用于单细胞蛋白质或生物质生产的菌株和方法与流程

1.本发明涉及利用微生物生产蛋白质和/或其它大分子。特别地，本发明涉及新型细菌菌株和利用细菌用于生产蛋白质或生物质的连续培养方法，在该连续培养方法中，将气体和矿物质供应给细胞。本发明还涉及这些方法的产物以及这些产物在例如食物或饲料中的用途。


背景技术：

2.不断增长的世界人口、气候变化和水资源的短缺日益对传统农业造成威胁，并且因此对食物和饲料的充足供应造成威胁。因此，正在调查有机分子如蛋白质的替代来源。潜在的替代品是单细胞生产，即使用微生物生产蛋白质和/或其它大分子。
3.化能自养微生物已得到描述，其能够在具有氢气作为能源和二氧化碳作为唯一碳源的基本矿物质培养基上生长。关于这些微生物的综述，参见例如，shively等人(1998)annu rev microbiol 52:191。专利申请wo2018144965描述了用于将气态底物转换成高蛋白生物质的各种微生物和生物过程。andersen等人(1979)biochim biophys acta 585:1-11描述了真氧产碱菌(alcaligenes eutrophus)的突变株，所述真氧产碱菌是在异养和自养条件下很容易生长的氢细菌。具有改变的核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(rubisco)活性的突变体得到表征。ohmiya等人(2003)j.biosci.bioeng.95:549-561综述了微生物基因对难分解生物质(recalcitrant biomass)利用的应用。yu jian等人(2013)int j hydrogen ener 38:8683-8690描述了通过氢氧化细菌分离株的二氧化碳固定。在适度的氧浓度(10摩尔％)下，测量到50％的高能效。
4.然而，各种化能自养微生物在生长速率、产率、生物质组成以及与用作食物成分有关的性质(例如在人消费中的安全性、味道、气味、口感、在烹饪中的技术和功能性质等)方面具有不同的性质。并非每一种化能自养微生物都具有足够的生长速率且提供足够的产率，也不是每一种方法都可以现实地升级为经济上可行的大规模方法。为了具有功能性蛋白质的足够输出，例如用于食物或饲料应用，重要的是找到合适的生产生物和可以以大规模执行的合适方法。本发明解决了这一需求。


技术实现要素：

5.在第一个主要方面，本发明涉及分离的细菌菌株vtt-e-193585或其衍生物。
6.在进一步的方面，本发明涉及包含本发明的细菌菌株或其衍生物的培养物。此外，本发明涉及用于生产生物质(biomass)和/或蛋白质的方法，所述方法包括培养本发明的细菌菌株或其衍生物。
7.在一个进一步方面，本发明涉及用于生产生物质和/或蛋白质的方法，所述方法包括在使用无机碳源和作为能源的氢的连续培养中培养黄色杆菌属(xanthobacter)的细菌菌株，其中所述无机碳源包括二氧化碳。
8.在进一步的主要方面，本发明涉及通过本发明的方法获得或可获得的大量蛋白
质、生物质或者非蛋白质细胞或化学组分，以及通过本发明的方法获得或可获得(obtainable)的食物或饲料产物。
附图说明
9.图1.在以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株的化能自养200-l培养期间，在600nm处测量的光密度(黑色圆圈)和光密度探头读数。
10.图2.在以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株在不同的氮源上的平行化能自养200-ml培养期间，在600nm处测量的光密度。
具体实施方式
11.当在本文中使用时，例如在菌株的背景下的术语“分离的”意指从其天然环境中分离。优选地，分离的菌株是纯的，即不含其它菌株。
12.当在本文中在菌株的背景下使用时，术语“衍生物”指衍生自参考菌株，即使用参考菌株作为起点生成的菌株。例如，遗传改造或以其它方式突变或遗传修饰的菌株是此类衍生物的一个实施方式。遗传修饰包括点突变，以及插入或缺失，包括整个基因座或其片段的插入或缺失。衍生物优选具有与参考菌株相比的少于10个遗传修饰，例如少于5个，例如4、3、2或1个遗传修饰。
13.当在本文中使用时，名词“培养物”指在液体培养基中的活细胞的悬浮液。
14.术语“生物质”具有其在细菌发酵领域的通常含义，并且指细胞材料。
15.当在本文中使用时，术语“连续培养”指这样的培养方法，其中将新鲜培养基连续加入培养物中，并且将具有细菌培养物的培养基以基本上相同的速率连续取出。
16.本发明的方面和实施方式
17.在第一个主要方面，本发明涉及分离的细菌菌株vtt-e-193585或其衍生物。
18.菌株vtt-e-193585已从芬兰naantali的波罗的海海岸分离。该生物体能够在限制氧的条件下，用氢作为能源和二氧化碳作为碳源的基本矿物质培养基，在合适的生物反应器条件下生长。16s测序和illumina宏基因组学测序已显示了，该菌株极有可能是黄色杆菌属的成员，但不是已知的种。该细菌菌株高度适合于食物和饲料应用，因为干燥细胞粉末具有高蛋白质含量，并且含有所有必需氨基酸。它还含有比饱和脂肪酸更多的不饱和脂肪酸和高水平的b族维生素。可能引起过敏或毒性的肽聚糖和脂多糖的水平很低。执行了毒性分析，并且对于该菌株没有观察到遗传毒性或细胞毒性。另外，该菌株对抗生素普遍敏感。
19.菌株vtt-e-193585(sof1)已于2019年6月11日保藏于芬兰p.o.box 1000，fi-02044vtt的芬兰vtt技术研究中心(technical research centre)的vtt培养物保藏中心(culture collection)中，该中心是根据布达佩斯条约的国际保藏机构。关于该菌株的特性和用于培养该菌株的方法的进一步信息在本文的实施例中提供。
20.在一个优选的实施方式中，如果该菌株是菌株vtt-e-193585的衍生物，则该衍生物已保留使用氢气作为能源和二氧化碳作为唯一碳源生长的能力。
21.在一个实施方式中，如果该菌株是菌株vtt-e-193585的衍生物，则该衍生物包含seq id no:1中所示的16s核糖体rna，或者与seq id no:1具有至多20个核苷酸差异，例如与seq id no:1有1至10，例如1至5，例如一个、两个或三个核苷酸差异的16s核糖体rna。
22.seq id no:1.菌株vtt-e-193585的16s核糖体rna序列：
23.cttgagagtttgatcctggctcagagcgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaagtcgagcgcccagcaatgggagcggcagacgggtgagtaacgcgtggggatgtgcccaatggtacggaataacccagggaaacttggactaataccgtatgagcccttcgggggaaagatttatcgccattggatcaacccgcgtctgattagctagttggtggggtaacggcccaccaaggcgacgatcagtagctggtctgagaggatgatcagccacactgggactgagacacggcccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattggacaatgggcgcaagcctgatccagccatgccgcgtgtgtgatgaaggccttagggttgtaaagcactttcgccggtgaagataatgacggtaaccggagaagaagccccggctaacttcgtgccagcagccgcggtaatacgaagggggctagcgttgctcggaatcactgggcgtaaagcgcacgtaggcggatcgttaagtcaggggtgaaatcctggagctcaactccagaactgcccttgatactggcgaccttgagttcgagagaggttggtggaactgcgagtgtagaggtgaaattcgtagatattcgcaagaacaccagtggcgaaggcggccaactggctcgatactgacgctgaggtgcgaaagcgtggggagcaaacaggattagataccctggtagtccacgccgtaaacgatggatgctagccgttgggcagcttgctgttcagtggcgcagctaacgcattaagcatcccgcctggggagtacggtcgcaagattaaaactcaaaggaattgacgggggcccgcacaagcggtggagcatgtggtttaattcgaagcaacgcgcagaaccttaccagcctttgacatggcaggacgatttccagagatggatctcttccagcaatggacctgcacacaggtgctgcatggctgtcgtcagctcgtgtcgtgagatgttgggttaagtcccgcaacgagcgcaaccctcgcctctagttgccagcattcagttgggcactctagagggactgccggtgataagccgagaggaaggtggggatgacgtcaagtcctcatggcccttacgggctgggctacacacgtgctacaatggtggtgacagtgggatgcgaaagggcgacctctagcaaatctccaaaagccatctcagttcggattgtactctgcaactcgagtgcatgaagttggaatcgctagtaatcgtggatcagcatgccacggtgaatacgttcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagttggctttacccgaaggcgctgcgctaacccgcaagggaggcaggcgaccacggtagggtcagcgactggggtgaagtcgtaacaaggtagccgtaggggaacctgcggctggatcacctccttt
24.在一个进一步方面，本发明涉及包含本发明的细菌菌株或其衍生物的培养物。在一个优选的实施方式中，培养物的体积为100ml或更多，例如1l或更多，例如10l或更多，例如1000l或更多，例如10000l或更多，例如50000l或更多，例如100000l或更多，例如200000l或更多。
25.在一个进一步方面，本发明涉及用于生产生物质和/或蛋白质的方法，所述方法包括培养本发明的细菌菌株或其衍生物。在一个实施方式中，该方法用于生产生物质。在另一个实施方式中，该方法用于生产蛋白质。在一个实施方式中，该方法包括在使用无机碳源和作为能源的氢的连续培养中培养菌株，其中所述无机碳源包括二氧化碳。在一个进一步实施方式中，该方法用于生产生物质，并且包括在使用无机碳源和作为能源的氢的连续培养中培养菌株，其中所述无机碳源包括二氧化碳。该方法的各个进一步的实施方式在下文进行描述。
26.在一个进一步的主要方面，本发明涉及用于生产生物质和/或蛋白质的方法，所述方法包括在使用无机碳源和作为能源的氢的连续培养中培养黄色杆菌属的细菌菌株，其中所述无机碳源包括二氧化碳。在一个实施方式中，该方法用于生产生物质。在另一个实施方式中，该方法用于生产蛋白质。该方法的各个进一步的实施方式在下文进行描述。
27.根据基因组序列，以编号vtt-e-193585下保藏的菌株极有可能使用卡尔文-本森-巴瑟姆循环(calvin-benson-bassham cycle)用于碳固定，其中二氧化碳分子与核酮糖1,5-二磷酸(ribulose 1,5-bisphosphate)的5碳链相连，形成两个甘油酸-3-磷酸
(glycerate 3-phosphate)分子。这致使菌株能够合成其生长所需的所有其它有机分子。来自氢的能量极有可能通过nad

还原氢化酶和/或nife氢化酶进入细胞内。实质上，这是其中氢(h2)氧化为h

，且nad

还原为nadh的氧化还原反应。除atp之外，nadh是活生物内部的主要能量载体之一。可替代地，一些其它的能当量通过使用h2的另一种氢化酶还原。卡尔文-本森-巴瑟姆循环需要以atp和nadh/nadph形式的能量，以便固定co2。该菌株极有可能通过氧化磷酸化生成atp，其由四个蛋白质复合物组成，生成跨越膜的质子梯度。质子梯度主要使用来自nadh的能量生成。质子梯度驱动atp合酶复合物生成atp。根据基因组序列，该菌株具有细菌f型atp合酶。
28.当指定该方法包括用无机碳源培养菌株时，应理解无机碳源是培养物中的主要碳源。因此，在培养物中可能存在的次要有机碳源，但培养物的主要代谢和生长基于利用无机碳源优选二氧化碳作为碳源。优选地，供应给培养物的其为有机的碳的比例是在该方法期间供应给培养物的所有碳中的小于5％，例如小于1％，例如小于0.1％。优选地，不将有机碳源供应给该方法。
29.类似地，当指定该方法包括用氢(h2)作为能源培养菌株时，应理解氢是培养物中的主要能源。因此，在培养物中可能存在其它的次要能源，例如可能作为氮源供应的氨，或少量的有机化合物，但培养物的主要代谢和生长基于利用氢作为能源。在整个过程中，氢优选通过水电解产生；即通过用电将水分解成氢气和氧气。因此，氢气和氧气由附近的电解器提供给生物反应器。可替代地，电极可以放置在生物反应器内部，以在生物反应器而不是分开的电解器中产生氢和氧。
30.包含二氧化碳的无机碳源可以包含其它无机碳源，例如一氧化碳。在一个实施方式中，只向培养物提供以气态形式的碳源。在一个优选的实施方式中，二氧化碳是向培养物提供的唯一的无机碳源，并且实际上也是唯一的碳源。在一个实施方式中，只向培养物提供气体和矿物质，并且所提供的气体中的二氧化碳水平在10％和50％之间，例如在15％和45％之间，例如在20％和40％之间，例如在25％和35％之间，例如在26％和30％之间。
31.在另一个实施方式中，向培养物提供气体和矿物质，并且所提供的气体中的氢(h2)水平在30％和80％之间，例如在35％和75％之间，例如在40％和70％之间，例如在45％和65％之间，例如在50％和60％之间。
32.在另一个实施方式中，向培养物提供气体和矿物质，并且所提供的气体中的氧(o2)水平在10％和25％之间，例如在15％和20％之间，例如在16％和18％之间。在另一个实施方式中，所提供的氧水平使得培养物中的溶解氧水平维持在5％和10％之间。
33.在一个优选的实施方式中，只向培养物提供气体和矿物质，并且所提供的气体包含h2、co2和o2，其中h2的百分比在40％和70％之间，co2的百分比在18％和28％之间，且o2的百分比在12％和22％之间。
34.通常，本发明的方法包括氮源的添加。氮源可以例如以氢氧化铵、铵盐如硫酸铵或氯化铵、氨、尿素或硝酸盐如硝酸钾的形式提供。在其它实施方式中，提供氮气(n2)作为氮源。在一个优选的实施方式中，氮源是氢氧化铵或铵盐如硫酸铵。
35.在一个实施方式中，所提供的氮源是氢氧化铵，其浓度在100mg/l和10g/l之间，例如在250mg/l和4g/l之间，例如在0.5g/l和2g/l之间，例如在0.75g/l和1.5g/l之间。
36.通常，本发明的方法包括矿物质的添加，所述矿物质例如含有铵、磷酸盐、钾、钠、
钒、铁、硫酸盐、镁、钙、钼、锰、硼、锌、钴、硒、碘、铜和/或镍的矿物质。合适的矿物质培养基是本领域众所周知的，并且已例如在thermophilic bacteria，crc press，boca raton，fl，jacob k.kristjansson，编辑，1992中，例如在第87页，表4上进行描述。
37.在一个实施方式中，所添加的矿物质包括下述中的一种或多种：氨、铵(例如，氯化铵(nh4cl)、硫酸铵((nh4)2so4))、硝酸盐(例如，硝酸钾(kno3))、尿素或有机氮源；磷酸盐(例如，磷酸氢二钠(na2hpo4)、磷酸钾(kh2po4)、磷酸(h3po4)、二硫代磷酸钾(k3ps2o2)、正磷酸钾(k3po4)、磷酸氢二钠(na2hpo4·
2h2o)、磷酸氢二钾(k2hpo4)或磷酸二氢钾(kh2po4)；硫酸盐；酵母提取物；螯合铁(例如由edta或柠檬酸螯合的)；钾(例如，磷酸钾(kh2po4)、硝酸钾(kno3)、碘化钾(ki)、溴化钾(kbr))；以及其它无机盐、矿物质和微量营养素(例如，氯化钠(nacl)、硫酸镁(mgso4·
7h2o)或氯化镁(mgcl2)、氯化钙(cacl2)、硫酸钙(caso4)或碳酸钙(caco3)、硫酸锰(mnso4·
7h2o)或氯化锰(mncl2)、氯化铁(fecl2)、硫酸亚铁(feso
4 7h2o)或氯化亚铁(fecl
2 4h2o)、碳酸氢钠(nahco3)或碳酸钠(na2co3)、硫酸锌(znso4)或氯化锌(zncl2)、钼酸铵(nh4moo4)或钼酸钠(na2moo4·
2h2o)、硫酸亚铜(cuso4)或氯化铜(cucl2·
2h2o)、氯化钴(cocl2·
6h2o)或硫酸钴(coso4)、氯化铝(alcl3·
6h2o)、氯化锂(licl)、硼酸(h3bo3)、氯化镍(nicl2·
6h2o)或硫酸镍(niso4)、氯化锡(sncl2·
h2o)、氯化钡(bacl2·
2h2o)、硒酸铜(cuseo
4 5h2o)、硒酸钠(na2seo4)或亚硒酸钠(na2seo3)、偏钒酸钠(navo3)、铬盐)。
38.在一个优选的实施方式中，本发明的方法包括以下中的一项或更多项或全部的添加：nh4oh、kh2po4、na2hpo4·
2h2o、navo3·
h2o、feso4x7h2o、mgso4·
7h2o、caso4、na2moo4·
2h2o、mnso4·
7h2o、znso4·
7h2o、h3bo3、coso4、cuso4、niso4。
39.在一个实施方式中，向细胞提供的培养基包含小于1g/l的氯盐，例如小于0.25g/l的氯盐，例如小于0.1g/l的氯盐，例如小于0.025g/l的氯盐，例如小于0.01g/l的氯盐。在一个实施方式中，不向培养物供应氯盐。
40.在另一个实施方式中，在该方法期间不供应维生素，即向培养物提供的培养基不含维生素。
41.在另一个实施方式中，在该方法期间不供应氨基酸，即向培养物提供的培养基不含氨基酸。
42.在另一个实施方式中，在该方法期间不供应有机化合物，即向培养物提供的培养基不含任何有机化合物。
43.在某些实施方式中，细菌培养物的ph控制在一定水平下。在某些实施方式中，ph控制在对于细菌维持和/或生长和/或有机化合物生产的最佳范围内。在一个实施方式中，培养物中的ph维持5.5和8.0之间，例如在6.5和7.0之间，例如在6.8下。
44.在某些实施方式中，控制细菌培养物的温度。在某些实施方式中，温度控制在对于细菌维持和/或生长和/或有机化合物生产的最佳范围内。在一个实施方式中，培养物在25℃和40℃之间，例如在28℃和32℃之间，例如在30℃的温度下生长。
45.通常，本发明的方法在生物反应器中进行。生物反应器用于细胞的培养，所述细胞可以维持在其生长曲线的特定阶段下。生物反应器的使用在许多方面对于培养化能自养生长是有利的。一般地，生长条件的控制，包括溶解的二氧化碳、氧和其它气体如氢，以及其它溶解的营养素、微量元素、温度和ph的控制在生物反应器中得到促进。营养培养基以及气体
可以作为分批添加、或定期地或响应检测到的消耗或编程的设定点、或在培养物生长和/或维持期间连续地加入生物反应器中。在连续培养方法中，将营养培养基以及气体连续加入生物反应器中。此外，含细菌的培养基也连续地从生物反应器中取出。
46.在一个优选的实施方式中，细菌培养物的体积为100ml或更多，例如1l或更多，例如10l或更多，例如100l或更多，例如1000l或更多，例如10000l或更多，例如50000l或更多，例如100000l或更多，例如200000l或更多。
47.在一个实施方式中，培养物的生产率为多于0.1g细胞干重/升/小时，例如多于0.2，例如多于0.3，例如多于0.4，例如多于0.5，例如多于0.6，例如多于0.7，例如多于0.8，例如多于0.9，例如多于1g/升/小时。
48.细菌可以直接从细胞库接种，或经由种子培养物在较小规模下接种。优选地，新鲜培养基向培养物的供应和具有细菌的用过培养基的取出以相同的速率发生，使得生物反应器中的体积保持相同。
49.在一个实施方式中，在达到合适的细胞密度的初始阶段后，细菌以稳态或假稳态生长，连续保持在其对数阶段，其od600高于5，例如高于10，例如高于20，例如在50和200之间，例如在50和100之间。
50.在本发明的方法的一个实施方式中，细菌菌株具有0.04
–
0.12h-1
的生长速率。
51.在本发明的方法的另一个实施方式中，连续阶段中的液体进料速率为生长速率的50-80％。
52.黄色杆菌属是来自黄色杆菌科(xanthobacteraceae)的革兰氏阴性菌的属。
53.在一个实施方式中，在本发明的方法中使用的黄色杆菌属菌株是使用卡尔文本森巴瑟姆途径将二氧化碳转换成活生物必需的有机化合物，例如葡萄糖的菌株。
54.在一个实施方式中，在本发明的方法中使用的黄色杆菌属菌株是使用nifese氢化酶用于将氢(h2)转换成细胞能当量的菌株。
55.在一个实施方式中，在本发明的方法中使用的黄色杆菌属菌株是使用nad

还原氢化酶用于将氢(h2)转换成细胞能当量的菌株。
56.在一个实施方式中，在本发明的方法中使用的黄色杆菌属菌株能够固氮。
57.在一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株选自：敏捷黄色杆菌(x.agilis)、氧化胺黄色杆菌(x.aminoxidans)、自养黄色杆菌(x.autotrophicus)、黄黄色杆菌(x.flavus)、万寿菊黄色杆菌(x.tagetidis)、粘黄色杆菌(x.viscosus)、黄色杆菌属sp.126、黄色杆菌属sp.91和菌株vtt-e-193585。
58.在一个优选的实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株是vtt-e-193585或万寿菊黄色杆菌。最优选地，在本发明的方法中使用的菌株是vtt-e-193585。
59.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含seq id no:1中所示的16s核糖体rna，或者与seq id no:1具有至多20个核苷酸差异，例如与seq id no:1有1至10，例如1至5，例如1、2或3个核苷酸差异的16s核糖体rna。
60.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(rubisco)大链的基因，其具有seq id no:3中所示的序列，或者与seq id no:3中所示的序列具有多于93％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％的一致性，例如多于99％的序列一致性的
序列。
61.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(rubisco)小链的基因，其具有seq id no:5中所示的序列，或者与seq id no:5中所示的序列具有多于83％的一致性，例如多于86％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％的一致性，例如多于99％的序列一致性的序列。
62.seq id no:2：
63.核酮糖二磷酸羧化酶大链的核苷酸序列：
64.atgggtgccgaagcaaccgtcgggcagatcacggacgccaagaagagatacgccgccggcgtgctgaagtacgcccagatgggctactggaacggcgactacgttcccaaggacaccgacctcctggcggtgttccgcatcaccccccaggcgggcgtggacccggtggaagccgccgcggcggtcgccggcgaaagctccaccgctacctggaccgtggtgtggaccgaccggctcaccgccgccgacgtctaccgcgccaaggcctacaaggtggagccggtgccgggccaggaaggccagtatttctgctacatcgcctatgatctcgatttgttcgaggaaggctccatcgccaacctcacggcgtcgatcatcggcaacgtcttctccttcaagccgctgaaggcggcgcggctggaggacatgcggcttcccgtcgcctatgtgaagaccttccgcggcccgcccaccggcatcgtggtcgagcgcgagcgcctggacaagttcggccgcccccttctgggcgccaccaccaagccgaagcttggcctctcgggcaagaattacggccgcgtggtctatgaggccctcaagggcggcctcgacttcgtgaaggacgacgagaacatcaactcgcagcccttcatgcactggcgcgatcgcttcctctattgcatggaggccgtcaacaaggcccaggccgagaccggcgaggtgaaggggcactatctcaacatcaccgccgggaccatggaggagatgtaccgccgcgccgagttcgccaaggaactgggctccgtggtggtgatggtggatctcatcatcggctggaccgccatccagtccatgtccaactggtgccgcgagaacgacatgatcctgcacatgcaccgtgcgggccatggcacctacacgcgccagaagagccacggcgtctccttccgcgtcatcgccaagtggctgcggctcgccggcgtcgaccacctgcacaccggcaccgccgtgggcaagctggaaggcgaccccatgaccgtgcagggcttctacaatgtctgccgcgagacgacgacgcagcaggacctcacccgcggcctgttcttcgagcaggactggggcggcatccgcaaggtgatgccggtggcctccggcggcatccatgcgggccagatgcaccagctcatcgacctgttcggcgaggacgtggtgctccagttcggcggcggcaccatcggccacccggacggcatccaggccggcgccaccgccaaccgcgtggcgctggaaaccatgatcctcgcccgcaacgagggccgcgacatcaggaacgagggcccggaaatcctggtggaagccgccaaatggtgccgtccgctgcgcgcggcgctcgatacctggggcgaggtgaccttcaactacgcctccaccgacacgtccgattacgtgcccaccgcgtccgtcgcctga
65.seq id no:3:
66.核酮糖二磷酸羧化酶大链的氨基酸序列
67.mgaeatvgqitdakkryaagvlkyaqmgywngdyvpkdtdllavfritpqagvdpveaaaavagesstatwtvvwtdrltaadvyrakaykvepvpgqegqyfcyiaydldlfeegsianltasiignvfsfkplkaarledmrlpvayvktfrgpptgivvererldkfgrpllgattkpklglsgknygrvvyealkggldfvkddeninsqpfmhwrdrflycmeavnkaqaetgevkghylnitagtmeemyrraefakelgsvvvmvdliigwtaiqsmsnwcrendmilhmhraghgtytrqkshgvsfrviakwlrlagvdhlhtgtavgklegdpmtvqgfynvcretttqqdltrglffeqdwggirkvmpvasggihagqmhqlidlfgedvvlqfgggtighpdgiqagatanrvaletmilarnegrdirnegpeilveaakwcrplraaldtwgevtfnyastdtsdyvptasva
68.seq id no:4:
69.核酮糖二磷酸羧化酶小链的核苷酸序列：
70.atgcgcatcacccaaggctccttctccttcctgccggacctcaccgacacgcagatcaaggcccaggtgcaatattgcctggaccagggctgggcggtctcggtggagcacaccgacgatccccacccgcgcaacacctattgggagatgtggggcccgcccatgttcgatctgcgcgacgcggccggcgtcttcggcgagatcgaagcctgccgggccgccaatcccgagcattatgtgcgggtgaacgccttcgattccagccgcggatgggagacgatccgcctgtccttcatcgttcagcggcccaccgtggaagagggcttccgcctcgaccgcaccgaaggcaagggccgcaaccagagctacgccatgcgctaccgggcgcagttcgcgccgcgctga
71.seq id no:5:
72.核酮糖二磷酸羧化酶小链的氨基酸序列：
73.mritqgsfsflpdltdtqikaqvqycldqgwavsvehtddphprntywemwgppmfdlrdaagvfgeieacraanpehyvrvnafdssrgwetirlsfivqrptveegfrldrtegkgrnqsyamryraqfapr
74.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nad

还原氢化酶hoxs亚基α的基因，其具有seq id no:7中所示的序列，或者与seq id no:7中所示的序列具有多于70％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
75.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nad

还原氢化酶hoxs亚基β的基因，其具有seq id no:9中所示的序列，或者与seq id no:9中所示的序列具有多于77％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
76.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nad

还原氢化酶hoxs亚基γ的基因，其具有seq id no:11中所示的序列，或者与seq id no:11中所示的序列具有多于70％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
77.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nad

还原氢化酶hoxs亚基δ的基因，其具有seq id no:13中所示的序列，或者与seq id no:13中所示的序列具有多于79％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
78.seq id no:6：
79.nad

还原氢化酶hoxs亚基α的核苷酸序列：
80.atgatgccatctgagccgcacggcgcgggcatgccgcccccacgggaagcggccgcggttcccaccccccaggaggtgagcgcggtggtggccgaggtggtcgcggatgccgtggcatcggtgggcggcgcacgcacccggctcatggacatcgtccagctggcccagcagcgtctcggccatctctccgaagagaccatggcggccattgccgcgcggctcgccattccgccggtggaagtggcggacatggtgtccttctacgccttcctgaaccgcgcgcccaagggccgctaccacatccgcctgtcgcgcagccccatctcgctgatgaagggcgccgaggcggtggctgccgccttctgccagatcctcggcatcgccatgggcgagacctcgcaggatggcgacttcaccctggaatggaccaacgacatcggcatggccgaccaggagccggccgccctcgtcaacggcacggtgatgacgcagctcgcgcccggcgatgcggccatcatcgtcggccggctg
cgggcccatcacgcgcccaatgccctgccgctgttccctggagccggcgtggccggctccggcctgccccatgcccggatccgccccagcctggtgatgccgggacagcttctgttccgcgaggaccacacgacgccgggcgccggcatcaaggcggcactcgccctcaccccggacgaagtggtgcagaaggtctccgccgcgcgcctgcgcgggcggggtggcgccggctttcccaccggtctcaaatggaagctctgccgccagtcgcccgccaccacccgccatgtgatctgcaatgcggacgagggcgagcccggcaccttcaaggatcgcgtgctgctcacgcaggcgccgcacctcatgttcgacggcatgaccatcgccggctacgccttgggggcgcgggagggcgtggtctatctgcgcggcgagtacgcctatctgtgggagcctctgcatgcggtcctgcgcgagcgctatgggctcgggctcgccggcgcgaacatcctgggacacgcgggcttcgacttcgacatccgcatccagctgggcgccggcgcctatatctgcggcgaggaatccgcgctggtggaatcgctggaaggcaagcgcggctcgccccgcgaccgcccccccttccccaccgtgcgcggccatctccagcagcccaccgccgtggacaatgtggagaccttcgcctgcgccgcccgcatcctggaggatggcgtggaggcgttcgcgggcatcggcacgcccgaatccgccggcacgaagctcctctcggtgtcgggcgattgcccgcgccccggcgtgtatgaggtgcccttcggcctcacggtgaacgcgctgctcgaccttgtcggcgcgccggacgccgccttcgtgcagatgggtgggccgtccggccaatgcgtggcgccgaaggattacggccgccgcatcgccttcgaggacctgcccaccggcggctcggtgatggtgttcggcccggggcgcgacgtgctcgccatggtgcgcgagttcgcggatttcttcgccggcgaatcctgcggctggtgcacgccctgccgggtgggcaccaccttgctcaaggaagagctggacaagctcctcgccaaccgcgccaccctcgccgacatccgcgcgctggagaccctggccacgaccgtctcccgcaccagccgctgcggcctcggccagacggcgcccaaccccatcctttccaccatgcgcaacctgccggaagcctatgaggcgaggctgaggcccgaagacttcctgccctgggcctcgctcgacgaggcgctgaagcccgccatcgtcatccagggccgcgcgcccgtgccggaggaagaggcatga
81.seq id no:7：
82.nad

还原氢化酶hoxs亚基α的氨基酸序列：
83.mmpsephgagmpppreaaavptpqevsavvaevvadavasvggartrlmdivqlaqqrlghlseetmaaiaarlaippvevadmvsfyaflnrapkgryhirlsrspislmkgaeavaaafcqilgiamgetsqdgdftlewtndigmadqepaalvngtvmtqlapgdaaiivgrlrahhapnalplfpgagvagsglpharirpslvmpgqllfredhttpgagikaalaltpdevvqkvsaarlrgrggagfptglkwklcrqspattrhvicnadegepgtfkdrvlltqaphlmfdgmtiagyalgaregvvylrgeyaylweplhavlreryglglaganilghagfdfdiriqlgagayicgeesalveslegkrgsprdrppfptvrghlqqptavdnvetfacaariledgveafagigtpesagtkllsvsgdcprpgvyevpfgltvnalldlvgapdaafvqmggpsgqcvapkdygrriafedlptggsvmvfgpgrdvlamvrefadffagescgwctpcrvgttllkeeldkllanratladiraletlattvsrtsrcglgqtapnpilstmrnlpeayearlrpedflpwasldealkpaiviqgrapvpeeea
84.seq id no:8：
85.nad

还原氢化酶hoxs亚基β的核苷酸序列：
86.atgagccggggatcccccgatgccgggaaagaccgcaccatgagcgccaccgacggcaccaccgccccccgcaagatcgtcatcgatccggtgacccgcgtggagggccacggcaaggtcaccatccgcctggatgaagccggcgcggtggaggatgcgcgtttccacatcgtggagttccgcggcttcgagcggttcatccagggccggatgtactgggaagtgccccttatcatccagcggctgtgcggcatctgcccggtgagccaccatctggcggcggcgaaagccatggaccaggtggcgggcgtggaccgcgtaccgcccaccgccgagaaactgcgccggctgatgcattatgggcaggtgctgcaatccaacgctttgcacatcttccacctcgcctcgcccgacctcctgttcggcttcgacgcgccggccgagcagcgcaacatcatcgccgtgctccagcgttatccggagatcggcaaatgggcgatcttcatcaggaagttcggccaggaggtcatcaaggccaccggcgggcgcaagatccatcccaccagcgccattcccggcggggtcaaccagaacctcgccgtggagga
ccgcgacgccctgcgcgccaaggtgggcgagatcatcagctggtgcatggcggcgctggaccatcacaaggcctatgtggcggaaaaccgggcgctgcatgacagcttcgccgccttcccctccgccttcatgagcctcgtggggccggatggcggcatggacctttatgacggcaccctgcgggtgatcgatgccgagggcgcccccctcatcgaaggcgcgccgcccgcctcctaccgcgaccacctcatcgaggaggtgcggccctggagctatctgaaattcccccatctgcgcgccttcggccgcgacgatggctggtatcgggtcggccccctcgcccaggtcaattgcgccgcgtccatcgacacgccccgcgccgaggcggcccggcgggacttcatggccgagggcggcggcaagccggtgcatgccaccctcgcttatcactgggcgcggctcatcgtgctggtccattgcgcggagaagatcgaacagctgctgttcgacgacgacctgcaaggctgcgatctgcgtgcggagggcacccggcgcggggaaggcgtcgcctggatcgaggcgccgcgcggcaccctcatccaccattacgaggtggacgagaacgaccaggtgcgccgcgccaacctcatcgtctccaccacccacaataacgaggccatgaaccgcgccgtgcggcaggtggcgaagacggacctttccggtcgcgagatcaccgaagggctgctgaaccatatcgaggtggccatccgcgccttcgacccctgcctgtcctgcgccacccatgcgctgggccagatgccgctgatcgtgacgcttgaagatgcctccggcgcagagatcgcccgcggagtgaaggaatga
87.seq id no:9：
88.nad

还原氢化酶hoxs亚基β的氨基酸序列：
89.msrgspdagkdrtmsatdgttaprkividpvtrveghgkvtirldeagavedarfhivefrgferfiqgrmywevpliiqrlcgicpvshhlaaakamdqvagvdrvpptaeklrrlmhygqvlqsnalhifhlaspdllfgfdapaeqrniiavlqrypeigkwaifirkfgqevikatggrkihptsaipggvnqnlavedrdalrakvgeiiswcmaaldhhkayvaenralhdsfaafpsafmslvgpdggmdlydgtlrvidaegapliegappasyrdhlieevrpwsylkfphlrafgrddgwyrvgplaqvncaasidtpraeaarrdfmaegggkpvhatlayhwarlivlvhcaekieqllfdddlqgcdlraegtrrgegvawieaprgtlihhyevdendqvrranlivstthnneamnravrqvaktdlsgreitegllnhievairafdpclscathalgqmplivtledasgaeiargvke
90.seq id no:10：
91.nad

还原氢化酶hoxs亚基γ的核苷酸序列：
92.atgagcgagacccccttcacctttaccgtggacggcatcgcggtcccggccacccccggccagagcgtcatcgaggcgtgcgatgcggcgggcatctatatcccgcgcctgtgccaccacccggacctgccgccggcgggccattgccgggtgtgcacctgcatcatcgacgggcggccggccagcgcctgcaccatgcccgccgccaggggcatggtggtggagaacgagacgcccgctttgctggcggagcggcgcacgctgatcgagatgctgttcgcggaaggcaaccatttctgccagttctgcgaggcgagcggcgattgcgaattgcaggcgctgggctacctgttcggcatggtggccccgcccttcccccatctgtggccgaagcggccggtggatgccagccatccggatatctatatcgaccacaatcgctgcatcctgtgctcgcgctgcgtgcgcgcctcgcgcaccctggacggcaagtccgtgttcggcttcgaggggcgcggcatcgagatgcatctggcggtgaccggcgggcacctggacgacagcgccatcgccgccgccgacagggcggttgagatgtgcccggtgggctgcatcgtcctcaagcgcaccggctaccgcacgccctatggccggcggcgctacgacgccgcgcccatcggctccgacatcaccgcccggcgcggcggcgcgaaggactga
93.seq id no:11：
94.nad

还原氢化酶hoxs亚基γ的氨基酸序列：
95.msetpftftvdgiavpatpgqsvieacdaagiyiprlchhpdlppaghcrvctciidgrpasactmpaargmvvenetpallaerrtliemlfaegnhfcqfceasgdcelqalgylfgmvappfphlwpkrpvdashpdiyidhnrcilcsrcvrasrtldgksvfgfegrgiemhlavtgghlddsaiaaadravemcpvgcivlkrtgyrtpygrrrydaapigsditarrggakd
96.seq id no:12：
97.nad

还原氢化酶hoxs亚基δ的核苷酸序列：
98.atggccaagcccaaactcgccacctgcgcgctggccggctgcttcggctgccacatgtccttcctggacatggacgagcgcatcgtcgagctcatcgacctggtggacctcgacgtctcgcccctcgacgacaagaaaaacttcaccggcatggtggaaatcggcctggtggaaggcggctgcgccgacgagcgccatgtgaaggtgctgcgcgagttccgcgagaaatcccgcatcctggtggcggtgggcgcctgcgccatcaccggcggcatcccggcattgcgcaacctcgccggcctcgacgaatgcctgagggaagcctacctcaccggccccacggtggaaggcggcgggctcattcccaacgacccggagctgccgctgctgctggacaaggtctatccggtgcaggacttcgtgaagatcgaccatttcctgcccggctgcccgccctcggccgacgccatctgggcggctctgaaggcgctgctgaccggcaccgagccgcatctgccctacccgcttttcaagtacgaatga
99.seq id no:13：
100.nad

还原氢化酶hoxs亚基δ的氨基酸序列：
101.makpklatcalagcfgchmsfldmderivelidlvdldvsplddkknftgmveiglveggcaderhvkvlrefreksrilvavgacaitggipalrnlagldeclreayltgptveggglipndpelpllldkvypvqdfvkidhflpgcppsadaiwaalkalltgtephlpyplfkye
102.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nifese氢化酶大亚基的基因，其具有seq id no:15中所示的序列，或者与seq id no:15中所示的序列具有多于84％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
103.在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码nifese氢化酶小亚基的基因，其具有seq id no:17中所示的序列，或者与seq id no:17中所示的序列具有多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
104.seq id no:14：
105.周质[nifese]氢化酶大亚基的核苷酸序列：
[0106]
tccagacccgggcaacattgctccatgtgctgggcaccctggccggccgctggccccataccctcgcgctccagcccggcggggtgacccgaagcgccgaccagcacgaccgcatgcgcctgctcgcgacgctgaaggcggtgcgggcggcgctggaagagaccttgttcggcgcgcctttggaagaggtggcggccctggacggcgccgccgccgtggaggcctggcgcgccaacggcccggaaggggatttccgcctgttcctggagatcgccgccgacctggagctggaccggctcggccgcgcgcacgaccgctttctctccttcggcgcctacgcccaggacgaggggcgcctttatggcgccggcaccttcgaggccgggacggcgggagggctcgatcccaacgccatcaccgaggaccacgccttcgcccgcatggaggaccgcgcggcgccccatgcgccctttgacggctccaccttccccgatgccgacgacaccgagggctacacctggtgcaaggcgccgcgccttgccggcctgcccttcgagaccggcgccttcgcccggcaggtggtggcgggccatccgctcgcccgggacctcgtgacgcgggaaggcggcactgtgcgcagccgcgtggtcggccggctgctggaaaccgcgcgcaccctgatcgccatggagggctgggtgaaggaactgcggcccgaagggccctggtgcgcccagggccacctgccccaggaaggccgcgccttcggcctcaccgaggcggcgcgcggggcgctcggccactggatggtggtggagaagggccgcattgcccgctaccagatcatcgcccccaccacctggaacttctccccccgcgacggcgcgggcctgcccggcccgctggagacggccctggtgggcgcgcccgtgcggcagggagagacgacgcccgtgagcgtgcagcacatcgtgcgctccttcgacccgtgcatggtctgcactgtgcattga
[0107]
seq id no:15：
[0108]
周质[nifese]氢化酶大亚基的氨基酸序列：
[0109]
msaetrrlvvgpfnrvegdlevrldvqdgrvqqafvssplfrgferilegrdprdalviapricgicsvsqshaaalalaglqgiapthdgriatnlivaaenvadhlthfhvffmpdfaravyedrpwfaqaarrfkanqgvsvrralqtratllhvlgtlagrwphtlalqpggvtrsadqhdrmrllatlkavraaleetlfgapleevaaldgaaaveawrangpegdfrlfleiaadleldrlgrahdrflsfgayaqdegrlygagtfeagtaggldpnaitedhafarmedraaphapfdgstfpdaddtegytwckaprlaglpfetgafarqvvaghplardlvtreggtvrsrvvgrlletartliamegwvkelrpegpwcaqghlpqegrafglteaargalghwmvvekgriaryqiiapttwnfsprdgaglpgpletalvgapvrqgettpvsvqhivrsfdpcmvctvh
[0110]
seq id no:16：
[0111]
周质[nifese]氢化酶小亚基的核苷酸序列
[0112]
acgggggaggaagcccgcgccatcttcgacgccatccttgccggcgttatcgtcctcgacgccctgtgcgtggaaggcgcgctgctgcgcgggccgaacggcaccgggcgcttccatgtgctggcgggcacggacacccccaccatcgactgggcgcggcagctcgccggcatggcgcgccacgtggtggcggtgggcacctgcgccgcctatgggggcgtgacggcggcgggcatcaaccccaccgatgcctgcggcctccagttcgacggacgccggaagggtggggcgctgggggcggacttccgctcccgctcggggcttccggtcatcaatgtggccggctgccccacccatcccaactgggtgacggaaaccctgatgctgctcgcctgcggcctgctgggcgaggccgacctcgacgtctatggccgcccgcgcttctatgcggacctgctggtgcatcacggctgcccgcgcaacgaatactatgaatacaaggcgagcgccgagaagatgagcgacctcggctgcatgatggagcatctgggctgcctcggcacccaggcccacgccgactgcaacacgcgcctttggaatggcgagggctcgtgcacccgcggcggctatgcctgcatcaactgcacggcgccggaattcgaggagccgggccacgccttcctggagacgcccaagatcggcggcatccccatcggcctgcccaccgacatgcccaaggcctggttcatcgccttgtcctccctcgccaaggcggcgacgccggagcggctgcgcaagaacgcggtgtccgaccatgtggtcacgccgcccgccgtcaaggacatcaagcggcgatga
[0113]
seq id no:17：
[0114]
周质[nifese]氢化酶小亚基的氨基酸序列
[0115]
mstpfsvlwlqsggcggctmsllcaeapdlattldaagigflwhpalseetgeearaifdailagvivldalcvegallrgpngtgrfhvlagtdtptidwarqlagmarhvvavgtcaayggvtaaginptdacglqfdgrrkggalgadfrsrsglpvinvagcpthpnwvtetlmllacgllgeadldvygrprfyadllvhhgcprneyyeykasaekmsdlgcmmehlgclgtqahadcntrlwngegsctrggyacinctapefeepghafletpkiggipiglptdmpkawfialsslakaatperlrknavsdhvvtppavkdikrr
[0116]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶γ链atpg_1的基因，其具有seq id no:19中所示的序列，或者与seq id no:19中所示的序列具有多于70％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0117]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基αatpa_1的基因，其具有seq id no:21中所示的序列，或者与seq id no:21中所示的序列具有多于78％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序
列一致性的序列。
[0118]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基batpf_1的基因，其具有seq id no:23中所示的序列，或者与seq id no:23中所示的序列具有多于62％的一致性，例如多于70％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0119]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基c，钠离子特异性atpe_1的基因，其具有seq id no:25中所示的序列，或者与seq id no:25中所示的序列具有多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0120]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基aatpb_1的基因，其具有seq id no:27中所示的序列，或者与seq id no:27中所示的序列具有多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0121]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶ε链atpc_1的基因，其具有seq id no:29中所示的序列，或者与seq id no:29中所示的序列具有多于71％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0122]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基βatpd_1的基因，其具有seq id no:31中所示的序列，或者与seq id no:31中所示的序列具有多于84％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0123]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基βatpd_2的基因，其具有seq id no:33中所示的序列，或者与seq id no:33中所示的序列具有多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0124]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶γ链atpg_2的基因，其具有seq id no:35中所示的序列，或者与seq id no:35中所示的序列具有多于86％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0125]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基αatpa_2的基因，其具有seq id no:37中所示的序列，或者与seq id no:37中所示的序列具有多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0126]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基δatph的基因，其具有seq id no:39中所示的序列，或者与seq id no:39中所示的序列具有多于85％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0127]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基batpf_2的基因，其具有seq id no:41中所示的序列，或者与seq id no:41中所示的序列具
有多于87％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0128]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基b'atpg_3的基因，其具有seq id no:43中所示的序列，或者与seq id no:43中所示的序列具有多于81％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0129]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基catpe_2的基因，其具有seq id no:45中所示的序列，或者与seq id no:45中所示的序列具有多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0130]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶亚基aatpb_2的基因，其具有seq id no:47中所示的序列，或者与seq id no:47中所示的序列具有多于92％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0131]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码atp合酶蛋白i atpi的基因，其具有seq id no:49中所示的序列，或者与seq id no:49中所示的序列具有多于60％的一致性，例如多于70％的一致性，例如多于80％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0132]
seq id no:18：
[0133]
atp合酶γ链atpg_1的核苷酸序列
[0134]
gtgaccgagcgcctgtccgacgtcaacgcccgcatcgcctcggtgcggcagctctcatcggtcatcacggccatgcggggcattgcggcggcgcgggcgcgggaggcgcggggtcggctcgacggcatccgcgcctatgcgcagaccatcgccgaggccatcggccatgtgctcgccgtgctgcccgaggaggcccgcgcccggtcctccgggcaccggcatcggggccatgcggtcatcgccctgtgcgcggagcagggctttgccggcgtcttcaacgagcgggtgctggacgaggccgcccggctgctgaccggcggggcggggccggccgagctgctgctggtgggcgaccggggcctgatggtggcccgcgagcgggggctcgatgtctcctggtcggtgcccatggtggcccatgcgggccaggcctcggcgctggcggaccgcatcagcgaggagctctaccggcggatcgatgcgggacgggtgacgcgggtgtcggtggtgcacgccgagcccgccgcgtccgccgccatcgagacggtggtgaaagtgctggtgccgttcgacttcgcccgcttccccctggcgcgggtggcatccgccccgctcatgaccatgccgccgccgcggctgctggcccagctgtcggaggaatatgtgttcgccgagctgtgcgaggcgctcaccttgtccttcgcggcggagaacgaggcccgcatgcgggccatgatcgccgcccgcgccaatgtggccgataccctggagggcctcgtcggccgcgcccggcagatgcgccaggaggagatcaccaacgagatcatcgagctggaaggcggcgccggcagcgcccggcatgcggattga
[0135]
seq id no:19：
[0136]
atp合酶γ链atpg_1的氨基酸序列
[0137]
mterlsdvnariasvrqlssvitamrgiaaarareargrldgirayaqtiaeaighvlavlpeeararssghrhrghavialcaeqgfagvfnervldeaarlltggagpaelllvgdrglmvarergldvswsvpmvahagqasaladriseelyrridagrvtrvsvvhaepaasaaietvvkvlvpfdfarfplarvasaplmtmppprllaqlseeyvfaelcealtlsfaaenearmramiaaranvadtleglvgrarqmrqeeitneiieleggagsarhad
[0138]
seq id no:20：
[0139]
atp合酶亚基αatpa_1的核苷酸序列
[0140]
atgagcacgggcgcgcaagcgagcgaggattggctcacccggagccgggcggccctggccgggacgcgcctttcccagcaatcccaatcggtgggccgggtggaggagatggccgacggcatcgcccgcgtctccggcctgccggatgtgcggctcgacgagcttctcaccttcgagggcggccagaccggctatgccctcaccctcgatcgcaccgagatcgccgtggtgctgctggatgacgcctccggcgtggaggcgggcgcccgggtgttcggcaccggcgaggtggtgaaggtgccggtggggccggggctgctgggccgcatcgtcgaccccctcggccggcccatggaccgctccgagccggtggtggcgcaggcgcaccatcccatcgagcggccggcgccggccatcatcgcccgcgacctggtctcgcagccggttcagaccggcacgctggtggtggatgcgctgttctccctcggccggggccagcgcgagctcatcatcggcgaccgggctaccggcaagaccgccatcgcggtggacaccatcatcagccagaagcattcggacatcgtgtgcatctacgtggcggtgggccagcgcgccgccgccgtggagcgggtggtggaggcggtgcgcgcccacggggcgatcgagcgctgcatcttcgtggtcgcctcggccgccgcctcgccagggctgcaatggatcgcgccgttcgccggcatgaccatggcggaatatttccgcgacaacggccagcatgcgctcatcatcatcgatgatctcaccaagcatgcggccacccatcgcgagctggcgctgctcacccacgagccgccgggccgcgaggcctatcccggcgacatcttctatgtgcacgcccgccttctggagcgggccgccaagctctccgccgagctgggcggtggctcgctcacggccctgcccatcgcggagacggacgcgggaaacctctccgcctatatccccaccaacctcatctccatcaccgatgggcagatcgtgctggattcgcggctgttcgcggccaaccagcgcccggcggtggatgtgggcctctccgtgagccgggtgggcggcaaggcgcagcatcccgcgcttcgggccgtgtccgggcgcatccggctcgattattcccagttcctggagctggaaatgttcacccgcttcggcggcatcaccgatacccgcgtgaaggcgcagatcacccggggcgagcgcatccgcgcgctgctcacccagccgcgcttttccaccctgcgccttcaggacgaggtggcgctgctggccgcgctggcggagggggtgttcgacactttggccccggggctgatgggcgccgtgcgtgcccgcattccggcccagctggatgcgcaggtgaaggacgtggcctcggccctcgccgagggcaaggtgctggaggagggcttgcacgcccgtctcgtggcggccgtgcgggccgtcgcggcggacgtggccgcgaccgcgaaggccgggccgtga
[0141]
seq id no:21：
[0142]
atp合酶亚基αatpa_1的氨基酸序列
[0143]
mstgaqasedwltrsraalagtrlsqqsqsvgrveemadgiarvsglpdvrldelltfeggqtgyaltldrteiavvllddasgveagarvfgtgevvkvpvgpgllgrivdplgrpmdrsepvvaqahhpierpapaiiardlvsqpvqtgtlvvdalfslgrgqreliigdratgktaiavdtiisqkhsdivciyvavgqraaavervveavrahgaiercifvvasaaaspglqwiapfagmtmaeyfrdngqhaliiiddltkhaathrelalltheppgreaypgdifyvharlleraaklsaelgggsltalpiaetdagnlsayiptnlisitdgqivldsrlfaanqrpavdvglsvsrvggkaqhpalravsgrirldysqflelemftrfggitdtrvkaqitrgeriralltqprfstlrlqdevallaalaegvfdtlapglmgavraripaqldaqvkdvasalaegkvleeglharlvaavravaadvaatakagp
[0144]
seq id no:22：
[0145]
atp合酶亚基b atpf_1的核苷酸序列
[0146]
atgcagatcgactggtggacgctgggcctgcagacggtcaacgtcctcgttctcatctggctcctgagccgcttcctgttcaagccggtggcgcaggtcatcgcgcagcgccgtgccgagatcgagaagctggtggaggatgcgcgcgccgccaaggccgccgccgaggccgagcgggacacggcgaaggcggaggaggcgcgccttgccgccgagcgcggcgcccgcatggcggcggtcgccaaggaggcggaggcgcagaaggcggcattgctggccgccgccaagaccgaggccgaggccctgcacgcggccgcggaagcggccatcgtccgggcgcgggcgagcgaggaggaagccgccgccgaccgcgccagccgccttgccgtggacatcgccgccaagctgctggaccggctgcccgacgacgcccgggtcgcgggcttcatcgatg
gcctcgccgaggggcttgaagccctgcccgaggcgagccgggcggtgatcggcgtcgacggcgcgccagtgcgcgtgacggccgcgcgcgcccttatgccggcggaggaggaggcctgccgcacgcggctctcccaggcgctgggccgtccggtgacgctggccgtgaccatcgaccccgccctcatcgccggcctggagatggagacgccccacgcggtggtgcgcaattccttcaaggccgatctcgaccgcgtcaccgcggcgctcacccatcatgggacctga
[0147]
seq id no:23：
[0148]
atp合酶亚基b atpf_1的氨基酸序列
[0149]
mqidwwtlglqtvnvlvliwllsrflfkpvaqviaqrraeieklvedaraakaaaeaerdtakaeearlaaergarmaavakeaeaqkaallaaakteaealhaaaeaaivraraseeeaaadrasrlavdiaaklldrlpddarvagfidglaeglealpeasravigvdgapvrvtaaralmpaeeeacrtrlsqalgrpvtlavtidpaliaglemetphavvrnsfkadldrvtaalthhgt
[0150]
seq id no:24：
[0151]
atp合酶亚基c，钠离子特异性atpe_1的核苷酸序列
[0152]
atgactgtcgagatggtcagcatcttcgcggcggcgctcgccgtctccttcggcgccatcgggccggccctgggcgagggccgggcggtggccgcggccatggacgccatcgcccgccagccggaggcggccggaaccttgtcgcgcacgctcttcgtcggcctcgccatgatcgagaccatggcgatctactgcctggtgatcgcgctcctggtgctcttcgccaatccgttcgtgaagtga
[0153]
seq id no:25：
[0154]
atp合酶亚基c，钠离子特异性atpe_1的氨基酸序列
[0155]
mtvemvsifaaalavsfgaigpalgegravaaamdaiarqpeaagtlsrtlfvglamietmaiyclviallvlfanpfvk
[0156]
seq id no:26：
[0157]
atp合酶亚基a atpb_1的核苷酸序列
[0158]
atgggctcgccgctgatcctcgaacccctgttccatatcgggcccgtgcccatcaccgcgccggtggtggtcacctggctcatcatggccgccttcattgggctggcgcggctcatcacccggaagctttccaccgatcccacccggacccaggcggcggtggaaacggtgctgaccgccatcgattcccagatcgccgacaccatgcaggccgatcccgcgccttatcgcgcgctcatcggcaccatcttcctttatgtgctggtggccaactggtcctcgctcatcccgggcatcgagccgcccacggcgcatatcgagaccgatgcggcgctcgctttcatcgtgttcgccgccaccatcgggttcgggttgaagacaaggggtgtgaagggctatctcgccaccttcgccgaaccctcctgggtgatgatcccgctcaatgtggtggagcagatcacccggaccttctcgctcatcgtgcgcctgttcggcaacatcatgagcggggtgttcgtggtcggcatcatcctgtccctcgccgggctgctggtgcccatccccctcatggcgctcgatctcctgaccggcgccgtgcaggcctacatcttcgcggtgctggcctgcgtgttcatcggcgcggccattggcgaggcgccggcaaagccccaatcgaaggagccagggaaaacatcatga
[0159]
seq id no:27：
[0160]
atp合酶亚基a atpb_1的氨基酸序列
[0161]
mgsplileplfhigpvpitapvvvtwlimaafiglarlitrklstdptrtqaavetvltaidsqiadtmqadpapyraligtiflyvlvanwsslipgiepptahietdaalafivfaatigfglktrgvkgylatfaepswvmiplnvveqitrtfslivrlfgnimsgvfvvgiilslagllvpiplmaldlltgavqayifavlacvfigaaigeapakpqskepgkts
[0162]
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[0163]
atp合酶ε链atpc_1的核苷酸序列
[0164]
gtgagcgcgccgctgcacctcaccatcaccacgccggccgccgttctggtggaccgtgccgacatcgtggccctgcgtgccgaggacgagagcggcagcttcggcatcctgcccggccatgcggatttcctgaccgttctggaggcctgcgtggtgcgcttcaaggatggggccgacggcgtgcattattgtgctctcagtggtggcgtgctgtcggtcgaggagggccggcgcatcgccatcgcctgccgtcagggcacggtgagcgacgacctggtcgccctggaaggggcggtggacgccatgcgttcggcggagagcgatgccgacaagcgggcccgggtggagcagatgcgccttcatgcccacgccgtgcgccagctcctgcactatctgcggcccggccgggccggcggcgtggcgccggccgccgcgccggaggaggggccgtcatga
[0165]
seq id no:29：
[0166]
atp合酶ε链atpc_1的氨基酸序列
[0167]
msaplhltittpaavlvdradivalraedesgsfgilpghadfltvleacvvrfkdgadgvhycalsggvlsveegrriaiacrqgtvsddlvalegavdamrsaesdadkrarveqmrlhahavrqllhylrpgraggvapaaapeegps
[0168]
seq id no:30：
[0169]
atp合酶亚基βatpd_1的核苷酸序列
[0170]
atggcagcggcagatgaggaggcgcaatcggccgccggccccgcctcgggccgggtggtggccgtgcgcggcgcggtgatcgacatcgcctttgcccagcctccgctgccgccgctggacgacgcccttctcatcaccgacggccggggcggcacggtgctggtggaggtgcagagccatatggatcggcacacggtgcgcgccatcgcccttcaggccaccaccggcctcagccgggggctggaggcggcgcgggtgggcgggccggtgaaggtgccggtgggagaccatgtgctcggccgcctcctggatgtcaccggcgccatcggcgacaagggcgggccgctgccggccgacgtgcccacgcggccgatccaccacgcgccgccatccttcgccgcgcagggcggcacgtccgatctgtttcgcaccggcatcaaggtcatcgacctcctggcgcccctcgcccagggcggcaaggcggccatgttcggcggggccggcgtgggcaagaccgtgctggtgatggagctgatccacgccatggtggcgagctacaagggcatctcggtgtttgccggcgtgggggagcgctcccgcgagggccacgagatgctgctggacatgaccgattccggcgtgctcgaccgcaccgttctggtctatggccagatgaacgagccccccggggcccgctggcgggtgcccatgacggcgctgaccatcgccgaatatttccgcgacgagaagcaccagaacgtcctgctgctgatggacaacatcttccgcttcgtccaggcgggggcggaggtctccggccttttgggccgtccgccctcccgggtgggataccagccgacgctggcgagcgaggtggcggcgctccaggaacgcatcacctccgtgggcgaggcctcggtgaccgccatcgaggcggtctacgtgccggcggatgacttcaccgatcccgccgtgaccaccatcgccgcccacgtggattccatggtggtgctctcccgcgccatggcggcggagggcatgtatccggcggtggaccccatctcctcctcgtcggtgctgctcgacccgctcatcgtgggggacgagcatgcgcgcgtcgccaacgaggtgcgccggaccatcgagcattatcgcgagcttcaggatgtgatctcgctgctgggcatggaggaattgggcaccgaggatcgccgcatcgtggagcgggcgcgccggctccagcgcttcctcacccagcccttcacggtcaccgaggccttcaccggcgtgcccggccgctcggtggccatcgccgacaccatcgccggctgcaggatgatcctgtccggcgcctgcgacgactggcaggaaagcgccctctacatggtgggcaccatcgacgaggcccgccagaaggaggaggccgctcgcgccaaggcggggcagggcgccccggccgggacggcagccgagacggcggaggccgccccgtga
[0171]
seq id no:31：
[0172]
atp合酶亚基βatpd_1的氨基酸序列
[0173]
maaadeeaqsaagpasgrvvavrgavidiafaqpplpplddallitdgrggtvlvevqshmdrhtvraialqattglsrgleaarvggpvkvpvgdhvlgrlldvtgaigdkggplpadvptrpihhappsfaaqggtsdlfrtgi
kvidllaplaqggkaamfggagvgktvlvmelihamvasykgisvfagvgersreghemlldmtdsgvldrtvlvygqmneppgarwrvpmtaltiaeyfrdekhqnvlllmdnifrfvqagaevsgllgrppsrvgyqptlasevaalqeritsvgeasvtaieavyvpaddftdpavttiaahvdsmvvlsramaaegmypavdpissssvlldplivgdeharvanevrrtiehyrelqdvisllgmeelgtedrriverarrlqrfltqpftvteaftgvpgrsvaiadtiagcrmilsgacddwqesalymvgtidearqkeeaarakagqgapagtaaetaeaap
[0174]
seq id no:32：
[0175]
atp合酶亚基βatpd_2的核苷酸序列
[0176]
atggcgaacaaggtcggacgcatcacccagatcatcggcgccgtcgtcgacgtgcagttcgacgggcatctgccggcgattctcaacgcgatcgagaccaccaaccagggcaaccggctggtgctcgaagtggctcagcatctcggcgagaacaccgtgcgctgcatcgccatggatgccactgaaggcctggtgcgtggccaggaggtggccgacaccgatgcgcccatccaggtgcccgtgggcgccgccaccctcggccgcatcatgaacgtgatcggcgagccggtggacgagctgggccccatcgagggcgaagcgctgcgcggcatccatcagccggccccctcctatgcggagcaggccacggaagctgagatcctcgtcaccggcatcaaggtggtggatctgctggcgccctattccaagggcggcaaggtgggcctgttcggcggcgccggcgtgggcaagaccgtgctcatcatggagctgatcaacaacgtggccaaggcgcacggcggctattccgtgttcgccggcgtgggtgagcgcacccgcgagggcaacgacctctaccacgagatgatcgagtccaacgtgaacaaggacccgcacgagaacaatggctcggcggccggttccaagtgcgccctggtctatggccagatgaacgagccgcccggcgcccgcgcccgcgtggccctcaccggcctcaccgtcgccgagcatttccgcgaccagggccaggacgtgctgttcttcgtggacaacatcttccgcttcacccaggcgggctccgaggtgtcggcgcttctcggccgcatcccctcggcggtgggctaccagccgacgctggccaccgacatgggccagctgcaggagcgcatcaccaccaccaccaagggctccatcacctcggtgcaggccatctacgtgccggcggacgatctgaccgatccggcgccggccgcctccttcgcccatctggacgccaccacggtgctgtcgcgctccatcgcggagaagggcatctacccggcggtggatccgctggactccacctcgcgcatgctgtctcccgccatcctcggcgacgagcactacaacaccgcgcgccaggtgcagcagaccctgcagcgctacaaggcgctccaggacatcatcgccatcctgggcatggacgaactctccgaagaggacaagctcaccgtggcccgcgcccgcaagatcgagcgcttcctctcccagcccttccacgtggccgaggtgttcaccggttcgcccggcaagctggtcgacctcgccgacaccatcaagggcttcaagggcctggtggacggcaagtacgactacctgcccgagcaggccttctacatggtgggcaccatcgaagaagccatcgagaagggcaagaagctggcggccgaggcggcctga
[0177]
seq id no:33：
[0178]
atp合酶亚基βatpd_2的氨基酸序列
[0179]
mankvgritqiigavvdvqfdghlpailnaiettnqgnrlvlevaqhlgentvrciamdateglvrgqevadtdapiqvpvgaatlgrimnvigepvdelgpiegealrgihqpapsyaeqateaeilvtgikvvdllapyskggkvglfggagvgktvlimelinnvakahggysvfagvgertregndlyhemiesnvnkdphenngsaagskcalvygqmneppgararvaltgltvaehfrdqgqdvlffvdnifrftqagsevsallgripsavgyqptlatdmgqlqerittttkgsitsvqaiyvpaddltdpapaasfahldattvlsrsiaekgiypavdpldstsrmlspailgdehyntarqvqqtlqrykalqdiiailgmdelseedkltvararkierflsqpfhvaevftgspgklvdladtikgfkglvdgkydylpeqafymvgtieeaiekgkklaaeaa
[0180]
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[0181]
atp合酶γ链atpg_2的核苷酸序列
[0182]
atggcgagtctgaaggacctgagaaaccgcattgcctcggtgaaggcgacgcagaagatcaccaaggcgatgcagatggtcgccgcggcgaagctgcgtcgcgcccaggcggcggctgaagcggcccgtccctatgcggaacgcat
ggagacggtgctcggaaatcttgcctccggcatggtggtgggcgcgcaggcgcctgttctcatgaccgggacgggcaagagcgacacccacctgctgctggtgtgcaccggcgagcgcggcctgtgcggcgccttcaactcgtccatcgtgcgcttcgcccgcgagcgggcgcagctgctgctggccgagggcaagaaggtgaaaatcctgtgcgtgggccgcaagggccacgagcagctgcgccgcatctacccggacaacatcatcgacgtggtggacctgcgcgcggtgcgcaacatcggcttcaaggaggccgacgccatcgcccgcaaggtgctggccctgctcgatgaaggcgcattcgacgtctgcacgctcttctactcccacttcaggagcgtgatcgcccaggtgccgacggcccagcagctcattccggccaccttcgacgagcggccggccgtcgccgatgcgccggtctatgaatatgagccggaggaggaggagatcctcgccgagctgctgccgcgcaacgtggcggtgcagatcttcaaggccctcctcgagaaccaggcttctttctatggctcccagatgagcgccatggacaacgccacgcgcaatgcgggcgagatgatcaagaagcagacgctcacctacaaccgtacccgccaggccatgatcacgaaggaactcatcgagatcatctccggcgccgaggccgtctga
[0183]
seq id no:35：
[0184]
atp合酶γ链atpg_2的氨基酸序列
[0185]
maslkdlrnriasvkatqkitkamqmvaaaklrraqaaaeaarpyaermetvlgnlasgmvvgaqapvlmtgtgksdthlllvctgerglcgafnssivrfareraqlllaegkkvkilcvgrkgheqlrriypdniidvvdlravrnigfkeadaiarkvlalldegafdvctlfyshfrsviaqvptaqqlipatfderpavadapvyeyepeeeeilaellprnvavqifkallenqasfygsqmsamdnatrnagemikkqtltynrtrqamitkelieiisgaeav
[0186]
seq id no:36：
[0187]
atp合酶亚基αatpa_2的核苷酸序列
[0188]
atggacattcgagccgctgaaatctctgccatcctgaaagagcagatccagaatttcggccaggaggcggaagtctccgaggtgggtcaggttctgtccgtgggtgacggcatcgcgcgcgtctacggcctcgacaacgtccaggcgggcgagatggtcgagttcgagaacggcacgcgcggcatggcgctgaacctcgagctcgacaatgtcggcatcgtgatcttcggttccgaccgcgagatcaaggaaggccagaccgtcaagcggaccggcgccatcgtggacgcccccgtcggcaagggcctgctcggccgcgtcgtggacgctctcggcaacccgatcgacggcaagggcccgatcatgttcaccgagcgtcgccgggtcgacgtgaaggcgccgggcatcatcccgcgcaagtcggtgcacgagcccatgcagaccggcctgaaggccatcgatgcgctcatccccatcggccgcggccagcgcgagctcatcatcggcgaccgccagaccggcaagaccgccgtggcgctcgactcgatcctgaaccagaagcccatcaaccagggcgacgacgagaaggccaagctctactgcgtctatgtcgcggtgggccagaagcgttccactgtcgcgcagttcgtgaaggtgctcgaggagcacggcgcgctggaatattccatcgtcgtcgccgccaccgcctcggacgcggcccccatgcagttcctggcgccgttcaccggcaccgccatgggcgagtatttccgcgacaacggcatgcacgccctcatcatccatgatgacctgtccaagcaggccgtggcctaccgccagatgtcgctgctgctgcgccgcccgccgggccgcgaggcctatcccggcgatgtgttctacctgcactcccgcctcttggagcgcgccgccaagctcaatgacgagcacggcgccggctcgctgaccgccctgccggtgatcgagacccaggccaacgacgtgtcggcctacatcccgaccaacgtgatctccatcaccgacggtcagatcttccttgaatccgatctgttctaccagggcatccgcccggcggtgaacgtgggcctgtcggtgtcgcgcgtgggctcttcggcccagatcaaggcgatgaagcaggtggccggcaagatcaagggcgagctcgcccagtatcgcgagctggcggccttcgcccagttcggttcggacctggacgcggccacccagaagctgctgaaccgcggcgcccgcctcaccgagctgctgaagcagagccagttctcgcccctcaaggtggaggagcaggtggcggtgatctatgccggcaccaatggctatctcgatccgctgccggtctccaaggtgcgcgagttcgagcagggtctgctcctgtcgctgcgctcgcagcatccggagatcctggacgccatccgcacgtccaaggagctttccaaggacaccgccgagaagctgacgaaggccatcgacgccttcgccaagagcttctcctga
[0189]
seq id no:37：
[0190]
atp合酶亚基αatpa_2的氨基酸序列
[0191]
mdiraaeisailkeqiqnfgqeaevsevgqvlsvgdgiarvygldnvqagemvefengtrgmalnleldnvgivifgsdreikegqtvkrtgaivdapvgkgllgrvvdalgnpidgkgpimfterrrvdvkapgiiprksvhepmqtglkaidalipigrgqreliigdrqtgktavaldsilnqkpinqgddekaklycvyvavgqkrstvaqfvkvleehgaleysivvaatasdaapmqflapftgtamgeyfrdngmhaliihddlskqavayrqmslllrrppgreaypgdvfylhsrlleraaklndehgagsltalpvietqandvsayiptnvisitdgqiflesdlfyqgirpavnvglsvsrvgssaqikamkqvagkikgelaqyrelaafaqfgsdldaatqkllnrgarltellkqsqfsplkveeqvaviyagtngyldplpvskvrefeqglllslrsqhpeildairtskelskdtaekltkaidafaksfs
[0192]
seq id no:38：
[0193]
atp合酶亚基δatph的核苷酸序列
[0194]
gtggcggaaacgatcgtgtcaggcatggcgggacgctatgcgaccgcgctgttcgagctggcggacgaagccggtgccatcgattccgtccaggcggatcttgatcgcctgtccggccttctggccgagagcgcggatctggcgcggctggtcaagagcccggtcttcaccgccgagcagcagctcggcgcgatggcggccattctcgatcaagcaggcatttccggccttgcgggcaaattcgtgaagctggtggcgcagaaccgccgcctgttcgcactgccgcgcatgattgccgaatacgccgtcctggtggcccggaagaagggcgagacctcggcgagcgtgaccgttgccacccccctgagcgatgagcatctggccacgctcaaggcggccctggctgaaaagaccggcaaggacgtgaagctcgacgtcaccgtcgatccgtccatcctcggtggtctcatcgtgaagctcggctcgcgcatggtcgatgcttccctgaagaccaaactcaattctatccggcatgcgatgaaagaggtccgctga
[0195]
seq id no:39：
[0196]
atp合酶亚基δatph的氨基酸序列
[0197]
maetivsgmagryatalfeladeagaidsvqadldrlsgllaesadlarlvkspvftaeqqlgamaaildqagisglagkfvklvaqnrrlfalprmiaeyavlvarkkgetsasvtvatplsdehlatlkaalaektgkdvkldvtvdpsilgglivklgsrmvdaslktklnsirhamkevr
[0198]
seq id no:40：
[0199]
atp合酶亚基b atpf_2的核苷酸序列
[0200]
atgaccgaaatggaactggctgagctctgggtcgccatcgccttcctggttttcgtaggcctcctgatctatgcgggcgcccaccgcgccatcgtctccgccctggattcccgcggctcgcgcatcgcctcggaactggaggaggcccgtcggctcaaggaagaggcccagaagctggtggccgaattcaagcgcaagcagcgcgaggccgaggccgaggccgaatccatcgtcaccggcgccaaggccgaggccgagcgcctcgccgccgaggccaaggcgaagatcgaggatttcgtcacccgccgcaccaagatggccgaggacaagatcgcccaggccgagcatcaggctctggcggacgtgaagtccatcgccgccgaggcggcggccaaggcggccgaggtgatcctcggcgcccaggccaccggcgcggtggcggagcgtctgctgtcgggcgccatctccgaggtcaagaccaagctcaactga
[0201]
seq id no:41：
[0202]
atp合酶亚基b atpf_2的氨基酸序列
[0203]
mtemelaelwvaiaflvfvglliyagahraivsaldsrgsriaseleearrlkeeaqklvaefkrkqreaeaeaesivtgakaeaerlaaeakakiedfvtrrtkmaedkiaqaehqaladvksiaaeaaakaaevilgaqatgavaerllsgaisevktkln
[0204]
seq id no:42：
[0205]
atp合酶亚基b'atpg_3的核苷酸序列
[0206]
atgatgattgcatggaagcggaccttcgcagtcgtgaccttcggggccgccctgatggccatgcccgtcgcgggcgtggtcgcagctgagacttctcccgctccggcggcagtggcgcaggccgatcatgcggtgcccaccgaggcggccggccagggcaccgccgatgcggcccatgccgccgcgccgggcgaggccgcccatggtggcgcggccaagcacgaaacccatttcccgcccttcgacggcaccaccttcgcctcccagttgctgtggctcgccgtcaccttcggcctgctttactacctcatgagcaaggtcacgctgccgcgcatcggccgcatcctggaagagcgccacgaccgcatcgccgatgatctggaggaagcctccaagcatcgcgccgagagcgaggccgcccagcgggcctatgagaaggcgctgagcgaggcccgcgcgaaggcccattccatcgccgcggaaacccgcgaccgccttgccgcccacgccgacaccaaccgcaaggcgctggagagcgagctcaccgccaagctgcaggcggccgaggagcgcatcgccaccaccaagagcgaagccctcacccatgtgcgcggcatcgcggtggacgccacccaatccatcgtctccaccctcatcggtgtcgcgcccgcggcggccgacgtggaaaaagcggtggacggcgccctgtcccagcacggccaggcctga
[0207]
seq id no:43：
[0208]
atp合酶亚基b'atpg_3的氨基酸序列
[0209]
mmiawkrtfavvtfgaalmampvagvvaaetspapaavaqadhavpteaagqgtadaahaaapgeaahggaakhethfppfdgttfasqllwlavtfgllyylmskvtlprigrileerhdriaddleeaskhraeseaaqrayekalsearakahsiaaetrdrlaahadtnrkaleseltaklqaaeeriattksealthvrgiavdatqsivstligvapaaadvekavdgalsqhgqa
[0210]
seq id no:44：
[0211]
atp合酶亚基c atpe_2的核苷酸序列
[0212]
atggaagcggaagctggaaagttcatcggtgccggcctcgcctgcctcggcatgggtctcgctggcgtcggcgtcggtaacatcttcggtaacttcctctccggcgccctgcgcaacccgtccgctgccgacggccagttcgcccgcgccttcatcggcgccgccctcgcggaaggtctcggcatcttctcgctggtcgttgcgctcgtcctgctgttcgtggcctga
[0213]
seq id no:45：
[0214]
atp合酶亚基c atpe_2的氨基酸序列
[0215]
meaeagkfigaglaclgmglagvgvgnifgnflsgalrnpsaadgqfarafigaalaeglgifslvvalvllfva
[0216]
seq id no:46：
[0217]
atp合酶亚基a atpb_2的核苷酸序列
[0218]
atgaccgtcgatccgatccaccagttcgagatcaagcgctacgtggatctgctgaacgtcggcggtgtccagttctccttcaccaacgcaacggtgttcatgattggcatcgtcctggtgattttcttcttcctgactttcgcgacacgcggtcgcacccttgtgccgggccggatgcagtcggcggcggagctgagctacgagttcatcgccaagatggtgcgcgacgcggccggcagcgagggaatggtgttctttcccttcgtcttctcgctcttcatgttcgtgctggtggcgaacgtattggggctcatcccctacaccttcacggtgaccgcccacctcatcgtcaccgccgccctggcggcgacggtgatcctcaccgtcatcatctacggcttcgtgcggcacggcacccacttcctgcacctgttcgtgccgtcgggcgtgccgggcttcctcctgcccttcctcgtggtgatcgaggtggtgtcgttcctgtcgcggcccatcagcctctcgctgcgtctgttcgccaacatgctggcgggccacatcgccctcaaggtgttcgccttcttcgtcgtgggactggcctcggccggcgcgatcggctggttcggcgccaccctgcccttcttcatgatcgtggcgctcaccgcgctggagctgctggtggcggtgctgcaggcctacgtgttcgcggtgctgacctcgatctacctcaacgacgccatccatcccggccactga
[0219]
seq id no:47：
[0220]
atp合酶亚基a atpb_2的氨基酸序列
[0221]
mtvdpihqfeikryvdllnvggvqfsftnatvfmigivlvifffltfatrgrtlvpgrmqsaaelsyefiakmvrdaagsegmvffpfvfslfmfvlvanvlglipytftvtahlivtaalaatviltviiygfvrhgthflhlfvpsgvpgfllpflvvievvsflsrpislslrlfanmlaghialkvfaffvvglasagaigwfgatlpffmivaltalellvavlqayvfavltsiylndaihpgh
[0222]
seq id no:48：
[0223]
atp合酶蛋白i atpi的核苷酸序列
[0224]
atgtccgagccgaatgatccatcccgcagggacggtgcgaaggcgaaagacgagacgcaggactcccggcccggtgaggcggatcttgctcggcgcctcgatgcgctcggcacctccatcggtcaggtcaagtccagaagcggggagcccgcggcgacgccgcgcaaggacacctcctcggcctccggcgcggccctggcgtttcggctgggcgccgagtttgtttcaggcgtgctggtgggctcgctcatcggctacgggttggattatgcgtttgcgatttcgccctgggggctgatcgccttcacgctgatcggctttgccgccggcgtcctgaacatgctgcgcgtggcgaacagcgatgccaagcgccacagcgcggacaggtga
[0225]
seq id no:49：
[0226]
atp合酶蛋白i atpi的氨基酸序列
[0227]
msepndpsrrdgakakdetqdsrpgeadlarrldalgtsigqvksrsgepaatprkdtssasgaalafrlgaefvsgvlvgsligygldyafaispwgliaftligfaagvlnmlrvansdakrhsadr
[0228]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码固氮酶钼铁蛋白α链nifd_1的基因，其具有seq id no:51中所示的序列，或者与seq id no:51中所示的序列具有多于60％的一致性，例如多于70％的一致性，例如多于92％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0229]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码固氮酶钼铁蛋白α链nifd_2的基因，其具有seq id no:53中所示的序列，或者与seq id no:53中所示的序列具有多于60％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0230]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码固氮酶钼铁蛋白β链nifk_1的基因，其具有seq id no:55中所示的序列，或者与seq id no:55中所示的序列具有多于87％的一致性，例如多于90％的一致性，例如多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0231]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码固氮酶钼铁蛋白β链nifk_2的基因，其具有seq id no:57中所示的序列，或者与seq id no:57中所示的序列具有多于95％的一致性，例如多于96％的一致性，例如多于97％的一致性，例如多于98％，例如多于99％的序列一致性的序列。
[0232]
在另一个实施方式中，在本发明的方法中使用的细菌菌株包含编码固氮酶铁蛋白nifh的基因，其具有seq id no:59中所示的序列，或者与seq id no:59中所示的序列具有多于98.5％的序列一致性的序列。
[0233]
seq id no:50：
[0234]
固氮酶钼铁蛋白α链nifd_1的核苷酸序列
[0235]
atgagttcgctctccgccactattcaacaggtcttcaacgagccgggctgcgcgaagaaccagaataag
tccgaggcggagaagaagaagggctgcaccaagcagctgcaacccggcggagcggccggcggctgcgcgttcgacggcgcgaagatcgcgctccagcccttgaccgacgtcgcccacctggtgcacggccccatcgcctgcgaaggcaattcctgggacaatcgtggcgccaagtcctccggctcgaacatctggcgcaccggcttcaccacggacatcaacgaaaccgacgtggtgttcggcggcgagaagcgtctgttcaagtccatcaaggaaatcatcgagaagtacgacccgccggccgtcttcgtctatcagacctgcgtccccgccatgatcggcgacgacatcgacgcggtgtgcaaggcggccagggagaagttcggaaagccggtgatcccgatcaattcccccggcttcgtggggccgaagaatctcggcaacaagctcgccggcgaggcgctcctcgaccatgtgatcggcaccgaggagcccgattacacgacggcctacgacatcaacatcatcggcgaatacaatctctccggcgagttgtggcaggtgaagccgctgctggacgagctgggcatccgcatcctcgcctgcatctccggcgacgggaagtacaaggatgtggcgtcctcccaccgcgccaaggcggcgatgatggtgtgctccaaggccatgatcaacgtggcccgcaagatggaggagcgctacgacatccccttcttcgaaggctccttctacggcatcgaggatagctccgattccctgcgcgagattgcgcgcatgctcatcgagaagggcgccgatccggagctgatggaccgcaccgaggcgctgattgagcgggaagagaagaaggcgtgggacgccatcgccgcctacaagccccgcttcaaggacaagaaggtgctgctcatcaccggcggcgtgaaatcctggtcggtggtggcagcgctccaggaagccggcctcgaactggtgggcacctcggtgaagaagtccaccaaggaggacaaggagcgcatcaaggaactgatgggccaggacgcccacatgatcgacgacatgacgccccgcgaaatgtacaagatgctgaaggacgccaaggcggacatcatgctctcgggcgggcgctcgcaattcatcgcgctcaaggccgccatgccctggctcgacatcaaccaggagcgccaccacgcctatatgggctatgtgggcatggtgaagctggtcgaggagatcgacaaggcgctctacaatcccgtgtgggaacaggtgcgcaagcccgccccgtgggaaaatccggaagacacctggcaggcccgtgcgctcgccgaaatggaggcggaggccgccgcgctcgccgccgatccggtgcgcgcggaagaggtgcgccggtccaagaagatctgcaattgcaagagcgtcgacctcggaaccattgaggacgccatcaaggctcacgcgctgaccaccgtggagggtgtgcgagagcacaccaatgcctcgggaggctgcggagcctgcagcgggcggatcgaggagatcttcgaggccgtgggcgttgtcgccgccccgcctcccgcggaggccgccccgtctccgcaggagatcgcgcccgatccgctcgctgcggaggaaaagcgccgcgccaagaaggcctgcggctgcaaggaggtagcggtcggcaccattgaggatgccatccgcgccaagggtctgcgaaacatcgcggaggtgcgtgcggccaccgatgccaacaccggctgcggcaattgccaggagcgggtggagggcatcctcgaccgggttctcgccgaggcggcctcagaactccaggcggcggaatag
[0236]
seq id no:51：
[0237]
固氮酶钼铁蛋白α链nifd_1的氨基酸序列
[0238]
msslsatiqqvfnepgcaknqnkseaekkkgctkqlqpggaaggcafdgakialqpltdvahlvhgpiacegnswdnrgakssgsniwrtgfttdinetdvvfggekrlfksikeiiekydppavfvyqtcvpamigddidavckaarekfgkpvipinspgfvgpknlgnklagealldhvigteepdyttaydiniigeynlsgelwqvkplldelgirilacisgdgkykdvasshrakaammvcskaminvarkmeerydipffegsfygiedssdslreiarmliekgadpelmdrtealiereekkawdaiaaykprfkdkkvllitggvkswsvvaalqeaglelvgtsvkkstkedkerikelmgqdahmiddmtpremykmlkdakadimlsggrsqfialkaampwldinqerhhaymgyvgmvklveeidkalynpvweqvrkpapwenpedtwqaralaemeaeaaalaadpvraeevrrskkicncksvdlgtiedaikahalttvegvrehtnasggcgacsgrieeifeavgvvaapppaeaapspqeiapdplaaeekrrakkacgckevavgtiedairakglrniaevraatdantgcgncqervegildrvlaeaaselqaae
[0239]
seq id no:52：
[0240]
固氮酶钼铁蛋白α链nifd_2的核苷酸序列
[0241]
atgagtgtcgcacagtcccagagcgtcgccgagatcaaggcgcgcaacaaggaactcatcgaagaggtc
ctcaaggtctatcccgagaagaccgccaagcgccgcgccaagcacctgaacgtccacgaagccggcaagtccgactgcggcgtgaagtccaacatcaagtccatcccgggcgtgatgaccatccgcggttgcgcttatgccggctccaagggtgtggtgtggggtcccatcaaggacatgatccacatctcccacggcccggtgggctgcggccagtatagctgggccgcccgccgcaactactatatcggcacgaccggcatcgacaccttcgtgacgatgcagttcacctccgacttccaggagaaggacatcgtcttcggcggcgacaagaagctcgccaagatcatggacgagatccaggagctgttcccgctgaacaacggcatcaccgttcagtccgagtgccccatcggcctcatcggcgacgacatcgaggccgtctccaagcagaagtccaaggagtatgagggcaagaccatcgtgccggtgcgctgcgagggcttccgcggcgtgtcccagtccctgggccaccacatcgccaacgacgccatccgcgattgggtgttcgacaagatcgcgcccgacgccgagccgcgctttgagccgaccccgtacgacgtcgccatcatcggcgactacaatatcggtggtgacgcctggtcgtcccgtatcctcctggaggagatgggcctgcgcgtgatcgcccagtggtccggcgacggttcgctcgctgagctggaggccaccccgaaggccaagctcaacgtgctgcactgctaccgctccatgaactacatctcgcgccacatggaagagaagtacggtatcccgtggtgcgagtacaacttcttcggtccttccaagatcgccgagtccctgcgcaagatcgccagctacttcgacgacaagatcaaggaaggcgcggagcgcgtcatcgccaagtatcagccgctcatggatgcggtgatcgcgaagtatcgtccccgcctcgagggcaagaccgtgatgctgtacgtgggcggcctgcgtccccgtcacgtcatcggcgcctacgaggacctgggcatggaagtggtcggcacgggctacgagttcgcccataacgacgactaccagcgcaccgcccagcactacgtcaaggatggcaccatcatctatgacgacgtgaccggctacgagttcgagaagttcgtcgagaagatccagccggacctggtcggttcgggcatcaaggaaaagtacgtcttccagaagatgggcgtgccgttccgccagatgcactcctgggactactcgggcccgtaccacggctatgacggcttcgcgatcttcgcgcgcgacatggacatggccatcaacagccccgtgtggaagatgacccaggctccgtggaagagcgtccccaagccgacgatgctcgcggctgaatga
[0242]
seq id no:53：
[0243]
固氮酶钼铁蛋白α链nifd_2的氨基酸序列
[0244]
msvaqsqsvaeikarnkelieevlkvypektakrrakhlnvheagksdcgvksniksipgvmtirgcayagskgvvwgpikdmihishgpvgcgqyswaarrnyyigttgidtfvtmqftsdfqekdivfggdkklakimdeiqelfplnngitvqsecpigligddieavskqkskeyegktivpvrcegfrgvsqslghhiandairdwvfdkiapdaeprfeptpydvaiigdyniggdawssrilleemglrviaqwsgdgslaeleatpkaklnvlhcyrsmnyisrhmeekygipwceynffgpskiaeslrkiasyfddkikegaerviakyqplmdaviakyrprlegktvmlyvgglrprhvigayedlgmevvgtgyefahnddyqrtaqhyvkdgtiiyddvtgyefekfvekiqpdlvgsgikekyvfqkmgvpfrqmhswdysgpyhgydgfaifardmdmainspvwkmtqapwksvpkptmlaae
[0245]
seq id no:54：
[0246]
固氮酶钼铁蛋白β链nifk_1的核苷酸序列
[0247]
atggccaccgtttccgtctccaagaaggcctgcgcggtcaaccccctcaagatgagccagccggtgggcggcgcgctcgccttcatgggcgtgcgcaaggccatgccgctgctgcacggctcgcagggctgcacctccttcggcctggtgctgttcgtgcgccacttcaaggaagccatccccatgcagaccaccgccatgagcgaggtggcgacggttctgggcggccttgagaatgtggagcaggccattctcaacatctacaatcgcaccaagccggagatcatcggcatctgctccaccggcgtcaccgagaccaagggcgatgatgtcgacggctacatcaagctgatccgggacaagtatccccagctggccgacttcccgctggtctatgtctccacccccgatttcaaggacgccttccaggacggttgggagaagaccgtggcgaagatggtggaggcgctggtgaagcccgccgccgacaagcagaaggacaagacccgcgtcaacgtcctgcccggctgccacctcacgcccggcgatctggatgagatgcggaccatcttcgaggatttcgggctcacaccctatttcctgccggatctggccggctcgctggatgggcatatccccgaggacttctcgcccaccaccatcggcggcatcggcatcgatgaga
tcgccaccatgggcgaggcggcccacaccatctgcatcggcgcgcagatgcgccgggcgggcgaggccatggagaagaagaccggcattcccttcaagctgttcgagcgcctgtgcggcctggaggcgaacgacgccttcatcatgcacctgtcgcagatctccggccggccggtgccggtgaagtatcgccggcagcggggccagctggtggatgccatgctggacggccacttccatctgggcggtcgcaaggtggccatgggggcggagccggacctgctctacgacgtgggctccttcctgcacgagatgggcgcccacatcctttccgcggtcaccaccacccagtcgccggtgctggcgcgcctgcctgccgaggaggtgcttatcggcgacctggaggatctggagacccaggcgaaggcgcgcggatgcgatctcctgctcacccattcccatgggcgccaggcggcggagcgcctccacatccccttctaccggatcggcattcccatgtttgaccggctgggggcggggcatctgttgtcggtgggctatcgcggcacccgcgacctcatcttccatctcgccaaccttgtgatcgccgaccacgaggaaaatcacgagccgacgcccgacacctgggccaccggccatggcgagcatgccgccgcccccacttcccattga
[0248]
seq id no:55：
[0249]
固氮酶钼铁蛋白β链nifk_1的氨基酸序列
[0250]
matvsvskkacavnplkmsqpvggalafmgvrkampllhgsqgctsfglvlfvrhfkeaipmqttamsevatvlgglenveqailniynrtkpeiigicstgvtetkgddvdgyiklirdkypqladfplvyvstpdfkdafqdgwektvakmvealvkpaadkqkdktrvnvlpgchltpgdldemrtifedfgltpyflpdlagsldghipedfspttiggigideiatmgeaahticigaqmrrageamekktgipfklferlcgleandafimhlsqisgrpvpvkyrrqrgqlvdamldghfhlggrkvamgaepdllydvgsflhemgahilsavtttqspvlarlpaeevligdledletqakargcdlllthshgrqaaerlhipfyrigipmfdrlgaghllsvgyrgtrdlifhlanlviadheenheptpdtwatghgehaaaptsh
[0251]
seq id no:56：
[0252]
固氮酶钼铁蛋白β链nifk_2的核苷酸序列
[0253]
atgccacaaaatgctgacaatgtgctcgatcacttcgagctcttccgtggtcccgaataccagcagatgctggccaataagaaaaagatgttcgagaacccccgcgatccggccgaagtcgagcgcgtgcgggaatgggcgaagactcctgaatacaaggagctgaacttcgcccgcgaggcgctcaccgtgaatccggccaaggcttgtcagccgctgggcgcggtgttcgtcgccgtcggcttcgagagcacgatccccttcgtgcacggctcgcagggttgcgtcgcgtattaccgctcgcacctctcccgccacttcaaggagccgtcctcctgcgtctcctcgtccatgaccgaggatgcggcggtgttcggcggcctcaacaacatgattgacggcctcgccaacacctacaacatgtacaagccgaagatgatcgccgtctccaccacctgcatggcggaagtcatcggcgacgatctgaacgccttcatcaagaccgcgaaggaaaagggctcggttccggccgaatacgacgtgcccttcgcccacaccccggcgttcgtcggcagccatgtcaccggctacgacaatgcgctcaagggcatcctcgagcacttctgggacggcaaggccggcaccgcgccgaagctggagcgcgttcccaacgagaagatcaacttcatcggcggcttcgacggctacaccgtcggcaacactcgcgaagtgaagcgcatcttcgaggcgttcggcgccgattacaccatcctcgccgacaattccgaagtgttcgacaccccgaccgacggcgagttccgcatgtatgacggcggcacgaccctggaggacgcggcgaacgcggtgcacgccaaggccaccatctccatgcaggaatactgcacggagaagaccctgcccatgatcgccggtcatggccaggacgtggtcgccctcaaccaccccgtgggcgtgggcggcaccgacaagttcctcatggagatcgcccgcctcaccggcaaggagatccccgaggagctgacccgcgagcgcggccgtctcgtggacgctatcgcggactcttccgcgcacatccacggcaagaagttcgccatctacggcgatccggatctgtgcctgggcctcgccgcgttcctgctggagctgggcgccgagccgacccatgtgctggccaccaacggcaccaagaagtgggccgagaaggttcaggaactgttcgactcttcgccgttcggcgccaactgcaaggtctatcccggcaaggacctgtggcacatgcgctcgctcctgttcgtggagccggtggatttcatcatcggcaacacctacggcaagtatctcgagcgcgacacgggcaccccgctgatccgtatcggcttcccggtgttcgaccgtcaccaccaccaccgccgtccggtgtggggctatcagggc
ggcatgaacgtcctgatcacgatcctcgacaagatctttgacgagatcgaccgcaacaccaacgtgccggccaagaccgactactcgttcgacatcattcgttga
[0254]
seq id no:57：
[0255]
固氮酶钼铁蛋白β链nifk_2的氨基酸序列
[0256]
mpqnadnvldhfelfrgpeyqqmlankkkmfenprdpaevervrewaktpeykelnfarealtvnpakacqplgavfvavgfestipfvhgsqgcvayyrshlsrhfkepsscvsssmtedaavfgglnnmidglantynmykpkmiavsttcmaevigddlnafiktakekgsvpaeydvpfahtpafvgshvtgydnalkgilehfwdgkagtapklervpnekinfiggfdgytvgntrevkrifeafgadytiladnsevfdtptdgefrmydggttledaanavhakatismqeyctektlpmiaghgqdvvalnhpvgvggtdkflmeiarltgkeipeeltrergrlvdaiadssahihgkkfaiygdpdlclglaafllelgaepthvlatngtkkwaekvqelfdsspfganckvypgkdlwhmrsllfvepvdfiigntygkylerdtgtplirigfpvfdrhhhhrrpvwgyqggmnvlitildkifdeidrntnvpaktdysfdiir
[0257]
seq id no:58：
[0258]
固氮酶铁蛋白nifh的核苷酸序列
[0259]
gtggagtccggtggtcctgagccgggcgtgggctgcgccggccgcggcgtgatcacctccatcaacttcctggaggagaacggcgcctacgaggacatcgactatgtgtcctacgacgtgctgggcgacgtggtgtgcggcggcttcgccatgcccatccgcgagaacaaggcgcaggaaatctacatcgtgatgtccggcgagatgatggccatgtatgcggccaacaacatctccaagggcatcctgaagtatgccaattccggcggcgtgcgcctgggcgggctggtctgcaacgagcgccagaccgacaaggagctggagctggcggaggctctggcgaagaagctcggcaccgagctgatctacttcgtgccgcgcgacaacatcgtgcagcatgccgagctgcgccgcatgacagtgatcgagtatgcgcccgattccgcccaggcccagcactaccggaacctggccgagaaggtgcacgccaacaagggcaacggcatcatcccgaccccgatcaccatggacgagctggaagacatgctcatggagcacggcatcatgaaggccgtggacgagagccagatcggcaagaccgccgccgagctcgccgtctga
[0260]
seq id no:59：
[0261]
固氮酶铁蛋白nifh的氨基酸序列
[0262]
mesggpepgvgcagrgvitsinfleengayedidyvsydvlgdvvcggfampirenkaqeiyivmsgemmamyaanniskgilkyansggvrlgglvcnerqtdkelelaealakklgteliyfvprdnivqhaelrrmtvieyapdsaqaqhyrnlaekvhankgngiiptpitmdeledmlmehgimkavdesqigktaaelav
[0263]
下游加工
[0264]
在一个实施方式中，本发明的方法包括收获在培养期间产生的生物质的进一步步骤。例如，生物质可以通过沉淀(基于重力的沉降)、过滤、离心或絮凝进行收获。絮凝可能需要絮凝剂的添加。离心可以例如使用连续流动离心机来进行。
[0265]
在一个实施方式中，收获的生物质随后进行干燥。干燥可以例如使用众所周知的方法来执行，所述方法包括离心、滚筒干燥、蒸发、冷冻干燥、加热、喷雾干燥、真空干燥和/或真空过滤。干燥的生物质随后可以用于产物例如食物或饲料产物或者饲料或食物成分中。
[0266]
在另一个实施方式中，使收获的生物质的细胞裂解。在一些实施方式中，裂解物可以分离成不溶性级分和可溶性级分，其中任一或两者随后可以进行浓缩或干燥，并且随后用于产物例如食物或饲料产物中。
[0267]
在一个实施方式中，收获生物质并从所述生物质中分离蛋白质，得到蛋白质级分
和包含非蛋白质组分的级分。因此，在一个实施方式中，该方法用于生产蛋白质，并且包括培养菌株vtt-e-193585或其衍生物的步骤，随后为收获生物质的步骤和从所述生物质中分离蛋白质的进一步步骤。在另一个实施方式中，该方法用于生产蛋白质，并且包括在使用无机碳源和作为能源的氢的连续培养中培养黄色杆菌属的细菌菌株，其中所述无机碳源包括二氧化碳，随后为收获生物质的步骤和从所述生物质中分离蛋白质的进一步步骤。取决于蛋白质分离的方法，所得到的级分可能更纯或更不纯。因此，术语“蛋白质级分”意指富含蛋白质的级分。蛋白质级分仍可能包含大量(significant amounts)的其它组分，而且大量的蛋白质也可能最终在“包含非蛋白质组分的级分”中。
[0268]
蛋白质的分离可以使用任何合适的方法执行。例如，在一个实施方式中，蛋白质通过以下进行分离：机械破碎细胞，并且经由一个或多个过滤步骤，例如经由孔径越来越小的多重过滤器的相继过滤，从细胞碎片中分离蛋白质。机械破碎可以使用任何合适的方法来进行，所述方法例如球磨、超声处理、匀浆化、高压匀浆化、机械剪切等。所得到的过滤的蛋白质级分将富含蛋白质，但也仍然含有其它较小的组分。蛋白质可以任选地使用任何合适的方法从该级分中进行进一步纯化。
[0269]
在另一个实施方式中，通过执行乙醇提取，随后为一个或更多个过滤步骤来分离蛋白质级分。此类方法例如由从大豆蛋白的制备已知(参见例如，通过berk fao agricultural services bulletin no.97(1992)的“technology of production of edible flours and protein products from soybeans”中的第5章“soybean protein concentrates”。所得到的蛋白质级分将富含蛋白质，但也仍然含有其它组分。蛋白质可以任选地使用任何合适的方法从该级分中进行进一步纯化。
[0270]
在一个实施方式中，本发明的方法包括使得自本发明的方法的蛋白质级分水解，以获得氨基酸和小肽的进一步步骤。
[0271]
在本发明的方法的一个实施方式中，该方法包括从所述生物质、所述蛋白质级分或所述包含非蛋白质组分的级分生产食物或饲料产物的进一步步骤。所述进一步步骤可以简单地包括通过在食物或饲料产物的生产期间将其加入，将所述生物质、蛋白质级分或包含非蛋白质组分的级分掺入食物或饲料产物中。在其它实施方式中，在将其掺入食物或饲料产物内的过程期间，执行生物质或其级分的进一步纯化或修饰。
[0272]
在一个进一步方面，本发明涉及通过根据本发明的方法获得或可获得的产物，例如生物质、蛋白质或非蛋白质组分。
[0273]
在一个实施方式中，从本发明的方法获得的产物包含多于40％的蛋白质，例如40％至99％的蛋白质，例如40％至90％的蛋白质，例如40％至60％的蛋白质。在一个特定的实施方式中，该产物包含25％至75％的蛋白质、0％至20％的脂质和5％至40％的碳水化合物。在一个进一步的实施方式中，该产物包含40％至60％的蛋白质、0％至15％的脂质和10％至25％的碳水化合物。在一个更进一步的实施方式中，从本发明的方法获得的产物包含45％至55％的蛋白质、5％至10％的脂质和10％至20％的碳水化合物。
[0274]
如上所述，在一个进一步方面，本发明涉及通过根据本发明的方法获得或可获得的食物或饲料产物。当在本文中使用时，术语“食物”和“饲料”预期不仅包括常规的食物和饲料产物，例如加工食物，而且还包括相关产物，例如食物和饲料补充剂，例如蛋白质棒、粉末或奶昔，肉类替代物，食物成分，益生菌，益生元，营养制品等等。在某些实施方式中，所述
生物质、所述蛋白质级分或所述包含非蛋白质组分的级分用于生产素食或纯素食物产物。
[0275]
本发明通过下述非限制性实施例进行进一步说明。
[0276]
实施例
[0277]
实施例1.能够化能自养生长的细菌菌株的分离
[0278]
从芬兰naantali的波罗的海海岸，将含有土壤和海水的50ml样品收集到无菌falcon管中。将部分土壤样品与10ml矿物质培养基在无菌的锥形瓶中混合。培养基由在自来水中制备的以下组成：1g/l nh4oh、0.23g/l kh2po4、0.29g/l na2hpo4·
2h2o、0.005g/lnavo3·
h2o、0.2g/l feso4·
7h2o、0.5g/l mgso4·
7h2o、0.01g/l caso4、0.00015g/lna2moo4·
2h2o、0.005g/l mnso4、0.0005g/l znso4·
7h2o、0.0015g/l h3bo3、0.001g/lcoso4、0.00005g/l cuso4和0.0001g/l niso4。土壤和培养基的悬浮液在密封钢箱中的 30℃温度的振荡培养箱中进行温育，所述密封钢箱用以下的气体混合物进行连续冲洗：150ml/分钟的n2、18ml/分钟的h2、3ml/分钟的o2和6ml/分钟的co2。通过获取1ml悬浮液，将其在无菌条件下加入锥形瓶中的9ml培养基中，然后放回温育箱内，以七天间隔更新培养。在第四次稀释后，悬浮液中不存在明显的土壤残留。将细胞悬浮液的体积增加到100ml，以便生长生物质用于生物反应器培养。当悬浮液接种到15个容器的200-ml平行生物反应器系统(medicel explorer，medicel oy，芬兰)中的190ml矿物质培养基时，它的光密度(od
600
)是1.53。培养条件是800rpm的搅动， 30℃的温度，并且ph设定为6.8，用1m naoh控制所述ph。气体通过喷雾器用气体混合物进料，所述气体混合物由14ml/分钟的h2、3ml/分钟的o2和6ml/分钟的co2组成。反应器的顶部空间用300ml/分钟的空气进行冲洗。连续培养用6ml/小时的矿物质培养基进行进料，并且经由毛细管从反应器中抽取细胞悬浮液，使体积保持恒定在200ml。从反应器中抽取的细胞悬浮液贮存于 4℃下。每天从生物反应器中自动获取样品，并且测量在600nm处的吸光度，以监测生长。在生物反应器培养498小时后，无菌抽取样品，并且将悬浮液稀释且铺平板到含有上述矿物质和2％细菌学琼脂的琼脂矿物质培养基平板上。平板在与上文对于锥形瓶描述的相同的条件下进行温育。然后从琼脂平板中挑选菌落，并且在新的琼脂平板上进行划线培养，以便分离一个菌落中的一种生物。这重复两次。挑选单一菌落，且悬浮到96孔微量滴定板中的200μl培养基内。使悬浮液在 30℃温度下温育，并且在enzyscreen气密箱中振荡625rpm，所述enzyscreen气密箱用150ml/分钟的n2、18ml/分钟的h2、3ml/分钟的o2和6ml/分钟的co2进行持续冲洗。将来自一个孔的悬浮液转移到锥形瓶，并且补充有新鲜培养基。增加体积，直到存在足够的生物质以执行生物反应器培养。该生物以vtt-e-193585保藏于vtt培养物保藏中心。
[0279]
样品的16s rrna测序证实了该样品只含有一种生物体。同一样品用于illumina nextseq测序，提供了1x150 bp的宏基因组鸟枪法序列。使用unicycler(wick等人，2017plos computational biology 13:e1005595)，对于由101个重叠群组成的宏基因组序列进行从新组装。总基因组长度为4846739bp，且gc含量为67.9％。基因预测和功能注释使用prokka(seemann，2014bioinformatics 30:2068)来执行。基因组注释产生了4429个基因。roary泛基因组比对(page等人，2015bioinformatics 31:3691)将vtt-e-193585分组在黄色杆菌属物种中。因此，该菌株被鉴定为黄色杆菌属sp.，最接近的基因组是万寿菊黄色杆菌。只考虑直向同源片段(orthoani)(lee等人，2016int j syst evol microbiol 66:1100)，基于比对的平均核苷酸一致性计算给出了与万寿菊黄色杆菌(atcc 700314；gcf_
003667445.1)80.4％的最佳匹配，而提议的物种边界截断为95-96％(参见例如，chun等人，2018int j syst evol microbiol，68:461-466)。自养黄色杆菌py2给出79.6％的匹配，而关于黄色杆菌属sp.91的匹配为79.0％。因此，可以得出结论，以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株属于门：变形菌门(proteobacteria)；属于纲：α-变形菌纲(alpha proteobacteria)；且属于目：根瘤菌目(rhizobiales)。最可能的科是黄色杆菌科且最有可能的属是黄色杆菌属。vtt-e-193585细菌菌株不能明确地分配到任何已知的种。
[0280]
执行了关于推定的抗微生物抗性基因的搜索。使用abricate(https://github.com/tseemann/abricate)工具，以使用blastn或blastp针对arg-annot、ncbi、resfinder、the ecoh、megares和vfdb数据库搜索基因组。在核苷酸和蛋白质水平上，对于一致性和覆盖率两者均设定了50％的阈值。只鉴定了两个推定的抗微生物抗性基因。这两个基因不含与抗生素抗性相联系的氨基酸变化，并且因此并没有预期的抗性表型。
[0281]
实施例2.分离的细菌菌株的中试培养和分析
[0282]
以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株在常规的200升搅拌罐生物反应器(mpf-u，marubishi ltd，日本)中进行培养。用以400rpm旋转的rushton型叶轮执行混合。培养中的温度维持在 30℃下。通过经由软件控制加入8m naoh或3.6m h3po4，使ph维持在6.8
±
0.2下。培养基含有在自来水中制备的1g/l nh4oh、0.23g/l kh2po4、0.29g/l na2hpo4·
2h2o、0.005g/l navo3·
h2o、0.2g/l feso4·
7h2o、0.5g/l mgso4·
7h2o、0.01g/l caso4、0.00015g/l na2moo4·
2h2o、0.005g/l mnso4、0.0005g/l znso4·
7h2o、0.0015g/l h3bo3、0.001g/l coso4、0.00005g/l cuso4和0.0001g/l niso4。持续供应含有1.8-10.5l/分钟的氢气、0.6-2.5l/分钟的氧气和1.8-5l/分钟的二氧化碳气体的混合物作为能量和碳的主要来源。通过调整气体混合物组成，将溶解氧水平维持在7.2
±
0.5％下。用于培养的接种物如实施例1中所述进行制备。通过以下监测生长：手动获取样品，并且通过测量在600nm处的吸光度(ultrospec 2100pro uv/可见光分光光度计，biochrom ltd.，英国)，且通过经由在105℃下的烘箱中干燥过夜测量细胞干重(cdw)，来分析作为光密度的细胞密度。光密度也通过使用原位吸光度探头(trucell 2，finesse ltd，usa)进行监测。图1中呈现了培养的生长曲线。分批阶段的最大生长速率为0.06h-1
。最大细胞密度为在92小时的4.5g_cdw/l。在培养92小时后，以0.01h-1
的稀释速率起始如上所述的新鲜培养基的进料。在继续进料期间，细胞密度平均为2.9g_cdw/l。培养液不断地收集到冷却( 10℃)罐，从其中它以300升的分批进料到连续离心分离器(btpx-205，alfa-laval ab，瑞典)。从分离器中收集的含细胞的浆料进料到常压双滚筒干燥器(buflovak 6x8 addd，hebeler process solutions llc.，usa)，用4巴蒸汽加热，且滚筒以3.5rpm旋转。这得到具有大约96％干物质含量的干燥细胞粉末。干燥细胞粉末的分析结果关于近似组成呈现于表1中，关于氨基酸组成呈现于表2中，关于脂肪酸组成呈现于表3中，并且关于维生素含量呈现于表4中。分析证实了，干燥细胞粉末具有含有所有必需氨基酸的高蛋白质含量。它还含有比饱和脂肪酸更多的不饱和脂肪酸和大量的b族维生素。肽聚糖含量仅为0.002mg/g_cdw，并且脂多糖含量为0.01mg/g_cdw。这些浓度尽可能小是有益的。相比之下，在同一时间分析的商业乳酸菌制剂中，肽聚糖含量为0.244mg/g_dw，并且脂多糖含量为0.015mg/g_dw。使用培养的上清液样品执行细胞毒性和遗传毒性测定。并未观察到针对hepg2或hela229人细胞系的细胞毒性。并未观察到针对大肠杆菌wp2 trp-或cm871 uvra reca lexa菌株的遗传毒性。
[0283]
表1.以vtt-e-193585保藏的分离细菌菌株的干燥细胞粉末的分析结果。
[0284]
参数方法单位值水分在103℃下干燥g/100g3.3蛋白质凯氏定氮(n x 6.25)g/100g72.2脂肪weibull-stoldtg/100g6.0饱和脂肪酸基于表3计算g/100g1.8单不饱和脂肪酸基于表3计算g/100g3.8多不饱和脂肪酸基于表3计算g/100g0.4ω3脂肪酸基于表3计算g/100g《0.01ω6脂肪酸基于表3计算g/100g0.4膳食纤维重量测定g/100g10.5灰分在550℃下灰化g/100g5.8葡萄糖hplc-elsdg/100g《0.15果糖hplc-elsdg/100g《0.1蔗糖hplc-elsdg/100g《0.1乳糖hplc-elsdg/100g《0.25麦芽糖hplc-elsdg/100g《0.2总糖计算g/100g《0.8碳水化合物计算g/100g2.2能量计算kj/100g1572能量计算kcal/100g373
[0285]
表2.以vtt-e-193585保藏的分离细菌菌株的干燥细胞粉末的氨基酸组成。
[0286]
参数方法单位值赖氨酸离子色谱法％3.95甲硫氨酸离子色谱法％1.60胱氨酸离子色谱法％0.39天冬氨酸离子色谱法％6.82苏氨酸离子色谱法％3.47丝氨酸离子色谱法％2.75谷氨酸离子色谱法％8.84脯氨酸离子色谱法％3.14甘氨酸离子色谱法％4.40丙氨酸离子色谱法％6.94缬氨酸离子色谱法％4.96异亮氨酸离子色谱法％3.34亮氨酸离子色谱法％6.08酪氨酸离子色谱法％2.99苯丙氨酸离子色谱法％4.58组氨酸离子色谱法％1.66
精氨酸离子色谱法％4.96色氨酸hplc％1.34
[0287]
表3.以vtt-e-193585保藏的分离细菌菌株的干燥细胞粉末的脂肪酸组成。
[0288][0289][0290]
表4.以vtt-e-193585保藏的分离细菌菌株的干燥细胞粉末的维生素含量。
[0291]
参数方法单位值维生素a(re)hplciu/100g《100维生素e(te)hplcmg/100g0.33维生素d3hplciu/100g《10维生素d2hplciu/100g21.6维生素chplcmg/100g《1盐酸氯化硫胺素lc-ms/msmg/100g0.9维生素b1(硫胺素)计算mg/100g0.708维生素b2(核黄素)hplcmg/100g6.27盐酸吡哆醇hplcmg/100g3.39维生素b6(吡哆醇)计算mg/100g2.79维生素b12lc-ms/msμg/100g224氯化胆碱lc-ms/msmg/100g14.3生物素lc-ms/msμg/100g15.6叶酸微生物学μg/100g1270烟酸(维生素b3)微生物学mg/100g23.2泛酸微生物学mg/100g6.53
[0292]
实施例3.在不同的氮源上培养分离的细菌菌株。
[0293]
以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株在以200ml体积的15个容器的平行生物反应器系统(medicel explorer，medicel oy，芬兰)中进行培养。用以800rpm旋转的rushton型叶轮执行混合。培养中的温度维持在 30℃下。通过添加1m naoh使ph维持在6.8下。培养基含有在自来水中制备的0.23g/l kh2po4、0.29g/l na2hpo4·
2h2o、0.005g/l navo3·
h2o、0.2g/l feso4·
7h2o、0.5g/l mgso4·
7h2o、0.01g/l caso4、0.00015g/l na2moo4·
2h2o、0.005g/l mnso4、0.0005g/l znso4·
7h2o、0.0015g/l h3bo3、0.001g/l coso4、0.00005g/l cuso4和0.0001g/l niso4。此外，氮源在培养中是不同的，使得四个培养含有18.7mm nh4oh，四个培养含有9.34mm尿素(oc(nh2)2)，四个培养含有18.7mm硝酸钾(kno3)，并且剩下三个培养在培养基中不含氮源。持续供应含有22ml/分钟的氢气、3.2ml/分钟的空气和6.4ml/分钟的二氧化碳气体的混合物作为能量和碳的主要来源。因此，与空气一起，所有的培养也供应
有氮气。通过以下监测生长：自动获取样品，并且通过测量在600nm处的吸光度(ultrospec 2100pro uv/可见光分光光度计，biochrom ltd.，英国)，分析作为光密度的细胞密度。培养的生长曲线呈现于图2中。在氨和尿素上的生长是相当的。在硝酸盐或氮气上的生长明显比在氨或尿素上的生长更慢。在培养结束时，在硝酸盐上的生长比在作为唯一氮源的氮气上的生长更好。然而，在其中氮气是唯一氮源的培养中也存在生长，其证实了以vtt-e-193585保藏的分离的细菌菌株能够固氮。
[0294]
实施例4.抗生素敏感性的表征
[0295]
根据clsi m07-a111标准(clinical and laboratory standards institute.methods for dilution antimicrobial susceptibility tests for bacteria that grow aerobically，第11版clsi standard m07，2018)，分析以vtt-e-193585保藏的分离细菌菌株对庆大霉素、卡那霉素、链霉素、四环素、氨苄西林、环丙沙星、粘菌素和磷霉素的抗生素敏感性，其中对于氨苄西林、环丙沙星和粘菌素用手动制备的微量稀释平板，对于庆大霉素、卡那霉素、链霉素和四环素使用微量肉汤稀释法与vetmic lact-1平板(sva national veterinary institute，uppsala，瑞典)，并且对于磷霉素使用阳离子调整的mueller hinton肉汤-培养基(labm，lab114，分开添加阳离子mg
2
和ca
2
)，使用琼脂稀释法在好氧条件下在 35
±
2℃下共48
±
1小时。大肠杆菌atcc25922用作质量控制菌株，并且使它在好氧条件下、在 35
±
2℃下温育18
±
2小时。菌株的抗生素敏感性结果呈现于表5中。发现分离的细菌菌株对抗生素是普遍敏感的。对于庆大霉素、卡那霉素、链霉素和四环素，关于vtt-e-193585的最低抑菌浓度(mic)值小于大肠杆菌atcc 25922或与其相当，而对于氨苄西林、环丙沙星、粘菌素和磷霉素，mic值在vtt-e-193585中更高。
[0296]
表5.关于vtt-e-193585菌株和大肠杆菌atcc 25922的抗生素的最低抑菌浓度(mic，μg/ml)值
[0297]