一种乳腺癌转移的预测方法和应用与流程

技术特征：
1.一种乳腺癌转移检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，包含以下步骤：(1)选择乳腺癌患者来源的体液外泌体为样本，建立训练集和验证集；(2)提取外泌体蛋白，进行质谱分析、多肽鉴定与蛋白质定量；(3)分析蛋白质的表达量，筛选蛋白质标记物；(4)训练并验证乳腺癌转移的检测和/或预测模型。2.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，所述检测和/或预测模型的训练基于机器学习法。3.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，所述检测和/或预测模型的验证采用训练集样本作为内部验证、验证集样本作为外部验证，输出训练集/验证集样本的转移概率，绘制roc曲线，通过roc曲线下面积评估模型预测结果。4.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，所述体液外泌体为乳腺癌患者的血液、唾液、尿液或脑脊液外泌体；优选地，所述血液为血清或血浆。5.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，所述乳腺癌为乳腺浸润性导管癌或乳腺浸润性小叶癌。6.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法，其特征在于，所述乳腺癌转移为乳腺癌淋巴结转移、胸壁转移、骨转移、肝转移、肺转移、脑转移或胸膜转移；优选地，淋巴结转移为腋窝下淋巴结转移、锁骨处淋巴结转移或远端淋巴结转移。7.一种乳腺癌转移检测和/或预测模型，其特征在于，通过利用权利要求1～6任一项所述的构建方法建立，基于所述模型的输出结果判断是否乳腺癌转移。8.如下任意一种或多种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物在制备用于检测乳腺癌淋巴结转移的试剂盒和/或芯片中的应用：acadvl、acta1、acta2、actc1、actg2、parp1、alox5、anxa5、apoa2、apoc2、apoc3、atp12a、b2m、cct6a、septin7、cel、ces1、ckb、col15a1、cs、dag1、ddb1、ddx5、dsg1、eif5、fbp1、fcgrt、flna、gba、got1、gp1ba、gpd2、hba1、hbd、hp、hsp90aa2p、ighe、ik、itpr3、kif5b、krt16、lcp1、ldha、lpa、mcam、nd1、ncl、ndufs3、p4hb、prdx1、pepd、plglb1、ppp1r10、prkacb、prkcsh、psma1、psma3、psma4、psmb1、pvr、rdx、rps9、rps24、rps27a、semg1、sgta、sptbn1、taldo1、tbca、prdx2、tgfbi、uba52、ubb、ubc、ezr、h4c1、suclg2、ina、sec16a、wdr1、rad50、pdia6、pgrmc2、cap1、prdx4、cfhr3、stip1、tmed10、mst1l、nid2、limch1、esyt1、tns2、mtrex、casp14、sun2、samhd1、sez6l2、vps4a、coq6、lima1、krt20、dhx29、sytl2、pspc1、otub1、dpep2、fto、cfhr5、lman2l、rab1b、zfyve19、nt5c3b、stxbp5、plgla、msl1、ighv2-70d、fah、rpsa、ranbp2、rrbp1、stx7、gtf3c4、sarm1、igkv1d-8、igkv1-16和nop58。9.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述蛋白标志物包含如下10种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物：acta1、acta2、p4hb、ldha、cfhr3、cs、anxa5、pdia6、prdx2和hbd。10.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，所述蛋白标志物包含全部的127种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物。11.根据权利要求8所述的应用，其特征在于，如下任意一种或多种所述乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物在乳腺癌淋巴结转移的患者外泌体中的表达水平显著高于乳腺癌未伴
有淋巴结转移对照中的表达水平，用于检测乳腺癌淋巴结转移：acadvl、acta1、acta2、actc1、actg2、parp1、alox5、anxa5、apoa2、apoc2、apoc3、atp12a、b2m、cct6a、septin7、cel、ces1、ckb、col15a1、cs、dag1、ddb1、ddx5、dsg1、eif5、fbp1、fcgrt、flna、gba、got1、gp1ba、gpd2、hba1、hbd、hp、hsp90aa2p、ighe、ik、itpr3、kif5b、krt16、lcp1、ldha、lpa、mcam、nd1、ncl、ndufs3、p4hb、prdx1、pepd、plglb1、ppp1r10、prkacb、prkcsh、psma1、psma3、psma4、psmb1、pvr、rdx、rps9、rps24、rps27a、semg1、sgta、sptbn1、taldo1、tbca、prdx2、tgfbi、uba52、ubb、ubc、ezr、h4c1、suclg2、ina、sec16a、wdr1、rad50、pdia6、pgrmc2、cap1、prdx4、cfhr3、stip1、tmed10、mst1l、nid2、limch1、esyt1、tns2、mtrex、casp14、sun2、samhd1、sez6l2、vps4a、coq6、lima1、krt20、dhx29、sytl2、pspc1、otub1、dpep2、fto、cfhr5、lman2l、rab1b、zfyve19、nt5c3b、stxbp5、plgla、msl1和ighv2-70d。12.根据权利要求11所述的应用，其特征在于，如下任意一种或多种所述乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物在乳腺癌淋巴结转移的患者血液外泌体中的表达水平显著低于乳腺癌未伴有淋巴结转移对照中的表达水平，用于检测乳腺癌淋巴结转移：fah、rpsa、ranbp2、rrbp1、stx7、gtf3c4、sarm1、igkv1d-8、igkv1-16和nop58。13.根据权利要求11或12所述的应用，其特征在于，所述外泌体为乳腺癌伴随淋巴结转移的患者的血液外泌体或乳腺癌未伴随转移的患者的血液外泌体；和/或，所述表达水平为基因层面的表达水平、转录层面的表达水平或蛋白质层面的表达水平；其中，所述蛋白质层面的表达水平通过质谱、western印迹及elisa的方法中的一种或多种进行检测。14.根据权利要求8至12中任一项所述的应用，其特征在于，所述乳腺癌为乳腺浸润性导管癌或乳腺浸润性小叶癌。15.一种检测乳腺癌淋巴结转移的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括鉴定如下任意一种或多种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂：acadvl、acta1、acta2、actc1、actg2、parp1、alox5、anxa5、apoa2、apoc2、apoc3、atp12a、b2m、cct6a、septin7、cel、ces1、ckb、col15a1、cs、dag1、ddb1、ddx5、dsg1、eif5、fbp1、fcgrt、flna、gba、got1、gp1ba、gpd2、hba1、hbd、hp、hsp90aa2p、ighe、ik、itpr3、kif5b、krt16、lcp1、ldha、lpa、mcam、nd1、ncl、ndufs3、p4hb、prdx1、pepd、plglb1、ppp1r10、prkacb、prkcsh、psma1、psma3、psma4、psmb1、pvr、rdx、rps9、rps24、rps27a、semg1、sgta、sptbn1、taldo1、tbca、prdx2、tgfbi、uba52、ubb、ubc、ezr、h4c1、suclg2、ina、sec16a、wdr1、rad50、pdia6、pgrmc2、cap1、prdx4、cfhr3、stip1、tmed10、mst1l、nid2、limch1、esyt1、tns2、mtrex、casp14、sun2、samhd1、sez6l2、vps4a、coq6、lima1、krt20、dhx29、sytl2、pspc1、otub1、dpep2、fto、cfhr5、lman2l、rab1b、zfyve19、nt5c3b、stxbp5、plgla、msl1、ighv2-70d、fah、rpsa、ranbp2、rrbp1、stx7、gtf3c4、sarm1、igkv1d-8、igkv1-16和nop58。16.根据权利要求15所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括联合鉴定如下10种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂：acta1、acta2、p4hb、ldha、cfhr3、cs、anxa5、pdia6、prdx2和hbd。17.根据权利要求15所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括鉴定全部的127种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂。
18.根据权利要求15至17中任一项所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂为鉴定所述乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂；优选所述抗体检测试剂为单克隆抗体。19.一种检测乳腺癌淋巴结转移的芯片，其特征在于，所述芯片上设置有鉴定如下任意一种或多种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂：acadvl、acta1、acta2、actc1、actg2、parp1、alox5、anxa5、apoa2、apoc2、apoc3、atp12a、b2m、cct6a、septin7、cel、ces1、ckb、col15a1、cs、dag1、ddb1、ddx5、dsg1、eif5、fbp1、fcgrt、flna、gba、got1、gp1ba、gpd2、hba1、hbd、hp、hsp90aa2p、ighe、ik、itpr3、kif5b、krt16、lcp1、ldha、lpa、mcam、nd1、ncl、ndufs3、p4hb、prdx1、pepd、plglb1、ppp1r10、prkacb、prkcsh、psma1、psma3、psma4、psmb1、pvr、rdx、rps9、rps24、rps27a、semg1、sgta、sptbn1、taldo1、tbca、prdx2、tgfbi、uba52、ubb、ubc、ezr、h4c1、suclg2、ina、sec16a、wdr1、rad50、pdia6、pgrmc2、cap1、prdx4、cfhr3、stip1、tmed10、mst1l、nid2、limch1、esyt1、tns2、mtrex、casp14、sun2、samhd1、sez6l2、vps4a、coq6、lima1、krt20、dhx29、sytl2、pspc1、otub1、dpep2、fto、cfhr5、lman2l、rab1b、zfyve19、nt5c3b、stxbp5、plgla、msl1、ighv2-70d、fah、rpsa、ranbp2、rrbp1、stx7、gtf3c4、sarm1、igkv1d-8、igkv1-16和nop58。20.根据权利要求19所述的芯片，其特征在于，所述芯片上设置有联合鉴定如下10种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂：acta1、acta2、p4hb、ldha、cfhr3、cs、anxa5、pdia6、prdx2和hbd。21.根据权利要求19所述的芯片，其特征在于，所述芯片上设置了包含鉴定全部的127种乳腺癌淋巴结转移的蛋白标志物的试剂。22.根据权利要求19至21中任一项所述的芯片，其特征在于，所述试剂为鉴定所述乳腺癌淋巴结转移蛋白标志物的质谱检测试剂或抗体检测试剂；优选所述抗体检测试剂为单克隆抗体。

技术总结
本发明提供了一种乳腺癌转移的预测方法和应用。本发明以体液外泌体为样本，利用液相色谱串联质谱，获取乳腺癌转移患者的蛋白质表型、建立基于蛋白质组学的转移诊断模型，并提供了一种检测乳腺癌淋巴结转移的试剂盒或芯片、乳腺癌淋巴结转移蛋白标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用。本发明相对于腋窝淋巴结清扫术、组织活检术等传统诊断方式具有检测无创、便捷等特点，能准确地判定待测样本是否为乳腺癌转移样本。乳腺癌转移样本。


技术研发人员：李明珠
受保护的技术使用者：上海爱谱蒂康生物科技有限公司
技术研发日：2021.09.27
技术公布日：2022/6/24