一种基于甲基化测序数据进行变异检测的方法及装置与流程

技术特征：
1.一种基于甲基化测序数据进行变异检测的方法，其特征在于，包括：候选变异提取步骤，包括提取待测样本测序数据中的候选变异；比对文件提取步骤，包括锁定候选变异所在的基因组区域，提取基因组区域位置的比对文件；重比对步骤，包括将所述比对文件进行重比对，生成重比对之后的比对文件，即重比对文件；鉴定及修正步骤，包括对重比对文件进行转化位点的鉴定，修正转化位点的碱基信息，并重新生成修正碱基之后的比对文件，即修正比对文件；变异检测步骤，包括根据修正比对文件，进行变异检测，获得检测结果。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，重比对步骤中，重比对的方法选自多重比对、基于一致性序列的比对中的至少一种。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述多重比对具体包括：对所述比对文件进行无参考基因组辅助的多重比对，将多重比对结果与参考基因组进行对齐处理，得到新的比对结果。4.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述基于一致性序列的比对具体包括：将测序序列进行组装，获得组装图，将组装图中的路径比对到参考基因组，获得路径
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参考基因组位置对应关系，将测序序列比对到组装图中的所有路径，获得测序序列
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路径位置对应关系，选取符合筛选规则的测序序列
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路径
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参考基因组位置作为新的比对结果。5.如权利要求4所述的方法，其特征在于，将测序序列进行组装的方法包括德布鲁恩图组装法、先重叠后扩展组装法中的至少一种；所述筛选规则包括如下规则中的至少一种：1)综合比对分值最高中的至少一种；2)综合最优比对概率最大。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，鉴定及修正步骤中，转化位点的鉴定方法包括：读取重比对文件，根据每一个基因组位置的比对情况，判断是否呈现出甲基化测序特有的转化模式，鉴定出测序数据中的转化位点位置。7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，根据每一个基因组位置的比对情况，判断是否呈现出甲基化测序特有的转化模式，通过过滤，鉴定出测序数据中的转化位点位置。8.如权利要求7所述的方法，其特征在于，根据支持甲基化测序特有的转化模式的测序序列的支持数进行过滤，鉴定出测序数据中的转化位点位置；和/或，根据支持甲基化测序特有的转化模式的测序序列的支持数与阈值的大小关系进行过滤，鉴定出测序数据中的转化位点位置；和/或，如果支持甲基化测序特有的转化模式的测序序列的支持数＞阈值，则判断为测序数据中的转化位点位置。9.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述甲基化测序特有的转化模式包括tet辅助吡啶硼烷的甲基化测序法中特有的碱基转化模式、基于重亚硫酸盐转化的甲基化测序法中特有的碱基转化模式中的至少一种。10.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述甲基化测序特有的转化模式包括如下模式中的至少一种：
模式1)：比对到参考基因组正向的测序序列中的甲基化的胞嘧啶(c)变成胸腺嘧啶(t)；比对到参考基因组反向的测序序列中的鸟嘌呤(g)变成腺嘌呤(a)，所述鸟嘌呤(g)与甲基化的胞嘧啶(c)配对；模式2)：比对到参考基因组正向的测序序列中未甲基化的胞嘧啶(c)变成胸腺嘧啶(t)；比对到参考基因组反向的测序序列中的鸟嘌呤(g)变成腺嘌呤(a)，所述鸟嘌呤(g)与未甲基化的胞嘧啶(c)配对。11.如权利要求1所述的方法，其特征在于，鉴定及修正步骤中，修正转化位点的碱基信息的方法包括：将测序数据中转化后的碱基修正为转化前的碱基。12.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述候选变异包含插入变异、缺失变异中的至少一种；所述候选变异为胚系变异、体细胞变异中的至少一种；候选变异提取步骤中，所述待测样本测序数据为甲基化测序数据；所述待测样本包括组织样本、体液样本中的至少一种；所述组织样本包括肿瘤组织样本；所述体液样本包括血液样本、血浆样本中的至少一种；所述待测样本为dna；候选变异提取步骤中，所述待测样本测序数据为靶向甲基化测序数据、全基因组甲基化测序数据中的至少一种；候选变异提取步骤中，包括通过分析比对文件中的比对信息，提取出候选变异；所述比对信息包括cigar字符串、md字符串中的至少一种；候选变异提取步骤中，还包括在提取出候选变异之后，通过对包含变异的测序序列支持数、测序序列频率初步过滤，得到候选变异集合；初步过滤时，保留满足如下条件中至少一种的数据：1)待测样本中包含变异的测序序列支持数≥3；2)待测样本中包含变异的测序序列频率≥0.15；通过分析比对文件中的比对信息，提取出候选变异时，所述比对文件为待测样本测序数据比对到参考基因组所得的比对文件；候选变异所在的基因组区域是指包含候选变异集合所在位置以及包含变异上下游部分碱基的区域。13.一种基于甲基化测序数据进行变异检测的系统，其特征在于，包括：候选变异提取装置，用于提取待测样本测序数据中的候选变异；比对文件提取装置，用于锁定候选变异所在的基因组区域，提取基因组区域位置的比对文件；重比对装置，用于将所述比对文件进行重比对，生成重比对之后的比对文件，即重比对文件；鉴定及修正装置，用于对重比对文件进行转化位点的鉴定，修正转化位点的碱基信息，并重新生成修正碱基之后的比对文件，即修正比对文件；
变异检测装置，用于根据修正比对文件，进行变异检测，获得检测结果。14.一种基于甲基化测序数据进行变异检测的装置，其特征在于，包括：存储器，用于存储程序；处理器，用于通过执行所述存储器存储的程序以实现如权利要求1～12任意一项所述的方法。15.一种计算机可读存储介质，其特征在于，所述介质上存储有程序，所述程序能够被处理器执行以实现如权利要求1～12任意一项所述的方法。

技术总结
一种基于甲基化测序数据进行变异检测的方法及装置，该方法包括：候选变异提取步骤，包括提取待测样本测序数据中的候选变异；比对文件提取步骤，包括锁定候选变异所在的基因组区域，提取基因组区域位置的比对文件；重比对步骤，包括将所述比对文件进行重比对，生成重比对之后的比对文件，即重比对文件；鉴定及修正步骤，包括对重比对文件进行转化位点的鉴定，修正转化位点的碱基信息，并重新生成修正碱基之后的比对文件，即修正比对文件；变异检测步骤，包括根据修正比对文件，进行变异检测，获得检测结果。通过重比对、转化位点的鉴定及修复，实现基于甲基化测序数据进行变异检测。实现基于甲基化测序数据进行变异检测。实现基于甲基化测序数据进行变异检测。


技术研发人员：黄毅 林浩翔 李俊 朱彬彬 易鑫 杨玲
受保护的技术使用者：深圳吉因加医学检验实验室
技术研发日：2021.08.20
技术公布日：2021/11/21