世系特异性遗传风险得分的制作方法

世系特异性遗传风险得分
交叉引用
1.本技术要求于2018年11月28日提交的美国临时申请号62/772,565和于2018年12月11日提交的美国专利申请号16/216,940的权益，这些申请通过引用以其全部并入本文。序列表
2.即时申请包含序列表，其通过引用以其全部并入本文。所述ascii副本创建于2019年10月28日，被命名为55075
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701_601_sl.txt，并且大小是47.9kb。


技术实现要素：

3.全基因组关联研究(gwas)使科学家能够识别与广泛的表型性状相关的遗传变异。遗传风险得分(grs)用于根据从个体获得的样品中检测某些遗传变体是否存在来预测所述个体是否会发展某个性状。然而，数据显示，离散世系群体潜在的遗传变异和模式是不同的。因此，检测到的遗传变体是否会给出个体发展所述性状的风险，在很大程度上取决于所述个体的世系(ancestry)。目前的遗传风险预测方法要么根本不考虑个体的世系，要么使用消费者调查表来考虑世系，导致不精确，而且往往不准确的遗传风险预测。
4.在某些实施方案中，本文公开了用于通过分析个体的基因型以确定个体的世系并基于源自与个体具有相同世系的受试者的gwas的世系特异性遗传风险变体来计算grs的方法、介质和系统。在一些实施方案中，grs中考虑的遗传变体(多个)可以包括单核苷酸变体(snv)、核苷酸碱基的插入或缺失(indel)、或拷贝数变体(cnv)。在一些实施方案中，如果在从个体获得的样品中检测到的遗传变体与世系特异性受试者组的gwas中报告的遗传变体(未知遗传变体)不对应，则基于与用作风险预测的基础的特定世系群体内的未知遗传变体的非随机关联(称为连锁不平衡(ld))来选择代理遗传变体。研究表明，人类基因组中ld的模式在不同的世系群体中有所不同。
5.在一些实施方案中，本文公开了计算机实现的方法，所述方法包括：(a)使用基于距离或基于模型的计算机程序分配个体的世系，以分析所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；以及(b)在所述个体的基因型中检测与特定表型性状相关联的世系特异性变体，所述世系特异性变体对应于：(i)在所述个体的基因型中可检测到的个体特异性遗传变体；或(ii)通过插补(imput)从世系特异性分型单倍型(ancestry
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specific phased haplotypes)中缺失的个体特异性变体而确定的与所述个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，所述世系特异性分型单倍型是使用与所述个体具有相同世系的个体的参考组确定的；和(c)基于在(b)中检测到的世系特异性变体计算所述个体的遗传风险得分(grs)，其中grs指示所述个体具有或将发展所述特定表型性状的可能性。在一些实施方案中，世系特异性遗传变体和个体特异性遗传变体选自单核苷酸变体(snv)、拷贝数变体(cnv)和indel。在一些实施方案中，步骤(ii)中的插补包括：(1)将来自所述个体的未分型基因型数据分型，以基于所述个体的世系产生世系特异性分型单倍型；和(2)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补在所述世系特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型，以选择与所述个体特异性遗传变体处于ld
的遗传变体。在一些实施方案中，ld由包括至少约0.80的d’值或包括至少0.80的r2值定义。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、过敏性状或精神性状，或其组合。在一些实施方案中，个体的基因型是通过对从个体获得的遗传物质进行或已经进行基因分型测定而获得的。在一些实施方案中，基因分型测定包括脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合。在一些实施方案中，基于距离的计算机程序是主成分分析，并且其中基于模型的计算机程序是最大似然或贝叶斯方法。在一些实施方案中，所述个体的基于所述世系特异性变体的grs比所述个体的基于非世系特异性变体的相应grs更准确。在一些实施方案中，计算机实现的方法还包括提供包括个体的针对特定表型性状的grs的通知。在一些实施方案中，通知还包括基于针对特定表型性状的grs对个体的行为建议。在一些实施方案中，与特定表型性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变，酒精消耗或咖啡因消耗的活动。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括有包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂的缺乏。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物治疗的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述方法还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，与特定性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变，酒精消耗或咖啡因消耗的活动。
6.在一些实施方案中，本文公开了系统，其包括：计算设备，其包括至少一个处理器、存储器和软件程序，软件程序包括可由至少一个处理器执行以评估个体具有或将发展特定表型性状的可能性的指令，所述指令包括以下步骤：(a)使用基于距离或基于模型的计算机程序分配个体的世系，以分析所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；以及(b)在所述个体的基因型中检测与特定表型性状相关联的世系特异性变体，所述世系特异性变体对应于：(i)在所述个体的基因型中可检测到的个体特异性遗传变体；
或(ii)通过插补从世系特异性分型单倍型中缺失的个体特异性变体而确定的与所述个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，所述世系特异性分型单倍型是使用与所述个体具有相同世系的个体的参考组确定的；和(c)基于在(b)中检测到的世系特异性变体计算所述个体的遗传风险得分(grs)，其中grs指示所述个体具有或将发展所述特定表型性状的可能性。在一些实施方案中，世系特异性遗传变体和个体特异性遗传变体选自单核苷酸变体(snv)、拷贝数变体(cnv)和indel。在一些实施方案中，步骤(2)中的插补包括：(1)将来自所述个体的未分型基因型数据分型，以基于所述个体的世系产生世系特异性分型单倍型；和(2)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补在所述世系特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型，以选择与所述个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体。在一些实施方案中，ld由包括至少约0.80的d’值或包括至少0.80的r2值定义。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、过敏性状或精神性状。在一些实施方案中，所述系统还包括基因分型测定。在一些实施方案中，基因分型测定包括脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合。在一些实施方案中，基于距离的计算机程序是主成分分析，并且其中基于模型的计算机程序是最大似然或贝叶斯方法。在一些实施方案中，所述个体的基于所述世系特异性变体的grs比所述个体的基于非世系特异性变体的相应grs更准确。在一些实施方案中，所述系统还包括报告模块，所述报告模块被配置为生成包括个体的针对特定表型性状的grs的报告。在一些实施方案中，所述系统还包括被配置成向个体展示报告的输出模块。在一些实施方案中，报告包括个体具有或将发展特定性状的风险。在一些实施方案中，所述报告还包括以下建议：基于针对所述特定表型性状的grs对所述个体的行为建议。在一些实施方案中，与特定表型性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变，酒精消耗或咖啡因消耗的活动。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质的缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括缺乏包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物疗法的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述系统还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治
疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，与特定性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变，酒精消耗或咖啡因消耗的活动。
7.在一些实施方案中，本文公开了本公开的系统用于基于在(c)中计算的grs向个体建议行为改变或推荐产品中的用途。
8.在一些实施方案中，本文还公开了非暂时性计算机可读存储介质，其包括配置成使至少一个处理器执行本文公开的方法中的步骤的计算机可执行代码。
9.在某些实施方案中，本文公开了用于基于个体的世系和基因型向个体建议行为改变的计算机实现的方法，所述方法包括：a)提供所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；b)至少部分地根据所述个体的基因型为所述个体分配世系；c)使用性状相关变体(其包括源自与所述个体具有相同世系的受试者(受试者组)的世系特异性遗传变体)的数据库，以至少部分地基于所述个体的世系选择一个或多个世系特异性遗传变体，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(i)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(ii)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位；(d)基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算所述个体的遗传风险得分，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性；以及(e)向所述个体提供建议，所述建议包括基于所述遗传风险得分的与所述特定性状相关的行为改变。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题。在一些实施方案中，所述方法还包括从所述个体接收对提供给所述个体的调查表中与所述特定性状有关的一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，所述方法还包括：a)向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题；以及b)从所述个体接收对所述一个或多个问题的一个或多个答案，其中对所述个体的包括与所述特定性状有关的行为改变的建议进一步基于所述个体提供的所述一个或多个答案。在一些实施方案中，所述方法还包括在性状相关变体数据库中存储源自所述受试者组的与特定性状相关联的世系特定遗传变体。在一些实施方案中，遗传风险得分包括百分位数或z得分。在一些实施方案中，ld由(i)至少约0.20的d’值或(ii)至少约0.70的r2值定义。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括约0.20至0.25、0.25至0.30、0.30至0.35、0.35至0.40、0.40至0.45、0.45至0.50、0.50至0.55、0.55至0.60、0.60至0.65、0.65至0.70、0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95、或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括至少约0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括至少约0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95或0.95至1.0。在一些实施方案中，个体的基因型是通过对从个体获得的遗传物质进行
或已经进行基因分型测定而获得的。在一些实施方案中，通过对从个体获得的遗传物质进行脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合来获得个体的基因型。在一些实施方案中，测序测定包括下一代测序(ngs)。在一些实施方案中，所述方法还包括用所述个体的所分配的世系、特定性状和基因型更新所述性状相关变体数据库。在一些实施方案中，使用主成分分析(pca)、或最大似然估计(mle)或其组合向(b)中的个体分配世系。在一些实施方案中，一个或多个世系特异性遗传变体、一个或多个个体特异性遗传变体和与一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括单核苷酸变体(snv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括风险等位基因。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体、所述一个或多个个体特异性遗传变体和与所述一个或多个个体特异性遗传变体的处于ld的遗传变体包括以插入或缺失一个或多个核苷酸为特征的indel。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括核苷酸碱基的插入(i)或缺失(d)。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体，或所述一个或多个个体特异性遗传变体包括拷贝数变体(cnv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括核酸序列的重复或缺失。在一些实施方案中，核酸序列包括约两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括多于三个的核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括整个基因。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供关于所述个体具有或将发展所述特定性状的风险的通知。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、毛发性状、过敏性状或精神性状。在一些实施方案中，临床性状包括疾病或病症。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括缺乏包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物疗法的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述方法还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，与特定性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触
产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变、酒精消耗或咖啡因消耗的活动。在一些实施方案中，在报告中展示建议。在一些实施方案中，通过电子设备的用户界面向个体展示报告。在一些实施方案中，报告还包括个体的针对所述特定性状的遗传风险得分。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)计算原始得分，所述原始得分包括受试者组中每个受试者的每个世系特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成原始得分的世系特异性观察范围；b)计算一个或多个个体特异性遗传变体中的每个个体特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成个体原始得分；以及c)将所述个体原始得分与所述世系特异性观察范围进行比较，以生成所述遗传风险得分。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)确定每个世系特异性遗传风险变体的让步比；以及b)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的让步比相乘。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)确定每个世系特异性遗传风险变体的相对风险；以及b)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的相对风险相乘。在一些实施方案中，通过以下来确定预先确定的的遗传变体：a)提供来自个体的未分型基因型数据；b)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；c)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和d)从插补的个体特异性基因型中选择与个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，其与个体具有或将发展特定性状的可能性相关联。
6.在某些实施方案中，本文公开了基于个体的世系确定个体具有或将发展特定性状的可能性的计算机实现的方法，所述方法包括：a)提供所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；b)至少部分地根据所述个体的基因型为所述个体分配世系；c)使用性状相关变体数据库(其包括源自与所述个体具有相同世系的受试者(受试者组)的世系特异性遗传变体)，以至少部分地基于所述个体的世系选择一个或多个世系特异性遗传变体，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(i)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(ii)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位；以及(d)基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算所述个体的遗传风险得分，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供关于所述个体具有或将发展所述特定性状的风险的通知。在一些实施方案中，通知包括与特定性状相关的行为改变的建议。在一些实施方案中，与特定性状相关的行为改变包括增加、减少或避免包括进行体育锻炼，摄入药物、维生素或补充剂，接触产品，使用产品，饮食改变，睡眠改变，酒精消耗或咖啡因消耗的活动。在一些实施方案中，在报告中展示通知。在一些实施方案中，通过电子设备的用户界面向个体展示报告。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题。在一些实施方案中，所述方法还包括从所述个体接收对提供给所述个体的调查表中与所述特定性状有关的一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，所述方法还包括：a)向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个
或多个问题；以及b)从所述个体接收对所述一个或多个问题的一个或多个答案，其中对所述个体的包括与所述特定性状有关的行为改变的建议进一步基于所述个体提供的所述一个或多个答案。在一些实施方案中，所述方法还包括在性状相关变体数据库中存储源自所述受试者组的与特定性状相关联的世系特定遗传变体。在一些实施方案中，遗传风险得分包括百分位数或z得分。在一些实施方案中，ld由(i)至少约0.20的d’值或(ii)至少约0.70的r2值定义。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括约0.20至0.25、0.25至0.30、0.30至0.35、0.35至0.40、0.40至0.45、0.45至0.50、0.50至0.55、0.55至0.60、0.60至0.65、0.65至0.70、0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95、或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括约0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括至少约0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，个体的基因型是通过对从个体获得的遗传物质进行或已经进行基因分型测定而获得的。在一些实施方案中，通过对从个体获得的遗传物质进行脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合来获得个体的基因型。在一些实施方案中，测序测定包括下一代测序(ngs)。在一些实施方案中，所述方法还包括用所述个体的所分配的世系、特定性状和基因型更新所述性状相关变体数据库。在一些实施方案中，使用主成分分析(pca)、或最大似然估计(mle)或其组合向(b)中的个体分配世系。在一些实施方案中，一个或多个世系特异性遗传变体、一个或多个个体特异性遗传变体和与一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括单核苷酸变体(snv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括风险等位基因。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体、所述一个或多个个体特异性遗传变体和与所述一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括以插入或缺失一个或多个核苷酸为特征的indel。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括一个或多个核苷酸的插入(i)或缺失(d)。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体，或所述一个或多个个体特异性遗传变体包括拷贝数变体(cnv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括核酸序列的插入或缺失。在一些实施方案中，核酸序列包括约两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括多于三个的核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括整个基因。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供关于所述个体具有或将发展所述特定性状的风险的通知。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、毛发性状、过敏性状或精神性状。在一些实施方案中，临床性状包括疾病或病症。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、
秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括缺乏包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物疗法的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述方法还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)计算原始得分，所述原始得分包括受试者组中每个受试者的每个世系特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成原始得分的世系特异性观察范围；b)计算一个或多个个体特异性遗传变体中的每个个体特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成个体原始得分；以及c)将所述个体原始得分与所述世系特异性观察范围进行比较，以生成所述遗传风险得分。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)确定每个世系特异性遗传风险变体的让步比；以及b)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的让步比相乘。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：a)确定每个世系特异性遗传风险变体的相对风险；以及b)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的相对风险相乘。在一些实施方案中，通过以下来确定预先确定的的遗传变体：a)提供来自个体的未分型基因型数据；b)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；c)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和d)从插补的个体特异性基因型中选择与个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，其与个体具有或将发展特定性状的可能性相关联。
7.在某些实施方案中，本文公开了健康报告系统，其包括：a)计算设备，其包括至少一个处理器、存储器和软件程序，软件程序包括可由至少一个处理器执行以评估个体具有或将发展特定性状的可能性的指令，所述指令包括以下步骤：(i)提供所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；(ii)至少部分地根据所述个体的基因型为所述个体分配世系；(iii)使用性状相关变体数据库(其包括源自与所述个体具有相同世系的受试者(受试者组)的世系特异性遗传变体)，以至少部分地基于所述个体的世系选择一个或多个世系特异性遗传变体，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(1)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(2)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位；以及(iv)基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算所述个体的遗传风险得
分，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性；b)报告模块，其生成包括所述个体的针对所述特定性状的遗传风险得分的报告；以及c)输出模块，其被配置为向所述个体展示所述报告。在一些实施方案中，遗传风险得分包括百分位数或z得分。在一些实施方案中，ld由(i)至少约0.20的d’值或(ii)至少约0.70的r2值定义。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括约0.20至0.25、0.25至0.30、0.30至0.35、0.35至0.40、0.40至0.45、0.45至0.50、0.50至0.55、0.55至0.60、0.60至0.65、0.65至0.70、0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95、或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括约0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括至少约0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，个体的基因型是通过对从个体获得的遗传物质进行或已经进行基因分型测定而获得的。在一些实施方案中，通过对从个体获得的遗传物质进行脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合来获得个体的基因型。在一些实施方案中，测序测定包括下一代测序(ngs)。在一些实施方案中，所述方法还包括用所述个体的所分配的世系、特定性状和基因型更新所述性状相关变体数据库。在一些实施方案中，使用主成分分析(pca)、或最大似然估计(mle)或其组合向(b)中的个体分配世系。在一些实施方案中，一个或多个世系特异性遗传变体、一个或多个个体特异性遗传变体和与一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括单核苷酸变体(snv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括风险等位基因。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体、所述一个或多个个体特异性遗传变体和与所述一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括以插入或缺失一个或多个核苷酸为特征的indel。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括一个或多个核苷酸的插入(i)或缺失(d)。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体，或所述一个或多个个体特异性遗传变体包括拷贝数变体(cnv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括核酸序列的插入或缺失。在一些实施方案中，核酸序列包括约两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括多于三个的核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括整个基因。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供关于所述个体具有或将发展所述特定性状的风险的通知。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、毛发性状、过敏性状或精神性状。在一些实施方案中，临床性状包括疾病或病症。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维
生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括缺乏包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物疗法的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述方法还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，所述指令还包括向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题。在一些实施方案中，所述指令还包括从所述个体接收对提供给所述个体的调查表中与所述特定性状有关的一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，所述指令还包括：(i)向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题；以及(ii)从所述个体接收对所述一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，所述指令还包括在性状相关变体数据库中存储源自所述受试者组的与特定性状相关联的世系特定遗传变体。在一些实施方案中，输出模块被配置为在个人电子设备的用户界面上展示报告。在一些实施方案中，系统还包括个人电子设备，其具有被配置为经由计算机网络与输出模块通信以访问报告的应用程序。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：(1)计算原始得分，所述原始得分包括受试者组中每个受试者的每个世系特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成原始得分的世系特异性观察范围；(2)计算一个或多个个体特异性遗传变体中的每个个体特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成个体原始得分；以及(3)将所述个体原始得分与所述世系特异性观察范围进行比较，以生成所述遗传风险得分。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：(1)确定每个世系特异性遗传风险变体的让步比；以及(2)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的让步比相乘。在一些实施方案中，系统还包括通过以下确定预先确定的遗传变体的步骤：a)提供来自个体的未分型基因型数据；b)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；c)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和d)从插补的个体特异性基因型中选择与个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，其与个体具有或将发展特定性状的可能性相关联。
8.在某些实施方案中，本文公开了非暂时性计算机可读存储介质，其包括计算机可执行代码，所述计算机可执行代码被配置为使至少一个处理器执行以下步骤：a)提供所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；b)至少部分地根据所述个体的基因型为所述个体分配世系；c)使用性状相关变体数据库(其包括源自与所述个体具有相同世系的受试者(受试者组)的世系特异性遗传变体)，以至少部分地基于所述个体的世系选择一个或多个世系特异性遗传变体，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中
的每一个对应于：(i)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(ii)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位；以及(d)基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算所述个体的遗传风险得分，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性。在一些实施方案中，介质还包括向个体提供包括与特定性状有关的一个或多个问题的调查表。在一些实施方案中，介质还包括从所述个体接收对提供给所述个体的调查表中与所述特定性状有关的一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，介质还包括：a)向所述个体提供调查表，所述调查表包括与所述特定性状有关的一个或多个问题；以及c)从所述个体接收对所述一个或多个问题的一个或多个答案。在一些实施方案中，介质还包括在性状相关变体数据库中存储源自所述受试者组的与特定性状相关联的世系特定遗传变体。在一些实施方案中，遗传风险得分包括百分位数或z得分。在一些实施方案中，ld由(i)至少约0.20的d’值或(ii)至少约0.70的r2值定义。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括约0.20至0.25、0.25至0.30、0.30至0.35、0.35至0.40、0.40至0.45、0.45至0.50、0.50至0.55、0.55至0.60、0.60至0.65、0.65至0.70、0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95、或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括约0.70至0.75、0.75至0.80、0.80至0.85、0.85至0.90、0.90至0.95或0.95至1.0。在一些实施方案中，ld由d’值定义，所述d’值包括至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，ld由r2值定义，所述r2值包括至少约0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95和1.0。在一些实施方案中，个体的基因型是通过对从个体获得的遗传物质进行或已经进行基因分型测定而获得的。在一些实施方案中，通过对从个体获得的遗传物质进行脱氧核糖核酸(dna)阵列、核糖核酸(rna)阵列、测序测定或其组合来获得个体的基因型。在一些实施方案中，测序测定包括下一代测序(ngs)。在一些实施方案中，所述方法还包括用所述个体的所分配的世系、特定性状和基因型更新所述性状相关变体数据库。在一些实施方案中，使用主成分分析(pca)、或最大似然估计(mle)或其组合向(b)中的个体分配世系。在一些实施方案中，一个或多个世系特异性遗传变体、一个或多个个体特异性遗传变体和与一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括单核苷酸变体(snv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括风险等位基因。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体、所述一个或多个个体特异性遗传变体和与所述一个或多个个体特异性遗传变体处于ld的遗传变体包括以插入或缺失一个或多个核苷酸为特征的indel。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括一个或多个核苷酸的插入(i)或缺失(d)。在一些实施方案中，所述一个或多个世系特异性遗传变体，或所述一个或多个个体特异性遗传变体包括拷贝数变体(cnv)。在一些实施方案中，一个或多个风险单位包括核酸序列的插入或缺失。在一些实施方案中，核酸序列包括约两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括多于三个的核苷酸。在一些实施方案中，核酸序列包括整个基因。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述个体提供关于所述个体具有或将发展所述特定性状的风险的通知。在一些实施方案中，特定性状包括营养性状、临床性状、亚临床性状、体育锻炼
性状、皮肤性状、毛发性状、过敏性状或精神性状。在一些实施方案中，临床性状包括疾病或病症。在一些实施方案中，亚临床性状包括疾病或病症的表型。在一些实施方案中，体育锻炼性状包括反感锻炼、有氧运动能力、减肥困难、耐力、力量、身体素质益处、对锻炼的心跳反应降低、瘦体重、肌肉酸痛、肌肉损伤风险、肌肉修复受损、应力性骨折、整体损伤风险、肥胖的可能性或静息代谢率受损。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解、干燥、抗氧化剂缺乏、解毒受损、皮肤糖化、色素斑点、年轻性、光老化、真皮敏感性或对阳光的敏感性。在一些实施方案中，毛发性状包括头发厚度、头发稀疏、头发脱落、秃顶、油性、干燥、头皮屑或发量。在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、脂肪酸缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感或健康饮食的有效性。在一些实施方案中，维生素缺乏包括有包括维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e和维生素k的维生素的缺乏。在一些实施方案中，矿物质缺乏包括有包括钙、铁、镁、锌或硒的矿物质缺乏。在一些实施方案中，抗氧化剂缺乏包括缺乏包括谷胱甘肽或辅酶q10(coq10)的抗氧化剂。在一些实施方案中，脂肪酸缺乏包括多不饱和脂肪酸或单不饱和脂肪酸的缺乏。在一些实施方案中，代谢失衡包括葡萄糖失衡。在一些实施方案中，代谢受损包括咖啡因或药物疗法的代谢受损。在一些实施方案中，代谢敏感性包括麸质敏感性、聚糖敏感性或乳糖敏感性。在一些实施方案中，过敏包括对食物的过敏(食物过敏)或对环境因素的过敏(环境过敏)。在一些实施方案中，所述方法还包括对个体进行有效地改善或防止个体中的特定性状的治疗，前提是遗传风险得分指示个体具有或将发展特定性状的高可能性。在一些实施方案中，治疗包括补充剂或药物疗法。在一些实施方案中，补充剂包括维生素、矿物质、益生菌、抗氧化剂、抗炎剂或其组合。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：(1)计算原始得分，所述原始得分包括受试者组中每个受试者的每个世系特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成原始得分的世系特异性观察范围；(2)计算一个或多个个体特异性遗传变体中的每个个体特异性遗传变体的一个或多个风险单位的总数，由此生成个体原始得分；以及(3)将所述个体原始得分与所述世系特异性观察范围进行比较，以生成所述遗传风险得分。在一些实施方案中，通过以下来计算遗传风险得分：(1)确定每个世系特异性遗传风险变体的让步比；以及(2)如果选择了两个或更多个世系特异性遗传变体，则将所述两个或更多个世系特异性遗传变体中的每个的让步比相乘。在一些实施方案中，其中所述计算机可执行代码还被配置为使至少一个处理器执行通过以下来执行确定所述预先确定的遗传变体的步骤：a)提供来自个体的未分型基因型数据；b)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；c)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和d)从插补的个体特异性基因型中选择与个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体，其与个体具有或将发展特定性状的可能性相关联。
附图说明
9.图1是示出用于确定个体的世系特异性遗传风险得分的示例性系统的框图。
10.图2是示出用于确定个体的遗传风险得分的示例性过程的流程图。
11.图3是示出使用一个或多个参考遗传变体来确定个体的世系特异性遗传风险得分
的示例性过程的流程图。
12.图4是示出使用来自性状相关数据库的一个或多个世系特异性遗传变体来确定个体的世系特异性遗传风险得分的示例性过程的流程图。
13.图5是示出使用来自性状相关数据库的一个或多个世系特异性遗传变体来确定个体的世系特异性遗传风险得分的示例性过程的流程图。
14.图6a
‑
图6f举例说明了根据本实施方案的报告，其中向受试者展示多个特定表型性状的grs。图6a举例说明了身体素质表型性状的总结报告。图6b举例说明与身体素质表型性状：肥胖的可能性相关的行为建议。图6c举例说明了皮肤表型性状的总结报告。图6d举例说明了与皮肤表型性状：抗氧化剂缺乏相关的行为建议。图6e举例说明了营养表型性状的总结报告。图6f举例说明了与营养表型性状：饱腹感受损相关的行为建议。
15.图7a
‑
图7d举例说明了根据本实施方案的关注营养和健康的营养报告，其中向受试者展示多个特定表型性状的grs。图7a举例说明了食物敏感性的总结报告。图7b举例说明了矿物质和营养缺乏的总结报告。图7c举例说明了饮食管理表型的总结报告。图7d举例说明了维生素缺乏的总结报告。
具体实施方式
16.认为单倍型异质性的差异以及重组率的差异是导致不同世系群体间连锁不平衡(ld)存在变异的重要原因。目前的遗传风险预测方法在选择代理遗传变体时未能考虑受试者组的世系，这导致在给定群体中选择的风险指标较差。本文公开的方法、介质和系统通过在个体所属的特定世系群体内基于ld选择代理遗传变体来提供该问题的解决方案。此外，本文公开的方法、介质和系统利用被配置为使用预先确定的ld模式的软件程序，在计算先前未公开的个体特异性遗传变体的遗传风险得分(grs)时，可以利用该预先确定的ld模式。因此，与现有方法相比，本文公开的本解决方案提高了遗传风险预测的准确性和效率。
17.目前的风险预测方法没有利用世系特异性ld信息。然而，遗传变体是否与另一个遗传变体处于ld，很大程度上受所研究的世系群体的影响。在非限制性示例中，在以高加索人为主的群体中处于ld的两个遗传变体可能不一定在例如，中国人群体中处于ld。反之亦然。在计算个体的grs时考虑世系特异性ld模式优于现有技术的水平，许多原因包括但不限于(i)避免错误(例如，两个遗传变体在该群体中根本不处于ld)，以及(ii)避免对遗传变体进行多于一次计数。考虑到世系特异性ld模式，通过确保鉴定处于ld的遗传风险变体，并防止因对单个遗传变体多于一次计数而导致的grs膨胀，产生了更准确的grs预测。
18.本文在一些实施方案中公开了用于基于个体的世系计算遗传风险得分(grs)的遗传风险预测方法、介质和系统，所述grs表示个体将发展特定表型性状的可能性。在一些实施方案中，和与个体具有相同世系的受试者群体相比，基于在从个体获得的样品中检测到的构成个体基因型的遗传变体的数量和类型，计算grs。在一些实施方案中，通过分析个体的基因型来确定个体的世系。本文还公开了用于基于所计算的针对特定表型性状的grs向个体建议与特定表型性状相关的行为改变的方法、介质和系统。基因型和遗传变体
19.全基因组关联研究(gwas)考虑了成千上万的遗传变体，包括单核苷酸变异(snv)、插入/缺失(indel)和拷贝数变异(cnv)，以鉴定群体中的遗传变体与复杂的临床病症和表
型性状之间的联系。在从个体获得的样品中检测与特定表型性状相关的遗传变体被认为指示所述个体具有或将发展特定表型性状。在一些实施方案中，个体获得他或她自己的样品，并将样品提供给实验室用于处理和分析。在一些实施方案中，从获得自受试者的样品中提取遗传物质。在一些实施方案中，使用基因分型测定(例如，基因分型测定，定量聚合酶链反应(qpcr)，和/或荧光qpcr)在从个体获得的样品的遗传物质中检测遗传变体。在一些实施方案中，分析遗传信息以确定个体的世系。
20.遗传变体(例如，snv、snp、indel、cnv)可以位于基因的编码区、基因的非编码区或基因之间的基因间区。基因编码区中的遗传变体可能导致，也可能不会导致由于遗传密码冗余而产生的不同蛋白质同种型。基因的非编码区或基因间区内的遗传变体可影响所述基因或由所述基因表达的基因表达产物的表达和/或活性。
21.本文在一些实施方案中公开了用于确定个体的基因型的方法和系统。在一些实施方案中，个体正罹患疾病或病症，或与疾病或病症相关的症状。在一些实施方案中，疾病或病症包括缺乏性疾病、遗传性疾病或心理疾病。在一些实施方案中，疾病或病症包括免疫性疾病和/或代谢性疾病。在一些实施方案中，免疫性疾病包括自身免疫性疾病或紊乱。自身免疫性疾病或紊乱的非限制性示例包括格雷夫病、桥本甲状腺炎、系统性红斑狼疮(狼疮)、多发性硬化症、类风湿性关节炎、炎症性肠病、克罗恩病、溃疡性结肠炎和癌症。代谢性疾病或病症的非限制性示例包括1型糖尿病、2型糖尿病、影响大量营养素(例如，氨基酸、碳水化合物或脂类)吸收的疾病、影响微量营养物(例如，维生素或矿物质)吸收的疾病、影响线粒体功能的疾病、影响肝功能的疾病(例如，非酒精性脂肪性肝病)、以及影响肾功能的疾病。
22.在一些实施方案中，本文公开了用于使用本文公开的基因型和/或遗传变体计算遗传风险得分(grs)的方法和系统，所述grs表示个体具有或将发展特定表型性状的可能性。在一些实施方案中，使用单个遗传变体。在一些实施方案中，使用两个遗传变体。在一些实施方案中，使用三个遗传变体。在一些实施方案中，使用四个遗传变体。在一些实施方案中，使用五个遗传变体。在一些实施方案中，使用六个遗传变体。在一些实施方案中，使用七个遗传变体。在一些实施方案中，使用八个遗传变体。在一些实施方案中，使用九个遗传变体。在一些实施方案中，使用十个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约两个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约三个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约四个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约五个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约六个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约七个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约八个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约九个遗传变体。在一些实施方案中，使用至少约十个遗传变体。在一些实施方案中，使用两个遗传变体。
23.在一些实施方案中，本文公开了包括一种或多种遗传变体(例如，indel、snv、snp)的基因型，所述基因型在本文所述的方法、系统和试剂盒中使用的seq id no:1
‑
218中的一个或多个中提供。在一些实施方案中，本文描述的基因型包括单个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括两个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括三个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括四个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括五个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括六个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括七个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括八个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括九个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括十个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括超过十
个遗传变体。
24.在一些实施方案中，基因型包括至少约两个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约三个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约四个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约五个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约六个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约七个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约八个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约九个遗传变体。在一些实施方案中，基因型包括至少约十个遗传变体。
25.在一些实施方案中，使用在下列表1
‑
表44任一项中列出的至少一个遗传变体。在一些实施方案中，使用本文公开的检测方法，使用遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用(例如，检测、分析)表1中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表2中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表3中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表4中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表5中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表6中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表7中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表8中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表9中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表10中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表11中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表12中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表13中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表14中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表15中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表16中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表17中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表18中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表19中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表20中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表21中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表22中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表23中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表24中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表25中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表26中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表27中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表28中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表29中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表30中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表31中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表32中提供的一种或多种遗传变体。在
一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表33中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表34中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表35中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表36中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表37中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表38中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表39中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表40中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表41中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表42中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表43中提供的一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，本文描述的方法和系统使用表44中提供的一种或多种遗传变体。
26.在一些实施方案中，所述方法、系统和试剂盒利用所述一种或多种遗传变体中的主要或次要等位基因。在一些实施方案中，使用次要等位基因。在一些实施方案中，使用主要等位基因。在一些实施方案中，所述方法、系统和试剂盒利用由非核酸字母或代码表示的核苷酸。在一些情况下，非核酸字母或代码是seq id no:1
‑
218中任何一个提供的国际纯粹与应用化学联合会(iupac)核苷酸代码。表1
‑
表44任一项中提供的遗传变体具有相应的seq id no，其提供包含与具有或发展特定表型性状的风险相关的核苷酸或多核苷酸序列的核酸序列。
27.本文公开的方法和系统一般适用于分析从个体获得的样品。类似地，本文公开的方法包括样品的处理和/或分析。在一些情况下，样品直接或间接地从个体获得。在一些情况下，样品是通过抽液、拭子或流体收集获得。在一些情况下，样品包括全血、外周血、血浆、血清、唾液、面颊拭子、尿液或其他体液或组织。
28.在一些实施方案中，通过对从个体获得的样品进行基于核酸的检测测定来确定个体的基因型。在一些情况下，基于核酸的检测测定包括定量聚合酶链反应(qpcr)、凝胶电泳(包括例如，rna或dna印迹)、免疫化学、原位杂交例如荧光原位杂交(fish)、细胞化学、或测序。在一些实施方案中，测序技术包括下一代测序。在一些实施方案中，所述方法涉及杂交测定，例如荧光qpcr(例如，taqman
tm
或sybr绿)，其涉及用特异性引物对的核酸扩增反应，以及包含对靶核酸序列特异性的可检测部分或分子的扩增核酸探针的杂交。另外的示例性基于核酸的检测测定包括使用缀合或以其他方式固定在珠、多孔板、阵列或其他底物上的核酸探针，其中所述核酸探针被配置为与靶核酸序列杂交。在一些情况下，核酸探特异于遗传变体(例如，snp、snv、cnv或indel)。在一些情况下，特异于snp或snv的核酸探针包括与感兴趣的风险等位基因或保护性等位基因充分互补的核酸探针序列，使得杂交特异于风险等位基因或保护性等位基因。在一些情况下，特异于indel的核酸探针包括与插入侧翼的多核苷酸序列中的核碱基插入充分互补的核酸探针序列，使得杂交针对indel特异。在一些情况下，对indel特异的核酸探针包括与多核苷酸序列内核碱基缺失侧翼的多核苷酸序列充分互补的探针序列，使得杂交对indel特异。在一些情况下，需要多个核酸探针来检测cnv，所述核酸探针特异于包含cnv的多核苷酸序列中的各个区域。在非限制性实例中，对基因内单个外显子cnv特异的多个核酸探针可以包括2至3、3至4、4至5、5至6和6至7个核酸探针之间
的高密度核酸，可以使用与基因的外显子区域充分互补的每个核酸探针。在另一非限制性实施方案中，可以利用分散在整个个体基因组中的多个核酸探针来检测长cnv。
29.用于检测本文描述的基因型的示例性核酸探针是风险等位基因特异性的，并且包括seq id no:1
‑
218中任一项中提供的寡核苷酸序列。在一些情况下，核酸探针的长度至少为10个但不超过50个连续核苷酸。在一些情况下，核酸探针的长度在约15到约55个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约100个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约90个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约80个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约70个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约60个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约50个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约40个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约10到约30个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约20到约60个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约25到约65个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约30到约70个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约35到约75个核苷酸之间。在一些情况下，核酸探针的长度在约40到约70个核苷酸之间。
30.在一些实施方案中，检测个体基因型的方法包括对从个体获得的样品进行核酸扩增测定。在一些情况下，扩增测定包括聚合酶链反应(pcr)、qpcr、自我维持序列复制、转录扩增系统、q
‑
β复制酶、滚动循环复制或任何合适的其他核酸扩增技术。适当的核酸扩增技术被配置成扩增包含风险变体(例如，snp、snv、cnv或indel)的核酸序列的区域。在一些情况下，扩增测定需要引物。基因型内的基因或遗传变体的已知核酸序列足以使本领域技术人员能够选择引物来扩增基因或遗传变体的任何部分。，例如，通过pcr扩增基因组dna、基因组dna片段、连接到衔接子序列或克隆序列的基因组dna片段，可以获得适合作为引物的dna样品。任何合适的计算机程序都可以用来设计具有所需特异性和最佳扩增特性的引物，如oligo7.0版(national biosciences)。用于扩增本文所述基因型的示例性引物长度至少为10个且不超过30个核苷酸，并包含位于seq id no:1
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218中的一个或多个所提供的感兴趣indel、snv、snp或cnv侧翼的核酸序列。
31.在一些实施方案中，检测基因型的存在或不存在包括对从受试者获得的样品中的遗传物质进行测序。可以用任何适当的测序技术进行测序，包括但不限于单分子实时(smrt)测序、polony测序、连接测序、可逆终止子测序、质子检测测序、离子半导体测序、纳米孔测序、电子测序、焦磷酸测序、maxam
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gilbert测序、链终止(例如，sanger)测序、 s测序或合成测序。测序方法还包括下一代测序，例如，现代测序技术，如illumina测序(例如，solexa)、罗氏454测序、离子激流测序和solid测序。在一些情况下，下一代测序涉及高通量测序方法。也可以采用本领域技术人员可用的其他测序方法。
32.在一些情况下，测序的核苷酸数目为至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、100、150、200、300、400、500、2000、4000、6000、8000、10000、20000、50000、100000、或超过100000的核苷酸。在一些情况下，测序的核苷酸数目在以下范围中：约1至约100000个核苷酸、约1至约10000个核苷酸、约1至约1000个核苷酸、约1至约500个核苷酸、约1至约300个核苷酸、约1至约200个核苷酸、约1至约100个核苷酸、约5至约100000个核苷酸、约5至约10000个核苷酸、约5至约1000个核苷酸、约5至约500个核苷酸、约5至约300个核苷酸、约5至约200个核苷酸、约5至约100个核苷酸、约10至约100000个核苷酸、约10至约10000个核苷酸、约10至约
1000个核苷酸、约10至约500个核苷酸、约10至约300个核苷酸、约10至约200个核苷酸、约10至约100个核苷酸、约20至约100000个核苷酸、约20至约10000个核苷酸、约20至约1000个核苷酸、约20至约500个核苷酸、约20至约300个核苷酸、约20至约200个核苷酸、约20至约100个核苷酸、约30至约100000个核苷酸、约30至约10000个核苷酸、约30至约1000个核苷酸、约30至约500个核苷酸、约30至约300个核苷酸、约30至约200个核苷酸、约30至约100个核苷酸、约50至约100000个核苷酸、约50至约10000个核苷酸、约50至约1000个核苷酸、约50至约500个核苷酸、约50至约300个核苷酸、约50至约200个核苷酸、或约50至约100个核苷酸。
33.在一些情况下，基因型的核酸序列包括变性的dna分子或其片段。在一些情况下，核酸序列包括选自以下的dna：基因组dna、病毒dna、线粒体dna、质粒dna、扩增的dna、环状dna、循环dna、无细胞dna或外泌体dna。在一些情况下，dna是单链dna(ssdna)、双链dna、变性双链dna、合成dna，以及其组合。环状dna可以被切割或片段化。在一些情况下，核酸序列包括rna。在一些情况下，核酸序列包括片段化的rna。在一些情况下，核酸序列包括部分地降解的rna。在一些情况下，核酸序列包括微rna或其部分。在一些情况下，所述核酸序列包括rna分子或片段化rna分子(rna片段)，选自：微rna(mirna)、pre
‑
mirna、pri
‑
mirna、mrna、pre
‑
mrna、病毒rna、类病毒rna、拟病毒rna、环状rna(circrna)、核糖体rna(rrna)、转移rna(trna)、pre
‑
trna、长非编码rna(lncrna)、小核rna(snrna)、循环rna、无细胞rna、外泌体rna、载体表达的rna、rna转录本、合成的rna及其组合。确定个体具有或将要发展特定表型性状的可能性
34.本文公开的方面提供了计算遗传风险得分(grs)的方法、介质和系统，所述grs表示个体将发展特定表型性状的可能性。在一些实施方案中，特定表型性状包括本文讨论的表型性状，包括但不限于临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状或精神性状。
35.图2描述了通过计算遗传风险得分(grs)来确定个体具有或将发展特定性状的可能性的示例工作流程。提供个体的基因型202；所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体。接下来，至少部分基于个体的基因型来分配个体的世系204。接下来，选择基于一个或多个参考遗传变体206，其中所述一个或多个参考遗传变体中的每一个对应于所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体或与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体在受试者群体中处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体。接下来，基于受试者群体内所选择的一个或多个参考遗传变体，计算个体的遗传风险得分208，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性。在一些情况下，使用本文公开的任何一种方法来计算grs。
36.图3描述了示例性工作流，通过计算如与非世系特异性受试者群体相比较的grs来确定个体具有或将发展特定性状的可能性。提供个体的基因型302；所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体。接下来，至少部分基于个体的基因型来分配个体的世系304。接下来，选择基于一个或多个参考遗传变体306，其中所述一个或多个参考遗传变体中的每一个对应于所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体或与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体在受试者群体中处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体。接下来，计算个体特异性原始得分308。将数值分配给个体特异性遗传变体内的风险单位并且将每个个体特异性遗传变体的所有数值相加在一起，以产生个体特异性原始得分。执行相同的计算以生成受试者组内的每个个体的原始得分，由此生成
原始得分的观察范围(观察范围)310。接下来，将个体特异性原始得分与观察范围进行比较，以计算相对于受试者群体的风险百分比312。接下来，将遗传风险得分(grs)分配给个体314。在一些情况下，grs的形式是百分位数。在一些情况下，百分位数是z得分的形式。
37.图4描述了示例性工作流，以根据个体的世系确定个体具有或将发展特定性状的可能性。提供个体的基因型402；所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体。接下来，至少部分基于个体的基因型来分配个体的世系404。接下来，从性状相关变体数据库中选择来自与个体具有相同世系的受试者(世系特异性受试者组)的世系特异性遗传变体406，这至少部分地基于所述个体的世系而选择，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(i)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(ii)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位。接下来，计算个体特异性原始得分408。将数值分配给个体特异性遗传变体内的风险单位并且将每个个体特异性遗传变体的所有数值相加在一起，以产生个体特异性原始得分。执行相同的计算以生成世系特异性受试者组内的每个个体的原始得分，由此生成原始得分的观察范围(观察范围)410。接下来，将个体特异性原始得分与世系特异性观察范围进行比较，以计算相对于世系特异性受试者群体的风险百分比412。接下来，将遗传风险得分(grs)分配给个体414。在一些情况下，grs的形式是百分位数。在一些情况下，百分位数是z得分的形式。
38.图5描述了示例性工作流，以根据个体的世系确定个体具有或将发展特定性状的可能性。提供个体的基因型502；所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体。接下来，至少部分基于个体的基因型来分配个体的世系504。接下来，从性状相关变体数据库中选择来自与个体具有相同世系的受试者(世系特异性受试者组)的世系特异性遗传变体506，这至少部分地基于所述个体的世系而选择，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(i)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(ii)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位。接下来，基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算对于所述个体的遗传风险得分(grs)508，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性。在一些情况下，使用本文公开的任何一种方法来计算grs。分配个体的世系
39.在一些情况下，世系是通过分析个体的基因型来分配给个体。在一些情况下，使用如下方法分析个体的基因型，所述方法包括：最大似然或主成分分析(pca)。在一些情况下，使用包括snprelate、admixture、plink或structure的计算机程序。例如，在snprelate进行pca后，来自已知世系的群体的前两个主成分(pc1和pc2)各自组合成单个数据点或质心。个体世系根据其与已知世系的最近质心的接近程度来分类。该方法依赖于最近质心分类模型性状相关数据库
40.在一些实施方案中，使用性状相关数据库。在一些情况下，性状相关数据库包括受
试者组的基因型、表型和/或世系数据。在一些情况下，受试者组源于公开的全基因组关联研究(gwas)。在一些情况下，公开的gwas被记录在同行审查的期刊中。在一些情况下，性状相关数据库使得能够选择与个体处于相同世系的受试者组中存在的遗传变体。在一些情况下，性状相关数据库用来自个体的基因型、表型和/或世系数据更新。许多数据库适用于基因型数据、表型数据和世系数据的存储和检索。通过非限制性示例，合适的数据库包括关系数据库、非关系数据库、面向特征的数据库、特征数据库、实体关系模型数据库、关联数据库和xml数据库。在一些实施方案中，数据库是基于因特网的。在一些实施方案中，数据库是基于web的。在一些实施方案中，数据库是基于云计算的。在一些实施方案中，数据库连接到分布式帐本。在一些实施方案中，分布式账本包括区块链。数据库可以基于一个或多个本地计算机存储设备。选择一个或多个参考遗传变体或世系特异性遗传变体
41.在一些实施方案中，参考遗传变体或世系特异性遗传变体用于计算个体的grs。在一些情况下，所述一个或多个遗传变体包括来自任何世系的受试者组的参考遗传变体。在一些实施方案中，受试者组包括一个或多个世系的个体，所述世系包括日本人、德国人、爱尔兰人、非洲人、南非人、英国人、墨西哥人、意大利人、波兰人、法国人、美洲土著人、苏格兰人、荷兰人、挪威人、苏格兰
‑
爱尔兰人、瑞典人、波多黎各人、俄罗斯人、西班牙人、法裔加拿大人、菲律宾人、韩国人、朝鲜人、印度尼西亚人、中国人、马来西亚人、非洲
‑
加勒比海人、高加索人、美洲印第安人/阿拉斯加土著(包括有部落联系的中美洲和南美洲血统的人)、太平洋岛民(包括夏威夷、关岛、萨摩亚等)、南亚人(包括来自阿富汗、印度、巴基斯坦、孟加拉国、斯里兰卡和尼泊尔的人)、日本人、泰国人、土著澳大利亚人(本土、托雷斯海峡岛民)。在一些情况下，所述一个或多个参考遗传变体包括世系特异性遗传变体，所述世系特异性遗传变体来自包括与所述个体同世系的个体的受试者组(世系特异性遗传变体)。
42.在一些情况下，选择参考遗传变体，至少部分是因为他们来自与个体同世系的受试者组(世系特异性遗传变体)。在一些情况下，通过使用本文公开的方法分析个体的基因型来确定个体的世系。在一些情况下，世系特异性遗传变体选自本文公开的性状相关变体数据库。
43.在一些情况下，世系特异性遗传变体对应于个体基因型内的个体特异性遗传变体。在一些情况下，对应的个体特异性遗传变体是未知的，在这种情况下，选择另一个遗传变体作为未知个体特异性遗传变体的代理。选择代理遗传变体
44.在一些实施方案中，当个体特异性遗传变体未知时，使用代理遗传变体来计算grs。在一些情况下，选择预先确定的遗传变体作为提供的代理。在一些实施方案中，本文公开了预先确定对应于未知个体特异性遗传变体的代理遗传变体的方法，所述方法包括：(i)提供来自个体的未分型基因型数据；(ii)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；(iii)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和(iv)从插补的个体特异性基因型中选择与和个体具有或将发展特定性状的可能性相关联的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体。
45.在一些情况下，方法包括选择indel(插入/删除)作为未知的个体特异性indel的
代理。在一些情况下，方法包括选择拷贝数变体(cnv)作为未知的个体特异性cnv的代理。
46.本文所用的“连锁不平衡”或“ld”是指风险单位与给定群体中的遗传风险变体的非随机关联。ld可以由d’值来定义，所述d’值对应于群体中观察到的和预期的风险单位频率之间的差值(d＝pab
‑
papb)，该差值由d的理论最大值来标度。ld可以由r2值来定义，所述r2值对应于群体中观察到的和预期的风险单位频率之间的差值(d＝pab
‑
papb)，该差值由不同基因座的单个频率标度。在一些实施方案中，d’包括至少0.20。在一些实施方案中，r2包括至少0.70。在一些实施方案中，ld由包括如下的d’值定义：至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95或1。在一些实施方案中，ld由包括如下的r2值定义：至少约0.70、0.75、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95或1.0。ld在属于不同世系的受试者群体中存在差异。在非限制性示例中，在中国人个体的受试者群体中与代理snv处于ld的snv可能不一定在高加索人个体的受试者群体中处于ld。因此，基于世系特异性分型单倍型数据的代理遗传变体的预先确定提供了至少部分基于代理的遗传风险预测的准确性提高。计算遗传风险得分
47.在一些实施方案中，提供了基于个体的世系计算个体的遗传风险得分(grs)的方法。本文公开的遗传变体包括snv、indel、和/或cnv。每个遗传变体包括用于计算grs的风险单位。在一些情况下，snv中的风险单位包括风险等位基因。在一些情况下，indel中的风险单位包括插入或缺失。在一些情况下，与野生型拷贝数相比，cnv内的风险单位包括基因或基因片段拷贝数的增加或减少。本领域技术人员将理解，根据本发明的方法和系统，可以使用计算grs的许多方法来计算个体的grs。
48.在一些实施方案中，本文公开了计算个体的grs的方法。在一些情况下，snv(例如，风险等位基因)、indel(例如，插入或删除)、和/或cnv(例如，拷贝数)中的风险单位可以被分配任意数值。在计算涉及snv的grs的非限制性示例中，snv(rr)内的风险等位基因的纯合基因型被分配数值2；在sn(r)内的风险等位基因的杂合基因型被分配数值1；无风险(n)的基因型被分配数值0。接下来，将对应于世系特异性snv的所有个体snv的每个数值相加在一起，除以模型中使用的遗传变体的总数，以生成个体的原始得分(个体原始得分)。对属于受试者组的每个个体执行相同的计算，从而产生原始得分的范围(观察范围)。在一些情况下，受试者组包括与个体具有相同世系的个体。接下来，将个体原始得分与观察范围进行比较，以计算相对于受试者群体的风险百分比。
49.在计算涉及snv的grs的另一非限制性示例中，提供与个体特异性snv相对应的每个选择的世系特异性snv的等位基因让步比(or)并将其相乘。在一些情况下，or从重复的、公开的和/或同行评审的gwas中获得。在一些情况下，提供与个体特异性snv相对应的每个选择的世系特异性snv的or。然后，将每个世系特异性snv的基因型or相加在一起；将个体的基因型or相乘。对个体和受试者组的基因型or进行比较，并计算百分位数grs。
50.在计算涉及indel的grs的另一非限制性示例中，对indel(ii)内的插入的纯合基因型分配数值2；对indel(i)内的插入的杂合基因型分配数值1；无风险(n)的基因型被分配数值0。接下来，将对应于世系特异性indel的所有个体indel的每个数值相加在一起，除以模型中使用的遗传变体的总数，以生成个体的原始得分(个体原始得分)。对属于受试者组的每个个体执行相同的计算，从而产生原始得分的范围(观察范围)。在一些情况下，受试者
组包括与个体具有相同世系的个体。接下来，将个体原始得分与观察范围进行比较，以计算相对于受试者群体的风险百分位数。
51.在计算涉及indel的grs的另一非限制性示例中，提供与个体特异性indel相对应的每个选择的世系特异性indel的让步比(or)并将其相乘。在一些情况下，or从重复的、公开的和/或同行评审的gwas中获得。在一些情况下，提供与个体特异性indel相对应的每个选择的世系特异性indel的or，并将每个风险indel等位基因的or相乘以生成受试者组中每个受试者的基因型or。接下来，对个体执行相同的计算，以生成个体的基因型or。对个体和受试者组的基因型or进行比较，并计算百分位数grs。
52.在计算涉及cnv的grs的非限制性示例中，对无风险基因型(例如，拷贝数与野生型相同，或正常对照相同)分配数值0，对由1个cnv组成的基因型分配数值1，对由2个cnv组成的基因型分配数值2。接下来，将对应于世系特异性cnv的所有个体cnv的每个数值相加在一起，除以模型中使用的遗传变体的总数，以生成个体的原始得分(个体原始得分)。对属于受试者组的每个个体执行相同的计算，从而产生原始得分的范围(观察范围)。在一些情况下，受试者组包括与个体具有相同世系的个体。接下来，将个体原始得分与观察范围进行比较，以计算相对于受试者群体的风险百分位数。
53.在计算涉及cnv的grs的另一非限制性示例中，提供与个体特异性cnv相对应的每个选择的世系特异性snv的让步比(or)并将其相乘。在一些情况下，or从重复的、公开的和/或同行评审的gwas中获得。在一些情况下，提供与个体特异性cnv相对应的每个选择的世系特异性cnv的or，并将每个cnv的or相乘以生成受试者组中每个受试者的基因型or。接下来，对个体执行相同的计算，以生成个体的基因型or。对个体和受试者组的基因型or进行比较，并计算百分位数grs。
54.在一些实施方案中，本文公开了用于使用上面公开的方法计算遗传风险得分(grs)的方法、介质和系统，所述方法涉及一个或多个snv和一个或多个cnv、一个或多个snv和一个或多个indel、一个或多个cnv和一个或多个indel、或一个或多个snv、一个或多个cnv和一个或多个indel。表型性状
55.大多数表型性状和复杂疾病是遗传和环境因素综合作用的结果，每一种因素都增加或减少表型性状发展的易感性。预测个体是否具有或将发展一种表型性状的能力对于多种目的是有用的，包括但不限于为个体选择治疗方案、管制个体饮食、建议产品(例如，护肤、护发、化妆品、补充剂、维生素、运动等)。
56.术语“表型性状”和“特定表型性状”在此可互换地使用，以指至少由个体的基因型引起的个体的可观察特征。本文公开的遗传风险预测方法、介质和系统通过分析与参考群体相比遗传变体的数量和类型来量化个体基因型中遗传变异的负荷。从个体获得的样品中存在的遗传变体的数量和类型可以告知所述个体发展某种表型性状的可能性(或风险)是增加还是减少。在一些情况下，特定表型性状会对个体的保健或健康产生不利影响。在一些实施方案中，本文公开了用于建议行为改变以防止、减轻或改善个体中特定表型性状的不利影响的方法、系统和介质。
57.本文公开的方面提供了计算遗传风险得分(grs)的方法和系统，所述grs表示个体将发展特定表型性状的可能性。grs是基于个体基因组或基因型中存在的一种或多种遗传
变体。在一些实施方案中，使用本文公开的方法在从个体获得的样品中检测一种或多种遗传变体。在一些实施方案中，所述一种或多种遗传变体包括snv、indel和/或cnv。在一些实施方案中，个体基因型中存在的一种或多种遗传变体与个体具有或将发展特定表型性状的可能性增加相关联。在一些实施方案中，个体基因型中存在的一种或多种遗传变体与个体具有或将发展特定表型性状的可能性降低相关联。在一些实施方案中，表型性状包括临床性状、亚临床性状、体育锻炼性状、皮肤性状、毛发性状、过敏性状、营养性状或精神性状。临床和亚临床性状
58.在一些实施方案中，临床性状包括疾病或病症，或所述疾病或病症的亚临床性状。在一些实施方案中，临床性状包括可诊断的疾病或病症。在一些实施方案中，亚临床性状包括亚可诊断的疾病、病症或与疾病或病症相关联的其他表型。在一些实施方案中，疾病或病症包括缺乏性疾病、遗传性疾病或心理疾病。在一些实施方案中，疾病或病症包括免疫性疾病和/或代谢性疾病白内障风险、青光眼风险、关节炎症风险、肾结石风险、整体炎症风险、盆底功能障碍、炎症生物标志物(crp、esr、il18)、与年龄相关的认知衰退、与年龄相关的听力损失、白癜风、升高的同型半胱氨酸风险。非限制性示例包括失眠风险、肾结石风险和牙周炎。在一些实施方案中，免疫性疾病包括自身免疫性疾病或紊乱。自身免疫性疾病或紊乱的非限制性示例包括格雷夫病、桥本甲状腺炎、系统性红斑狼疮(狼疮)、多发性硬化症、类风湿性关节炎、炎症性肠病、克罗恩病、溃疡性结肠炎和癌症。代谢性疾病或病症的非限制性示例包括1型糖尿病、2型糖尿病、影响大量营养素(例如，氨基酸、碳水化合物或脂类)吸收的疾病、影响微量营养物(例如，维生素或矿物质)吸收的疾病、影响线粒体功能的疾病、影响肝功能的疾病(例如，非酒精性脂肪性肝病)、以及影响肾功能的疾病。亚临床性状可以包括与本文公开的疾病或病症相关联的亚可诊断病症或紊乱。皮肤性状
59.在一些实施方案中，表型性状包括与个体皮肤相关联的性状(皮肤性状)。在一些实施方案中，皮肤性状包括胶原分解率。胶原分解率可能受编码mmp、mmp
‑
3、mmp
‑
1胶原分解酶的基因内的遗传变异影响。编码胶原分解酶的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表1中公开的单核苷酸变体(snv)。表1
60.在一些实施方案中，皮肤性状包括干燥程度。编码水通道蛋白3的基因内的遗传变异可能会影响皮肤含水量，进而影响皮肤干燥程度。编码水通道蛋白3的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表2中公开的snv。表2
61.在一些实施方案中，皮肤性状包括皮肤的抗氧化剂缺乏。皮肤抗氧化剂缺乏可受到编码nqo1、sod2、nfe2l2、gpx1和/或cat的基因内的遗传变异的影响。编码nqo1、sod2、nfe2l2、gpx1和cat的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表3中公开的snv。表3
62.在一些实施方案中，皮肤性状包括皮肤解毒受损。皮肤解毒能力可受到编码loc157273、sgol1、tbc1d22b、fst、mir4432、rnaseh2c、和/或tgfb2的基因内的遗传变异的影响。编码loc157273、sgol1、tbc1d22b、fst、mir4432、rnaseh2c、和tgfb2的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表4中公开的snv。表4
63.在一些实施方案中，皮肤性状包括皮肤糖化。糖化可受到编码slc24a5、slc45a2、bcn2、mc1r、c16orf55、spata33、asip、raly、和/或nat2的基因内的遗传变异的影响。编码slc24a5、slc45a2、bcn2、mc1r、c16orf55、spata33、asip、raly、和nat2的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表5中公开的snv。表5表5
64.在一些实施方案中，皮肤性状包括色素斑点。皮肤色素斑点可受到编码sec5l1、irf4、mc1r、slc45a2、tyr、ntm、asip、raly的基因中的遗传变异的影响。编码sec5l1、irf4、mc1r、slc45a2、tyr、ntm、asip、raly的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表6中公开的snv。表6
65.在一些实施方案中，皮肤性状包括年轻性。本文所公开的“年轻性”指的是包括老化速率缓慢的皮肤质量，或者看起来比实际更小或更年轻。年轻性可受到编码edem1的基因内遗传变异的影响。编码edem1的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表7中公开的snv。在一些实施方案中，年轻性是指皮肤的质量，其包括与不表达表7中公开的snv的个体的衰老速度相比，衰老速度慢1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月、1年、2年、3年、4年或5年。表7
66.在一些实施方案中，皮肤性状包括光老化。本文所公开的“光老化”是指由于紫外线辐射而对皮肤造成的损伤，并且是过早老化的主要原因。光老化可受到编码mc1r、ntm、tyr、fbxo40、stxbp5l、asip、raly、fanca、id4
‑
rpl29p17的基因内的遗传变异的影响。编码mc1r、ntm、tyr、fbxo40、stxbp5l、asip、raly、fanca、id4
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rpl29p17的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表8中公开的snv。表8
67.在一些实施方案中，皮肤性状包括真皮敏感性。本文公开的“真皮敏感性”是指可导致皮肤屏障缺陷并促进皮肤敏感性和刺激性的遗传变异。真皮敏感性可受到编码rnaseh2c、ddb2、c11orf49、sell、tgfb2、sgol1、eri1、loc157273、mfhas1、mir597、mir4660、ppp1r3b、u6、tnks、bc017578、tbc1d22b、al833181、bcl11a、jb153659、papolg、mir4432、mir_562的基因内的遗传变异的影响。编码rnaseh2c、ddb2、c11orf49、sell、tgfb2、sgol1、eri1、loc157273、mfhas1、mir597、mir4660、ppp1r3b、u6、tnks、bc017578、tbc1d22b、al833181、bcl11a、jb153659、papolg、mir4432、mir_562的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表9中公开的snv。表9
68.在一些实施方案中，皮肤性状包括对太阳的敏感性。对太阳的敏感性是指一些皮肤类型由于适度的日晒而容易受到损害。对太阳的敏感性可受到编码ntm、tyr、mc1r的基因内的遗传变异的影响。编码ntm、tyr、mc1r的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表10中公开的snv。表10体育锻炼性状
69.在一些实施方案中，本文公开了包括与个体的身体素质相关的性状(身体素质性
状)的体育锻炼性状。在一些实施方案中，身体素质性状包括反感锻炼。“反感锻炼”是指回避和/或不喜欢体验锻炼。反感锻炼可受到编码papss2、c18orf2、dnaptp6、tmem18、lep、mc4r的基因内的遗传变异影响。编码papss2、c18orf2、dnaptp6、tmem18、lep、mc4r的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表11中公开的单核苷酸变体(snv)。表11表11
70.在一些实施方案中，身体素质性状包括有氧运动能力。有氧运动能力可受到编码tshr、acsl1、prdm1、dbx1、grin3a、esrrb、zic4、cdh13的基因内的遗传变异的影响。基因tshr、acsl1、prdm1、dbx1、grin3a、esrrb、zic4、cdh13内的遗传变异的非限制性示例包括表12中公开的snv。表12
71.在一些实施方案中，身体素质性状包括减肥困难。减肥困难可能受编码fto、tmem18、mc4r、kctd15、chst8、pparg、negr1、irs1、sfrs10、etv5、dgkg、atp2a1、sh2b1、bdnf、sec16b、rasal2、nos 1ap、aif1、ncr3、msra、tnks、spry2、sh3pxd2b、neurl1b、bcdin3d、faim2、chrna9、rbm47、rgma、mctp2、mir4275、pcdh7、tenm2、prr16、ftmt、slc24a5、sdccag8、col25a1、neurl1b、sh3pxd2b、erbb4、mir4776
‑
2、stxbp6、nova1、defb112、tfap2d、eef1a1p11
‑
loc105378866、mtif3
‑
rnu6
‑
63p、nrxn3、cep120和/或loc105378866
‑
rn7sl831p的基因内的遗传变异的影响。编码fto、tmem18、mc4r、kctd15、chst8、pparg、negr1、irs1、sfrs10、etv5、dgkg、atp2a1、sh2b1、bdnf、sec16b、rasal2、nos1ap、aif1、ncr3、msra、tnks、spry2、sh3pxd2b、neurl1b、bcdin3d、faim2、chrna9、rbm47、rgma、mctp2、mir4275、pcdh7、tenm2、prr16、ftmt、slc24a5、sdccag8、col25a1、neurl1b、sh3pxd2b、erbb4、mir4776
‑
2、stxbp6、nova1、defb112、tfap2d、eef1a1p11
‑
loc105378866、mtif3
‑
rnu6
‑
63p、nrxn3、cep120和/或loc105378866
‑
rn7sl831p的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表13中公开的snv。表13
72.在一些实施方案中，身体素质性状包括耐力。耐力可受到编码ppargc1a、ppar
‑
a、tshr、esrrb和/或cdh13的基因内的遗传变异的影响。编码ppargc1a、ppar
‑
a、tshr、esrrb和cdh13的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表14中公开的snv。表14
73.在一些实施方案中，身体素质性状包括力量。力量可受到编码tshr、esrrb和/或cdh13的基因内的遗传变异的影响。编码tshr、esrrb和cdh13的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表15中公开的snv。表15
74.在一些实施方案中，身体素质性状包括身体素质益处。“身体素质益处”指的是个体具有导致从锻炼中表现出更快和更强的受益的某些遗传变异，而其他遗传变异可能需要更长时间并且结果不太明显。身体素质益处可受到编码klkb1、f12、cetp、apoe、apoc1、edn1、sort1、pla2g7、lpl、lipc、galnt2、scarb1、lipg、ms4a4e、abca1、tmem49、loc101928635、mvk、mmab、flj41733、fads1、rreb1、col8a1和/或gckr的基因内的遗传变异的影响。编码klkb1、f12、cetp、apoe、apoc1、edn1、sort1、pla2g7、lpl、lipc、galnt2、scarb1、lipg、ms4a4e、abca1、tmem49、loc101928635、mvk、mmab、flj41733、fads1、rreb1、col8a1和gckr的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表16中公开的snv。表16
75.在一些实施方案中，身体素质性状包括响应于锻炼的心跳减少(例如，恢复速率)。响应于锻炼的心跳减少可受到编码rbpms、piwil1、or6n2、erbb4、creb1、map2和/或ikzf2的基因内的遗传变异的影响。编码rbpms、piwil1、or6n2、erbb4、creb1、map2和ikzf2的基因内遗传变异的非限制性示例包括表17中公开的snv。
表17
76.在一些实施方案中，身体素质性状包括瘦体重。瘦体重可受到编码trhr、darc、glyat、fads1和/或fads2的基因内的遗传变异的影响。编码trhr、darc、glyat、fads1和fads2的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表18中公开的snv。表18
77.在一些实施方案中，身体素质性状包括肌肉酸痛。肌肉酸痛可受到编码cd163l1、darc、cd163、abo、crp、cd163、cadm3、cr1、nrnr、ninj1、cfh、darc、cpn1、csf1、hbb、ccl2和/或igf2的基因内的遗传变异的影响。编码cd163l1、darc、cd163、abo、crp、cd163、cadm3、cr1、nrnr、ninj1、cfh、darc、cpn1、csf1、hbb、ccl2和igf2的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表19中公开的snv。表19
78.在一些实施方案中，身体素质性状包括肌肉损伤风险。“肌肉损伤”是指有增加肌肉损伤风险的倾向。肌肉损伤风险可受到编码igf
‑
ii、mlck、actn3、il
‑
6和/或col5a1的基因内的遗传变异的影响。编码igf
‑
ii、mlck、actn3、il
‑
6和col5a1的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表20中公开的snv。表20
79.在一些实施方案中，身体素质性状包括肌肉修复受损。肌肉修复受损可受到编码hcp5、hcg26、micb、atp6v1g2和/或ddx39b的基因内的遗传变异的影响。编码hcp5、hcg26、micb、atp6v1g2和ddx39b的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表21中公开的snv。表21
80.在一些实施方案中，身体素质性状包括应力性骨折风险。应力性骨折风险可受到编码loc101060363
‑
loc105376856、zbtb40、en1、flj42280、colec10、wnt16、esr1、atp6v1g1、cldn14、esr1fabp3p2、adamts18、sost、cldn14、mef2c、kcnh1、c6orf97、ckap5、c17orf53、sost、tnfrsf11a、loc105373519
‑
loc728815、ptch1、smoc1、loc646794
‑
loc101928765和loc105377045
‑
mrps31p1的基因内的遗传变异的影响。编码loc101060363
‑
loc105376856、zbtb40、en1、flj42280、colec10、wnt16、esr1、atp6v1g1、cldn14、esr1fabp3p2、adamts18、sost、cldn14、mef2c、kcnh1、c6orf97、ckap5、c17orf53、sost、tnfrsf11a、loc105373519
‑
loc728815、ptch1、smoc1、loc646794
‑
loc101928765和loc105377045
‑
mrps31p1的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表22中公开的snv。表2222
81.在一些实施方案中，身体素质性状包括整体损伤风险。整体损伤风险可受到编码hao1、rspo2、emc2、eif3e、ccdc91、pthlh、loc100506393、linc00536、eif3h、cdc5l、supt3h和/或mir4642的基因内的遗传变异的影响。编码hao1、rspo2、emc2、eif3e、ccdc91、pthlh、loc100506393、linc00536、eif3h、cdc5l、supt3h和mir4642的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表23中公开的snv。表23
82.在一些实施方案中，身体素质性状包括静息代谢心率受损。静息代谢心率受损可受fto编码的基因内的遗传变异的影响。编码fto的基因内的遗传变异的非限制性示例包括在表24中公开的snv。表24营养性状
83.在一些实施方案中，本文公开了营养性状，包括维生素缺乏、矿物质缺乏、抗氧化剂缺乏、代谢失衡、代谢受损、代谢敏感性、过敏、饱腹感和/或健康饮食的有效性。
84.在一些实施方案中，营养性状包括维生素缺乏。在一些情况下，维生素缺乏包括以下的缺乏：维生素a、维生素b1、维生素b2、维生素b3、维生素b5、维生素b6、维生素b7、维生素b8、维生素b9、维生素b12、维生素c、维生素d、维生素e或维生素k。维生素缺乏可受到编码gc、fut2、haao、bcmo1、alpl、cyp2r1、ms4a3、ffar4、ttr、cubn、fut6、znf259、loc100128347、apoa5、sik3、bud13、znf259、apoa5、bud13、kynu、nbpf3、tcn1、cyp4f2、pde3b、cyp2r1、calca、calcp、or7e41p、apoa5、clybl、nadsyn1、dhcr7、scarb1、rnu7
‑
49p、copb1、rras2、
psma1、prelid2、cyp2r1、pde3b、calca、calcp、or7e41p、mut、znf259、ctnaa2、cdo1、slc23a1、kcnk9、cyp4f2、loc729645、znf259、bud13、st6galnac3、nkain3、vdac1p12、rasip1、myt1l、pax3、npy、adcyap1r1、hsf5、rnf43、mtmr4、tmem215
‑
ass1p12、fam155a、cd44、braf、cd4、leprel2、gnb3、mkln1、slc6a1、prickle2、svct1和/或svct2的基因内的遗传变异的影响。编码gc、fut2、haao、bcmo1、alpl、cyp2r1、ms4a3、ffar4、ttr、cubn、fut6、znf259、loc100128347、apoa5、sik3、bud13、znf259、apoa5、bud13、kynu、nbpf3、tcn1、cyp4f2、pde3b、cyp2r1、calca、calcp、or7e41p、apoa5、clybl、nadsyn1、dhcr7、scarb1、rnu7
‑
49p、copb1、rras2、psma1、prelid2、cyp2r1、pde3b、calca、calcp、or7e41p、mut、znf259、ctnaa2、cdo1、slc23a1、kcnk9、cyp4f2、loc729645、znf259、bud13、st6galnac3、nkain3、vdac1p12、rasip1、myt1l、pax3、npy、adcyap1r1、hsf5、rnf43、mtmr4、tmem215
‑
ass1p12、fam155a、cd44、braf、cd4、leprel2、gnb3、mkln1、slc6a1、prickle2、svct1和svct2的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表25中列出的snv。表25
85.在一些实施方案中，营养性状包括矿物质缺乏。在一些情况下，矿物质缺乏包括钙、铁、镁、锌和/或硒的缺乏。在一些情况下，矿物质缺乏可受到编码casr、tf、tfr2、scamp5、ppcdc、arsb、bhmt2、dmgdh、atp2b1、dcdc5、trpm6、shroom3、cyp24a1、bhmt、bhmt2、jmy、tmprss6、gckr、kiaa0564、dgkh、hfe、gata3、vkorc1l1、mds1、muc1、csta、jmy、homer1、max、fntb、slc36a4、ccdc67、mir379、fgfr2、luzp2、papss2、hoxd9、loc102724653
‑
iglv4
‑
60、hook3、fnta、meox2、loc101928964、prpf8、mgc14376、smyd4、serpinf2、serpinf1、wdr81、mir4778、meis1
‑
as3、prdm9、calcoco1、hoxc13、gpr39、slc22a16、cdk19、tmod1、txnrd1、nfyb、myom2、csmd1、kbtbd11、arhgef10、dync2h1、dcun1d5、pdgfd、prmt7、serpinf2、wdr81、crmp1、flj46481、khdrbs2
‑
loc100132056、cd109、loc100616530、slc16a7、flrt2、kynu、arhgap15、rarb、c3orf58、plod2、rprm、galnt13、epha6、rgs14、slc34a1、slc22a18、phlda2、cdkn1c、nap1l4、loc101929578、znf14、znf101、atp13a1、pygb、
chd5、sdccag8、xdh、srd5a2、cmya5、rp11
‑
314c16.1、tfap2a、ptprn2、ca1、knop1p1、rnu7
‑
14p
‑
loc107987283、fndc4、ift172、gckr、c2orf16、cblb、linc00882、loc107983965、mir4790、ac069277.1、irx2、c5orf38、znf521、ss18、atg4c、lphn2、ttll7、sag、dgkd、rn7skp61
‑
mrps17p3、gpbp1、stxbp6、nova1、tmem211和/或mt2a的基因内的遗传变异的影响。编码casr、tf、tfr2、scamp5、ppcdc、arsb、bhmt2、dmgdh、atp2b1、dcdc5、trpm6、shroom3、cyp24a1、bhmt、bhmt2、jmy、tmprss6、gckr、kiaa0564、dgkh、hfe、gata3、vkorc1l1、mds1、muc1、csta、jmy、homer1、max、fntb、slc36a4、ccdc67、mir379、fgfr2、luzp2、papss2、hoxd9、loc102724653
‑
iglv4
‑
60、hook3、fnta、meox2、loc101928964、prpf8、mgc14376、smyd4、serpinf2、serpinf1、wdr81、mir4778、meis1
‑
as3、prdm9、calcoco1、hoxc13、gpr39、slc22a16、cdk19、tmod1、txnrd1、nfyb、myom2、csmd1、kbtbd11、arhgef10、dync2h1、dcun1d5、pdgfd、prmt7、serpinf2、wdr81、crmp1、flj46481、khdrbs2
‑
loc100132056、cd109、loc100616530、slc16a7、flrt2、kynu、arhgap15、rarb、c3orf58、plod2、rprm、galnt13、epha6、rgs14、slc34a1、slc22a18、phlda2、cdkn1c、nap1l4、loc101929578、znf14、znf101、atp13a1、pygb、chd5、sdccag8、xdh、srd5a2、cmya5、rp11
‑
314c16.1、tfap2a、ptprn2、ca1、knop1p1、rnu7
‑
14p
‑
loc107987283、fndc4、ift172、gckr、c2orf16、cblb、linc00882、loc107983965、mir4790、ac069277.1、irx2、c5orf38、znf521、ss18、atg4c、lphn2、ttll7、sag、dgkd、rn7skp61
‑
mrps17p3、gpbp1、stxbp6、nova1、tmem211和mt2a的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表26中列出的snv。表26
86.在一些实施方案中，营养性状包括抗氧化剂缺乏。在一些情况下，抗氧化剂缺乏包括谷胱甘肽和/或辅酶q10(coq10)的缺乏。抗氧化剂缺乏可受到编码ggt1、ggtlc2、myl2、
c12orf27、hnf1a、oas1、c14orf73、znf827、rora、epha2、rsg1、mical3、dpm3、efna1、pklr、gckr、c2orf16、nedd4l、myo1b、stat4、ccbl2、pkn2、slc2a2、itga1、dlg5、fut2、atp8b1、efhd1、cdh6、cd276、flj37644、sox9、ddt、ddtl、gstt1、gstt2b、mif、mlip、mlxipl、dynlrb2、cept1、dennd2d、colec12、loc101927479
‑
arhgef19、loc105377979、mmp26、dnm1、luzp1、adh5p2
‑
loc553139、fst、mir4708
‑
loc105370537、loc105373450
‑
kcns3、loc107984041
‑
grik2、linc01520和/或nqo1的基因内的遗传变异的影响。编码ggt1、ggtlc2、myl2、c12orf27、hnf1a、oas1、c14orf73、znf827、rora、epha2、rsg1、mical3、dpm3、efna1、pklr、gckr、c2orf16、nedd4l、myo1b、stat4、ccbl2、pkn2、slc2a2、itga1、dlg5、fut2、atp8b1、efhd1、cdh6、cd276、flj37644、sox9、ddt、ddtl、gstt1、gstt2b、mif、mlip、mlxipl、dynlrb2、cept1、dennd2d、colec12、loc101927479
‑
arhgef19、loc105377979、mmp26、dnm1、luzp1、adh5p2
‑
loc553139、fst、mir4708
‑
loc105370537、loc105373450
‑
kcns3、loc107984041
‑
grik2、linc01520和nqo1的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表27中列出的snv。表27表27
87.在一些实施方案中，营养性状包括代谢失衡。在一些情况下，代谢失衡包括葡萄糖失衡。代谢失衡可受到编码g6pc2、mtnr1b、gck、adcy5、madd、adra2a、gckr、mrpl33、abcb11、fads1、pcsk1,cry2、arap1、six2、six3、ppp1r3b、slc2a2、glis3、dpysl5、slc30a8、prox1、cdkn2a、cdkn2b、foxa2、tmem195、dgkb、pdk1、rapgef4、pdx1、cdkal1、kank1、igf1r、c2cd4b、lepr、grb10、lmo1、rreb1、fbxl10和/或foxn3的基因内的遗传变异的影响。编码g6pc2、mtnr1b、gck、adcy5、madd、adra2a、gckr、mrpl33、abcb11、fads1、pcsk1,cry2、arap1、six2、six3、ppp1r3b、slc2a2、glis3、dpysl5、slc30a8、prox1、cdkn2a、cdkn2b、foxa2、tmem195、dgkb、pdk1、rapgef4、pdx1、cdkal1、kank1、igf1r、c2cd4b、lepr、grb10、lmo1、rreb1、fbxl10和foxn3的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表28中列出的snv。
表28表28
88.在一些实施方案中，营养性状包括代谢受损。在一些情况下，代谢代谢受损包括咖啡因和/或药物的代谢受损。代谢受损可受到编码mtnr1b、cacna2d3、nedd4l、ac105008.1、p2ry2、rp11
‑
479a21.1、mtus2、prima1和/或rp11
‑
430j3.1的基因内的遗传变异的影响。编码mtnr1b、cacna2d3、nedd4l、ac105008.1、p2ry2、rp11
‑
479a21.1、mtus2、prima1和rp11
‑
430j3.1的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表29中列出的snv。表29
89.在一些实施方案中，营养性状包括代谢敏感性。在一些情况下，代谢敏感性包括麸质敏感性、对盐的敏感性、聚糖敏感性和/或乳糖敏感性。代谢敏感性可受到编码pibf1、
irak1bp1、prmt6、cdca7、notch4、hla
‑
dra、btnl2、arsj、csmd1、alx4、nsun3、rab9bp1、gpr65、c15orf32、tsn、creb1和/或armc9的基因内的遗传变异的影响。编码pibf1、irak1bp1、prmt6、cdca7、notch4、hla
‑
dra、btnl2、arsj、csmd1、alx4、nsun3、rab9bp1、gpr65、c15orf32、tsn、creb1和armc9的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表30中列出的snv。表30
90.在一些实施方案中，营养性状包括食物过敏。在一些实施方案中，食物过敏包括花生过敏。花生过敏可受到编码hla
‑
drb1、hla
‑
dqa1、hla
‑
dqb1、hla
‑
dqa2、hcg27、hla
‑
c、adgb、rps15p9、mum1、ryr1、linc00992、loc100129526、fam118a、smc1b、miatnb、atp2c2、plagl1、mrpl42和/或stat6的基因内的遗传变异的影响。编码hla
‑
drb1、hla
‑
dqa1、hla
‑
dqb1、hla
‑
dqa2、hcg27、hla
‑
c、adgb、rps15p9、mum1、ryr1、linc00992、loc100129526、fam118a、smc1b、miatnb、atp2c2、plagl1、mrpl42和stat6的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表31中列出的snv。表31
91.在一些实施方案中，营养性状包括饱腹感。饱腹感可受到编码lepr的基因内的遗传变异的影响。编码lepr的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表32中列出的snv。表32
92.健康饮食的有效性可受到编码fgf21、zpr1、tank、fnbp1、rnu6
‑
229p
‑
loc105375346、argfx、bend3、sumo2p6
‑
loc105377740、loc101929216
‑
gdf10、loc105377451
‑
loc105377622、cpa3、kcnq3、thbs4、tenm2、hspa9p2
‑
loc105372045、linc00113
‑
linc00314、sh3bgrl2、nkain2、oprm1、loc105377795、ncald、loc728503、loc105370491、loc107985318
‑
mia3、becn1p2
‑
lypla1p3、loc105376778
‑
linc01082、sox5、lhx5
‑
as1
‑
loc105369990、nbas、abcg2、pparγ2、clock、rarb、fto、irs1、tcf7l2、hnmt和/或pfkl的基因内的遗传变异的影响。编码fgf21、zpr1、tank、fnbp1、rnu6
‑
229p
‑
loc105375346、argfx、bend3、sumo2p6
‑
loc105377740、loc101929216
‑
gdf10、loc105377451
‑
loc105377622、cpa3、kcnq3、thbs4、tenm2、hspa9p2
‑
loc105372045、linc00113
‑
linc00314、sh3bgrl2、nkain2、oprm1、loc105377795、ncald、loc728503、
loc105370491、loc107985318
‑
mia3、becn1p2
‑
lypla1p3、loc105376778
‑
linc01082、sox5、lhx5
‑
as1
‑
loc105369990、nbas、abcg2、pparγ2、clock、rarb、fto、irs1、tcf7l2、hnmt和pfkl的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表33中列出的snv。表33过敏性状
93.在一些实施方案中，本文公开了过敏性状。在一些实施方案中，过敏性状包括皮肤过敏、灰尘过敏、昆虫叮咬过敏、宠物过敏、眼睛过敏、药物过敏、乳胶过敏、霉菌过敏和/或有害生物过敏。在一些实施方案中，过敏性状包括过敏性炎症。本文所用的“过敏性炎症”是指由过敏反应引起的炎症或与过敏反应相关的炎症。
94.在一些实施方案中，营养性状包括过敏性炎症。在一些情况下，过敏性炎症可受到编码fcer1a、lrrc32、c11orf30、il13,or10j3、hla
‑
a、stat6、tslp、slc25a46、wdr36、camk4、hla
‑
dqb1、hla
‑
dqa1、stat6、nab2、darc、il18r1、il1rl1、il18rap、fam114a1、mir574、tlr10、tlr1、tlr6、lpp、bcl6、myc、pvt1、il2、adad1、kiaa1109、il21、hla region、tmem232、slca25a46、hla
‑
dqa2、hla
‑
g、mica、hla
‑
c、hla
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b、micb、hla
‑
drb1、il4r、id2、loc730217、oprk1、wwp2、eps15、anapc1、lpp、loc101927026、il4r、il21r、suclg2、tmem108、dnah5、or6x1、dock10、abl2、col21a1和/或cdh13的基因内的遗传变异的影响。编码fcer1a、lrrc32、c11orf30、il13,or10j3、hla
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a、stat6、tslp、slc25a46、wdr36、camk4、hla
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dqb1、hla
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dqa1、stat6、nab2、darc、il18r1、il1rl1、il18rap、fam114a1、mir574、tlr10、tlr1、tlr6、lpp、bcl6、myc、pvt1、il2、adad1、kiaa1109、il21、hla region、tmem232、slca25a46、hla
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dqa2、hla
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g、mica、hla
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c、hla
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b、micb、hla
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drb1、il4r、id2、loc730217、oprk1、wwp2、eps15、anapc1、lpp、loc101927026、il4r、il21r、suclg2、tmem108、dnah5、or6x1、dock10、abl2、col21a1和cdh13的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表34中列出的snv。
表34
95.在一些实施方案中，过敏性状包括有害生物过敏。在一些实施方案中，有害生物过敏包括对螨虫过敏。对螨虫过敏可受到编码loc730217、oprk1、or6x1、dock10、cdh13、cap s、il4、adam33、irs2、abhd13、linc00299、il18、cyp2r1和/或vdr的基因内的遗传变异的影响。编码loc730217、oprk1、or6x1、dock10、cdh13、cap s、il4、adam33、irs2、abhd13、linc00299、il18、cyp2r1和vdr的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表35中列出的snv。表35
精神性状
96.在一些实施方案中，本文公开了精神性状，其包括与个体的精神健康或精神敏锐度、精神疾病、精神状况有关的性状。精神健康或精神敏锐度的非限制性示例包括一定程度的压力、短期记忆保留、长期记忆保留、创造性或艺术性(例如，“右脑”)、分析性和有条不紊性(例如，“左脑”)。精神疾病的非限制性示例包括精神分裂症、双相情感障碍、躁狂抑郁障碍、自闭症谱系障碍和唐氏综合征。精神状况的非限制性示例包括抑郁风险、社交焦虑、内向的可能性、外向的可能性。精神性状的非限制性示例包括早起者、同理心、焦虑人格、数学能力、成瘾人格、记忆表现、ocd倾向、探究行为、阅读能力、体验性学习困难、一般创造力、一般智力、冲动性、注意力不集中症状、数学能力、心理反应时、音乐创造力、咬指甲、阅读和拼写困难、语言和数字推理以及发音错误。
97.在一些实施方案中，精神性状包括记忆能力。记忆能力可受到编码apoc1、apoe、fastkd2、mir3130
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1、mir3130
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2、spock3、anxa10、isl1、parp8、baiap2、hs3st4、c16orf82、ajap1、c1orf174、odz4、nars2、prr16、ftmt、pcdh20、tdrd3、lbxcor1、map2k5、ptger3、zranb2、axud1、ttc21a、gfra2、dok2、slc39a14、ppp3cc、vps26b、ncapd3、znf236、mbp、rin2、nat5、sema5a、mtrr、dgkb、etv1、bhlhb5、cyp7b1、tmepai、zbp1、tbc1d1、klhl1、dach1、lrrtm4、c2orf3、b3gat1、loc89944、atp8b4、slc27a2、chd6、emilin3、rwdd3、tmem56、scn1a、kibra和/或ncan的基因内的遗传变异的影响。编码apoc1、apoe、fastkd2、mir3130
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1、mir3130
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2、spock3、anxa10、isl1、parp8、baiap2、hs3st4、c16orf82、ajap1、c1orf174、odz4、nars2、prr16、ftmt、pcdh20、tdrd3、lbxcor1、map2k5、ptger3、zranb2、axud1、ttc21a、gfra2、dok2、slc39a14、ppp3cc、vps26b、ncapd3、znf236、mbp、rin2、nat5、sema5a、mtrr、dgkb、etv1、bhlhb5、cyp7b1、tmepai、zbp1、tbc1d1、klhl1、dach1、lrrtm4、c2orf3、b3gat1、loc89944、atp8b4、slc27a2、chd6、emilin3、rwdd3、tmem56、scn1a、kibra和ncan的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表36中列出的snv。表36
98.在一些实施方案中，精神状况包括强迫症(ocd)倾向。ocd倾向可受到编码ptprd、loc646114、loc100049717、faim2、aqp2、txnl1、wdr7、cdh10、msnl1、grik2、hace1、dach1、mzt1、dlgap1、efna5和/或grin2b的基因内的遗传变异的影响。编码ptprd、loc646114、loc100049717、faim2、aqp2、txnl1、wdr7、cdh10、msnl1、grik2、hace1、dach1、mzt1、dlgap1、efna5和grin2b的基因内的遗传变异的非限制性示例包括表37中列出的snv。表37
毛发性状
99.在一些实施方案中，本文公开了毛发性状。在一些实施方案中，毛发性状包括毛发厚度、毛发稀疏、脱发、秃顶、油性、干燥、头皮屑、须部假性毛囊炎(剃刀状肿块)、念珠状发、蓬发(pili trianguli)、扭曲发和/或发量。在一些实施方案中，此处使用的术语“秃顶”是指雄激素性脱发(aga)。在一些实施方案中，蓬发可受到编码padi3、tgm3和/或tchh的基因内的遗传变异的影响。在一些实施方案中，须部假性毛囊炎可受到编码k6hf的基因内的遗传变异的影响。在一些实施方案中，念珠状发可受到编码krt81、krt83、krt86和/或dsg4的基因内的遗传变异的影响。在一些实施方案中，扭曲发可受到编码bcs1l的基因内的遗传变异的影响。在一些实施方案中，秃顶可受到编码pax1、tardbp、hdac4、hdac9、auts2、mapt
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as1、sppl2c、setbp1、grid1、wnt10a、ebf1、sucnr1、mbnl1、sspn、itpr2、ar、eda2r、eda2r、icos、ctla4、il2、il21、ulbp3、ulbp6、stx17、il2ra、prdx5、ikzf4和/或hla
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dqa2的基因内的遗传变异的影响。影响秃顶的非限制性基因包括但不限于表38中列出的snv。表38
行为改变
100.本文公开的方面提供了用于至少部分地基于针对特定表型性状的遗传风险得分(grs)向个体建议与该性状相关的行为改变的方法和系统。在一些情况中，向个体提供多个行为改变建议。在一些情况下，由个体提供个体的调查表，包括与感兴趣的特定表型性状有关的问题。在一些情况下，行为改变是基于针对性状的grs和从个体那里收到的问题的答案。在一些情况下，行为改变包括增加、减少或避免活动。活动的非限制性示例包括但不限于包括体育锻炼、摄入一物质(例如，补充剂或药物)、接触产品(例如，烟雾、毒素、刺激物等)、使用产品(例如，护肤品、护发品、护甲品等)、饮食、生活方式、睡眠和消耗(例如，酒精、药物、咖啡因、过敏原、食物或一类食物的消耗)。在一些情况下，行为改变包括用于补救或防止特定表型性状的活动(用于例如，从事或不从事作为特定表型性状的发生原因或与特定表型性状的发生相关的活动)。
101.本公开通过非限制性示例提供了与本文描述的特定表型性状相关的行为改变的各种建议。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示干燥皮肤可能性增加的grs的个体被建议从事补救和/或预防干燥皮肤的活动(例如，每天涂抹保湿霜)。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示胶原分解可能性增加的grs的个体被建议从事补救和/或防止胶原分解的活动(例如，食用胶原补充剂，使用特定产品或装置，避免使用特定产品或装置)。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示反感锻炼可能性增加的grs的个体被建议从事非常规体育活动(例如，爱好，如攀岩、徒步旅行、背包旅行等。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示肌肉损伤风险增加的可能性的grs的个体被建议避免进行活动(例如，健身、极限耐力事件等)以补救或预防肌肉损伤。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示应力性骨折可能性增加的grs的个体被建议避免进行活动(例如，重复的和/或高影响性的活动，如跑步)以补救或预防应力性骨折。在一些实施方案中，与受试者群体相比，具有指示酒精代谢不良的可能性增加的grs的个体被建议避免酒精消耗或减少
酒精消耗。在一些实施方案中，受试者群体对于个体是世系特异性的。
102.报告
103.在一些实施方案中，本文公开了诸如健康报告的报告。本实施方案的报告的非限制性示例提供在图6a
‑
6f和图7a
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7d中。使用本文描述的方法和系统生成报告，以向个体提供来自针对本文描述的一个或多个特定表型性状对个体基因型进行的世系特异性遗传风险得分(grs)分析的结果。在一些情况下，报告包括对个体的建议，例如基于个体的grs的行为改变或产品建议。
104.在一些实施方案中，报告包括以发展或具有感兴趣的特定表型性状的风险的范围(例如，正常到高)表示的grs分析的结果，这是相对于参考群体而言的。在一些情况下，由与个体具有相同世系的个体组成参考群体。在一些情况下，参考群体对于个体不是世系特异性的。一般说来，“正常”结果表明个体不倾向于发展或具有所述表型性状。相比之下，“高”的结果表明，与参考群体相比，个体有更高的可能性发展或具有所述表型性状。“低”风险表明个体倾向于不具有或不发展所述特定表型性状。“略高”或“略低”结果分别表示介于正常得分与高或低得分之间的得分。
105.在一些情况下，本文所述的报告根据针对特定表型性状的个体grs提供产品建议。在非限制性示例中，易发展过早胶原分解的个体(例如，第50百分位数或更高得分)将被建议一产品，以恢复、停止、或防止胶原分解，例如胶原补充剂。在各种实施方案中，报告还包括所建议的产品的超链接。超链接将引导个体到与该产品相关的在线资源，例如购买该产品的在线商务平台，或与特定表型相关的研究文章或文献综述文章。
106.在一些实施方案中，本文公开的报告为个体提供了针对多个特定表型性状的grs结果，例如本文描述的那些。例如，在一些情况下，单个报告包括针对与皮肤、身体素质、营养和其他中的一个或多个相关的一个或多个特定表型性状的结果，如图6a
‑
6f和图7a
‑
7d中所提供并在本文描述中的那些。
107.报告被格式化以用任何适当的方法，包括电子或邮寄，交付给个体。在一些实施方案中，报告是电子报告。在一些情况下，电子报告被格式化为通过计算机网络传输到个体的个人电子设备(例如，平板电脑、笔记本电脑、智能手机、健身跟踪设备)。在一些情况下，报告被集成到个人电子设备上的移动应用程序中。在一些情况下，应用程序是交互式的，允许个体单击嵌入在报告中的超链接，这些超链接会自动将用户重定向到在线资源。在一些情况下，报告被加密或以其他方式保护，以保护个体隐私。在一些情况下，报告被打印并邮寄给个体。
108.系统
109.本文公开的方面提供了被配置为实现本公开中描述的方法的系统，包括但不限于确定个体具有或将发展特定表型性状的可能性。
110.图1描述了包括计算设备的示例性健康报告系统，该计算设备包括至少一个处理器104、110，存储器和软件程序118，软件程序118包括可由至少一个处理器执行以评估个体具有或将发展特定表型性状的可能性的指令。在一些情况下，系统包括报告模块，其被配置为生成对个体的报告grs。在一些情况下，报告包括与特定表型性状相关的行为改变的建议。在一些情况下，系统包括被配置为向个体显示报告的输出模块。在一些情况下，系统包括中央处理单元(cpu)、存储器(例如，随机存取存储器、闪存)、电子存储单元、软件程序、与
一个或多个其他系统通信的通信接口以及它们的任何组合。在一些情况下，系统耦合到计算机网络，例如，因特网，与因特网、电信或数据网络通信的内联网和/或外联网。在一些情况下，系统连接到分布式账本。在一些情况下，分布式账本包括区块链。在一些实施方案中，系统包括存储单元，用于存储关于本公开中描述的方法的任何方面的数据和信息。系统的各个方面是产品、物品或制品。
111.图1的示例性健康报告系统包括软件程序的一个特征，所述软件程序包括可由至少一个处理器执行的指令序列，所述指令序列被写入以执行指定任务。在一些实施方案中，计算机可读指令被实现为执行特定任务或实现特定数据类型的程序模块，例如功能、特征、应用程序编程接口(api)、数据结构等。根据本文提供的公开，本领域技术人员将认识到软件程序可以用各种语言的各种版本编写。在一些实施方案中，软件程序118包括可由本文描述的至少一个处理器执行的指令。在一些实施方案中，指令包括以下步骤：(i)提供所述个体的基因型，所述基因型包括一个或多个个体特异性遗传变体；(ii)至少部分地根据所述个体的基因型为所述个体分配世系106；(iii)使用性状相关变体数据库108(其包括源自与所述个体具有相同世系的受试者(受试者组)的世系特异性遗传变体)，以至少部分地基于所述个体的世系选择一个或多个世系特异性遗传变体，其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个对应于：(1)所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体，或(2)在与所述个体具有相同世系的受试者群体中与所述一个或多个个体特异性遗传变体中的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的预先确定的遗传变体，并且其中所述一个或多个世系特异性遗传变体中的每一个和所述个体特异性遗传变体中的每一个包括一个或多个风险单位；和(iv)基于所选择的一个或多个世系特异性遗传变体计算对于所述个体的遗传风险得分112，其中所述遗传风险得分指示所述个体具有或将发展所述特定性状的可能性。在一些实施方案中，软件程序118还包括可由本文描述的至少一个处理器执行的指令，包括与个体特异性遗传变体处于ld的预先确定的遗传变体。在一些情况下，软件程序包括可由至少一个处理器执行以确定预先确定的遗传变体的指令，所述指令包括以下步骤：(i)提供来自个体的未分型基因型数据；(ii)将未分型基因型数据分型，以根据所述个体的世系产生个体特异性分型单倍型；(iii)使用来自与所述个体具有相同世系的参考组的分型单倍型数据，插补分型的个体特异性分型单倍型中不存在的个体特异性基因型；和(iv)从插补的个体特异性基因型中选择与个体具有或将发展特定性状的可能性相关联的个体特异性遗传变体处于连锁不平衡(ld)的遗传变体。在一些实施方案中，ld由至少约0.20、0.25、0.30、0.35、0.40、0.45、0.50、0.55、0.60、0.65、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95或1.0的d'值定义。在一些实施方案中，ld由至少约0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.95或1.0的r2值定义。
112.在各种环境中根据需要组合或分布计算机可读指令的功能。在一些情况下，软件程序包括一个指令序列或多个指令序列。可以从一个位置提供软件程序。可以从多个位置提供软件程序。在一些实施方案中，软件程序包括一个或多个软件模块。在一些实施方案中，计算机程序包括(部分地或全部地)一个或多个web应用程序、一个或多个移动应用程序、一个或多个独立应用程序、一个或多个web浏览器插件、扩展项、加载项或附加程序或其组合。
113.图1描述了包括报告模块114的示例性健康报告系统。本文描述的报告模块114包
括至少一个处理器，所述至少一个处理器被配置为执行生成报告的任务，所述报告包括指示个体具有或将发展感兴趣的特定表型性状的可能性的所述个体的计算grs。在一些情况下，至少一个处理器是上面描述的相同处理器118，并另外配置为执行生成报告的步骤。在一些情况下，至少一个处理器包括单独的处理器，例如在双cpu中。在一些情况下，报告模块114被配置为执行如下任务：在由个体提供给系统的调查表中检索与特定性状有关的一个或多个问题的一个或多个答案。在一些情况下，报告还包括至少部分基于grs的与性状相关的行为改变的建议。在一些情况下，报告模块114生成的报告包括与感兴趣的特定表型性状相关的行为改变的建议，所述建议基于针对所述性状的grs以及对与所述性状相关的一个或多个问题的一个或多个答案的检索。
114.在一些实施方案中，图1的示例性健康报告系统包括输出模块116。本文描述的输出模块116包括能够在处理器上执行的硬件或软件程序，其被配置为向个体展示报告。在一些实施方案中，输出模块116包括用户界面，包括屏幕或其他输出显示器(例如，投影仪)。在一些实施方案中，输出模块116包括电邮服务，其能够将报告的电子版电邮给其所属的个体。在一些实施方案中，输出模块116包括个人计算设备例如计算机、智能手机或平板电脑上的用户界面。在一些实施方案中，个人计算设备经由计算机网络远程连接到本文描述的系统。在一些情况下，个人计算设备属于个体。在一些实施方案中，个人电子设备被配置为运行被配置为经由计算机网络与报告模块通信以访问报告的应用程序。web应用程序
115.在一些实施方案中，本文描述的软件程序包括web应用程序。根据本文提供的公开，本领域技术人员将认识到，web应用程序可以利用一个或多个软件框架和一个或多个数据库系统。例如，web应用程序是在诸如.net或ruby on rails(ror)的软件框架上创建的。在一些情况下，web应用程序利用一个或多个数据库系统，其通过非限制性示例，包括关系数据库系统、非关系数据库系统、面向特征数据库系统、关联数据库系统和xml数据库系统。通过非限制性示例，合适的关系数据库系统包括sql server、mysql
tm
,和本领域技术人员还将认识到，web应用程序可以用一种或多种语言的一种或多种版本编写。在一些实施方案中，用一种或多种标记语言、表示定义语言、客户端脚本语言、服务器端编码语言、数据库查询语言或其组合来编写web应用程序。在一些实施方案中，web应用程序在某种程度上以标记语言编写，例如超文本标记语言(html)、可扩展超文本标记语言(xhtml)或可扩展标记语言(xml)。在一些实施方案中，web应用程序在某种程度上是用诸如级联样式表(css)的表示定义语言编写的。在一些实施方案中，web应用程序在某种程度上用客户端脚本语言编写，例如异步javascript和xml(ajax)、actionscript、javascript或在一些实施方案中，web应用程序在某种程度上用服务器端编码语言编写，例如active server pages(asp)、perl、java
tm
、javaserver pages(jsp)、超文本预处理器(php)、python
tm
、ruby、tcl、smalltalk、或groovy。在一些实施方案中，web应用程序在某种程度上是用诸如结构化查询语言(sql)的数据库查询语言编写的。web应用程序可以集成企业服务器产品，如lotusweb应用程序可以包括媒体播放器要素。媒体播放器要素可以利用许多合适的多媒体技术中的一个或多个，包括(通过非限制性示例)
html 5、java
tm
和移动应用程序
116.在一些情况下，本文描述的软件程序包括提供给移动数字处理设备的移动应用程序。可以在制造移动数字处理设备时将移动应用提供给移动数字处理设备。移动应用程序可以经由本文描述的计算机网络提供给移动数字处理设备。
117.使用本领域已知的硬件、语言和开发环境，通过本领域技术人员已知的技术创建移动应用程序。本领域技术人员将认识到移动应用程序可以用多种语言编写。通过非限制性示例，合适的编程语言包括：c、c 、c#、featureive
‑
c、java
tm
、javascript、pascal、feature pascal、python
tm
、ruby、vb.net、wml、和带有或不带有css的xhtml/html，或者它们的组合。
118.合适的移动应用程序开发环境可以从多个来源获得。通过非限制性示例，可商购的开发环境包括airplaysdk、alchemo、celsius、bedrock、flash lite、.net compact framework、rhomobile和worklight mobile platform。其他开发环境可以免费提供，通过非限制性示例，包括lazarus、mobiflex、mosync和phonegap。此外，移动设备制造商分发软件开发工具包，通过非限制性示例包括，iphone和ipad(ios)sdk、android
tm sdk、sdk、brew sdk、os sdk、symbian sdk、webos sdk和mobile sdk。
119.本领域技术人员将认识到多个商业论坛可用于移动应用程序的分发，通过非限制性示例包括，应用程序商店、android
tm
市场、应用程序世界、用于palm设备的应用程序商店、用于webos的应用程序目录、用于移动的市场、用于设备的ovi商店、应用程序和dsi商店。独立应用程序
120.在一些实施方案中，本文描述的软件程序包括独立应用程序，其是可以作为独立计算机进程运行的程序，而不是现有进程的附加程序，例如，不是插件。本领域的技术人员将认识到，有时会编译独立的应用程序。在一些情况下，编译器是计算机程序，它将用编程语言编写的源代码转换成二进制特征代码，如汇编语言或机器代码。通过非限制性示例，合适的编译编程语言包括c、c 、featureive
‑
c、cobol、delphi、eiffel、java
tm
、lisp、perl、r、python
tm
、visual basic和vb.net或它们的组合。编译可经常执行，至少部分执行，以创建可执行程序。在一些情况下，计算机程序包括一个或多个可执行的编译应用程序。web浏览器插件
121.在一些实施方案中，本文公开了在一些方面包括web浏览器插件的软件程序。在计算中，插件在一些情况下是一个或多个向较大的软件应用程序添加特定功能的软件组件。软件应用程序的制造商可以支持插件，以使第三方开发人员能够创建扩展应用程序的能力，支持轻松地添加新特征，并减小应用程序的大小。如果得到支持，插件能够自定义软件应用程序的功能。例如，插件通常在web浏览器中用于播放视频、生成交互性、扫描病毒和显示特定的文件类型。本领域技术人员将熟悉多个web浏览器插件，包括
player、和工具栏可以包括一个或多个web浏览器扩展项、加载项或附加程序。工具栏可以包括一个或多个浏览器栏、工具带或桌面带。本领域的技术人员将认识到，有多种插件框架可用于以各种编程语言开发插件，这些语言通过非限制性示例包括，c 、delphi、java
tm
、php、python
tm
和vb.net或它们的组合。
122.在一些实施方案中，web浏览器(也称为因特网浏览器)是软件应用程序，设计用于与网络连接的数字处理设备一起使用，用于检索、呈现和遍历万维网上的信息资源。通过非限制性示例，合适的web浏览器包括internetchrome、opera和kde konqueror。在一些情况下，web浏览器是移动web浏览器。移动web浏览器(也称为微浏览器、迷你浏览器和无线浏览器)可以设计用于移动数字处理设备上，通过非限制性示例，包括手持计算机、平板计算机、上网本计算机、小型笔记本计算机、智能手机、音乐播放器、个人数字助理(pda)和手持视频游戏系统。通过非限制性示例，适用的移动web浏览器包括：浏览器、rim浏览器、blazer、浏览器、移动版internetmobile、mobile、basic web、浏览器、operamobile和psp
tm
浏览器。软件模块
123.本文公开的介质、方法和系统包括一个或多个软件、服务器和数据库模块，或其用途。鉴于本文提供的公开，软件模块可以通过本领域技术人员已知的技术使用本领域已知的机器、软件和语言来创建。本文公开的软件模块可以以多种方式实现。在一些实施方案中，软件模块包括文件、代码段、编程特征、编程结构或其组合。软件模块可包括多个文件、多个代码段、多个编程特征、多个编程结构或其组合。通过非限制性示例，所述一个或多个软件模块包括web应用程序、移动应用程序和/或独立应用程序。软件模块可以在一个计算机程序或应用程序中。软件模块可以在多于一个的计算机程序或应用程序中。软件模块可以托管在一台机器上。软件模块可以托管在多台机器上。软件模块可以托管在云计算平台上。软件模块可以托管在位于一个位置的一台或多台机器上。软件模块可以托管在位于多于一个位置的一台或多台机器上。数据库
124.本文公开的介质、方法和系统包括一个或多个数据库，例如本文描述的性状相关数据库，或其用途。本领域技术人员将认识到，许多数据库适于存储和检索地理谱、操作者活动、目标分区和/或特许权所有人的联系信息。通过非限制性示例，合适的数据库包括关系数据库、非关系数据库、面向特征的数据库、特征数据库、实体关系模型数据库、关联数据库和xml数据库。在一些实施方案中，数据库是基于因特网的。在一些实施方案中，数据库是基于web的。在一些实施方案中，数据库是基于云计算的。数据库可以基于一个或多个本地
计算机存储设备。数据传输
125.本文描述的方法、系统和介质被配置为在处于一个或多个位置的一个或多个设施中执行。设施地点不受国家限制，包括任何国家或地区。在一些情况下，本文的方法的一个或多个步骤在不同于该方法的另一个步骤的国家中执行。在一些情况下，用于获得样品的一个或多个步骤在不同于用于分析样品基因型的一个或多个步骤的国家中执行。在一些实施方案中，涉及计算机系统的一个或多个方法步骤在与本文提供的方法的另一步骤不同的国家中执行。在一些实施方案中，数据处理和分析在不同于本文所述方法的一个或多个步骤的国家或位置执行。在一些实施方案中，将一个或多个物品、产品或数据从一个或多个设施转移到一个或多个不同的设施以进行分析或进一步分析。物品包括但不限于从受试者的样品和本文公开的作为物品或产品的任何物品或产品中获得的一种或多种组分。数据包括但不限于关于基因型的信息和通过本文公开的方法产生的任何数据。在本文描述的方法和系统的一些实施方案中，执行分析，并且随后的数据传输步骤将传达或传输分析的结果。
126.在一些实施方案中，本文所述的任何方法的任何步骤由计算机上的软件程序或模块执行。在另外的或进一步的实施方案中，来自本文所述的任何方法的任何步骤的数据被传送到位于相同或不同国家内的设施和从位于相同或不同国家内的设施传送，包括在特定位置的一个设施中执行的分析以及传送到另一位置或直接传送到相同或不同国家内的个体的数据。在另外的或进一步的实施方案中，来自本文所述的任何方法的任何步骤的数据被传送到位于相同或不同国家内的设施和/或从位于相同或不同国家内的所述设施接收，包括在特定位置的一个设施中执行的数据输入(例如细胞材料)的分析以及发送到另一位置或直接发送到个体的相应数据，例如与相同或不同位置或国家内的诊断、预后、对治疗的响应性等相关的数据。非暂时性计算机可读存储介质
127.本文公开的方面提供了一个或多个非暂时性计算机可读存储介质，其编码有软件程序，所述软件程序包括可由操作系统执行的指令。在一些实施方案中，被编码的软件包括本文描述的一个或多个软件程序。在另外的实施方案中，计算机可读存储介质是计算设备的有形组件。在又一些实施方案中，计算机可读存储介质任选地可从计算设备移除。在一些实施方案中，通过非限制性示例，计算机可读存储介质包括cd
‑
rom、dvd、闪存设备、固态存储器、磁盘驱动器、磁带驱动器、光盘驱动器、云计算系统和服务等。在一些情况下，程序和指令被永久地、基本上永久地、半永久地或非暂时性地编码在介质上。试剂盒和制品
128.在一些实施方案中，本发明公开了用于根据本发明所述方法检测从受试者获得的样品中的基因型或生物标志物的组合物。本文公开的方面提供的组合物包括多核苷酸序列，所述多核苷酸序列包含seq id no:1
‑
218中的一个或多个或其反向互补序列的至少10个但少于50个连续核苷酸，其中所述连续多核苷酸序列包含可检测分子。在一些实施方案中，多核苷酸序列包含seq id no:1
‑
218中的一个或多个中的位置26或31处的核碱基。在各种实施方案中，可检测分子包括荧光团。在其他实施方案中，多核苷酸序列还包含淬灭剂。
129.在一些实施方案中，本文还公开了用于检测本文所述基因型的试剂盒。在一些实施方案中，本文公开的试剂盒可用于预测个体是否具有或将发展特定表型性状。在一些情
况下，试剂盒有助于诊断或预测个体的疾病或病症。在一些情况下，试剂盒对于选择治疗患者是有用的。在一些情况下，试剂盒附有产品建议，如补充剂或非处方药。在一些情况下，试剂盒附有咨询医生或医疗保健专业人员的建议。
130.在一些实施方案中，试剂盒包括本文所述的组合物，其可用于执行本文所述的检测基因型的方法。试剂盒包括材料或组分的组合物，所述材料或组分包括所述组合物中的至少一种。在其他实施方案中，试剂盒包括执行用于检测基因型的测定所必需和/或足够的所有组分，包括所有对照、用于执行测定的说明以及用于分析和呈现结果的任何必要软件。在一些情况下，本文公开的试剂盒适用于诸如pcr和qpcr的测定。在一些情况下，试剂盒包括基因分型芯片，其可以在需要时使用。试剂盒中配置的组分的确切性质取决于其预期用途。
131.可在试剂盒中包括使用说明。任选地，试剂盒还包括其他有用的组分，如稀释剂、缓冲剂、药学上可接受的载剂、注射器、导管、敷贴器、移液或测量工具、绷带材料或其他有用的用品。组装在试剂盒中的材料或组分可以提供给从业者，以任何方便和合适的方式储存，以保持其可操作性和实用性。例如，组分可以是溶解的、脱水的或冻干的形式；它们可以在室温、冷藏或冷冻温度下提供。这些组分通常包含在合适的包装材料中。如本文所用，短语“包装材料”是指用于容纳试剂盒内容物，例如组合物等的一个或多个物理结构。所述包装材料通过众所周知的方法构造，优选地以提供无菌、无污染物的环境。试剂盒中使用的包装材料是基因表达测定和治疗施用中常用的包装材料。如在本文中所使用的，术语“包装”指的是合适的固体基质或材料，例如玻璃、塑料、纸、箔等，其能够容纳各个试剂盒组分。因此，例如，包装可以是玻璃瓶或预填充注射器，用于容纳适当量的药物组合物。包装材料具有外部标签，其表明试剂盒及其组分的内容和/或用途。某些术语
132.在下面的描述中，为了提供对各种实施方案的透彻理解，阐述了某些特定细节。然而，本领域技术人员将理解，可以在没有这些细节的情况下实践所提供的实施方案。除非上下文另有要求，否则在随后的整个说明书和权利要求书中，“包括”一词及其变体，例如“包含”和“含有”，应以开放、包容的意义解释，即解释为“包括但不限于”。除非上下文另外清楚地规定，否则如本说明书和所附权利要求中所使用的，单数形式“一个(a)”、“一种(an)”和“所述(the)”包括复数个指示物。还应当指出，术语“或”通常在其包括“和/或”的含义上使用，除非内容另有明确规定。此外，这里提供的标题仅是为了方便，并不解释所要求保护的实施方案的范围或含义。
133.如本文所用，术语“约”是指接近所述量约10％、5％或1％的量。
134.当用于定义组合物和方法时，本文所用的“基本上由
……
组成”应意指排除对用于所陈述目的的组合具有任何重要意义的其他要素。因此，基本上由本文定义的要素组成的组合物不排除对所要求保护的公开(例如用于治疗皮肤失调如痤疮、湿疹、牛皮癣和酒渣鼻的组合物)的基本和新颖性没有实质性影响的其他材料或步骤。
135.这里使用术语“增加的”或“增加”通常表示统计学上显著量的增加；在一些实施方案中，术语“增加的”或“增加”表示与参考水平相比增加至少10％，例如与参考水平、标准或对照相比增加至少约10％、增加至少约20％、或增加至少约30％、或增加至少约40％、或增加至少约50％、或增加至少约60％、或增加至少约70％、或增加至少约80％、或增加至少约
90％，或增加高达并包括100％或10
‑
100％之间的任何增加。“增加”的其他示例包括与参考水平相比增加至少2倍、至少5倍、至少10倍、至少20倍、至少50倍、至少100倍、至少1000倍或更多。
136.术语“减少的”或“减少”在此通常用于表示统计学上显著量的减少。在一些实施方案中，“减少的”或“减少”表示与参考水平相比减少至少10％，例如与参考水平相比减少至少约20％，或至少约30％，或至少约40％，或至少约50％，或至少约60％，或至少约70％，或至少约80％，或至少约90％，或减少高达并包括100％(例如，与参考水平相比无水平或不可检测水平)，或10
‑
100％之间的任何减少。在标志物或症状的上下文中，这些术语指的是这种水平的统计学上显著的减少。减少可以是，例如，至少10％、至少20％、至少30％、至少40％或更多，并且优选地降低到对于没有给定疾病的个体来说在正常范围内的可接受水平。
137.本文所公开的“世系”是指个体的遗传谱系。
138.如本文所公开的术语“基因型”是指个体基因组内多核苷酸序列的化学组成。
139.本文使用的“治疗”指治疗性治疗和防止或预防措施，其中目的是防止或减缓(减轻)目标病症，预防病症，追求或获得良好的总体结果，或降低个体发展病症的机会，即使治疗最终不成功。在本文提供的一些方面中，需要治疗的受试者包括已经患有疾病或病症的那些受试者，以及容易发展所述疾病或病症的那些受试者或在其中要预防所述疾病或病症的那些受试者。在一些情况下，治疗包括补充剂。补充剂的非限制性示例包括维生素、矿物质、抗氧化剂、益生菌和抗炎剂。在一些情况下，治疗包括药物治疗。在一些情况下，药物治疗包括靶向本文公开的基因或其基因表达产物的抗生素、抗体或小分子化合物。
140.本文公开的“基因型”是指个体基因组内多核苷酸序列的化学组成。在一些实施方案中，基因型包括snv、单核苷酸多态性(snp)、indel和/或cnv。如本文所公开的术语“单核苷酸变体”或“单核苷酸变异”或snv是指多核苷酸序列中单核苷酸的变异。snv的变异可以有多种不同的形式。单一形式的snv被称为“等位基因”。例如，从5'到3'读取参考多核苷酸序列是ttacg。(5
’‑
ttacg
‑3’
的)等位基因位置3处的snv包括将参考等位基因“a”取代为非参考等位基因“c”。如果snv的“c”等位基因与发展表型性状的概率增加有关，则该等位基因被认为是“风险”等位基因。然而，同样的snv也可能包含将“a”等位基因取代为“t”等位基因。如果snv的t等位基因与发展表型性状的概率降低有关，该等位基因被认为是“保护性”等位基因。snv可以包括单核苷酸多态性(snp)，在一些情况下，是在给定群体的至少1％中观察到的snv。在一些实施方案中，snv由“rs”数表示，其是指在dbsnp生物信息学数据库中另一个提交的snv的参考簇的登录，其特征在于包括5'至3'的核碱基总数的序列，包括提交的变异。在一些实施方案中，snv还可以由snv(核碱基)在所提供序列中的位置来定义，其位置总是位于序列的5'长度加1处。在一些实施方案中，snv被定义为参考基因组中的基因组位置和等位基因变化(例如，在参考人类基因组构建版本37中，染色体7在位置234,123,567处的从g等位基因到a等位基因)。在一些实施方案中，snv被定义为在本文公开的序列中用非核苷酸字母或代码(例如，iupac核苷酸代码)标识的基因组位置。
141.如本文所公开的，“indel”是指多核苷酸序列内的核碱基的插入或缺失。在一些实施方案中，indel由“rs”数表示，其是指在dbsnp生物信息学数据库中另一个提交的indel的参考簇的登录，其特征在于包括5'至3'的核碱基总数的序列，包括提交的变异。在一些实施
方案中，indel还可以由插入/缺失在所提供序列中的位置来定义，其位置总是位于序列的5'长度加1处。在一些实施方案中，indel定义为参考基因组中的基因组位置和等位基因变化。在一些实施方案中，indel被定义为在本文公开的序列中用非核苷酸字母或代码(例如，iupac核苷酸代码)标识的基因组位置。
142.本文公开的“拷贝数变体”或“拷贝数变异”或“cnv”是指多核苷酸序列的部分重复或缺失的现象，基因组中的重复数在给定群体中的个体之间变化。在一些实施方案中，多核苷酸序列的部分是“短的”，包括大约两个核苷酸(双核苷酸cnv)或三个核苷酸(三核苷酸cnv)。在一些实施方案中，多核苷酸序列的部分是“长的”，包括四个核苷酸和基因的整个长度之间的许多核苷酸。
[0143]“样品”的非限制性示例包括可从中获得核酸和/或蛋白质的任何材料。通过非限制性示例，这包括全血、外周血、血浆、血清、唾液、粘液、尿液、精液、淋巴液、粪便提取物、面颊拭子、细胞或其他体液或组织，包括但不限于通过外科活检或外科切除获得的组织。在各种实施方案中，样品包括来自大肠和/或小肠的组织。在各种实施方案中，大肠样品包括盲肠、结肠(升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠)、直肠和/或肛管。在一些实施方案中，小肠样品包括十二指肠、空肠和/或回肠。可替代地，样品可以通过原代患者来源的细胞系获得，或者是以保存的样品的形式存档的患者样品或者新鲜冷冻的样品。实施例实施例1.计算个体的世系特异性遗传风险得分，其代表所述个体将有更好的有氧运动能力的可能性
[0144]
首先，提供个体的基因型。个体的基因型可以是illumina基因分型阵列的格式。基因型包括对个体特异性的遗传风险变体(个体特异性遗传风险变体)。遗传风险变体可包括单核苷酸变体(snv)、单核苷酸多态性(snp)、indel和/或拷贝数变体(cnv)。illumina基因分型阵列包括对各种snv、indel、snp和/或cnv具有特异性的核酸探针。利用主成分分析(pca)对基因型进行分析以确定个体的世系，确定该个体为非洲裔。
[0145]
接下来，从与个体具有如通过pca确定的相同世系(例如非洲)的受试者(世系特异性受试者组)的全基因组关联研究(gwas)中选择参考遗传变体。世系特异性变体位于已报道的有氧运动能力易感遗传基因座，包括tshr、acsl1、prdm1、dbx1、grin3a、esrrb、zic4和/或cdh13，并基于世系特异性遗传变体和有氧运动能力性状之间的强相关性(p＝1.0x10
‑4或更低)进行选择。变体提供在表39中。表39
[0146]
如果个体特异性遗传风险变体未知，意味着对应于个体特异性遗传变体的基因分型阵列的识别号未在上述gwas中公布，则选择代理遗传变体作为遗传风险计算的基础。如果代理遗传变体与未知个体特异性遗传风险变体处于连锁不平衡(ld)(r2值为至少0.70或d'值为至少约0.20)中，则选择该代理遗传变体，也称为“插补”。
[0147]
接下来，计算个体特异性原始得分。将数值分配给个体特异性遗传变体内的风险单位(例如，风险等位基因)并且将每个个体特异性遗传变体的所有数值相加在一起，并除以个体特异性遗传变体和/或代理遗传变体的总数，以产生个体特异性原始得分。
[0148]
接下来，执行相同的计算以生成世系特异性受试者组内的每个个体的原始得分，由此生成原始得分的观察范围(观察范围)。接下来，将个体特异性原始得分与世系特异性观察范围进行比较，以计算相对于世系特异性受试者群体的风险百分比。接下来，将遗传风险得分(grs)分配给个体。
[0149]
例如，为了计算由七个遗传变体组成的针对个体有氧运动能力的grs，在本实施例中，snp(具有风险等位基因c的rs7144481，具有风险等位基因g的rs6552828，具有风险等位基因a的rs1049904，具有风险等位基因a的rs10500872，具有风险等位基因g的rs1535628，具有风险等位基因t的rs1289359和具有风险等位基因a的rs1171582)要求通过实际的基因分型或插补确定每个基因型，并计算所有风险等位基因之和的平均值。因此，具有基因型rs7144481(cc)、rs6552828(aa)、rs1049904(gg)、rs10500872(ag)、rs1535628(aa)、rs1289359(ct)、rs1171582(aa)的个体分别具有2、0、0、1、0、1和2个风险等位基因，总和为6，其中平均遗传风险得分为0.86(＝6/7；风险等位基因除以组成模型的变体总数)。表40根据所提供的实施例提供了示例性计算。表40
[0150]
对于世系特异性群体类似地计算grs得分。当个体的grs得分与来自同一世系特异性群体的grs得分分布相比较时，个体的grs得分在第50百分位数。该个体被预测具有平均的有氧运动能力。实施例2.计算个体的世系特异性遗传风险得分，其代表所述个体将经历胶原分解的可能性
[0151]
首先，提供个体的基因型。个体的基因型可以是illumina基因分型阵列的格式。基因型包括对个体特异性的遗传风险变体(个体特异性遗传风险变体)。遗传风险变体可包括单核苷酸变体(snv)、单核苷酸多态性(snp)、indel和/或拷贝数变体(cnv)。illumina基因分型阵列包括对各种snv、snp和/或cnv具有特异性的核酸探针。利用主成分分析(pca)对基因型进行分析以确定个体的世系，确定该个体为中国人。
[0152]
接下来，从gwas中选择参考遗传变体。这些变体位于已报道的胶原分解易感遗传基因座mmp1、mmp3和mmp9处，并基于遗传变异与身体素质性状之间的强相关性(p＝1.0x10
‑4或更低)进行选择。变体提供在表41中。表41
[0153]
如果个体特异性遗传风险变体未知，意味着对应于个体特异性遗传变体的阵列识别号未在上述gwas中公布，则选择代理遗传变体作为遗传风险计算的基础。如果代理遗传变体与未知个体特异性遗传风险变体处于连锁不平衡(ld)(r2值为至少0.70或d'值为至少约0.20，基于与个体具有相同世系的受试者)中，则选择该代理遗传变体。
[0154]
接下来，计算个体特异性原始得分。将数值分配给个体特异性遗传变体内的风险单位(例如，风险等位基因)并且将每个个体特异性遗传变体的所有数值相加在一起，并除以个体特异性遗传变体或代理遗传变体的总数，以产生个体特异性原始得分。
[0155]
接下来，执行相同的计算以生成世系特异性受试者组内的每个个体的原始得分，由此生成原始得分的观察范围(观察范围)。接下来，将个体特异性原始得分与世系特异性观察范围进行比较，以计算相对于世系特异性受试者群体的风险百分比。接下来，将遗传风险得分(grs)分配给个体。
[0156]
例如，为了计算个体的由两个遗传变体组成的针对胶原分解性状的grs，在本实施例中snp(具有风险等位基因g的rs495366，具有风险等位基因g的rs11226373)要求通过实际的基因分型或插补来确定每个基因型，并计算所有风险等位基因之和的平均值。因此，具有基因型rs495366(gg)、rs11226373(ga)的个体分别具有2和1个风险等位基因，总和为3，平均遗传风险得分为1.5(＝3/2；风险等位基因除以组成模型的变体总数)。表42根据本实施例提供了示例性计算。表42
[0157]
对于世系特异性群体类似地计算grs得分。当个体的grs得分与来自同一世系特异性群体的grs得分分布相比较时，个体的grs得分在第90百分位数。该个体被预测具有很高的胶原分解的风险，并被建议给他们的皮肤补水和涂胶原霜。实施例3.计算个体的世系特异性遗传风险得分，其代表所述个体将经历维生素a缺乏的可能性
[0158]
首先，提供个体的基因型。个体的基因型可以是illumina基因分型阵列的格式。基因型包括对个体特异性的遗传风险变体(个体特异性遗传风险变体)。遗传风险变体可包括
单核苷酸变体(snv)、单核苷酸多态性(snp)、indel和/或拷贝数变体(cnv)。illumina基因型芯片包括对各种snv、snp、indel和/或cnv具有特异性的核酸探针。利用主成分分析(pca)对基因型进行分析以确定个体的世系，确定该个体为中国人。
[0159]
接下来，从发表在高影响力杂志上的gwas中选择参考遗传变体。这些变体位于已报道的维生素a缺乏易感遗传基因座bcmo1、ffar4和ttr处，并基于遗传变异与营养性状之间的强相关性(p＝1.0x10
‑4或更低)进行选择。世系特异性变体提供在表43中。表43
[0160]
如果个体特异性遗传风险变体未知，意味着对应于个体特异性遗传变体的阵列识别号未在上述gwas中公布，则选择代理遗传变体作为遗传风险计算的基础。如果代理遗传变体与未知个体特异性遗传风险变体处于连锁不平衡(ld)(r2值为至少0.70或d'值为至少约0.20，基于与个体具有相同世系的受试者)中，则选择该代理遗传变体。
[0161]
接下来，计算个体特异性原始得分。将数值分配给个体特异性遗传变体内的风险单位(例如，风险等位基因)并且将每个个体特异性遗传变体的所有数值相加在一起，并除以个体特异性遗传变体或代理遗传变体的总数，以产生个体特异性原始得分。
[0162]
接下来，执行相同的计算以生成世系特异性受试者组内的每个个体的原始得分，由此生成原始得分的观察范围(观察范围)。接下来，将个体特异性原始得分与世系特异性观察范围进行比较，以计算相对于世系特异性受试者群体的风险百分比。接下来，将遗传风险得分(grs)分配给个体。
[0163]
例如，为了计算个体的由三个遗传变体组成的针对维生素a缺乏性状的grs，在本实施例中snp(具有风险等位基因t的rs6564851，具有风险等位基因c的rs1082272，具有风险等位基因a的rs1667255)要求通过实际的基因分型或插补来确定每个基因型，并计算所有风险等位基因之和的平均值。因此，具有基因型rs6564851(tg)、rs1082272(tt)和rs1667255(ac)的个体分别具有1、0和1个风险等位基因，总和为2，平均遗传风险得分为1.67(＝2/3；风险等位基因除以组成模型的变体总数)。表44根据本实施例提供了示例性计算。表44
[0164]
在世系特异性群体中类似地计算grs得分。当个体的grs得分与来自同一世系特异性群体的grs得分分布相比较时，个体的grs得分高于平均值1个标准差。个体被预测有维生素a缺乏的风险，并被建议服用维生素a补充剂。
[0165]
实施例4.针对酒精潮红反应的世系特异性遗传风险得分
[0166]
酒精潮红反应是一种病症，其中个体饮用酒精饮料后在面部、颈部、肩膀并且在一些情况下在整个身体出现潮红或疹斑。大约三分之一的东亚裔人因饮酒而面部潮红。编码醇脱氢酶1b(adh1b)的基因中的rs671等位基因a的单核苷酸多态性与潮红反应有关。该snp存在于本文公开的性状相关变体数据库中。作为示例而不是限制，表45
‑
46通过使用主要的欧洲参考群体计算遗传风险得分(grs)，与使用由与受试者具有相同世系的个体组成的参考群体计算grs相比，显示个体发展或将发展酒精潮红反应的可能性。得分大于或等于1的个体被预测具有中度酒精潮红反应，因为rs671以显性阴性方式作用。
[0167]
群组.分析了包括来自1669个个体的基因型的数据集。在1669个个体的数据集中，193个具有欧洲世系(eur)，1476个具有东亚世系(eas)。世系特异性变体(rs671)位于已报道的醇脱氢酶adh1b易感遗传基因座处，并且基于与参考群体中的酒精潮红反应性状的强相关性进行选择。
[0168]
基因分型.从每个受试者获取唾液样品。将样品在illuminacore
‑
24beadchip平台(illumina,inc.,san diego,calif.92121)上进行基因分型。根据illuminacore
‑
24平台的制造说明，采用了质量控制措施。如果出现以下情况，则从分析中排除snp：基因分型率<93％；snp丢失率>10％，并且小等位基因频率<0.01。
[0169]
向受试者分配世系.利用基因型的主成分分析(pca)进行群体分组分析。对于每个受试者，使用基于距离的方法(k
‑
均值)计算离样品最近的群体并分配世系。
[0170]
rs671的插补.为了进行酒精反应性状评分，插补rs671基因型。插补是使用来自1000个基因组的参考群体完成，这些基因组要么是世系特异性的，要么不是世系特异性的，以进行比较。
[0171]
世系特异性参考群体.受试者的基因型是根据其所分配的世系来插补的。从“a global reference for human genetic variations,”nature 526,68
‑
74(2015年10月1
日)中描述的1000基因组项目中选择世系特异性参考群体。如果受试者在前一步中被指定为东亚世系，那么受试者的基因型将使用来自1000个基因组的东亚群体作为参考群体来插补。如果受试者在前一步中被指定为欧洲世系，那么受试者的基因型将使用来自1000个基因组的欧洲群体作为参考群体来插补。
[0172]
非世系特异性参考群体.为了比较grs的准确性，使用非世系特异性的参考群体，也选择了参考遗传变体。受试者的基因型使用来自1000个基因组的欧洲群体作为参考群体来插补。
[0173]
grs的计算.对具有基于rs671插补的基因型的酒精潮红得分的受试者进行分析，其中使用世系特异性参考群体和非世系特异性参考群体进行比较。受试者的酒精潮红反应得分是根据非参考等位基因的数量计算的。
[0174]
结果.表45说明使用单一参考群体的流水线(pipeline)，其中不考虑世系，而表46说明世系特异性流水线，其中流水线特异于个体的世系。据了解，36％
‑
45％的东亚人因饮酒而出现面部潮红。这准确地体现在表46中，其中世系特异性流水线预测了，具有东亚世系的个体中的42％已经或将要发展酒精潮红反应。相比之下，表45说明当不考虑亚洲世系时，没有东亚人个体被预测有酒精潮红反应，这与已知的不匹配。“eur”指欧洲人，“eas”指东亚人。表45.使用单一参考群体(eur)的流水线。不考虑世系。eur：欧洲人表46.世系特异性流水线(对个体的世系特异性的流水线，其中eur用于eur个体，eas用于eas个体)。eur：欧洲人；eas：东亚人eas用于eas个体)。eur：欧洲人；eas：东亚人实施例5.乳糖耐受的世系特异性遗传风险得分
[0175]
乳糖耐受性个体是如下成年人：他们可以食用动物奶和动物奶产品，而不会出现乳糖不耐受症状，如腹胀、疼痛、抽筋、腹泻、胀气或恶心的风险。乳糖耐受的遗传性状与乳糖酶基因(lct)上游约14kb调控区中的功能性单核苷酸变体(snv)有关，包括
‑
13910*t(rs4988235)、
‑
13915*g(rs41380347)，以及
‑
14010*c(rs145946881)。这三个snv存在于本
文公开的性状相关变体数据库中。作为示例而不是限制，表47
‑
48通过使用主要的欧洲参考群体计算遗传风险得分(grs)，与使用由与受试者具有相同世系的个体组成的参考群体计算grs相比，显示个体是乳糖耐受还是乳糖不耐受。得分等于零的个体被预测为乳糖不耐受，得分大于零的个体被预测为乳糖耐受，因为一个等位基因足以代谢乳糖。
[0176]
群组.分析了包括1669个体的数据集。在1669个个体的数据集中，193个具有欧洲世系(eur)，1476个具有东亚世系(eas)。位于lct基因上游的已报道易感遗传基因座处的世系特异性变体13910*t(rs4988235)、
‑
13915*g(rs41380347)以及
‑
14010*c(rs145946881)基于与参考群体中酒精潮红反应性状的强相关性进行选择。
[0177]
基因分型.从受试者获取唾液样品。将样品在illuminacore beadchip平台(illumina,inc.,san diego,calif.92121)上进行基因分型。根据illuminacore
‑
24平台的制造说明，采用了质量控制措施。如果出现以下情况，则从分析中排除snv：基因分型率<93％；snp丢失率>10％，并且小等位基因频率<0.01。
[0178]
向受试者分配世系.利用基因型的主成分分析(pca)进行群体分组分析。对于每个受试者，使用基于距离的方法(k
‑
均值)计算最近群体样品并分配世系。
[0179]
rs4988235、rs41380347和rs145946881的插补.为了进行乳糖耐受性评分，插补rs4988235、rs41380347和rs145946881基因型。插补是使用来自1000个基因组的参考群体完成，这些基因组要么是世系特异性的，要么不是世系特异性的，以进行比较。
[0180]
世系特异性参考群体.受试者的基因型是根据其所分配的世系来插补的。如果受试者在前一步中被指定为东亚世系，那么受试者的基因型将使用来自1000个基因组的东亚群体作为参考群体来插补。如果受试者在前一步中被指定为欧洲世系，那么受试者的基因型将使用来自1000个基因组的欧洲群体作为参考群体来插补。
[0181]
非世系特异性参考群体.为了比较grs的准确性，使用非世系特异性的参考群体，受试者的基因型使用来自1000个基因组的欧洲群体作为参考群体来插补。
[0182]
grs的计算.对rs4988235、rs41380347和rs145946881插补基因型的乳糖耐受性进行了比较分析，其中使用世系特异性参考群体和非世系特异性参考群体以进行比较。受试者的乳糖耐受得分是根据非参考等位基因的分数计算的。
[0183]
结果.表47说明使用单一参考群体的流水线，其中不考虑世系，而表48说明世系特异性流水线，其中流水线特异于个体的世系。据了解，在靠近赤道的亚洲国家，98％的人口无法消化乳糖，是乳糖不耐受的。这准确地体现在表48中，其中世系特异性流水线预测了，居住在新加坡的具有东亚世系的个体100％都是乳糖不耐受的。相比之下，表47说明当不考虑亚洲世系时，57％的东亚个体被预测为乳糖耐受，这与已知的不匹配。“eur”指欧洲人，“eas”指东亚人。表47.使用不考虑世系的单一参考群体的流水线
表48.世系特异性流水线(对个体的世系特异性的流水线，其中eur用于eur个体，eas用于eas个体)。实施例7.基因符号和基因名称
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本文公开了多个代表目标人类基因的基因符号。表49提供了基因列表和相应的基因名称。表49
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虽然本文已经示出和描述了在本文公开的方法、介质和系统的优选实施方案，但这些实施方案仅作为示例提供。在不脱离本文公开的方法、介质和系统的情况下，可以进行许多变化、改变和替换。应当理解，在实践本文所公开的本发明构思时，可以使用本文所公开的方法、介质和系统的实施方案的各种替代方案。所附权利要求旨在限定所述方法、介质和系统的范围，并且由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同方案。