低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncRNA预后模型的构建方法与流程

技术特征：
1.一种低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、数据来源和处理，筛选出低级别胶质瘤患者生存的信息、与细胞焦亡强相关的lncrna；步骤2、利用r语言合并经步骤1中筛选的低级别胶质瘤患者生存的信息及与细胞焦亡强相关的lncrna表达矩阵信息，运行“survival”包对步骤1筛选的与细胞焦亡强相关lncrna进行单因素cox回归分析，计算每个差异lncrna与患者的生存风险比；步骤3、将步骤2中的差异lncrna进行多因素cox回归分析并建立预后风险评分模型，筛选条件设定p<0.05。2.根据权利要求1所述的低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，所述步骤3中的风险评分模型的公式为其中coef表示lncrna在多因素cox回归分析中的回归系数，x为基因表达量，n为对应的模型基因总数。3.根据权利要求2所述的低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，根据风险评分模型的公式计算出所有样品的风险得分，取中位值将样本分为高低风险组。4.根据权利要求3所述的低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，所述风险评分模型的高低风险组的生存分析采用r软件“survival”包进行kaplan-meier生存曲线进行绘制，同时利用“time roc”包和“ggdca”建立时间依赖型的roc曲线和dca决策曲线，并计算曲线下面积，评价模型的有效性。5.根据权利要求1所述的低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，所述风险评分模型的可靠性评价利用“rms”包绘制列线图评估实际与预测生存是否一致，并绘制校准曲线以评价模型的可靠性。6.根据权利要求1任一所述的低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncrna预后模型的构建方法，其特征在于，所述步骤1采用如下方式实现：从tcga数据库中下载lgg患者的rna测序数据及相应的临床信息，包括若干低级别胶质瘤测序数据，应用perl软件将测序数据与临床数据合并后得到一定数量包含测序结果以及生存、年龄、性别和分级的患者数据，从分子特征数据库msig-db用pyroptosis检索并将数据库中检索基因合并，最后得到一定数量细胞焦亡相关基因，利用皮尔逊相关性算法对低级别胶质瘤矩阵中的lncrna矩阵进行共表达分析，过滤标准为p<0.001,cor值大于0.7，筛选出一定数量与细胞焦亡强相关的lncrna。

技术总结
本发明提供一种低级别胶质瘤细胞焦亡相关lncRNA预后模型的构建方法，属于医学技术领域，从TCGA数据库收集低级别胶质瘤患者转录组测序及临床资料相关数据，采用皮尔逊相关性算法对lncRNA进行筛选，通过单多因素cox回归方法探索细胞焦亡相关lncRNA并构建模型，采用GSEA、免疫浸润和ssGSEA对模型进行免疫相关分析，为临床低级别胶质瘤患者的治疗及预后提供重要的参考依据。重要的参考依据。重要的参考依据。


技术研发人员：徐茜 赵辉 高萧芳 孙宪凯 姚伦广
受保护的技术使用者：徐茜
技术研发日：2022.01.25
技术公布日：2022/7/8