一种鉴定人类胚胎细胞染色体变异的方法及应用

技术特征：
1.一种通过转录组检测单细胞染色体拷贝数变异的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：将基因表达量用rpkm标准化后，删除在所有二倍体样本中表达量平均值 < 1的基因；然后，余下基因的表达量计算变异系数，变异系数的计算如下：sd是基因在各个样本中表达的标准差，mean为基因的平均表达量；根据变异系数的分布情况，由高到低排列变异系数值，挑选变异系数值位于前25%的基因，视为表达不稳定的基因，并将这些基因筛除，剩下基因即为稳定表达的基因，可以保留，用作下一步的计算；计算每一个基因在二倍体标准样本中的平均表达量，与基因共同形成一个新的矩阵，该矩阵就是人类正常二倍体胚胎基因表达参考系：（3）相对表达量矩阵的制作得到二倍体基因表达参考系后，可以根据转录本开始计算临床样本的拷贝数变异，首先制作相对表达量矩阵，具体来说，先在生成的矩阵中，挑选出与参考系重合的基因，形成新的矩阵，新的矩阵中的每个基因，均除以参考系中相对应基因的平均表达量，从而生成相对表达量矩阵；其中，相对表达量超过4的基因，将其表达量均限制到4，避免单个基因的波动对整体的影响过大；假设一个基因x，在参考系中的表达量为，基因x在待检测的所有样本中的表达量矩阵为:基因x的相对表达矩阵则为：同理，则所有基因的相对表达量矩阵则为：（4）以染色体为单位的相对表达矩阵的生成、矫正和拷贝数变异的判断得到相对表达矩阵后，接下来以染色体为单位，计算染色体基因平均相对表达量，具体而言，利用从ucsc基因组数据库中下载的比对文件，每个相对表达矩阵中的基因都被对应
到其所在的染色体上，每个染色体计算其所包含的基因的平均表达量：，其中n为二倍体参考系中属于i号染色体的基因数量，为这些基因的相对表达量，每个染色体都做一次计算，得到一个以染色体为单位的相对表达矩阵，矩阵中的每一行即为某个样本每一条染色体的相对表达量，相对表达量矩阵为：由于每个样本之间的个体差异，导致样本的表达量相对于参考系会有偏移，而大部分样本的大部分染色体都是正常的二倍体，因此，将每个样本的22条染色体的表达量乘以一个以样本为单位的系数，令每个样本染色体表达量的中位数都等于2，表示其为正常二倍体，用该步骤将染色体相对表达矩阵进行归一化之后，再用来做拷贝数变异的判断。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述拷贝数变异的判断的步骤为：每个样品中22条常染色体的表达量为，其染色体表达量的中位数的数值记为；其染色体表达系数则为:得到的值后，就可以计算该样本的22条染色体分别表达量为：得到的最终染色体相对表达矩阵中的值，便可以代表染色体拷贝数变异的值，即拷贝数变异。

技术总结
本发明涉及一种鉴定人类胚胎细胞染色体变异的方法，所述方法通过建立正常二倍体基因表达矩阵，得到以基因为单位的可以用来作为表达量参照的参考系。计算待测胚胎染色体表达量的相对值即可以表明该胚胎染色体倍型。胚胎的活检可以捕获整个胚胎中可用的信息，来确保转录组测序作为植入前筛选的有效的工具。本发明方法可用于生成基于RNA表达变化的染色体核型，并且该结果与现有的全基因组测序计算CNV的结果基本一致。的结果基本一致。的结果基本一致。


技术研发人员：乔杰 李烨 严智强 王玉倩 闫丽盈 王楠 朱小辉 关硕 阔瀛 孔思明
受保护的技术使用者：北京大学第三医院（北京大学第三临床医学院）
技术研发日：2022.10.27
技术公布日：2022/11/25