组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用的制作方法

技术特征：
1.组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，所述组合的焦亡相关基因为casp1、gsdmb、il1b、pycard和zbp1。2.如权利要求1所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，食管腺癌预后模型的建立方法包括以下步骤：步骤一、数据的收集整理癌症基因组图谱(tcga)数据库中获取食管腺癌患者的临床数据和正常组织转录组数据；步骤二、筛选差异表达的焦亡相关基因对已知的多个细胞焦亡相关基因使用limma算法进行差异表达分析，筛选出相较于正常组织显著表达的基因组合；步骤三、差异表达的焦亡相关基因的再分析针对筛选出的基因组合采用r语言的glmnet包进行lasso回归法分析，剔除冗杂基因，得到差异基因组合；步骤四、建立风险指数评估模型使用lasso cox回归法基于步骤三中所得到的差异基因组合建立焦亡相关基因预后风险指数评估模型，评估模型计算方法为：风险指数评分＝回归系数
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基因表达水平；其中，采用glmnet函数计算出差异基因组合中每个基因所对应的回归系数；步骤五、构建列线图基于基因特征和临床特征，使用rms、foreign、survival包构建列线图，评估患者的生存率以及评估模型的效能。3.如权利要求2所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤二中所筛选出的相较于正常组织显著表达的基因组合为casp1，casp5，gsdmb，gzmb，il1b，nlrp6，pycard，tnf，trem2和zbp1。4.如权利要求3所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤三中所得到的差异基因组合为casp1、gsdmb、il1b、pycard和zbp1。5.如权利要求4所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤四中的模型计算方法为：风险指数评分＝(0.042
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casp1mrna表达水平) (﹣0.025
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gsdmb mrna表达水平) (0.021
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il1b mrna表达水平) (﹣0.037
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pycard mrna表达水平) (﹣0.243
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zbp1 mrna表达水平)。6.如权利要求2所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤四中，根据中位风险评分，将患者分为高风险组和低风险组，并使用kaplan-meier分析比较两组之间的总生存率。7.如权利要求6所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，分别对高风险组和低风险组进行主成分分析，使用“survival”、“survminer”、“timeroc”和“riskregression”包构建受试者工作特征曲线和曲线下面积计算。

技术总结
本发明提供了一种组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，组合的焦亡相关基因为CASP1、GSDMB、IL1B、PYCARD和ZBP1；其中食管腺癌预后模型的建立方法包括步骤一、数据的收集整理，步骤二、筛选差异表达的焦亡相关基因，步骤三、差异表达的焦亡相关基因的再分析，步骤四、建立风险指数评估模型，步骤五、构建列线图。本发明的预后模型具有准确性高的优点，在临床上可以为食管腺癌患者提供疾病诊断及预后的新方法。预后的新方法。


技术研发人员：陈浩 沙卫红 曾瑞杰 卓泽伟 吴慧欢 蒋磊
受保护的技术使用者：广东省人民医院
技术研发日：2021.11.10
技术公布日：2022/1/25