三级淋巴结构在预后疾病进展和治疗癌症中的应用的制作方法

技术特征：
1.一种在患有癌症或有处于患癌症风险的患者中预后疾病进展的体外方法，所述方法包括以下步骤：
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在来自怀疑包含肿瘤性或癌组织的所述患者的样本中，确定所述样本是否包含三级淋巴样结构(tls)，和
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预后疾病进展，其中所述预后是评估免疫疗法或用免疫治疗剂治疗的
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患者生存期改善的可能性，和/或
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更好临床结果。2.根据权利要求1的体外方法，其中确定所述样本是否包含三级淋巴样结构包括以下至少一项：
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用组织化学染色对所述样本进行染色，和/或
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确定所述样本中是否存在t淋巴细胞和/或b淋巴细胞。3.根据权利要求1或2的方法，其中在蛋白质或mrna基础上检测至少一种选自cd3、cd4、cd8、cd20、cd19和pax5的标记物的表达、存在或不存在。4.根据权利要求1至3中任一项所述的体外方法，其进一步包括以下步骤：
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在来自所述患者的相同样本中确定tls密度。5.根据权利要求1至4中任一项所述的体外方法，其进一步包括以下步骤：
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在来自所述患者的相同样本中确定tls的成熟状态和/或成熟tls的密度。6.根据权利要求5的体外方法，其中确定所述tls的成熟状态包括基于蛋白质或mrna检测
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至少一种选自cd35和cd23的标记物的表达、存在或不存在，或
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dc-lamp 成熟树突细胞(mdcs)的存在或不存在。7.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其进一步包括以下步骤：
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在来自所述患者的相同或第二个样本中确定pd-l1(程序性细胞死亡配体1)的表达状态。8.根据权利要求7所述的体外方法，其中确定pd-l1表达状态包括基于蛋白质或mrna检测样本中pd-l1的表达、存在或不存在。9.根据权利要求7至8中任一项所述的体外方法，其中确定pd-l1的表达状态包括确定以下至少一项：
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肿瘤比例评分(tps)，
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免疫细胞评分(ic)，和/或
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合并阳性评分。10.根据权利要求7至9中任一项所述的体外方法，其中确定pd-l1表达状态包括进行原位杂交(ish)。11.根据权利要求7至9中任一项所述的体外方法，其中确定pd-l1表达状态包括进行原位pcr。12.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其中在怀疑包含肿瘤性或癌组织的样本中，认为以下至少一项：a)样本中tls的存在，
b)tls密度≥0.005tls/mm2，c)成熟tls的存在，d)成熟tls的密度≥0.005tls/mm2，和/或e)pd-l1(程序性细胞死亡配体1)表达的不存在或低表达，是应答免疫治疗的以下指标的指征：
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患者生存期改善的高可能性，和/或
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更好的临床结果。13.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其中所述患者患有或处于发生风险中的癌症是肺癌或消化器官癌症。14.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其中所述免疫疗法是其中施用免疫检查点抑制剂的疗法。15.根据权利要求14所述的体外方法，其中所述免疫检查点抑制剂是ctla-4、pd-1、pd-l1、lag 3、tim3、ox40、4-1bb和/或tigit中的至少一种的结合剂、抑制剂或拮抗剂。16.根据权利要求15所述的体外方法，其中所述结合剂、抑制剂或拮抗剂是抗体或其靶结合片段或衍生物。17.根据权利要求16所述的体外方法，所述抗体是选自易普利姆玛(ipilimumab)(抗ctla-4)，纳武单抗(nivolumab)(抗pd-1)，派姆单抗(pembrolizumab)(抗pd-1)，西米普利单抗(cemiplimab)(抗pd-1)，斯巴达珠单抗(spartalizumab)(抗pd-1)，阿特朱单抗(atezolizumab)(抗pd-l1)，阿维单抗(avelumab)(抗pd-l1)，德瓦鲁单抗(durvalumab)(抗pd-l1)，依吉利单抗(etigilimab)(抗tigit)，bgb-a1217(抗tigit)，bms-986207(抗tigit)，ab154(抗tigit)，asp8374(抗tigit)，mk 7684(抗tigit)和/或替戈鲁单抗(tirgolumab)(抗tigit)中的至少一种抗体。18.根据前述权利要求中任一项所述的体外方法，其进一步包括以下步骤：
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通过检测肿瘤标记物的存在或不存在或对样本进行组织化学染色，确定样本中肿瘤组织或病变的存在、体积、面积、大小或轮廓中的至少一项。19.一种用于治疗患有癌症或被诊断患有癌症的患者的免疫检查点抑制剂(免疫检查点抑制剂用于制备治疗患有癌症或被诊断患有癌症的患者的药物)，所述癌症的特征在于以下至少一项：a)样本中tls的存在，b)tls密度≥0.005tls/mm2，c)成熟tls的存在，d)成熟tls的密度≥0.005tls/mm2，和/或e)pd-l1(程序性细胞死亡配体1)表达的不存在或低表达，20.一种用免疫检查点抑制剂治疗患有癌症或处于患癌症风险的患者的方法，所述癌症的特征在于以下至少一项：a)样本中tls的存在，b)tls密度≥0.005tls/mm2，c)成熟tls的存在，d)成熟tls的密度≥0.005tls/mm2，和/或
e)pd-l1(程序性细胞死亡配体1)表达的不存在或低表达，其中所述方法包括以至少一个治疗有效剂量施用免疫检查点抑制剂。21.一种免疫检查点抑制剂与另一种免疫检查点抑制剂或化疗药物的组合，任选地用于制备药物或用于制备分开的可共同施用的药物，以用于治疗患有癌症或被诊断患有癌症的患者，所述癌症的特征在于以下至少一项：a)样本中tls的存在，b)tls密度≥0.005tls/mm2，c)成熟tls的存在，d)成熟tls的密度≥0.005tls/mm2，和/或e)pd-l1(程序性细胞死亡配体1)表达的不存在或低表达，其中将所述两种药物的组合同时或连续施用于患者。22.一种治疗患有癌症或处于患癌症风险的患者的方法，所述方法使用免疫检查点抑制剂与另一种免疫检查点抑制剂或化疗药物的组合，所述癌症的特征在于以下至少一项：a)样本中tls的存在，b)tls密度≥0.005tls/mm2，c)成熟tls的存在，d)成熟tls的密度≥0.005tls/mm2，和/或e)pd-l1(程序性细胞死亡配体1)表达的不存在或低表达，其中所述方法包括以至少一个治疗有效剂量施用免疫检查点抑制剂和任选的化疗药物。23.根据权利要求21或22所述的组合或方法，其中所述组合包含：
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ctla-4的结合剂、抑制剂或拮抗剂和pd-1或pd-l1的结合剂、抑制剂或拮抗剂，或
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4-1bb(cd137)的结合剂、抑制剂或拮抗剂和pd-1或pd-l1的结合剂、抑制剂或拮抗剂。24.根据前述权利要求中任一项所述使用的免疫检查点抑制剂或组合或方法，其中所述免疫检查点抑制剂是ctla-4、pd-1、pd-l1、lag 3、tim3、ox40、4-1bb和/或tigit中的至少一种的结合剂、抑制剂或拮抗剂。25.根据前述权利要求中任一项所述使用的免疫检查点抑制剂或组合或方法，其中所述结合剂、抑制剂或拮抗剂是抗体，或其靶结合片段或衍生物。26.根据前述权利要求中任一项所述使用的免疫检查点抑制剂或组合或方法，其中所述抗体是选自易普利姆玛(ipilimumab)(抗ctla-4)，纳武单抗(nivolumab)(抗pd-1)，派姆单抗(pembrolizumab)(抗pd-1)，西米普利单抗(cemiplimab)(抗pd-1)，斯巴达珠单抗(spartalizumab)(抗pd-1)，阿特朱单抗(atezolizumab)(抗pd-l1)，阿维单抗(avelumab)(抗pd-l1)，德瓦鲁单抗(durvalumab)(抗pd-l1)，依吉利单抗(etigilimab)(抗tigit)，bgb-a1217(抗tigit)，bms-986207(抗tigit)，ab154(抗tigit)，asp8374(抗tigit)，mk 7684(抗tigit)和/或替戈鲁单抗(tirgolumab)(抗tigit)中的至少一种抗体。27.根据前述权利要求中任一项所述使用的免疫检查点抑制剂或组合或方法，其中所述免疫检查点抑制剂是双特异性结合剂。28.根据前述权利要求中任一项所述使用的免疫检查点抑制剂或组合或方法，其特征
在于所述癌症是选自肺癌或消化器官的癌症的至少一种。29.一种用于实施根据前述权利要求中任一项所述的方法的试剂盒，所述试剂盒包含用于以下至少一项的手段：a)确定样品是否包含三级淋巴样结构(tls)，b)确定样本中tls的成熟状态，c)确定样本中tls的密度，d)确定样本中成熟tls的密度，或e)确定样本中pd-l1(程序性细胞死亡配体1)的表达状态。30.根据权利要求29所述的试剂盒，所述试剂盒包含至少一种寡核苷酸，所述寡核苷酸包含能够与编码pdl1、cd20、cd3、cd23中的至少一种的核酸杂交的核苷酸序列，所述寡核苷酸选自：
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扩增引物，
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标记的探针，和/或
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底物结合的探针，其中所述杂交发生在严格条件下，即探针或引物与其靶子序列杂交但不与其它序列杂交的条件。31.根据权利要求29或30所述的试剂盒，所述试剂盒适用于以下至少一项：
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荧光原位杂交(fish)，
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原位pcr，
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实时pcr，和/或
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逆转录pcr/qpcr。32.根据权利要求29至31中任一项所述的试剂盒，所述试剂盒包含至少一种免疫配体，所述免疫配体能够在免疫测定中结合cd3、cd4、cd8、cd20、cd19、pax5、cd21、cd35、cd23、cd8、dc-lamp或pd-l1中的至少一种。33.根据权利要求32所述的试剂盒，其中所述免疫测定选自以下至少一项：
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ihc(免疫组织化学测定)，
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icc(免疫细胞化学测定)，和/或
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if(免疫荧光测定)。34.根据权利要求32至33中任一项所述的试剂盒，其中至少一种所述免疫配体是抗体。

技术总结
本发明涉及一种用于对患有癌症或处于患癌症风险的患者预后疾病进展的体外方法，所述方法包括以下步骤：在来自所述患者的怀疑包含肿瘤性或癌组织的样本中确定所述样本是否包含三级淋巴样结构(TLS)；以及对疾病进展进行预后，其中所述预后是评估免疫疗法改善患者生存期的可能性和/或更好的临床结果(图4a)。存期的可能性和/或更好的临床结果(图4a)。存期的可能性和/或更好的临床结果(图4a)。


技术研发人员：A
受保护的技术使用者：贝尔戈尼研究所
技术研发日：2021.07.19
技术公布日：2023/5/18