用于治疗癌症的方法和组合物与流程

用于治疗癌症的方法和组合物
1.优先权声明
2.本技术要求于2019年3月1日提交的美国临时专利申请号62/812,929；于2019年6月3日提交的美国临时专利申请号62/856,216；以及于2019年9月27日提交的美国临时专利申请号62/907,504，其中所公开的内容(包括附图)通过引用以其整体并入本文。
3.序列表
4.本公开包括通过efs
‑
web以ascii格式提交的序列表，其通过引用以其整体在此并入。该ascii副本创建于2020年3月3日，命名为sequencelisting.txt，大小为10千字节。
5.发明背景
6.尿路上皮细胞癌(ucc)，也称为移行细胞癌(tcc)，发生于泌尿系统(即，肾脏、膀胱和附属器官)中并且是最常见的膀胱癌类型，占所有膀胱肿瘤的90％(eble 2004)。它是美国(us)第五大最常见的癌症(costantini 2011)且是欧洲第四大最常见的癌症(jemal 2011)；在2014年中估计有74,690例新病例和15,580例死亡发生于us(american cancer society 2018)，并且在2009年中估计有136,000例新病例和49,000例死亡发生于欧洲(bellmunt 2009)。临床和病理研究已鉴定两种通过不同机理出现的膀胱尿路上皮细胞癌的变异型，低级别乳头状变异型和侵袭性肿瘤变异型(wu 2005；vallot 2010)。低级别乳头状变异型占所有ucb的80％且来源于尿路上皮增生。当用外科和膀胱内免疫疗法治疗时，这种肿瘤类型的五年生存大于90％(american cancer society 2018)。侵袭性肿瘤变异型占ucb的20％且预后较差。具有剂量密集m
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vac(sternberg 2001)或吉西他滨顺铂(von der maase 2000)的基于顺铂的化疗仍然是针对侵袭性ucc的标准治疗。尽管初始响应率近似50％到70％，这种癌症通常进展迅速，中位数生存大约13到15个月(von der maase 2000；siefker
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radtke 2002)。需要针对ucc的新疗法。
7.发明概述
8.本文提供了治疗有此需要的受试者中癌症，包括例如膀胱癌，诸如转移性尿路上皮癌(muc)和上尿路尿路上皮癌的某些实施方案和方法，包括施用治疗有效量的fgfr3抑制剂和治疗有效量的检查点抑制剂，诸如pd1抑制剂。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3的配体，如，fgf1、fgf2或fgf9。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是拮抗性fgfr3抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性fgfr3抗体包含以下项的一个或多个：包含seq id no:1的cdr
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h1、包含seq id no:2的cdr
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h2、包含seq id no:3的cdr
‑
h3、包含seq id no:7的重链可变区、包含seq id no:9的重链、包含seq id no:4的cdr
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l1、包含seq id no:5的cdr
‑
l2、包含seq id no:6的cdr
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l3、包含seq id no:8的轻链可变区和包含seq id no:10中所示的氨基酸序列的轻链。在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗性抗体是vofatamab。在其他实施方案中，拮抗性fgfr3抗体选自由pro
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001和imc
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d11组成的组。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是小分子泛fgfr(pan
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fgfr)抑制剂，并且在这些实施方案的某些中泛fgfr抑制剂选自由英非替尼(infigratinib)、azd4547、ly2874455、培米替尼(pemigatinib)、bgj398、罗加替尼(rogaratinib)、prn1371、debio 1347、arq 087和jnj
‑
42756493组成的组。在某些实施方案中，pd1抑制剂结合pd1。在
其他实施方案中，pd1抑制剂结合pd1的配体，例如，pdl1或pdl2。在某些实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1抗体选自由纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗、ct
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011、medi
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0680和rmp1
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14组成的组。在其他实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1配体抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1配体抗体选自由medi
‑
4736、rg7446、bms
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936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组。
9.在某些实施方案中，本文提供了包含fgfr3抑制剂和检查点抑制剂，诸如pd1抑制剂的组合物。在这些实施方案的某些中，组合物是药物组合物，且在某些实施方案中，组合物包含一个或多个药学可接受的载体。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3的配体，例如，fgf1、fgf2或fgf9。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是拮抗性fgfr3抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性fgfr3抗体包含以下项的一个或多个：包含seq id no:1的cdr
‑
h1、包含seq id no:2的cdr
‑
h2、包含seq id no:3的cdr
‑
h3、包含seq id no:7的重链可变区、包含seq id no:9的重链、包含seq id no:4的cdr
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l1、包含seq id no:5的cdr
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l2、包含seq id no:6的cdr
‑
l3、包含seq id no:8的轻链可变区和包含seq id no:10中所示的氨基酸序列的轻链。在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗性抗体是vofatamab。在其他实施方案中，拮抗性fgfr3抗体选自由pro
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001和imc
‑
d11组成的组。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是小分子泛fgfr抑制剂，并且在这些实施方案的某些中，泛fgfr抑制剂选自由英非替尼、azd4547、ly2874455、培米替尼、bgj398、罗加替尼、prn1371、debio 1347、arq 087和jnj
‑
42756493组成的组。在某些实施方案中，pd1抑制剂结合pd1。在其他实施方案中，pd1抑制剂结合pd1的配体，例如，pdl1或pdl2。在某些实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1抗体选自由纳武单抗、派姆单抗、ct
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011、medi
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0680和rmp1
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14组成的组。在其他实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1配体抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1配体抗体选自由medi
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4736、rg7446、bms
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936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组。
10.在某些实施方案中，本文提供了治疗有此需要的受试者中表达野生型fgfr3的癌症的方法，其包括向受试者施用治疗有效量的fgfr3抑制剂联合治疗有效量的检查点抑制剂。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂结合fgfr3的配体，例如，fgf1、fgf2或fgf9。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是拮抗性fgfr3抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性fgfr3抗体包含以下项的一个或多个：包含seq id no:1的cdr
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h1、包含seq id no:2的cdr
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h2、包含seq id no:3的cdr
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h3、包含seq id no:7的重链可变区、包含seq id no:9的重链、包含seq id no:4的cdr
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l1、包含seq id no:5的cdr
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l2、包含seq id no:6的cdr
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l3、包含seq id no:8的轻链可变区和包含seq id no:10中所示的氨基酸序列的轻链。在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗性抗体是vofatamab。在其他实施方案中，拮抗性fgfr3抗体选自由pro
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001和imc
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d11组成的组。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是小分子泛fgfr抑制剂，并且在这些实施方案的某些中，泛fgfr抑制剂选自由英非替尼、azd4547、ly2874455、培米替尼、bgj398、罗加替尼、prn1371、debio 1347、arq 087和jnj
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42756493组成的组。在某些实施方案中，检查点抑制剂是pd1抑制剂。在这些实施方案的某些中，pd1抑制剂结合pd1。在其他实施方案中，pd1抑制剂结合pd1的配体，例如，pdl1或pdl2。在某些实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1抗体选自由纳武单抗、派姆单抗、ct
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011、medi
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0680和rmp1
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14组成的
组。在其他实施方案中，pd1抑制剂是拮抗性pd1配体抗体，并且在这些实施方案的某些中，拮抗性pd1配体抗体选自由medi
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4736、rg7446、bms
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936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组。
11.在某些实施方案中，本文提供了治疗有此需要的患有表达野生型fgfr3的癌症的受试者的方法，其包括(a)针对与一种或多种癌症相关的成纤维细胞相关联的基因签名，或针对p53表达对受试者进行筛选，(b)确定受试者是否具有与一种或多种癌症相关的成纤维细胞相关联的基因签名或具有p53表达，(c)基于步骤(b)的确定和(i)如果受试者不具有该基因签名或p53表达，则施用治疗有效量的fgfr3抑制剂联合治疗有效量的检查点抑制剂，和(ii)如果受试者具有该基因签名或p53表达，则施用治疗有效量的fgfr3抑制剂联合治疗有效量的检查点抑制剂以及另外的抗癌剂。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是拮抗性fgfr3抗体。在某些实施方案中，拮抗性fgfr3抗体包括包含seq id no:1中所示的氨基酸序列的cdr
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h1，包含seq id no:2中所示的氨基酸序列的cdr
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h2，包含seq id no:3中所示的氨基酸序列的cdr
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h3，和包含seq id no:7中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施方案中，拮抗性fgfr3抗体包括包含seq id no:4中所示的氨基酸序列的cdr
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l1，包含seq id no:5中所示的氨基酸序列的cdr
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l2，包含seq id no:6中所示的氨基酸序列的cdr
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l3，和包含seq id no:8中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是vofatamab。在某些实施方案中，检查点抑制剂是pd1抑制剂。在某些实施方案中，pd1抑制剂是选自由medi
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4736、rg7446、bms
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936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组的拮抗性pd
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l1抗体。在某些实施方案中，pd1抑制剂是派姆单抗。在某些实施方案中，癌症是管腔膀胱癌。在某些实施方案中，基因签名至少包括以下基因：fgfr3、tp63、irs1、sema4b、ptpn13和tmprss4。在某些实施方案中，基因签名至少包括以下基因：krt5、krt6a、krt6b、krt14、upk3a、upk3b、foxa1和pparg。在某些实施方案中，基因签名至少包括以下基因：actc1、actg2、ncc1、des、flnc、mfap4、myh11和pcp4。
12.在某些实施方案中，本文提供了包含fgfr3抑制剂和检查点抑制剂，诸如pd1抑制剂的试剂盒，其用于治疗膀胱癌。在这些实施方案的某些中，试剂盒进一步包含使用说明。
13.在某些实施方案中，本文提供了fgfr3抑制剂和检查点抑制剂，诸如pd1抑制剂用于配制用于治疗膀胱癌的药物的用途。在这些实施方案的某些中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂配制成单一药物。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂配制成彼此联合施用的单独的药物。
14.附图简述
15.图1描绘对22个匹配的肿瘤活检进行全转录组rnaseq的结果，其说明了vofatamab给药前和给药后的两个预后聚类。聚类1在类型上主要是管腔并且包括了大多数应答者(respondent)。聚类2在实质上更多是基底并且显示出与预期响应率一致的临床受益。
16.图2描绘对22个匹配的肿瘤活检进行全转录组rnaseq的结果。使用用于鉴定基底和管腔亚型的基因签名将22个成对的肿瘤分配到分子亚型。
17.图3显示vofatamab治疗后响应者中炎性和免疫途径的变化。
18.图4是检查vofatamab加派姆单抗在二线muc的作用的1b期/2期研究方案设计的示意图。
19.图5显示基于wt相对mut/fus的2期研究中recist 1.1可评估患者的响应性。
20.图6显示响应者中的免疫变化。
21.图7是描绘vofatamab(b
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701)治疗后病灶的直径总和(summary of diameter，sod)距基线的变化的蜘蛛图。该绘图显示vofatamab似乎诱导肿瘤大小最初的明显增加，随后是肿瘤体积的急剧减小。
22.图8说明膀胱癌分子亚型的新兴定义。
23.图9显示基于分子亚组的2期研究中recist1.1可评估患者的响应性。
24.图10显示分子亚型和对联合治疗的响应之间的联系。
25.图11按分子亚组显示2期研究中治疗的持续时间。
26.图12显示在管腔亚型的男性muc患者中联合vofatamab和派姆单抗治疗的结果。
27.图13显示wt fgfr3患者相对mut/fus患者的无进展和总生存。
28.图14显示联合vofatamab和派姆单抗治疗后的生存。患有p53样肿瘤的患者(n＝5)展现出较差的生存。
29.发明详述
30.本发明的以下描述仅意图说明本发明的各种实施方案。因此，所讨论的具体修改不应解释为对发明范围的限制。对于本领域技术人员显而易见的是，可以在不偏离本发明范围的情况下进行各种等同物、变化和修改，并且应理解此类等同实施方案将包括在本文中。
31.在人中有四个单次跨膜酪氨酸激酶成纤维细胞生长因子受体(fgfr1
‑
4)(brooks 2012)。fgfr在许多癌症类型中过表达，大多由于赋予组成型激活的突变，从而使得它们成为有吸引力的治疗干预的靶标。例如，fgfr2抗体fpa144(fiveprime)目前正在开发用于实体肿瘤，尤其是胃癌的治疗。其他用于癌症治疗的处于早期开发的fgfr2单克隆抗体包括gp369(aveo)和hugal
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fr21(galaxy)(zhao 2010；bai 2010)。也已报道了人源化抗fgfr4抑制肿瘤生长(bumbaca 2011)。
32.fgfr3携带致瘤性和肿瘤抑制性质两者。fgfr3在某些癌症中频繁突变，但是在一些正常组织中它可以限制细胞生长并促进细胞分化(lafitte 2013)。人fgfr3拮抗性单克隆抗体vofatamab(有时称为b
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701或bm2)，是首个进入临床开发的fgfr3靶向抗体。最初通过噬菌体展示鉴定vofatamab的可变部分，随后与人igg1主链重组。vofatamab以高亲和力结合野生型和突变体fgfr3两者，包括在膀胱癌和软骨发育不全中找到的最普遍的突变(具体地,fgfr3
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iiib
r248c
、fgfr3
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iiib
k652e
、fgfr3
‑
iii
y375c
、fgfr3
‑
iiib
s249c
和fgfr3
‑
iiib
g372c
)和基因融合(包括fgfr3 tacc3和fgfr3 baiap2l1)，但不与其他fgfr3展现出交叉反应。先前评估了vofatamab在患有t(4:14)易位性多发性骨髓瘤的患者中的安全性(clinical trial nct01122875)。其他已经在临床或临床前开发的fgfr3抑制剂抗体包括pro
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001(prochon)、imc
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d11(imclone)和adc ly3076226(eli lilly)。另外的用于治疗癌症和其他疾病的fgfr3抗体已公开于，例如，美国专利号8,187,601(aveo)和7,498,416(fibron)。
33.程序性细胞死亡蛋白1(pd1)是来自cd28超家族的免疫检查点受体，通过它的两个配体pdl1或pdl2之一激活后，其限制组织内的t细胞效应器功能(pardoll 2012)。pd1通过促进抗原特异性t细胞中的凋亡同时减少调节性(即，抑制性)t细胞中的凋亡来下调免疫系统。某些肿瘤细胞通过上调pd1的配体在肿瘤微环境中阻断抗肿瘤免疫反应。阻断pd1途径激活免疫系统以攻击肿瘤，且已在各种肿瘤类型中显示诱导持续的肿瘤消退。相应地，数个
pd1拮抗抗体目前已获批或在各个临床开发阶段。例如，全人的igg4单克隆pd1抗体纳武单抗(bristol
‑
myers squibb和ono pharmaceutical；也称作ono
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4538、bms
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936558、mdx
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1106)已获批用于无可选择或不再响应其他药物的转移性黑色素瘤患者的治疗。同样正在评估纳武单抗联合各种化疗方案用于非小细胞肺癌(nsclc)的治疗。人源化igg4 pd1抗体派姆单抗(merck；也称作mk
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3475)已获批用于数个癌症类型，包括ucc、nsclc和黑色素瘤的治疗。其他开发中的pd1抗体包括ct
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011(curetech)和medi
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0680/amp
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514(astrazeneca)。
34.各种各样的pd1配体(pdl)抗体也正在开发用于癌症治疗。例如，单克隆igg1k pdl1抗体medi
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4736(astrazeneca)单独或者联合单克隆ctla4抗体替西木单抗(tremelimumab)(astrazeneca)或medi
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0680目前正在开发用于nsclc的治疗，单克隆igg1k pdl1抗体rg7446(roche)单独或者联合和正在开发用于治疗各种癌症，全人的单克隆igg4抗体bms
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936559/mdx
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1105(bms)目前正在开发用于nsclc和其他癌症类型的治疗，全人的igg1 pdl1抗体msb0010718c(merck serono)正在开发用于治疗各种癌症类型，并且fc修饰的单克隆igg4抗体mpdl3280a(genentech)目前正在开发用于nsclc的治疗。
35.如本文提供的实验结果中所示，fgfr3抑制剂vofatamab已显示诱导免疫功能中与th1应答和关键信号传导分子相关的基因的激活。这些结果表明vofatamab激活与免疫细胞运输途径相关基因。该结果还表明vofatamab使患有具有管腔生物学的muc的患者对vofatamab和检查点抑制剂，例如，pd1抑制剂的联合治疗敏感。本文提供的结果进一步显示与癌症相关的成纤维细胞相关联的基因签名表现出与对vofatamab和检查点抑制剂组合的抗性相关，且患有p53样肿瘤的患者同样展现出对联合治疗的抗性。这表明展现出癌症相关的成纤维细胞基因签名或患有p53样肿瘤的患者可以成为进一步包含第三药剂，例如，抗纤维化的药剂的联合疗法的候选者。
36.在某些实施方案中，本文提供了治疗有此需要的受试者中的癌症的方法，其包括施用fgfr3抑制剂和pd1抑制剂。本文还提供了增加pd1抑制剂的有效性用于治疗有此需要的受试者中的癌症的方法，其包括施用fgfr3抑制剂，以及增加fgfr3抑制剂的有效性用于治疗有此需要的受试者中的癌症的方法，其包括施用pd1抑制剂。pd1或fgfr3抑制剂的有效性的增加可以指任一抑制剂的治疗效果的增加，在获得一定水平的治疗效果的所需剂量上、施用频率上或施用任一抑制剂的时间间隔上的减少，或它们的一些组合。
37.在某些实施方案中，本文提供的方法用于治疗实体癌，即，形成离散肿瘤块的癌症。在这些实施方案的某些中，正在治疗的癌症是膀胱癌，包括例如转移性膀胱癌(muc)或上尿路尿路上皮癌。
38.如本文所用，关于实体癌，术语“治疗”可以指肿瘤生长的部分或全部抑制、肿瘤大小的减小、完全或部分的肿瘤根除、恶性生长的减少或预防、癌症细胞的部分或全部根除，或它们的一些组合。术语“患者”和“受试者”在本文可互换地使用。
39.如本文所用，“有此需要的受试者”指哺乳动物受试者，优选人类，其被诊断为患有癌症，怀疑患有癌症，和/或展现出一个或多个与癌症相关联的症状。在某些实施方案中，受试者可以之前接受过一种或多种用于癌症治疗的治疗干预，例如，化疗。
40.如本文所用，“fgfr3抑制剂”指部分或者完全抑制fgfr3活性的任何分子。fgfr3抑制剂可以特异性地抑制fgfr3，或者其可以抑制除fgfr3外的其他蛋白质的活性。例如，fgfr3抑制剂也可以抑制其他fgfr3的活性。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂可以展现出间接免疫调节性活性。例如，fgfr3抑制剂可以对免疫细胞运输途径具有间接作用，例如通过改变tnf alpha或ifn gamma的表达和/或活性。
41.如本文所用，“拮抗抗体”指通过在任一分子上的结合位点和/或变构位点处与受体或其同源配体物理结合来减少、预防或以其他方式抑制受体和其同源配体之间的相互作用的抗体。在一些实施方案中，拮抗抗体在不以其他方式参与同源配体对受体活性的生物调节的独特结合位点处相互作用。因此，拮抗抗体对受体或同源配体有亲和力，但是与结合受体的同源配体相比，其一旦结合就没有促进生物学反应的功效。因而拮抗抗体的结合破坏受体和同源配体的相互作用，并且以其他方式抑制激动剂的功能。
42.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，fgfr3抑制剂通过结合fgfr3来抑制fgfr3活性。此类fgfr3抑制剂的实例包括，例如，拮抗性fgfr3抑制剂或其融合蛋白、fgfr3配体的非活性形式(例如，fgfr3配体的截短或以其他方式突变的形式)或其融合蛋白、小分子、sirna和适体。在这些实施方案的某些中，fgfr3抑制剂特异性地结合fgfr3，意味着该抑制剂展现出与其他fgfr很少的结合或不结合。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂结合除fgfr3外的一个或多个fgfr。
43.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些优选实施方案中，fgfr3抑制剂是fgfr3拮抗抗体，并且在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抑制剂特异性地结合fgfr3。如本文所用，术语“抗体”指免疫球蛋白分子或其结合特定抗原(例如fgfr3或pd1)的免疫活性部分。在其中本方法、组合物和试剂盒中使用的抗体是全长免疫球蛋白分子的那些实施方案中，该抗体包含两条重链和两条轻链，每条重链和轻链含有三个互补决定区(cdr)。在其中抗体是免疫球蛋白的免疫活性部分的那些实施方案中，抗体可以是，例如，fab、fab'、fv、fab'f(ab')2、二硫化物连接的fv、scfv、单域抗体(dab)或双链抗体(diabody)。本方法、组合物和试剂盒中使用的抗体可以包括天然抗体、合成抗体、单克隆抗体、多克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、多特异性抗体、双特异性抗体、双重特异性抗体、抗独特型抗体，或者保持结合特异性抗原(例如fgfr3或pd1)的能力的其片段。示例性抗体包括iga、igd、igg1、igg2、igg3、igm等。在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些优选实施方案中，fgfr3抗体是igg2抗体。
44.在某些实施方案中，本方法、组合物和试剂盒中使用的fgfr3拮抗抗体包括包含一个或多个互补决定区(cdr)的重链可变区，所述cdr具有seq id no:1
‑
3中所示的序列。在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抗体包含这些cdr序列的全部三个，并且在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抗体包括包含seq id no:4中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施方案中，fgfr3拮抗抗体包括包含一个或多个cdr的轻链可变区，所述cdr具有seq id no:5
‑
7中所示的序列。在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抗体包含这些cdr序列的全部三个，并且在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抗体包括包含seq id no:8中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施方案中，fgfr3拮抗抗体包含seq id no:1
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3和5
‑
7中所示的所有六个cdr序列，并且在这些实施方案的某些中，fgfr3拮抗抗体包含seq id no:4的重链可变区和seq id no:8的轻链可变区。在某些实施方案中，该抗体是包含seq id no:9的
重链和seq id no:10的轻链的vofatamab。除seq id no:7中所示的可变区之外，重链seq id no:9包含人igg1。类似地，seq id no:10的轻链包含seq id no:8中所示的可变区和人ig kappa链c(uniprot p01834)。
45.seq id no:1(h1
‑
cdr):gftftstgis。
46.seq id no:2(h2
‑
cdr):griyptsgstnyadsvkg。
47.seq id no:3(h3
‑
cdr):artygiydlyvdyteyvmdy。
48.seq id no:4(l1
‑
cdr):rasqdvdtsla。
49.seq id no:5(l2
‑
cdr):sasflys。
50.seq id no:6(l3
‑
cdr):qqstghpqt。
51.seq id no:7:
52.evqlvesggglvqpggslrlscaasgftftstgiswvrqapgkglewvgriyptsgstnyadsvkgrftisadtskntaylqmnslraedtavyycartygiydlyvdyteyvmdywgqgtlv。
53.seq id no:8:
54.diqmtqspsslsasvgdrvtitcrasqdvdtslawykqkpgkapklliysasflysgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqstghpqtfgqgtkveikr。
55.seq id no:9:
56.evqlvesggglvqpggslrlscaasgftftstgiswvrqapgkglewvgriyptsgstnyadsvkgrftisadtskntaylqmnslraedtavyycartygiydlyvdyteyvmdywgqgtlvtvssastkgpsvfplapsskstsggtaalgclvkdyfpepvtvswnsgaltsgvhtfpavlqssglyslssvvtvpssslgtqtyicnvnhkpsntkvdkkvepkscdkthtcppcpapellggpsvflfppkpkdtlmisrtpevtcvvvdvshedpevkfnwyvdgvevhnaktkpreeqynstyrvvsvltvlhqdwlngkeykckvsnkalpapiektiskakgqprepqvytlppsreemtknqvsltclvkgfypsdiavewesngqpennykttppvldsdgsfflyskltvdksrwqqgnvfscsvmhealhnhytqkslslspgk。
57.seq id no.10:
58.diqmtqspsslsasvgdrvtitcrasqdvdtslawykqkpgkapklliysasflysgvpsrfsgsgsgtdftltisslqpedfatyycqqstghpqtfgqgtkveikrtvaapsvfifppsdeqlksgtasvvcllnnfypreakvqwkvdnalqsgnsqesvteqdskdstyslsstltlskadyekhkvyacevthqglsspvtksfnrgec。
59.在其他实施方案中，本方法、组合物和试剂盒中使用的fgfr3拮抗性抗体可以是pro
‑
001、imc
‑
d11或者fgfr3拮抗抗体，如美国专利号8,187,601(aveo)或7,498,416(fibron)中所公开。在某些实施方案中，本方法、组合物和试剂盒中使用的fgfr3拮抗抗体可以是冻干的。
60.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，fgfr3抑制剂通过结合fgfr3的配体，例如，fgf1、fgf2或fgf9抑制fgfr3活性。此类fgfr3抑制剂的实例包括，例如，特异性地结合fgfr3配体的抗体或其融合蛋白、包含fgfr3细胞外结构域的全部或部分的fgfr3的可溶性形式或其融合蛋白、缺失下游信号传导所需的细胞内结构域的全部或部分的fgfr3的截短形式或其融合蛋白、小分子、sirna和适体。
61.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，fgfr3抑制剂是泛fgfr抑制剂，意味着其结合除fgfr3外的一种或多种的fgfr并抑制其活性。在这些实施方案的某些中，fgfr3抑制剂可以是选自由英非替尼(bgj398，novartis)、azd4547(astrazeneca)、
ly2874455(eli lilly)、debio 1347(debiopharm)、arq 087(arqule)、jnj
‑
42756493(janssen)和prn1371(principia)组成的组的小分子泛fgfr抑制剂。
62.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，fgfr3抑制剂通过阻断下游酪氨酸激酶活性抑制fgfr3活性。例如，非选择性酪氨酸激酶抑制剂诸如多韦替尼(dovitinib)、lucitinib、普纳替尼(ponatinib)、尼达尼布(nintedanib)、普纳替尼或enmd
‑
2076可以用作fgfr3抑制剂。
63.如本文所用，“pd1抑制剂”指部分或是完全抑制pd1活性的任何分子。pd1抑制剂可以特异性地抑制pd1，或者其可以抑制除pd1外的其他蛋白质的活性。例如，pd1抑制剂还可以抑制其他免疫检查点分子的活性。
64.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，pd1抑制剂通过结合pd1抑制pd1活性。此类pd1抑制剂的实例包括，例如，拮抗性pd1抗体或其融合蛋白、pd1配体的非活性形式(如，pdl1或pdl2的截短或其他突变形式)或其融合蛋白(例如，amp
‑
224(glaxosmithkline,amplimmune))、小分子、sirna和适体。
65.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，pd1抑制剂是pd1抗体，并且在这些实施方案的某些中pd1拮抗抗体特异性结合pd1。在某些实施方案中，pd1拮抗性抗体选自由纳武单抗、派姆单抗、ct
‑
011、medi
‑
0680和rmp1
‑
14组成的组。
66.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，pd1抑制剂通过结合一个或多个pd1的配体(即，pdl1或pdl2)抑制pd1活性。此类pd1抑制剂的实例包括，例如，pd1配体抗体或其融合蛋白、包含全部或部分pd1细胞外结构域的pd1的可溶性形式或其融合蛋白、缺失全部或部分下游信号传导所需的细胞内结构域的pd1的截短形式或其融合蛋白、小分子、sirna和适体。
67.在本文提供的方法、组合物和试剂盒的某些实施方案中，pd1抑制剂是pd1配体抗体，并且在这些实施方案的某些中，pd1配体抗体特异性结合pd1配体。在某些实施方案中，pd1配体抗体选自由medi
‑
4736、rg7446、bms
‑
936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组。
68.在本文提供的方法的某些实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂作为相同组合物的一部分一起施用。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂分开施用，即，作为单独的组合物。在这些实施方案中，抑制剂可以同时或顺次施用，并且可以经由相同或不同途径施用。在抑制剂顺次施用的那些实施方案中，它们可以以相同或不同的间隔施用。例如，一种抑制剂可以比另一种更频繁地施用，或者可以在更长的时间进程内施用。在这些实施方案的某些中，一种抑制剂可以在首次施用第二抑制剂之前施用一次或多次。当开始第二抑制剂的施用时，第一抑制剂的施用可以在第二抑制剂的全部或部分施用的进程中停止或者继续。在其中fgfr3抑制剂是fgfr3拮抗抗体的某些实施方案中，抗体可以每天两次或更多次、每天一次、每周两次或更多次、每周一次、每两周一次(即，每隔一周)、每三周一次或每月一次施用。在某些实施方案中，该抗体每周、每两周或每三周施用一次。在其中pd1抑制剂是pd1拮抗抗体的某些实施方案中，抗体可以每天两次或更多次、每天一次、每周两次或更多次、每周一次、每两周一次、每三周一次或每月一次施用。在某些实施方案中，pd1抑制剂每两周施用一次。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂和/或pd1抑制剂可以施用达预先确定的特定时间进程。例如，fgfr3和/或pd1抑制剂可以施用1天、2天、1周、2周、4周或8周的时间进程。在其他实施方案中，fgfr3和/或pd1抑制剂可以无限期地施用，或者直到达到特定的治
疗基准。例如，可以施用fgfr3和/或pd1抑制剂直到肿瘤生长阻滞或逆转，直到一个或多个肿瘤消除，或直到癌细胞的数量减少到特定水平。
69.如本文所用，组合物的“治疗有效量”是在受试者中产生期望治疗效果，诸如治疗癌症的组合物的量。在某些实施方案中，治疗有效量是产生最大治疗效果的组合物的量。在其他实施方案中，治疗有效量产生小于最大治疗效果的治疗效果。例如，治疗有效量可以是避免一种或多种与产生最大治疗效果的剂量相关联的副作用的同时产生治疗效果的量。特定组合物的治疗有效量将基于多种因素变化，包括但不限于治疗组合物的特征(例如，活性、药代动力学、药效学和生物利用度)、受试者的生理状况(例如，年龄、体重、性别、疾病类型和阶段、病史、一般身体状况、对给定剂量的响应和其他现有药物治疗)、组合物中任何药学可接受载体的性质，以及施用路径。临床和药理学领域的技术人员将能够通过常规实验，也就是通过监测受试者对组合物施用的响应并相应地调整剂量来确定治疗有效量。关于更多指导，参见，例如remington:the science and practice of pharmacy，第22版，pharmaceutical press，london，2012年和goodman&gilman's the pharmacological basis of therapeutics，第12版，mcgraw
‑
hill，new york，ny，2011年，其完整公开通过引用并入本文。
70.在本文提供的方法的某些实施方案中，fgfr3抑制剂或pd1抑制剂的治疗有效量可以是作为单一疗法，即，单独施用时，分子能够产生治疗响应(例如，减少或消除肿瘤生长)的剂量。在这些实施方案的某些中，治疗有效量可以是已经先前确定为用于癌症治疗的最优或接近最优的剂量。例如，在fgfr3抑制剂是vofatamab的情况下，抗体可以以每两到四周大约10到50mg/kg的剂量施用，并且在这些实施方案的某些中，抗体可以以每两到四周大约20到40mg/kg，或每三周大约30mg/kg的剂量施用。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂或pd1抑制剂的治疗有效量可以低于该分子用作单一疗法通常施用的剂量，即，次优剂量。在这些实施方案的某些中，与单独施用时的标准剂量相比，施用fgfr3或pd1抑制剂的次优剂量可以导致副作用减少。例如，与单独施用任一种抑制剂的最优剂量相比，施用fgfr3或pd1抑制剂的次优剂量可以导致瘙痒、结肠炎或肺炎的发生或严重性降低。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂中的一种可以以已经确定单独施用时用于癌症治疗最优的剂量施用，而另一种以单独施用时用于治疗次优的剂量施用。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂或pd1抑制剂的剂量可以在治疗方案的进程内改变。例如，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂中的一种或两种可以在治疗开始时(例如，加载阶段)以较高剂量施用，随后在治疗后期以较低剂量施用。
71.fgfr3抑制剂、pd1抑制剂或包含fgfr3抑制剂和pd1抑制剂两者的组合物可以通过任何本领域已知的施用途径递送至受试者，包括但不限于肠胃外、口服、气雾剂、肠内、鼻、眼用、肠胃外或经皮(如，外用乳膏或软膏、贴剂)。“肠胃外”指通常与注射相关联的施用途径，包括静脉内、腹膜内、皮下、眶下、输注、动脉内、囊内、心内、皮内、肌肉内、肺内、椎管内、胸骨内、鞘内、子宫内、蛛网膜下、囊下、经黏膜或经气管。在其中fgfr3抑制剂是fgfr3拮抗抗体，包括例如vofatamab的某些实施方案中，静脉内施用fgfr3抑制剂。在其中pd1抑制剂是pd1拮抗抗体的某些实施方案中，腹膜内施用pd1抑制剂。
72.在某些实施方案中，fgfr3抑制剂、pd1抑制剂或包含fgfr3和pd1抑制剂两者的组合物可以配制成口服剂量单位，诸如，例如片剂、丸剂或胶囊剂。在某些实施方案中，fgfr3
抑制剂、pd1抑制剂或fgfr3和pd1抑制剂组合物可以经由时间释放递送媒介物，诸如，例如，时间释放胶囊施用。如本文所用，“时间释放媒介物”指在施用后一段时间内而不是立即释放活性剂的任何递送媒介物。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂、pd1抑制剂或fgfr3和pd1抑制剂组合物可以经由立即释放递送媒介物施用。
73.在本文提供的方法的某些实施方案中，在fgfr3和pd1抑制剂治疗之前、期间或之后，接受fgfr3抑制剂和pd1抑制剂的受试者可以接受另外的疗法，包括例如化疗或免疫疗法，或第三药剂诸如抗纤维化剂。在受试者在fgfr3和pd1抑制剂治疗期间接受另外的疗法的那些实施方案中，另外的疗法可以与fgfr3抑制剂和/或pd1抑制剂同时或顺次施用。
74.在某些实施方案中，本文提供了包含治疗有效量的fgfr3抑制剂和治疗有效量的pd1抑制剂的组合物。在某些实施方案中，这些组合物进一步包含一种或多种药学可接受的载体，或者与一种或多种药学可接受的载体配制施用。本文还提供了包含fgfr3抑制剂和pd1抑制剂的试剂盒，用于实施本文公开的方法，例如，用于治疗癌症。
75.在本文提供的组合物和试剂盒的某些实施方案中，fgfr3抑制剂或pdl抑制剂可以以单独施用时能够产生治疗响应(例如，减少或消除肿瘤生长)的剂量存在于组合物或试剂盒中。在这些实施方案的某些中，fgfr3或pd1抑制剂可以以已经先前确定为用于癌症治疗最优或接近最优的剂量存在。例如，在fgfr3抑制剂是vofatamab的情况下，组合物或试剂盒可以配制成向受试者递送大约10至50mg/kg的vofatamab的剂量，并且在这些实施方案的某些中，组合物或试剂盒可以配制成向受试者递送大约20至40mg/kg或大约30mg/kg的vofatamab的剂量。在其他实施方案中，fgfr3或pd1抑制剂可以以低于其通常存在于用于癌症治疗的组合物或试剂盒中的剂量(即，次优剂量)存在。
76.如本文所用，“药学可接受的载体”指涉及将感兴趣的化合物或分子从一个组织、器官或身体部分携带或运输到另一组织、器官或身体部分的药学可接受的材料、组合物或媒介物。药学可接受的载体可以包含各种组分，包括但不限于液体或固体填充剂、稀释剂、赋形剂、溶剂、缓冲剂、包封材料、表面活性剂、稳定剂、黏合剂或颜料，或者它们的一些组合。载体的每个组分必须是“药学可接受的”，因为其必须与组合物的其他成分相容且必须适合与其可能遇到的任何组织、器官或身体部分接触，意味着其必须不携带毒性、刺激、过敏反应、免疫原性或任何其他过度超过其治疗益处的并发症的风险。
77.可以与本文提供的组合物配合使用的药学可接受的载体的实例包括但不限于(1)糖，诸如乳糖、葡萄糖、蔗糖或甘露醇；(2)淀粉，诸如玉米淀粉和马铃薯淀粉；(3)纤维素及其衍生物，诸如羧甲基纤维素、乙基纤维素和纤维素乙酸酯；(4)粉状黄芪胶；(5)麦芽；(6)明胶；(7)滑石；(8)赋形剂，诸如可可脂和栓剂蜡；(9)油，诸如花生油、棉籽油、红花籽油、芝麻油、橄榄油、玉米油和大豆油；(10)二醇诸如丙二醇；(11)多元醇诸如甘油、山梨糖醇、甘露糖醇和聚乙二醇；(12)酯，诸如油酸乙酯和月桂酸乙酯；(13)崩解剂诸如琼脂或碳酸钙；(14)缓冲剂或ph调节剂诸如氢氧化镁、氢氧化铝、氯化钠、乳酸钠、氯化钙和磷酸盐缓冲液；(15)褐藻酸；(16)无热原水；(17)等渗盐水；(18)林格氏溶液；(19)醇诸如乙醇和丙醇；(20)石蜡；(21)润滑剂，诸如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇或十二烷基硫酸钠；(22)着色剂或颜料；(23)助流剂诸如胶体二氧化硅、滑石和淀粉或磷酸三钙；(24)用于药物组合物的其他无毒相容物质，诸如丙酮；和(25)它们的组合。
78.可以将包含fgfr3抑制剂、pd1抑制剂或fgfr3抑制剂和pd1抑制剂组合的组合物配
制成合适的剂型，包括例如在水性或非水性液体中的溶液或悬浮液、水包油或油包水液体乳剂、胶囊剂、扁囊剂、丸剂、片剂、锭剂、粉剂、颗粒剂、酏剂或糖浆剂，或者糖锭剂。在某些实施方案中，组合物可以配制为时间释放递送媒介物，诸如，例如，时间释放胶囊。如本文所用，“时间释放媒介物”指在施用后一段时间内而不是立即释放活性剂的任何递送媒介物。在其他实施方案中，组合物可以配制成立即释放递送媒介物。
79.在某些实施方案中，本文提供了用于实施本文公开的方法的试剂盒。在某些实施方案中，本文提供的试剂盒包含fgfr3抑制剂和pd1抑制剂。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂可以以单一组合物存在于试剂盒中。在其他实施方案中，fgfr3抑制剂和pd1抑制剂可以存在于单独的组合物中。试剂盒可以包含另外的治疗性或非治疗性组合物。在某些实施方案中，试剂盒包含在有形介质中的说明。
80.在某些实施方案中，本文提供了用于癌症的治疗中的fgfr3抑制剂和pd1抑制剂。还提供了用于癌症的治疗中的fgfr3抑制剂，以及联合fgfr3抑制剂用于癌症的治疗中的pd1抑制剂。在这些实施方案的某些中，癌症是尿路上皮癌，诸如muc。在这些实施方案的某些中，癌症是管腔膀胱癌。例如，需要治疗具有特定基因签名的癌症的受试者可能是使用本公开的fgfr3抑制剂和pd1抑制剂治疗的候选者。作为另一个实例，需要治疗具有另一种特定基因签名的癌症的受试者可能不是使用本公开的fgfr3抑制剂和pd1抑制剂治疗的候选者，而是可能具有包括本公开的第三药剂的治疗。在一些实施方案中，另一种特定基因签名包括与癌症相关的成纤维细胞相关联的基因签名和p53样肿瘤。在某些实施方案中，基因签名是fgfr3基因签名且至少包括以下基因：fgfr3、tp63、irs1、sema4b、ptpn13和tmprss4。在某些实施方案中，基因签名是p53样基因签名且至少包括以下基因：krt5、krt6a、krt6b、krt14、upk3a、upk3b、foxa1和pparg。在某些实施方案中，基因签名是癌症相关的成纤维细胞(caf)基因签名且至少包括以下基因：actc1、actg2、ncc1、des、flnc、mfap4、myh11和pcp4。
81.在某些实施方案中，本文提供了用于治疗有此需要的患有表达野生型fgfr3的癌症的受试者的方法，其包括(a)针对与一种或多种癌症相关的成纤维细胞相关联的基因签名或针对p53表达对受试者进行筛选，(b)确定受试者是否具有与一种或多种癌症相关成纤维细胞相关联的基因签名或具有p53表达，(c)基于步骤(b)的确定和(i)如果受试者不具有该基因签名或p53表达，则施用治疗有效量的fgfr3抑制剂联合治疗有效量的检查点抑制剂，和(ii)如果受试者具有该基因签名或p53表达，则施用治疗有效量的fgfr3抑制剂联合治疗有效量的检查点抑制剂以及另外的抗癌剂。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是拮抗性fgfr3抗体。在某些实施方案中，拮抗性fgfr3抗体包括包含seq id no:1中所示的氨基酸序列的cdr
‑
h1，包含seq id no:2中所示的氨基酸序列的cdr
‑
h2，包含seq id no:3中所示的氨基酸序列的cdr
‑
h3，和包含seq id no:7中所示的氨基酸序列的重链可变区。在某些实施方案中，拮抗性fgfr3抗体包括包含seq id no:4中所示的氨基酸序列的cdr
‑
l1，包含seq id no:5中所示的氨基酸序列的cdr
‑
l2，包含seq id no:6中所示的氨基酸序列的cdr
‑
l3，和包含seq id no:8中所示的氨基酸序列的轻链可变区。在某些实施方案中，fgfr3抑制剂是vofatamab。在某些实施方案中，检查点抑制剂是pd1抑制剂。在某些实施方案中，pd1抑制剂是选自由medi
‑
4736、rg7446、bms
‑
936559、msb0010718c和mpdl3280a组成的组的拮抗性pd
‑
l1抗体。在某些实施方案中，pd1抑制剂是派姆单抗。在某些实施方案中，癌症是管腔膀
胱癌。
82.在某些实施方案中，本文提供了fgfr3抑制剂和pd1抑制剂在制备用于治疗癌症的药物中的用途。还提供了fgfr3抑制剂在制备联合pd1抑制剂用于治疗癌症的药物中的用途，以及pd1抑制剂在制备联合fgfr3抑制剂用于治疗癌症的药物中的用途。
83.如本文所用，术语“大约”指在规定值或值范围的10％以内。
84.本领域的普通技术人员将认识到，可以组合本文描述的各种实施方案。例如，可以组合来自本文公开的各种治疗方法的步骤以实现满意的或改进的治疗水平。
85.从上文，将领会到本发明的特定实施方案已处于说明目的在本文中进行描述，但是可以在不偏离本发明范围的情况下进行各种修改。因此，本发明不受除所附权利要求外的限制。
86.提供以下实施例来更好地说明请求保护的发明并且不应将其解释为限制本发明的范围。关于提及的具体材料的程度，其仅仅用于说明目的并且不意图限制本发明。本领域技术人员可以在不行使发明能力且不脱离本发明范围的情况下开发出等同的手段或反应物。将理解，在本文所描述的步骤中可以进行许多变化，同时仍保持在本发明的界限内。发明人的意图是此类变化包括在本发明的范围内。
实施例
87.实施例1：用具有vofatamab和派姆单抗的联合疗法治疗的野生型和突变体fgfr3转移性尿路上皮癌的基因表达概况
88.在患有转移性尿路上皮癌(muc)的患者中，fgfr3突变(mutfgfr3)存在于15
‑
20％的膀胱癌患者和35％左右的上尿路癌患者中。研究表明这些肿瘤对fgfr抑制的响应可能比对免疫疗法更好。
89.用vofatamab治疗先前治疗muc失败的患者。使用vofatamab的负荷剂量(25mg/kg)对具有治疗前和治疗后14天的活检的患者进行治疗，随后对具有和不具有mutfgfr3或基因灌注(gene infusion)的患者的队列进行与派姆单抗的联合治疗。核心活检(2x18g或3
‑
4x20g)在10％的中性缓冲福尔马林中固定并包埋于石蜡中。然后从这些福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)样品的石蜡块中分离出活检核心。
90.从样品中分离出dna和rna用于在ion torrent平台上进行全转录组rnaseq和dna测序。使用ion torrent的ampliseqrna平台(thermo fisher,inc.)和ion proton测序仪(thermo fisher,inc.)对来自具有匹配的治疗前和治疗后活检的22名患者(17名wt，5名mut fusion)的样品进行全转录组rnaseq。然后使用vilo
tm
试剂盒将rna转录成cdna。使用ion ampliseq transcriptome human gene expression core panel扩增cdna，然后连接衔接子(adapter)和条形码(barcode)至扩增子并纯化。使用ion library quantification试剂盒(thermo fisher,inc.)定量纯化的文库。然后将文库稀释到100pm，合并，并使用乳液pcr在ion sphere
tm
颗粒(isp)上扩增，并在ionchef(thermo fisher,inc)上富集。随后将模板阳性isp加载至ion pi芯片并在质子仪(proton instrument)上运行。使用ampliseq comprehensive cancer panel(409个肿瘤抑制基因和包括fgfr3的癌基因)或ion ampliseq
tm
cancer hotspot panel v2进行癌症相关基因的靶向dna测序。
91.使用torrent suite软件中的ampliseqrna分析插件进行rna
‑
seq基因表达分析。
该插件使用torrent mapping alignment程序(tmap)将原始序列读取与含有20,802个refseq转录本的人类参考基因组(hg19 ampliseq transcriptome_ercc_v1.fasta)进行比对。然后，对每基因定位的读取的数目进行计数以生成原始计数文件和归一化的每百万定位读取(rpm)的每基因的读取文件。使用md安德森的一个最近邻(onenn)分类器进行肿瘤亚型分配。八个肿瘤表现出部分缓解(pr)，四个表现出疾病稳定(sd)，七个表现出疾病进展(pd)，且三个未分类(图1)。
92.为了对肿瘤治疗前后之间的差异表达(de)进行测试，使用带有负二项式模型(negative binomial model)的bioconductor包deseq。使用benjamini
‑
hochberg方法来控制错误发现率(fdr)。基线组织的无监督聚类分析揭示了两个聚类的存在：与聚类2(2个pr，4个sd，6个pd)相比，聚类1富集了应答者(6个pr，1个sd)(图1)。通过ingenuity pathway analysis(sigma)提取并分析了聚类1和2中显著差异表达的基因。
93.为了进行路径分析，评估了已发表的免疫浸润、炎性细胞运输、ifn途径激活、th1途径激活和fgfr3基因表达签名特征性的基因表达签名。功能和途径分析使用ingenuity pathway analysis(ipa)软件(systems,ca)进行，其含有用于鉴定基因组数据中感兴趣的网络和途径的数据库。使用ipa内的“转录因子作为上游调节物中的分子类型”分类来解释膀胱肿瘤亚型的生物学特性。对于上游调节物分析，ipa对重叠p值和激活z分数进行统计分析。基于ipa知识数据库，可以基于每个转录因子将外包装(overwrap)多少个靶标(p值)和基因列表中靶标的已知作用(激活或抑制)的一致性程度(z分数)来计算p值和z分数。
94.在基线组织上使用用于鉴定基底和管腔亚型的基因签名来将22个成对的肿瘤分配到分子亚型(图2)。在响应的肿瘤中，6个是管腔，2个是基底(图2)；也参见denrauer 2014。应答者的差异表达分析表明，vofatamab影响炎性和免疫途径以及免疫细胞运输(图3)。
95.总之，这些数据表明，无论是否存在mutfgfr3，管腔生物学可以使受试者对具有vofatamab和派姆单抗的联合治疗敏感，这表明该组合在wtfgfr3 muc中发挥作用。该组合在具有基底生物学的肿瘤上的影响也证实了有效性。这些生物学作用对早期膀胱癌，例如，非肌肉浸润性膀胱癌(nmibc)可能也很重要。如果vofatamab对免疫细胞运输有影响，它也可能在bcg治疗后或者联合bcg治疗的nmibc中显示益处。
96.实施例2：患有muc的受试者中vofatamab单一疗法和与派姆单抗的联合疗法的临床评估
97.设计fierce
‑
22第1b/2期临床研究来评估vofatamab联合派姆单抗。图4显示该研究的示意图。受试者在两周的前导(lead
‑
in)内接受vofatamab单一疗法，并进行成对的前后活检，然后开始联合疗法。前导期后，开始联合疗法。
98.计划在26名患者入组后进行初步的中期分析。研究中登记了28名患者。计划在52名患者入组后进行第二次中期分析。为符合入组资格，muc患者需要是未经抗pd
‑
/l1治疗的，患有可测量疾病，ecog大于2，在先前基于铂的化疗的一个或多个线上有进展或在(新)辅助化疗12个月或更短时间内复发。最初28名患者的人口统计和治疗史如表1中所示。
99.表1：基线人口统计和治疗史：
[0100][0101]
主要终点是安全性和功效。总响应率(orr)由研究者使用recist 1.1进行评估，任何活检病变开始视为用于评估的非目标。最初28名患者的处置如表2中所示。中位数治疗暴露延长，大多数患者开始了八个或更多的治疗周期。
[0102]
表2：处置—2期：
[0103][0104]
*贫血和气管支气管炎恶化
[0105]
2期的最初28名患者的临床响应如表3中所示，以及根据recist 1.1的可评估群体的临床响应如表4中所示。
[0106]
表3：临床响应—2期：
[0107][0108]
表4：临床响应—recist 1.1可评估群体：
[0109][0110]
*1名患者在确认pr前撤回同意，以及一名患者在下次扫描时有假性进展。mut/fus中的患者具有大约4个月的较短随访。
[0111]
1b和2期的36名患者中大于或至少15％的患者中最常发生的治疗突发不良事件(teae)如表5中所示。没有高磷血症或者眼部或指甲毒性的病例报告。大多数teae主要是1级，发生于研究早期，并在研究治疗中解决。
[0112]
表5：1b/2期中≥15％的患者中常发生的teae：
[0113][0114]
*包括8名1b期患者。
[0115]
4人中1人在1b期发生。
[0116]
1b和2期的36名患者的大于或至少15％的患者中最常发生的vofatamab相关teae如表6中所示。没有3级或更高的vofatamab相关teae报告。最常见的vofatamab相关teae是疲劳和腹泻。
[0117]
表6：1b/2期中≥15％的患者中的vofatamab相关teae：
[0118][0119]
*包括8名1b期患者。
[0120]
vofatamab的前导窗口耐受良好，且从大多数患者(80％)处安全获得成对的活检。与派姆单抗的联合疗法同样耐受良好。没有发生vofatamab的剂量减少且中断很少，303个周期中6次中断。发生于≥2名患者中的严重ae是尿路感染(n＝2；6％)和急性肾损伤(n＝2；6％)。所有的严重se都与vofatamab不相关。
[0121]
在recist 1.1可评估的2期研究群体中，orr大约为单独的派姆单抗的两倍。所有22名具有可评估病变的患者的orr为40％(22人中9人)。wt的orr为40％(15人中6人)，且mut/fus的orr为43％(7人中3人)。因此，无论fgfr3 mut/fus或wt状态，响应都是相似的(图5，13)。相对单独的派姆单抗(2.1个月；95％ci 2.0,2.2)，使用联合疗法治疗的患者无进展
生存(pfs)趋势表现有利(5.9个月；95％ci 3.6,8.0)。dor比以前报道的单独cpi更短，而且似乎不能预测os。在跟踪所有wt患者至少12个月随访的情况下，没有达到中位数os。
[0122]
先导vofatamab单一疗法在应答者中诱导与炎性反应和免疫变化相关基因上调以及免疫途径改变(图6)。临床响应与分子亚组相关，且在管腔亚组中(即，患有免疫学冷肿瘤的受试者中)观察到升高的响应率(8个中6个)(图7
‑
12)，表明联合疗法可能对该亚型特别有效。癌症相关成纤维细胞(caf)的存在似乎是与响应缺乏有关的可能机制。患有p53样肿瘤的患者表现出较差的响应(图14)。
[0123]
vofatamab通过fgfr3抑制导致免疫学变化。在初步的亚型研究中，vofatamab联合派姆单抗改善了在膀胱癌亚型(除了p53样组)中的响应。对治疗的抗性可能与p53样亚组的患者有关。几名患者超过recist 1.1进展从治疗中获得持续的临床受益。
[0124]
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