预测BCL2家族蛋白靶向药物的反应性的方法与流程

技术特征：
1.一种用于预测受试者对bcl2家族蛋白靶向药物的反应性的方法，所述方法包括选自以下步骤中的至少一个：(i)测量样本中第一蛋白和第一蛋白相互作用蛋白之间的相互作用，所述第一蛋白相互作用蛋白是外部提供的；(ii)测量样本内源性第一蛋白和第一蛋白相互作用蛋白之间的相互作用，所述第一蛋白相互作用蛋白是样本内源性蛋白；和(iii)测量样本中第一蛋白、第一蛋白相互作用蛋白或两者的水平，其中，所述第一蛋白是选自bcl2家族蛋白的抗凋亡蛋白中的至少一种，所述第一蛋白相互作用蛋白是选自bcl2家族蛋白的促凋亡蛋白中的至少一种，或者，所述第一蛋白是选自bcl2家族蛋白的促凋亡蛋白中的至少一种，所述第一蛋白相互作用蛋白是选自bcl2家族蛋白的抗凋亡蛋白中的至少一种，并且所述样本包括从受试者分离的细胞或细胞裂解物。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一蛋白是选自由bcl2、bclxl、bclw、bfl1和mcl1组成的组中的至少一种，所述第一蛋白相互作用蛋白是选自由bad、bim、noxa、puma、bmf、tbid、bik、hrk、bax、bak和bok组成的组中的至少一种，或所述第一蛋白是选自由bad、bim、noxa、puma、bmf、tbid、bik、hrk、bax、bak和bok组成的组中的至少一种，所述第一蛋白相互作用蛋白是选自由bcl2、bclxl、bclw、bfl1和mcl1组成的组中的至少一种。3.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤(i)包括使探针标记的外部提供的第一蛋白相互作用蛋白与固定在基底上的第一蛋白接触，并测量样本中的第一蛋白与外部提供的第一蛋白相互作用蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用计数的子步骤；步骤(ii)包括使所述样本与包括结合于第一蛋白的物质的基底接触，并测量在样本内源性的第一蛋白和样本内源性的第一蛋白相互作用蛋白之间形成的复合物的水平的子步骤；和步骤(iii)包括测量样本内源性的第一蛋白和样本内源性的第一蛋白相互作用蛋白中的任一种或两种的总表达水平的子步骤。4.根据权利要求3所述的方法，其中，在步骤(i)中测量蛋白-蛋白相互作用的子步骤包括：(1)向基底提供样本，所述基底包括与第一蛋白结合，以将第一蛋白固定至基底的物质；(2-1)向基底外部提供探针标记的第一蛋白相互作用蛋白，以允许与基底上的第一蛋白反应；和(3)使用全内反射荧光(tirf)显微镜在基底表面的近场区域内测量由探针产生的信号。5.根据权利要求2所述的方法，其中，步骤(i)包括选自以下子步骤中的至少一个：(i-1)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；
(i-2)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-3)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-4)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-5)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-6)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-7)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-8)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-9)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的noxa蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-10)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-11)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；和(i-12)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用。6.根据权利要求3所述的方法，其中，在步骤(ii)中测量蛋白-蛋白相互作用的子步骤包括：(1)向基底提供样本，所述基底包括与第一蛋白结合的物质，以将第一蛋白固定至基底；(2-2)向基底提供与第一蛋白相互作用蛋白结合的探针标记的物质，以允许与在样本内源性第一蛋白和样本内源性第一蛋白相互作用蛋白之间形成的复合物的第一蛋白相互作用蛋白反应；(3)使用全内反射荧光(tirf)显微镜在基底表面的近场区域内测量由探针产生的信号，或(1’)向基底提供样本，所述基底包括与第一蛋白相互作用蛋白结合的物质，以将第一蛋白相互作用蛋白固定至基底；(2
’‑
2)向基底提供与第一蛋白结合的探针标记的物质，以允许与在样本内源性第一蛋白和样本内源性第一蛋白相互作用蛋白之间形成的复合物的第一蛋白反应；和(3’)使用全内反射荧光(tirf)显微镜在基底表面的近场区域内测量探针产生的信号。7.根据权利要求2所述的方法，其中，步骤(ii)包括选自以下子步骤中的至少一个：(ii-1)测量样本中bcl2蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-2)测量样本中bcl2蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-3)测量样本中bcl2蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-4)测量样本中bclxl蛋白和样本中bad蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-5)测量样本中bclxl蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-6)测量样本中bclxl蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-7)测量样本中bclxl蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-8)测量样本中mcl1蛋白和样本中noxa蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-9)测量样本中mcl1蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-10)测量样本中mcl1蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；和(ii-11)测量样本中mcl1蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平。8.根据权利要求3所述的方法，其中，步骤(iii)中的测量子步骤包括：向基底提供样本，所述基底包括用于捕获第一蛋白的物质和用于捕获第一蛋白相互作
用蛋白的物质中的任一种或两种，以将第一蛋白和第一蛋白相互作用蛋白中的任一种或两种固定在基底上；提供与第一蛋白结合的探针标记的物质和与第一蛋白相互作用蛋白结合的探针标记的物质中的任一种或两种，以允许反应；和使用全内反射荧光(tirf)显微镜在基底表面的近场区域内测量探针产生的信号。9.根据权利要求2所述的方法，其中，步骤(iii)包括以下子步骤中的至少一个：(iii-1)测量样本中bcl2蛋白的水平；(iii-2)测量样本中bclxl蛋白的水平；(iii-3)测量样本中的mcl1蛋白水平；(iii-4)测量样本中bax蛋白的水平；和(iii-5)测量样本中的bak蛋白的水平。10.根据权利要求2所述的方法，其包括选自以下中的至少一个：(i-1)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-2)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-3)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-4)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-5)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-6)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-7)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-8)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-9)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的noxa蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-10)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-11)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-12)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(ii-1)测量样本中bcl2蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-2)测量样本中bcl2蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-3)测量样本中bcl2蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-4)测量样本中bclxl蛋白和样本中bad蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-5)测量样本中bclxl蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-6)测量样本中bclxl蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-7)测量样本中bclxl蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-8)测量样本中mcl1蛋白和样本中noxa蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-9)测量样本中mcl1蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-10)测量样本中mcl1蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-11)测量样本中mcl1蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(iii-1)测量样本中bcl2蛋白的水平；(iii-2)测量样本中bclxl蛋白的水平；(iii-3)测量样本中mcl1蛋白的水平；(iii-4)测量样本中bax蛋白的水平；和
(iii-5)测量样本中bak蛋白的水平。11.根据权利要求10所述的方法，包括：选自以下步骤(i-1)至(i-12)中的至少一个和选自步骤(ii-1)至(ii-11)中的至少一个，选自以下步骤(i-1)至(i-12)中的至少一个和选自以下步骤(iii-1)至(iii-5)中的至少一个，选自以下步骤(ii-1)至(ii-11)中的至少一个和选自以下步骤(iii-1)至(iii-5)中的至少一个，或选自以下步骤(i-1)至(i-12)中的至少一个、选自以下步骤(ii-1)至(ii-11)中的至少一个，以及选自以下步骤(iii-1)至(iii-5)中的至少一个：(i-1)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-2)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-3)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-4)测量样本中bcl2蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-5)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bad蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-6)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-7)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-8)测量样本中bclxl蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-9)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的noxa蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-10)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bim蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-11)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bax蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(i-12)测量样本中mcl1蛋白和外部提供的bak蛋白之间的蛋白-蛋白相互作用；(ii-1)测量样本中bcl2蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-2)测量样本中bcl2蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-3)测量样本中bcl2蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-4)测量样本中bclxl蛋白和样本中bad蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-5)测量样本中bclxl蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-6)测量样本中bclxl蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-7)测量样本中bclxl蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-8)测量样本中mcl1蛋白和样本中noxa蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-9)测量样本中mcl1蛋白和样本中bim蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-10)测量样本中mcl1蛋白和样本中bax蛋白之间形成的复合物的水平；(ii-11)测量样本中mcl1蛋白和样本中bak蛋白之间形成的复合物的水平；(iii-1)测量样本中bcl2蛋白的水平；(iii-2)测量样本中bclxl蛋白的水平；(iii-3)测量样本中mcl1蛋白的水平；(iii-4)测量样本中bax蛋白的水平；和(iii-5)测量样本中bak蛋白的水平。12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述bcl2家族蛋白靶向药物是选
自由venetoclax、abt737和抗bcl2抗体组成的组中的bcl2抑制剂。13.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述bcl2家族蛋白靶向药物是选自由抗mcl-1抗体、amg-176、azd5991和maritoclax组成的组中的mcl1抑制剂。14.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述bcl2家族蛋白靶向药物是选自由抗bclxl抗体和abt263组成的组中的bclxl抑制剂。15.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中，所述受试者是癌症患者并且所述细胞是分离自受试者的癌细胞。16.根据权利要求15所述的方法，其中，所述癌症是血癌。

技术总结
本发明提供了一种用于预测BCL2家族蛋白靶向药物的反应性的方法，以及一种用于选择适合使用靶向BCL2家族蛋白的药物治疗的受试者的方法。的方法。的方法。


技术研发人员：尹兑荣 李泓沅 崔秉山 车珉权 洪赛 李玧署 田昌柱 高永一 尹晟洙
受保护的技术使用者：普罗体哪有限公司
技术研发日：2020.12.04
技术公布日：2022/7/15