抗体－吡咯并苯并二氮杂卓衍生物偶联物的制作方法

技术特征：

1.一种抗体－药物偶联物，其由下式表示：

式中，m¹表示整数1或2，

D为选自以下的组中的任一个：

式中，星号*表示与L结合，

L为连结与Ab的Asn297结合的糖链(N297糖链)和D的连接子，

N297糖链可任选地被重构，

Ab表示抗体或该抗体的功能性片段。

2.根据权利要求1所述的抗体－药物偶联物，其中，

L由－Lb－La－Lp－NH－B－CH2－O(C＝O)－*表示，

在此，式中，星号*表示与D结合，

B为1，4－苯基、2，5－吡啶基、3，6－吡啶基、2，5－嘧啶基或2，5－噻吩基，

Lp表示选自以下的组中的任一个：

－GGVA－、－GG－(D－)VA－、－VA－、－GGFG－、－GGPI－、－GGVCit－、－GGVK－以及－GGPL－，

La表示选自以下的组中的任一个：

－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－、－C(＝O)－(CH2CH2)2－C(＝O)-、

－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2)2－C(＝O)－、

－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2O)2－CH2－C(＝O)－、

－C(＝O)－CH2CH2－NH－C(＝O)－(CH2CH2O)4－CH2CH2－C(＝O)－、－CH2－OC(＝O)－以及－OC(＝O)－，以及

Lb由下式表示：

或者或者或、或者

在此，在上述所示的Lb的结构式中，星号*表示与La结合，波浪线表示与N297糖链或重构的N297糖链结合。

3.根据权利要求1或2所述的抗体－药物偶联物，其中，

L表示选自以下的组中的任一个：

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGVA－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GG－(D－)VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－(CH2CH2)2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGPI－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGFG－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGVCit－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGVK－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGPL－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2)2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2O)2－CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－NH－C(＝O)－(CH2CH2O)4－CH2CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z²－OC(＝O)－GGVA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、以及

－Z³－CH2－OC(＝O)－GGVA－NH－B－CH2－OC(＝O)－，

在此，B表示1，4－苯基，

Z¹表示以下的结构式：

或者

Z²表示以下的结构式：

或者

Z³表示以下的结构式：

或者

在此，Z¹、Z²以及Z³的结构式中，星号*表示与邻接的C(＝O)、OC(＝O)或CH2结合，波浪线表示与N297糖链或重构的N297糖链结合。

4.根据权利要求3所述的抗体－药物偶联物，其中，

L表示选自以下的组中的任一个：

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGVA－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－(CH2CH2)2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－GGVCit－NH－B－CH2－OC(＝O)-、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2)2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－C(＝O)－NH－(CH2CH2O)2－CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－、以及

－Z¹－C(＝O)－CH2CH2－NH－C(＝O)－(CH2CH2O)4－CH2CH2－C(＝O)－VA－NH－B－CH2－OC(＝O)－，

在此，B为1，4－苯基，

Z¹表示以下的结构式：

或者

在此，所述Z¹的结构式中，星号*表示与Z¹所邻接的C(＝O)结合，波浪线表示与N297糖链或重构的N297糖链结合。

5.根据权利要求1～4中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

N297糖链为重构的糖链。

6.根据权利要求1～5中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

N297糖链表示具有下式所示的结构的N297－(Fuc)MSG1、N297－(Fuc)MSG2或它们的混合物、或N297－(Fuc)SG中的任意种：

上述式中，波浪线表示与抗体的Asn297结合，

N297糖链中的L(PEG)表示*－(CH2CH2－O)n⁵－CH2CH2－NH－，

在此，n⁵表示整数2～5，右端的氨基经由酰胺键与N297糖链的β－Man的支链的1－3链侧或/和1－6链侧的非还原末端的唾液酸的2位羧酸键合，左端的星号*表示与L中的Z¹的三唑环上的1位或3位氮原子结合。

7.根据权利要求6所述的抗体－药物偶联物，其中，

n⁵为3。

8.一种抗体－药物偶联物，其由下式表示：

或者

在上述所示的各结构式中，m¹表示整数1或2，

Ab为抗体或该抗体的功能性片段，

N297糖链为具有下式所示的结构的N297－(Fuc)MSG1、N297－(Fuc)MSG2或它们的混合物、或N297－(Fuc)SG，

式中，波浪线表示与抗体的Asn297结合，

N297糖链中的L(PEG)表示*－(CH2CH2－O)3－CH2CH2－NH－，

在此，右端的氨基经由酰胺键与N297糖链的β－Man的支链的1－3链侧或/和1－6链侧的非还原末端的唾液酸的2位羧酸键合，左端的星号*表示与上述结构式中的三唑环上的1位或3位氮原子结合。

9.一种抗体－药物偶联物，其由下式表示：

或者

在上述所示的各结构式中，m¹表示整数1或2，

Ab为抗体或该抗体的功能性片段，

N297糖链为具有下式所示的结构的N297－(Fuc)MSG1、N297－(Fuc)MSG2或它们的混合物、或N297－(Fuc)SG，

式中，波浪线表示与抗体的Asn297结合，

N297糖链中的L(PEG)表示*－(CH2CH2－O)3－CH2CH2－NH－，

在此，右端的氨基经由酰胺键与N297糖链的β－Man的支链的1－3链侧或/和1－6链侧的非还原末端的唾液酸的2位羧酸键合，左端的星号*表示与上述结构式中的三唑环上的1位或3位氮原子结合。

10.一种抗体－药物偶联物，其由下式表示：

或者

在上述所示的各结构式中，m¹表示整数1或2，

Ab为抗体或该抗体的功能性片段，

N297糖链为具有下式所示的结构的N297－(Fuc)MSG1、N297－(Fuc)MSG2或它们的混合物、或N297－(Fuc)SG，

式中，波浪线表示与抗体的Asn297结合，

N297糖链中的L(PEG)表示*－(CH2CH2－O)3－CH2CH2－NH－，

在此，右端的氨基经由酰胺键与N297糖链的β－Man的支链的1－3链侧或/和1－6链侧的非还原末端的唾液酸的2位羧酸键合，左端的星号*表示与上述结构式中的三唑环上的1位或3位氮原子结合。

11.一种抗体－药物偶联物，其由下式表示：

或者

在上述所示的各结构式中，m¹表示整数1或2，

Ab为抗体或该抗体的功能性片段，

N297糖链为具有下式所示的结构的N297－(Fuc)MSG1、N297－(Fuc)MSG2或它们的混合物、或N297－(Fuc)SG，

式中，波浪线表示与抗体的Asn297结合，

N297糖链中的L(PEG)表示*－(CH2CH2－O)3－CH2CH2－NH－，

在此，右端的氨基经由酰胺键与N297糖链的β－Man的支链的1－3链侧或/和1－6链侧的非还原末端的唾液酸的2位的羧酸键合，左端的星号*表示与所述结构式中的三唑环上的1位或3位的氮原子结合。

12.根据权利要求1～11中任一项所述的抗体－药物偶联物，其特征在于，

所述抗体－药物偶联物包含具有内化活性的抗体。

13.根据权利要求1～12中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

为具有与在肿瘤细胞表达的抗原结合且被吞入肿瘤细胞内而内化的性质的抗体。

14.根据权利要求1～13中任一项所述的抗体－药物偶联物，其特征在于，

抗体具有抗肿瘤效果。

15.根据权利要求1～14中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体为抗CLDN6抗体、抗CLDN9抗体、抗CLDN6/CLDN9抗体、抗HER2抗体、抗HER3抗体、抗DLL3抗体、抗FAP抗体、抗CDH11抗体、抗A33抗体、抗CanAg抗体、抗CD19抗体、抗CD20抗体、抗CD22抗体、抗CD25抗体、抗CD30抗体、抗CD33抗体、抗CD37抗体、抗CD56抗体、抗CD70抗体、抗CD98抗体、抗B7－H3抗体、抗TROP2抗体、抗CEA抗体、抗Cripto抗体、抗EphA2抗体、抗FGFR2抗体、抗G250抗体、抗MUC1抗体、抗GPNMB抗体、抗Integrin抗体、抗PSMA抗体、抗Tenascin－C抗体、抗SLC44A4抗体、抗Mesothelin抗体、抗EGFR抗体、抗5T4抗体、抗LRRC15抗体、抗DR5抗体、抗CDH3抗体、抗PDPN抗体或抗CD123抗体。

16.根据权利要求1～15中任一项所述的抗体－药物偶联物，其特征在于，

抗体与CLDN6和/或CLDN9特异性结合。

17.根据权利要求16所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包含：含以下的(a)或(b)所述的CDRH1、CDRH2以及CDRH3的重链，和含以下的(a)或(b)所述的CDRL1、CDRL2以及CDRL3的轻链，

(a)由序列号9所述的氨基酸序列形成的CDRH1、由序列号10所述的氨基酸序列形成的CDRH2以及由序列号11所述的氨基酸序列形成的CDRH3、以及由序列号5所述的氨基酸序列形成的CDRL1、由序列号6所述的氨基酸序列形成的CDRL2以及由序列号7所述的氨基酸序列或该氨基酸序列中一个或两个氨基酸被取代的氨基酸序列形成的CDRL3，或

(b)由序列号15所述的氨基酸序列形成的CDRH1、由序列号16所述的氨基酸序列形成的CDRH2以及由序列号17所述的氨基酸序列形成的CDRH3、以及由序列号12所述的氨基酸序列形成的CDRL1、由序列号13所述的氨基酸序列形成的CDRL2以及由序列号14所述的氨基酸序列形成的CDRL3。

18.根据权利要求17所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包含：含以下的(a)或(b)所述的CDRH1、CDRH2以及CDRH3的重链，和含以下的(a)或(b)所述的CDRL1、CDRL2以及CDRL3的轻链，

(a)由序列号9所述的氨基酸序列形成的CDRH1、由序列号10所述的氨基酸序列形成的CDRH2以及由序列号11所述的氨基酸序列形成的CDRH3、以及由序列号5所述的氨基酸序列形成的CDRL1、由序列号6所述的氨基酸序列形成的CDRL2以及由序列号7所述的氨基酸序列或序列号8所述的氨基酸序列形成的CDRL3，或

(b)由序列号15所述的氨基酸序列形成的CDRH1、由序列号16所述的氨基酸序列形成的CDRH2以及由序列号17所述的氨基酸序列形成的CDRH3、以及由序列号12所述的氨基酸序列形成的CDRL1、由序列号13所述的氨基酸序列形成的CDRL2以及由序列号14所述的氨基酸序列形成的CDRL3。

19.根据权利要求16～18中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包含以下的(a)或(b)所述的重链可变区和轻链可变区，

(a)抗体包含由序列号21所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号19所述的氨基酸序列形成的轻链可变区，或

(b)抗体包含由序列号25所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号23所述的氨基酸序列形成的轻链可变区。

20.根据权利要求16～19中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

包含：由选自由以下的(a)～(e)构成的组中的氨基酸序列形成的重链可变区，和由选自由以下的(f)～(k)构成的组中的氨基酸序列形成的轻链可变区，

(a)序列号54所述的氨基酸序列，

(b)序列号58所述的氨基酸序列，

(c)序列号62所述的氨基酸序列，

(d)对于(a)～(c)的序列中各CDR序列以外的框架区的序列具有至少95％以上的同源性的氨基酸序列，

(e)在(a)～(c)的序列中各CDR序列以外的框架区的序列中、缺失一个或几个氨基酸、取代一个或几个氨基酸或添加一个或几个氨基酸而成的氨基酸序列，

(f)序列号38所述的氨基酸序列，

(g)序列号42所述的氨基酸序列，

(h)序列号46所述的氨基酸序列，

(i)序列号50所述的氨基酸序列，

(j)对于(f)～(i)的序列中各CDR序列以外的框架区的序列具有至少95％以上的同源性的氨基酸序列，以及

(k)在(f)～(i)的序列中各CDR序列以外的框架区的序列中、缺失一个或几个氨基酸、取代一个或几个氨基酸或添加一个或几个氨基酸而成的氨基酸序列。

21.根据权利要求20所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包含选自由以下的(a)～(e)构成的组中的重链可变区和轻链可变区，

(a)由序列号54所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号38所述的氨基酸序列形成的轻链可变区，

(b)由序列号58所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号42所述的氨基酸序列形成的轻链可变区，

(c)由序列号54所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号46所述的氨基酸序列形成的轻链可变区，

(d)由序列号58所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号50所述的氨基酸序列形成的轻链可变区所构成的轻链可变区，以及

(e)由序列号62所述的氨基酸序列形成的重链可变区和由序列号46所述的氨基酸序列形成的轻链可变区。

22.根据权利要求16～21中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体为嵌合抗体。

23.根据权利要求16～21中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体为人源化抗体。

24.根据权利要求16～23中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包含人IgG1、人IgG2或人IgG4的重链恒定区。

25.根据权利要求23或24所述的抗体－药物偶联物，其中，

包含：选自由以下的(a)～(e)构成的组中的重链和轻链，

(a)由序列号52的氨基酸编号20～471所述的氨基酸序列形成的重链和由序列号36的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链，

(b)由序列号56的氨基酸编号20～471所述的氨基酸序列形成的重链和由序列号40的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链，

(c)由序列号52的氨基酸编号20～471所述的氨基酸序列形成的重链和由序列号44的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链，

(d)由序列号56的氨基酸编号20～471所述的氨基酸序列形成的重链和由序列号48的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链，以及

(e)由序列号60的氨基酸编号20～471所述的氨基酸序列形成的重链和由序列号44的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链。

26.根据权利要求16所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体与权利要求17～21以及25中任一项所述的抗体、在与CLDN6和/或CLDN9的结合上进行竞争，或抗体与权利要求17～21以及25中任一项所述的抗体所识别的CLDN6和/或CLDN9上的部位结合。

27.根据权利要求1～15中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体与HER2特异性结合。

28.根据权利要求27所述的抗体－药物偶联物，其中，

具有抗体依赖性细胞毒ADCC活性和/或补体依赖性细胞毒CDC活性。

29.根据权利要求27所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体的重链恒定区为人IgG1的重链恒定区，包含引起ADCC和/或CDC活性降低的变异。

30.根据权利要求29所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体的重链恒定区为人IgG1的重链恒定区，该重链恒定区中由EU Index所示的234位和235位亮氨酸被丙氨酸取代。

31.根据权利要求27或28所述的抗体－药物偶联物，其中，

为包含由序列号65所述的氨基酸序列形成的重链、和由序列号64所述的氨基酸序列形成的轻链的抗体。

32.根据权利要求27、29以及30中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

为包含由序列号75的氨基酸编号20～139所述的氨基酸序列形成的重链可变区、和由序列号73的氨基酸编号21～127所述的氨基酸序列形成的轻链可变区的抗体。

33.根据权利要求27、29、30以及32中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

为包含由序列号75的氨基酸编号20～469所述的氨基酸序列形成的重链、和由序列号73的氨基酸编号21～234所述的氨基酸序列形成的轻链的抗体。

34.根据权利要求16～33中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体包括选自由N－连接糖基化、O－连接糖基化、N末端加工、C末端加工、脱酰胺化、天冬氨酸的异构化、蛋氨酸的氧化、N末端的蛋氨酸残基的添加、脯氨酸残基的酰胺化以及重链的羧基末端的一个或两个氨基酸残基的缺失构成的组中的一种或两种以上的修饰。

35.根据权利要求34所述的抗体－药物偶联物，其中，

在抗体的重链的羧基末端缺失一个或几个氨基酸残基。

36.根据权利要求34或35所述的抗体－药物偶联物，其中，

在抗体的两条重链双方的羧基末端缺失一个氨基酸残基。

37.根据权利要求34～36中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体的重链的羧基末端的脯氨酸残基进一步被酰胺化。

38.根据权利要求1～37中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体为特征在于由以下的工序得到的糖链重构抗体：

i)培养包含编码权利要求12～37中任一项所述的抗体的多核苷酸的宿主细胞，从所得到的培养物中选取目标抗体的工序；

ii)用水解酶处理在工序i)中得到的抗体，制造(Fucα1，6)GlcNAc－抗体的工序；以及

iii)在糖基转移酶存在下使(Fucα1，6)GlcNAc－抗体与糖链供体分子反应的工序，所述糖链供体分子为在MSG(9)或SG(10)的唾液酸的2位羧酸的羰基处导入具有叠氮基的PEG连接子，将还原末端噁唑啉化而得到的。

39.根据权利要求38所述的抗体－药物偶联物，其中，

还包括：通过利用羟基磷灰石柱对工序ii)的反应液进行精制，来对(Fucα1，6)GlcNAc－抗体进行精制的工序。

40.一种化合物、其盐或它们的水合物，所述化合物为由下式表示的任一个：

41.一种制造方法，其为权利要求1～39中任一项所述的抗体－药物偶联物的制造方法，包括：使权利要求38或39所述的糖链重构抗体与权利要求40所述的化合物、其盐或它们的水合物反应的工序。

42.一种抗体－药物偶联物，其特征在于，

所述抗体－药物偶联物通过权利要求41所述的制造方法得到。

43.根据权利要求1～39以及42中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

N297糖链为N297－(Fuc)MSG1。

44.根据权利要求1～39、42以及43中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

m¹为整数1。

45.根据权利要求1～39以及42～44中任一项所述的抗体－药物偶联物，其中，

抗体―药物偶联物中的每一分子抗体的平均药物结合数为1～3或3～5。

46.一种医药组合物，其特征在于，

所述医药组合物包含权利要求1～39以及42～45中任一项所述的抗体－药物偶联物、其盐或它们的水合物。

47.根据权利要求46所述的医药组合物，其特征在于，

所述医药组合物为抗肿瘤药。

48.一种肿瘤的治疗方法，其特征在于，

将权利要求1～39以及42～45中任一项所述的抗体－药物偶联物、其盐或它们的水合物给药于个体。

49.一种肿瘤的治疗方法，其特征在于，

将医药组合物和至少一种抗肿瘤药同时、分别或连续地给药于个体，所述医药组合物包含权利要求1～39以及42～45中任一项所述的抗体－药物偶联物、其盐或它们的水合物。

技术总结
一种新的抗体－吡咯并苯并二氮杂卓(PBD)衍生物偶联物、使用该抗体－药物偶联物的对肿瘤具有治疗效果的医药品以及使用该抗体－药物偶联物或医药品的肿瘤的治疗方法。

技术研发人员：户田成洋;太田悠介;土居史尚;目黑正规;早川市郎;芦田真二;益田刚;中田隆;
受保护的技术使用者：第一三共株式会社;
技术研发日：2020.03.24
技术公布日：2021.11.09