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信息提供装置和miRNA重要度表生成方法与流程

2022-03-05 10:21:30 来源:中国专利 TAG:

信息提供装置和mirna重要度表生成方法
技术领域
1.本发明涉及一种信息提供装置和mirna重要度表生成方法。本技术是以2019年5月8日向日本技术的特愿2019-088334号为优先权主张基础的申请,在此引用该申请的内容。


背景技术:

2.以往,已知一种将人的微小rna(mirna)的状态与癌症的存在相关联的技术(例如参照专利文献1)。在专利文献1中,公开了一种将mirna对的发现比率与肺癌的存在相关联的技术。
3.现有技术文献
4.专利文献
5.专利文献1:日本特表2017-502699号公报


技术实现要素:

6.发明要解决的问题
7.然而,在上述的现有技术中,能够通过利用mirna的状态而有助于发现癌症,但是无法通过利用mirna的状态而有助于预防癌症。
8.近年来,已知mirna表达谱的平衡的紊乱与罹患癌症等疾病的风险(危险度)相关联。另外,关于mirna,能够通过饮食生活等生活习惯的改善来控制其表达量,因此如果用户能够掌握mirna的表达量的平衡(mirna表达谱的平衡)的紊乱,则能够有助于采取其改善策略。然而,由于存在有大约2500种的mirna的表达谱,因此mirna表达谱是复杂的,一般的用户难以理解mirna表达谱。另外,根据疾病种类的不同,与罹患疾病的风险(疾病罹患风险)关联的mirna也不同,因此不能一律地对mirna表达谱的平衡的紊乱进行评价。
9.本发明是考虑到这样的情况而完成的,其目的在于提供一种能够针对每个疾病的种类简洁地呈现用户的mirna表达谱的平衡的状态的信息提供装置和mirna重要度表生成方法。
10.用于解决问题的方案
11.为了达成这样的目的,本发明通过以下结构来被掌握。
12.(1)本发明的一个方式是一种信息提供装置,具备:mirna表达谱输入部,其接受由用户的各mirna测定值构成的用户mirna表达谱;适宜mirna表达谱存储部,其存储由基于罹患疾病的风险的各mirna适宜值构成的适宜mirna表达谱;mirna偏离值计算部,其根据所述用户mirna表达谱内的各mirna测定值和所述适宜mirna表达谱内的对应的各mirna适宜值,来计算表示mirna测定值与mirna适宜值之间的偏离量的各mirna偏离值;mirna重要度表存储部,其针对每个疾病的种类存储mirna重要度表,所述mirna重要度表保存与疾病的种类对应的各mirna重要度;单独mirna评分计算部,其根据所述各mirna偏离值和评分计算对象疾病的所述mirna重要度表内的各mirna重要度,来计算各单独mirna评分;以及判定结果数据生成部,其生成并输出基于所述单独mirna评分的判定结果数据。
13.(2)本发明的一个方式是一种信息提供装置,具备:mirna表达谱输入部,其接受由用户的各mirna测定值构成的用户mirna表达谱;综合重要表存储部,其针对每个疾病的种类存储综合重要表,所述综合重要表保存对基于罹患疾病的风险的各mirna适宜值考虑了与疾病的种类对应的各mirna重要度而得到的各mirna综合重要度;单独mirna评分计算部,其根据所述用户mirna表达谱内的各mirna测定值和评分计算对象疾病的所述综合重要表内的各mirna综合重要度,来计算各单独mirna评分;以及判定结果数据生成部,其生成并输出基于所述单独mirna评分的判定结果数据。
14.(3)本发明的一个方式是根据上述(1)或(2)的信息提供装置,还具备mirna评分计算部,所述mirna评分计算部计算对所述各单独mirna评分进行总合而得到的mirna评分。
15.(4)本发明的一个方式是根据上述(1)~(3)中的任一项的信息提供装置,还具备评分计算对象疾病指定输入部,所述评分计算对象疾病指定输入部受理表示评分计算对象疾病的评分计算对象疾病指定数据的输入。
16.(5)本发明的一个方式是一种mirna重要度表生成方法,包括:mirna疾病信息获取步骤,在该mirna疾病信息获取步骤中,针对每个疾病的种类获取表示抑制或促进疾病的mirna的mirna疾病信息;mirna重要度计算步骤,在该mirna重要度计算步骤中,基于所述mirna疾病信息,来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度;以及mirna重要度保存步骤,在该mirna重要度保存步骤中,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度保存到mirna重要度表中。
17.(6)本发明的一个方式是一种mirna重要度表生成方法,包括:疾病患者mirna表达谱获取步骤,在该疾病患者mirna表达谱获取步骤中,针对每个疾病的种类,获取由疾病患者的各mirna测定值构成的疾病患者mirna表达谱;适宜mirna表达谱获取步骤,在该适宜mirna表达谱获取步骤中,获取由基于疾病的罹患风险的各mirna适宜值构成的适宜mirna表达谱;mirna重要度计算步骤,在该mirna重要度计算步骤中,将针对每个疾病的种类获取到的疾病患者mirna表达谱与所述适宜mirna表达谱进行比较,并基于该比较的结果来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度;以及mirna重要度保存步骤,在该mirna重要度保存步骤中,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度保存到mirna重要度表中。
18.(7)本发明的一个方式是一种mirna重要度表生成方法,包括:高风险mirna表达谱获取步骤,在该高风险mirna表达谱获取步骤中,针对每个疾病的种类,获取由疾病罹患风险为一定以上且处于疾病罹患前的信息提供者的各mirna测定值构成的高风险mirna表达谱;适宜mirna表达谱获取步骤,在该适宜mirna表达谱获取步骤中,获取由基于疾病的罹患风险的各mirna适宜值构成的适宜mirna表达谱;mirna重要度计算步骤,在该mirna重要度计算步骤中,将针对每个疾病的种类获取到的高风险mirna表达谱与所述适宜mirna表达谱进行比较,并基于该比较的结果来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度;以及mirna重要度保存步骤,在该mirna重要度保存步骤中,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度保存到mirna重要度表中。
19.(8)本发明的一个方式是根据上述(5)~(7)中的任一项的mirna重要度表生成方法,还包括信息获取步骤,在该信息获取步骤中,获取信息提供者的mirna属性、生化数据以及mirna表达谱,在所述mirna重要度表生成方法中,还使用所获取到的信息提供者的mirna属性、生化数据以及mirna表达谱,来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度。
20.发明的效果
21.根据本发明,能够提供一种能够针对每个疾病的种类简洁地呈现用户的mirna表达谱的平衡的状态的信息提供装置和mirna重要度表生成方法。
附图说明
22.图1是示出本发明的一个实施方式所涉及的信息提供装置的结构例的框图。
23.图2是示出本发明的一个实施方式所涉及的用户mirna表达谱的结构例的图。
24.图3是示出本发明的一个实施方式所涉及的适宜mirna表达谱的结构例的图。
25.图4是示出本发明的一个实施方式所涉及的mirna重要度表的结构例的图。
26.图5是示出本发明的一个实施方式所涉及的信息提供方法的例子的流程图。
27.图6是示出本发明的一个实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例1的流程图。
28.图7是示出本发明的一个实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例2的流程图。
29.图8是示出本发明的一个实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例3的流程图。
30.图9是示出本发明的一个实施方式所涉及的信息提供装置的结构例的框图。
31.图10是示出本发明的一个实施方式所涉及的综合重要表的结构例的图。
具体实施方式
32.下面,参照附图来对用于实施本发明的方式(下面称为“实施方式”)进行详细说明。
33.图1是示出一个实施方式所涉及的信息提供装置的结构例的框图。在图1中,信息提供装置10具备mirna表达谱输入部11、mirna偏离值计算部12、单独mirna评分计算部13、总合mirna评分计算部14、判定结果数据生成部15、评分计算对象疾病指定输入部16、适宜mirna表达谱存储部17以及mirna重要度表存储部18。
34.信息提供装置10由存储器及cpu(central processing unit:中央运算处理装置)等构成。信息提供装置10的各部的功能通过由信息提供装置10所具备的cpu执行计算机程序来实现。作为信息提供装置10,也可以使用通用的计算机装置来构成,或者还可以构成为专用的硬件装置。
35.另外,信息提供装置10也可以与作为周边设备的输入装置、显示装置等连接。在此,输入装置是指键盘、鼠标等输入设备。显示装置是指crt(cathode ray tube:阴极射线管)、液晶显示装置等。另外,关于上述周边设备,可以直接与信息提供装置10连接,或者也可以经由通信线路来连接。
36.另外,信息提供装置10也可以经由通信线路来与用户的终端装置等外部装置之间发送接收数据。用户的终端装置以外的外部装置例如也可以是医疗机关等信息提供机关的服务器。用户的终端装置例如可以是智能手机、平板型的计算机(平板pc)等移动终端装置,或者也可以是固置型的终端装置(例如固置型的个人计算机等)。
37.此外,信息提供装置10也可以通过由与互联网等通信网络连接的服务器计算机执
行用于实现信息提供装置10的功能的计算机程序来实现。另外,也可以是,信息提供装置10的一部分功能被以在终端装置的浏览器上进行动作的脚本、安装于终端装置的应用程序的形式提供给终端装置,并且,通过具备信息提供装置10的一部分功能的终端装置与具备信息提供装置10的其余功能的服务器计算机协作来实现信息提供装置10的全部功能。
38.mirna表达谱输入部11接受向信息提供装置10输入的用户mirna表达谱。用户mirna表达谱是作为1名用户的各mirna的测定值(mirna测定值)的集合而构成的mirna表达谱的数据。图2示出用户mirna表达谱的结构例。在图2中,用户mirna表达谱将构成用户mirna表达谱的各mirna的mirna识别符(mirna id)与mirna测定值相关联地保存。
39.构成用户mirna表达谱的mirna测定值可以是全部mirna的mirna测定值,或者也可以仅是与能够由信息提供装置10作为评分计算对象来处理的疾病的疾病罹患风险关联的特定mirna的mirna测定值。mirna测定值也可以是利用mirna的浓度、摩尔数、荧光强度或者其它指标进行校正而得到的相对值中的任意一方。mirna测定值的表现方法也可以是对数表现。
40.适宜mirna表达谱存储部17存储适宜mirna表达谱。
41.适宜mirna表达谱是作为基于疾病罹患风险的各mirna的适宜值(mirna适宜值)的集合而构成的mirna表达谱的数据。图3示出适宜mirna表达谱的结构例。在图3中,适宜mirna表达谱将构成适宜mirna表达谱的各mirna的mirna id与mirna适宜值相关联地保存。
42.构成适宜mirna表达谱的mirna适宜值可以是全部mirna的mirna适宜值,或者也可以仅是与能够由信息提供装置10作为评分计算对象来处理的疾病的疾病罹患风险关联的特定mirna的mirna适宜值。mirna适宜值是基于疾病罹患风险的mirna的适宜值,也可以是利用mirna的浓度、摩尔数、荧光强度或者其它指标进行校正而得到的相对值中的任意一方。mirna适宜值的表现方法也可以是对数表现。适宜mirna表达谱的生成方法在后面描述。
43.此外,从后述的mirna偏离值计算部12中的mirna偏离值计算处理的观点出发,优选将用户mirna表达谱的mirna测定值和适宜mirna表达谱的mirna适宜值设为相同的表现方法。
44.mirna偏离值计算部12根据用户mirna表达谱内的各mirna测定值以及适宜mirna表达谱内的对应的各mirna适宜值,来计算各mirna的偏离值(mirna偏离值)。mirna偏离值是示出1个mirna的mirna测定值与mirna适宜值之间的偏离量的值。作为mirna偏离值的计算方法,能够利用mirna测定值与mirna适宜值的减法运算、除法运算、对数的减法运算、对数的除法运算等。例如,也可以将mirna测定值与mirna适宜值的相减结果的差设为mirna偏离值。
45.mirna重要度表存储部18针对每个疾病的种类存储mirna重要度表。mirna重要度表是保存与疾病的种类对应的各mirna的重要度(mirna重要度)的表形式的数据。图4示出mirna重要度表的结构例。在图4中,针对每个疾病的种类设置各mirna重要度表。mirna重要度表将构成mirna重要度表的各mirna的mirna id与mirna重要度相关联地保存。构成mirna重要度表的mirna重要度可以是全部mirna的mirna重要度,或者也可以仅是与由该mirna重要度表设为对象的疾病的疾病罹患风险关联的特定mirna的mirna重要度。mirna重要度表的生成方法在后面描述。
46.单独mirna评分计算部13根据评分计算对象疾病的mirna重要度表内的各mirna重
要度以及作为mirna偏离值计算部12的计算结果的各mirna偏离值,来对各mirna计算单独的评分(单独mirna评分)。例如,也可以计算mirna偏离值与mirna重要度相乘而得到的结果的积来作为单独mirna评分。评分计算对象疾病是从评分计算对象疾病指定输入部16通知的。
47.向评分计算对象疾病指定输入部16输入评分计算对象疾病指定数据。评分计算对象疾病指定数据是表示评分计算对象疾病的数据。评分计算对象疾病指定输入部16受理评分计算对象疾病指定数据的输入。评分计算对象疾病指定输入部16将由评分计算对象疾病指定数据所表示的评分计算对象疾病通知给单独mirna评分计算部13及判定结果数据生成部15。作为评分计算对象疾病指定数据,例如列举以下情况:用户利用终端装置将评分计算对象疾病指定数据发送到信息提供装置10。在该情况下,评分计算对象疾病指定输入部16从用户的终端装置接收评分计算对象疾病指定数据,并将由接收到的评分计算对象疾病指定数据所表示的评分计算对象疾病通知给单独mirna评分计算部13。
48.此外,作为评分计算对象疾病,也可以是,将能够由信息提供装置10作为评分计算对象来处理的全部疾病分别作为评分计算对象疾病预先设定在信息提供装置10中。在该情况下,信息提供装置10也可以不具备评分计算对象疾病指定输入部16。在将能够由信息提供装置10作为评分计算对象来处理的全部疾病分别作为评分计算对象疾病预先设定在信息提供装置10中的情况下,单独mirna评分计算部13将被设置了mirna重要度表的全部疾病的种类设为对象,针对每个疾病的种类计算各单独mirna评分。
49.总合mirna评分计算部14计算总合mirna评分,该总合mirna评分是将作为单独mirna评分计算部13的计算结果的1种评分计算对象疾病的各单独mirna评分进行总合而得到的。针对每个疾病的种类计算总合mirna评分。在存在多种评分计算对象疾病的情况下,针对每种评分计算对象疾病计算将各单独mirna评分进行总合而得到的总合mirna评分。
50.判定结果数据生成部15生成并输出判定结果数据。判定结果数据是总合mirna评分、单独mirna评分、将单独mirna评分以图的形式表示的数据等。总合mirna评分被从总合mirna评分计算部14传输到判定结果数据生成部15。单独mirna评分被从单独mirna评分计算部13传输到判定结果数据生成部15。选定多个与评分计算对象疾病的关联性大的单独mirna评分,来作为被作为判定结果数据输出的单独mirna评分。
51.例如生成雷达图来作为将单独mirna评分以图的形式表示的数据。被在雷达图中使用的单独mirna评分是作为与评分计算对象疾病的关联性大的单独mirna评分而被选定的多个单独mirna评分。评分计算对象疾病是从评分计算对象疾病指定输入部16通知的。此外,判定结果数据也可以是以下数据中的一种或多种:总合mirna评分、单独mirna评分以及将单独mirna评分以图的形式表示的例如雷达图。
52.接着,参照图5来说明图1所示的信息提供装置10的动作。图5是示出本实施方式所涉及的信息提供方法的例子的流程图。
53.(步骤s1)向信息提供装置10输入用户mirna表达谱。用户mirna表达谱可以被从用户的终端装置发送到信息提供装置10,或者也可以被从用户的终端装置以外的外部装置发送到信息提供装置10。用户的终端装置以外的外部装置例如也可以是医疗机关等信息提供机关的服务器。
54.mirna表达谱输入部11接受输入到信息提供装置10的用户mirna表达谱。mirna表
达谱输入部11将该用户mirna表达谱传输到mirna偏离值计算部12。
55.(步骤s2)mirna偏离值计算部12根据从mirna表达谱输入部11接收到的用户mirna表达谱内的各mirna测定值以及适宜mirna表达谱存储部17中存储的适宜mirna表达谱内的对应的各mirna适宜值,来计算各mirna偏离值。mirna偏离值计算部12将作为计算结果的各mirna偏离值传输到单独mirna评分计算部13。
56.(步骤s3)评分计算对象疾病指定输入部16向单独mirna评分计算部13及判定结果数据生成部15通知由评分计算对象疾病指定数据所表示的评分计算对象疾病。作为在此的一例,评分计算对象疾病是“疾病a”。因而,在此,“疾病a”被作为评分计算对象疾病从评分计算对象疾病指定输入部16通知给单独mirna评分计算部13及判定结果数据生成部15。
57.(步骤s4)单独mirna评分计算部13根据mirna重要度表存储部18中存储的疾病a的mirna重要度表内的各mirna重要度、以及从mirna偏离值计算部12接受到的各mirna偏离值,来计算各单独mirna评分。单独mirna评分计算部13将作为计算结果的疾病a的各单独mirna评分传输到总合mirna评分计算部14。
58.(步骤s5)总合mirna评分计算部14计算总合mirna评分,该总合mirna评分是将从单独mirna评分计算部13接受到的疾病a的各单独mirna评分进行总合而得到的。总合mirna评分计算部14将作为计算结果的疾病a的总合mirna评分传输到判定结果数据生成部15。
59.(步骤s6)判定结果数据生成部15生成并输出疾病a的判定结果数据。判定结果数据是总合mirna评分、单独mirna评分、将单独mirna评分以图的形式表示的例如雷达图等。此外,判定结果数据也可以是总合mirna评分、单独mirna评分以及将单独mirna评分以图的形式表示的例如雷达图中的一种或多种。判定结果数据的输出目的地是预先设定的。判定结果数据的输出目的地可以是用户的终端装置,或者也可以是用户的终端装置以外的外部装置。用户的终端装置以外的外部装置例如也可以是医疗机关等信息提供机关的服务器。
60.[适宜mirna表达谱生成方法]
[0061]
接着,说明本实施方式所涉及的适宜mirna表达谱生成方法。适宜mirna表达谱是由基于疾病罹患风险的各mirna适宜值构成的mirna表达谱的数据。下面说明该适宜mirna表达谱的生成方法的例子。
[0062]
首先,获取健康信息提供者的mirna表达谱(健康者mirna表达谱)。为此,从信息提供者中选择以年轻人(20多岁和30多岁)为中心的未罹患各种疾病、且与血液及各种疾病关联的生化数据为适宜值的人来作为健康信息提供者。已知年轻人的疾病罹患风险总体上低,并且年轻人的mirna表达谱的个体之间的偏差小。健康者mirna表达谱是作为1名健康信息提供者的各mirna测定值的集合而构成的mirna表达谱的数据。此外,也可以仅将由如下的各mirna测定值构成的mirna表达谱用作健康者mirna表达谱,该各mirna测定值是根据对健康信息提供者进行采血后的跟踪研究中一定期间以上未罹患各种疾病的人的该采血时的过去的血液测定出的。
[0063]
接着,基于多个健康信息提供者的健康者mirna表达谱,来求出各mirna适宜值。将该求出的各mirna适宜值作为1个集合,如图3所例示的那样,将各mirna的mirna id与mirna适宜值相关联来构成适宜mirna表达谱。
[0064]
mirna适宜值可以是mirna测定值的适宜的范围,或者也可以是mirna测定值的最优值。作为mirna测定值的最优值,也可以是处于适宜的范围内的mirna测定值的平均值或
中央值。或者也可以是:对于促进疾病的mirna,将mirna测定值的适宜的范围的下限值设为mirna适宜值,另外,对于抑制疾病的mirna,将mirna测定值的适宜的范围的上限值设为mirna适宜值。优选地,适宜mirna表达谱是各种疾病的疾病罹患风险最低的mirna表达谱。
[0065]
[mirna重要度表生成方法]
[0066]
接着,说明本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法。针对每个疾病的种类生成mirna重要度表。mirna重要度表是保存与疾病的种类对应的各mirna重要度的表形式的数据。
[0067]
在本实施方式中,对于促进疾病罹患风险的mirna及抑制疾病罹患风险的mirna,将mirna重要度的绝对值设定得大。在本实施方式中,作为mirna重要度的设定例,在促进疾病罹患风险的mirna的情况下,促进疾病罹患风险的程度(疾病罹患促进度)越大,则将mirna重要度设定为“绝对值越大的负值”。另一方面,在抑制疾病罹患风险的mirna的情况下,抑制疾病罹患风险的程度(疾病罹患抑制度)越大,则将mirna重要度设定为“绝对值越大的正值”。
[0068]
下面,说明mirna重要度表的生成方法的例1至例3。
[0069]
(mirna重要度表生成方法的例1)
[0070]
图6是示出本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例1的流程图。参照图6来说明本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例1。
[0071]
(步骤s21)针对每个疾病的种类获取表示抑制或促进疾病的mirna的mirna疾病信息。作为mirna疾病信息,例如列举出论文、专利公报、学会期刊等公知文献、公开数据库等公知信息。
[0072]
(步骤s22)基于获取到的mirna疾病信息,来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度。针对每个疾病的种类,基于由mirna疾病信息所表示的疾病罹患促进度以及疾病罹患抑制度,来计算各mirna重要度。并且,也可以根据揭示相同的疾病罹患促进度或疾病罹患抑制度的mirna疾病信息的数量、质量,来对基于该疾病罹患促进度或疾病罹患抑制度的各mirna重要度的计算进行加权。具体而言,在揭示相同的疾病罹患促进度或疾病罹患抑制度的mirna疾病信息的数量多、或者疾病罹患促进度或疾病罹患抑制度的程度大的情况下,将基于该疾病罹患促进度或疾病罹患抑制度的各mirna重要度的绝对值增大一定量。
[0073]
(步骤s23)如图4所例示的那样,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度与各mirna的mirnaid相关联地保存到各自对应的疾病的种类的mirna重要度表中。
[0074]
(mirna重要度表生成方法的例2)
[0075]
图7是示出本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例2的流程图。参照图7来说明本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例2。
[0076]
(步骤s31)针对每个疾病的种类,获取由疾病患者的各mirna测定值构成的疾病患者mirna表达谱。疾病患者是罹患了疾病的人。疾病患者mirna表达谱是作为1名疾病患者的各mirna测定值的集合而构成的mirna表达谱的数据。
[0077]
(步骤s32)获取适宜mirna表达谱。适宜mirna表达谱是通过上述的适宜mirna表达谱生成方法生成的。
[0078]
(步骤s33)将针对每个疾病的种类获取到的疾病患者mirna表达谱与适宜mirna表达谱进行比较,并基于该比较的结果来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度。例如,
关于疾病a,根据疾病a的疾病患者mirna表达谱内的各mirna测定值以及适宜mirna表达谱内的对应的各mirna适宜值,来计算各mirna偏离值。对于作为计算结果的mirna偏离值为一定量以上的偏离的mirna,在疾病a的疾病患者mirna表达谱内的mirna测定值大于对应的mirna适宜值的情况下,分配疾病罹患促进度大的规定值来作为疾病a的mirna重要度,另一方面,在疾病a的疾病患者mirna表达谱内的mirna测定值小于对应的mirna适宜值的情况下,分配疾病罹患抑制度大的规定值来作为疾病a的mirna重要度。
[0079]
(步骤s34)如图4所例示的那样,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度与各mirna的mirna id相关联地保存到各自对应的疾病的种类的mirna重要度表中。
[0080]
(mirna重要度表生成方法的例3)
[0081]
图8是示出本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例3的流程图。参照图8来说明本实施方式所涉及的mirna重要度表生成方法的例3。
[0082]
(步骤s41)针对每个疾病的种类获取高风险mirna表达谱。
[0083]
高风险mirna表达谱是作为疾病罹患风险为一定以上且处于疾病罹患前的1名信息提供者的各mirna测定值的集合而构成的mirna表达谱的数据。被用于测定高风险mirna表达谱的mirna测定值的血液也可以是相应的信息提供者的在过去被采样的血液(例如被冷冻保存的血液)。或者,也可以持续测定未罹患疾病的信息提供者的mirna,在其罹患上疾病的时间点将罹患前的mirna测定值用于高风险mirna表达谱。
[0084]
(步骤s42)获取适宜mirna表达谱。适宜mirna表达谱是通过上述的适宜mirna表达谱生成方法生成的。
[0085]
(步骤s43)将针对每个疾病的种类获取到的高风险mirna表达谱与适宜mirna表达谱进行比较,并基于该比较的结果来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度。例如,关于疾病a,根据高风险mirna表达谱内的各mirna测定值以及适宜mirna表达谱内的对应的各mirna适宜值,来计算各mirna偏离值。对于作为计算结果的mirna偏离值为一定量以上的偏离的mirna,在高风险mirna表达谱内的mirna测定值大于对应的mirna适宜值的情况下,分配疾病罹患促进度大的规定值来作为疾病a的mirna重要度。另一方面,对于作为计算结果的mirna偏离值为低于一定量的偏离的mirna,在高风险mirna表达谱内的mirna测定值小于对应的mirna适宜值的情况下,分配疾病罹患抑制度大的规定值来作为疾病a的mirna重要度。
[0086]
此外,也可以对信息提供者罹患的疾病的mirna重要度考虑从被用于测定该信息提供者的mirna的疾病罹患前的血液的采血时间点起到该信息提供者罹患该疾病的时间点为止的期间(疾病罹患前期间)的长度。例如,疾病罹患前期间的长度越短,则将mirna重要度的绝对值设定得越大。
[0087]
(步骤s44)如图4所例示的那样,将针对每个疾病的种类计算出的各mirna重要度与各mirna的mirna id相关联地保存到各自对应的疾病的种类的mirna重要度表中。
[0088]
以上是mirna重要度表的生成方法的例1至例3的说明。
[0089]
此外,关于上述的mirna重要度表的生成方法的例1至例3,既可以分别单独地使用,或者也可以组合其中任意多个方法来使用。例如,通过mirna重要度表的生成方法的例1至例3之中的任一方法、例如mirna重要度表的生成方法的例1,来生成临时的mirna重要度表。接着,基于mirna重要度表的生成方法的例2的疾病患者mirna表达谱及适宜mirna表达
谱的信息、或者mirna重要度表的生成方法的例3的高风险mirna表达谱的信息及适宜mirna表达谱的信息,来调整临时的mirna重要度表的数值。将该调整的结果决定为最终的mirna重要度表。关于通过哪个方法来生成临时的mirna重要度表,只要基于疾病的种类、通过各方法得到的信息的数量、质量来适当地选择即可。
[0090]
另外,也可以是,在mirna重要度表的生成方法中,包括获取信息提供者的mirna属性、生化数据以及mirna表达谱的信息获取步骤,在mirna重要度表的生成方法中,还使用所获取到的信息提供者的mirna属性、生化数据以及mirna表达谱,来计算与各疾病的种类对应的各mirna重要度。
[0091]
信息提供者的mirna属性是信息提供者的属性,且是影响该信息提供者的mirna测定值的属性。作为mirna属性,例如列举出年龄、性别、人种、信息提供者的疾病罹患史、信息提供者的亲属的罹患史等。优选mirna属性至少包含年龄和性别。mirna属性也可以仅是年龄和性别。此外,也可以利用国籍作为表示人种的信息。
[0092]
作为生化数据,例如列举出对人的检体(例如血液、尿、大便等)进行生化检查的结果的数据、人的皮肤的摄像图像、人的超声波图像、人的x射线图像、医生对人的诊断结果的数据等。信息提供者的生化数据也可以是信息提供者例如在接受短期综合体检等健康诊断时得到的检查结果的数据。
[0093]
信息提供者的mirna表达谱是作为1名信息提供者的各mirna测定值的集合而构成的mirna表达谱的数据。
[0094]
例如,在生成与卵巢癌这样的女性特有的疾患对应的mirna重要度表的情况下,设定考虑了性别的各mirna重要度。另外,在生成与痴呆症这样的罹患率由于高龄而增高的疾患对应的mirna重要度表的情况下,设定考虑了年龄的各mirna重要度。
[0095]
[总合mirna评分计算方法]
[0096]
接着,说明本实施方式所涉及的总合mirna评分计算方法。
[0097]
在本实施方式中,使用用户的用户mirna表达谱,来针对每个疾病的种类计算该用户的总合mirna评分。与某种疾病例如疾病a有关的用户的总合mirna评分是在该用户罹患疾病a的风险的观点方面表示mirna表达谱的平衡的好坏的信息。
[0098]
作为总合mirna评分,例如列举出mirna分数、mirna年龄、mirna偏差值等。mirna分数是以规定的满分(例如100分满分)将mirna表达谱的平衡的好坏进行分数化而得到的分数。mirna年龄用于将mirna表达谱的平衡的好坏比喻为年龄来表现。
[0099]
mirna偏差值用于以偏差值来表现mirna表达谱的平衡的好坏。
[0100]
下面的式子中示出了总合mirna评分的计算式的例子。下面的式子是用于计算疾病a的总合mirna评分的计算式,是使用了图2的用户mirna表达谱、图3的适宜mirna表达谱以及图4的mirna重要度表的计算式。
[0101]
疾病a的总合mirna评分=[mirnaid_1的mirna偏离值“mirna测定值_1-mirna适宜值_1
”×
mirna重要度_1a] [mirnaid_2的mirna偏离值“mirna测定值_2-mirna适宜值_2
”×
mirna重要度_2a]

[0102]
在上述的疾病a的总合mirna评分的计算式中,计算从mirna测定值减去mirna适宜值而得到的结果的差来作为mirna偏离值,计算mirna偏离值与mirna重要度相乘而得到的结果的积来作为单独mirna评分,并计算各单独mirna评分的总和来作为总合mirna评分。
[0103]
此外,在上述的疾病a的总合mirna评分的计算式中,也可以将计算中要使用的mirna设为全部种类,并且将能够判断为与疾病a的疾病罹患风险几乎没有关系的mirna的mirna重要度设为零。或者,也可以将计算中要使用的mirna仅设为能够判断为与疾病a的疾病罹患风险有关系的mirna。
[0104]
另外,关于癌症,也可以针对每个癌症的种类使用单独的总合mirna评分计算式。
[0105]
另外,在上述的疾病a的总合mirna评分的计算式中,计算出从mirna测定值减去mirna适宜值而得到的结果的差来作为mirna偏离值,但是不限定于此。mirna偏离值的计算方法也可以是mirna测定值与mirna适宜值的除法运算、对数的减法运算、对数的除法运算等。
[0106]
另外,在上述的疾病a的总合mirna评分的计算式中,计算出对mirna偏离值乘以mirna重要度而得到的结果的积来作为单独mirna评分,但是不限定于此。单独mirna评分的计算方法可以使用mirna偏离值与mirna重要度的加法运算、减法运算、除法运算等,或者也可以使用2次函数、3次函数。
[0107]
另外,在上述的疾病a的总合mirna评分的计算式中,计算出各单独mirna评分的总和来作为总合mirna评分,但是不限定于此。总合mirna评分的计算方法可以是使用各单独mirna评分进行的减法运算、乘法运算、除法运算等,或者也可以使用2次函数、3次函数。
[0108]
根据上述的实施方式,针对每个疾病的种类计算总合mirna评分等判定结果数据来向用户呈现该判定结果数据,由此得到能够针对每个疾病的种类简洁地呈现用户的mirna表达谱的平衡的状态的效果。由此,例如能够使用户基于疾病a的总合mirna评分来意识到疾病a的疾病罹患风险,从而向用户提供采取通过饮食生活等生活习惯的改善来对mirna表达谱的平衡进行改善的改善策略的契机。
[0109]
此外,在上述的实施方式中,针对每个疾病的种类计算了总合mirna评分,但是也可以综合多个疾病的疾病罹患风险,计算1个综合mirna评分来作为与多个疾病有关的综合性的健康指标。
[0110]
另外,在上述的实施方式中,设置了mirna偏离值计算部12、适宜mirna表达谱存储部17以及mirna重要度表存储部18,但是不限定于此。例如,也可以设置用于保存对mirna重要度考虑了mirna适宜值而得到的mirna综合重要度的综合重要表,单独mirna评分计算部13根据用户mirna表达谱内的各mirna测定值以及综合重要表内的各mirna综合重要度,来计算各单独mirna评分。图9中示出表示该信息提供装置的结构例的框图。图9所示的信息提供装置10具备用于存储综合重要表的综合重要表存储部20。如图10所例示的那样,综合重要表针对每个疾病的种类,保存对基于罹患疾病的风险的各mirna适宜值考虑了与疾病的种类对应的各mirna重要度而得到的各mirna综合重要度。在图9所示的信息提供装置10中,单独mirna评分计算部13根据用户mirna表达谱内的各mirna测定值以及评分计算对象疾病的综合重要表内的各mirna综合重要度,来计算各单独mirna评分。判定结果数据生成部15生成并输出基于单独mirna评分的判定结果数据。
[0111]
另外,也可以将用于实现上述的信息提供装置的功能的计算机程序记录在计算机可读记录介质中,使计算机系统读取并执行该记录介质中记录的程序。此外,在此所说的“计算机系统”也可以包括os、周边设备等硬件。
[0112]
另外,“计算机可读记录介质”是指软盘、光磁盘、rom、快闪存储器等可写入的非易
失性存储器、dvd(digital versatile disc:数字多功能光盘)等可移动介质以及内置于计算机系统的硬盘等存储装置。
[0113]
并且,设为“计算机可读记录介质”还包括如作为在被经由互联网等网络、电话线路等通信线路发送了程序的情况下的服务器、客户端的计算机系统内部的易失性存储器(例如dram(dynamic random access memory:动态随机存取存储器))那样将程序保持一定时间的记录介质。
[0114]
另外,上述程序也可以被从将该程序保存在存储装置等中的计算机系统经由传输介质或者通过传输介质中的传输波传输到其它计算机系统。在此,用于传输程序的“传输介质”是指具有如互联网等网络(通信网)、电话线路等通信线路(通信线)那样传输信息的功能的介质。
[0115]
另外,上述程序也可以用于实现上述的功能的一部分。
[0116]
并且,上述程序也可以是能够通过与已记录在计算机系统中的程序进行组合来实现上述的功能的程序、即所谓的差分文件(差分程序)。
[0117]
以上,使用实施方式说明了本发明,但是本发明的技术范围当然不限定于上述实施方式中记载的范围。对于本领域技术人员而言明确可知的是,能够对上述实施方式进行各种变更或改良。另外,根据权利要求书的记载而明确可知的是,进行了该各种变更或改良所得到的方式也能够包括在本发明的技术范围内。
[0118]
附图标记说明
[0119]
10:信息提供装置;11:mirna表达谱输入部;12:mirna偏离值计算部;13:单独mirna评分计算部;14:总合mirna评分计算部;15:判定结果数据生成部;16:评分计算对象疾病指定输入部;17:适宜mirna表达谱存储部;18:mirna重要度表存储部;20:综合重要表存储部。
再多了解一些

本文用于企业家、创业者技术爱好者查询,结果仅供参考。

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