抗体测定的制作方法

biol，33：1319-1326)。该测试经历了使用生物标志物早期检测肺癌的最大随机对照试验。对苏格兰的12，209名高风险吸烟者进行的成功的national health service(nhs)ecls试验证明，与标准的临床实践相比，earlycdt lung降低了诊断时的晚期肺癌和未分类病例的发生率。
8.利用七种肿瘤标志物抗原(p53、gage7、pgp95、cage、mage-a1、sox2、gbu4-5)的组的另一项诊断测试已专门开发用于检测华人人群中的肺癌(ren et al.，2017，oncoimmunology，7(2))，并且在中国市场上销售(seven kinds of autoantibodies test kit(elisa)；由中国杭州的hangzhou cancer probe biotechnology company(“cancerprobe”)制造)。
9.然而，仍然需要具有改善的敏感度和特异性的诊断测试，以便改善不同种族人群中肺癌的早期检测，因此进行了对新的肿瘤标志物抗原组的研究。


技术实现要素：

10.本技术描述了可用于检测与肺癌相关的自身抗体的新的肿瘤标志物抗原组。令人惊讶地发现，三种肿瘤标志物抗原的核心组有助于基于这些新的抗原组的测试的大部分性能。添加多种其他肿瘤标志物抗原增强了性能，尤其是在针对不同种族的人群时。通过检测针对这些新的肿瘤标志物抗原组的自身抗体，发明人设计了有效且非侵入性的肺癌筛查方法和相应的试剂盒。
11.本技术的发明人已经筛选出了肿瘤标志物抗原的组，并且开发了适合于相对准确地预测肺癌的抗原标志物组。发明人惊奇地发现，与基于检测人样品中的自身抗体的现有诊断测试相比，包含p53、p62和ssx1的三种或更多种肿瘤标志物抗原的组在肺癌的检测中提供了改善的性能。
12.根据第一方面，本发明提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品(test sample)中检测三种或更多种自身抗体来在哺乳动物对象中检测肺癌的方法，其中所述自身抗体中的三种对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性，并且其中所述方法包括以下步骤：
13.(a)使所述受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的三种是p53、p62和ssx1；以及
14.(b)确定与所述受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在，
15.其中至少包含p53、p62和ssx1的复合物的存在指示肺癌的存在。
16.在某些实施方案中，三种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含p53、p62和ssx1，以及选自以下的一种或更多种肿瘤标志物抗原：hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇化酶-1。
17.在某些实施方案中，检测四种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使所述受试样品与四种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的四种是p53、p62、ssx1和hud，并且其中至少包含p53、p62、ssx1和hud的复合物的存在指示肺癌的存在。
18.在某些实施方案中，检测五种或更多种自身抗体，其中所述方法包括以下步骤：
(a)使所述受试样品与五种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的五种是p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且其中至少包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4的复合物的存在指示肺癌的存在。
19.在某些实施方案中，五种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4，以及选自以下的一种或更多种肿瘤标志物抗原：sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8和kras-g13c/q61h。
20.在某些实施方案中，五种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含选自以下的肿瘤标志物抗原组之一，或由其组成：
21.(i)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage；
22.(ii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、ck20；
23.(iii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage；
24.(iv)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage、ck20；
25.(v)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage、ck20；
26.(vi)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20；
27.(vii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；
28.(viii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95、kras-g13c/q61h；
29.(ix)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；以及
30.(x)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8、kras-g13c/q61h。
31.在某些实施方案中，检测七种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与七种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的七种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage的复合物的存在指示肺癌的存在。
32.在某些实施方案中，检测八种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的八种是p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
33.在某些实施方案中，检测八种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的八种是p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1和cage，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合物的存在指示肺癌的存在。
34.在某些实施方案中，检测八种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的八种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
35.在某些实施方案中，检测八种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的八种是
p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
36.在某些实施方案中，检测九种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与九种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的九种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
37.在某些实施方案中，检测九种或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与九种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的九种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
38.在某些实施方案中，检测十一或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的十一种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
39.在某些实施方案中，检测十一或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的十一种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
40.在某些实施方案中，检测十一或更多种自身抗体，所述方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述肿瘤标志物抗原中的十一种是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
41.在某些实施例中，所述方法还包括以下步骤：
42.(c)检测所述肿瘤标志物抗原与所述受试样品中存在的自身抗体之间的特异性结合的量，
43.其中所述自身抗体的存在或不存在是基于所观察到的特异性结合的量与预定的截止值(cut-offvalue)之间的比较。
44.在某些实施方案中，肿瘤标志物抗原以多个不同的量提供，并且其中所述方法包括以下步骤：
45.(a)使所述受试样品与多个不同量的所述肿瘤标志物抗原接触；
46.(b)确定与所述受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在；
47.(c)检测所述肿瘤标志物抗原与所述自身抗体之间的特异性结合的量；
48.(d)对于步骤(a)中使用的每个肿瘤标志物抗原量，绘制或计算特异性结合量相对于肿瘤标志物抗原量的曲线；以及
49.(e)基于在所使用的每个不同肿瘤标志物抗原量下所述肿瘤标志物抗原与所述自
身抗体之间的特异性结合的量，确定所述自身抗体的存在或不存在。
50.在某些实施例中，所述方法还包括以下步骤：
51.(d1)从步骤(d)中绘制或计算的曲线计算次级曲线参数；以及
52.(e)基于以下的组合来确定所述自身抗体的存在或不存在：
53.(i)在步骤(b)中确定的所述自身抗体与所述肿瘤标志物抗原之间的特异性结合的量；以及
54.(ii)在步骤(d1)中确定的所述次级曲线参数。
55.在第二方面中，本发明提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测三种或更多种自身抗体来确定患有肺癌的个体的自身抗体谱的体外方法，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性，该方法包括以下步骤：
56.a)使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；以及
57.b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在，其中重复该方法以建立自身抗体产生的谱。
58.在第三方面中，本发明提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测三种或更多种自身抗体来在哺乳动物对象中诊断和治疗肺癌的方法，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性，该方法包括以下步骤：
59.(a)使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；
60.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在；
61.(c)当检测到包含与受试样品中存在的自身抗体结合的至少肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1的复合物时，诊断所述对象患有肺癌；以及
62.(d)对被诊断的对象施用肺癌治疗。
63.在第四方面中，本发明提供了预测对肺癌治疗之响应的方法，所述方法包括在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测三种或更多种自身抗体，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性，该方法包括以下步骤：
64.(a)使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；
65.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在；
66.(c)检测肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间特异性结合的量；以及
67.(d)将肿瘤标志物抗原与自身抗体之间特异性结合的量与结合的量和可能的治疗结果之间先前建立的关系进行比较，
68.其中，当与对照进行比较时，特异性结合的量的变化预示患者将响应于或不响应于肺癌治疗。
69.在某些实施方案中，肺癌治疗选自手术、电视辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和光动力学治疗。
70.在第五方面中，本发明提供了三种或更多种肿瘤标志物抗原的组用于通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测对p53、p62和ssx1具有免疫学特异性的自身抗体来在哺乳动物对象中检测的肺癌的用途。
71.在第六方面中，本发明提供了用于在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体的试剂盒，所述试剂盒包含：
72.(a)三种或更多种肿瘤标志物抗原的组，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；
73.(b)能够检测与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的试剂。
74.在某些实施方案中，试剂盒还包含：
75.(c)用于使肿瘤标志物抗原与包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品接触的装置(means)。
76.在某些实施方案中，用于使肿瘤标志物抗原与包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品接触的装置包含固定在芯片、载玻片、板、微量滴定板的孔、珠、膜或纳米粒上的肿瘤标志物抗原。
77.在某些实施方案中，试剂盒用于检测肺癌。
78.在本发明的所有方面中，肿瘤标志物抗原可以是天然存在的蛋白质或多肽、重组的蛋白质或多肽、合成的蛋白质或多肽、合成的肽、肽模拟物、多糖或核酸。
79.在本发明的所有方面中，体液可以选自血浆、血清、全血、尿、汗液、淋巴、粪便、脑脊液、腹水、胸腔积液、精液、痰、乳头抽吸物(nipple aspirate)、术后血清肿、唾液、羊水、泪和伤口引流液。
80.在本发明的所有方面中，所述方法优选在包含从哺乳动物对象获得或制备之体液的受试样品上体外进行。
81.在本发明的所有方面中，哺乳动物对象优选是人。
82.在本发明的另一方面中，提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体来在哺乳动物对象中检测肺癌的方法，其中所述自身抗体对选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的肿瘤标志物抗原具有免疫学特异性，并且其中所述方法包括以下步骤：
83.(a)使受试样品与选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的肿瘤标志物抗原接触；以及
84.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在，
85.其中所述复合物的存在指示肺癌的存在。
附图说明
86.图1a示出了示例性的板包被布局。如果以两种浓度(50和160nm)包被抗原，则第1、3、5、7和9列为50nm，并且第2、4、6、8和10列为160nm。
87.图1b示出了示例性的板分配布局。每个板可以运行5至10个标本(specimen)。
88.图2示出了组群2(98个肺癌病例和55个良性肺疾病对照)的针对所有14种标志物
的组的roc曲线。
89.图3示出了组群2(98个肺癌病例和55个良性肺疾病对照)的针对p53、p62、ssx1、hud、mage-a4、sox2、ck20、ny-eso-1和cage的9种自身抗体标志物的组的roc曲线。
90.图4示出了组群2(98个肺癌病例和55个良性肺疾病对照)的针对p53、p62、ssx-1、hud和mage a4的五种自身抗体标志物的组的roc曲线。
91.图5示出了组群2(98个肺癌病例和55个良性肺疾病对照)的针对选自p53、p62、ssx1和hud的三种自身抗体标志物的组的roc曲线。
92.图6示出了组群3(148个肺癌病例和145个健康对照)的针对七种标志物的组使用基于模拟退火的算法获得的多元截止溶液的roc散点图概述。
具体实施方式
93.a.定义
94.除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语均具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。在不限制任何术语的情况下，下面提供了本文中使用的一些术语的进一步说明。
95.本文中使用的术语自身抗体是指天然存在的抗体，其针对被个体的免疫系统识别为外源的抗原，甚至即使该抗原实际上源自该个体。通常来说，自身抗体包括针对由患病细胞产生或在疾病进展期间产生的天然存在的蛋白质的变异形式的抗体。蛋白质的变异形式源自个体，但可被个体的免疫系统视为“非自身的”，并因此以对该变异蛋白具有免疫学特异性的自身抗体的形式引发该个体的免疫应答。这样的蛋白质变异形式可以包括，例如，具有改变的氨基酸序列、任选地伴随着二级、三级或四级结构的改变的突变体，截短的形式，剪接变体，改变的糖形等。在另一些实施方案中，自身抗体可以针对在疾病状态下过表达或作为基因扩增或异常转录调控的结果的蛋白质。通常不会遭遇免疫系统细胞的蛋白质以显著的量过表达可触发免疫应答，导致自身抗体产生。在另一些实施方案中，自身抗体可以针对变得在疾病状态下表达的胎儿形式的蛋白质。如果通常仅在免疫系统起作用之前在发育早期阶段表达的胎儿蛋白变得在疾病状态下表达，则在完全发育的人中在疾病状态下表达的胎儿形式可被免疫系统识别为“外源”，从而触发免疫应答，导致自身抗体产生。在另一些实施方案中，自身抗体可以针对在疾病状态下在不同位置表达的蛋白质。例如，蛋白质可以在健康个体的内部位置表达，但是在疾病状态下在表面暴露的位置表达，使得其在疾病状态下而不是在健康个体中暴露于循环并因此暴露于免疫系统。在本文中，将自身抗体所针对的蛋白质称为“肿瘤标志物蛋白”。
96.本文中使用的术语抗原是指与受试样品中存在的自身抗体复合的免疫特异性试剂。抗原是包含能够与期望检测的靶标自身抗体特异性相互作用的至少一种抗原决定簇或表位的物质，或者是与所述自身抗体的可变区或互补决定区特异性相互作用的任何捕获试剂。抗原通常是天然存在的或合成的生物大分子例如蛋白质或肽、多糖或核酸，并且可以包括抗体或其片段，例如抗独特型抗体。“肿瘤标志物抗原”是在患有癌症(特别地在该上下文中是肺癌)的对象中升高的抗原。在本文中术语“肿瘤标志物抗原”、“肿瘤抗原”和“抗原”将可互换使用。
97.本文中使用的术语不同抗原涵盖源自不同蛋白质或多肽的抗原(例如源自不同基
因编码的无关蛋白质的抗原)。
98.本文中使用的术语抗原变体是指单一抗原，例如如上所定义的单一蛋白质抗原的等位基因或其他变体。抗原变体通常源自单个基因，并且不同的抗原变体可以在群体的不同成员中或在不同疾病状态下表达。抗原变体可通过氨基酸序列或通过翻译后修饰(例如糖基化、磷酸化或乙酰化)而不同。另外，术语“抗原变体”涵盖抗原突变，例如氨基酸替换、添加或缺失。通常来说，相对于野生型抗原，抗原变体将包含少于五个(例如少于四个、少于三个、少于两个或一个)突变。
99.当提及使用本发明的方法测试自身抗体的存在的物质时，本文中使用的术语体液尤其包括：血浆、血清、全血、尿、汗液、淋巴、粪便、脑脊液、腹水、胸腔积液、精液、痰、乳头抽吸物、术后血清肿、唾液、羊水、泪或伤口引流液。如上所述，本发明的方法优选在包含从测试对象中取出之体液的受试样品上体外进行。所使用之体液的类型可以依赖于待测试的自身抗体的特性和使用该测定法的临床情况而变化。通常来说，优选对血清或血浆样品进行测定。受试样品还可以包含除体液之外的其他组分，例如稀释剂、防腐剂、稳定剂、缓冲剂等。由于测定方法是对体液样品进行的，因此其基本上是非侵入性的。这意味着可以根据需要多次重复该测定法，例如，以建立整个疾病过程期间患者免疫应答的谱。
100.本文中使用的术语哺乳动物对象和对象将可互换使用，以指为哺乳动物，优选人的对象。对象可患有肺癌。对象可被怀疑患有肺癌。对象可以已经使用超声或监测被测试为对肺癌呈阳性的。对象可以先前已被诊断为患有肺癌和/或处于部分或完全缓解中。对象可以正在接受肺癌的治疗。对象可以正在接受手术、电视辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和/或光动力学治疗。
101.b.检测自身抗体的方法
102.通常来说，本发明提供了免疫测定法，其用于检测对与肺癌相关的肿瘤标志物蛋白具有免疫学特异性的自身抗体。免疫测定法可用于检测或诊断肺癌。
103.根据本发明的第一方面，提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测三种或更多种自身抗体来在哺乳动物对象中检测肺癌的方法，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性，并且其中该方法包括以下步骤：
104.(a)使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；以及
105.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在，
106.其中至少包含p53、p62和ssx1的复合物的存在指示肺癌的存在。
107.在某些实施方案中，本发明的方法还可包括以下步骤：
108.(c)检测肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间特异性结合的量，
109.其中自身抗体的存在或不存在基于所观察到的特异性结合的量与预先确定的截止之间的比较。
110.在该实施方案中，肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间特异性结合的量可以是结合的相对量或结合的绝对量。
111.在此，如果肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间特异性结合的量高于或低于预先确定的截止，则可以认为存在自身抗体。然而，如果肿瘤标志物抗原与受试样
品中存在的自身抗体之间特异性结合的量高于预先确定的截止，则通常认为存在自身抗体。可以通过在病例对照研究中对已知为阴性的样品(例如正常个体)进行对照测定来确定预先确定的截止。“正常的”个体将优选是基于临床成像和/或生化标准没有任何肺癌诊断的年龄匹配的对照。在某些实施方案中，已知为阴性的样品可以来源于患有良性肺疾病的个体，即，处于高肺癌风险之中但没有显示出任何肺癌证据的那些个体。优选地，正常个体没有任何癌症的任何诊断。在此，可以检测肿瘤标志物抗原与来自正常患者的受试样品中存在的自身抗体之间特异性结合的量，并取其平均值以提供预先确定的截止。在某些实施方案中，可以通过选择给出最大的尤登值(youden’s value)(其保持大于90％的特异性)的截止值来确定预先确定的截止。
112.发明人已令人惊讶地发现，三种肿瘤标志物抗原的核心组对于准确检测和诊断肺癌是特别有效的。在本发明的范围内，考虑了可检测对三种或更多种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1。在该实施方案中，可以基于所有三种肿瘤标志物抗原与其各自的自身抗体结合的复合物的存在来确认肺癌的诊断。本发明还考虑了对三种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体的检测，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1，并且还考虑了对一种或更多种另外的肿瘤标志物蛋白具有免疫学特异性的一种或更多种另外的自身抗体的检测。
113.在另一个实施方案中，本发明考虑了可检测对四种或更多种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud。在该实施方案中，可以基于所有四种肿瘤标志物抗原与其各自的自身抗体结合的复合物的存在来确认肺癌的诊断。本发明还考虑了对四种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体的检测，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud，并且还考虑了对一种或更多种另外的肿瘤标志物蛋白具有免疫学特异性的一种或更多种另外的自身抗体的检测。
114.在另一个实施方案中，本发明考虑了可检测对五种或更多种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage a4。在该实施方案中，可以基于所有五种肿瘤标志物抗原与其各自的自身抗体结合的复合物的存在来确认肺癌的诊断。本发明还考虑了对五种肿瘤标志物抗原的组具有免疫学特异性的自身抗体的检测，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且还考虑了对一种或更多种另外的肿瘤标志物蛋白具有免疫学特异性的一种或更多种另外的自身抗体的检测。
115.在某些实施方案中，哺乳动物对象可患有肺癌。对象可患有非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer，nsclc)，例如腺癌、鳞状细胞癌、腺鳞状细胞癌、大细胞癌或肉瘤样癌；或对象可患有小细胞肺癌(small cell lung cancer，sclc)。
116.在另一些实施方案中，哺乳动物对象可被怀疑患有肺癌。哺乳动物对象可以先前在肺癌筛查中被测试为呈阳性的。在此考虑任何肺癌筛查。在另一些实施方案中，对象可以先前已经使用超声监视或任何其他成像方法被测试为对肺癌呈阳性的。在某些实施方案中，对象可以先前已被诊断为患有肺癌和/或处于部分或完全缓解中。对象可以正在接受肺癌的治疗。对象可以正在接受手术、电视辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和/或光动力学治疗。
117.出于本发明的目的，正在接受肺癌治疗或先前已接受过肺癌治疗的对象仍可被认
为是“怀疑患有肺癌的”。在本文中，肺癌治疗可以在任何时间进行，并且随后可以或可以不对该对象进行肺癌存在的测试。
118.由于存在已知的肺癌风险因素，因此对象可被怀疑患有肺癌。在某些实施方案中，对象可以是吸烟者；对象可以已经暴露于二手烟、氡、石棉、砷、柴油机废气(diesel exhaust)、高空气污染或其他致癌物；对象可以已经接受了放射治疗；和/或对象可以有肺癌的既往史或家族史。考虑了确定这些风险因素的任何方法，并且对象可以正在接受或可以没有正在接受或已经接受了与风险因素相关的治疗。
119.在本发明的范围内，对象可以在执行本发明的方法之前的任何时间在肺癌筛查中被测试为呈阳性的。例如，肺癌筛查可以在执行本发明的方法之前1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、11小时、12小时、24小时、两天、三天、四天、五天、六天、一周、两周、三周、四周、一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月、一年、两年、三年、四年、五年、六年、七年、八年、九年、十年或更久已进行。
120.c.肿瘤标志物抗原的组
121.本发明提供了涉及在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测三种或更多种自身抗体的方法，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫学特异性。
122.在本发明的某些实施方案中，该方法可以检测三种或更多种自身抗体、四种或更多种自身抗体或五种或更多种自身抗体。例如，该方法可以检测三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种、十二种、十三种、十四种、十五种、十六种、十七种、十八种、十九种、二十种、二十一种、二十二种、二十三种、二十四种、二十五种、二十六种、二十七种、二十八种、二十九种、三十种、三十一种、三十二种、三十三种、三十四种、三十五种、三十六种、三十七种、三十八种或更多种自身抗体。
123.普遍认为，通过测试多种自身抗体的存在将提高测定的灵敏度。因此，在一些实施方案中，本发明的方法考虑了使用包含例如以下的多种肿瘤标志物抗原的组：三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种、十二种、十三种、十四种、十五种、十六种、十七种、十八种、十九种、二十种、二十一种、二十二种、二十三种、二十四种、二十五种、二十六种、二十七种、二十八种、二十九种、三十种、三十一种、三十二种、三十三种、三十四种、三十五种、三十六种、三十七种、三十八种或更多种肿瘤标志物抗原。
124.对于涉及使用包含多种肿瘤标志物抗原的组的一些实施方案，该方法可以需要包含三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种、十二种、十三种、十四种、十五种、十六种、十七种、十八种、十九种、二十种、二十一种、二十二种、二十三种、二十四种、二十五种、二十六种、二十七种、二十八种、二十九种、三十种、三十一种、三十二种、三十三种、三十四种、三十五种、三十六种、三十七种、三十八种或更多种抗原的免疫复合物的存在以获得阳性测定结果。
125.这些方法在下文中可以称为“组测定法”。这样的测定法通常比单一肿瘤标志物抗原的自身抗体的检测更灵敏，并且产生假阴性结果的频率要低得多(参见wo99/58978、wo2004/044590和wo2006/126008，其内容通过引用并入本文中)。
126.可以根据对象的特定种族背景来定制肿瘤标志物抗原的组。发明人已经鉴定了三种肿瘤标志物抗原的核心组，其可以用于检测相关的自身抗体以在中国人群体中准确诊断
肺癌。
127.根据本发明的核心，该方法包括使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1。
128.在某些实施方案中，该方法包括使受试样品与三种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中所述组包含p53、p62和ssx1以及选自hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇化酶-1的一种或更多种肿瘤标志物抗原。在该实施方案中，所述组可包含三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种、十二种、十三种或十四种所列举的肿瘤标志物抗原。
129.在某些优选的实施方案中，该方法可在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测四种或更多种自身抗体，其中四种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62、ssx1和hud具有免疫学特异性。在一些特别优选的实施方案中，该方法包括使受试样品与四种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud。在某些实施方案中，至少包含p53、p62、ssx1和hud的复合物的存在指示肺癌的存在。
130.在某些优选的实施方案中，该方法可在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测五种或更多种自身抗体，其中五种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62、ssx1、hud和mage a4具有免疫学特异性。在一些特别优选的实施方案中，该方法包括使受试样品与五种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage-a4。在某些实施方案中，至少包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4的复合物的存在指示肺癌的存在。
131.在某些实施方案中，五种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4，以及选自sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8和kras-g13c/q61h的一种或更多种肿瘤标志物抗原。在该实施方案中，所述组可包含五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种或十二种所列举的肿瘤标志物抗原。
132.在某些实施方案中，五种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含选自以下的肿瘤标志物抗原的组之一或由其组成：
133.(i)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage；
134.(ii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20；
135.(iii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage；
136.(iv)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、cage、ck20；
137.(v)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage、ck20；
138.(vi)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20；
139.(vii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；
140.(viii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95、kras-g13c/q61h；
141.(ix)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；以及
142.(x)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8、kras-g13c/q61h。
143.在某些实施方案中，检测了七种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使
受试样品与七种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage的复合物的存在指示肺癌的存在。
144.在某些实施方案中，检测了八种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
145.在某些实施方案中，检测了八种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合物的存在指示肺癌的存在。
146.在某些实施方案中，检测了八种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中八种肿瘤标志物抗原p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
147.在某些实施方案中，检测了八种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与八种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
148.在某些实施方案中，检测了九种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与九种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合物的存在指示肺癌的存在。
149.在某些实施方案中，检测了九种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与九种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
150.在某些实施方案中，检测了十一种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
151.在某些实施方案中，检测了十一种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck220、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
152.在某些实施方案中，检测了十一种或更多种自身抗体，该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与十一种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是
p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合物的存在指示肺癌的存在。
153.本发明还考虑了利用包含一种或更多种不同抗原的两种或更多种抗原变体的组的方法。
154.本文中还提供了通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体来在哺乳动物对象中检测肺癌的方法，其中所述自身抗体对选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的肿瘤标志物抗原具有免疫学特异性，并且其中该方法包括以下步骤：
155.(a)使受试样品与选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的肿瘤标志物抗原接触；以及
156.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的存在或不存在，
157.其中所述复合物的存在指示肺癌的存在。
158.在某些实施方案中，检测了两种、三种、四种、五种、六种、七种或更多种自身抗体，并且该方法包括以下步骤：
159.(a)使受试样品与两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种或者七种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或七种肿瘤标志物抗原选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8，其中包含选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种或七种肿瘤标志物抗原的复合物的存在指示肺癌的存在。
160.在某些实施方案中，检测了七种或更多种自身抗体，并且该方法包括以下步骤：(a)使受试样品与七种或更多种肿瘤标志物抗原的组接触，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8，其中包含选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的至少一种、至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种肿瘤标志物抗原的复合物的存在指示肺癌的存在。
161.在某些实施方案中，至少包含p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8的复合物的存在指示肺癌的存在。
162.d.测定法形式
163.在体液样品中检测自身抗体的实际步骤可以根据本领域中本身已知的免疫测定技术进行。
164.免疫测定法(例如elisa、放射免疫测定法等)的一般特征是本领域技术人员公知的(参见immunoassay，e.diamandis and t.christopoulus，academic press，inc.，san diego，ca，1996)。用于检测具有特定免疫学特异性的抗体的免疫测定法通常需要使用对所测试抗体表现出特定免疫学反应性的试剂(抗原)。根据测定法的形式，该抗原可被固定在固体支持物上。使测试抗体存在的样品与抗原接触，并且如果样品中存在具有所需免疫学特异性的抗体，则所述抗体将与抗原发生免疫学反应以形成抗体-抗原复合物，其然后可被检测到或定量测量。
165.本发明的方法可以以任何合适的形式进行，所述形式能够使被怀疑含有自身抗体的受试样品与抗原接触。方便地，受试样品与抗原之间的接触可以在分开的反应室(例如微
量滴定板的孔)中进行，所述分开的反应室允许平行地测定不同的抗原或不同量的抗原(如果需要的话)。在需要变化量的抗原的一些实施方案中(参见下面的抗原滴定方法)，它们可通过在微量滴定板的孔间制备来自抗原储液的系列稀释液而被包被在微量滴定板的孔上。抗原储液可以具有已知或未知的浓度。然后可以将受试样品的等分试样添加到板的孔中，在每个孔中受试样品的体积和稀释度保持恒定。如本领域技术人员将理解的，添加到微量滴定板的孔中的抗原的绝对量可以根据这样的因素如靶标自身抗体的性质、受试样品的性质、受试样品的稀释等而变化。通常来说，将选择抗原的量和受试样品的稀释度以产生一定范围的信号强度，其落在该方法中用于检测抗原/自身抗体结合的所选择的读出的可接受检测范围内。方便地，抗原的测试量可以在1.6nm至160mm的范围内变化。
166.在本发明的另一个实施方案中，可以将抗原固定在固体支持物的离散位置或反应位点处。在需要不同量的抗原的一些实施方案中(参见下面的抗原滴定方法)，它们可以各自被固定在固体支持物上的离散位置或反应位点处。然后可以使整个支持物与受试样品接触，并在每个离散位置或反应位点处单独地检测或测量自身抗体与抗原的结合。合适的固体支持物包括微阵列。当需要不同量的抗原时，可以通过将不同量的特定抗原固定在阵列上离散的、可分辨的反应位点处来制备微阵列。在另一些实施方案中，固定的抗原分子的实际量可以保持基本恒定，但是阵列上位点或斑点的大小变化以改变可用的结合表位的量，从而提供具有不同量的可用的结合表位的位点或斑点的滴定系列。在这样的实施方案中，在制备滴定系列中，抗原上结合表位的二维表面浓度是重要的，而不是抗原的绝对量。用于蛋白质/肽微阵列的制备和询问的技术是本领域公知的。
167.微阵列可用于在单个样品上平行地执行针对具有不同特异性的自身抗体的多种测定法。这可以使用包含多种抗原或抗原的组的阵列来完成。
168.某些抗原可包含或来源于从天然来源分离的蛋白质或多肽，包括但不限于从患者组织或体液(例如血浆、血清、全血、尿、汗液、淋巴、粪便、脑脊液、腹水、胸腔积液、精液、痰、乳头抽吸物、术后血清肿和伤口引流液)中分离的蛋白质或多肽。在这样的实施方案中，抗原可包含基本上所有天然存在的蛋白质，即基本上为其从天然来源分离的形式的蛋白质，或者抗原可包含天然存在的蛋白质的片段。为了在本发明的方法中有效地作为抗原，任何这样的片段必须保持与将用于测试的自身抗体的免疫学反应性。合适的片段可能例如通过分离的蛋白质的化学切割或酶切割来制备。
169.在某些实施方案中，并且取决于将使用抗原的测定法的精确性质，抗原可包含天然存在的蛋白质或其片段，该蛋白质或其片段与一种或更多种另外的分子连接，这些分子赋予不天然存在于蛋白质中的一些期望的特性。例如，蛋白质或片段可以缀合至显露标记，例如荧光标记、着色标记、发光标记、放射性标记或重金属例如胶体金。在另一些实施方案中，蛋白质或片段可以表达为重组产生的融合蛋白。举例来说，融合蛋白可以在n-或c-端包含标签肽以帮助纯化重组表达的抗原。
170.取决于将使用抗原的测定法的形式，可以将抗原固定在固体支持物上，例如芯片、载玻片、微量滴定板的孔、珠、膜或纳米粒。固定可以通过非共价吸附、共价连接或通过标签来实现。
171.可以使用任何合适的连接方式，前提是这不会在显著程度上不利地影响抗原与靶标自身抗体免疫反应的能力。
172.本发明不限于固相测定法，但还涵盖全部或部分地在液相中进行的测定法，例如溶液相珠测定法或竞争测定法。
173.在一个实施方案中，可以用有助于固定的配体(例如生物素)标记抗原。然后可以将抗原稀释至合适的滴定范围，并使其与患者样品溶液中的自身抗体发生反应。然后可以通过配体-受体相互作用(例如生物素-链霉亲和素)将所得的免疫复合物固定在固体支持物上，测定法的剩余部分如下所述地进行。
174.为了促进产生用于本发明的测定方法的生物素化抗原，可以将编码全长抗原的edna、其截短形式或其抗原性片段表达为标记有蛋白质或多肽标签的融合蛋白，该蛋白质或多肽标签可例如通过酶促反应与生物素辅助因子连接。
175.用于产生重组生物素化抗原的载体可从许多来源商购获得。或者，可以通过在表达和纯化之后将生物素与抗原分子共价连接来产生生物素化抗原。
176.如上所述，用于检测根据本发明的自身抗体的免疫测定法可以基于本领域已知的标准技术。在一个最优选的实施方案中，免疫测定法可以是elisa。elisa通常是本领域公知的。在典型的间接elisa中，将对所测试的自身抗体具有特异性的抗原固定在固体表面(例如标准微量滴定测定板的孔，或微珠或微阵列的表面)，并使包含用于测试自身抗体的存在之体液的样品与所固定的抗原接触。样品中存在的具有期望特异性的任何自身抗体均将与所固定的抗原结合。然后可以使用任何合适的方法检测结合的抗原/自身抗体复合物。在一个优选的实施方案中，特异性识别一类或更多类人免疫球蛋白共有表位的经标记第二抗人免疫球蛋白抗体被用于检测抗原/自身抗体复合物。通常来说，第二抗体将是抗igg或抗igm。二级抗体通常用可检测标志物标记，可检测标志物通常是酶标志物，例如过氧化物酶或碱性磷酸酶，其允许通过添加酶的底物进行定量检测，该酶产生可检测的产物，例如有色的化学发光或荧光产品。可以使用具有等效效果的本领域已知的其他类型的可检测标记。
177.抗原滴定方法
178.在wo2006/126008(其内容通过引用并入本文)中，确定了：通过包含抗原滴定步骤可显著改善基于检测作为疾病生物标志物的自身抗体的测定法的性能，并且更具体地临床效用和可靠性。
179.通过测试被怀疑含有针对一系列不同量抗原(在本文中也称为滴定系列)的抗体的样品并构建滴定曲线，可以独立于样品中存在的抗体的绝对量可靠地鉴定出真正的阳性筛选结果。wo2006/126008的抗原滴定方法与在单一抗原浓度下测量自身抗体反应性或者其中滴定血清样品而不是抗原的方法相比，提供了更大的特异性和灵敏度。
180.因此，在某些实施方案中，本发明考虑以多个不同量提供肿瘤标志物抗原，并且其中所述方法包括以下步骤：
181.(a)使受试样品与多个不同量的肿瘤标志物抗原接触；
182.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原复合体的存在与否；
183.(c)检测肿瘤标志物抗原与自身抗体之间特异性结合的量；
184.(d)对于步骤(a)中使用的每个肿瘤标志物抗原量，绘制或计算特异性结合量相对于肿瘤标志物抗原量的曲线；以及
185.(e)基于在所使用的每个不同的肿瘤标志物抗原量下肿瘤标志物抗原与自身抗体
之间的特异性结合的量，确定自身抗体的存在与否。
186.在实践中，通常将通过改变所利用的肿瘤标志物抗原的浓度来提供不同量的肿瘤标志物抗原。因此，术语“不同量”和“不同浓度”可互换使用。然而，在本发明的范围内，考虑了改变肿瘤标志物抗原的量的任何方法。熟练的读者将理解，在本发明的方法中，可用于与靶自身抗体结合的抗原决定簇或表位的量对于建立滴定系列(即以不同量提供的一组抗原)是重要的。在许多测定形式中，可用于结合的抗原决定簇或表位的量与存在的抗原分子的量直接相关。然而，在另一些实施方案中，例如某些固相测定系统，暴露的抗原决定簇或表位的量可以与抗原的量不直接相关，但是可以取决于其他因素，例如与固相表面的附着和构象呈递。在这些实施方案中，本文提及的滴定系列中的“不同量的抗原”可被认为是指不同量的抗原决定簇或表位。在一些具体实施方案中，抗原量的变化可通过改变受试样品所针对的抗原或表位密度，或通过维持抗原或表位密度但增加其上固定抗原的表面积，或二者来实现。
187.在该实施方案中，“抗原集”是指在本发明的方法中将以不同量测试的单一抗原。
188.根据本发明，所述方法包括使受试样品与一组三种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中这些肿瘤标志物抗原中的三种为p53、p62和ssx1。在其中考虑多种抗原的这样的实施方案中，“不同抗原集”是指在本发明的方法中将以不同量测试的单一抗原，其中每种抗原是来源于不同蛋白质或多肽的“不同抗原”(例如来源于由不同基因编码的不相关蛋白质的抗原)，如上所定义。
189.给定的微阵列可仅包含来源于不同蛋白质或多肽的不同抗原集，或仅包含来源于单一蛋白质或多肽的不同肽表位的不同抗原集，或者以任意比例的二者的混合物。应当注意的是，在本发明的任何实施方案中，不同量的每个单独的抗原集通常将仅包含一种抗原而不是其混合物。
190.抗原变体集是指在本发明的方法中将以不同量测试的单一抗原变体。
191.在某些实施方案中，可基于针对所使用的肿瘤标志物抗原的所有量的特异性结合量的集合值来确定自身抗体的存在与否。在本发明的方法中，针对所测试的每个不同的抗原(抗原决定簇或表位)量确定自身抗体与抗原之间特异性结合的相对或绝对量，并用于对每个测试抗原量绘制或计算特异性结合的(相对或绝对)量相对于抗原量的曲线。基于在每个抗原量下观察到的特异性结合的量来确定受试样品中与该测试中使用的抗原反应的自身抗体的存在，并且通常由剂量-响应曲线表示，该曲线通常是s形状或s形。因此，在某些实施方案中，通过筛选存在剂量响应曲线(例如通常为s形状或s形曲线)的图来确定自身抗体的存在与否。如果针对不同量的测试抗原没有可检测的结合变化，则可将其评分为不存在可检测量的自身抗体。
192.在某些实施方案中，基于针对所使用的肿瘤标志物抗原的所有量的特异性结合量的集合值来确定自身抗体的存在与否。
193.在某些实施方案中，通过筛选步骤(d)存在剂量响应曲线的图来确定自身抗体的存在与否。
194.在某些实施方案中，剂量响应曲线通常为s形状或s形曲线。
195.在一个实施方案中，通过比较自身抗体与抗原之间的特异性结合的量和预定的截止值来确定自身抗体的存在与否。在此，绘制了在滴定系列中使用的每个抗原量的特异性
结合量相对于抗原量的曲线，并且在病例对照研究中将已知阳性样品(例如患有疾病的患者群体)中的结合水平与在已知阴性样品(例如正常个体)中观察到的结合水平进行比较。选择在滴定曲线上的一种或更多种点处的自身抗体结合的截止值，以使其在维持高特异性(几乎没有假阳性)的同时使灵敏度最大化(几乎没有假阴性)。假设在滴定系列中使用的每个抗原量的特异性结合量相对于抗原量的曲线是剂量响应曲线，则如果在滴定曲线上的一种或更多种点处所确定的特异性结合量高于预定的截止点值，则认为测量是阳性的。在某些实施方案中，可通过选择给出最大约登值(youden’s value)同时保持特异性大于90％的截止值来确定预定的截止值。
196.应当注意的是，抗原滴定实施方案可与本发明的所有方法一起使用，所述方法包括检测肺癌的方法、诊断和治疗肺癌的方法、预测对抗肺癌治疗之响应的方法以及确定抗体谱的方法。另外，抗原滴定可用于其中仅检测单一自身抗体的一些实施方案以及其中使用一组抗原以检测多个自身抗体的一些实施方案中。
197.双重截止法
198.通常认为，通过测量针对多种抗原的自身抗体可提高测定的灵敏度。然而，这种提高的灵敏度通常与特异性的成比例降低相关，并且因此测定方法可以受限于其可使用的抗原的数目。在某些实施方案中，本方法可通过使用抗原滴定方法来解释特异性的降低，所述抗原滴定方法确定自身抗体与抗原之间的特异性结合水平并评估二次曲线参数，其中只有当测试结果与这些度量中的两个截止点相比被分类为阳性时，测试结果才被认为是阳性。该方法将在本文中被称为“双重截止”方法，并且在wo2015/193678中进行了充分说明(其内容通过引用并入本文)。
199.在某些实施方案中，本发明的方法还包括以下步骤：
200.(d1)从步骤(d)中绘制或计算的曲线计算二次曲线参数；以及
201.(e)基于以下组合确定自身抗体的存在与否：
202.(i)在步骤(b)中确定的自身抗体与肿瘤标志物抗原之间的特异性结合的量；以及
203.(ii)在步骤(d1)中确定的二次曲线参数。
204.双重截止法利用上述抗原滴定方法。在滴定系列中使用的每个抗原量下检测抗原/自身抗体结合的量，并绘制在滴定系列中使用的每个抗原量的特异性结合量相对于抗原量的曲线之后，计算二次曲线参数。二次曲线参数可由线性或对数回归曲线计算。本文中，二次曲线参数是提供曲线性质之指示的任何计算值。例如，二次曲线参数可以是斜率、截距、auc、最大斜率或解离常数(dissociation constant，kd)。
205.因此，在某些实施方案中，二次曲线参数选自斜率、截距、auc、最大斜率和解离常数(kd)。
206.在某些实施方案中，由线性或对数回归曲线计算二次曲线参数。
207.在某些实施方案中，可通过将逻辑斯谛曲线(例如4参数逻辑斯谛曲线)拟合为在滴定系列中使用的每个抗原量的特异性结合量相对于抗原量的曲线来确定二次曲线参数。在该实施方案中，二次曲线参数可以是最大渐近线、最小渐近线、hill斜率(或斜率因子)或拐点。
208.因此，在某些实施方案中，二次曲线参数是拟合为在步骤(c)中绘制或计算的每个曲线的逻辑斯谛曲线的最大渐近线、最小渐近线、hill斜率(或斜率因子)或拐点。
209.一旦获得二次曲线参数，其将与抗原/自身抗体结合数据结合以确定自身抗体的存在与否。在此，将自身抗体与抗原之间的特异性结合量与上述预定的截止值进行比较。
210.使用已知阳性样品(例如，由一群患有疾病的患者组成的一组病例-对照样品集)和已知阴性样品(例如，一群在病例-对照研究中的正常个体)来确定二次曲线参数的截止值。对于每个样品，绘制在滴定系列中使用的每个抗原量的特异性结合量相对于抗原量的曲线，并将在已知阳性样品(例如患有疾病的患者)中观察到的二次曲线参数与在已知阴性样品(例如正常个体)中观察到的二次曲线参数进行比较。选择二次曲线参数的截止值，使得当其与上文讨论的抗原/自身抗体结合的截止值组合使用时使特异性最大化(几乎没有假阳性)。
211.在计算二次曲线参数的截止值之后，还确定阳性读数所需的方向性，即是高于还是低于截止值的值被认为是阳性的。阳性读数所需的方向性将取决于抗原和二次曲线参数。如果测量既高于抗原/自身抗体结合的截止值，并且又表现出与二次曲线参数的截止值相比的阳性读数所需的方向性，则该测量被认为是最终阳性的，即指示受试样品中存在自身抗体。
212.应当注意的是，双重截止实施方案可与本发明的所有方法一起使用，所述方法包括检测肺癌的方法、诊断和治疗肺癌的方法、预测对抗肺癌治疗响应的方法以及确定抗体谱的方法。另外，双重截止法可用于其中仅检测单一自身抗体的一些实施方案中以及其中使用一组抗原检测多个自身抗体的一些实施方案中。在该组实施方案中应当注意的是，为该组内每个抗原计算的二次曲线参数不必一定相同。然而，在一些实施方案中，为组内每个抗原计算的二次曲线参数可以相同。
213.e.方法的应用
214.根据本发明的免疫测定方法可用于多种不同的临床情况。根据本发明，所述方法可用于肺癌的检测。特别地，所述方法可用于肺癌的检测或诊断、筛选无症状的人对象群体以诊断肺癌的存在、检测原发性或继发性(转移性)肺癌或筛选症状患者中的早期赘生性变化或早期致癌变化。
215.诊断和治疗肺癌
216.在某些实施方案中，提供了在哺乳动物对象中通过检测受试样品中的三种或更多种自身抗体来诊断和治疗肺癌的方法，所述受试样品包含来自哺乳动物对象的体液，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫特异性，所述方法包括以下步骤：
217.(a)使受试样品与一组三种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；
218.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合体的存在与否；
219.(c)当检测到至少包含与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1的复合体时，对患有肺癌的对象进行诊断；以及
220.(d)向被诊断对象进行肺癌治疗。
221.在这方面中，如果肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间的特异性结合的量高于或低于如上所述的预定的截止值，则认为可以存在自身抗体。
222.在某些实施方案中，一组三种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62和ssx1，并且
a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合体指示存在肺癌。
240.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20的复合体指示存在肺癌。
241.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20的复合体指示存在肺癌。
242.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合体指示存在肺癌。
243.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体指示存在肺癌。
244.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合体指示存在肺癌。
245.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体指示存在肺癌。
246.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合体指示存在肺癌。
247.应当注意的是，本发明绝不限于任何特定的肺癌治疗。在某些实施方案中，肺癌治疗可选自手术、视频辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和光动力学治疗。
248.在本发明的范围内，可在肺癌诊断之后的任意时间进行肺癌治疗。例如，可在肺癌诊断之后一小时、两小时、三小时、四小时、五小时、六小时、七小时、八小时、九小时、十小时、十一小时、十二小时、二十四小时、两天、三天、四天、五天、六天、一周、两周、三周、四周、一个月、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月、一年或更多进行肺癌治疗。也考虑在各轮
治疗之间以任何间隔多次进行肺癌治疗。
249.考虑在与进行肺癌诊断的地理位置不同的地理位置进行肺癌治疗。此外，肺癌治疗可由与进行诊断的人不同于的人进行，而与诊断和治疗是在相同还是不同的地理位置进行的无关。
250.在本发明的该实施方案中，关于诊断和治疗肺癌的方法考虑了以上关本发明的多种方法所讨论的所有限制。
251.预测对肺癌治疗的响应
252.在一方面，本发明的自身抗体检测方法可用于治疗分层(stratification)，即来确定特定对象或对象组是否或多或少可以对特定肺癌治疗有响应。所述方法可用于预测肺癌患者对肺癌治疗的响应、选择肺癌治疗、选择用于特定患者的肺癌治疗、预测对治疗的响应、预测响应于治疗的存活率或预测经历免疫治疗(例如，用检查点抑制剂进行治疗)的患者中的免疫相关不良事件(immune-related adverse event，irae)的风险。肺癌治疗或治疗可以是例如手术、视频辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和光动力学治疗。
253.因此，本发明提供了预测对肺癌治疗之响应的方法，所述方法包括在受试样品中检测三种或更多种自身抗体，所述受试样品包含来自哺乳动物对象的体液，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫特异性，所述方法包括以下步骤：
254.(a)使受试样品与一组三种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；
255.(b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合体的存在与否；
256.(c)检测肿瘤标志物抗原与受试样品中存在的自身抗体之间的特异性结合的量；以及
257.(d)比较肿瘤标志物抗原与自身抗体之间特异性结合的量和先前建立的结合量和可以的治疗结果之间的关系，
258.其中，当与对照比较时，特异性结合量的改变预示患者将对肺癌治疗有响应或将无响应。
259.本文中，对照可以是来源于已知患有肺癌并且已知对所测试肺癌治疗无响应的对象的体液样品，即是无响应的对照。
260.在某些实施方案中，一组三种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62和ssx1，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇酶-1。
261.在一个特别优选的实施方案中，方法包括检测四种或更多种自身抗体，并且所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组四种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud，并且其中检测到至少存在包含p53、p62、ssx1和hud的复合体。
262.在一个特别优选的实施方案中，方法包括检测五种或更多种自身抗体，并且所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组五种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且其中检测到至少存在包含p53、p62、ssx1、
hud和mage a4的复合体。
263.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8和kras-g13c/q61h。
264.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含选自以下的肿瘤标志物抗原的组之一或由其组成：
265.(i)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage；
266.(ii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20；
267.(iii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage；
268.(iv)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、cage、ck20；
269.(v)p53、p62、ssx1、hud、magea4、ny-eso-1、cage、ck20；
270.(vi)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20；
271.(vii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；
272.(viii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95、kras-g13c/q61h；
273.(ix)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；以及
274.(x)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8、kras-g13c/q61h。
275.在某些实施方案中，检测到七种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组七种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage的复合体。
276.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1和ck20的复合体。
277.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合体。
278.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、cage和ck20的复合体。
279.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
280.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
281.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
282.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage-a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合体。
283.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
284.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
285.应当注意的是，本发明绝不限于任何特定的肺癌治疗。在某些实施方案中，肺癌治疗可选自手术、视频辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和光动力学治疗。
286.在本发明的该实施方案中，关于预测对肺癌治疗之响应的方法考虑了以上关于本发明的多种方法所讨论的所有限制。
287.确定抗体谱
288.上述本发明的方面通常将进行一次。然而，体外免疫测定是非侵入性的，并且在肺癌发作之前(如在“有风险”个体的筛选中)或在整个疾病过程中，可如认为所需要的那样频繁地重复进行，以在对象中建立自身抗体产生谱。因此，所述方法可用于在患有或怀疑患有肺癌的对象中确定抗体谱。
289.在某些实施方案中，提供了通过检测受试样品中的三种或更多种自身抗体来确定患有肺癌的个体的自身抗体谱的体外方法，所述受试样品包含来自哺乳动物对象的体液，其中三种自身抗体对肿瘤标志物抗原p53、p62和ssx1具有免疫特异性，所述方法包括以下步骤：
290.a)使受试样品与一组三种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；以及
291.b)确定与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合体的存在与否，其中重复该方法以建立自身抗体产生谱。
292.在某些实施方案中，一组三种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62和ssx1，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇酶-1。
293.在一个特别优选的实施方案中，方法包括检测四种或更多种自身抗体，并且所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组四种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud，并且其中检测到至少存在包含p53、p62、ssx1和hud的复合体。
294.在一个特别优选的实施方案中，方法包括检测五种或更多种自身抗体，并且所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组五种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且其中检测至少存在包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4的复合体。
295.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8和kras-g13c/q61h。
296.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含选自以下的肿瘤标志物抗原的组之一或由其组成：
297.(i)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage；
298.(ii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、ck20；
299.(iii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage；
300.(iv)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage、ck20；
301.(v)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage、ck20；
302.(vi)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20；
303.(vii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；
304.(viii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95、kras-g13c/q61h；
305.(ix)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；以及
306.(x)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8、kras-g13c/q61h。
307.在某些实施方案中，检测到七种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组七种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage的复合体。
308.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1和ck20的复合体。
309.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合体。
310.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、cage和ck20的复合体。
311.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、magea4、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
312.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
313.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
314.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合体。
315.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
316.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
317.在本发明的该实施方案中，关于确定抗体谱的体外方法考虑了以上关于本发明的多种方法所讨论的所有限制。
318.一组肿瘤标志物抗原在检测肺癌中的用途
319.本发明提供了一组三种或更多种肿瘤标志物抗原在哺乳动物对象中通过检测对
受试样品中的p53、p62和ssx1具有免疫特异性的自身抗体而用于肺癌检测的用途，所述受试样品包含来自哺乳动物对象的体液。
320.在某些实施方案中，一组三种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62和ssx1，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇酶-1。
321.在一个特别优选的实施方案中，检测到四种或更多种自身抗体，并且所述用途包括使受试样品与一组四种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud，并且其中检测到至少存在包含p53、p62、ssx1和hud的复合体。
322.在一个特别优选的实施方案中，检测到五种或更多种自身抗体，并且所述方法包括步骤：(a)使受试样品与一组五种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中五种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且其中检测到至少存在包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4的复合体。
323.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含p53、p62、ssx1、hud和mage a4，并且一种或更多种肿瘤标志物抗原选自sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8和kras-g13c/q61h。
324.在某些实施方案中，一组五种或更多种肿瘤标志物抗原包含选自以下的肿瘤标志物抗原的组之一或由其组成：
325.(i)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage；
326.(ii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、ck20；
327.(iii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage；
328.(iv)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage、ck20；
329.(v)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage、ck20；
330.(vi)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20；
331.(vii)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；
332.(viii)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95、kras-g13c/q61h；
333.(ix)p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8、kras-g13c/q61h；以及
334.(x)p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8、kras-g13c/q61h。
335.在某些实施方案中，检测到七种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组七种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox-2和cage的复合体。
336.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和ck20的复合体。
337.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与
一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1和cage的复合体。
338.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、cage和ck20的复合体。
339.在某些实施方案中，检测到八种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组八种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中八种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
340.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage和ck20的复合体。
341.在某些实施方案中，检测到九种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组九种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中九种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
342.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、ck20、ck8、p53-95和kras-g13c/q61h的复合体。
343.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
344.在某些实施方案中，检测到十一种或更多种自身抗体，所述用途包括使受试样品与一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原接触，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h，并且检测到存在至少包含p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h的复合体。
345.在本发明的该实施方案中，关于该用途考虑了以上关于本发明的多种方法所讨论的所有限制。
346.还提供了一组两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种或者七种或更多种肿瘤标志物抗原在哺乳动物对象中通过在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体而用于肺癌检测的用途，所述自身抗体对选自以下
的两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种或者七种肿瘤标志物抗原具有免疫特异性：p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8。
347.方法的另一些应用
348.所述方法可用于在无症状个体群体中鉴定处于发生肺癌之风险的个体。
349.所述测定方法可在许多情况下重复以提供对疾病复发的持续监测。所述方法可用于检测先前诊断为患有肺癌且已经历肺癌治疗以降低存在的肺癌量之患者中的复发性疾病。
350.所述方法可用于评估诊断为患有肺癌的患者的预后、监测患者中肺癌的进展或监测肺癌患者对肺癌治疗(例如手术、视频辅助胸腔镜手术、放射治疗、化学治疗、免疫治疗、射频消融、生物治疗、冷冻治疗和光动力学治疗)的响应。
351.当将免疫测定用于监测对象中的肺癌进展时，与“正常对照”相比，存在自身抗体水平升高被认为是患者中癌症存在的指示。“正常对照”可以是对照个体中存在的自身抗体的水平，所述对照个体优选年龄匹配、基于临床、成像和/或生物化学标准没有任何癌症诊断。或者，“正常对照”可以是为特定受试对象建立的“基线”水平。该“基线”水平可以是例如当进行肺癌的首次诊断或复发性肺癌的诊断时存在的自身抗体的水平。高于基线水平的任何提高将被认为是患者中存在的癌症量已经提高的指示，而低于基线水平的任何降低将被认为是患者中存在的癌症量已经降低的指示。
352.免疫测定方法可补充现有的筛选、诊断和监测方法。例如，本发明的方法可与现有方法组合使用以确认肺癌诊断。在某些实施方案中，本发明的方法与ct扫描、胸部x-射线、pet-ct扫描、支气管镜检查和活检、胸腔镜检查或其他任何其他合适的肺癌诊断方法组合进行。
353.f.试剂盒
354.本发明还涵盖了用于检测受试样品中自身抗体的试剂盒，所述样品包含来自哺乳动物对象的体液，所述试剂盒包括：
355.(a)一组三种或更多种肿瘤标志物抗原，其中三种肿瘤标志物抗原是p53、p62和ssx1；以及
356.(b)能够检测与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的试剂。
357.在某些实施方案中，试剂盒还包括：
358.(c)用于使肿瘤标志物抗原与包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品接触的装置。
359.用于使肿瘤标志物抗原与包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品接触的装置的实例包括将肿瘤标志物抗原固定在芯片、载玻片、微量滴定板的孔、珠、膜或纳米粒上。
360.在某些实施方案中，三种或更多种肿瘤标志物抗原的组包含p53、p62和ssx1以及一种或更多种选自hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇酶-1的肿瘤标志物抗原。在该实施方案中，该组可包含三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种、十一种、十二种、十三种或十四种所述的肿瘤标志物抗原。
361.在一个特别优选的实施方案中，试剂盒包含一组四种或更多种肿瘤标志物抗原，其中四种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1和hud。
g13c/q61h。
384.在某些实施方案中，试剂盒包含一组十一种或更多种肿瘤标志物抗原，其中十一种肿瘤标志物抗原是p53、p62、ssx1、hud、magea4、sox2、ny-eso-1、cage、gbu4-5、ck8和kras-g13c/q61h。
385.在本发明的试剂盒中，肿瘤标志物抗原是天然存在的蛋白质或多肽、重组蛋白质或多肽、合成蛋白质或多肽、合成肽、肽模拟物、多糖或核酸。
386.在本发明的试剂盒中，体液可选自血浆、血清、全血、尿、汗液、淋巴、粪便、脑脊液、腹水、胸腔积液、精液、痰、乳头抽吸物、术后血清肿、唾液、羊水、泪和伤口引流液。
387.本发明的试剂盒适合于进行上述本发明的任一种方法。特别地，本发明的试剂盒适合于检测肺癌。因此，在某些实施方案中，试剂盒用于检测肺癌。
388.本文还提供了用于在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体的试剂盒，所述试剂盒包括：
389.(a)一组两种或更多种，三种或更多种，四种或更多种，五种或更多种，六种或更多种，七种或更多种肿瘤标志物抗原，其中至少两种，至少三种，至少四种，至少五种，至少六种或七种肿瘤标志物抗原选自p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8；以及
390.(b)能够检测与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的试剂。
391.本文还提供了用于在包含来自哺乳动物对象之体液的受试样品中检测自身抗体的试剂盒，所述试剂盒包括：
392.(a)一组七种或更多种肿瘤标志物抗原，其中七种肿瘤标志物抗原是p53、ssx1、sox2、gbu4-5、hud、p53-95和ck8；以及
393.(b)能够检测与受试样品中存在的自身抗体结合的肿瘤标志物抗原的复合物的试剂。
394.现在参考以下非限制性实施例进一步理解本发明。
395.实施例
396.实施例1：用于在针对中国人群体的earlycdt肺测试开发过程中测量针对肿瘤相关蛋白(抗原)的自身抗体的方法
397.可按照与wo 99/58978中描述的方法(其内容通过引用并入本文)类似的方法，通过重组表达来制备肿瘤标志物抗原的样品。简言之，将编码目的标志物抗原的cdna(表1)克隆到pet21或pet45载体(invitrogen)中，所述载体经修饰以编码生物素标签和6
×
组氨酸标签(his标签)，以帮助纯化表达的蛋白质。所得克隆在bl21(de3)大肠杆菌(e.coli)中生长，随后将细菌裂解。按照制造商的方案，通过镍螯合亲和柱(hitrap，可从ge healthcare商购)回收表达的抗原。通过sds-page、western印迹和蛋白质测定评估表达的蛋白质的纯度、特异性和产量，随后进行储存。
398.通过用空的pet21载体(即没有编码肿瘤相关抗原的cdna)转化bl21(de3)大肠杆菌来产生阴性对照蛋白vol。表达和纯化的蛋白质包括在重组肿瘤相关抗原上发现的相同的his和生物素标签序列，并允许校正与残留细菌污染物的非特异性自身抗体结合。
399.表1：抗原详细信息和登记号
400.401.[0402][0403]
可在ncbi网站(www.ncbi.nlm.nih.gov)上找到geneid和蛋白质登记号。
[0404]
将抗原和vol(阴性对照)在硼酸盐包被缓冲液(ph 8.5)中稀释至合适的浓度(160和/或50nm)，并根据板布局(图1a)使用自动液体处理系统将其以100ul/孔分配到微量滴定板的孔中。为板加盖并在 18至 22℃下储存18至24小时，之后使用自动洗板机将所有孔用pbs 0.1％吐温20洗涤。将板在吸水纸上叩干，并以200ul/孔添加封闭缓冲液(pbs 0.1％酪蛋白 300mm d( )-海藻糖二水合物)。
[0405]
然后将板在 18至 22℃下储存2小时，然后吸出孔内容物，并使板风干过夜。
[0406]
将血清样品在 18至 22℃下解冻、混合并在标本抗体稀释剂(pbs-1％bsa 0.1％吐温80 0.01％pluronic f-127或pbs 0.1％酪蛋白)中以1/110稀释。按照图1b中的板布局，将每种稀释的血清样品以100ul/孔分配到微量滴定板中。
[0407]
均使用嵌合人-兔抗his标签单克隆抗体(sigma)的板上校准物、高对照和低对照在标本抗体稀释剂中稀释，并按照图1b中的板布局以100μl/孔分配到微量滴定板中。将板加盖并在室温下振荡孵育1.5小时。
[0408]
如上洗涤板，并将在标本抗体稀释剂中稀释的辣根过氧化物酶缀合的兔抗人免疫球蛋白以100μl/孔分配到微量滴定板的所有孔中。然后将板在室温下振荡孵育1小时。如上所述洗涤板。
[0409]
将预先制备的3，3’，5，5
’-
四甲基联苯胺(tmb)底物以100μl/孔添加到每个板，并在工作台上孵育15分钟。轻叩板以进行混合。15分钟后以100μl/孔添加中止溶液(1m hcl)。使用标准分光光度计读板器在450nm处确定每个孔的光密度。
[0410]
实施例2：使用市售的earlycdt肺测试试剂盒检测中国肺癌患者的自身抗体
[0411]
根据使用说明(instructions for use，ifu)进行earlycdt肺试剂盒测定(oncimmune limited，nottingham，uk)，并采用制造商建议的截止值。在中国从中国华裔人群中收集了血清样品，表2中给出了该组群(组群1)的临床和人口统计状况(demographic status)。
[0412]
表2：由肺癌病例组成的组群1以及患有良性肺病或无恶性肿瘤证据的个体(健康正常人)的对照组群的人口统计状况
[0413][0414]
简言之，earlycdt肺测试检测了针对一组7种抗原的自身抗体(aab)(表3)。结果(表3)显示，对于该组群，使用已建立的截止值，earlycdt肺测试对肺癌的灵敏度为32.1％，对健康和良性对照组群的特异度分别为79.1％和76.8％。因此，很明显，来自中国患者的该群组样品的灵敏度和特异度二者均低于所述的性能要求(灵敏度为41％，且特异度为90％)。
[0415]
这些结果表明，开发并验证用于早期检测西方患者的肺癌的earlycdt肺测试组对于在中国患者中达到相同目的而言可以不是最优的，并且可以需要测量其他的截止值或自身抗体，以便解释两个地区人群之间的种族差异。
[0416]
表3：使用earlycdt肺测试试剂盒的每个患者组群(肺癌病例、良性肺病对照和健康正常对照)中单个自身抗体(aab)和所述组的阳性率
[0417][0418]
实施例3：使用可商购的cancerprobe测试检测中国肺癌患者的自身抗体
[0419]
在中国销售用于早期肺癌检测的自身抗体测试(英文名称：七种自身抗体检测试剂盒(seven kinds of autoantibodies test kit)(elisa)，“cancerprobe”)(由hangzhou cancer probe biotechnology company，hangzhou，china生产)。该测试还测量了针对一组7种抗原的自身抗体，所述抗原中的4种也存在于earlycdt肺测试中(p53、sox2、cage和gbu4-5)，而另外三种不同(gage-7、magea1和pgp9.5)。
[0420]
根据使用说明(ifu)，使用cancerprobe测试，测量了在中国从中国华裔人群中收集的一组样品(n＝62；组群1的子集，表2)的自身抗体。
[0421]
对于同一子集的样品，将cancerprobe测试的性能(表4)与earlycdt肺测试的性能(表5)进行了比较。根据每个测试的ifu测得自身抗体水平。
[0422]
表4：对于cancerprobe测试，每个患者组群(肺癌病例、良性肺病对照和健康正常对照)中单个自身抗体(aab)和整个组的阳性率
[0423][0424]
表5：对于earlycdt肺测试，每个患者组群(肺癌病例、良性肺病对照和健康正常对照)中单个自身抗体(aab)和整个组的阳性率
[0425]
[0426]
结果表明，对于该组群，cancerprobe测试的灵敏度为42.9％，对良性和健康对照组的特异度分别为61.9％和80.0％。结果还显示，对于同一组患者，earlycdt肺测试具有52.4％的灵敏度并且对于良性和健康对照组分别具有47.6％和75.0％的特异度。
[0427]
实施例4：确定为中国人群体的肺癌的早期检测而优化的抗原组
[0428]
以下数据是从研究中获得的，以探索针对一个独立患者组群的开发测定(实施例1中详述的方法)的灵敏度和特异度，研究了多至14种标志物的组，所述标志物选自p53、p62、ssx1、hud、mage a4、sox2、ny-eso-1、cage、ck20、gbu4-5、p53-95、ck8、kras-g13c/q61h和α-烯醇酶。所有抗原均以50nm包被。在ifu之后，还针对同一组群进行了cancerprobe测试。
[0429]
表6中给出了本研究中包含的对象(组群2)的临床和人口统计状况。其是与实施例2和3研究的患者(分别为组群1和组1的子集)完全独立的一组患者。
[0430]
表6：由肺癌病例组成的组群2和患有良性肺病的个体的对照组群的人口统计状况
[0431]
人口统计肺癌良性数目9855平均年龄58.651.7年龄范围30至8215至77男性％49.0％66.7％性别和年龄未知01
[0432]
(i)earlycdt肺测试中的七种抗原
[0433]
使用基于模拟退火的多元截止值优化算法确定最佳截止值(以ru为单位)。
[0434]
结果(表7)显示，当将针对该中国人组群的截止值的最优集合应用于测定结果时，该组相当于earlycdt肺测试组，对肺癌的灵敏度为31.6％，对良性对照组群的特异度为90.9％。显然，对于该中国人组群，其灵敏度和特异度二者均低于所述的earlycdt肺测试性能要求(灵敏度为41％，且特异度为91％)。这表明开发并验证用于早期诊断西方患者的肺癌的组对于在中国患者中达到相同目的而言可以不是最优的，并且可以需要测量其他自身抗体以解决两个地区人群之间的种族差异。
[0435]
表7：对于指定的截止值，每个患者组群(肺癌病例和良性肺病对照)中单个自身抗体(aab)和earlycdt肺测试组的阳性率
[0436][0437]
(ii)cancerprobe测试组
[0438]
表8示出了同一患者组群的cancerprobe测试结果和性能，结果是总体灵敏度为26.5％，且对于良性对照组的特异度为96.4％。
[0439]
表8：在每个患者组群(肺癌病例、良性肺病对照和健康正常对照)中单个自身抗体(aab)和cancerprobe测试的整个组的阳性率
[0440][0441]
为了确定可能伴随着降低的特异度的灵敏度，基于所检查的组群进行了模拟退火优化。通过模拟退火优化发现的截止值集合表明最高灵敏度为40.8％，且特异度为90.9％，然而由于控制组群的规模较小，因此此优化具有很高的过拟合可能性。
[0442]
(iii)3至14种标志物的替选测试组
[0443]
使用基于模拟退火的多元截止值优化算法确定对于14种、9种、5种和3种标志物的该组群的测定结果的最佳截止值(以ru为单位)。这种方法确定了许多不同规模和性能的不同组(表9至12，图2至5)，可将它们与cancerprobe测试性能直接进行比较，因为它们是使用完全相同的一组患者确定的。对于以下鉴定的特异度为90.9％的组，组的灵敏度为37.8％至48.0％，因此，对于同一中国人组群，所有组均表现出优于cancerprobe测试的性能。
[0444]
表9：图2排名靠前的组的性能特征
[0445][0445][0446]
表10：图3排名靠前的组的性能特征
[0447][0448]
表11：图4排名靠前的组的性能特征
[0449][0450]
表12：图5的截止值集合a至d的性能特征
[0451]
组灵敏度(％)特异度(％)集合a：p53.hud、ssx137.890.9集合b：p62、hud、ssx1n/a
*
n/a
*
集合c：p53、p62、hud37.890.9集合d：p53、p62、ssx140.890.9
[0452]
*
在没有p53的情况下，优化不能找到性能满足搜索限制的组
[0453]
这些结果表明，对于同一组群，3至14种标志物的组(每个中至少并入p53、ssx1和p62)表现得与cancerprobe测试相同或比cancerprobe测试更好。即使结果与cancerprobe测试结果相当(例如p53、p62、ssx1的三种标志物组)，简单地仅使用三种肿瘤标志物抗原也是有利的。
[0454]
实施例5：使用开发测定检测中国肺癌患者中扩展的抗原集合的自身抗体
[0455]
从可行性研究中获得以下数据，以评估多至21种标志物(表1)的开发测定(实施例1中详述的方法)的灵敏度和特异度，所述标志物包括earlycdt肺试剂盒(实施例2)中使用的那些标志物。这样做是为了评估更大的独立组群的earlycdt肺组的性能。这项研究旨在确定针对中国人群体的标志物截止值的优化和/或某些标志物的替换是否可改善测试性能。
[0456]
分别以50nm(p53、mage a4、sox2、hud和ny-eso-1)、160nm(cage和gbu4-5)或两种浓度(ck8、ck20、egfr1-ecd、egfr1-ep、egfr1-kd、egfr2、egfr-l858r、egfr-viii、kras、p16、p53-95、p62、α-烯醇酶和ssx1)包被抗原。
[0457]
表13中给出了该研究中包含的对象(组群3)的临床和人口统计状况。表13：用于开发测定的由肺癌病例组成的组群3以及无恶性肿瘤史的个体(健康正常人)的对照组群的人口统计状况
[0458]
[0459][0460]
使用基于模拟退火的多元截止值优化算法，确定了用于七种标志物组的组群分析结果的以参考单位(ru)为单位的最佳截止值。这种方法确定了许多不同的组，roc散点图(图6)示出了可通过多种截止值组合获得的灵敏度和特异度组合的范围。表14详细描述了性能最佳的七种标志物，灵敏度为41.2％，且特异度为94.4％。
[0461]
表14：对于开发测定群组的指定的截止值，每个患者组群(肺癌病例和健康正常对照)中单个自身抗体(aab)标志物和七种标志物的整个组的阳性率
[0462][0463]
a)针对以50nm包被的抗原的自身抗体的截止值或b)针对以160nm包被的抗原的自身抗体的截止值。
[0464]
这些分析表明，通过交换一些标志物并优化中国人群体的截止值，可将七种标志物的组的性能提高到与西方人群体中earlycdt肺测试所述水平相当的水平。
[0465]
本发明不限于本文所述的具体实施方案的范围。实际上，本发明的多种修改(除了本文描述的那些之外)根据前述描述和附图对于本领域技术人员将变得明显。这样的修改旨在落入所附权利要求的范围内。而且，本文描述的本发明的所有方面和实施方案均被认为是广泛适用的并且可与任何和所有其他一致的实施方案组合，包括适当地选自本发明的其他方面的那些实施方案(包括单独地(in isolation))。
[0466]
本文中引用了多种出版物和专利申请，其公开内容通过引用整体并入本文。