一种水稻耐盐性相关的分子标记及其应用

技术特征：
1.一种水稻耐盐性相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括snp_3_1796216_t/c、snp_3_1797072_t/c、snp_3_1797131_gg/at、indel_3_1797233_gtatgaggc/-；所述分子标记snp_3_1796216_t/c位于水稻第3号染色体上的第1796216bp处，存在核苷酸单碱基突变t/c；所述分子标记snp_3_1797072_t/c位于水稻第3号染色体上的第1797072bp处，存在核苷酸单碱基突变t/c；所述分子标记snp_3_1797131_ gg/at位于水稻第3号染色体上的第1797131bp处，存在连续两个核苷酸碱基突变gg/at；所述分子标记indel_3_1797233_ gtatgaggc/-位于水稻第3号染色体上的第1797233bp处，存在9个核苷酸碱基缺失。2.检测权利要求1所述水稻耐盐性相关的分子标记的引物对，其特征在于，检测分子标记snp_3_1796216_t/c的引物对包括特异上游引物x1f、y1f和下游通用引物c1r，引物序列分别如序列表seq id no：1-3所示；检测分子标记snp_3_1797072_t/c的引物对包括特异上游引物x2f、y2f和下游通用引物c2r，引物序列分别如序列表seq id no：4-6所示；检测分子标记snp_3_1797131_ gg/at的引物对包括特异上游引物x3f、y3f和下游通用引物c3r，引物序列分别如序列表seq id no：7-9所示；检测分子标记indel_3_1797233_ gtatgaggc/-的引物对包括特异上游引物4f和下游引物4r，引物序列分别如序列表seq id no：10-11所示。3.一种水稻基因osdsk2a耐盐基因型的检测方法，其特征在于，以水稻基因组dna为模板，利用权利要求2所述引物进行pcr反应检测；若前三组引物检测到引物核苷酸序列seq id no：1、seq id no：4、seq id no：7所对应的碱基，第四组引物检测pcr产物大小为125bp的，判定水稻样品为纯合的不耐盐osdsk2a基因型；若前三组引物检测到引物核苷酸序列seq id no：2、seq id no：5、seq id no：8所对应的碱基，第四组引物检测pcr产物大小为116bp的，判定水稻样品为纯合的耐盐osdsk2a基因型；若同时检测到引物核苷酸序列seq id no：1、seq id no：2、seq id no：4、seq id no：5、seq id no：7、seq id no：8所对应的碱基和125bp、116bp的pcr产物，则判定水稻样品为杂合的耐盐osdsk2a基因型。4.一种检测权利要求1所述分子标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包括权利要求2所述引物。5.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括核苷酸序列如序列表seq id no：1-11所示的引物。6.权利要求1所述水稻耐盐性相关的分子标记在水稻育种中的应用。7.一种水稻育种方法，其特征在于，按照权利要求3所述检测方法对水稻基因osdsk2a的基因型进行检测，选择携带耐盐osdsk2a基因型的水稻样品进行后续育种。

技术总结
本发明公开了一种水稻耐盐性相关的分子标记及其应用。所述分子标记是通过全基因组关联分析得到，包括水稻参考基因组第3号染色体上的第1796216bp处的核苷酸单碱基突变、第1797072bp处的核苷酸单碱基突变、第1797131bp和1797132bp处的两个核苷酸碱基突变、第1797233bp处的9个核苷酸碱基缺失。利用本发明提供的所述分子标记，可以快速、准确地检测水稻OsDSK2a基因的耐盐基因型，有利于该基因在水稻耐盐性分子育种中的高效应用。水稻耐盐性分子育种中的高效应用。水稻耐盐性分子育种中的高效应用。


技术研发人员：王娟 朱睿 梁宇航 权瑞党 秦华 黄荣峰
受保护的技术使用者：中国农业科学院生物技术研究所
技术研发日：2022.03.03
技术公布日：2022/4/12