一种电子病历数据的转换方法、装置、数据模型及平台与流程

1.本技术涉及互联网数据处理领域，特别涉及一种电子病历数据的转换方法、装置、数据模型及平台。


背景技术：

2.电子病历(electronic medical record，简称emr)，也叫计算机化的病案系统或称基于计算机的病人记录数据库，是用电子设备保存、管理、传输和重现的数字化的病人医疗记录。
3.电子病历数据被称作医院信息系统中的“非结构化”数据。电子病历系统用非结构化数据存储在保持临床描述灵活性和数据存储层次准确性上取得良好的平衡。而在医学科研领域，出于支持观测指标定量分析的目的，要求进入科研的病历数据全部转化为结构化格式存储。初期最常用的办法就是通过研究人员阅读临床病历，提取有用信息填写crf表格的方式完成临床病历数据向医学科研病历数据的转化。然而，随着医学科研项目的增多，以及宝贵临床病例数据在疾病领域多项目共用的需求，医疗机构开始建立独立于具体科研项目之外的专病数据库，完成科研病例数据的采集和积累。
4.将电子病历数据转化为专病库数据，如何跨越两个完全不同的数据结构，从庞大的电子病历数据库中抽取有研究意义的临床科研病例数据补充入科研病例数据库，成了医学研究人员留给信息化人员的挑战。


技术实现要素：

5.针对现有技术存在的病历数据结构转换不成熟，专病库项目的管理和维护费时费力的问题，本技术主要提供一种电子病历数据的转换方法、装置、数据模型及平台。
6.为了解决上述问题，本技术采用的一个技术方案是：提供一种电子病历数据的转换方法，其包括：
7.根据专病库的数据结构，通过获取的电子病历原始数据，创建术语集规则，其中术语集规则包括数据来源；
8.根据术语集规则，创建并调试自定义特定领域语言脚本；
9.通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理，得到电子病历原始数据对应的符合专病库数据结构的专病库数据。
10.本技术采用的另一个技术方案是：提供一种电子病历数据的转换装置，其包括：
11.用于根据专病库的数据结构，通过获取的电子病历原始数据，创建术语集规则的模块，其中术语集规则包括数据来源；
12.用于根据术语集规则，创建并调试自定义特定领域语言脚本的模块；
13.用于通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理，得到电子病历原始数据对应的符合专病库数据结构的专病库数据的模块。
14.本技术采用的另一个技术方案是：提供一种描述专病库项目结构的通用数据模
型，其包括：
15.项目模块，其用于定义项目的基本信息、用途信息和、或版本信息，其中项目的基本信息包括患者基础信息；
16.域模块，其用于通过多个字段描述相邻两个域之间的关系信息，其中域包括患者就诊记录信息；
17.字段模块，其用于描述专病库中的最小字段的结构信息，其中字段包括患者就诊结果信息。
18.本技术采用的另一个技术方案是：提供一种专病库数据管理平台，其包括：
19.自定义脚本引擎，其用于将电子病历原始数据转换为符合专病库数据结构的专病库数据；
20.日志处理系统，其用于存储并分析自定义脚本引擎生成的数据处理日志；
21.脚本优化模块，其用于根据日志处理系统对数据处理日志的处理结果，对自定义特定领域语言脚本的相应参数进行调整优化；
22.项目升级模块，其用于根据预先创建的术语集规则创建项目及关联的域和字段，实时对域和字段进行操作，完成描述专病库项目结构的通用数据模型的升级，其中操作包括添加、编辑和、或删除。
23.本技术的技术方案可以达到的有益效果是：本技术设计了一种电子病历数据的转换方法、装置、数据模型及平台。该方法通过设定特定的脚本引擎来实现从通用的电子病历数据库到专病项目库的数据转换过程，成功转换了数据结构，通过构建的通用数据模型和平台，极大节约了人力成本和时间成本，也使得专病库项目的管理更加简单直观。
附图说明
24.为了更清楚地说明本技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动性的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
25.图1是本技术一种电子病历数据的转换方法的一个具体实施方式的示意图；
26.图2是本技术一种电子病历数据的转换装置的一个具体实施方式的示意图；
27.图3是本技术一种描述专病库项目结构的通用数据模型的一个具体实施方式的示意图。
28.通过上述附图，已示出本技术明确的实施例，后文中将有更详细的描述。这些附图和文字描述并不是为了通过任何方式限制本技术构思的范围，而是通过参考特定实施例为本领域技术人员说明本技术的概念。
具体实施方式
29.下面结合附图对本技术的较佳实施例进行详细阐述，以使本技术的优点和特征能更易于被本领域技术人员理解，从而对本技术的保护范围做出更为清楚明确的界定。
30.需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存
在任何这种实际的关系或者顺序。而且，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。在没有更多限制的情况下，由语句“包括
……”
限定的要素，并不排除在包括所述要素的过程、方法、物品或者设备中还存在另外的相同要素。
31.电子病历数据库的结构不是完全一样的，例如住院数据库，门诊数据库，急救数据库等其数据库结构不同。本技术提出的电子病历数据的转换方法可以从多种不同的电子病历数据库中提取原始数据，并将其转化为专病库数据，并且本技术构建的脚本引擎可以在数据处理的生命周期的不同阶段执行不同的行为来达到不同的数据处理的目的，例如对不符合要求的数据进行过滤、对产生的json数据进行统计计算等。一般的数据库构建是需要程序员设计并编写数据库生成文件(如sql)来完成的；当专病库项目越来越多时，会耗费很多的开发人员人力成本和时间成本，也不利于专病库项目的管理和维护；通过描述专病库项目结构的通用数据模型和专病库数据管理平台，使得非程序员通过培训，也能胜任这项工作，极大的节约了人力成本和时间成本，也使得专病库项目的管理更加简单直观。
32.下面，以具体的实施例对本技术的技术方案以及本技术的技术方案如何解决上述技术问题进行详细说明。下面述及的具体的实施例可以相互结合形成新的实施例。对于在一个实施例中描述过的相同或相似的思想或过程，可能在其他某些实施例中不再赘述。下面将结合附图，对本技术的实施例进行描述。
33.图1示出了本技术一种电子病历数据的转换方法的一个具体实施方式。
34.在图1所示的具体实施方式中，一种电子病历数据的转换方法主要包括：
35.步骤s101，根据专病库的数据结构，通过获取的电子病历原始数据，创建术语集规则，其中术语集规则包括数据来源。
36.本实施方式中，医学与临床医生根据专病库数据结构，提供术语集规则，术语集中的所有词汇都需要按照通用格式进行整合，术语集规则包含数据来源，例如患者的主要诊断的字段来源是从病案首页-首页记录中提取，患者的血压从入院记录-体格检查-体温单-麻醉记录单等数据源提取等。医生提供的术语集规则尽可能的全面细致，可以帮助算法工程师根据术语集规则编写脚本，对各种形式和结构的电子病历原始数据的转换更加便捷。
37.在图1所示的具体实施方式中，一种电子病历数据的转换方法，还包括：
38.步骤s102，根据术语集规则，创建并调试自定义特定领域语言脚本。
39.本实施方式中，调试好的自定义特定领域语言脚本需要及时保存。自定义特定领域语言脚本，即dsl脚本，dsl(domain specified language)为领域特定语言，能够让某一领域专家通过简单的编程方式描述领域中的所有活动和规则，能够在一定程度上保证描述的完整性。
40.在本技术的一个具体实施例中，根据自定义特定领域语言脚本中的作用域的属性描述，判断自定义特定领域语言脚本的作用范围，其中作用范围包括通用项目范围和特定项目范围。
41.本实施例中，dsl脚本分为特定项目范围与通用范围，通用范围的脚本可在多个专病库项目中进行复用，节省算法工程师的开发时间。
42.在本技术的一个具体实例中，在定义dsl脚本时，其定义模型中有作用域的属性描
述；通过该属性描述可以区分该dsl脚本的作用范围。如计算患者年龄的规则，对于大多数专病库项目来讲基本上是相同的，则其作用范围可以设置为通用；如计算患者的骨折部位数据，则只属于骨折数据库，其作用范围设置为特定项目。
43.在图1所示的具体实施方式中，一种电子病历数据的转换方法，还包括：
44.步骤s103，通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理，得到电子病历原始数据对应的符合专病库数据结构的专病库数据。
45.本实施方式中，调试通过的dsl脚本与电子病历原始数据在自定义脚本引擎中执行，最终将电子病历原始数据转换为符合专病库项目数据结构的数据，完成了数据结构的跨领域转换。
46.在本技术的一个具体实例中，符合专病库数据结构的专病库数据是一个json格式的数据文本，其层次结构与定义的专病库层次结构一致；该json格式数据是由电子病历的原始数据通过一系列的转换计算而来。
47.需要说明的是，自定义脚本引擎是用java编写的，并且与自定义的dsl脚本语言配套，用来执行自定义dsl脚本的计算机程序；在数据处理任务中，程序通过加载解析自定义dsl脚本转换为java程序代码，即可通过该代码来处理电子病历原始数据。
48.在本技术的一个具体实施例中，通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理，包括：通过自定义脚本引擎中的过滤规则，对电子病历原始数据是否进行值处理进行判断，得到需要进行值处理的第一数据；通过自定义脚本引擎中的预处理规则，对需要进行值处理的第一数据进行数据结构改变，得到第二数据；通过自定义脚本引擎中的脚本执行规则，利用自定义特定领域语言脚本对第二数据进行值处理，得到特定格式数据；通过自定义脚本引擎中的后处理规则，对特定格式数据进行统一处理。
49.本实施例中，自定义脚本引擎提供了过滤规则、预处理规则、脚本执行规则、后处理规则等多级的生命周期控制流，这些规则可以在数据处理的生命周期的不同阶段执行不同的行为来达到不同的数据处理目的，如对不符合要求的数据进行过滤、对产生的json数据进行统计计算等。
50.在本技术的一个具体实例中，在数据处理过程中，过滤规则最先执行，其结果会决定该电子病历原始数据是提前结束还是继续后续的流程；再执行预处理规则，执行该规则可以用来改变电子病历原始数据的数据结构；再执行dsl脚本执行规则，这部分dsl脚本会将电子病历原始数据生成json数据；最后执行后处理规则，其能在json数据上进行一些统计计算操作；除了后处理规则的对象包含了产出的json数据，其他规则的对象均只有病例原始数据；这些规则由脚本引擎按照预定义的生命周期进行统一调度。
51.在本技术的一个具体实施例中，利用自定义特定领域语言脚本对第二数据进行值处理，得到特定格式数据，包括：根据术语集规则，利用专病库所需要的数据类型，对第二数据进行对应的值映射处理，得到对应的特定格式数据，其中值映射处理包括一一映射、单值计算映射和、多值计算映射。
52.本实施例中，自定义脚本引擎提供了简单的一一映射、单值计算映射、多值计算映射等多类型的值处理方式，使得本技术从多种不同的电子病历数据库中读取的原始数据都可以进行数据结构的转换。
53.在本技术的一个具体实例中，对值处理方式的选择是根据具体的术语集规则而来的，与数据的结构无关。例如专病库中定义的住院时间可以直接从电子病历的病案首页的入院时间提取，那么这种处理方式就是简单的一一映射；专病库中定义的是否使用了某一种药物，需要通过dsl脚本计算的方式来从所有的用药记录中进行统计计算，从而得到这个定义的值，这种处理方式为多值计算映射。
54.在本技术的一个具体实施例中，通过自定义脚本引擎中的后处理规则，对特定格式数据进行统一处理，包括：根据专病库的数据结构，对特定格式数据进行数据校验，其中数据校验包括数据格式校验、数据类型校验；将校验通过的特定格式数据与专病库中对应的数据进行数据对比，并将对比重复的数据进行合并。
55.本实施例中，后处理规则将json格式数据通过校验对比等操作，完成对电子病历原始数据转换为专病库数据，提高格式准确性。
56.在本技术的一个具体实例中，数据处理场景具体的指测试场景，其数据处理不会真正的产生专病数据库，而是生成一个excel文件，供数据人员进行查看，数据处理的结果会产生一个专病数据库，以供后续的应用使用；在自定义脚本引擎产生了具体的json格式数据后，程序会对该json数据根据专病库数据进行数据格式、数据类型等的校验，并与已有的专病库数据进行比对及数据合并等操作，处理无误后将该数据存储到nosql数据库中，则整个数据处理流程结束。
57.在本技术的一个具体实施例中，在通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理的过程中，包括：自定义脚本引擎生成数据处理日志，通过分析数据处理日志，实时监控自定义特定领域语言脚本的执行中间状态、执行效率以及执行结果；根据执行中间状态、执行效率以及执行结果，对自定义特定领域语言脚本的相应参数进行调整优化。
58.本实施例中，通过收集自定义脚本引擎生成的日志，可实时监控dsl脚本执行的中间状态、执行效率以及执行结果统计图表。
59.在本技术的一个具体实例中，数据处理日志用来记录某一条病例数据处理的中间状态与结果；日志系统用来存储与分析这些日志数据；目的是可以通过对这些日志数据分析，知道数据处理成功与失败的数量，执行的效率等，然后在此基础上对dsl脚本进行修改，对部分参数(如并发数等)进行调整以优化数据处理任务；中间状态即指的是脚步执行的耗时，计算的异常情况等。
60.图2示出了本技术一种电子病历数据的转换装置的具体实施方式。
61.在图2所示的具体实施方式中，一种电子病历数据的转换装置主要包括：
62.模块201，用于根据专病库的数据结构，通过获取的电子病历原始数据，创建术语集规则的模块，其中术语集规则包括数据来源；
63.模块202，用于根据术语集规则，创建并调试自定义特定领域语言脚本的模块；
64.模块203，用于通过自定义脚本引擎加载解析自定义特定领域语言脚本，对电子病历原始数据进行处理，得到电子病历原始数据对应的符合专病库数据结构的专病库数据的模块。
65.本实施方式中，本技术获取医院的各种电子病历数据库中的原始数据，根据专病库的数据结构，创建术语集规则，并根据术语集规则创建特定领域语言脚本，通过脚本引擎
执行特定领域语言脚本，将电子病历原始数据转换为专病库数据。
66.本技术提供的一种电子病历数据的转换装置，可用于执行上述任一实施例描述的电子病历数据的转换方法，其实现原理和技术效果类似，在此不再赘述。
67.在本技术的一个具体实施例中，本技术一种电子病历数据的转换装置中各功能模块可直接在硬件中、在由处理器执行的软件模块中或在两者的组合中。
68.软件模块可驻留在ram存储器、快闪存储器、rom存储器、eprom存储器、eeprom存储器、寄存器、硬盘、可装卸盘、cd-rom或此项技术中已知的任何其它形式的存储介质中。示范性存储介质耦合到处理器，使得处理器可从存储介质读取信息和向存储介质写入信息。
69.处理器可以是中央处理单元(英文：central processing unit，简称：cpu)，还可以是其他通用处理器、数字信号处理器(英文：digital signal processor，简称：dsp)、专用集成电路(英文：application specific integrated circuit，简称：asic)、现场可编程门阵列(英文：field programmable gate array，简称：fpga)或其它可编程逻辑装置、离散门或晶体管逻辑、离散硬件组件或其任何组合等。通用处理器可以是微处理器，但在替代方案中，处理器可以是任何常规处理器、控制器、微控制器或状态机。处理器还可实施为计算装置的组合，例如dsp与微处理器的组合、多个微处理器、结合dsp核心的一个或一个以上微处理器或任何其它此类配置。在替代方案中，存储介质可与处理器成一体式。处理器和存储介质可驻留在asic中。asic可驻留在用户终端中。在替代方案中，处理器和存储介质可作为离散组件驻留在用户终端中。
70.图3示出了本技术一种描述专病库项目结构的通用数据模型的具体实施方式。
71.在图3所示的具体实施方式中，描述专病库项目结构的通用数据模型主要包括：
72.项目模块301，其用于定义项目的基本信息、用途信息和、或版本信息，其中项目的基本信息包括患者基础信息；
73.域模块302，其用于通过多个字段描述相邻两个域之间的关系信息，其中域包括患者就诊记录信息；
74.字段模块303，其用于描述专病库中的最小字段的结构信息，其中字段包括患者就诊结果信息。
75.本实施方式中，描述专病库项目结构的通用数据模型包含项目模块，字段模块，域模块；其中项目模块用来定义项目的基本信息、用途、版本控制等信息，字段模块用来描述一个专病库中最小的字段的结构信息，如字段的数据类型(字符、数字、时间等)、检索分词方式、名称、排序位置、编辑属性、展示属性等；域模块是一组字段的集合，并用来描述两个域之间的关系、名称、排序位置、重复属性等；一个项目下会有多个域，一个域下又有多个字段。
76.在本技术的一个具体实例中，基于专病库是以患者为基础、患者就诊记录为主体、具有一定时序特征的特定类型数据的前提，将数据模型分为三层的自上而下的树形结构；第一层为患者基础信息数据，第二层为就诊记录信息数据，第三层为就诊过程产生的如检查，用药等数据；支持动态的改变项目结构(如表字段的新增与删除，新增表等)、项目行为(如数据呈现方式，数据导出方式，数据统计)等。
77.在本技术的一个具体实施例中，根据预先创建的术语集规则创建项目及其关联的域和字段，实时对域和字段进行操作，完成描述专病库项目结构的通用数据模型的升级，其
中操作包括添加、编辑和、或删除。
78.本实施例中，根据预先创建的术语集规则创建项目及其关联的域和字段，升级通用数据模型，使得非程序员通过培训，也能胜任这项工作，极大的节约了人力成本和时间成本，也使得专病库项目的管理更加简单直观，有利于专病库项目的管理和维护。
79.在本技术的一个具体实例中，在构建平台上，数据经理根据术语集结构创建项目及其关联的域和字段；可实时的对域和字段进行添加、编辑或删除等操作；当所有操作完成后，通过生成新的专病库结构版本来完成项目升级。
80.在本技术的另一个具体实施方式中，一种专病库数据管理平台，其包括：
81.自定义脚本引擎，其用于将电子病历原始数据转换为符合专病库数据结构的专病库数据；
82.日志处理系统，其用于存储并分析自定义脚本引擎生成的数据处理日志；
83.脚本优化模块，其用于根据日志处理系统对数据处理日志的处理结果，对自定义特定领域语言脚本的相应参数进行调整优化；
84.项目升级模块，其用于根据预先创建的术语集规则创建项目及关联的域和字段，实时对域和字段进行操作，完成描述专病库项目结构的通用数据模型的升级，其中操作包括添加、编辑和、或删除。
85.本实施方式中，专病库数据管理平台可以实现简单的配置化创建、管理、升级专病库项目。
86.在本技术的一个具体实例中，专病库数据管理平台现管理有约170个专病库项目；专病库数据管理平台主要还包含项目管理、数据源仓库、人员管理、权限管理、日志系统、数据存储模块、数据检索模块、缓存模块等数十个模块。
87.在本技术的另一个具体实施方式中，一种计算机可读存储介质，其存储有计算机指令，计算机指令被操作以执行任一实施例中的电子病历数据的转换方法。
88.在本技术所提供的几个实施例中，应该理解到，所揭露的装置和方法，可以通过其它的方式实现。例如，以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的，例如，所述单元的划分，仅仅为一种逻辑功能划分，实际实现时可以有另外的划分方式，例如多个单元或组件可以结合或者可以集成到另一个系统，或一些特征可以忽略，或不执行。另一点，所显示或讨论的相互之间的耦合或直接耦合或通信连接可以是通过一些接口，装置或单元的间接耦合或通信连接，可以是电性，机械或其它的形式。
89.所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的，作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元，即可以位于一个地方，或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部单元来实现本实施例方案的目的。
90.以上所述仅为本技术的实施例，并非因此限制本技术的专利范围，凡是利用本技术说明书及附图内容所作的等效结构变换，或直接或间接运用在其他相关的技术领域，均同理包括在本技术的专利保护范围内。