鉴定棉花开花期早晚的分子标记、KASP_FT引物组及其应用

本发明涉及作物育种和生物，更具体的说是涉及鉴定棉花开花期早晚的分子标记、kasp_ft引物组及其应用。

背景技术：

1、棉花作为全球重要的经济作物，其产量与纤维品质的优劣直接受制于生育期的长短与花期的精准调控。开花期早晚是作物适应不同生态环境、实现最佳产量与品质的关键农艺性状，直接决定了棉花的“熟性”——即早熟、中熟或晚熟。在棉花生产中，早熟品种能够有效规避秋季低温、阴雨等不利气候，减少烂铃与虫害，同时利于后茬作物的播种与轮作，对于提高土地利用率与种植效益具有重要战略意义。

2、kasp（竞争性等位基因特异性pcr，kompetitive allele specific pcr）是一种基于引物末端碱基特异性匹配和终端荧光信号读取的技术，能够对复杂基因组dna样品中的snp和indel位点进行精准检测。相较于其他snp/indel检测方法，kasp具备检测通量高、结果准确、应用灵活以及成本低等优势，因此被广泛应用于功能标记开发、品种真实性与纯度鉴定，以及qtl精细定位等研究领域。开发棉花开花基因的snp不仅能够从分子层面阐明开花期早晚性状的遗传进化规律，明确人工选择在基因组上留下的印记，更重要的是，它可以为分子标记辅助选择提供精准的“靶点”。通过挖掘并利用这些与开花期早晚性状紧密连锁的snp或优异单倍型，育种家能够实现早熟、高产、优质性状的协同改良，打破传统育种中“早熟未必高产优质”的瓶颈，为培育适应不同生态区、适宜机械化作业的早熟棉花新品种提供坚实的理论依据和基因资源。

3、因此，如何提供一种鉴定棉花开花期早晚的分子标记、kasp引物组及其应用是本领域技术人员亟待解决的技术问题。

技术实现思路

1、有鉴于此，本发明提供了鉴定棉花开花期早晚的分子标记、kasp_ft引物组及其应用。

2、为了解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

3、一种鉴定棉花开花期早晚的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如seq idno.1所示，其核苷酸序列的第99 bp处为snp位点，存在t/c突变。

4、进一步的，所述snp位点的基因型包括tt、tc和cc基因型；

5、当所述snp位点的基因型为tt或tc时，属于开花早品种；当所述snp位点的基因型为cc时，属于开花晚品种。

6、扩增上述分子标记的kasp_ft引物组，其核苷酸序列如seq id no.2~seq id no.4所示。

7、一种鉴定棉花开花期早晚的检测试剂盒，包括上述的kasp_ft引物组。

8、上述kasp_ft引物组或上述的检测试剂盒在以下任意一种中的应用：

9、a.鉴定棉花开花期早晚；

10、b.制备鉴定棉花开花期早晚的检测产品；

11、c.辅助棉花育种。

12、一种鉴定棉花开花期早晚的方法，包括以下步骤：

13、s1.提取待测样品基因组dna；

14、s2.利用上述kasp_ft引物组或上述的检测试剂盒对基因组dna进行扩增；

15、s3.分析s2所得结果，鉴定基因型，若基因型为tt或tc，属于开花期早品种，若基因型为cc时，属于开花期晚品种。

16、进一步的，所述kasp反应总体系为5 μl，包含2×kasp master mix 2.5 μl、kaspassay mix 0.07 μl、浓度为20 ng/μl的模板dna 2.43μl；

17、其中，每100 μl kasp assay mix包括：100 μm的snp特异性引物各12 μl ，100μm的通用引物30 μl，46 μl超纯水。

18、进一步的，kasp反应程序第一步：95℃，10 min；第二步：95℃，15 s，61~55℃，1min，每个循环降低0.6℃，共进行10个循环；第三步：95℃，20 s，55℃，1 min，共进行28个循环，荧光扫描，25~37℃，30 s。

19、经由上述的技术方案可知，与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

20、本发明提供的鉴定棉花开花期早晚的分子标记、kasp_ft引物组，与棉花开花期早晚紧密相关，利用该分子标记或kasp_ft引物组，可在育种早期世代或初选群体中快速鉴定筛选携带开花期早snp的个体，淘汰非必要株系，缩减育种群体规模，可以大幅度降低育种成本、提高育种效率。

1.一种鉴定棉花开花期早晚的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，其核苷酸序列的第99 bp处为snp位点，存在t/c突变。

2.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述snp位点的基因型包括tt、tc和cc基因型；

3.扩增权利要求1所述分子标记的kasp_ft引物组，其特征在于，其核苷酸序列如seqid no.2~seq id no.4所示。

4.一种鉴定棉花开花期早晚的检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的kasp_ft引物组。

5.权利要求3所述kasp_ft引物组或权利要求4所述的检测试剂盒在以下任意一种中的应用：

6.一种鉴定棉花开花期早晚的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述kasp反应总体系为5 μl，包含2×kaspmaster mix 2.5 μl、kasp assay mix 0.07 μl、浓度为20 ng/μl的模板dna 2.43 μl；

8.如权利要求6所述的方法，其特征在于，kasp反应程序第一步：95℃，10min；第二步：95℃，15s，61~55℃，1min，每个循环降低0.6℃，共进行10个循环；第三步：95℃，20s，55℃，1min，共进行28个循环，荧光扫描，25~37 ℃，30 s。