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一种基于固相糖蛋白富集和Tn糖肽酶切的分析方法和应用与流程

2022-03-31 07:03:12 来源:中国专利 TAG:

一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法和应用
技术领域
1.本发明属于生物分子分析试剂技术领域,具体涉及一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析(spgale)方法和应用。


背景技术:

2.tn糖肽是一种肿瘤相关碳水化合物抗原,通常不在外周组织或血细胞中表达。在大多数人类癌症中均发现了该抗原,其表达源于正常o-糖基化合成途径的阻断,其中聚糖从常见的前体galnac-ser/thr(tn糖肽)延伸。tn糖肽是一种截短的o-聚糖,体积小结构简单。它在人体中具有非生理性聚糖结构,因此它可被免疫系统识别为外来物。tn糖肽测试可以在任何活检发现癌症之前检测到大多数癌症。由于tn糖肽是血液和皮肤细胞表面的蛋白质,可以被免疫系统抗体识别,因此可以作为诊断或预后的疾病生物标志物。这些抗原的浓度因癌症类型和阶段而异。然而很少有方法可用于详细鉴定癌症中完整蛋白质被o-galnac修饰,尤其是在其早期阶段。在本发明中,我们开发了一种化学酶促方法来鉴定o-galnac位点及其相关糖蛋白。这些糖蛋白是潜在的癌症生物标志物。
3.因此,有必要研发一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法和应用来解决现有技术中鉴定tn糖肽糖蛋白标志物的问题。


技术实现要素:

4.本发明目的是提供一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法和应用。
5.本发明的一种技术方案是:
6.一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法,包括步骤:
7.1)固相结合;
8.2)tn糖肽确定;
9.3)tn糖肽位点确定。
10.进一步的,在步骤1)中,所述固相结合是指糖肽制备和与球状树脂共价固相结合,包括步骤:
11.(1)蛋白质提取和浓度测量:
12.在细胞中加入ripa裂解液、蛋白酶抑制剂,用超声破碎仪破碎后获得样本,将所述样本放入冰中冷却,反复这一步骤直至样本澄清为止;
13.取所述样本,用去离子水稀释,用pierce bca蛋白定量分析试剂盒测试所述样本中的蛋白浓度;
14.(2)蛋白酶解
15.根据所述样本测定的蛋白浓度,取所述样本溶于尿素去离子水溶液中,轻微振荡,确保所述样本中的蛋白完全溶解;
16.在所述样本中加入二硫苏糖醇溶液反应;
17.再加入碘乙酰胺溶液暗室反应;
18.用去离子水将所述样本稀释,加入碳酸氢铵溶液;
19.加入测序级胰蛋白酶,轻微振荡样本至水解,此时样本中包含多肽;
20.(3)多肽纯化
21.在样本中加入三氟乙酸(tfa),直至样本ph下调至2-3;
22.c18萃取柱预处理后,加入样本至c18萃取柱中,经过萃取柱的过滤液收集,再将此过滤液加入到同一个c18萃取柱,以增加样本中多肽的回收率;
23.用tfa清洗萃取柱至过滤液去除,用乙腈洗脱样本中的多肽;
24.将洗出的多肽合并,真空冷冻干燥得到纯化的多肽;
25.(4)糖肽氧化和固相结合
26.将多肽重新溶于tfa和acn溶液,加入氧化剂高碘酸钠反应,使多肽中糖肽上的各种糖氧化,得到氧化的糖肽;
27.将所述氧化的糖肽真空冷冻干燥,重新溶于tfa,使用c18纯化氧化的糖肽和余下的多肽后,将氧化的糖肽和余下的多肽溶于tfa;
28.取表面具有酰肼或氨基的球状树脂,加入到离心管中,将球状树脂预处理,将氧化的糖肽与球状树脂结合,在室温下反应2-4小时;
29.对球状树脂清洗,得到纯化的结合有氧化糖肽的球状树脂。
30.进一步的,在步骤2)中,所述tn糖肽确定是指共价结合tn糖肽确定,包括步骤:
31.将n-糖苷酶加入nh4hco3缓冲液,配制完成后加入到scsc中结合有氧化糖肽的球状树脂中反应;
32.离心,去除过滤液,再加入hplc水,清洗球状树脂并离心去除过滤液,去除糖肽上的n聚糖;
33.加入tn糖苷酶,同时加入tris缓冲液反应;
34.离心收集过滤液,再加入hplc水,离心后收集过滤液,并重复此步骤,将所有过滤液合并;
35.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽。
36.进一步的,在步骤1)中,所述固相结合是指凝集素固相结合糖肽的富集tn,包括步骤:
37.(1)蛋白质提取和浓度测量:
38.在细胞中加入ripa裂解液、蛋白酶抑制剂,用超声破碎仪破碎30秒后获得样本,将所述样本放入冰中冷却,反复这一步骤直至样本澄清为止;
39.取所述样本,用去离子水稀释,用pierce bca蛋白定量分析试剂盒测试蛋白的浓度;
40.(2)n-聚糖酶切去除
41.根据所述样本测定的蛋白浓度,取所述样本;
42.将pngase f和nh4hco3加入到样本中反应,使所述样本中的含糖蛋白的n-聚糖酶解去除;
43.(3)蛋白酶解
44.根据所述样本测定的蛋白浓度,取所述样本溶于尿素去离子水溶液中,轻微振荡,确保所述样本中的蛋白完全溶解;
45.在所述样本中加入二硫苏糖醇溶液反应;
46.再加入碘乙酰胺溶液暗室反应;
47.用去离子水将所述样本稀释,加入碳酸氢铵溶液;
48.加入测序级胰蛋白酶,轻微振荡样本至水解,此时样本中包含多肽;
49.(4)凝集素固相结合糖肽
50.取vvl凝集素树脂加入到scsc中;
51.用去离子水清洗vvl凝集素树脂,在离心机上除去水,重复本步骤;
52.将所述多肽溶于vvl凝集素树脂结合缓冲液中;
53.将含有多肽的vvl凝集素树脂结合缓冲液加入到scsc中反应;
54.使具有o-galnac结构的糖肽结合到vvl凝集素树脂上,而非糖肽则保留在上清液中;
55.用hplc水清洗,离心去除上清液,重复此步骤,得到与vvl凝集素固相结合糖肽。
56.进一步的,在步骤2)中,所述tn糖肽确定是指凝集素结合tn糖肽确定,包括步骤:
57.将n-糖苷酶加入nh4hco3缓冲液,配制完成后加入scsc中与与凝集素固相结合的具有o-galnac结构的糖肽反应;
58.离心,去除过滤液,再加入hplc水,清洗vvl凝集素树脂并离心去除过滤液,去除糖肽上的n糖,使洗脱后的vvl凝集素树脂上仅保留粘蛋白型o-糖肽和o-galnac糖肽。
59.进一步的,在步骤3)中,所述tn糖肽位点确定是指凝集素结合糖肽酶切得到具有tn位点的多肽,具体包括步骤:
60.在具有粘蛋白型o-糖肽和o-galnac糖肽的vvl凝集素树脂中加入tn糖苷酶,同时加入tris缓冲液反应;
61.离心收集过滤液,再加入hplc水,离心后收集过滤液,重复此步骤,将所有过滤液合并;
62.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽。
63.进一步的,在步骤3)中,所述tn糖肽位点确定是指凝集素结合糖肽洗脱得到tn糖肽,包括步骤:
64.在具有粘蛋白型o-糖肽和o-galnac糖肽的vvl凝集素树脂中加入洗脱缓冲液;
65.将vvl凝集素树脂在scsc中离心,收集过滤液;
66.再加入hplc水,混合后收集上清液,重复此步骤,合并所有上清液;
67.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽。
68.进一步的,在步骤3)中,所述tn糖肽位点确定是指tn糖苷酶用重水确定tn糖肽位点,包括步骤:
69.用氯化钠溶液、acn溶液、hplc水逐次清洗树脂,去除树脂表面杂质和其他非结合成分;
70.在固相结合的tn糖肽中,加入tn糖苷酶,同时加入溶剂为重水的tris缓冲液反应;
71.离心收集过滤液,再加入hplc水,离心后收集过滤液,重复此步骤,将所有过滤液合并;
72.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽;
73.将多肽c18纯化多肽真空冷冻干燥得到tn糖肽o-糖肽;
74.将样本重新溶于tfa,取1-2微升用于液相色谱-质谱分析;
75.得到的质谱数据用生物信息学软件分析,获得tn糖肽o-糖肽多肽序列和糖基化位点。
76.上述方式所制备的一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法在制备癌细胞诊断检测试剂中的应用。
77.本发明提供了一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法,能从复杂的蛋白多肽中,特异性富集分析tn糖肽o-糖肽,其能够广泛的应用各类分析中,如:
78.1)正常细胞和癌细胞中tn糖肽定性和定量分析;
79.2)临床体液和组织中tn糖肽定性和定量分析;
80.3)完整o-galnac糖肽的定性定量分析,避免使用抗体或点击化学带来的非特异性o-galnac糖肽结合,减少测试中的假阳性。本方法可以使用高通量处理和分析样本,提高样本处理效率、准确性和避免人工手动操作。
附图说明
81.为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案,下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其它的附图。其中,
82.图1为本发明固相球形树脂结合糖肽的示意图;
83.图2为本发明中对共价结合的糖肽tn糖肽o-糖肽位点分析示意图;
84.图3为本发明中共价或亲和结合糖肽galnacexo酶切tn糖肽o-糖肽位点确定示意图;
85.图4为本发明中肺癌组织tn糖肽o-糖肽分析示意图。
具体实施方式
86.为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂,下面结合附图和实施例进一步说明本发明的技术方案。但是本发明不限于所列出的实施例,还应包括在本发明所要求的权利范围内其他任何公知的改变。
87.首先,此处所称的“一个实施例”或“实施例”是指可包含于本发明至少一个实现方式中的特定特征、结构或特性。在本说明书中不同地方出现的“在一个实施例中”并非均指同一个实施例,也不是单独的或选择性的与其他实施例互相排斥的实施例。
88.其次,本发明利用结构示意图等进行详细描述,在详述本发明实施例时,为便于说明,示意图会不依一般比例作局部放大,而且所述示意图只是实例,其在此不应限制本发明保护的范围。此外,在实际制作中应包含长度、宽度及深度的三维空间。
89.实施例1
90.一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切分析(spgale)的方法,所述方法包括如下步骤:
91.1、糖肽制备和与球状树脂共价固相结合。请参阅图1,图1为本发明固相球形树脂结合糖肽的示意图。如图1所示,本方法(方法一)是将糖肽用氧化剂氧化,氧化的糖与酰肼
或氨基树脂共价结合,从而将糖肽与与非糖肽分开。具体包括如下步骤:
92.(1)蛋白质提取和浓度测量
93.在细胞中加入400-600微升1倍ripa裂解液(cell signal,上海),8-12微升50倍蛋白酶抑制剂(promega,madison,wi,usa),用超声破碎仪30-40%能量(最大能量为刻度100%),破碎30秒后获得样本,将所述样本放入冰中冷却30秒,反复这一步骤4-6次,直至样本溶液澄清为止;
94.取2-4微升样本,用去离子水稀释5-10倍,用pierce bca蛋白定量分析试剂盒(thermo fisher scientific,waltham,ma,usa)测试蛋白的浓度;
95.(2)蛋白酶解
96.根据测定的浓度,取800-1000微克总蛋白溶于体积为400-600微升的尿素去离子水溶液,尿素最终浓度为8m,轻微振荡样本,确保蛋白完全溶解;
97.加入80-100微升去离子水溶液配制的120mm二硫苏糖醇(dtt)(sigma-aldrich,st.louis,mo,usa),样本在37℃反应1.0-1.5小时;
98.再加入80-100微升去离子水溶液配制的160mm碘乙酰胺(sigma-aldrich,st.louis,mo,usa),样本室温暗室反应1.0-1.5小时;
99.用去离子水将样本稀释5-6倍,加入100-125微升hplc水溶液新配制的1m碳酸氢铵,最终碳酸氢铵浓度为25mm,测试样本ph介于7-9之间;
100.加入40-50微升50%g/l的测序级胰蛋白酶(promega,madison,wi,usa),轻微振荡样本在37℃反应16-18小时水解,样本中包含多肽;
101.(3)多肽纯化
102.在样本溶液中加入三氟乙酸(tfa,》99%,w/v)(约10-20微升),直至样本ph下调至2-3;
103.c18萃取柱预处理后,加入样本至c18萃取柱中,经过萃取柱的过滤液收集,再将此过滤液加入到同一个c18萃取柱,增加样本中多肽的回收率;
104.用0.1%tfa(体积比)清洗萃取柱5-6次(1.0-1.2毫升),过滤液去除。400-500微升50%(体积比)含有0.1%tfa(体积比)的乙腈(acn)洗脱多肽,最后一步重复2次;
105.将洗出的多肽合并,真空冷冻干燥得到纯化的多肽;
106.(4)糖肽氧化和固相结合
107.将多肽重新溶于0.1%tfa(体积比)和50%acn(体积比)溶液,加入10-20mm氧化剂高碘酸钠(sigma-aldrich),多肽在37℃反应1-2小时,将多肽中糖肽上的各种糖(n-聚糖、粘蛋白型o-聚糖和o-galnac或tn糖肽)氧化;
108.氧化的糖肽真空冷冻干燥,重新溶于1毫升0.1%tfa(体积比)(如溶解度不好,可先加入10-20微升50%acn(体积比))。使用c18纯化氧化糖肽和其它多肽后,将其溶于200-400微升0.1%tfa(体积比);
109.取100-150微升表面具有酰肼或氨基的球状树脂(thermo fisherscientific,waltham,ma,usa),加入到1.5-2.0毫升离心管。将球状树脂预处理,即400-500微升去离子水清洗两次,去掉过滤液后,把氧化糖肽与球状树脂结合,糖肽在室温下反应2-4小时;
110.通过对球状树脂清洗后,400-500微升50%acn(体积比)三次,400-500微升hplc水,得到纯化富集在球状树脂上结合的氧化糖肽。
111.2、共价结合tn糖肽确定,请参阅图2,图2为本发明中对共价结合的糖肽tn糖肽o-糖肽分析示意图。如图2所示,共价结合的糖肽,pngasef酶解切除n糖,树脂上结合为o-糖肽,采用galnacexo酶切后,上清液中即为tn糖肽o-糖肽。具体如下:
112.球状树脂共价结合经高碘酸钠氧化的糖肽,包括n-糖肽、粘蛋白型o-糖肽和o-galnac糖肽;
113.配制0.2-0.4微升n-糖苷酶在300-400微升的25mm nh4hco3缓冲液(ph 7.6-8.0),将配好的溶液加入scsc结合有糖肽的球状树脂中,在37℃反应4-6小时;
114.将上述样本离心,2000rpm,90-120秒,去除过滤液。再加入400-600微升hplc水,清洗球状树脂并离心去除过滤液,重复这一步2-3次,将n-糖肽上的多肽酶切;
115.在样本中加入20-30u tn糖苷酶(galnacexo,genovis),同时加入300-400微升20mm tris缓冲液(ph 6.8),在37℃反应4-6小时;
116.离心收集过滤液(2000rpm,90-120秒),再加入400-600微升hplc水,离心后收集过滤液,重复此步骤2-3次,将所有过滤合并;
117.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽(步骤与1(3)相同)。
118.3、tn糖苷酶切后用重水确定tn糖肽位点的方法包括如下步骤。请参阅图3,图3是共价结合或凝集素结合tn糖肽用重水确定位点示意图。具体如下:
119.用400-600微升1.0-1.5m氯化钠溶液、400-600微升10%acn(体积比)溶液、400-500微升hplc水逐次清洗树脂,去除树脂表面杂质和其他非结合成分;
120.在固相结合的tn糖肽中,加入20-30u tn糖苷酶(galnacexo,genovis),同时加入300-400微升tris(ph 6.8),所用溶剂为重水,在37℃反应4-6小时;
121.离心收集过滤液(2000rpm,90-120秒),再加入400-600微升hplc水,离心后收集过滤液,重复此步骤2-3次,将所有过滤合并;
122.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽(步骤与1(3)相同);
123.将c18纯化多肽真空冷冻干燥得到tn糖肽o-糖肽;
124.将样本重新溶于20-40微升0.1%tfa,取1-2微升用于液相色谱-质谱(lc-ms/ms)分析;
125.得到的质谱数据用生物信息学软件分析,获得tn糖肽o-糖肽多肽序列和糖基化位点。
126.实施例2
127.一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切分析(spgale)的方法。所述方法包括如下步骤:
128.1、凝集素固相结合糖肽的富集tn。请参阅图1,图1为本发明固相球形树脂结合糖肽的示意图。本方法(方法二)是将糖肽用pngasef酶解,去掉n-聚糖,再用凝集素富集o-糖肽。具体包括如下步骤:
129.(1)蛋白提取和浓度测定
130.在细胞中加入400-600微升1倍ripa裂解液(cell signal,上海),8-12微升50倍蛋白酶抑制剂(promega,madison,wi,usa),用超声破碎仪30-40%能量(最大能量为刻度100%),破碎30秒后获得样本,将所述样本放入冰中冷却30秒,反复这一步骤4-6次,直至样本溶液澄清为止;
131.取2-4微升样本,用去离子水稀释5-10倍,用pierce bca蛋白定量分析试剂盒(thermo fisher scientific,waltham,ma,usa)测试蛋白的浓度;
132.(2)n-聚糖酶切去除
133.根据测定的浓度,取800-1000微克总蛋白(如蛋白浓度为1微克/微升,则从提取的蛋白溶液中取80-100微升);
134.将0.2-0.4微升pngase f(new england biolabs,ipswich,ma,usa)和2.0-2.5微升1m nh4hco3加入到80-100微升的蛋白溶液,混合样本在37℃反应4-6小时,将样本中所含糖蛋白的n-聚糖酶解去除;
135.(3)蛋白酶解
136.根据测定的浓度,取800-1000微克总蛋白溶于体积为400-600微升的尿素去离子水溶液,尿素最终浓度为8m,轻微振荡样本,确保蛋白完全溶解;
137.加入80-100微升去离子水溶液配制的120mm二硫苏糖醇(dtt)(sigma-aldrich,st.louis,mo,usa),样本在37℃反应1.0-1.5小时;
138.再加入80-100微升去离子水溶液配制的160mm碘乙酰胺(sigma-aldrich,st.louis,mo,usa),样本室温暗室反应1.0-1.5小时;
139.用去离子水将样本稀释5-6倍,加入100-125微升hplc水溶液新配制的1m碳酸氢铵,最终碳酸氢铵浓度为25mm,测试样本ph介于7-9之间;
140.加入40-50微升50%g/l的测序级胰蛋白酶(promega,madison,wi,usa),轻微振荡样本在37℃反应16-18小时水解,样本中包含多肽;
141.(4)凝集素固相结合糖肽
142.取140-160微升vvl凝集素树脂(vector labs,burlingame,ca,usa),加入到500-600微升体积的snap-cap spin-column(scsc)(thermo fisher scientific);
143.用400-500微升去离子水清洗vvl凝集素树脂,在离心机上除去水(2000rpm,90-120秒),重复此步骤2-3遍;
144.将多肽溶于300-400微升vvl凝集素树脂结合缓冲液,其组成为20mm tris.hcl(ph 7.4),150mm nacl,1m urea,1mm cacl2,1mm mgcl2,1mm zncl2,1mm mncl2;
145.将上述多肽与结合缓冲液加入scsc中,与vvl凝集素树脂混合,在室温反应2-4小时;
146.将具有o-galnac结构的糖肽结合到树脂上,而非糖肽则保留在上清液中;
147.注:凝集素可为vvl本身或vvl加上其他凝集素混合物;
148.用400-600微升hplc水清洗凝集素,离心去除上清液(2000rpm,90-120秒),重复此步骤4-6次,得到与凝集素固相结合糖肽。
149.2、凝集素结合tn糖肽
150.请参阅图2,图2为本发明中对共价结合的糖肽tn糖肽o-糖肽位点分析示意图。具体如下:
151.配制0.2-0.4微升n-糖苷酶在300-400微升的25mm nh4hco3缓冲液(ph 7.6-8.0),将配好的溶液加入scsc结合有糖肽的vvl凝集素树脂中,在37℃反应4-6小时;
152.将上述样本离心,2000rpm,90-120秒,去除过滤液。再加入400-600微升hplc水,清洗vvl凝集素树脂并离心去除过滤液,重复这一步2-3次,去除糖肽上的n糖;
600微升体积的snap-cap spin-column(scsc)(thermo fisher scientific);
175.用400-500微升去离子水清洗vvl凝集素树脂,在离心机上除去水(2000rpm,90-120秒),重复此步骤2-3遍;
176.将多肽溶于300-400微升vvl凝集素树脂结合缓冲液,其组成为20mm tris.hcl(ph 7.4),150mm nacl,1m urea,1mm cacl2,1mm mgcl2,1mmzncl2,1mm mncl2;
177.将上述多肽与结合缓冲液加入scsc中,与vvl凝集素树脂混合,在室温反应2-4小时;
178.将具有o-galnac结构的糖肽结合到树脂上,而非糖肽则保留在上清液中;
179.注:凝集素可为vvl本身或vvl加上其他凝集素混合物;
180.用400-600微升hplc水清洗凝集素,离心去除上清液(2000rpm,90-120秒),重复此步骤4-6次,得到与凝集素固相结合糖肽。
181.2、凝集素结合tn糖肽
182.请参阅图2,图2为本发明中对共价结合的糖肽tn糖肽o-糖肽位点分析示意图。具体如下:
183.配制0.2-0.4微升n-糖苷酶在300-400微升的25mm nh4hco3缓冲液(ph 7.6-8.0),将配好的溶液加入scsc结合有糖肽的vvl凝集素树脂中,在37℃反应4-6小时;
184.将上述样本离心,2000rpm,90-120秒,去除过滤液。再加入400-600微升hplc水,清洗vvl凝集素树脂并离心去除过滤液,重复这一步2-3次,将n-糖肽上的多肽酶切;
185.3、凝集素结合糖肽洗脱得到tn糖肽
186.在vvl凝集素树脂中加入300-400微升洗脱缓冲液,其成分为200mm galnac in 1x pbs(ph 7.4);
187.将vvl凝集素树脂(在scsc中)离心2000rpm,90-120秒,收集过滤液;
188.再加入400-600微升hplc水,混合后理性收集上清液(2000rpm,90-120秒),重复此步骤2-3次,合并所有上清液;
189.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽(步骤与1(3)相同)。
190.实施例4
191.一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切分析(spgale)的方法。所述方法包括如下步骤:
192.1、凝集素固相结合糖肽的富集tn。请参阅图1,图1为本发明固相球形树脂结合糖肽的示意图。本方法(方法二)是将糖肽用pngasef酶解,去掉n-聚糖,再用凝集素富集o-糖肽。具体包括如下步骤:
193.(1)蛋白提取和浓度测定
194.在细胞中加入400-600微升1倍ripa裂解液(cell signal,上海),8-12微升50倍蛋白酶抑制剂(promega,madison,wi,usa),用超声破碎仪30-40%能量(最大能量为刻度100%),破碎30秒后获得样本,将所述样本放入冰中冷却30秒,反复这一步骤4-6次,直至样本溶液澄清为止;
195.取2-4微升样本,用去离子水稀释5-10倍,用pierce bca蛋白定量分析试剂盒(thermo fisher scientific,waltham,ma,usa)测试蛋白的浓度;
196.(2)n-聚糖酶切去除
500微升hplc水逐次清洗树脂,去除树脂表面杂质和其他非结合成分;
219.在固相结合的tn糖肽中,加入20-30u tn糖苷酶(galnacexo,genovis),同时加入300-400微升20mm tris缓冲液(ph 6.8),所用溶剂为重水,在37℃反应4-6小时;
220.离心收集过滤液(2000rpm,90-120秒),再加入400-600微升hplc水,离心后收集过滤液,重复此步骤2-3次,将所有过滤合并;
221.加入tfa调节至酸性,用c18纯化多肽(步骤与1(3)相同);
222.将c18纯化多肽真空冷冻干燥得到tn糖肽o-糖肽;
223.将样本重新溶于20-40微升0.1%tfa,取1-2微升用于液相色谱-质谱(lc-ms/ms)分析;
224.得到的质谱数据用生物信息学软件分析,获得tn糖肽o-糖肽多肽序列和糖基化位点。
225.实施例5
226.请参阅图4,图4为本发明中肺癌组织tn糖肽o-糖肽分析示意图。如图4所示,运用spgale分析细胞中tn糖肽o-糖肽,并比较与正常或良性组织的具体步骤为:
227.将细胞均质化,首先把组织置于2毫升样本管,在细胞中加入400-600微升1倍ripa裂解液,用超声破碎仪30-40%能量,破碎30秒后将样本放入冰中冷却,反复这一步骤4-6次,直至样本溶液澄清为止;
228.bca测出样本蛋白质浓度,取900-1000微克蛋白质,用前面所述方法酶解、纯化、结合到固相树脂、对蛋白处理;
229.正常组织和癌症组织含有tn糖肽o-糖基化位点不同的糖蛋白;
230.用实施例1-4中所述方法,即spgale提取富集tn糖肽;
231.将tn糖肽o-糖肽用液相色谱-质谱分析,获得一级和二级质谱,色谱方法10-50%acn,质谱能量ce30,用生物信息学解析质谱数据,测序多肽序列和tn糖肽o-糖肽位点;
232.共价结合的tn糖肽o-糖肽位点通过重水鉴定,质谱显示丝氨酸或苏氨酸分子量增加1da;
233.凝集素亲和的tn糖肽o-糖肽位点通过重水鉴定,如使用洗脱,则质谱显示丝氨酸或苏氨酸分子量增加203da。如使用galnacexo酶切,则丝氨酸或苏氨酸分子量增加1da。
234.与现有技术相比,本发明的有益效果是:本发明提供了一种基于固相糖蛋白富集和tn糖肽酶切的分析方法和应用,能从复杂的蛋白多肽中,特异性富集分析tn糖肽o-糖肽,并能够广泛的应用于各类分析中。
235.应说明的是,以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制,尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细说明,本领域的普通技术人员应当理解,可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换,而不脱离本发明技术方案的精神和范围,其均应涵盖在本发明的权利要求范围当中。
再多了解一些

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