基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法与流程

本发明属于动物繁殖，特别是涉及一种基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法。

背景技术：

1、繁殖性状是影响种猪生产力的重要性状，其性能高低直接影响养猪场的经济效益。总产仔数、产活仔数及产健仔数是衡量母猪繁殖性能的重要指标。母猪产仔数性状遗传力在0.1左右，属于低遗传力性状，而总产仔数与健仔数之间的遗传相关性较高。众多学者研究结果表明，利用传统育种方法来提高母猪的产仔性能的进程较缓慢。

2、全基因组关联分析(gwas)已广泛应用于猪总产仔数、产活仔数、初生窝重、健仔数、产弱仔数、乳头数等繁殖指标的研究，本发明采用gwas鉴定与繁殖性状相关的snps及候选基因，为提高猪育种、繁殖效率和经济效益奠定基础。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法，以解决上述现有技术存在的问题。

2、为实现上述目的，本发明提供了一种基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法，包括：

3、选取试验猪群，采集所述试验猪群的组织样品，并基于所述组织样品构建dna文库；

4、对dna文库中的基因数据进行全集基因组重测序，筛选符合预设质量要求的若干个snp标记位点；

5、基于全基因组关联分析对若干个snp标记位点进行分析，筛选与繁殖性状显著关联的单核苷酸多态snps以及候选基因；

6、对所述单核苷酸多态snps以及候选基因进行富集分析，获得繁殖性状相关候选基因。

7、可选的，采集连续三胎次产仔记录，根据所述产仔记录选取高繁组21头母猪，低繁组19头母猪作为试验猪群。

8、可选的，采集试样猪群中每头猪的耳朵组织样品进行全集基因组重测序。

9、可选的，所述繁殖性状包括总产仔数、产活仔数、产健仔数。

10、可选的，基于所述组织样品构建dna文库的过程包括：通过冷冻管与干冰运输所述组织样品，所述组织样品质检合格后用于构建dna文库。

11、可选的，对dna文库中的基因数据进行全集基因组重测序，筛选符合预设质量要求的若干个snp标记位点的过程包括：

12、采用10×的平均测序深度对所述组织样品进行全基因组测序，获得测序原始数据，对所述测序原始数据进行质控；

13、构建母猪参考基因组，将质控筛选出的测序原始数据与所述母猪参考基因组进行比对，根据比对结果筛选符合预设质量要求的若干个snp标记位点。

14、可选的，筛选与繁殖性状显著关联的单核苷酸多态snps以及候选基因的过程包括：

15、按照预设条件对若干个snp标记位点进行过滤，使用gemma软件并基于全基因组关联分析模型对母猪的总产仔数、产活仔数、产健仔数表型性状与若干个snp标记位点进行关联分析，获得性状与snp标记位点的关联关系。

16、可选的，对若干个snp标记位点和所在基因组点上下游预设位置进行go和kegg功能富集分析，结合性状与snp标记位点的关联关系，获得繁殖性状相关候选基因。

17、本发明的技术效果为：

18、本发明记录母猪连续3胎总产仔数、产活仔数、产健仔数等繁殖性状参数，利用illumina novaseq 6000进行全基因组重测序，随后进行gwas并鉴定与繁殖性状相关的snps及候选基因，即利用全基因重测序，再结合猪繁殖性状参数进行全基因组关联分析，为提高猪育种、繁殖效率和经济效益奠定基础。

1.一种基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.根据权利要求1所述的基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法，其特征在于，

3.根据权利要求1所述的基于重测序数据的猪繁殖性状全基因组关联分析方法，其特征在于，

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