抗C9ORF72寡核苷酸及相关方法与流程

技术特征：
甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。18.权利要求13或14所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约8个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。19.权利要求13或14所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约10个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。20.权利要求1所述的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸与配体缀合。21.权利要求1至20中任一项所述的反义寡核苷酸，其包含与seq id no：5至8(seq id no：5-ctcgacgcatttttactttc)，(seq id no：6-aaccagaagaaaacaaggag)，(seq id no：7-ggtgaacaagaaaagacctg)，(seq id no：8-accagaaga-aaacaaggagg)中任一个所示核酸序列具有至少90％序列同一性的核酸序列。22.权利要求1至20中任一项所述的反义寡核苷酸，其包含xsxoxoxoxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxoxoxoxsx的序列修饰模式，其中：s表示硫代磷酸酯核苷酸间键；o表示磷酸二酯核苷酸间键；并且x是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的腺苷、鸟苷、胞苷或胸腺嘧啶。23.权利要求22所述的反义寡核苷酸，其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。24.反义寡核苷酸，其包含序列cstocogoascsgscsastststststsascotototsc，其中：s表示硫代磷酸酯核苷酸间键；o表示磷酸二酯核苷酸间键；a是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的腺苷；g是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的鸟苷；c是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的胞苷；t是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的胸腺嘧啶；并且每个胞苷是5-甲基胞嘧啶。25.反义寡核苷酸，其包含与5
′
gagucgcgcgcuaggggc3
′
(seq id no：9)的c9orf72有义转录物序列互补的区域，其中所述反义寡核苷酸包含从5’至3’为sooosssssssssooos的核苷酸间键，其中每个s是硫代磷酸酯键，并且每个o是磷酸二酯键。26.权利要求25所述的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸的长度为18至80个核苷酸。27.权利要求25所述的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸的长度为18至30个核苷酸。28.权利要求25至27中任一项所述的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸包含一个或更多个经修饰核苷酸。29.权利要求28所述的反义寡核苷酸，其中所述一个或更多个经修饰核苷酸各自独立地包含核糖基团、磷酸基团、核碱基、或其组合的修饰。30.权利要求29所述的反义寡核苷酸，其中所述核糖基团的每个修饰是2
’‑
o-甲基、2
’‑
氟、2
’‑
h、2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)、2
’‑
o-烷基、2
’‑
o-烷氧基、2
’‑
o-烷基氨基、2
’‑
nh2或
双环核苷酸。31.权利要求30所述的反义寡核苷酸，其中所述双环核苷酸是锁核酸(lna)、乙基-约束的核苷酸、2
’‑
(s)-约束的乙基(s-cet)核苷酸、约束的moe、2
’‑
o，4
’‑
c-氨基亚甲基桥接核酸(2’，4
’‑
bna
nc
)、α-l-锁核酸、三环-dna、或其任意组合。32.权利要求30所述的反义寡核苷酸，其中所述核糖基团的修饰包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)。33.权利要求29所述的反义寡核苷酸，其中所述磷酸基团的每个修饰是硫代磷酸酯、膦酰基乙酸酯(pace)、硫代膦酰基乙酸酯(thiopace)、酰胺、三唑、膦酸酯或磷酸三酯修饰。34.权利要求33所述的反义寡核苷酸，其中所述磷酸基团的修饰包含硫代磷酸酯。35.权利要求29所述的反义寡核苷酸，其中所述核碱基基团的每个修饰是2-硫尿苷、4-硫尿苷、n
6-甲基腺苷、假尿苷、2，6-二氨基嘌呤、肌苷、胸苷、5-甲基胞嘧啶、5-取代的嘧啶、异鸟嘌呤、异胞嘧啶或卤代芳族基团。36.权利要求35所述的反义寡核苷酸，其中所述核碱基基团的修饰包含5-甲基胞嘧啶。37.权利要求25至36中任一项所述的反义寡核苷酸，其包含下式：a-b-c，其中：a包含约0至约8个经修饰核苷酸；b包含约4至约18个脱氧核糖核酸(dna)核苷酸和/或dna样核苷酸；并且c包含约0至约8个经修饰核苷酸；并且所述反义寡核苷酸的总长度为约18至约30个核苷酸。38.权利要求37所述的反义寡核苷酸，其中a包含约2至约6个经修饰核苷酸，b包含约6至约12个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约2至约6个经修饰核苷酸。39.权利要求37或38所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经修饰核苷酸，b包含约8个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约5个经修饰核苷酸。40.权利要求37或38所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经修饰核苷酸，b包含约10个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约5个经修饰核苷酸。41.权利要求37或38所述的反义寡核苷酸，其中a包含约2至约6个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约6至约12个dna样核苷酸，并且c包含约2至约6个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。42.权利要求37或38所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约8个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。43.权利要求37或38所述的反义寡核苷酸，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约10个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。44.权利要求25所述的反义寡核苷酸，其中所述反义寡核苷酸与配体缀合。45.权利要求25至44中任一项所述的反义寡核苷酸，其包含与seq id no：10(seq id no：10-gcccctagcgcgcgactc)所示核酸序列具有至少90％序列同一性的核酸序列。46.权利要求25至45中任一项所述的反义寡核苷酸，其包含xsxoxoxoxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxoxoxoxsx的序列修饰模式，其中：
s表示硫代磷酸酯核苷酸间键；o表示磷酸二酯核苷酸间键；并且x是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的腺苷、鸟苷、胞苷或胸腺嘧啶。47.权利要求46所述的反义寡核苷酸，其中每个胞苷是5-甲基胞嘧啶。48.反义寡核苷酸，其包含序列gscocococstsasgscsgscsgscsgoaocotsc，其中：s表示硫代磷酸酯核苷酸间键；o表示磷酸二酯核苷酸间键；a是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的腺苷；g是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的鸟苷；c是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的胞苷；t是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的胸腺嘧啶；并且每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。49.组合，其包含含有与c9orf72反义转录物序列互补的区域的一种或更多种反义寡核苷酸和含有与c9orf72有义转录物序列互补的区域的一种或更多种反义寡核苷酸。50.权利要求49所述的组合，其中所述反义寡核苷酸包含与5
′
gaaaguaaaaaugcgucgag 3
′
(seq id no：1)，5
′
cuccuuguuuucuucugguu3
′
(seq id no：2)，5
′
caggucuuuucuuguucacc 3
′
(seq id no：3)，或5
′
ccuccuuguuuucuucuggu 3
′
(seq id no：4)的c9orf72反义转录物序列互补的区域。51.权利要求49所述的组合，其中所述反义寡核苷酸包含与5
′
gagtcgcgcgctaggggc 3
′
(seq id no：9)的c9orf72有义转录物序列互补的区域。52.权利要求49至51中任一项所述的组合，其中所述一种或更多种反义寡核苷酸的长度为8至80个核苷酸。53.权利要求49至51中任一项所述的组合，其中所述一种或更多种反义寡核苷酸的长度为10至30个核苷酸。54.权利要求49至53中任一项所述的组合，其中所述一种或更多种反义寡核苷酸包含一个或更多个经修饰核苷酸。55.权利要求54所述的组合，其中所述一个或更多个经修饰核苷酸各自独立地包含核糖基团、磷酸基团、核碱基、或其组合的修饰。56.权利要求55所述的组合，其中所述核糖基团的每个修饰是2
’‑
o-甲基、2
’‑
氟、2
’‑
脱氧、2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)、2
’‑
o-烷基、2
’‑
o-烷氧基、2
’‑
o-烷基氨基、2
’‑
nh2或约束的核苷酸。57.权利要求56所述的组合，其中所述约束的核苷酸是锁核酸(lna)、乙基-约束的核苷酸、2
’‑
(s)-约束的乙基(s-cet)核苷酸、约束的moe、2
’‑
o，4
’‑
c-氨基亚甲基桥接核酸(2’，4
’‑
bna
nc
)、α-l-锁核酸、三环-dna、或其任意组合。58.权利要求56所述的组合，其中所述核糖基团的修饰包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)。59.权利要求55所述的组合，其中所述磷酸基团的每个修饰是硫代磷酸酯、膦酰基乙酸酯(pace)、硫代膦酰基乙酸酯(thiopace)、酰胺、三唑、膦酸酯或磷酸三酯修饰。60.权利要求59所述的组合，其中所述磷酸基团的修饰是硫代磷酸酯。
61.权利要求55所述的组合，其中所述核碱基基团的每个修饰是2-硫尿苷、4-硫尿苷、n
6-甲基腺苷、假尿苷、2，6-二氨基嘌呤、肌苷、胸苷、5-甲基胞嘧啶、5-取代的嘧啶、异鸟嘌呤、异胞嘧啶或卤代芳族基团。62.权利要求61所述的组合，其中所述核碱基基团的修饰是5-甲基胞嘧啶。63.权利要求49至62中任一项所述的组合，其包含下式：a-b-c，其中：a包含约0至约8个经修饰核苷酸；b包含约4至约18个脱氧核糖核酸(dna)核苷酸和/或dna样核苷酸；并且c包含约0至约8个经修饰核苷酸；并且所述反义寡核苷酸的总长度为约10至约30个核苷酸。64.权利要求63所述的组合，其中a包含约2至约6个经修饰核苷酸，b包含约6至约12个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约2至约6个经修饰核苷酸。65.权利要求63或64所述的组合，其中a包含约5个经修饰核苷酸，b包含约8个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约5个经修饰核苷酸。66.权利要求63或64所述的组合，其中a包含约5个经修饰核苷酸，b包含约10个dna核苷酸和/或dna样核苷酸，并且c包含约5个经修饰核苷酸。67.权利要求63或64所述的组合，其中a包含约2至约6个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约6至约12个dna样核苷酸，并且c包含约2至约6个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。68.权利要求63或64所述的组合，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约8个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。69.权利要求63或64所述的组合，其中a包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰核苷酸，b包含约10个dna样核苷酸，并且c包含约5个经2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)(moe)修饰锁核苷酸。70.权利要求49所述的组合，其中所述反义寡核苷酸与配体缀合。71.权利要求49至70中任一项所述的组合，其包含与seq id no：10(seq id no：10-gcccctagcgcgcgactc)所示核酸序列具有至少90％序列同一性的核酸序列。72.权利要求49至71中任一项所述的组合，其包含xsxoxoxoxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxsxoxoxoxsx的序列修饰模式，其中：s表示硫代磷酸酯核苷酸间键；o表示磷酸二酯核苷酸间键；并且x是包含2
’‑
o-(2-甲氧基乙基)修饰的腺苷、鸟苷、胞苷或胸腺嘧啶。73.权利要求72所述的组合，其其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。74.权利要求49所述的组合，其中两个或更多个反义寡核苷酸通过接头连接在一起。75.权利要求74所述的组合，其中所述接头是可切割接头。76.权利要求75所述的组合，其中所述可切割接头在被切割时降解。77.权利要求75或76所述的组合，其中所述可切割接头是包含磷酸二酯键的核酸酶可切割接头。
78.权利要求77所述的组合，其中所述核酸酶可切割接头包含约2至约8个核苷酸。79.权利要求77或78所述的组合，其中所述核酸酶可切割接头包含约6个核苷酸。80.权利要求75至79中任一项所述的组合，其中所述可切割接头在还原条件或改变的ph条件下被切割。81.权利要求75至80中任一项所述的组合，其中所述可切割接头被胞内或内体核酸酶切割。82.权利要求75至81中任一项所述的组合，其中所述可切割接头被胞内或内体蛋白酶切割。83.用于在细胞中抑制c9orf72基因表达的方法，所述方法包括：(a)将权利要求1至48中任一项所述的反义寡核苷酸引入到所述细胞中；以及(b)将步骤(a)中产生的细胞维持足以获得所述c9orf72基因的转录物降解的时间，从而在所述细胞中抑制所述c9orf72基因的表达。84.治疗或控制肌萎缩侧索硬化(als)的方法，其包括向需要这样的治疗或控制的患者施用治疗有效量的权利要求1至48中任一项所述的反义寡核苷酸。85.权利要求84所述的方法，其中将所述反义寡核苷酸施用于所述患者的脑。86.权利要求84所述的方法，其中所述反义寡核苷酸通过鞘内、脑室内或纹状体内注射或输注来施用。87.权利要求86所述的方法，其中所述注射或输注包括使用奥马耶储器或鞘内导管进行施用。88.权利要求84所述的方法，其中所述反义寡核苷酸以约0.5mg/ml至约5.0mg/ml的剂量施用。89.用于在细胞中抑制c9orf72基因表达的方法，所述方法包括：(a)将权利要求49至82中任一项所述的反义寡核苷酸的组合引入到所述细胞中；以及(b)将步骤(a)中产生的细胞维持足以获得所述c9orf72基因的有义和反义转录物降解的时间，从而在所述细胞中抑制所述c9orf72基因的表达。90.治疗或控制肌萎缩侧索硬化(als)的方法，其包括向需要这样的治疗或控制的患者施用治疗有效量的权利要求49至82中任一项所述的反义寡核苷酸的组合。91.权利要求90所述的方法，其中将所述反义寡核苷酸的组合施用于所述患者的脑。92.权利要求90所述的方法，其中所述反义寡核苷酸通过鞘内、脑室内或纹状体内注射或输注来施用。93.权利要求90所述的方法，其中所述注射或输注包括使用奥马耶储器或鞘内导管进行施用。94.权利要求89至93中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸依次施用。95.权利要求89至93中任一项所述的方法，其中所述反义寡核苷酸同时施用。96.在患者中降低二肽重复蛋白水平的方法，其包括向需要这样的降低的患者施用治疗有效量的权利要求1至48中任一项所述的反义寡核苷酸。97.权利要求96所述的方法，其中将所述反义寡核苷酸施用于所述患者的脑。98.权利要求96所述的方法，其中所述反义寡核苷酸通过鞘内、脑室内或纹状体内注射或输注来施用。
99.权利要求98所述的方法，其中所述注射或输注包括使用奥马耶储器或鞘内导管进行施用。100.权利要求96所述的方法，其中所述二肽重复蛋白包含以下中的一种或更多种：聚(gp)、聚(gr)、聚(ga)、聚(pa)和聚(pr)。101.权利要求96所述的方法，其中所述二肽重复蛋白是聚(gp)。

技术总结
本公开内容提供了用于使C9ORF72转录物沉默的反义化合物、方法和组合物。本公开内容提供了用于在有此需要的对象中治疗、预防或减轻与C9ORF72相关的疾病、障碍和病症的反义化合物、方法和组合物。还考虑了用于制备用于治疗、预防或减轻与C9ORF72相关的疾病、障碍或病症的药物的反义化合物和方法。的药物的反义化合物和方法。的药物的反义化合物和方法。


技术研发人员：罗伯特
受保护的技术使用者：马萨诸塞大学
技术研发日：2020.05.06
技术公布日：2022/2/18