适用于高淀粉果实的ATAC-seq方法与流程

技术特征：
1.一种适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，包括以下步骤：s1、取一定量的果实进行液氮研磨；s2、细胞裂解提取完整细胞核；s3、转座反应和纯化；s4、pcr扩增：s5、文库质检；s6、上机测序。2.如权利要求1所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，所述s2中细胞裂解采用核提取缓冲液neb2；所述核提取缓冲液neb2包括10mm pbs、0.4m蔗糖、1％～2％多聚甲醛、1％triton
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100、5mmβ-巯基乙醇和1
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cocktai。3.如权利要求2所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，所述s2细胞裂解过程中先经过核提取缓冲液neb1处理，再经过核提取缓冲液neb2处理；所述核提取缓冲液neb1包括10mm tirs-hcl、200mm kcl、10mm edta、10mm mgcl2、50％甘油、0.4m蔗糖、1m dtt、5mmβ-巯基乙醇和1
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cocktai。4.如权利要求3所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，所述s2细胞裂解过程中经过核提取缓冲液neb2处理后，再经过核提取缓冲液neb3处理；所述核提取缓冲液neb3包括10mm tirs-hcl、1.7m蔗糖、10mm mgcl2、1％tritonx-100、5mmβ-巯基乙醇和1
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cocktail。5.如权利要求2～4任一所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，所述s2中细胞裂解处理完成后进行核清洗缓冲液wb清洗所述核清洗缓冲液wb包括10mm pbs、0.4m蔗糖、1％triton
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100和1
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cocktail。6.如权利要求5所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，所述核提取缓冲液neb2和核清洗缓冲液wb中，pbs和蔗糖的混合溶液可进行灭菌处理，4℃保存，使用前再加入triton-x、多聚甲醛和/或cocktail。7.如权利要求4所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，步骤s2中需要经过核提取缓冲液neb1和核提取缓冲液neb2的裂解，再经过40μm的细胞筛过滤，之后进行离心，离心后的粗核经过核提取缓冲液neb3的离心和核清洗缓冲液wb的清洗；所述核清洗缓冲液wb包括10mm pbs(ph＝7.4)、0.4m蔗糖、1％triton
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100和1
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cocktail。8.如权利要求1所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，步骤s3中，所述转座反应的具体操作为：立即向步骤s2提取的完整细胞核中加入2μltn5转座酶、25μl td转座缓冲液、0.5μl 1％digitonin和22.5μl无酶水，37℃孵育30min。9.如权利要求1所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，步骤s4中，所述pcr扩增的反应体系为：35μl步骤s3纯化得到的dna，10μl 5
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ampli mix，2.5μln5，2.5μln7。10.如权利要求1所述的适用于高淀粉果实的atac-seq方法，其特征在于，步骤s4中，所述pcr扩增的反应程序为：105℃热盖，72℃延伸3min；98℃变性30s；再按以下参数扩增12个循环：98℃15s，63℃15s，72℃15s；最后72℃延伸2min。

技术总结
本发明公开了一种适用于高淀粉果实的ATAC-seq方法，包括以下步骤：S1、取一定量的果实进行液氮研磨；S2、细胞裂解提取完整细胞核；S3、转座反应和纯化；S4、PCR扩增：S5、文库质检；S6、上机测序。本发明能够从淀粉含量高的植物组织中获得较为纯净的细胞核，且样品消耗少，实验耗时短。实验耗时短。实验耗时短。


技术研发人员：李泽卿 刘梦佳
受保护的技术使用者：武汉爱基百客生物科技有限公司
技术研发日：2021.12.25
技术公布日：2022/4/26