌素(streptonigrin)、链脲菌素
(streptozocin)、杀结核菌素(tubercidin)、乌苯美司(ubenimex)、净司他丁(zinostatin)、佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物，例如胺甲蝶呤(methotrexate)及5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil，5-fu)；叶酸类似物，例如二甲叶酸(denopterin)、胺甲喋呤、蝶罗呤(pteropterin)、曲美沙特(trimetrexate)；嘌呤类似物，例如氟达拉滨(fludarabine)、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤(thiamiprine)、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，例如安西他滨(ancitabine)、阿扎胞苷(azacitidine)、6-阿扎尿苷(6-azauridine)、卡莫氟(carmofur)、阿糖胞苷(cytarabine)、二脱氧尿苷、脱氧氟尿苷(doxifluridine)、依诺他滨(enocitabine)、氟尿苷(floxuridine)；雄激素，例如卡普睪酮(calusterone)、丙酸屈他雄酮(dromostanolone propionate)、环硫雄醇(epitiostanol)、美雄烷(mepitiostane)、睪内酯酮(testolactone)；抗肾上腺素，例如胺鲁米特(aminoglutethimide)、米托坦(mitotane)、曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂，例如亚叶酸；乙酰葡醛酸内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；百思布什(bestrabucil)；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；依氟鸟氨酸(eflornithine)；依利乙铵(elliptinium acetate)；埃博霉素(epothilone)；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；类美坦辛(maytansinoid)，例如美坦辛(maytansine)及柄型菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；尼群克林(nitraerine)；喷托他汀(pentostatin)；蛋胺氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；2-乙基酰肼；丙卡巴肼(procarbazine)；psk多糖复合物)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西佐喃(sizofuran)；锗螺胺(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2',2
”‑
三氯三乙胺；单端孢霉烯(trichothecene)(尤其t-2毒素、疣疱菌素(verrucarin)a、杆孢菌素(roridin)a及蛇形菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)；达喀尔巴嗪(dacarbazine)；甘露莫司汀(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；噶萨托辛(gacytosine)；阿拉伯糖苷(arabinoside)(“ara-c”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷(taxoid)，例如太平洋紫杉醇(paclitaxel)及多西紫杉醇(doxetaxel)；苯丁酸氮芥；吉西他滨(gemcitabine)；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；氨甲喋呤；铂配位错合物，例如顺铂(cisplatin)、奥沙利铂(oxaliplatin)及卡铂(carboplatin)；长春花碱(vinblastine)；铂；依托泊苷(etoposide)(vp-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌(mitoxantrone)；长春新碱(vincristine)；长春瑞滨(vinorelbine)；诺安托(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依达曲沙；道诺霉素(daunomycin)；氨蝶呤(aminopterin)；希罗达(xeloda)；伊班膦酸盐(ibandronate)；伊立替康(irinotecan)(例如cpt-11)；拓扑异构酶抑制剂rfs 2000；二氟甲基鸟氨酸(dmfo)；类视黄醇，例如视黄酸；卡培他滨(capecitabine)；以及上述任何一种的药学上可接受的盐、酸或衍生物。
[1769]
在一些实施例中，癌症治疗剂是癌症免疫疗法药剂。免疫疗法是指使用受试者的免疫系统来治疗癌症的治疗，例如检查点抑制剂、癌症疫苗、细胞因子、细胞疗法、car-t细胞及树突细胞疗法。检查点抑制剂免疫疗法的非限制性实例包含尼沃鲁单抗(nivolumab)
(bms，抗pd-1)、派姆单抗(pembrolizumab)(merck，抗pd-1)、伊匹单抗(ipilimumab)(bms，抗ctla-4)、medi4736(阿斯利康公司(astrazeneca)，抗pd-l1)及mpdl3280a(罗氏公司(roche)，抗pd-l1)。其他免疫疗法可为肿瘤疫苗，例如gardail、cervarix、bcg、西普赛尔-t(sipulencel-t)、gp100:209-217、ags-003、dcvax-l、阿尔土赛尔-l(algenpantucel-l)、特尔土赛尔-l(tergenpantucel-l)、tg4010、prostatak、prostvac-v/r-tricom、林多穆尔(rindopepimul)、e75乙酸肽、ima901、pol-103a、贝拉土赛尔-l(belagenpumatucel-l)、gsk1572932a、mdx-1279、gv1001及替西泰德(tecemotide)。免疫疗法药剂可经由注射(例如经静脉内、经肿瘤内、经皮下或注射至淋巴结中)来施用，但还可经口、经局部或经由气溶胶来施用。免疫疗法可包括佐剂(例如细胞因子)。
[1770]
在一些实施例中，免疫疗法药剂是免疫检查点抑制剂。免疫检查点抑制在广义上是指抑制癌细胞可产生的检查点以预防或下调免疫应答。免疫检查点蛋白的实例包括但不限于ctla4、pd-1、pd-l1、pd-l2、a2ar、b7-h3、b7-h4、btla、kir、lag3、tim-3或vista。免疫检查点抑制剂可为结合至并抑制免疫检查点蛋白的抗体或其抗原结合片段。免疫检查点抑制剂的实例包括但不限于尼沃鲁单抗、派姆单抗、匹利珠单抗(pidilizumab)、amp-224、amp-514、sti-a1110、tsr-042、rg-7446、bms-936559、medi-4736、msb-0020718c、aur-012及sti-a1010。
[1771]
在一些实施例中，本文提供的方法包括施用本文描述的药物组合物与一种或多种另外的药剂的组合。在一些实施例中，本文揭示的方法包括施用两种免疫疗法药剂(例如，免疫检查点抑制剂)。例如，本文提供的方法包括将本文描述的药物组合物与pd-1抑制剂(例如派姆单抗或尼沃鲁单抗或匹利珠单抗)或clta-4抑制剂(例如伊匹单抗)或pd-l1抑制剂组合施用。
[1772]
在一些实施例中，免疫疗法药剂是(例如)结合至癌症相关抗原的抗体或其抗原结合片段。癌症相关抗原的实例包括但不限于亲脂素(adipophilin)、aim-2、aldh1a1、α-辅肌动蛋白-4、α-胎蛋白(“afp”)、artc1、b-raf、bage-1、bclx(l)、bcr-abl融合蛋白b3a2、β-链蛋白、bing-4、ca-125、calca、癌胚抗原(“cea”)、casp-5、casp-8、cd274、cd45、cdc27、cdk12、cdk4、cdkn2a、cea、clpp、coa-1、cpsf、csnk1a1、ctag1、ctag2、细胞周期蛋白d1、细胞周期蛋白-a1、dek-can融合蛋白、dkk1、eftud2、延长因子2、enah(hmena)、ep-cam、epcam、epha3、上皮肿瘤抗原(“eta”)、etv6-aml1融合蛋白、ezh2、fgf5、flt3-itd、fn1、g250/mn/caix、gage-1,2,8、gage-3,4,5,6,7、gas7、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、gntv、gp100/pmel17、gpnmb、haus3、海普森(hepsin)、her-2/neu、herv-k-mel、hla-a11、hla-a2、hla-dob、hsp70-2、ido1、igf2b3、il13rα2、肠羧基酯酶、k-ras、激肽释放素4、kif20a、kk-lc-1、kklc1、km-hn-1、kmhn1(又称为ccdc110)、lage-1、ldlr-岩藻糖基转移酶as融合蛋白、莱格西因(lengsin)、m-csf、mage-a1、mage-a10、mage-a12、mage-a2、mage-a3、mage-a4、mage-a6、mage-a9、mage-c1、mage-c2、苹果酸酶、乳腺珠蛋白-a、mart2、matn、mc1r、mcsp、mdm-2、me1、melan-a/mart-1、meloe、中期因子、mmp-2、mmp-7、muc1、muc5ac、黏蛋白、mum-1、mum-2、mum-3、肌凝蛋白、i类肌凝蛋白、n-raw、na88-a、新-pap、nfyc、ny-br-1、ny-eso-1/lage-2、oa1、ogt、os-9、p多肽、p53、pap、pax5、pbf、pml-rarα融合蛋白、多态上皮黏蛋白(“pem”)、ppp1r3b、prame、prdx5、psa、psma、ptprk、rab38/ny-mel-1、rage-1、rbaf600、rgs5、rhoc、rnf43、ru2as、sage、分离蛋白1、sirt2、snrpd1、sox10、sp17、spa17、ssx-2、ssx-4、steap1、
4”)、白细胞介素-5(“il-5”)、白细胞介素-6(“il-6”)、白细胞介素-6可溶性受体(“il-6sr”)、白细胞介素-7(“il-7”)、白细胞介素-8(“il-8”)、白细胞介素-10(“il-10”)、白细胞介素-11(“il-11”)、白细胞介素-12的亚基β(“il-12p40”或“il-12p70”)、白细胞介素-13(“il-13”)、白细胞介素-15(“il-15”)、白细胞介素-16(“il-16”)、白细胞介素17a-f(“il-17a-f”)、白细胞介素-18(“il-18”)、白细胞介素-21(“il-21”)、白细胞介素-22(“il-22”)、白细胞介素-23(“il-23”)、白细胞介素-33(“il-33”)、趋化因子(c-c基序)配体2(“mcp-1”)、巨噬细胞群落刺激因子(“m-csf”)、由γ干扰素诱导的单核因子(“mig”)、趋化因子(c-c基序)配体2(“mip-1α”)、趋化因子(c-c基序)配体4(“mip-1β”)、巨噬细胞炎症蛋白-1-δ(“mip-1δ”)、血小板源生长因子亚基b(“pdgf-bb”)、趋化因子(c-c基序)配体5、调控活化正常t细胞表达及分泌蛋白(“rantes”)、timp金属肽酶抑制剂1(“timp-1”)、timp金属肽酶抑制剂2(“timp-2”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-α(“tnfα”)、肿瘤坏死因子、淋巴毒素-β(“tnfβ”)、1型可溶性tnf受体(“stnfri”)、stnfriiar、脑源神经营养因子(“bdnf”)、碱性成纤维细胞生长因子(“bfgf”)、骨成形性蛋白4(“bmp-4”)、骨成形性蛋白5(“bmp-5”)、骨成形性蛋白7(“bmp-7”)、神经生长因子(“b-ngf”)、表皮生长因子(“egf”)、表皮生长因子受体(“egfr”)、内分泌腺源血管内皮生长因子(“eg-vegf”)、成纤维细胞生长因子4(“fgf-4”)、角质细胞生长因子(“fgf-7”)、生长分化因子15(“gdf-15”)、神经胶细胞源神经营养因子(“gdnf”)、生长激素、结合肝素的egf样生长因子(“hb-egf”)、肝细胞生长因子(“hgf”)、胰岛素样生长因子结合蛋白1(“igfbp-1”)、胰岛素样生长因子结合蛋白2(“igfbp-2”)、胰岛素样生长因子结合蛋白3(“igfbp-3”)、胰岛素样生长因子结合蛋白4(“igfbp-4”)、胰岛素样生长因子结合蛋白6(“igfbp-6”)、胰岛素样生长因子1(“igf-1”)、胰岛素、巨噬细胞群落刺激因子(“m-csf r”)、神经生长因子受体(“ngf r”)、神经营养因子-3(“nt-3”)、神经营养因子-4(“nt-4”)、破骨细胞发生抑制因子(“护骨素(osteoprotegerin)”)、血小板源生长因子受体(“pdgf-aa”)、磷脂酰肌醇-聚糖生物合成蛋白(“pigf”)、skp、cullin、含有f-盒的复合物(“scf”)、干细胞因子受体(“scf r”)、转形生长因子α(“tgfα”)、转形生长因子β-1(“tgfβ1”)、转形生长因子β-3(“tgfβ3”)、血管内皮生长因子(“vegf”)、血管内皮生长因子受体2(“vegfr2”)、血管内皮生长因子受体3(“vegfr3”)、vegf-d 6ckine、酪氨酸蛋白激酶受体ufo(“axl”)、β细胞素(betacellulin)(“btc”)、黏膜相关上皮趋化因子(“ccl28”)、趋化因子(c-c基序)配体27(“ctack”)、趋化因子(c-x-c基序)配体16(“cxcl16”)、c-x-c基序趋化因子5(“ena-78”)、趋化因子(c-c基序)配体26(“嗜酸性粒细胞趋化因子-3”)、粒细胞趋化蛋白2(“gcp-2”)、gro、趋化因子(c-c基序)配体14(“hcc-l”)、趋化因子(c-c基序)配体16(“hcc-4”)、白细胞介素-9(“il-9”)、白细胞介素-17f(“il-17f”)、白细胞介素-18结合蛋白(“il-18bpa”)、白细胞介素-28a(“il-28a”)、白细胞介素29(“il-29”)、白细胞介素31(“il-31”)、c-x-c基序趋化因子10(“ip-10”)、趋化因子受体cxcr3(“i-tac”)、白血病抑制因子(“lif”)、light、趋化因子(c基序)配体(“淋巴细胞趋化因子(lymphotactin)”)、单核细胞化学吸引蛋白2(“mcp-2”)、单核细胞化学吸引蛋白3(“mcp-3”)、单核细胞化学吸引蛋白4(“mcp-4”)、巨噬细胞源趋化因子(“mdc”)、巨噬细胞迁移抑制因子(“mif”)、趋化因子(c-c基序)配体20(“mip-3α”)、c-c基序趋化因子19(“mip-3β”)、趋化因子(c-c基序)配体23(“mpif-1”)、巨噬细胞刺激蛋白α链(“mspα”)、核小体组装蛋白1样4(“nap-2”)、分泌磷蛋白1(“骨桥蛋白(osteopontin)”)、肺及活化调控细胞因子(“parc”)、血小板因子4(“pf4”)、基
质细胞源因子-1α(“sdf-1α”)、趋化因子(c-c基序)配体17(“tarc”)、胸腺表达的趋化因子(“teck”)、胸腺基质淋巴生成素(“tslp 4-ibb”)、cd 166抗原(“alcam”)、分化簇80(“b7-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员17(“bcma”)、分化簇14(“cd14”)、分化簇30(“cd30”)、分化簇40(“cd40配体”)、癌胚抗原相关细胞黏附分子1(胆管糖蛋白)(“ceacam-1”)、死亡受体6(“dr6”)、脱氧胸苷激酶(“dtk”)、1型膜糖蛋白(“内皮糖蛋白(endoglin)”)、受体酪氨酸蛋白激酶erbb-3(“erbb3”)、内皮-白血球黏附分子1(“e-选择素(selectin)”)、细胞凋亡抗原1(“fas”)、fms样酪氨酸激酶3(“flt-3l”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员1(“gitr”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员14(“hvem”)、细胞间黏附分子3(“icam-3”)、il-1r4、il-1ri、il-10rβ、il-17r、il-2rγ、il-21r、溶酶体膜蛋白2(“limpii”)、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(“脂质运载蛋白-2”)、cd62l(“l-选择素”)、淋巴内皮(“lyve-1”)、i类mhc多肽相关序列a(“mica”)、i类mhc多肽相关序列b(“micb”)、nrgl-βl、β-型血小板源生长因子受体(“pdgf rβ”)、血小板内皮细胞黏附分子(“pecam-1”)、rage、a型肝炎病毒细胞受体1(“tim-1”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员ioc(“trail r3”)、特拉平(trappin)蛋白转谷氨酰胺酶结合结构域(“特拉平-2”)、尿激酶受体(“upar”)、血管细胞黏附蛋白1(“vcam-1”)、xedar活化素a、野鼠色相关蛋白(“agrp”)、核糖核酸酶5(“血管生成素(angiogenin)”)、血管生成素(angiopoietin)1、血管抑素(angiostatin)、卡色谱因(catheprin)s、cd40、隐藏家族蛋白ib(“cripto-1”)、dan、dickkopf相关蛋白1(“dkk-1”)、e-钙黏蛋白、上皮细胞黏附分子(“epcam”)、fas配体(fasl或cd95l)、fcg riib/c、fouistatin、半乳糖凝集素-7、细胞间黏附分子2(“icam-2”)、il-13rl、il-13r2、il-17b、il-2ra、il-2rb、il-23、lap、神经元细胞黏附分子(“nrcam”)、纤维蛋白溶酶原活化抑制剂-1(“pai-1”)、血小板源生长因子受体(“pdgf-ab”)、抵抗素(resistin)、基质细胞源因子1(“sdf-1β”)、sgpl30、分泌型卷曲相关蛋白2(“shhn”)、唾液酸结合免疫球蛋白型凝集素(“siglec-5”)、st2、转形生长因子-β2(“tgfβ2”)、tie-2、血小板生成素(“tpo”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10d(“trail r4”)、表达于骨髓性细胞上的触发受体1(“trem-1”)、血管内皮生长因子c(“vegf-c”)、vegfrl脂联素、脂素(adipsin)(“and”)、α-胎蛋白(“afp”)、血管生成素样4(“angptl4”)、β-2-微球蛋白(“b2m”)、基底细胞黏附分子(“bcam”)、碳水化合物抗原125(“ca125”)、癌症抗原15-3(“ca15-3”)、癌胚抗原(“cea”)、camp受体蛋白(“crp”)、人类表皮生长因子受体2(“erbb2”)、滤泡抑素、滤泡刺激素(“fsh”)、趋化因子(c-x-c基序)配体1(“groα”)、人类绒毛膜促性腺激素(“βhcg”)、胰岛素样生长因子1受体(“igf-1sr”)、il-1srii、il-3、il-18rb、il-21、瘦素(leptin)、基质金属蛋白酶-1(“mmp-1”)、基质金属蛋白酶-2(“mmp-2”)、基质金属蛋白酶-3(“mmp-3”)、基质金属蛋白酶-8(“mmp-8”)、基质金属蛋白酶-9(“mmp-9”)、基质金属蛋白酶-10(“mmp-10”)、基质金属蛋白酶-13(“mmp-13”)、神经细胞黏附分子(“ncam-1”)、巢蛋白(entactin)(“巢蛋白(nidogen)-1”)、神经元特异性烯醇酶(“nse”)、抑瘤素(oncostatin)m(“osm”)、原降钙素(procalcitonin)、泌乳素(prolactin)、前列腺特异性抗原(“psa”)、结合唾液酸的ig样凝集素9(“siglec-9”)、adam 17内肽酶(“tace”)、甲状腺球蛋白(thyroglobulin)、金属蛋白酶抑制剂4(“timp-4”)、tsh2b4、含有去整合素(disintegrin)及金属蛋白酶结构域的蛋白质9(“adam-9”)、血管生成素2、肿瘤坏死因子配体超家族成员13/富酸性白氨酸核磷蛋白32家族成员b(“april”)、骨成形性蛋白2(“bmp-2”)、骨成形性蛋白9(“bmp-9”)、补体组分5a(“c5a”)、细胞自溶酶l、cd200、cd97、趋化素
(chemerin)、肿瘤坏死因子受体超家族成员6b(“dcr3”)、脂肪酸结合蛋白2(“fabp2”)、成纤维细胞活化蛋白、α(“fap”)、成纤维细胞生长因子19(“fgf-19”)、半乳糖凝集素-3、肝细胞生长因子受体(“hgf r”)、ifn-γα/βr2、胰岛素样生长因子2(“igf-2”)、胰岛素样生长因子2受体(“igf-2r”)、白细胞介素-1受体6(“il-1r6”)、白细胞介素24(“il-24”)、白细胞介素33(“il-33”)、激肽释放素(kallikrein)14、天门冬酰胺酰基内肽酶(“天门冬酰胺内肽酶(legumain)”)、氧化型低密度脂蛋白受体1(“lox-1”)、甘露糖结合凝集素(“mbl”)、脑啡肽酶(neprilysin)(“nep”)、notch同系物1、易位相关(果蝇(drosophila))(“notch-1”)、肾胚细胞瘤过度表达的蛋白(“nov”)、骨活化素(osteoactivin)、程序化细胞死亡蛋白1(“pd-1”)、n-乙酰基胞壁酰基
‑‑
l-丙氨酸酰胺酶(“pgrp-5”)、丝氨酸蛋白酶抑制剂(serpin)a4、分泌型卷曲相关蛋白3(“sfrp-3”)、血栓调节蛋白(thrombomodulin)、toll样受体2(“tlr2”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员10a(“trail rl”)、运铁蛋白(“trf”)、wif-lace-2、白蛋白、amica、血管生成素4、b细胞活化因子(“baff”)、碳水化合物抗原19-9(“ca19-9”)、cd 163、丛生蛋白(clusterin)、crt am、趋化因子(c-x-c基序)配体14(“cxcl14”)、胱抑素(cystatin)c、核心蛋白聚糖(decorin)(“dcn”)、dickkopf相关蛋白3(“dkk-3”)、δ样蛋白质1(“dll1”)、胎球蛋白(fetuin)a、肝素结合生长因子1(“afgf”)、叶酸受体α(“folr1”)、弗林蛋白酶(furin)、gpcr相关分选蛋白1(“gasp-1”)、gpcr相关分选蛋白2(“gasp-2”)、粒细胞群落刺激因子受体(“gcsf r”)、丝氨酸蛋白酶海普森(“hai-2”)、白细胞介素-17b受体(“il-17b r”)、白细胞介素27(“il-27”)、淋巴细胞活化基因3(“lag-3”)、缺脂脂蛋白a-v(“ldl r”)、胃蛋白酶原i、视黄醇结合蛋白4(“rbp4”)、sost、类肝素硫酸蛋白聚糖(“共结合蛋白聚糖-1(syndecan-1)”)、肿瘤坏死因子受体超家族成员13b(“taci”)、组织因子通路抑制剂(“tfpi”)、tsp-1、肿瘤坏死因子受体超家族成员10b(“trail r2”)、trance、肌钙蛋白i(troponin i)、尿激酶纤维蛋白溶酶原活化剂(“upa”)、钙黏蛋白5、2型或ve-钙黏蛋白(血管内皮)(还称为cd144，“ve-钙黏蛋白”)、wntl可诱导型信号传导通路蛋白1(“wisp-1”)及核因子κb的受体活化剂(“rank”)。
[1775]
在一些实施例中，癌症治疗剂是抗癌症化合物。示例性抗癌症化合物包括但不限于阿仑单抗阿利维a酸阿那曲唑贝伐单抗贝沙罗汀硼替佐米博舒替尼本妥昔单抗卡巴坦尼卡菲佐米西妥昔单抗克里唑蒂尼达沙替尼地尼介白素盐酸埃罗替尼依维莫司依西美坦氟维司群吉非替尼替坦异贝莫单抗甲磺酸伊马替尼伊匹单抗二对甲苯磺酸拉帕替尼来曲唑尼洛替尼奥法木单抗帕尼单抗盐酸帕唑帕尼帕妥珠单抗普拉曲沙瑞戈非尼利妥昔单抗罗米地辛
of antimicrobial therapy[抗微生物疗法的一般原则].mayo clin proc.[梅欧医院院刊]86(2):156-167)。在某些实施例中，可使用抗生素来选择性靶向特定生态位的细菌。在一些实施例中，可使用已知治疗包含癌症生态位的特定感染的抗生素来靶向癌症相关微生物(包含该生态位中非癌症相关细菌)。在其他实施例中，在固体剂型之后施用抗生素。在一些实施例中，在固体剂型之前施用抗生素。
[1784]
在一些方面，可基于杀细菌或细菌抑制性质来选择抗生素。杀细菌抗生素包含破坏细胞壁(例如β-内酰胺)、细胞膜(例如达托霉素(daptomycin))或细菌dna(例如氟喹诺酮(fluoroquinolone))的作用机制。细菌抑制剂抑制细菌复制且包含磺酰胺、四环素(tetracycline)及巨环内酯并通过抑制蛋白质合成来发挥作用。另外，尽管一些药物可在某些生物体中具有杀细菌性且在其他生物体中具有细菌抑制性，但知晓靶生物体使得本领域技术人员可选择具有适当性质的抗生素。在某些治疗条件中，细菌抑制抗生素抑制杀细菌抗生素的活性。因此，在某些实施例中，并不组合杀细菌抗生素及细菌抑制抗生素。
[1785]
抗生素包括但不限于氨基糖苷、安莎霉素(ansamycin)、碳头孢烯(carbacephem)、碳青霉烯(carbapenem)、头孢菌素(cephalosporin)、糖肽、林可酰胺(lincosamide)、脂肽、巨环内酯、单酰胺菌素(monobactam)、硝基呋喃、噁唑烷酮、青霉素(penicillin)、多肽抗生素、喹诺酮(quinolone)、氟喹诺酮、磺酰胺、四环素及抗分枝杆菌化合物及其组合。
[1786]
氨基糖苷包括但不限于阿米卡星(amikacin)、庆大霉素(gentamicin)、卡那霉素(kanamycin)、新霉素(neomycin)、奈替米星(netilmicin)、妥布霉素(tobramycin)、巴龙霉素(paromomycin)及大观霉素(spectinomycin)。氨基糖苷可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌(例如大肠杆菌、克雷伯氏菌属、铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa)及土伦病弗朗西斯氏菌(francisella tularensis))且抵抗某些需氧细菌，但对于专性/兼性厌氧菌具有较小有效性。据信，氨基糖苷结合至细菌30s或50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。
[1787]
安莎霉素包括但不限于格尔德霉素(geldanamycin)、除莠霉素(herbimycin)、利福霉素(rifamycin)及曲张链菌素(streptovaricin)。据信，格尔德霉素及除莠霉素抑制或改变热休克蛋白90的功能。
[1788]
碳头孢烯包括但不限于氯碳头孢(loracarbef)。据信，碳头孢烯抑制细菌细胞壁合成。
[1789]
碳青霉烯包括但不限于厄他培南(ertapenem)、多尼培南(doripenem)、亚胺培南(imipenem)/西司他丁(cilastatin)及美罗培南(meropenem)。碳青霉烯作为宽谱抗生素对革兰氏阳性细菌及革兰氏阴性细菌均具有杀细菌性。据信，碳青霉烯抑制细菌细胞壁合成。
[1790]
头孢菌素包括但不限于头孢羟氨苄(cefadroxil)、头孢唑啉(cefazolin)、头孢噻吩(cefalotin)、头孢金素(cefalothin)、头孢氨苄(cefalexin)、头孢克洛(cefaclor)、头孢孟多(cefamandole)、头孢西丁(cefoxitin)、头孢丙烯(cefprozil)、头孢呋辛(cefuroxime)、头孢克肟(cefixime)、头孢地尼(cefdinir)、头孢托仑(cefditoren)、头孢哌酮(cefoperazone)、头孢噻肟(cefotaxime)、头孢泊肟(cefpodoxime)、头孢他啶(ceftazidime)、头孢布烯(ceftibuten)、头孢唑肟(ceftizoxime)、头孢曲松(ceftriaxone)、头孢吡肟(cefepime)、头孢他洛林酯(ceftaroline fosamil)及头孢比普(ceftobiprole)。所选头孢菌素可效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌及革兰氏阳性细菌(包含假单胞菌(pseudomonas))，某些头孢菌素可有效抵抗甲氧西林(methicillin)抗性金黄色
葡萄球菌(staphylococcus aureus)(mrsa)。据信，头孢菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。
[1791]
糖肽包括但不限于替考拉宁(teicoplanin)、万古霉素(vancomycin)及特拉万星(telavancin)。糖肽可有效抵抗(例如)好氧及厌氧革兰氏阳性细菌(包含mrsa及艰难梭菌)。据信，糖肽通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。
[1792]
林可酰胺包括但不限于克林达霉素(clindamycin)及林可霉素(lincomycin)。林可酰胺可有效抵抗(例如)厌氧细菌以及葡萄球菌(staphylococcus)及链球菌(streptococcus)。据信，林可酰胺结合至细菌50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。
[1793]
脂肽包括但不限于达托霉素。脂肽可有效抵抗例如革兰氏阳性细菌。据信，脂肽结合至细菌膜并引起快速去极化。
[1794]
巨环内酯包括但不限于阿奇霉素(azithromycin)、克拉霉素(clarithromycin)、地红霉素(dirithromycin)、红霉素(erythromycin)、罗红霉素(roxithromycin)、醋竹桃霉素(troleandomycin)、泰利霉素(telithromycin)及螺旋霉素(spiramycin)。巨环内酯可有效抵抗例如链球菌属及支原体属(mycoplasma)。据信，巨环内酯结合至细菌或50s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。
[1795]
单酰胺菌素包括但不限于胺曲南(aztreonam)。单酰胺菌素可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌。据信，单酰胺菌素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。
[1796]
硝基呋喃包括但不限于呋喃唑酮(furazolidone)及呋喃妥因(nitrofurantoin)。
[1797]
噁唑烷酮包括但不限于利奈唑胺(linezolid)、泼斯唑来(posizolid)、雷得唑来(radezolid)及特地唑胺(torezolid)。据信，噁唑烷酮是蛋白质合成抑制剂。
[1798]
青霉素包括但不限于阿莫西林(amoxicillin)、氨苄西林(ampicillin)、阿洛西林(azlocillin)、羧苄青霉素(carbenicillin)、氯噻青霉素(cloxacillin)、二氯噻青霉素(dicloxacillin)、氟氯西林(flucloxacillin)、美洛西林(mezlocillin)、甲氧西林、萘夫西林(nafcillin)、苯唑西林(oxacillin)、青霉素g、青霉素v、哌拉西林(piperacillin)、替莫西林(temocillin)及替卡西林(ticarcillin)。青霉素可有效抵抗例如革兰氏阳性细菌、兼性厌氧菌(例如链球菌属、包柔氏螺旋体属(borrelia)及密螺旋体属(treponema))。据信，青霉素通过破坏细菌细胞壁的肽聚糖层的合成来抑制细菌细胞壁合成。
[1799]
青霉素组合包括但不限于阿莫西林/克拉维酸盐(clavulanate)、氨苄西林/舒巴坦(sulbactam)、哌拉西林/三唑巴坦(tazobactam)及替卡西林/克拉维酸盐。
[1800]
多肽抗生素包括但不限于杆菌肽(bacitracin)、黏菌素(colistin)及多黏菌素(polymyxin)b及e。多肽抗生素可有效抵抗(例如)革兰氏阴性细菌。据信，某些多肽抗生素抑制涉及细菌细胞壁的肽聚糖层的合成的焦磷酸异戊二烯基酯，而其他多肽抗生素通过置换细菌相对离子来去稳定细菌外膜。
[1801]
喹诺酮及氟喹诺酮包括但不限于环丙沙星(ciprofloxacin)、依诺沙星(enoxacin)、加替沙星(gatifloxacin)、吉米沙星(gemifloxacin)、左氧氟沙星(levofloxacin)、洛美沙星(lomefloxacin)、莫西沙星(moxifloxacin)、萘啶酮酸(nalidixic acid)、诺氟沙星(norfloxacin)、氧氟沙星(ofloxacin)、曲伐沙星(trovafloxacin)、格帕沙星(grepafloxacin)、司帕沙星(sparfloxacin)及替马沙星
(temafloxacin)。喹诺酮/氟喹诺酮可有效抵抗(例如)链球菌属及奈瑟菌属(neisseria)。据信，喹诺酮/氟喹诺酮抑制细菌dna旋转酶或拓扑异构酶iv，由此抑制dna复制及转录。
[1802]
磺酰胺包括但不限于磺胺米隆(mafenide)、磺胺醋酰(sulfacetamide)、磺胺嘧啶(sulfadiazine)、磺胺嘧啶银、磺胺地索辛(sulfadimethoxine)、磺胺甲噻二唑(sulfamethizole)、磺胺甲噁唑(sulfamethoxazole)、磺胺亚胺基(sulfanilimide)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、磺胺异噁唑(sulfisoxazole)、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑(trimethoprim-sulfamethoxazole)(复方磺胺甲噁唑(co-trimoxazole))及磺酰胺基柯衣汀(sulfonamidochrysoidine)。据信，磺酰胺通过竞争性抑制二氢蝶酸合成酶来抑制叶酸合成，由此抑制核酸合成。
[1803]
四环素类包括但不限于地美环素(demeclocycline)、强力霉素(doxycycline)、米诺环素(minocycline)、土霉素(oxytetracycline)及四环素。四环素类可有效抵抗例如革兰氏阴性细菌。据信，四环素结合至细菌30s核糖体亚基，由此抑制细菌蛋白合成。
[1804]
抗分枝杆菌化合物包括但不限于氯法齐明(clofazimine)、胺苯砜(dapsone)、卷曲霉素(capreomycin)、环丝氨酸(cycloserine)、乙胺丁醇(ethambutol)、乙硫异烟酰胺(ethionamide)、异烟酸肼(isoniazid)、吡嗪酰胺(pyrazinamide)、利福平(rifampicin)、利福布汀(rifabutin)、利福喷丁(rifapentine)及链霉素(streptomycin)。
[1805]
合适的抗生素还包含胂凡纳明(arsphenamine)、氯霉素(chloramphenicol)、磷霉素(fosfomycin)、夫西地酸(fusidic acid)、甲硝唑(metronidazole)、莫匹罗星(mupirocin)、平板霉素(platensimycin)、奎奴普汀(quinupristin)/达福普汀(dalfopristin)、替吉环素(tigecycline)、替硝唑(tinidazole)、甲氧苄啶-阿莫西林(trimethoprim amoxicillin)/克拉维酸盐、氨苄西林/舒巴坦、安福霉素-利托菌素(amphomycin ristocetin)、阿奇霉素、杆菌肽、卜福林(buforin)ii、卡波霉素(carbomycin)、杀菌肽(cecropin)pl、克拉霉素、红霉素、呋喃唑酮、夫西地酸、夫西地钠、短杆菌素(gramicidin)、亚胺培南、吲哚菌素(indolicidin)、交沙霉素(josamycin)、马盖纳尼(magainan)ii、甲硝唑(metronidazole)、硝基咪唑、米卡霉素(mikamycin)、变链素(mutacin)b-ny266、变链素b-jhl 140、变链素j-t8、乳链球菌素(nisin)、乳链球菌素a、新生霉素(novobiocin)、竹桃霉素(oleandomycin)、奥斯立星(ostreogrycin)、哌拉西林/三唑巴坦、普那霉素(pristinamycin)、雷莫拉宁(ramoplanin)、牛蛙皮肤抗菌肽(ranalexin)、罗伊氏素(reuterin)、利福昔明(rifaximin)、蔷薇霉素(rosamicin)、罗沙米星(rosaramicin)、大观霉素、螺旋霉素、葡萄霉素(staphylomycin)、链霉杀阳素(streptogramin)、链霉杀阳素a、协同菌素(synergistin)、牛磺罗定(taurolidine)、替考拉宁、泰利霉素、替卡西林/克拉维酸(clavulanic acid)、三乙酰基竹桃霉素(triacetyloleandomycin)、泰洛星(tylosin)、短杆菌酪肽(tyrocidin)、短杆菌素(tyrothricin)、万古霉素、维马霉素(vemamycin)及维吉霉素(virginiamycin)。
[1806]
在一些实施例中，另外的药剂是免疫抑制剂、dmard、止痛药、类固醇、非类固醇抗炎药(nsaid)或细胞因子拮抗剂，及其组合。代表性药剂包括但不限于环孢菌素、类视黄醇、皮质类固醇、丙酸衍生物、乙酸衍生物、烯醇酸衍生物、芬那酸衍生物、cox-2抑制剂、鲁美昔布(lumiracoxib)、布洛芬(ibuprophen)、水杨酸胆碱镁(cholin magnesium salicylate)、非诺洛芬(fenoprofen)、双水杨酯(salsalate)、二氟苯水杨酸(difunisal)、托美汀
956980、狄诺塞麦(denosumab)、il-6拮抗剂、cd20拮抗剂、ctla4拮抗剂、il-8拮抗剂、il-21拮抗剂、il-22拮抗剂、整合素拮抗剂((那他珠单抗))、vgef拮抗剂、cxcl拮抗剂、mmp拮抗剂、防御素拮抗剂、il-1拮抗剂(包括il-1β拮抗剂)，及il-23拮抗剂(例如，受体诱捕物、拮抗性抗体等)。
[1807]
在一些实施例中，另外的药剂是免疫抑制剂。免疫抑制剂的实例包括但不限于皮质类固醇激素、美色拉嗪(mesalazine)、美色拉明(mesalamine)、柳氮磺胺吡啶(sulfasalazine)、柳氮磺胺吡啶衍生物、免疫抑制药物、环孢菌素a、巯基嘌呤、硫唑嘌呤(azathiopurine)、强的松、氨甲喋呤、抗组胺药、糖皮质激素、肾上腺素、茶碱、色甘酸钠、抗白三烯、用于鼻炎的抗胆碱能药物、tlr拮抗剂、发炎体抑制剂、抗胆碱能解充血剂、肥大细胞稳定剂、单克隆抗ige抗体、疫苗(例如，用于其中使过敏原的量逐渐增加的接种疫苗的疫苗)、细胞因子抑制剂(诸如抗il-6抗体)、tnf抑制剂(诸如英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇赛妥珠单抗、戈利木单抗或依那西普及其组合)。
[1808]
施用
[1809]
在某些方面中，本文提供向受试者递送本文描述的固体剂型的方法。在本文提供的方法的一些实施例中，施用固体剂型且联合施用另外的药剂。在一些实施例中，固体剂型包含药剂，该药剂包含与另外的药剂共同配制的细菌和/或mev。在一些实施例中，固体剂型与另外的药剂共同施用。在一些实施例中，在施用固体剂型之前(例如之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟，之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，或之前约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天)，向受试者施用另外的药剂。在一些实施例中，在施用固体剂型之后(例如之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50或55分钟，之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22或23小时，或之后约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天)，向受试者施用另外的药剂。在一些实施例中，使用相同递送模式来递送固体剂型及另外的药剂。在一些实施例中，使用不同递送模式来施用固体剂型及另外的药剂。例如，在一些实施例中，经口施用固体剂型，而经由注射(例如静脉内、肌内和/或肿瘤内注射)施用另外的药剂。
[1810]
在某些实施例中，本文所述的固体剂型可与任一其他常规抗癌治疗(例如诸如放射疗法及肿瘤手术切除术)联合施用。这些治疗可在需要和/或指示时应用且可发生于施用本文所述的固体剂型之前、同时或之后。
[1811]
剂量方案可为各种方法及量中的任一者，且可通过本领域技术人员根据已知临床因素来确定。如医学技术中已知，任一患者的剂量可取决于许多因素，包含受试者物种、大小、体表面积、年龄、性别、免疫活性及总体健康状况、有待施用的特定微生物、持续时间及施用途径、疾病种类及阶段(例如肿瘤大小)及其他化合物(例如同时或近乎同时施用的药物)。除上述因素外，这些水平可受微生物感染性及微生物性质影响，如可由本领域技术人员所测定。在本发明的方法中，微生物的适当最小剂量程度可为足够使微生物存活、生长及复制的程度。可根据剂型、施用途径、靶疾病的程度或阶段等来适当地设定或调节本文所述的药剂(例如呈固体剂型)的剂量。例如，药剂的一般有效剂量范围可为0.01mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.1mg/kg体重/天至1000mg/kg体重/天、0.5mg/kg体重/天至500mg/kg体重/天、1mg/kg体重/天至100mg/kg体重/天或5mg/kg体重/天至50mg/kg体重/天。有效
剂量可为0.01、0.05、0.1、0.5、1、2、3、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、500或1000mg/kg体重/天或更高，但剂量并不限于此。
[1812]
在一些实施例中，向受试者施用的剂量足以预防疾病(例如，自身免疫性疾病、炎性疾病、代谢性疾病、菌群失调或癌症)、延迟其发作或减缓或停止其进展，或减轻疾病的一个或多个症状。本领域技术人员将认识到，剂量将取决于多种因素，包含所采用特定药用剂(例如药剂)的强度以及受试者的年龄、物种、病症及体重。还根据以下因素来确定剂量大小：施用途径、时机及频率以及可伴随施用特定药剂的任何不良副作用的存在、性质及程度及期望的生理作用。
[1813]
可通过本领域技术人员已知的常规范围探测技术来确定合适的剂量及剂量方案。通常，以较小剂量开始治疗，该剂量小于化合物的最佳剂量。然后，以小增量增加剂量直至达到该状况下的最佳效果为止。有效剂量及治疗方案可通过常规及常规方式来确定，例如，其中在实验室动物中以低剂量开始且然后增加剂量，同时监测效果，且还系统地改变剂量方案。通常使用动物研究来测定每公斤重量的生物活性药剂的最大可耐受剂量(“mtd”)。本领域技术人员通常在其他物种(包含人)中外推剂量以达到功效，同时避免毒性。
[1814]
根据上文，在治疗应用中，与影响所选剂量的其他因素相比，用于本发明的药剂的剂量尤其取决于以下因素有所变化：活性剂、年龄、体重及接受患者的临床状况及施用疗法的临床医师或从业人员的经历及判断。例如，对于癌症治疗，剂量应足以导致减缓肿瘤的生长，优选地使肿瘤的生长消退，并且最优选地导致癌症的完全消退，或者转移的大小或数目的减小。作为另一个实例，剂量应足以导致减缓受试者正在治疗的疾病的进展，优选地改善受试者正在治疗的疾病的一个或多个症状。
[1815]
分开施用可包括任何数量的两次或更多次施用，包括二、三、四、五或六次施用。本领域技术人员可容易地根据本领域中已知的用于监测治疗方法的方法及本文提供的其他监测方法确定进行施用的次数或进行一或多次额外施用的期望。因此，本文提供的方法包括向受试者提供固体剂型的一或多次施用的方法，其中施用次数可通过监测受试者确定，且基于监测的结果，判定是否需提供一或多次另外施用。可基于各种监测结果决定是否需提供一或多次另外施用。
[1816]
施用间的时间段可为各个时间段中的任一者。施用间的时间段可随各种因素中的任一者而变化，包括监测步骤(如关于施用数量所描述)、受试者建立免疫应答的时间段。在一个实例中，时间段可随受试者建立免疫应答的时间段而变化；例如，时间段可大于受试者建立免疫应答的时间段，例如大于约一周、大于约10天、大于约两周或大于约一个月；在另一个实例中，时间段可小于受试者建立免疫应答的时间段，例如小于约一周、小于约十天、小于约两周或小于约一个月。
[1817]
在一些实施例中，另外的药剂与本文描述的固体剂型的组合的递送减少另外的药剂的不良反应和/或改善另外的药剂的功效。
[1818]
本文所述的另外的药剂的有效剂量是针对特定受试者、组合物及施用模式有效达成所需药剂反应且对受试者的毒性最小的另外的药剂的量。可使用本文所述的方法来鉴别有效剂量水平且将取决于多种药物动力学因素，包含所施用特定组合物或药剂的活性、施用途径、施用时间、所采用特定化合物的排泄速率、治疗持续时间、与所采用特定组合物组合使用的其他药物、化合物和/或材料、所治疗受试者的年龄、性别、体重、病症、总体健康状
况及先前医学史以及医学技术中熟知的类似因素。一般而言，另外的药剂的有效剂量将是该另外的药剂的量，其为有效产生治疗效果的最低剂量。通常这样的有效剂量将取决于上文所述的这些因素。
[1819]
另外的药剂的毒性是受试者在治疗期间及治疗之后经受的不良反应的水平。与另外的治疗剂毒性相关的不良事件可以包括但不限于：腹痛、酸消化不良、酸回流、过敏反应、秃发、全身性过敏反应、贫血、焦虑、食欲不振、关节痛、乏力、运动失调、氮质血症、失去平衡、骨痛、出血、血凝块、低血压、血压升高、呼吸困难、支气管炎、淤血、白血球计数降低、红血球计数降低、血小板计数降低、心脏毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、心律不整、心瓣膜疾病、心肌病、冠状动脉疾病、白内障、中枢神经毒性、认知障碍、意识模糊、结膜炎、便秘、咳嗽、痉挛、膀胱炎、深层静脉栓塞、脱水、抑郁、腹泻、眩晕、口干、皮肤干燥、消化不良、呼吸困难(dyspnea)、水肿、电解质不平衡、食道炎、疲乏、生育力丧失、发烧、胃肠积气、面红、胃逆流、胃食道逆流病、生殖器疼痛、粒细胞减少症、男子女乳症、青光眼、脱发、手足综合征、头痛、听觉损失、心脏衰竭、心悸、胃灼热、血肿、出血性膀胱炎、肝毒性、高淀粉酶血症、高钙血症、高氯血症、高糖血症、高钾血症、高脂血症、高镁血症、高钠血症、高磷酸盐血症、色素过多、高三酸甘油酯血症、高尿酸血症、低白蛋白血症、低钙血症、低氯血症、低血糖症、低钾血症、低镁血症、低钠血症、低磷酸盐血症、阳萎、感染、注射部位反应、失眠、缺铁、瘙痒、关节痛、肾衰竭、白细胞减少症、肝功能障碍、失忆、闭经、口疮、黏膜炎、肌肉痛、肌痛、骨髓抑制、心肌炎、嗜中性白血球减少性发烧、恶心、肾毒性、嗜中性白血球减少症、流鼻血、麻木、耳毒性、疼痛、手足综合征(palmar-plantar erythrodysesthesia)、全部血球减少症、心包炎、周边神经病变、咽炎、畏光、光敏感、肺炎(pneumonia)、局限性肺炎(pneumonitis)、蛋白尿、肺血栓、肺性纤维化、肺毒性、皮疹、心跳加快、直肠出血、坐立不安、鼻炎、癫痫、呼吸短促、鼻窦炎、血小板减少症、耳鸣、泌尿道感染、阴道出血、阴道干燥、眩晕、水滞留(water retention)、无力、体重减轻、体重增加及口干症(xerostomia)。一般而言，如果经由疗法所达到的受试者益处胜过受试者因疗法所经历的不良事件，则毒性是可接受的。
[1820]
免疫障碍
[1821]
在一些实施例中，本文所述的方法及固体剂型涉及治疗或预防与病理学免疫反应相关的疾病或障碍(如自身免疫性疾病、过敏反应和/或炎性疾病)。在一些实施例中，疾病或障碍是炎性肠病(例如，克罗恩病或溃疡性结肠炎)。在一些实施例中，疾病或障碍是银屑病。在一些实施例中，疾病或障碍是特应性皮炎。
[1822]
本文所述的方法和固体剂型可用以治疗有需要的任何受试者。如本文中所使用，“有需要的受试者”包括患有与病理学免疫应答相关的疾病或障碍(例如，炎性肠病)的任何受试者，及具有增加获得此疾病或障碍的可能性的任何受试者。
[1823]
本文所述的固体剂型可例如用作预防或治疗(部分或完全减少以下疾病的不利影响)自身免疫性疾病，如慢性炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、穆-韦二氏综合征、类风湿性关节炎、多发性硬化或桥本病(hashimoto's disease)；过敏性疾病，如食物过敏、花粉热或哮喘；传染性疾病，如艰难梭菌感染；炎性疾病，如tnf介导的炎性疾病(例如，胃肠道炎性疾病，如结肠袋炎(pouchitis)；心血管炎性疾病，如动脉粥样硬化；或炎性肺病，如慢性阻塞性肺疾病)的药物组合物；用作用于抑制器官移植中的排斥或其中可能发生组织排斥的其他情况的药物组合物；用作用于改善免疫功能的补充剂、食物或饮料；或用作用于抑制免
syndrome)、颞动脉炎、韦格纳肉芽肿病(wegener's granulomatosis)、温热自身免疫性溶血性贫血、间质性膀胱炎、莱姆病(lyme disease)、局限性硬皮病、银屑病、结节病、硬皮病、溃疡性结肠炎及白癜风。
[1831]
本文所述的方法及固体剂型可用以治疗具有发炎成分的t细胞介导的超敏性疾病。此类病症包括但不限于接触性超敏反应、接触性皮炎(包括由于毒葛引起的接触性皮炎)、荨麻疹、皮肤过敏、呼吸道过敏(花粉热、过敏性鼻炎、屋尘螨过敏)及麸胶敏感性肠病(乳糜泻)。
[1832]
可用本发明的方法及固体剂型治疗的其他免疫病症包括例如阑尾炎、皮炎、皮肌炎、心内膜炎、纤维组织炎、齿龈炎、舌炎、肝炎、化脓性汗腺炎、虹膜炎、喉炎、乳腺炎、心肌炎、肾炎、耳炎、胰脏炎、腮腺炎、心包炎、腹膜炎(peritonoitis)、咽炎、胸膜炎、局限性肺炎、前列腺增生症(prostatistis)、肾盂肾炎及口炎(stomatisi)、移植排斥(涉及如肾、肝、心脏、肺、胰脏(例如，胰岛细胞)、骨髓、角膜、小肠的器官，同种异体皮肤移植、皮肤同种移植物及心脏瓣膜异种移植、血清病及移植物抗宿主病)、急性胰脏炎、慢性胰脏炎、急性呼吸窘迫综合征、西扎利氏综合征(sexary's syndrome)、先天性肾上腺增生、非化脓性甲状腺炎、高钙血症相关癌症、天疱疮、大疱性疱疹样皮炎、重度多形红斑、剥脱性皮炎、脂溢性皮炎、季节性或常年性过敏性鼻炎、支气管哮喘、接触性皮炎、特应性皮炎、药物超敏反应、过敏性结膜炎、角膜炎、眼带状疱疹、虹膜炎及虹膜睫状体炎、脉络膜视网膜炎、视神经炎、结节病性结节病、暴发性或散播性肺结核化学疗法、成人特发性血小板减少性紫癜、成人继发性血小板减少症、获得性(自身免疫性)溶血性贫血症、成人白血病及淋巴瘤、儿童急性白血病、局限性肠炎、自身免疫性血管炎、多发性硬化、慢性阻塞性肺疾病、实体器官移植排斥反应、败血症。优选治疗包括以下的治疗：移植排斥、类风湿性关节炎、银屑病关节炎、多发性硬化、1型糖尿病、哮喘、炎性肠病、系统性红斑狼疮、银屑病、慢性阻塞性肺疾病及伴随感染病症的炎症(例如，败血症)。
[1833]
代谢障碍
[1834]
在一些实施例中，本文所述的方法和固体剂型涉及治疗或预防代谢性疾病或障碍，例如ii型糖尿病、糖耐量受损、胰岛素抵抗、肥胖、高血糖、高胰岛素血症、脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎、高胆固醇血症、高血压、高脂蛋白血症、高脂血症、高甘油三酯血症、酮酸中毒、低血糖、血栓性疾病、血脂异常、非酒精性脂肪性肝病(nafld)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)或相关疾病。在一些实施例中，相关疾病是心血管疾病、动脉粥样硬化、肾脏疾病、肾病、糖尿病性神经病、糖尿病性视网膜病变、性功能障碍、皮肤病、消化不良或水肿。在一些实施例中，本文所述的方法和药物组合物涉及非酒精性脂肪性肝病(nafld)和非酒精性脂肪性肝炎(nash)的治疗。
[1835]
本文所述的方法和固体剂型可用以治疗有需要的任何受试者。如本文所使用的，“有需要的受试者”包括具有代谢性疾病或障碍的任何受试者，以及具有获得这种疾病或障碍的增加的可能性的任何受试者。
[1836]
本文所述的固体剂型可用于例如预防或治疗代谢性疾病(部分或完全地减少代谢性疾病的不利影响)，所述代谢性疾病是例如ii型糖尿病、糖耐量受损、胰岛素抵抗、肥胖、高血糖、高胰岛素血症、脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎、高胆固醇血症、高血压、高脂蛋白血症、高脂血症、高甘油三酯血症、酮酸中毒、低血糖、血栓性疾病、血脂异常、非酒精性脂肪性
肝病(nafld)、非酒精性脂肪性肝炎(nash)或相关疾病。在一些实施例中，相关疾病是心血管疾病、动脉粥样硬化、肾脏疾病、肾病、糖尿病性神经病、糖尿病性视网膜病变、性功能障碍、皮肤病、消化不良或水肿。
[1837]
癌症
[1838]
在一些实施例中，本文所述的方法及固体剂型涉及癌症治疗。在一些实施例中，任何癌症可使用本文所述的方法治疗。可通过本文描述的方法及固体剂型治疗的癌症的实例包括但不限于来自以下的癌细胞：膀胱、血液、骨头、骨髓、脑、乳房、结肠、食道、胃肠、牙龈、头、肾、肝、肺、鼻咽、颈、卵巢、前列腺、皮肤、胃、睪丸、舌头或子宫。另外，该癌症可特定地是下列组织学类型，但其不限于这些类型：赘瘤，恶性；癌；癌，未分化；巨大及梭细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌(basal cell carcinoma)；毛发基质(pilomatrix)癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性；胆管癌；肝细胞癌；肝细胞癌合并胆管癌；小梁腺癌；腺样囊性癌；腺瘤息肉的腺癌；腺癌，家族性结肠息肉；实体癌；类癌瘤，恶性；细支气管肺泡(branchiolo-alveolar)腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸性细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱性粒细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡性腺癌；乳头状及滤泡性腺癌；非包膜性硬化性癌；肾上腺皮质癌；子宫内膜样癌；皮肤附器癌；顶浆(apocrine)腺癌；皮脂腺癌；耵聍(ceruminous)腺癌；黏液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；黏液性囊腺癌；黏液性腺癌；戒环细胞癌；浸润性管状癌；髓样癌；小叶癌；发炎癌；佩吉特氏病，乳房；腺泡细胞癌；腺鳞癌；腺癌与鳞状转移瘤(adenocarcinoma w/squamous metaplasia)；胸腺瘤，恶性；卵巢间质瘤，恶性；卵泡膜细胞瘤(thecoma)，恶性；粒层细胞瘤，恶性；及成釉细胞瘤，恶性；赛特利氏(sertoli)细胞癌；睾丸间质细胞(leydig cell)瘤，恶性；脂质细胞瘤，恶性；副神经节瘤，恶性；乳房外副神经节瘤，恶性；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤(glomangiosarcoma)；恶性黑色素瘤；无色素性黑色素瘤；浅表扩散黑色素瘤；巨大色素痣中的恶性黑色素瘤；上皮样细胞黑色素瘤；蓝痣，恶性；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性；黏液肉瘤；脂肉瘤(liposarcoma)；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；肺泡横纹肌肉瘤；基质肉瘤；混合瘤，恶性；苗勒氏混合瘤(mullerian mixed tumor)；肾母细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间质瘤，恶性；布伦纳瘤(brenner tumor)，恶性；叶状瘤，恶性；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性；无性细胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性；卵巢甲状腺瘤，恶性；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性；卡波西肉瘤(kaposi's sarcoma)；血管外皮细胞瘤，恶性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；近皮质骨肉瘤；软骨肉瘤；软骨胚细胞瘤，恶性；间叶细胞软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因肉瘤(ewing's sarcoma)；齿源性肿瘤，恶性；釉质母细胞齿源性瘤；釉质母细胞瘤，恶性；釉质母细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性；脊索瘤；神经胶质瘤，恶性；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆性星形细胞瘤；纤维性星形细胞瘤；星形母细胞瘤；胶质母细胞瘤；少突神经胶质瘤；少突胶质母细胞瘤；原始神经外胚叶肿瘤；小脑肉瘤；节细胞母细胞瘤；神经母细胞瘤；视网膜母细胞瘤；嗅神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；恶性淋巴瘤；霍奇金病(hodgkin’s disease)；霍奇金淋巴瘤；副肉芽肿；小淋巴细胞性恶性淋巴瘤；弥漫性大细胞恶性淋巴瘤；滤泡型恶性淋巴瘤；蕈样真菌病；其他指定非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增生症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增殖性小肠病；白血病；淋巴样白血病；浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓样白血病；嗜碱性白血病；嗜酸性粒
细胞白血病；单核细胞白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞性白血病；髓样肉瘤；及毛细胞白血病。
[1839]
在一些实施例中，癌症包括乳腺癌(例如三阴性乳腺癌)。
[1840]
在一些实施例中，癌症包括结直肠癌(例如，微卫星稳定(mss)结直肠癌)。
[1841]
在一些实施例中，癌症包括肾细胞癌。
[1842]
在一些实施例中，癌症包括肺癌(例如，非小细胞肺癌)。
[1843]
在一些实施例中，癌症包括膀胱癌。
[1844]
在一些实施例中，癌症包括胃食管癌。
[1845]
在一些实施例中，本文提供的方法及固体剂型涉及白血病的治疗。术语“白血病”在广义上包括造血器官/系统的进展性、恶性疾病且其特征通常在于白血球及其前体在血液及骨髓中的异常增殖及发育。白血病疾病的非限制性实例包含急性非淋巴细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病、急性粒细胞性白血病、慢性粒细胞性白血病、急性前骨髓细胞性白血病、成人t细胞白血病、非白血性白血病、白血球增多性白血病、嗜碱粒细胞白血病、胚细胞白血病、牛白血病、慢性骨髓细胞性白血病、皮肤白血病、胚细胞性白血病、嗜酸性粒细胞性白血病、格罗斯氏白血病(gross'leukemia)、里德尔细胞白血病(rieder cell leukemia)、希林氏白血病(schilling's leukemia)、干细胞白血病、亚白血病性白血病、未分化细胞白血病、毛细胞白血病、成血细胞性白血病(hemoblastic leukemia)、成血胚细胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、组织细胞性白血病、干细胞白血病、急性单核细胞性白血病、白血球减少性白血病、淋巴性白血病、淋巴母细胞性白血病、淋巴细胞性白血病、淋巴源性白血病、淋巴样白血病、淋巴肉瘤细胞白血病、肥大细胞白血病、巨核细胞性白血病、小骨髓母细胞性白血病、单核细胞性白血病、骨髓母细胞性白血病、骨髓细胞性白血病、骨髓性粒细胞性白血病、骨髓单核细胞性白血病、内格利白血病(naegeli leukemia)、浆细胞白血病、浆细胞性白血病及前骨髓细胞性白血病。
[1846]
在一些实施例中，本文提供的方法及固体剂型涉及癌治疗。术语“癌”是指上皮细胞的恶性生长，这些上皮细胞往往浸润环绕组织和/或抑制生理学及非生理学细胞死亡信号并产生转移。癌的非限制性示例性类型包含腺泡癌、腺泡样癌、腺囊样癌、腺样囊性癌、腺癌(carcinoma adenomatosum)、肾上腺皮质癌、肺泡癌、肺泡细胞癌、基底细胞癌(basal cell carcinoma)、基底细胞癌(carcinoma basocellulare)、基底细胞样癌、基底鳞状细胞癌、支气管肺泡癌、细支气管癌、支气管癌、脑状癌、胆管细胞癌、绒毛膜癌、胶状癌、粉刺癌、子宫体癌、筛状癌、铠甲状癌、皮肤癌、柱状癌、柱状细胞癌、导管癌、硬癌(carcinoma durum)、胚胎性癌、脑状癌(encephaloid carcinoma)、表皮样癌、腺样上皮细胞癌、外植癌、溃疡性癌、纤维癌、胶状癌(gelatiniform carcinoma)、胶样癌(gelatinous carcinoma)、巨细胞癌(giant cell carcinoma)、印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma)、单纯癌、小细胞癌、马铃薯状癌、球状细胞癌、梭形细胞癌、髓状癌、鳞状癌、鳞状细胞癌、绳捆癌(string carcinoma)、毛细管扩张癌(carcinoma telangiectaticum)、毛细管扩张性癌(carcinoma telangiectodes)、移行细胞癌、块状癌、结节性皮癌、疣状癌、绒毛状癌、巨细胞癌(carcinoma gigantocellulare)、腺体癌(glandular carcinoma)、粒层细胞癌、毛基质细胞癌(hair-matrix carcinoma)、血样癌、肝细胞癌、许特耳细胞癌(hurthle cell carcinoma)、玻质状癌、肾上腺样癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮内癌、上皮内癌、克罗姆
佩柯赫尔氏肿瘤(krompecher's carcinoma)、库尔契茨基氏细胞癌(kulchitzky-cell carcinoma)、大细胞癌、豆状癌(lenticular carcinoma)、豆样癌(carcinoma lenticulare)、脂瘤样癌、淋巴上皮癌、髓样癌、髓质癌、黑色素癌、软癌、黏液性癌(mucinous carcinoma)、黏液癌(carcinoma muciparum)、黏液细胞癌(carcinoma mucocellulare)、黏液表皮样癌、黏膜癌(carcinoma mucosum)、黏膜性癌(mucous carcinoma)、黏液瘤样癌、鼻咽癌、燕麦状细胞癌、骨化性癌、骨质癌(osteoid carcinoma)、乳头状癌、门静脉周癌、浸润前癌、棘细胞癌、糜烂性癌、肾脏的肾细胞癌、储备细胞癌、肉瘤样癌、施奈德氏癌(schneiderian carcinoma)、硬性癌(scirrhous carcinoma)及阴囊癌(carcinoma scroti)。
[1847]
在一些实施例中，本文提供的方法及固体剂型涉及肉瘤的治疗。术语“肉瘤”通常是指如胚胎结缔组织等物质组成的肿瘤且通常由包埋于原纤维、异质或均质物质中的紧密堆积细胞构成。肉瘤包括但不限于软骨肉瘤、纤维肉瘤、淋巴肉瘤、黑色素肉瘤、黏液肉瘤、骨肉瘤、子宫内膜肉瘤、基质肉瘤、尤文氏肉瘤(ewing's sarcoma)、筋膜肉瘤、成纤维细胞性肉瘤、巨细胞肉瘤、艾伯内西氏肉瘤(abemethy's sarcoma)、脂肪肉瘤、脂肉瘤、软组织腺泡状肉瘤、釉质母细胞肉瘤、葡萄形肉瘤、绿色肉瘤、绒毛膜癌、胚胎性肉瘤、维尔姆斯氏肿瘤肉瘤(wilms'tumor sarcoma)、粒细胞肉瘤、何杰金氏肉瘤(hodgkin's sarcoma)、特发性多发性色素沉着出血性肉瘤、b细胞免疫母细胞肉瘤、淋巴瘤、t细胞免疫母细胞肉瘤、晏森氏肉瘤(jensen's sarcoma)、卡波西氏肉瘤(kaposi's sarcoma)、库普弗细胞肉瘤(kupffer cell sarcoma)、血管肉瘤、白血病性肉瘤、恶性间叶瘤肉瘤、骨周肉瘤、网状细胞肉瘤、劳斯肉瘤(rous sarcoma)、浆液囊性肉瘤、滑膜肉瘤及毛细血管扩张性肉瘤。
[1848]
可使用本文描述的方法及固体剂型治疗的另外的示例性肿瘤包括霍奇金病(hodgkin’s disease)、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、神经母细胞瘤、乳腺癌、卵巢癌、肺癌、横纹肌肉瘤、原发性血小板增多症、原发性巨球蛋白血症、小细胞肺肿瘤、原发性脑肿瘤、胃癌、结肠癌、恶性胰脏胰岛素瘤、恶性类癌、癌前皮肤病变、睪丸癌、淋巴瘤、甲状腺癌、神经母细胞瘤、食道癌、泌尿生殖道癌、恶性高钙血症、宫颈癌、子宫内膜癌、浆细胞瘤、结直肠癌、直肠癌及肾上腺皮质癌。
[1849]
在一些实施例中，所治疗的癌症是黑色素瘤。术语“黑色素瘤”意指源自皮肤及其他器官的黑色素细胞系统的肿瘤。黑色素瘤的非限制性实例是哈-巴二氏黑色素瘤(harding-passey melanoma)、幼年型黑色素瘤、恶性小痣性痣黑色素瘤、恶性黑色素瘤、肢端小痣性黑色素瘤、无黑色素性黑色素瘤、良性幼年型黑色素瘤、克劳德曼氏黑色素瘤(cloudman's melanoma)、s91黑色素瘤、结节性黑色素瘤甲下黑色素瘤及浅表扩展性黑色素瘤。
[1850]
可使用本文所述的方法及固体剂型治疗的肿瘤的特定类别包括淋巴组织增生性疾病、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、宫颈癌、子宫内膜癌、骨癌、肝癌、胃癌、结肠癌、胰腺癌、甲状腺癌、头颈癌、中枢神经系统的癌症、外周神经系统的癌症、皮肤癌、肾癌、及所有上述的转移。特定类型的肿瘤包含肝细胞癌、肝细胞瘤、肝母细胞瘤、横纹肌肉瘤、食管癌、甲状腺癌、恶性神经节瘤、纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肉瘤、软骨肉瘤、成骨性肉瘤、脊索瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、尤文氏肿瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌内皮肉瘤、侵袭性导管癌、乳头状腺癌、黑色素瘤、肺鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌(充分分化、中等分化、分化不良或未分化)、支气管肺
society for microbiology[美国微生物学会].2017年10月.第8卷.第5期.mbio 8:e01492-17.https://doi.org/10.1128/mbio.01492-17)。当微生物组稳态丧失或减弱时，可能会发生菌群失调以及相关的局部或远端宿主发炎或免疫效应，从而导致：对病原体的敏感性增加；宿主细菌代谢活性改变；诱导宿主促炎活性和/或降低宿主抗炎活性。此类效应部分地由宿主免疫细胞(例如，t细胞、树突细胞、肥大细胞、nk细胞、肠上皮淋巴细胞(iec)、巨噬细胞和吞噬细胞)和细胞因子，以及由此类细胞和其它宿主细胞释放的其他物质之间的相互作用介导。
[1859]
菌群失调可能发生在胃肠道内(“胃肠道菌群失调”或“肠道菌群失调”)，或者可能发生在胃肠道内腔外(“远端菌群失调”)。胃肠菌群失调通常与肠上皮屏障完整性降低、紧密连接完整性降低和肠通透性增加有关。citi,s.intestinal barriers protect against disease[肠屏障可预防疾病],science[科学]359:1098-99(2018)；srinivasan等人.,teer measurement techniques for in vitro barrier model systems[用于体外屏障模型系统的teer测量技术].j.lab.autom.[实验室自动化杂志]20:107-126(2015)。胃肠道菌群失调可以在胃肠道内外产生生理和免疫作用。
[1860]
菌群失调的存在已与多种疾病和病症相关，包括：感染，癌症，自身免疫性疾病(例如系统性红斑狼疮(sle))或炎性疾病(例如功能性胃肠疾病如炎性肠病(ibd)，溃疡性结肠炎和克罗恩病)，神经炎性疾病(例如多发性硬化症)，移植性疾病(例如移植物抗宿主病)，脂肪性肝病，i型糖尿病，类风湿性关节炎，干燥综合征，乳糜泻，囊性纤维化，慢性阻塞性肺疾病(copd)和其他与免疫功能障碍相关的疾病和条件。lynch等人,the human microbiome in health and disease[健康与疾病中的人类微生物组],n.engl.j.med.[新英格兰医学杂志]375:2369-79(2016)，carding等人,dysbiosis of the gut microbiota in disease[疾病中肠道微生物的菌群失调].microb.ecol.health dis.[微生物生态与健康疾病](2015)；26:10:3402/mehd.v26.2619；levy等人,dysbiosis and the immune system[菌群失调和免疫系统],nature reviews immunology[自然评论免疫学]17:219(2017年4月)。
[1861]
本文所披露的示例性固体剂型可以通过修饰存在于菌群失调部位的免疫活性来治疗菌群失调及其影响。如本文所述，此类组合物可通过对宿主免疫细胞的作用(导致例如抗炎细胞因子的分泌增加和/或促炎细胞因子的分泌减少，从而减轻受试接受者的炎症)或通过代谢产物生产的变化来修饰菌群失调。
[1862]
本文披露的可用于治疗与菌群失调相关的障碍的示例性固体剂型包含一种或多种类型的免疫调节细菌(例如抗炎细菌)和/或由此类细菌产生的mev(微生物胞外囊泡)。这样的组合物能够影响接受者宿主在胃肠道中的免疫功能，和/或在受试者胃肠道外的远端部位产生系统作用。
[1863]
本文披露的可用于治疗与菌群失调相关的障碍的示例性固体剂型包含单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌(例如，抗炎细菌)的群体和/或由此类细菌产生的mev。这样的组合物能够影响接受者宿主在胃肠道中的免疫功能，和/或在受试者胃肠道外的远端部位产生系统作用。
[1864]
在一个实施例中，将包含经分离的免疫调节细菌(例如抗炎细菌细胞)群体或由此类细菌产生的mev的固体剂型以有效治疗哺乳动物接受者的菌群失调和其一种或多种影响的量施用(例如口服)给该接受者。该菌群失调可以是胃肠道菌群失调或远端菌群失调。
[1865]
在另一个实施例中，本发明的固体剂型可以治疗胃肠道菌群失调及其对宿主免疫细胞的一种或多种影响，导致抗炎细胞因子的分泌增加和/或促炎细胞因子的分泌减少，从而减轻受试接受者的炎症。
[1866]
在另一个实施例中，固体剂型可以通过以下来治疗胃肠道菌群失调及其一种或多种影响：经由细胞和细胞因子调节来调节接受者的免疫应答，以通过增加肠上皮屏障的完整性来降低肠道通透性。
[1867]
在另一个实施例中，固体剂型可以通过以下来治疗远端菌群失调及其一种或多种影响：经由调节宿主免疫细胞来调节菌群失调部位的接受者免疫应答。
[1868]
其他示例性固体剂型可用于治疗与菌群失调有关的失调症，这些组合物包含一种或多种类型的细菌或mev，这些细菌和/或mev能够改变接受者中的宿主免疫细胞亚群(例如t细胞、免疫淋巴样细胞、树突细胞、nk细胞和其他免疫细胞的亚群)相对比例或其功能。
[1869]
其他示例性固体剂型可用于治疗与菌群失调有关的障碍，组合物包含单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌和/或mev的群体，其能够改变接受者中免疫细胞亚群(例如t细胞亚群、免疫淋巴样细胞、nk细胞和其他免疫细胞)的相对比例或其功能。
[1870]
在一个实施例中，本发明提供了通过以下来治疗胃肠道菌群失调及其一种或多种影响的方法：向有需要的受试者口服施用固体剂型，该固体剂型改变存在于菌群失调部位的微生物组群体。固体剂型可以包含一种或多种类型的免疫调节细菌和/或mev或者单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌和/或mev的群体。
[1871]
在一个实施例中，本发明提供了通过以下来治疗远端菌群失调及其一种或多种影响的方法：向有需要的受试者口服施用固体剂型，该固体剂型改变受试者的胃肠道外的免疫应答。固体剂型可以包含一种或多种类型的免疫调节细菌和/或mev或者单一细菌物种(例如，单一菌株)的免疫调节细菌和/或mev的群体。
[1872]
在示例性实施例中，可用于治疗与菌群失调有关的障碍的固体剂型刺激宿主免疫细胞分泌一种或多种抗炎细胞因子。抗炎细胞因子包括但不限于il-10、il-13、il-9、il-4、il-5、tgfβ及其组合。在其他示例性实施例中，可用于治疗与菌群失调有关的障碍的固体剂型减少(例如抑制)宿主免疫细胞分泌一种或多种促炎细胞因子。促炎细胞因子包括但不限于ifnγ、il-12p70、il-1α、il-6、il-8、mcp1、mip1α、mip1β、tnfα及其组合。其他示例性细胞因子是本领域已知的并且在本文中描述。
[1873]
在另一方面，本发明提供了在有需要的受试者中治疗或预防与菌群失调有关的障碍的方法，该方法包括向受试者施用(例如口服施用)益生菌食品或医疗食品形式的固体剂型，该固体剂型包含的细菌和/或mev的数量足以改变菌群失调部位的微生物组，从而治疗与菌群失调有关的障碍。
[1874]
在另一个实施例中，益生菌食品或医疗食品形式的本发明的固体剂型可用于预防或延迟处于发展为菌群失调风险的受试者中菌群失调的发作。
[1875]
制造增强的细菌的方法
[1876]
在某些方面中，本文提供制造用于产生本文描述的细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)的工程改造的细菌的方法。在一些实施例中，这些工程改造的细菌经修饰以增强某些所需性质。例如，在一些实施例中，对工程改造的细菌进行修饰以增强细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)的免疫调节作用和/或治疗效果(例如，单独或与另一种药剂组合)，以降低
毒性和/或改善细菌和/或mev(例如smev和/或pmev)制造(例如更高的耐氧性、更高的抗冻融性、更短的产生时间)。工程改造的细菌可使用本领域中已知的任何技术产生，包括(但不限于)定点诱变、转座子诱变、敲除、敲入、聚合酶链反应诱变、化学诱变、紫外线诱变、转形(化学或通过电穿孔)、噬菌体转导、定向演化、crispr/cas9或其任何组合。
[1877]
在本文提供的方法的一些实施例中，细菌通过定向演化进行修饰。在一些实施例中，定向演化包含将细菌暴露于环境条件并选择在环境条件下具有经改善的存活和/或生长的细菌。在一些实施例中，方法包括使用识别增强的细菌的分析筛选诱变细菌。在一些实施例中，方法还包括诱变细菌(例如，通过暴露于化学诱变剂和/或uv照射)，或将它们暴露于药剂(例如抗生素)，接着进行分析以检测具有所需表型的细菌(例如，活体内分析、离体分析或活体外分析)。
[1878]
γ照射：样本方案：
[1879]
粉末可以在环境温度下以17.5kgy辐射单位进行γ照射。冷冻生物量可以在干冰存在下以25kgy辐射单位进行γ照射。
[1880]
冷冻生物质制备：样本方案
[1881]
在达到所需水平的细菌培养物生长后，离心培养物，弃去上清液，使沉淀尽可能干燥。涡旋沉淀以使生物质疏松。将沉淀重悬于所需的冷冻保护剂溶液中，转移至低温管中，并在液氮中速冻。储存在-80摄氏度的冰箱中。
[1882]
粉末制备：样本方案
[1883]
在达到所需水平的细菌培养物生长后，离心培养物，弃去上清液，使沉淀尽可能干燥。将沉淀重悬于所需的冷冻保护剂溶液中，制成配制的细胞糊。冷冻保护剂可包含例如麦芽糊精、抗坏血酸钠、谷氨酸钠和/或氯化钙。将配制的细胞糊装载到不锈钢托盘上，然后装载到冷冻干燥机中，例如以定义的循环参数以自动模式运行。将冷冻干燥的产品送入研磨机中，并收集所得粉末。
[1884]
将粉末在2-8摄氏度(例如在4摄氏度)下，储存于例如干燥器中(例如真空密封袋中)。
[1885]
实例
[1886]
实例1：乳酸乳球菌乳脂亚种粉末的制备
[1887]
通过以2500l/h的流速和150秒的排出时间连续离心来收获发酵液。收集浓缩的细胞，并弃去上清液。
[1888]
冷冻保护剂溶液组分是麦芽糊精(16％w/w)、抗坏血酸钠(8％w/w)、谷氨酸钠(8％w/w)和氯化钙(8％w/w)。首先将它们溶解在混合罐中并进行巴氏消毒；将溶液冷却至4-10摄氏度。
[1889]
将冷却的冷冻保护剂溶液以25％(w/w)的比例添加到浓缩细胞中并混合以得到配制的细胞糊。
[1890]
将配制的细胞糊装载到多个不锈钢托盘上。冷冻干燥机以定义的循环参数以自动模式运行。在循环结束时，将冷冻干燥的产品从托盘中取出，并在研磨前存储在多个聚乙烯袋中。
[1891]
将冷冻干燥的产品进料到研磨机中并收集到双层聚乙烯袋中。用金属检测器(假设研磨机是金属搅拌机)检查袋，然后在最终包装之前储存在2-8m摄氏度。
[1892]
将冷冻干燥的粉末(1kg等分)放入聚乙烯袋中，然后将其包装到pet-al-pe箔袋中并加热密封。成品袋的长期储存条件为2-8摄氏度。
[1893]
实例2：低剂量下，肠溶包衣微型片剂显著增强乳酸乳球菌乳脂亚种药理活性
[1894]
方法：在第0天用klh-dth乳剂对小鼠进行皮内免疫。在第1至8天，给小鼠腹膜内给药地塞米松(17ug/小鼠，100μl的pbs中)作为阳性对照，或单独口服给药蔗糖媒剂作为阴性对照，或给药重悬于蔗糖递送缓冲液中的乳酸乳球菌乳脂亚种粉末或包含不同剂量的乳酸乳球菌乳脂亚种粉末(0.1mg、0.35mg、1mg或3.5mg)的肠溶包衣的2mm微型片剂(见图1)。在表5中提供了包衣。在第8天，用10ug的klh在左耳内皮内激发小鼠，并在24小时后评估耳厚度自基线的变化。
[1895]
结果：当以肠溶包衣微型片剂递送时，与媒剂对照相比，3.5mg和1mg剂量的乳酸乳球菌乳脂亚种粉末显著减少耳肿胀。
[1896]
表5：乳酸乳球菌乳脂亚种微型片剂(2mm)上的肠溶包衣(干基)
[1897][1898][1899]
实例3：甲基丙烯酸丙烯酸酯共聚物包衣
[1900]
表6给出了包衣悬浮液，包含作为肠溶性聚合物的kollicoat mae100p、范围为基于聚合物重量计从10％-25％的增塑剂(1,2-丙二醇、柠檬酸三乙酯或聚乙二醇)、以及范围为基于聚合物重量计从15％-25％的防粘剂。
[1901]
表6：包衣悬浮液组成
[1902][1903]
包衣悬浮液制备程序
[1904]
a.将水分成三部分
[1905]
b.将tec溶解到第1部分水中(溶液1)
[1906]
c.将聚合物缓慢重新分散到第2部分水中，用磁力搅拌棒搅拌2小时，确保聚合物完全水化/分散，没有结块(悬浮液2)
[1907]
d.将滑石缓慢分配到第3部分水中使其水合，用silverson高剪切均质器将滑石悬浮液在6000rpm下均化3分钟，以确保没有结块(悬浮液3)
[1908]
e.将溶液1添加到悬浮液2中，然后添加悬浮液3
[1909]
f.混合15分钟，然后将悬浮液通过usp#60目
[1910]
g.最终的悬浮液要进行包衣
[1911]
包衣设备及工艺参数
[1912]
表7：工艺1(微型片剂)
[1913][1914]
表8：工艺2(单一片剂)
[1915][1916]
实例4：包衣片剂
[1917]
制备了普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)的片剂和韦荣球氏菌属细菌(以atcc指定编号pta-125691保藏)的片剂。还包衣了安慰剂片剂。
[1918]
普雷沃菌属菌株b 50329的片剂为650mg。还制备了安慰剂片剂。
[1919]
韦荣球氏菌属菌株的片剂为400mg。以两种强度(高剂量和低剂量)制备片剂。还制备了安慰剂片剂。
[1920]
表9提供了包衣悬浮液的配制品组成。
[1921]
表9：包衣悬浮液的配制品组成
[1922][1923]
如下包衣片剂。
[1924]
包衣悬浮液制造程序：
[1925]
1.将水分成两部分，然后将第一部分注射用水分配到去皮不锈钢容器中。
[1926]
2.称重并分配柠檬酸三乙酯到合适的去皮容器中。
[1927]
3.将已分配的柠檬酸三乙酯添加到水中，同时用顶置式搅拌器混合。
[1928]
4.称重滑石并将其分配到合适的去皮容器中。
[1929]
5.将已分配的滑石缓慢添加到水/柠檬酸三乙酯溶液中，同时用顶置式搅拌器混合。
[1930]
6.滑石完全水合后，将容器转移到silverson。均质化至少10分钟，确保所有滑石已完全分散/均质化，没有任何结块并且没有材料粘附在混合器头部上。
[1931]
7.将第二部分注射用水分配到去皮不锈钢容器中。
[1932]
8.称重并将kollicoat分配到合适的去皮容器中。
[1933]
9.将已分配的kollicoat缓慢添加到步骤7的水中，同时用顶置式搅拌器混合。
[1934]
10.继续混合直到所有的kollicoat添加完成并完全水合且分散，没有任何结块并且没有材料粘附在桨上。
[1935]
11.将水/柠檬酸三乙酯/滑石悬浮液转移至顶置式搅拌器中并开始混合。
[1936]
12.在继续混合的同时，将kollicoat悬浮液转移到容器中。以适当的速度混合至少45分钟以形成涡流，不进行任何充气。
[1937]
13.使包衣悬浮液通过500μm的筛进入不锈钢容器。确保所有固体均通过筛网。
[1938]
表10提供了肠溶包衣的工艺参数。
[1939]
表10：肠溶包衣工艺参数
[1940][1941]
表11提供了普雷沃菌菌株b 50329(活性)和安慰剂片剂的崩解结果。
[1942]
表11：普雷沃菌菌株b崩解结果
[1943][1944]
dnd*：没有崩解；rh：相对湿度
[1945]
表12提供了韦荣氏球菌属菌株的高剂量和低剂量片剂的崩解结果。
[1946]
表12：韦荣氏球菌属片剂崩解结果
[1947][1948]
*dnd-未崩解
[1949]
实例5：包衣胶囊
[1950]
针对如下制备胶囊：
[1951]
·
普雷沃菌属菌株b 50329(nrrl登录号b 50329)
[1952]
·
韦荣球氏菌属细菌(以atcc指定编号pta-125691保藏)
[1953]
·
乳酸乳球菌乳脂亚种菌株a(以atcc指定编号pta-125368保藏)
[1954]
·
双歧杆菌属细菌(以atcc指定编号pta-125097保藏)
[1955]
胶囊都是0号。
[1956]
制备了两种强度(高剂量和低剂量)的韦荣球氏菌属菌株胶囊。
[1957]
在肠溶包衣之前，将胶囊用基于hpmc的镶边溶液镶边。
[1958]
表13提供了包衣悬浮液的配制品组成。
[1959]
表13：包衣悬浮液的组成
[1960]
包衣悬浮液成分
ꢀꢀꢀ
尤特奇l30-d55肠溶包衣剂39.72usp/ph.eur.柠檬酸三乙酯增塑剂2.31usp/ph.eur.滑石防粘剂5.78usp/ph.eur.注射用水a溶剂52.19usp/ph.eur.
[1961]a在处理过程中去除
[1962]
如下包衣胶囊：
[1963]
包衣悬浮液制备程序：
[1964]
1.称量并分配注射用水到去皮不锈钢容器中。
[1965]
2.称重并分配柠檬酸三乙酯到合适的去皮容器中。
[1966]
3.称重滑石并将其分配到合适的去皮容器中。
[1967]
4.将柠檬酸三乙酯和滑石添加到水中并用调色刀轻轻搅拌直至水的表面没有滑石漂浮。在开始搅拌之前，请确保滑石已完全润湿。
[1968]
5.使用silverson混合器均质化至少10分钟。
[1969]
6.称量尤特奇l30-d55并将其分配到合适的去皮容器中。
[1970]
7.使用顶置式混合器将尤特奇l30-d55搅拌至柠檬酸三乙酯/滑石悬浮液中。记录混合速度。保持充分的混合以防止进一步的空气进入。
[1971]
8.继续混合至少30分钟。
[1972]
9.使包衣悬浮液通过500μm的筛进入第二不锈钢容器。
[1973]
表14提供了肠溶包衣的工艺参数。
[1974]
表14：肠溶包衣工艺参数
[1975]
参数设定床温(℃)26-30进气量(m3/hr)150-180转鼓转速(rpm)18柜压(pa)-60进气温度(℃)45雾化气压(巴)1.4喷雾速度12g/min/kg距床的距离15cm相对于胶囊床的角度相对于床90-15
°
喷嘴尺寸0.8mm转鼓大小15”转鼓
[1976]
表15提供了普雷沃菌属菌株b胶囊的崩解结果。
[1977]
表15：崩解结果(普雷沃菌属菌株b)
[1978][1979]
dnd*：没有崩解
[1980]
表16提供了韦荣氏球菌属菌株胶囊的崩解结果。
[1981]
表16：崩解结果(韦荣球氏菌属)
[1982][1983]
*dnd-未崩解
[1984]
实例6：作为ev来源的代表性菌株
[1985]
从表j中列出的菌株中分离出分泌型微生物胞外囊泡(smev)。表j中还提供了每种菌株的革兰氏染色、细胞壁结构和分类学分类的信息。
[1986]
表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌可以用于本文所述的固体剂型中。
[1987]
表j中列出的分类学组(例如，纲、目、科、属、种或菌株)的细菌的mev可以用于本文所述的固体剂型中。
[1988]
[1989][1990]
实例7：迟发型超敏反应(dth)是一种动物模型
[1991]
迟发型超敏反应(dth)为异位性皮肤炎(或过敏性接触性皮炎)的动物模式，如
petersen等人综述(in vivo pharmacological disease models for psoriasis and atopic dermatitis in drug discovery.[银屑病和特应性皮炎的体内药理疾病模型在药物开发中的应用]basic&clinical pharm&toxicology.[基础临床药理学和毒理学]2006.99(2):104-115；还参见irving c.allen(编)mouse models of innate immunity:methods and protocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],methods in molecular biology[分子生物学方法],2013.，第1031卷，doi 10.1007/978-1-62703-481-4_13)。已使用dth模型的几种变化且它们为本领域中熟知(irving c.allen(编).mouse models of innate immunity:methods and protocols[先天免疫的小鼠模型：方法和实验室手册],methods in molecular biology.[分子生物学方法]，第1031卷，doi10.1007/978-1-62703-481-4_13,springer science business media,llc[施普林格科学与商业媒体公司]2013)。
[1992]
dth可使用各种半抗原或抗原(例如，用佐剂乳化的抗原)在各种小鼠及大鼠品系中诱导。dth的特征在于敏化作用及抗原特异性t细胞介导的反应，其导致红斑、浮肿及细胞浸润，尤其抗原呈现细胞(apc)、嗜酸性粒细胞、经活化的cd4 t细胞及表达细胞因子的th2细胞的浸润。
[1993]
通常，小鼠是用在佐剂(例如，完全弗氏佐剂)的情况下施用的抗原诱发以诱导通过肿胀及抗原特异性抗体滴度衡量的继发(或记忆)免疫应答。
[1994]
地塞米松(皮质类固醇)是已知抗炎剂，其改善小鼠中的dth反应，并充当阳性对照用于在此模型中抑制炎症(taube及carlsten,action of dexamethasone in the suppression of delayed-type hypersensitivity in reconstituted scid mice.[地塞米松在抑制scid小鼠迟发型超敏反应中的作用]inflamm res.[炎症研究]2000.49(10):548-52)。就阳性对照组而言，在第0天通过将6.8mg地塞米松稀释于400μl 96％乙醇中制备17mg/ml地塞米松的储备溶液。就给药的每天而言，通过将储备溶液100x稀释于无菌pbs中以在隔膜小瓶中获得0.17mg/ml的最终浓度制备用于腹膜内给药的工作溶液。经地塞米松治疗的小鼠i.p.接受100μl地塞米松(5ml/kg的0.17mg/ml溶液)。冷冻蔗糖充当阴性对照(媒剂)。
[1995]
单独或以组合形式，在伴随或不伴随添加其他消炎处理下测试固体剂型在dth的小鼠模型中的功效。例如，6至8周龄c57bl/6小鼠获得自泰康利公司(日耳曼敦，纽约州)或其他供货商。对各组小鼠背部四个位置(上方及下方)四次皮下(s.c.)注射有效剂量(例如每个位置50ul总体积)的抗原(例如，卵白蛋白(ova)或匙孔血蓝蛋白(klh))。就dth应答而言，在克他命/甲苯噻嗪麻醉下(分别约50mg/kg及5mg/kg)，对动物耳朵进行皮内(i.d.)注射。一些小鼠充当对照动物。在第8天，一些组的小鼠以每只耳朵10ul(左耳媒剂对照(0.01％dmso，于生理盐水中)及右耳抗原(21.2ug(12nmol))激发。为量测耳炎，使用mitutoyo千分尺量测人工限制的动物的耳厚度。耳厚度是在皮内激发之前作为各个别动物的基线水平进行量测。接着，耳厚度是在皮内激发后，在约24小时及48小时(即，第9天及第10天)时量测两次。
[1996]
使用固体剂型的治疗是在一些时间点(在引发的时间附近或在dth激发的时间附近)开始。例如，固体剂型可在皮下注射(第0天)的同时施用，或可将它们在皮内注射之前或皮内注射后施用。固体剂型是在不同剂量下及在规定时间间隔下施用(例如口服)。在以上
示例中提供了示例。一些小鼠可每天(例如，起始自第0天)接受固体剂型，而其他小鼠可在交替时间间隔下(例如，每隔一天或每三天一次)接受固体剂型。
[1997]
例如，匙孔血蓝蛋白(klh)及完全弗氏佐剂(cfa)的乳化液是在免疫当天(第0天)新鲜制备。为此，将8mg klh粉末称重并完全重新悬浮于16ml生理盐水中。乳化液是通过使用注射器及鲁尔锁连接器(luer lock connector)混合klh/生理盐水及等体积的cfa溶液(例如，10ml klh/生理盐水 10ml cfa溶液)进行制备。将klh及cfa用力混合几分钟以形成白色乳化液以获得最大稳定性。进行跌落试验以检查是否获得均质乳化液。
[1998]
在第0天，c57bl/6j雌性小鼠(约7周龄)是用含于cfa中的klh抗原通过皮下免疫(4个位置，每个位置50μl)引发。施用如本文所述的固体剂型。
[1999]
在第8天，用含于生理盐水(以10μl的体积)中的10μg klh皮内(i.d.)激发小鼠的左耳。耳廓厚度是在抗原激发后的24小时进行量测。固体剂型抑制炎症的有效性取决于耳厚度。
[2000]
对于进一步的炎症研究，一些组的小鼠可在不同时间点及在有效剂量下，用一种或多种抗炎剂(例如，抗cd154(阻断tnf家族的成员)或其他治疗)，和/或适当的对照(例如，媒剂或对照抗体)进行处理。
[2001]
在各种时间点下，可以采集血清样品。可以将其他组的小鼠处死且可移除淋巴结、脾脏、肠系膜淋巴结(mln)、小肠、结肠及其他组织用以使用本领域中已知的方法进行组织学研究、离体组织学、细胞因子和/或流式细胞术分析。一些小鼠是在o2/co2麻醉下自眼血管丛抽血并进行elisa分析。
[2002]
组织可使用解离酶根据制造商的使用说明进行解离。将细胞染色以通过流式细胞术使用本领域内已知技术进行分析。染色抗体可包含抗cd11c(树突细胞)、抗cd80、抗cd86、抗cd40、抗mhcii、抗cd8a、抗cd4及抗cd103。可分析的其他标志物包括泛免疫细胞标志物cd45、t细胞标志物(cd3、cd4、cd8、cd25、foxp3、t-bet、gata3、rory-γ-t、颗粒酶b、cd69、pd-1、ctla-4)及巨噬细胞/髓样标志物(cd11b、mhcii、cd206、cd40、csf1r、pd-l1、gr-1、f4/80)。除免疫表型分型外，还可以分析血清细胞因子，它们包括但不限于tnfa、il-17、il-13、il-12p70、il12p40、il-10、il-6、il-5、il-4、il-2、il-1b、ifny、gm-csf、g-csf、m-csf、mig、ip10、mip1b、rantes及mcp-1。可对获得自淋巴结或其他组织的免疫细胞，和/或离体获得的经纯化的cd45 浸润的免疫细胞进行细胞因子分析。最后，对各种组织切片进行免疫组织化学以量测t细胞、巨噬细胞、树突细胞及检查点分子蛋白表达。
[2003]
自经处死的小鼠移除耳朵并放置于冷无edta的蛋白酶抑制剂混合物(罗氏公司(roche))中。使用珠破坏将耳朵均质化并通过luminex试剂盒(emd密理博公司(emd millipore))遵循制造商的使用说明分析上清液中的各种细胞因子。另外，颈部淋巴结是通过细胞过滤器解离，清洗，并针对foxp3(pe-fjk-16s)及cd25(fitc-pc61.5)使用本领域中已知的方法进行染色。
[2004]
为了检验dth保护的影响和寿命，一些小鼠可以在稍后用激发抗原再次激发而不是处死，并分析小鼠对dth的敏感性和应答的严重程度。
[2005]
实例7：口服施用
[2006]
受试者可在早上用水自行口服施用固体剂型，避免在给药前后1小时消费酸性饮品，并且避免在给药前2小时和给药后1小时进食。
[2007]
通过引用并入
[2008]
在本文中提及的所有出版物、专利申请都通过引用以其全文特此并入，如同各个单独的出版物或专利申请被确切地并且单独地指明为通过引用并入。如果出现冲突，则以本技术(包含本文的任何定义)为准。
[2009]
等效形式
[2010]
本领域技术人员仅使用常规实验将认识到或能确定本文所述本发明的具体实例的许多等效形式。此类等效形式旨在为下列权利要求所涵盖。
再多了解一些
本文用于企业家、创业者技术爱好者查询，结果仅供参考。
