空间转录组芯片的测序数据的分析方法及装置与流程

技术特征：
1.一种空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，包括：针对空间转录组芯片的测序数据中的每条测序序列，对所述测序序列的read1进行kmer识别，得到所述测序序列的多个条形码子序列，并基于所述测序序列的多个条形码子序列的识别位置获得所述测序序列的唯一分子标识符序列；基于荧光解码文件，确定所述测序序列的多个条形码子序列在所述空间转录组芯片上的空间位点；将所述测序序列的read2与参考基因组进行比对，得到所述测序序列的基因结果；基于所述测序数据中的多条测序序列的所述唯一分子标识符序列、所述基因结果以及所述空间位点，生成基因表达矩阵；基于所述基因表达矩阵和he染色图像，获得组织不同部位不同分辨率下的基因表达结果。2.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述对所述测序序列的read1进行kmer识别，得到所述测序序列的多个条形码子序列，包括：将所述空间转录组芯片的固定条形码集合，按照预设长度的kmer进行遍历，构建kmer库；其中，所述固定条形码集合包括预设种类数量的条形码序列种类下的条形码子序列；对所述测序序列的read1进行kmer识别，得到所述测序序列的多个kmer；针对所述kmer库中每种条形码序列种类，若所述测序序列的多个kmer中存在至少预设数量的kmer，与所述条形码序列种类下的目标条形码子序列对应的kmer匹配，且位置偏差不超过预设偏差，则将所述目标条形码子序列确定为所述测序序列的条形码子序列；若所述测序序列的所有条形码子序列对应的条形码序列种类为所述预设种类数量的条形码序列种类，则保留所述测序序列的所有条形码子序列。3.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述基于所述测序序列的多个条形码子序列的识别位置获得所述测序序列的唯一分子标识符序列，包括：基于所述测序序列的多个条形码子序列的识别位置，推断出所述测序序列的唯一分子标识符序列的位置；基于所述测序序列的唯一分子标识符序列的位置，获得所述测序序列的唯一分子标识符序列。4.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述基于荧光解码文件，确定所述测序序列的多个条形码子序列在所述空间转录组芯片上的空间位点，包括：基于荧光解码文件，识别出所述空间转录组芯片上每个位置的条形码子序列；若所述空间转录组芯片上不同位置的条形码子序列相同，则去除所述不同位置的条形码子序列；将所述空间转录组芯片上剩余位置的各条形码子序列与所述测序序列的多个条形码子序列进行对比，保留同时识别出的条形码子序列；确定保留的条形码子序列在所述空间转录组芯片上的空间位点。5.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述将所述测序序列的read2与参考基因组进行比对，得到所述测序序列的基因结果，包括：
将所述测序序列的read2剪切为第一测序序列和第二测序序列；其中，所述第一测序序列为所述测序序列的read2的前设定长度的序列；将所述第一测序序列与参考基因组进行比对，若所述第一测序序列的比对位置与参考基因组的基因位置重叠，则将所述参考基因组的基因位置的基因结果确定为所述测序序列的基因结果。6.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述基于所述基因表达矩阵和he染色图像，获得组织不同部位不同分辨率下的基因表达结果，包括：基于所述基因表达矩阵，提取若干所述基因结果和若干所述基因结果对应的所述空间位点；将若干所述基因结果对应的所述空间位点进行分级聚类，得到不同分辨率下的所述基因结果；基于he染色图像，识别出组织在所述空间转录组芯片上的空间位点；将所述组织在所述空间转录组芯片上的空间位点对应的不同分辨率下的所述基因结果，确定为所述组织不同部位不同分辨率下的基因表达结果。7.根据权利要求1所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法，其特征在于，所述方法还包括：基于所述空间转录组芯片的测序数据的分析方法的分析过程和分析数据，生成网页版分析报告。8.一种空间转录组芯片的测序数据的分析装置，其特征在于，包括：识别模块，用于针对空间转录组芯片的测序数据中的每条测序序列，对所述测序序列的read1进行kmer识别，得到所述测序序列的多个条形码子序列，并基于所述测序序列的多个条形码子序列的识别位置获得所述测序序列的唯一分子标识符序列；确定模块，用于基于荧光解码文件，确定所述测序序列的多个条形码子序列在所述空间转录组芯片上的空间位点；比对模块，用于将所述测序序列的read2与参考基因组进行比对，得到所述测序序列的基因结果；生成模块，用于基于所述测序数据中的多条测序序列的所述唯一分子标识符序列、所述基因结果以及所述空间位点，生成基因表达矩阵；获得模块，用于基于所述基因表达矩阵和he染色图像，获得组织不同部位不同分辨率下的基因表达结果。9.一种电子设备，包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述程序时实现如权利要求1至7任一项所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法的步骤。10.一种非暂态计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至7任一项所述的空间转录组芯片的测序数据的分析方法的步骤。

技术总结
本发明提供一种空间转录组芯片的测序数据的分析方法及装置，涉及生物信息领域，该方法包括：针对空间转录组芯片的测序数据中的每条测序序列，对测序序列的read1进行kmer识别，得到测序序列的多个条形码子序列，并获得测序序列的唯一分子标识符序列；基于荧光解码文件确定测序序列的多个条形码子序列在空间转录组芯片上的空间位点；将测序序列的read2与参考基因组进行比对，得到测序序列的基因结果；基于测序数据中的多条测序序列的唯一分子标识符序列、基因结果以及空间位点，生成基因表达矩阵；基于基因表达矩阵和HE染色图像，获得组织不同部位不同分辨率下的基因表达结果。本发明可以对百创空间转录组芯片的测序数据进行分析。行分析。行分析。


技术研发人员：郑洪坤 刘敏 欧阳峰
受保护的技术使用者：青岛百创智能制造技术有限公司
技术研发日：2022.10.14
技术公布日：2022/11/11