HBV特异性TCR文库及其作为个性化药物的用途的制作方法

技术特征：
1.一种t细胞受体(tcr)文库，其中所述文库包含至少26个tcr，其中所述文库包含具有分别对应于以下列表的每个cdr3a/cdr3b配对的cdr3a和cdr3b序列的tcr：cdr3a：aetldnygqnfv(seq id no:1)和cdr3b：savdrdepfhsnqpqh(seq id no:18)；cdr3a：atwlsgsarqltf(seq id no:2)和cdr3b：assnrassyneqf(seq id no:19)；cdr3a：avnlyagnmlt(seq id no:3)和cdr3b：asssdfgnqpqh(seq id no:20)；cdr3a：cgadrgggklif(seq id no:4)和cdr3b：casslfkgadtqyf(seq id no:21)；cdr3a：cayrsglnndmrf(seq id no:5)和cdr3b：casslelagpwgneqff(seq id no:22)；cdr3a：avsdnqggkli(seq id no:6)和cdr3b：asslsaayeqy(seq id no:23)；cdr3a：cavrynnarlmf(seq id no:7)和cdr3b：csapagmgyeqyf(seq id no:24)；cdr3a：cvvngvdssyklif(seq id no:8)和cdr3b：casemagggdnygytf(seq id no:25)；cdr3a：clvgdedtgrraltf(seq id no:9)和cdr3b：cassfsgkasyyeqyf(seq id no:26)；cdr3a：cavrdqtgannlff(seq id no:10)和cdr3b：casspeptsgsfneqff(seq id no:27)；cdr3a：cavnmvagnmltf(seq id no:11)和cdr3b：casspdssganvltf(seq id no:28)；cdr3a：cavdgnnrlaf(seq id no:12)和cdr3b：csvdmdwgiggytf(seq id no:29)；cdr3a：cagagyggsqgnlif(seq id no:13)和cdr3b：cassiaggaeqyf(seq id no:30)；cdr3a：cayignagnmltf(seq id no:14)和cdr3b：casslsyrglgeqff(seq id no:31)；cdr3a：cavyhtgfqklvf(seq id no:15)和cdr3b：casssrqggtyeqyf(seq id no:32)；cdr3a：caesmgdfnkfyf(seq id no:16)和cdr3b：casspgegnqpqhf(seq id no:33)；cdr3a：cavstnfgnekltf(seq id no:17)和cdr3b：cassasladntgelff(seq id no:34)；cdr3a：caestggsyiptf(seq id no:151)和cdr3b：casasdsddeklff(seq id no:160)；cdr3a：cavnapggynklif(seq id no:152)
和cdr3b：cassisqggygytf(seq id no:161)；cdr3a：caverptggynklif(seq id no:153)和cdr3b：casspgtdyeqyf(seq id no:162)；cdr3a：cavedygqnfvf(seq id no:154)和cdr3b：csardlsgrsldtqyf(seq id no:163)；cdr3a：calsdssggsyiptf(seq id no:155)和cdr3b：casslgrqtnteaff(seq id no:164)；cdr3a：caacysgyalnf(seq id no:156)和cdr3b：cassyrpkldteaff(seq id no:165)；cdr3a：cavvtndyklsf(seq id no:157)和cdr3b：cassqdlgqgsdtqyf(seq id no:166)；cdr3a：camrsfaqagtalif(seq id no:158)和cdr3b：cassqrgkgqgdeetqyf(seq id no:167)；以及cdr3a：cagwispqgaqklvf(seq id no:159)和cdr3b：casslstnteaff(seq id no:168)，使得每个所列的cdr3a/cdr3b配对都存在于所述tcr文库中；和/或其中所述tcr文库包含具有分别对应于以上列表所示的每个配对的cdr3a和cdr3b序列的tcr，其中一个或两个氨基酸被另一个氨基酸替代，使得每个cdr3a/cdr3b配对在所述tcr文库中存在最多一个或两个氨基酸取代。2.根据权利要求1所述的tcr文库，其中所述文库的tcr具有如下表所示的所述cdr3a和cdr3b序列和所述mhc限制：
或其中所述文库的tcr具有如上表所示的所述mhc限制和所述cdr序列，其中所述cdr序列的一个或两个氨基酸被另一个氨基酸替代。3.根据权利要求1或2所述的tcr文库，其中所述tcr文库包含十四个或更多个限于属于亚型hla-a*02、hla-a*11、hla-a*68或hla-a*24的hla-a分子的tcr；和/或其中所述tcr文库包含十一个或更多个限于属于亚型hla-b*07、hla-b*15、hla-b*39、hla-b*40、hla-b*58、hla-b*44、hla-b*35、或hla-b*55的hla-b分子的tcr；和/或其中所述tcr文库包含九个或更多个限于属于亚型hla-c*03、hla-c*07、hla-c*08或hla-c*12的hla-c分子的tcr。4.根据权利要求1-3中任一项所述的tcr文库，其中所述tcr文库包含三个或更多个具有包含氨基酸基序dnyg(seq id no:117)的cdr3a序列的tcr、和/或六个或更多个具有包含氨基酸基序kli(seq id no:118)的cdr3a序列的tcr、和/或六个或更多个具有包含氨基酸基序ltf(seq id no:122)的cdr3a序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序agnmlt(seq id no:123)的cdr3a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序ggkli(seq id no:125)的cdr3a序列的tcr、和/或十一个或更多个具有包含氨基酸基序cav(seq id no:126)的cdr3a序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序ggs(seq id no:193)的cdr3a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序nxrlzf(seq id no:128)的cdr3a序列的tcr，其中nxrlzf(seq id no:128)中的x是精氨酸(r)或丙氨酸(a)并且
nxrlzf(seq id no:128)中的z是甲硫氨酸(m)或丙氨酸(a)；和/或其中所述tcr文库包含四个或更多个具有包含氨基酸基序nqpqh(seq id no:133)的cdr3b序列的tcr、和/或21个或更多个具有包含氨基酸基序ass(seq id no:134)的cdr3b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序eqff(seq id no:139)的cdr3b序列的tcr、和/或九个或更多个具有包含氨基酸基序qyf(seq id no:141)的cdr3b序列的tcr、和/或十个或更多个具有包含氨基酸基序eq(seq id no:142)的cdr3b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序gytf(seq id no:150)的cdr3b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序teaff(seq id no:192)的cdr3b序列的tcr。5.根据前述权利要求中任一项所述的tcr文库，其中所述文库的tcr具有下表中所示的cdr：
或其中所述文库的tcr具有对应于上表所示的所述cdr的cdr序列，其中如所述表中所示的所述tcr的cdr的一个或两个氨基酸可以被所述文库的tcr中的另一个氨基酸替代。6.根据权利要求5所述的tcr文库，其中所述tcr文库包含四个或更多个具有包含氨基酸基序dsssty(seq id no:58)的cdr1a序列的tcr、和/或五个或更多个具有包含氨基酸基序sqs(seq id no:87)的cdr1a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序tsesdyy(seq id no:62)的cdr1a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序svfss(seq id no:67)的cdr1a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序sxnn(seq id no:84)的cdr1a序列的tcr，其中sxnn(seq id no:84)中的x是异亮氨酸(i)或缬氨酸(v)；和/或其中所述tcr文库包含四个或更多个具有包含氨基酸基序dfqatt(seq id no:72)的cdr1b序列的tcr、和/或八个或更多个具有包含氨基酸基序sg(seq id no:95)的cdr1b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序ghn(seq id no:102)的cdr1b序列的tcr、和/或七个或更多个具有包含氨基酸基序mxhez(seq id no:97)的cdr1b序列的tcr，其中mxhez(seq id no:97)中的x是天冬酰胺(n)或天冬氨酸(d)，并且其中mxhez(seq id no:97)中的z是天冬酰胺(n)或酪氨酸(y)；和/或其中所述tcr文库包含九个或更多个具有包含氨基酸sn(seq id no:104)的cdr2a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序gge(seq id no:107)的cdr2a序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序yk(seq id no:109)的cdr2a序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序gee(seq id no:111)的cdr2a序列的tcr；和/或其中所述tcr文库包含四个或更多个具有包含氨基酸基序snegska(seq id no:47)的cdr2b序列的tcr、和/或三个或更多个具有包含氨基酸基序fnnnvp(seq id no:48)的cdr2b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序fqn(seq id no:179)的cdr2b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序sydvkm(seq id no:50)的cdr2b序列的tcr、和/或四个或更多个具有包含氨基酸基序smnvev(seq id no:52)的cdr2b序列的tcr。7.一种选自根据前述权利要求中任一项所述的tcr文库的tcr，其中所述选择的tcr不包含seq id no:1或18，其中所述选择的tcr不包含seq id no:2或19，并且其中所述选择的tcr不包含seq id no:3或20。8.一种编码根据权利要求7所述的tcr的α和/或β链的分离的核酸。9.根据权利要求8所述的分离的核酸，其中所述核酸编码所述α和β链二者。10.根据权利要求9所述的分离的核酸，其中所述核酸包含：(a)编码包含可变区和恒定区的tcrα链的核酸序列；(b)编码包含可变区和恒定区的tcrβ链的核酸序列；以及(c)编码可切割接头的核酸序列，其中序列(c)位于在序列(a)与(b)之间的所述分离的核酸中，并且其中序列(a)、(b)和(c)在相同的阅读框中。
11.一对各自根据权利要求8所述的分离的核酸，其中所述对的第一成员编码所述α链并且其中所述对的第二成员编码所述β链。12.一种包含根据权利要求8-11中任一项所述的一种或多种核酸的载体。13.一种根据权利要求8-11所述的分离的核酸的文库或根据权利要求12所述的载体的文库，其中核酸或载体的所述文库编码根据权利要求1-6中任一项所述的tcr文库。14.一种产生能够参与针对hbv感染的细胞、hbv/hdv共感染的细胞和/或针对表达hbv抗原的转化的细胞的免疫反应的t细胞的方法，所述方法包括将根据权利要求8-11中任一项所述的核酸或根据权利要求12所述的载体引入受体t细胞或t细胞前体中，然后使所述受体t细胞或t细胞前体繁殖。15.根据权利要求14所述的方法，其中受体t细胞或t细胞前体已经从目前患有、或患有过、或有风险患上hbv感染、hdv感染和/或肝细胞癌的患者获得。16.根据权利要求15所述的方法，其中将所述核酸或载体通过电穿孔引入所述受体t细胞或t细胞前体中。17.根据权利要求15或权利要求16所述的方法，其中所述受体t细胞是激活的t细胞。18.一种选择用于治疗的患者的方法，其中所述方法包括确定所述患者的hla-a单倍型、hla-b单倍型和/或hla-c单倍型，然后从根据权利要求1-6中任一项所述的tcr文库选择tcr，其中所述选择的tcr限于由所述患者表达的hla-a、hla-b和/或hla-c分子。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述患者目前患有、或患有过、或有风险患上hbv感染、hdv感染和/或肝细胞癌。20.根据权利要求18或权利要求19所述的方法，其中所述方法进一步包括在从所述tcr文库选择所述tcr之前检测取自所述患者的样品中的hbv抗原和/或hbv核酸片段。21.根据权利要求18-20中任一项所述的方法，其中所述患者未接受肝移植。22.根据权利要求18-20中任一项所述的方法，其中所述患者已经接受或计划接受肝移植。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述方法进一步包括确定所述移植的肝脏的hla-a单倍型、hla-b单倍型和/或hla-c单倍型。24.一种包含选自根据权利要求1-6中任一项所述的tcr文库的tcr的t细胞，所述t细胞用于治疗已根据权利要求18-23中任一项所述的方法选择的患者的方法中。25.一种治疗已通过根据权利要求15-20中任一项所述的方法选择的患者的方法，所述方法包括向所述患者施用表达选自根据权利要求1-6中任一项所述的tcr文库的选择的tcr的t细胞。26.根据权利要求24所述的用于所述用途的t细胞或根据权利要求25所述的方法，其中经由静脉内输注施用所述t细胞。27.根据权利要求24所述的用于所述用途的t细胞或根据权利要求25所述的方法，其中经由肿瘤内注射施用所述t细胞。28.根据权利要求24所述的用于所述用途的t细胞或根据权利要求25所述的方法，其中经由动脉内注射施用所述t细胞。29.根据权利要求25-28中任一项所述的用于所述用途的t细胞或方法，其中已经通过将根据权利要求8-11中任一项所述的核酸或根据权利要求12所述的载体引入t细胞中产生
表达选自所述文库的所述tcr的t细胞，其中所述t细胞是已从所述患者收获的自体t细胞，或是已从供体收获的同种异体t细胞。30.根据权利要求25-29中任一项所述的方法，其中所述患者已被诊断为患有复发性hbv相关hcc。31.根据权利要求25-30中任一项所述的方法，其中所述患者已经接受或计划接受肝移植。32.一种表达根据权利要求7所述的tcr的t细胞。33.根据权利要求32所述的t细胞，其中所述t细胞还表达不是来自所述tcr文库的其他内源性tcr。34.根据权利要求32或33所述的t细胞，其中所述t细胞是cd8 t细胞。35.根据权利要求32-34中任一项所述的t细胞，所述t细胞用于药物中。36.根据权利要求32-34中任一项所述的t细胞，所述t细胞用于治疗已通过根据权利要求18-23中任一项所述的方法选择的患者的方法中，所述方法包括将所述t细胞施用至所述患者。37.根据权利要求36所述的用于所述用途的t细胞，其中经由静脉内输注施用所述t细胞。38.根据权利要求36或37所述的用于所述用途的t细胞，其中已通过将根据权利要求8-11中任一项所述的核酸或根据权利要求12所述的载体引入t细胞中产生所述t细胞，其中所述t细胞是已从所述患者收获的自体t细胞，或是已从供体收获的同种异体t细胞。39.根据权利要求36-38中任一项所述的用于所述用途的t细胞，其中所述患者已被诊断为患有复发性hbv相关hcc。40.根据权利要求36-39中任一项所述的用于所述用途的t细胞，其中所述患者已经接受或计划接受肝移植。41.根据权利要求32-34中任一项所述的t细胞在制造用于治疗已通过根据权利要求18-23中任一项所述的方法选择的患者的药物中的用途。42.根据权利要求7所述的tcr在制造用于治疗已通过根据权利要求18-23中任一项所述的方法选择的患者的药物中的用途。43.根据权利要求41所述的用途，其中将所述t细胞经由静脉内输注施用至所述患者。44.根据权利要求41或权利要求43所述的用途，其中已通过将根据权利要求8-11中任一项所述的核酸或根据权利要求12所述的载体引入t细胞中产生所述t细胞，其中所述t细胞是已从所述患者收获的自体t细胞，或是已从供体收获的同种异体t细胞。45.根据权利要求41-42中任一项所述的用途，其中所述患者已被诊断为患有复发性hbv相关hcc。46.根据权利要求41-45中任一项所述的用途，其中所述患者已经接受或计划接受肝移植。47.根据前述权利要求中任一项所述的tcr文库、tcr、t细胞、用于所述用途的t细胞、方法或用途，其中所述tcr是嵌合tcr。48.根据权利要求7所述的tcr，其中所述tcr是可溶性tcr。49.一种表达根据权利要求7所述的tcr的自然杀伤细胞(nk细胞)细胞。
50.一种表达根据权利要求7所述的tcr的自然杀伤t细胞(nkt细胞)。

技术总结
本发明提供了结合乙型肝炎病毒(HBV)抗原的T细胞受体(TCR)。本发明还提供了产生、筛选和选择所述TCR的方法、所述TCR的治疗应用以及所述TCR的文库。所述TCR的文库。


技术研发人员：A
受保护的技术使用者：来恩生物医药私人有限公司
技术研发日：2021.01.21
技术公布日：2022/11/11