通过非终点扩增进行的单细胞的靶标拷贝数的分区型确定的制作方法

技术特征：
1.一种用于分析包含细胞和/或无细胞细胞核的样品的方法，所述方法包括：形成分区，各分区包含样品的部分，其中所述分区的至少子集的各分区包含来自所述样品的细胞/细胞核中仅一者；裂解分区中的来自所述样品的细胞和/或无细胞细胞核；对分区中的靶标或靶标组进行至少一个扩增反应；在各扩增反应的指数/线性阶段从分区收集扩增数据；和利用扩增数据确定个体分区的靶标或靶标组的拷贝数。2.如权利要求1所述的方法，其中，进行至少一个扩增反应包括：使分区热循环预定循环次数，并且其中，用于确定靶标或靶标组的拷贝数的全部扩增数据代表相同预定循环次数的完成。3.如权利要求1所述的方法，其中，所述细胞/细胞核包括：具有针对所述靶标或靶标组的第一拷贝数的一个或多个细胞/细胞核的第一群体，和，具有所述靶标或靶标组的第二拷贝数的一个或多个细胞/细胞核的第二群体，所述方法还包括：枚举第一群体的分区和第二群体的分区。4.如权利要求3所述的方法，其中，所述第一群体对于所述靶标或靶标组具有的拷贝数是2，并且其中，所述第二群体对于所述靶标或靶标组具有的拷贝数是1，或具有的拷贝数是至少3。5.如权利要求4所述的方法，其中，第二群体对于所述靶标或靶标组具有的拷贝数是3。6.如权利要求1所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测来自分区的光致发光，并且其中，光致发光的强度根据个体分区中靶标或靶标组的拷贝数在分区之间变化。7.如权利要求6所述的方法，其中，检测光致发光包括检测荧光。8.如权利要求1所述的方法，其中，所述靶标或靶标组是单一靶标。9.如权利要求1所述的方法，其中，所述靶标或靶标组是两个或更多个靶标的组。10.如权利要求9所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测光致发光，所述光致发光具有根据个体分区中的靶标组的拷贝数在分区之间变化的强度。11.如权利要求9所述的方法，其中，所述靶标组中的各靶标代表细胞/细胞核中的相同染色体。12.如权利要求1所述的方法，其中，所述靶标或靶标组代表细胞/细胞核中的人染色体13、18、21、x或y。13.如权利要求1所述的方法，其中，所述靶标或靶标组是第一靶标或第一靶标组，其中进行至少一个扩增反应包括：对第二靶标或第二靶标组进行至少一个扩增反应，并且其中确定包括：确定个体分区的第二靶标或第二靶标组的拷贝数。14.如权利要求13所述的方法，其中，第一靶标或第一靶标组代表细胞/核中的第一染色体，并且其中第二靶标或第二靶标组代表细胞/核中不同的第二染色体，并且其中，任选地，第二染色体是在胎儿发育期间与第一染色体相比在统计学上对非整倍性更不敏感(例如，通常不敏感)的参考染色体。15.如权利要求14所述的方法，其中，第一染色体选自人类染色体13、18、21、x和y。16.如权利要求14所述的方法，其中，第二染色体是人类染色体1。17.如权利要求13所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测具有对应于第一靶标或
第一靶标组的扩增的强度的第一光致发光和具有对应于第二靶标或第二靶标组的扩增的强度的第二光致发光。18.如权利要求1所述的方法，其中，所述样品的细胞/细胞核包括母体细胞/细胞核和胎儿细胞/细胞核。19.如权利要求1所述的方法，其还包括枚举具有异常拷贝数的靶标或靶标组的细胞/细胞核。20.如权利要求19所述的方法，其还包括枚举具有正常拷贝数的靶标或靶标组的细胞/细胞核。21.如权利要求1所述的方法，其还包括基于扩增数据，鉴别形成时不包含完整细胞或细胞核的分区。22.如权利要求21所述的方法，其中收集扩增数据包括：检测来自各分区的信号，其中鉴别分区包括：将来自个体分区的信号与阈值进行比较，并且其中信号小于阈值的个体分区被鉴别为形成时就已不包含来自样品的细胞或细胞核。23.如权利要求1所述的方法，其中，所述样品的细胞/细胞核包括肿瘤细胞/细胞核。24.如权利要求1所述的方法，其中，所述样品的细胞/细胞核包括转基因细胞/细胞核。25.如权利要求24所述的方法，其中，所述转基因细胞/细胞核含有两个或更多个不同拷贝数的插入的核苷酸序列，其包括靶标或靶标组。26.如权利要求25的所述方法，其中，转基因细胞/细胞核来自在第一时间点从转基因来源获得的第一样品，并且其中形成、裂解、进行、收集和确定采用在更晚的第二时间点从转基因来源获得的至少第二样品再进行至少一次，以测量插入的核苷酸序列(如有)的不稳定性。27.如权利要求1所述的方法，其中，所述靶标或靶标组包括rna靶标序列或dna靶标序列。28.如权利要求1所述的方法，其还包括在裂解期间和/或之后将所述细胞/细胞核的核酸暴露于外源核酸酶。29.如权利要求1所述的方法，其还包括在裂解期间和/或之后将所述细胞/细胞核的蛋白质暴露于外源蛋白酶。30.如权利要求1所述的方法，其中，裂解包括：使分区升温至至少50、60、70、80、85或90摄氏度。31.如权利要求30所述的方法，其中，升温包括：使分区升温约1-120、2-90或3-60分钟。32.如权利要求30所述的方法，其中，升温包括使分区升温至少约1、2、3、5、10、20、30、45或60分钟。33.如权利要求1的方法，其中，裂解包括将细胞/细胞核暴露于表面活性剂。34.如权利要求1所述的方法，其中，形成分区包括：将含相同样品的流体分成被不混溶的液体包围的水性液滴。35.如权利要求34所述的方法，其中，所述不混溶的液体包括油。36.如权利要求1所述的方法，其中，各分区包括含相同样品第一流体的部分，所述方法任选地还包括在裂解后将第二流体添加至分区。37.如权利要求36所述的方法，其中，添加第二流体包括：将第二流体微注射到分区中，
任选地利用电场。38.如权利要求36的所述方法，其中，添加第二流体包括：将第二流体移液至分开的隔室中，各隔室仅容纳一个分区，并且其中分开的隔室包括孔、纳米室或微管。39.如权利要求1所述的方法，其中，进行至少一个扩增反应包括进行pcr。40.如权利要求1所述的方法，其中，所述分区在形成时，每个分区包含来自样品的平均少于一个细胞/细胞核。41.如权利要求1所述的方法，其中，多个所述分区不包含所述细胞/细胞核中的至少一者。42.如权利要求1所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测来自分区的至少一个扩增报告信号，并且其中确定拷贝数包括：鉴别对于至少一个扩增报告信号具有聚类值的分区的组群，和，将相同拷贝数分配至该组群的各个分区。43.如权利要求1所述的方法，其中，所述样品是测试样品，其中收集扩增数据包括：检测来自所述分区的至少一个扩增报告信号，并且其中确定拷贝数包括：比较至少一个扩增报告信号的值与采用对照样品获得的相应值，所述对照样品包含具有已知拷贝数的靶标或靶标组的细胞或无细胞细胞核。44.如权利要求43所述的方法，其中，已知拷贝数是整数。45.如权利要求42所述的方法，其中，确定拷贝数包括：基于至少一个扩增报告信号鉴别分区的第一组群和第二组群，其中第一组群和第二组群分别针对靶标或靶标组被分配第一和第二拷贝数，并且其中，第一和第二拷贝数彼此不同。46.如权利要求45所述的方法，其中，第一和第二拷贝数是整数。47.如权利要求1所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测来自分区的两个或更多个不同的扩增报告信号，其中两个或更多个不同的扩增报告信号各自代表细胞/细胞核中的不同靶标或靶标组。48.如权利要求47所述的方法，其中，两个或更多个扩增报告信号各自代表细胞/细胞核中的不同染色体。49.如权利要求1所述的方法，其中，收集扩增数据包括：检测来自分区的至少一个扩增报告信号，并且其中确定拷贝数包括：排除其中至少一个扩增报告信号指示未从样品接收细胞/细胞核或从样品接收多于一个细胞/细胞核的各分区。50.如权利要求42所述的方法，其中，将各扩增报告信号检测为来自所述分区的光致发光。51.如权利要求1所述的方法，其中，进行至少一个扩增反应包括：进行至少一个等温扩增反应。52.如权利要求1所述的方法，其还包括将拷贝数与至少一个阈值进行比较，并且如果比较满足一个或多个预定标准，则诊断非整倍性或癌症。53.如权利要求1所述的方法，其还包括将所述拷贝数与至少一个阈值进行比较，如果比较符合一个或多个预定标准，则给予治疗。

技术总结
用于分析包含细胞和/或无细胞细胞核的样品的方法。在示例性方法中，可以形成分区，每个分区包括相同样品的部分。至少所述分区的子集的各分区可包含来自样品的细胞/细胞核中的仅一种。可以在分区中裂解来自样品的细胞和/或无细胞细胞核。可以对分区中的靶标或靶标组进行至少一个扩增反应。可以在各扩增反应的指数/线性阶段从分区中收集扩增数据。可以利用扩增数据来确定个体分区的靶标或靶标组的拷贝数，以确定在所分析的全部细胞或细胞子集中是否存在重复或缺失。是否存在重复或缺失。是否存在重复或缺失。


技术研发人员：G
受保护的技术使用者：生物辐射实验室股份有限公司
技术研发日：2020.11.13
技术公布日：2022/7/9