包含细菌菌株的组合物的制作方法

1.本发明处于包含分离自哺乳动物消化道的细菌菌株的组合物和此类组合物在疾病的治疗中的用途的领域。


背景技术：

2.人的肠被认为在子宫内为无菌的，但在出生后立即暴露于多种多样的母体和环境微生物。此后，出现微生物定植和演替的动态期，其受诸如分娩方式、环境、饮食和宿主基因型的因素影响，所有这些因素都影响肠微生物区系的组成，特别是在生命早期。随后，微生物区系稳定且变得像成人一样[1]。人肠微生物区系含有在丰度水平上由两个主要细菌分类(门)拟杆菌门(bacteroidetes)和厚壁菌门(firmicutes)占主导地位的多于1,500种不同的种系型[2-3]。由人肠的细菌定植引起的成功共生关系已经产生广泛多种的代谢、结构、保护及其他有益功能。定植的肠的代谢活动增强确保在其他方面难消化的膳食组分降解，同时释放副产物，为宿主提供重要的营养源和另外的健康益处。类似地，肠微生物区系的免疫学重要性为公认的且在免疫系统受损的无菌动物中得到例证，受损的免疫系统在引入共生细菌后功能上被复原[4-6]。
[0003]
已在诸如炎性肠病(ibd)的胃肠病症中证明了微生物区系组成的显著变化。例如，在ibd患者中，梭菌属(clostridium)群集xiva和梭菌属群集xi(普拉梭菌(f.prausnitzii))细菌的水平降低，而大肠杆菌(e.coli)的数目增加，表明肠内共生生物与致病生物(pathobiont)的平衡的偏移[7-11]。
[0004]
鉴于某些细菌菌株可对动物肠具有潜在的积极作用，已提出将各种菌株用于治疗各种疾病(参见例如[12-15])。已提出将许多菌株(包括大多数乳酸杆菌属(lactobacillus)和双岐杆菌属(bifidobacterium)菌株)用于治疗各种肠病症(参见[16]的综述)。还提出将布劳特氏菌属(blautia)菌株用于调节消化生态系的微生物平衡[17]。然而，不同细菌菌株与不同疾病之间的关系，以及具体细菌菌株对肠和在全身水平下和对任何具体类型疾病的确切作用尚未充分表征。
[0005]
还需要对肠细菌的潜在作用进行特征描述，以便可开发出使用肠细菌的新疗法。


技术实现要素：

[0006]
发明人已开发出用于治疗和预防感觉的超敏反应、异常性疼痛(allodynia)和/或痛觉过敏的新疗法。特别地，本发明提供一种包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防感觉的超敏反应的方法。另外，本发明提供一种治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏的方法，其包括施用包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物。
[0007]
此外，本发明提供一种包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物用于制造用于治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏的药剂的用途。
[0008]
感觉的超敏反应常与异常性疼痛和/或痛觉过敏有关，且发明人已鉴别出，布劳特氏菌属的细菌菌株可有效减轻异常性疼痛和/或痛觉过敏。因此，在一个实施方案中，本发
明提供一种包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏的方法。如实例中所述，口服施用包含产氢营养型布劳特氏菌(blautia hydrogenotrophica)的组合物可减轻纤维肌痛症的动物模型中的异常性疼痛。
[0009]
国际专利公开号wo2017/148596中已公开了使用布劳特氏菌属的生物治疗内脏超敏反应。然而，如下文所更详细地解释，内脏超敏反应和异常性疼痛/痛觉过敏具有不同的病理生理和原因。因此，所述公开未表明此类生物可成功用于治疗异常性疼痛和/或痛觉过敏。
[0010]
在优选的实施方案中，本发明提供一种包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防被诊断为患有神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛的受试者的超敏反应。特别优选的实施方案提供包含布劳特氏菌属的细菌菌株的组合物，其用于治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏。在优选的实施方案中，组合物用于治疗或预防被诊断为患有纤维肌痛症的受试者的异常性疼痛和/或痛觉过敏。发明人已显示，本发明的组合物在纤维肌痛症模型中特别好地起作用。
[0011]
在本发明的优选的实施方案中，组合物中的细菌菌株属于产氢营养型布劳特氏菌。细菌菌株可具有与产氢营养型布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，细菌菌株具有与seq id no:5具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。最优选地，组合物中的细菌菌株为以登录号dsm14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌菌株。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:5表示的16s rrna序列。在其他实施方案中，组合物中的细菌菌株具有与seq id no:5具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、或99.9％同一性的16s rrna序列。在本发明的另外的实施方案中，组合物中的细菌菌株属于粪便布劳特氏菌(blautia stercoris)。细菌菌株可具有与粪便布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，细菌菌株具有与seq id no:1或3具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，序列同一性是相较于seq id no:3的同一性。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:3表示的16srrna序列。在其他实施方案中，组合物中的细菌菌株具有与seq id no:1或3具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。
[0012]
在本发明的另外的实施方案中，组合物中的细菌菌株属于韦克斯勒布劳特氏菌(blautia wexlerae)。还可使用密切相关的菌株，诸如具有与韦克斯勒布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列的细菌菌株。优选地，细菌菌株具有与seq id no:2或4具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，序列同一性是相较于seq id no:4的同一性。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:4表示的16s rrna序列。在其他实施方案中，组合物中的细菌菌株具有与seq id no:4具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。
[0013]
在本发明的另外的实施方案中，组合物中的细菌菌株属于延长布劳特氏菌(blautia producta)。还可使用密切相关的菌株，诸如具有与延长布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna
producta)，但是在一些实施方案中，组合物可不包含延长布劳特氏菌。
[0026]
用于本发明的布劳特氏菌菌株的实例包括产氢营养型布劳特氏菌、粪便布劳特氏菌、粪布劳特氏菌(b.faecis)、类球布劳特氏菌、格鲁氏布劳特氏菌(b.glucerasea)、汉氏布劳特氏菌(b.hansenii)、鲁提布劳特氏菌(b.luti)、延长布劳特氏菌、schinkii布劳特氏菌和韦克斯勒布劳特氏菌。布劳特氏菌种为革兰氏反应阳性、非运动型非孢子形成细菌，其可为球菌状或卵形且全部都为产生作为葡萄糖发酵的主要终产物的乙酸的专性厌氧菌[18]。布劳特氏菌属可分离自人肠，但延长布劳特氏菌分离自败血病样品。
[0027]
产氢营养型布劳特氏菌(先前称为产氢营养型瘤胃球菌(ruminococcus hydrogenotrophicus))分离自哺乳动物的肠，为严格厌氧菌且将h2/co2代谢为乙酸盐，这对于人营养和健康来说可为重要的。产氢营养型布劳特氏菌的模式菌株为s5a33＝dsm 10507＝jcm 14656。产氢营养型布劳特氏菌菌株s5a36的16s rrna基因序列的genbank登录号为x95624.1(在本文中公开为seq id no:5)。此例示性产氢营养型布劳特氏菌菌株描述于[18]和[19]中。s5a33菌株和s5a36菌株对应于分离自健康受试者的粪便样品的菌株的两个亚克隆。它们显示相同的形态学、生理学和代谢且具有相同的16s rrna序列。因此，在一些实施方案中，用于本发明的产氢营养型布劳特氏菌具有16s rrna序列seq id no:5。
[0028]
以登录号dsm 14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌细菌在实例中进行测试且在本文中还称为菌株bh。菌株bh于1996年1月作为「产氢营养型瘤胃球菌」以登录号dsm 14294，于2001年5月10日作为“s5a33”保藏于deutsche sammlung von mikroorganismen[德国微生物保藏中心](mascheroder weg 1b,38124braunschweig,germany)。保藏者为法国inra laboratoire de microbiologie cr de clermont-ferrand/theix 63122saint gen
è
s champanelle。保藏物的所有权已授权转让于4d pharma plc。
[0029]
粪便布劳特氏菌菌株gam6-1
t
的16s rrna基因序列的genbank登录号为hm626177(在本文中公开为seq id no:1)。例示性粪便布劳特氏菌菌株描述于[20]中。韦克斯勒布劳特氏菌的模式菌株为wal 14507＝atcc baa-1564＝dsm 19850[18]。韦克斯勒布劳特氏菌菌株wal 14507t的16s rrna基因序列的genbank登录号为ef036467(在本文中公开为seq id no:2)。此例示性韦克斯勒布劳特氏菌菌株描述于[18]中。
[0030]
优选的粪便布劳特氏菌菌株为以登录号ncimb 42381保藏的菌株，其在本文中还称为菌株830。830菌株的16s rrna序列提供于seq id no:3中。菌株830于2015年3月12日作为“粪便布劳特氏菌830”由gt biologics ltd.(life sciences innovation building,aberdeen,ab25 2zs,scotland)保藏于国际保藏机构ncimb,ltd.(ferguson building,craibstone estate,bucksburn,aberdeen,ab21 9ya,scotland)且分配了登录号ncimb 42381。gt biologics ltd.随后更名为4d pharma research limited。
[0031]
优选的韦克斯勒布劳特氏菌菌株为以登录号ncimb 42486保藏的菌株。此菌株的16s rrna序列提供于seq id no:4。菌株于2015年11月16日作为“布劳特氏菌属/瘤胃球菌属”由4d pharma research ltd.(life sciences innovation building,aberdeen,ab25 2zs,scotland)保藏于国际保藏机构ncimb,ltd.(ferguson building,craibstone estate,bucksburn,aberdeen,ab21 9ya,scotland)且分配了登录号ncimb 42486。
[0032]
用于本发明的优选的延长布劳特氏菌菌株为于2018年8月20日作为“延长布劳特氏菌”由4d pharma research limited(life sciences innovation building,aberdeen,
ab25 2zs,scotland)以登录号ncimb 43170保藏于国际保藏机构ncimb,ltd.(ferguson building,craibstone estate,bucksburn,aberdeen,ab21 9ya,scotland)的菌株。
[0033]
还预期与实例中所测试的菌株密切相关的细菌菌株有效治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏。在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与产氢营养型布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16srrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与seq id no:5具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。
[0034]
在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与粪便布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与seq id no:1或seq id no:3具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，序列同一性是相较于seq id no:3的同一性。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:3表示的16s rrna序列。
[0035]
在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与韦克斯勒布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与seq id no:2或seq id no:4具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，序列同一性是相较于seq id no:4的同一性。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:4表示的16s rrna序列。
[0036]
在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与延长布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与seq id no:6具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:6表示的16s rrna序列。
[0037]
在某些实施方案中，用于本发明的细菌菌株具有与类球布劳特氏菌的细菌菌株的16s rrna序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有与seq id no:7或8具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、或99.9％同一性的16s rrna序列。优选地，用于本发明的细菌菌株具有由seq id no:7或8表示的16s rrna序列。
[0038]
还预期作为以登录号dsm 14294保藏的细菌的生物型或以登录号ncimb 42381、ncimb 42486和ncimb 43170保藏的细菌的生物型的细菌菌株有效治疗或预防异常性疼痛和/或痛觉过敏。生物型为具有相同或非常类似的生理和生物化学特征的紧密相关的菌株。
[0039]
作为以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的生物型且适用于本发明的菌株可通过对以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的其他核苷酸序列进行测序来鉴别。例如，大致上可对全基因组进行测序，且用于本发明的生物型菌株可在其全基因组的至少80％内(例如，在至少85％、90％、95％或99％内、或在其全基因组内)具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性。例如，在一些实施方案中，生物型菌株在其基因组的至少98％内具有至少98％序列同一性，或在其基因组的99％内具有至少99％序列同一性。用于鉴别生物型菌
株的其他合适序列可包括hsp60或重复序列诸如box、eric、(gtg)5或rep[21]。生物型菌株可具有与以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的对应序列具有至少95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性的序列。在一些实施方案中，生物型菌株具有与16s rrna序列seq id no:5具有至少97％、98％、99％、99.5％或99.9％序列同一性的序列。
[0040]
另选地，作为以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的生物型且适用于本发明的菌株可通过使用登录号dsm 14294保藏物、登录号ncimb 42381保藏物、登录号ncimb 42486保藏物或登录号ncimb 43170保藏物以及限制片段分析和/或pcr分析来鉴别，例如通过使用荧光扩增片段长度多态性(faflp)和重复dna元件(rep)-pcr指纹分析、或蛋白质表达谱、或部分16s或23s rdna测序来进行。在优选的实施方案中，此类技术可用于鉴别其他产氢营养型布劳特氏菌、粪便布劳特氏菌或韦克斯勒布劳特氏菌菌株。
[0041]
在某些实施方案中，作为以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的生物型且适用于本发明的菌株为当通过扩增核糖体dna限制分析(ardra)进行分析时，例如当使用sau3ai限制酶时(对于例示性方法和指导，参见例如[22])提供与以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌相同的模式的菌株。另选地，将生物型菌株鉴别为与以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌具有相同碳水化合物发酵模式的菌株。
[0042]
可用于本发明的其他布劳特氏菌菌株，诸如以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌的生物型，可使用任何适当方法或策略(包括实例中所述的测定)来鉴别。例如，用于本发明的菌株可通过培养细菌且将它们向大鼠施用之后在von frey微丝测定中测试来鉴别。特别地，与以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的细菌具有类似的生长模式、代谢类型和/或表面抗原的细菌菌株可用于本发明。如例如通过von frey微丝测定所评定，可用的菌株应具有与dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170菌株相当的活性。特别地，生物型菌株应对纤维肌痛症模型引发与实例中所示的作用相当的作用，其可通过使用实例中所述的培养和施用方案来鉴别。
[0043]
本发明的尤其优选的菌株为以登录号dsm 14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌菌株。此为实例中测试的例示性菌株且其显示有效治疗疾病。因此，本发明提供以登录号dsm 14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌菌株或其衍生物的细胞(诸如分离的细胞)，以用于疗法中，尤其用于本文所述的疾病。
[0044]
以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的菌株的衍生物可为子代菌株(后代)或自原始菌株培养(亚克隆)的菌株。本发明的菌株的衍生物可例如在遗传层面上进行修饰，而不消除生物活性。特别地，本发明的衍生菌株具有治疗活性。衍生菌株将具有与原始dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486、ncimb 43170菌株相当的微生物区系调节活性。特别地，衍生菌株将对异常性疼痛和/或痛觉过敏模型引发与实例中所示的作用相当的作用，其可通过使用实例中所述的培养和施用方案来鉴别。dsm 14294菌株的衍生物通常应属于dsm 14294菌株的生物型。ncimb 42381菌株的衍生物通常应属于ncimb 42381菌株的生物型。ncimb 42486菌株的衍生物通常应属于ncimb 42486菌株的生
物型。ncimb 43170菌株的衍生物通常应属于ncimb 43170菌株的生物型。
[0045]
细菌菌株还可为具有与以登录号dsm 14294、ncimb 42381、ncimb 42486或ncimb 43170保藏的菌株相同的安全性和治疗功效特征的菌株，且此类细胞由本发明涵盖。
[0046]
在优选的实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株为活菌且能够部分或完全定植于肠。
[0047]
治疗用途
[0048]
在优选的实施方案中，本发明的组合物用于治疗感觉的超敏反应。它们可用于治疗异常性疼痛和/或痛觉过敏。优选地，本发明的组合物用于治疗异常性疼痛，尤其是与纤维肌痛症有关的异常性疼痛，因为如实例中所示，发明人已看到针对它的良好作用。
[0049]
疼痛病理生理学有三种主要类型：伤害性(nociceptive)、神经性(neuropathic)和感觉的超敏反应。感觉的超敏反应描述了一种存在但没有可鉴别的神经或组织损伤的疼痛类型。此类型的疼痛被认为是整个cns中的神经元的引起疼痛阈降低和感觉信号放大的持续功能障碍的结果。它有许多名称，包括集中性、功能障碍性或特发性疼痛、中枢敏感化和中枢敏感性综合征。此类型的疼痛的标志似乎为对多种刺激(包括机械性、热、嗅觉、听觉和视觉提示)普遍超敏。感觉的超敏反应病状包括：纤维肌痛症、肠躁综合征、紧缩型头痛(tension-type headache)、间质性膀胱炎/骨盘疼痛综合征、颞颚关节病症(tempo-mandibular joint disorder)、慢性疲劳综合征、不宁腿综合征和颈部和背部疼痛而无结构病理[23]。
[0050]
患有神经病变性疼痛和感觉的超敏反应的患者可使用根据参考文献[24]的慢性疼痛问题进行区分，且感觉的超敏反应的严重程度可使用参考文献[25]中所述的感觉的超敏反应量表来评定。
[0051]
异常性疼痛(由非疼痛刺激所致的疼痛)和痛觉过敏(对疼痛的敏感性增加)通常与感觉的超敏反应有关，术语感觉的超敏反应用于描述不存在可鉴别的对神经或其他组织的损伤的疼痛。异常性疼痛和痛觉过敏被假设为持续的神经元失调或功能障碍的结果。这些常与多种病状相关，包括神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛。本发明的组合物可用于治疗被诊断为患有这些病状中的一种或多种的受试者。
[0052]
在一个优选的实施方案中，本发明的组合物用于治疗被诊断为患有纤维肌痛症的受试者，特别地用于治疗被诊断为患有与纤维肌痛症有关的异常性疼痛的受试者。这些实施方案是优选的，因为发明人已看到用本发明的组合物在纤维肌痛症的大鼠模型中的良好作用。实例证明了本发明的组合物对若干在纤维肌痛症的大鼠模型中有助于促进更积极结果的因素具有有益作用的能力。这些包括体重增加、躯体感觉测试的表现改善和机械性异常性疼痛减轻。
[0053]
纤维肌痛症通常被认为是感觉的超敏反应的结果，术语感觉的超敏反应用于描述不存在可鉴别的对神经或其他组织的损伤的疼痛。此类型的疼痛被假设为持续的神经元失调或功能障碍的结果。由于感觉的超敏反应，患者经历异常性疼痛和痛觉过敏。纤维肌痛症的特征通常在于慢性疼痛和疲劳以及关节和肌肉组织的敏感/压痛，且许多患有纤维肌痛症的人还报告对光敏感、头痛和偏头痛发作为病状的症状或并发症。
[0054]
与感觉的超敏反应形成对比，内脏超敏反应为用于描述经历体内器官内的水平强于正常的疼痛的术语。此类型的疼与由创伤或发炎所致的躯体或内脏组织的损伤有关且被
称为伤害性疼痛。伤害性疼痛起源于神经系统外部，且据信传递疼痛冲动的神经细胞功能正常。有趣的是，内脏超敏反应为肠躁综合征(ibs)的标志性特征。尽管有时在纤维肌痛症患者中发现ibs，但例如在参考文献[26]中已显示，纤维肌痛症患者通常不患有内脏超敏反应。换句话说，纤维肌痛症和内脏超敏反应为原因和病理生理不同的不同病状的分立组分。
[0055]
如实例中所证明，本发明的细菌组合物可有效减轻异常性疼痛和/或痛觉过敏，特别是在被诊断为患有纤维肌痛症的患者中实现。在实施方案中，患者未患有内脏超敏反应。在这一点上，“患有”意指患者在治疗时被正式诊断或患者尚未接受正式诊断但经历疾病的症状。
[0056]
在优选的实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防被诊断为患有神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛的受试者中的异常性疼痛和/或痛觉过敏。在优选的实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防被诊断为患有纤维肌痛症的受试者中的异常性疼痛和/或痛觉过敏。
[0057]
异常性疼痛和/或痛觉过敏的治疗或预防可指代例如症状严重程度减轻或者恶化频率或作为患者的问题的触发范围减小。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物用于治疗或预防严重异常性疼痛和/或痛觉过敏。在一些实施方案中，患有异常性疼痛和/或痛觉过敏的受试者为被诊断为患有神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛的受试者。在一些实施方案中，患有严重内脏超敏反应的受试者为被诊断为患有纤维肌痛症的受试者。
[0058]
在一些实施方案中，感觉的超敏反应(例如，异常性疼痛和/或痛觉过敏)不由自身免疫性疾病导致。此外，在一些实施方案中，患有感觉的超敏反应(例如，严重异常性疼痛和/或痛觉过敏)的受试者为被诊断为患有神经病变的受试者，其中神经病变不由自身免疫性疾病导致。
[0059]
施用模式
[0060]
优选地，本发明的组合物被配制成向胃肠道施用以使得能够用本发明的细菌菌株递送至肠和/或部分或完全定植于肠。在一些实施方案中，术语“完全定植于肠”意指细菌已定植肠的所有部分(即，小肠、大肠和直肠)。在本发明的进一步实施方案中，术语“完全定植”或“部分定植”分别意指细菌永久或暂时保留在肠中。通常，本发明的组合物是口服施用的，但它们还可经直肠、鼻内或经由颊或舌下途径施用。
[0061]
在某些实施方案中，本发明的组合物可作为泡沫剂、作为喷雾剂或凝胶剂来施用。
[0062]
在某些实施方案中，本发明的组合物可呈栓剂(诸如直肠栓剂，例如呈可可油(可可脂)、合成硬脂肪(例如，suppocire、witepsol)、甘油-明胶、聚乙二醇或皂甘油组合物的形式)来施用。
[0063]
在某些实施方案中，本发明的组合物经由管诸如鼻胃管、口胃管、胃管、空肠造口管(jejunostomy tube；j管)、经皮内视镜胃造口术(peg)或口(诸如提供进入胃、空肠的胸壁口及其他合适进入口)来向胃肠道施用。
[0064]
本发明的组合物可施用一次，或它们可作为治疗方案的一部分来依序施用。在某些实施方案中，将每天(一次或若干次)施用本发明的组合物。
[0065]
在某些实施方案中，定期(诸如每天、每两天或每周)施用本发明的组合物持续一段延长的时间(诸如至少一周、两周、一个月、两个月、六个月或一年)。
[0066]
在一些实施方案中，施用本发明的组合物持续7天、14天、16天、21天或28天、或不多于7天、14天、16天、21天或28天。例如，在一些实施方案中，施用本发明的组合物持续16天。
[0067]
在本发明的某些实施方案中，根据本发明的治疗伴随着对患者肠微生物区系的评定。若未实现本发明的菌株的递送和/或用本发明的菌株进行的部分或完全定植以致于未观察到功效，则重复治疗，或者若递送和/或部分或完全定植成功且观察到功效，则可停止治疗。
[0068]
在某些实施方案中，可向怀孕动物(例如哺乳动物，诸如人)施用本发明的组合物以预防在其子宫内的小孩中发展和/或在小孩出生后发展的异常性疼痛和/或痛觉过敏。
[0069]
可向被诊断为患有感觉的超敏反应的患者施用本发明的组合物。还可向被诊断为患有异常性疼痛和/或痛觉过敏或与异常性疼痛和/或痛觉过敏有关的疾病或病状(特别地，纤维肌痛症)的患者或者鉴别为处于异常性疼痛和/或痛觉过敏风险的患者施用它们。还可作为防治性措施来施用组合物，以防止健康患者中发展异常性疼痛和/或痛觉过敏。
[0070]
可向鉴别为具有异常肠微生物区系的患者施用本发明的组合物。例如，患者可具有减少的或不存在布劳特氏菌属且特别地产氢营养型布劳特氏菌、粪便布劳特氏菌、韦克斯勒布劳特氏菌、延长布劳特氏菌或类球布劳特氏菌的定植。
[0071]
本发明的组合物可作为食物产品诸如营养补充剂施用。
[0072]
通常，本发明的组合物用于预防或治疗人，但它们可用于治疗包括单胃哺乳动物(诸如家禽、猪、猫、狗、马或兔)的动物。本发明的组合物可用于增强动物的生长和表现。若向动物施用，则可使用口服管饲法。
[0073]
在一些实施方案中，待施用组合物的受试者为成年人。在一些实施方案中，待施用组合物的受试者为人婴儿。
[0074]
组合物
[0075]
本发明的组合物包含细菌。发明人已鉴别出布劳特氏菌属细菌的令人惊讶的治疗或预防感觉的超敏反应的能力。然而，为了使布劳特氏菌属细菌发挥它们的有益作用，它们需要被有效地活和/或有活力地递送至小肠。因此，通常，本发明的组合物不包含灭活布劳特氏菌属细菌，特别地热灭活布劳特氏菌属细菌。
[0076]
本发明的组合物包含细菌。在本发明的优选的实施方案中，组合物以冷冻干燥形式配制。本发明的组合物可包含有包含本发明的细菌菌株的颗粒或明胶胶囊(例如硬明胶胶囊)。
[0077]
优选地，本发明的组合物包含冻干细菌。细菌的冻干为一种良好确立的程序，且相关指导可在例如参考文献[27-29]中获得。实例证明冻干组合物为特别有效的。
[0078]
另选地，本发明的组合物可包含活的活性细菌培养物。实例证明本发明的细菌培养物为治疗有效的。
[0079]
在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被灭活，例如未被热灭活。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被杀伤，例如未被热杀伤。在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被减毒，例如未被热减毒。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株未被杀伤、灭活和/或减毒。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株为活的。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株为
有活力的。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株能够部分或完全定植于肠。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物中的细菌菌株为有活力的且能够部分或完全定植于肠。
[0080]
本发明的组合物中的细菌菌株优选为有活力的。优选地，其能够部分或完全定植于肠。本发明的组合物中的细菌菌株可为活的且有活力的。本发明的组合物中的细菌菌株可为活的、有活力的且能够部分或完全定植于肠。
[0081]
在一些实施方案中，组合物包含活的细菌菌株与杀伤的细菌菌株的混合物。本发明提供被配制成防止细菌在上消化道中被降解或吸收且不能发挥其作用的组合物。例如，组合物可包含除氧剂和/或益菌生受质，例如维生素c和不易消化的碳水化合物。
[0082]
此外，组合物可以肠溶的方式配制。这样确保细菌在到小肠的路上不被降解。
[0083]
在优选的实施方案中，本发明的组合物被封装以使细菌菌株能够递送至肠。封装保护组合物免受降解直至经由例如用化学或物理刺激(诸如压力、酶活性或物理崩解(其可由ph值变化触发))破裂来在目标位置处递送。可使用任何适当的封装方法。例示性封装技术包括包埋在多孔基质内、附着或吸附在固体载剂表面上、通过絮凝或用交联剂的自聚集和机械容纳在微孔膜或微胶囊后。关于可用于制备本发明的组合物的封装的指导可在例如参考文献[30-31]中获得。
[0084]
组合物可口服施用且可为片剂、胶囊或散剂的形式。封装产品为优选的，因为布劳特氏菌为厌氧菌。
[0085]
本发明的组合物包括治疗有效量的本发明的细菌菌株。治疗有效量的细菌菌株足以对患者发挥有益作用。治疗有效量的细菌菌株可足以造成递送至患者的肠和/或部分或完全定植于患者的肠。
[0086]
例如，对于成年人，合适的细菌日剂量可为约1
×
103至约1
×
10
11
个菌落形成单位(cfu)；例如约1
×
107至约1
×
10
10
cfu；在另一实例中为约1
×
106至约1
×
10
10
cfu；在另一实例中为约1
×
107至约1
×
10
11
cfu；在另一实例中为约1
×
108至约1
×
10
10
cfu；在另一实例中为约1
×
108至约1
×
10
11
cfu。
[0087]
在某些实施方案中，细菌的剂量为每天至少109个细胞，诸如每天至少10
10
个、至少10
11
个或至少10
12
个细胞。
[0088]
组合物的剂量可包含相对于组合物的重量约1
×
106至约1
×
10
11
菌落形成单位(cfu)/g的细菌菌株。剂量可适用于成年人。例如，组合物可包含约1
×
103至约1
×
10
11
cfu/g细菌菌株；例如约1
×
107至约1
×
10
10
cfu/g；在另一实例中，约1
×
106至约1
×
10
10
cfu/g；在另一实例中，约1
×
107至约1
×
10
11
cfu/g；在另一实例中，约1
×
108至约1
×
10
10
cfu/g；在另一实例中，约1
×
108至约1
×
10
11
cfu/g、约1
×
108至约1
×
10
10
cfu/g。剂量可为例如1g、3g、5g和10g。组合物可配制成益生菌。fao/who将益生菌定义为当以适当量施用时对宿主赋予健康益处的活微生物。
[0089]
通常，益生菌(诸如本发明的组合物)任选地与至少一种合适的益菌生化合物组合。在某些实施方案中，相对于组合物的总重量，本发明的益生菌组合物包括约1重量％至约30重量％(例如，5重量％至20重量％)的量的益菌生化合物。已知的益菌生包括商业产品，诸如菊糖和反式半乳寡糖。
[0090]
益菌生化合物通常为不易消化的碳水化合物诸如寡糖或多糖或糖醇，其不在上消
化道中被降解或吸收。碳水化合物可选自由以下组成的组：果寡糖(或fos)、短链果寡糖、菊糖、异麦芽寡糖、果胶、木寡糖(或xos)、壳聚糖寡糖(或cos)、β-葡聚糖、阿拉伯胶、修饰淀粉和抗性淀粉、聚葡萄糖、d-塔格糖、阿拉伯胶纤维、刺槐豆、燕麦和柑橘纤维。在一个方面中，益菌生为短链果寡糖(为简单起见，在下文中示为fos-c.c)；fos-c.c.为不易消化的碳水化合物，一般通过甜菜糖的转化获得且包括三个葡萄糖分子所键结的蔗糖分子。
[0091]
可包括其他益菌生化合物(例如，诸如维生素c)作为除氧剂且以改善活体内递送和/或部分或完全定植和存活。另选地，本发明的益生菌组合物可作为食物或营养产品(诸如基于乳或乳清的发酵乳产品)或作为药物产品口服施用。
[0092]
本发明的组合物可包含药学上可接受的赋形剂或载剂。此类合适的赋形剂的实例可见于参考文献[32]。用于治疗用途的可接受的载剂或稀释剂为制药领域中熟知的且描述于例如参考文献[33]中。合适的载剂的实例包括乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露醇、山梨醇及其类似物。合适的稀释剂的实例包括乙醇、甘油和水。药物载剂、赋形剂或稀释剂的选择可关于预期的施用途径和标准制药实践来选择。药物组合物可包含任何合适的粘合剂、润滑剂、悬浮剂、涂布剂、增溶剂作为载剂、赋形剂或稀释剂，或包含除了任何合适的粘合剂、润滑剂、悬浮剂、涂布剂、增溶剂以外的载剂、赋形剂或稀释剂。合适的粘合剂的实例包括淀粉、明胶、天然糖(诸如葡萄糖、无水乳糖、自由流动乳糖、β-乳糖)、玉米甜味剂、天然和合成胶(诸如阿拉伯胶、黄蓍胶或海藻酸钠)、羧甲基纤维素和聚乙二醇。合适的润滑剂的实例包括油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠及其类似物。可在药物组合物中提供防腐剂、稳定剂、染料和甚至调味剂。防腐剂的实例包括苯甲酸钠、山梨酸、半胱氨酸和对羟基苯甲酸酯，例如，在一些实施方案中，防腐剂选自苯甲酸钠、山梨酸和对羟基苯甲酸酯。还可使用抗氧化剂和悬浮剂。合适的载剂的进一步实例为蔗糖。防腐剂的进一步实例为半胱氨酸。
[0093]
本发明的组合物可配制成食物产品。例如，除了本发明的治疗作用外，食物产品还可诸如在营养补充剂中提供营养益处。类似地，食物产品可被配制成增强本发明的组合物的味道或通过更加类似于普通食物而不是药物组合物来使组合物更具消费吸引力。在某些实施方案中，本发明的组合物被配制成基于乳的产品。术语“基于乳的产品”意指具有不同脂肪含量的任何液体或半固体基于乳或乳清的产品。基于乳的产品可为例如牛乳、山羊乳、绵羊乳、脱脂乳、全乳、无任何处理而由乳粉和乳清重组的乳或加工产品诸如酸奶、凝结乳(curdled milk)、凝乳、酸乳、酸全乳、黄油乳和其他酸乳产品。另一重要组包括乳饮料，诸如乳清饮料、发酵乳、浓缩乳、婴儿或幼儿乳；调味乳、冰淇淋；含乳食物，诸如糖果。
[0094]
在一些实施方案中，本发明的组合物包含布劳特氏菌属的一个或多个细菌菌株且不含有任何其他属细菌或仅包含微小量的或生物不相关量的另一属细菌。
[0095]
在某些实施方案中，本发明的组合物含有单一细菌种且不含有任何其他细菌种。在某些实施方案中，本发明的组合物含有单一细菌菌株且不含有任何其他细菌菌株。例如，本发明的组合物可包含仅属于产氢营养型布劳特氏菌种的细菌。此类组合物可仅包含微小量的或生物学不相关量的其他细菌菌株或种。此类组合物可为大致上不含其他生物种的培养物。在一些实施方案中，此类组合物可为大致上不含其他生物种的冻干物。
[0096]
在一些实施方案中，组合物不包含梭菌属细菌并且/或者不包含延长布劳特氏菌种细菌。
[0097]
在某些实施方案中，本发明的组合物包含布劳特氏菌属的一个或多个细菌菌株或细菌种(例如，产氢营养型布劳特氏菌)且不含有任何其他细菌属或仅包含微小量的或生物不相关量的另一属细菌。
[0098]
在一些实施方案中，本发明的组合物包含多于一个细菌菌株或种。例如，在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一种内的多于一个菌株(例如，多于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40或45个菌株)且任选地不含有任何其他种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一种内的小于50个菌株(例如，小于45、40、35、30、25、20、15、12、10、9、8、7、6、5、4或3个菌株)且任选地不含有来自任何其他种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一种内的1-40、1-30、1-20、1-19、1-18、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25或31-50个菌株且任选地不含有任何其他种的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一属内的多于一个种(例如，多于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、15、17、20、23、25、30、35或40个种)且任选地不含有任何其他属的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一属内的少于50个种(例如，少于50、45、40、35、30、25、20、15、12、10、8、7、6、5、4或3个种)且任选地不含有任何其他属的细菌。在一些实施方案中，本发明的组合物包含同一属内的1-50、1-40、1-30、1-20、1-15、1-10、1-9、1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-50、2-40、2-30、2-20、2-15、2-10、2-5、6-30、6-15、16-25或31-50个种且任选地不含有任何其他属的细菌。本发明包含前述的任何组合。
[0099]
在一些实施方案中，组合物包含微生物聚生体。例如，在一些实施方案中，组合物包含布劳特氏菌细菌菌株作为微生物聚生体的一部分。例如，在一些实施方案中，布劳特氏菌属细菌菌株与一个或多个(例如，至少2、3、4、5、10、15或20个)布劳特氏菌属和/或可与其在活体内共生地生活于肠中的其他属的其他细菌菌株组合存在。例如，在一些实施方案中，组合物包含与不同属的细菌菌株组合的产氢营养型布劳特氏菌的细菌菌株。在另一实例中，组合物包含与布劳特氏菌属的细菌菌株组合的产氢营养型布劳特氏菌细菌菌株，或组合物包含与布劳特氏菌属的细菌菌株和不同属的细菌菌株组合的产氢营养型布劳特氏菌细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体包含两个或更多个获自单一生物(例如人)的粪便样品的细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体未在自然界中一起发现。例如，在一些实施方案中，微生物聚生体包含获自至少两个不同生物的粪便样品的细菌菌株。在一些实施方案中，所述两个不同生物为同一物种，例如两个不同的人。在一些实施方案中，所述两个不同生物为人婴儿和成年人。在一些实施方案中，所述两个不同生物为人和非人哺乳动物。
[0100]
在一些实施方案中，组合物包含作为含有少于5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、30、40、50、60、70、80、90、100或200个细菌种的微生物聚生体的一部分的布劳特氏菌属细菌菌株。细菌种可为布劳特氏菌属和/或可与其在活体内共生地生活于肠中的其他属。本领域的技术人员应认识到，与来源于含有数千个不同细菌种的粪便样品的材料相比，包含200或更少个不同种的细菌群显著较不复杂且更可控。在优选的实施方案中，组合物不为粪便样品，诸如人粪便样品。
[0101]
在优选的实施方案中，组合物可被配制成含有少于10、11、12、13、14、15、16、17、28、19、20、30、40或50个细菌菌株的微生物聚生体的一部分。细菌菌株可为布劳特氏菌属
和/或可与其在活体内共生地生活于肠中的其他属。在一些实施方案中，微生物聚生体含有少于30个细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体含有少于20个细菌菌株。在一些实施方案中，微生物聚生体含有少于10个细菌菌株。在一些实施方案中，本发明的组合物另外包含与以登录号dsm 14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌菌株具有相同安全性和治疗功效特征但不为以登录号dsm 14294保藏的产氢营养型布劳特氏菌菌株、或不为产氢营养型布劳特氏菌、或不为布劳特氏菌的细菌菌株。
[0102]
在本发明的组合物包含多于一个细菌菌株、种或属的一些实施方案中，个别细菌菌株、种或属可用于单独、同时或依序施用。例如，组合物可包含多于一个细菌菌株、种或属的全部，或细菌菌株、种或属可单独储存且可单独、同时或依序施用。在一些实施方案中，所述多于一个细菌菌株、种或属被单独储存但在使用前混合在一起。
[0103]
在一些实施方案中，用于本发明的细菌菌株获自成年人粪便。在本发明的组合物包含多于一个细菌菌株的一些实施方案中，所有细菌菌株都获自成年人粪便，或若存在其他细菌菌株，则它们仅以微小量存在。细菌可在自成年人粪便获得之后被培养且在本发明的组合物中使用。
[0104]
在一些实施方案中，一个或多个布劳特氏菌细菌菌株为本发明的组合物中的唯一的治疗活性剂。在一些实施方案中，组合物中的细菌菌株为本发明的组合物中的唯一的治疗活性剂。
[0105]
根据本发明的所使用的组合物可需要或不需要销售批准。
[0106]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是喷雾干燥的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干或喷雾干燥的，且其中它为活的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干或喷雾干燥的，且其中它为有活力的。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株为冻干或喷雾干燥的，且其中它能够部分或完全定植于肠。在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株为冻干或喷雾干燥的，且其中它为有活力的且能够部分或完全定植于肠。
[0107]
在一些情况下，冻干或喷雾干燥的细菌菌株在施用前被复原。在一些情况下，复原是通过使用本文所述的稀释剂来进行的。
[0108]
本发明的组合物可包含药学上可接受的赋形剂、稀释剂或载剂。
[0109]
在某些实施方案中，本发明提供一种药物组合物，其包含：如先前所讨论的细菌菌株、载剂或稀释剂；其中细菌菌株的量足以当向有需要的受试者施用时治疗病症；且其中病症为感觉的超敏反应，诸如与神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛有关的感觉的超敏反应。优选地，病症为纤维肌痛症。病症可为异常性疼痛和/或痛觉过敏，诸如与神经病变、复杂性局部疼痛综合征、疱疹后神经痛、纤维肌痛症或偏头痛有关的异常性疼痛和/或痛觉过敏。优选地，病症为纤维肌痛症。
[0110]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中相对于组合物的重量，细菌菌株的量为每克约1
×
103至约1
×
10
11
菌落形成单位。
[0111]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中组合物以1g、3g、5g或10g的剂量施用。
[0112]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中组合物通过选自由以下所组成的组的方法来施用：口服、经直肠、皮下、经鼻、经颊和舌下。
[0113]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其包含选自由以下组成的组的载剂：乳糖、淀粉、葡萄糖、甲基纤维素、硬脂酸镁、甘露醇和山梨醇。
[0114]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其包含选自由以下组成的组的稀释剂：乙醇、甘油和水。
[0115]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其包含选自由以下组成的组的赋形剂：淀粉、明胶、葡萄糖、无水乳糖、自由流动乳糖、β-乳糖、玉米甜味剂、阿拉伯胶、黄蓍胶、海藻酸钠、羧甲基纤维素、聚乙二醇、油酸钠、硬脂酸钠、硬脂酸镁、苯甲酸钠、乙酸钠和氯化钠。
[0116]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其还包含防腐剂、抗氧化剂和稳定剂中的至少一种。
[0117]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其包含选自由以下组成的组的防腐剂：苯甲酸钠、山梨酸和对羟基苯甲酸酯。
[0118]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中细菌菌株是冻干的。
[0119]
在某些实施方案中，本发明提供以上药物组合物，其中当组合物在约4℃或约25℃下储存在密封容器中且将容器放置于具有50％相对湿度的气氛中时，如以菌落形成单位为单位所测量的，在至少约1个月、3个月、6个月、1年、1.5年、2年、2.5年或3年的时期后剩余至少80％细菌菌株。
[0120]
在一些实施方案中，本发明的组合物在包含如本文所述的组合物的密封容器中提供。在一些实施方案中，密封容器为小袋或瓶子。在一些实施方案中，本发明的组合物在包含如本文所述的组合物的注射器中提供。
[0121]
在一些实施方案中，本发明的组合物可作为药物制剂提供。例如，组合物可作为片剂或胶囊提供。在一些实施方案中，胶囊为明胶胶囊(“凝胶帽”)。胶囊可为硬或软胶囊。在一些实施方案中，制剂为软胶囊。软胶囊为可由于添加软化剂(诸如例如胶囊壳中存在的甘油、山梨醇、麦芽糖醇和聚乙二醇)而具有一定弹性和柔软度的胶囊。软胶囊可例如基于明胶或淀粉来生产。基于明胶的软胶囊可从不同供应商购得。根据施用方法(诸如，例如口服或经直肠)，软胶囊可具有各种形状，它们可为例如圆形、椭圆形、长方形或鱼雷形。软胶囊可通过常规工艺，诸如例如通过scherer工艺、accogel工艺或微滴或吹制工艺来生产。
[0122]
在一些实施方案中，本发明的组合物是口服施用的。口服施用可涉及吞咽，使得化合物进入胃肠道。
[0123]
适用于口服施用的药物制剂包括固体栓、固体微粒、半固体和液体(包括多相或分散系统)，诸如片剂；含有多微粒或纳米微粒的软胶囊或硬胶囊、液体(例如水溶液)、乳剂或散剂；口含锭(包括液体填充的)；咀嚼剂；凝胶；快速分散剂型；膜剂；卵形体；喷雾剂；和颊/粘膜粘附贴剂。
[0124]
在一些实施方案中，药物制剂为肠溶制剂，即适用于通过口服施用来将本发明的组合物递送至肠的胃耐受性制剂(例如，耐受胃ph)。当组合物的细菌或另一组分为酸敏感性的(例如，在胃条件下易于降解)时，肠溶制剂可为特别有用的。
[0125]
在一些实施方案中，肠溶制剂包含肠溶包衣。在一些实施方案中，制剂为肠溶包衣
的剂型。例如，制剂可为肠溶包衣的片剂或肠溶包衣的胶囊或其类似物。肠溶包衣可为常规肠溶包衣，例如针对用于口服递送的片剂、胶囊或其类似物的常规包衣。制剂可包含膜包衣，例如肠溶聚合物(例如酸不溶性聚合物)的薄膜层。
[0126]
在一些实施方案中，肠溶制剂为固有肠溶的，例如胃耐受性的而无需肠溶包衣。因此，在一些实施方案中，制剂为不包含肠溶包衣的肠溶制剂。在一些实施方案中，制剂为由热胶凝材料制成的胶囊。在一些实施方案中，热胶凝材料为纤维质材料，诸如甲基纤维素、羟甲基纤维素或羟丙基甲基纤维素(hpmc)。在一些实施方案中，胶囊包含不含有任何成膜聚合物的壳。在一些实施方案中，胶囊包含壳，且壳包含羟丙基甲基纤维素且不包含任何成膜聚合物(例如，参见[34])。在一些实施方案中，制剂为固有肠溶胶囊(例如，来自capsugel的)。
[0127]
培养方法
[0128]
用于本发明的细菌菌株可使用如在例如参考文献[35-37]中所详述的标准微生物学技术来培养。
[0129]
用于培养的固体或液体培养基可为例如ycfa琼脂或ycfa培养基。ycfa培养基可包含(每100ml，近似值)：酪胨(1.0g)、酵母提取物(0.25g)、nahco3(0.4g)、半胱氨酸(0.1g)、k2hpo4(0.045g)、kh2po4(0.045g)、nacl(0.09g)、(nh4)2so4(0.09g)、mgso4·
7h2o(0.009g)、cacl2(0.009g)、刃天青(0.1mg)、氯高铁血红素(1mg)、生物素(1μg)、钴胺素(1μg)、对氨基苯甲酸(3μg)、叶酸(5μg)和吡哆胺(15μg)。
[0130]
总则
[0131]
除非另外指示，否则本发明的实践将采用此技术的技能范围内的化学、生物化学、分子生物学、免疫学和药理学的常规方法。此类技术在文献中有充分说明。参见例如参考文献[38-45]等。
[0132]
术语“包含”涵盖“包括”以及“由
…
组成”，例如“包含”x的组合物可仅由x组成或可包括另外一些，例如x y。
[0133]
关于数值x的术语“约”为任选的且意指例如x
±
10％。
[0134]
词“大致上”不排除“完全”，例如“大致上不含”y的组合物可完全不含y。必要时，词“大致上”可从本发明的定义中省略。
[0135]
对两个核苷酸序列之间的序列同一性百分比的提及意指当比对时，核苷酸百分比在比较两个序列方面为相同的。此比对和同源性或序列同一性百分比可使用本领域中已知的软件程序，例如参考文献[46]的7.7.18节所述的彼等软件程序来确定。优选的比对是通过smith-waterman同源性搜索算法，使用空隙开放罚分为5或12(最优选的是12)且空隙延伸罚分为2、blosum矩阵为62的仿射空隙搜索来确定。smith-waterman同源性搜索算法公开于参考文献[47]中。
[0136]
除非特别说明，否则包含许多步骤的过程或方法可包含方法开始或结束时的另外步骤，或可包括另外的介入步骤。而且，适当时，步骤可被组合、省略或以替代性顺序执行。
[0137]
本文中描述本发明的各种实施方案。应当理解，每个实施方案中指定的特征可与其他指定特征组合，以提供进一步实施方案。特别地，本文中强调为合适、典型或优选的实施方案可彼此组合(除了当它们互相排斥时)。
[0138]
本说明书中所引证的全部专利和参考文献都以全文引用的方式并入本文。
[0139]
对包括向患者施用剂的治疗方法的任何提及还涵盖了在治疗方法中所用的剂、以及剂在治疗方法中的用途和剂在制造药剂中的用途。
[0140]
提供以下实施例仅为了说明，而不是旨在以任何方式限制本发明的范围。
[0141]
进行本发明的方式
[0142]
实施例1-纤维肌痛症的酸-盐水大鼠模型中两种测试化合物的评估
[0143]
概述
[0144]
使用纤维肌痛症的酸-盐水大鼠模型，动物接受包含布劳特氏菌属的组合物或若干对照物之一。发现本发明的组合物尤其减轻此大鼠模型中的机械性异常性疼痛，指示纤维肌痛症的减轻。
[0145]
动物模型
[0146]
实验使用了使用雄性史-道二氏sd大鼠的纤维肌痛症的酸-盐水大鼠模型(n＝12/组)。在此模型中，通过重复注射间隔5天的酸盐水(ph4.0)诱导非发炎性疼痛。为此，用异氟烷(isoflurane)(2-4％)将大鼠麻醉，之后将100μl ph 4.0盐水注射至左腓肚肌中。五天之后，重复这个过程；在第2次注射的数小时内出现痛觉过敏。对所有治疗组进行模型诱导，除了正常对照大鼠，它们经历虚假注射程序(ph 7.2盐水)且接受等体积以针对测试物品所用相同方式(即，每天口服管饲)递送的媒介物(即，磷酸盐缓冲盐水；pbs)。
[0147]
研究设计
[0148]
使动物适应设施和实验者操作最少7天，在此期间，大鼠接受蔗糖水的初始暴露以防止后来的恐新(neophobic)影响并允许基线水消耗量的评定。此时，将大鼠如下基于体重来随机分配至治疗组：
[0149]
在适应的最后一天，获得血液和粪便样品。
[0150]
在适应期之后，根据所分配的组开始每天口服管饲施用适当的测试物品或媒介物(参见上表)。在研究的其余部分中，继续每天施用。
[0151]
在第二治疗周的期间，进行机械性痛觉过敏的评估(即，von frey单丝评估)以提供基线量度。在这周期间，还测量诱导前蔗糖消耗量，以准备稍后的快感缺乏测试。在整整两周治疗结束时获得血液和粪便样品。
[0152]
在第三治疗周时开始模型诱导。模型诱导后的第一周，每天进行笼侧(cage side)疼痛评定2次，然后在研究的其余部分每天进行评定1次。在诱导后24和72小时评估机械性
痛觉过敏，且在1和2周再次评估，同时每周进行躯体感觉后爪放置、功能性动作评定和快感缺乏测试。在行为测试结束时，在当天获得最后一组血液和粪便样品，之后进行安乐死。
[0153]
在安乐死当天，收获组织并准备用于后续分析。
[0154]
菌株
[0155]
产氢营养型布劳特氏菌(bh)菌株dsm 14294。
[0156]
体重
[0157]
在到达设施之后24小时将大鼠称重，且之后每周最少称重1次。图1显示在研究开始时各组之间的体重没有差异(正常对照：206.80
±
9.10g；疾病对照：206.70
±
6.54g；产氢营养型布劳特氏菌：204.50
±
10.33g；lyobuffer：206.80
±
9.31g)。尽管大多数大鼠在诱导后24小时体重有一些减轻，但每组之间这种减轻没有差异且所有大鼠在之后数周内体重继续增加。直到实验结束，观察到以下趋势，与疾病对照动物和lyobuffer治疗动物相比，产氢营养型布劳特氏菌治疗动物和正常对照动物体重增加较多。
[0158]
疼痛
[0159]
在诱导后第一周内一天2次分配疼痛分数，然后在研究期间每天1次进行分配。使用4点大鼠鬼脸量表进行笼侧评分[48]。评估包括是否存在眼眶紧缩和鼻/颊变平以及耳朵与胡须的定位。
[0160]
感觉运动功能
[0161]
触觉后爪放置允许回应于触觉和本体感觉刺激的感觉运动统合的评估。在模型诱导之后每周一次进行评分，总计2次。为了进行测试，将大鼠握在实验者手中，四肢自由悬挂，且身体保持与桌子边缘成45
°
角。将动物向上带到桌子表面，直到后爪背侧部分触碰桌子。正常反应为立即将爪子放在桌子上。将当天的分数以5次试验的平均值进行记录。
[0162]
图2显示，令人惊讶地，产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠显示在第2周表现改善，任一其他组中均不存在此现象。在右爪(注射同侧)中，与正常对照组和lyobuffer组(分别为p＝0.048和p＝0.017；t检验)相比，此改善达到统计学显著，且趋于与疾病对照(p＝0.119；t检验)的差异。
[0163]
同样，有趣的是，在每组内的同侧相对于对侧爪放置之间发现差异。此评估指示，正常对照组大鼠在注射同侧放置的效率较低，此差异直到第2周趋于统计学显著(p＝0.054；成对t检验)。在lyobuffer组中还注意到与对侧相比，同侧爪的放置减少，此差异在第1周和第2周(各自p＝0.020；成对t检验)中均具有统计学显著性。然而，对于疾病对照大鼠或产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠均没有看到组内放置差异，但重要的是注意到疾病对照大鼠看起来在两个时间点同侧和对侧放置具有同等难度，而产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠在第2周内显示两爪的表现改善(非统计学显著的)。
[0164]
功能性动作
[0165]
使用21点basso,beatties,bresnahan(bbb)运动评级量表[49]的修改版本，在开放的活动场所对后肢功能进行评分，在模型诱导之后每周评定一次，总计2次。评估包括爪放置、稳定性、趾定位、跛行和重量支撑(活动和固定)。
[0166]
快感缺乏(蔗糖偏好)
[0167]
在模型诱导和测试物品施用之前，使大鼠适应蔗糖甜水，且在24小时时间段内建立水消耗量的基线水平。在此初始暴露之后，在模型诱导前一周进行蔗糖偏好测试，然后在
诱导模型之后每周进行一次。为了测试，用两个预先称重的瓶子置换正常水瓶，一个含有正常水，且一个具有1％蔗糖溶液。24小时后，再次称重瓶子，并记录每个瓶子的消耗量。在24小时呈现时间段内奖励对待(蔗糖水)的消耗量减少被视为指示抑郁行为(快感缺乏)。注意到两组之间的蔗糖消耗量没有差异。
[0168]
机械性异常性疼痛-vonfrey单丝测试
[0169]
使用von frey单丝进行机械性异常性疼痛的测试，且经由dixon上下法评分以提供50％爪退缩阈。在模型诱导之前，注意到分配组之间没有统计学显著的差异。
[0170]
在基线(即，模型诱导之前)、诱导后24小时且再次在72小时、1周和2周进行测试，总计5次。测试设备由带有金属丝网(5平方毫米开口)底部的小室组成。升高设备以允许容易地将单丝施加于各大鼠爪的足底表面。在每天测试轮次之前，使动物适应测试设备30分钟。大鼠的单丝测试范围为3.61-5.18(0.41-15.1g弯曲力)。测试开始于垂直于同侧后爪的足底区域施加4.56(中程)单丝纤维2秒且压力足以确保单丝纤维弯曲。在单丝施加期间和之后的2秒内观察大鼠。阳性反应为后爪快速退缩且可包括挥动爪或添爪。若反应不明确，则在延迟30秒之后再施加相同单丝。若反应为阳性，则评定下一个最轻的单丝，而阴性反应之后施加下一个较重的单丝。施加之间的时间未10秒(除了上文所概述的不明确反应之外)。获得六个读数以供分析。数据分析系经由“上下”法[50]进行。与正常对照的统计学显著的差异由星号指示。
[0171]
图3显示von frey单丝评定的结果。与对照组相比，施用包含产氢营养型布劳特氏菌的组合物导致机械性异常性疼痛的明显减轻。
[0172]
肌肉痛觉过敏
[0173]
在诱导后两周，使用数位压迫计(digital compression gauge)定量腓肚肌的机械伤害性阈，将数位压迫计施加于同侧腓肚肌直至出现肢体退缩。进行三次连续试验并取平均值。将退缩时所施加的压迫力记录为压迫退缩阈。
[0174]
如图4中所描绘，在此时间点对于此测试而言没有主要作用。总体而言，在测试期间，大鼠反应低于预期，退缩的压迫分数比先导研究期间高平均200至400g。应当注意，尽管在此测试中没有组间差异，但是产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠表现与阳性对照动物等同。
[0175]
终止时的血液收集
[0176]
除了上文所述的生前抽血之外，在安乐死时进行最终的心脏血收集，此时大鼠处于麻醉状态。血浆样品的制备与上文所述的相同(即，edta和锂盐-肝素血浆)，将样品在-80℃下保存。
[0177]
终止时的背根神经节的收集
[0178]
在研究的活体内部分结束时，用异氟烷将大鼠深度麻醉，收集肠样品，且解剖出背根神经节(drg)。收获组织之后，经由断头术将动物安乐死。
[0179]
解剖出drg，浸没固定于10％中性缓冲的福尔马林(nbf)中，在30％重量/体积蔗糖溶液中冷冻保护，冷冻并包埋于oct培养基中且在-80℃下储存。使用低温恒温器(-21℃)切割出每个drg/动物三个10μm厚切片，且使用已验证的标志物对各治疗组中的8只大鼠的drg切片进行针对tnf-α和gfap的免疫组织化学ihc分析。
[0180]
终止时的肠组织收集
[0181]
在最终施用测试物品之后大约24小时，用异氟烷将大鼠深度麻醉，且尽可能快地收获以下器官：
[0182]
·
在盲肠上游0.5cm处切除回肠，纵向切开，淋洗(用盐水溶液冲洗)且小心除去脂肪和内容物。收集三个各自1.0cm的相等小块：
[0183]-将近端样品放置于rnalater
tm
中。
[0184]-将中间样品在液氮中急速冷冻。
[0185]-将远端样品沉浸固定于4％多聚甲醛(pfa)中，于分级蔗糖溶液(15-30％)中冷冻保护并包埋于oct中且冷冻。
[0186]
·
将盲肠与其内容物整个切除并于液氮中急速冷冻。
[0187]
·
在盲肠上游0.5cm处切除结肠，纵向切开，淋洗(用盐水溶液冲洗)且小心除去脂肪和内容物。收集升结肠的三个各自1.0cm的相等小块：
[0188]-将近端样品放置于rna later
tm
中。
[0189]-将中间样品在液氮中急速冷冻。
[0190]-将远端样品沉浸固定于4％多聚甲醛(pfa)中，于分级蔗糖溶液(15-30％)中冷冻保护，包埋于oct中且冷冻。
[0191]
·
收集整个横结肠，纵向切开，淋洗(用盐水溶液冲洗)以除去内容物且于液氮中急速冷冻。
[0192]
·
收集整个降结肠，纵向切开，淋洗(用盐水溶液冲洗)以除去内容物且于液氮中急速冷冻。
[0193]
额外量度
[0194]
在此研究期间评估了两个与动物福利有关的额外量度。在诱导后第一周内每天使用4点鬼脸量表对疼痛进行笼侧评分2次，然后在研究期间每天评分1次，同时经由修改的运动评级量表评定功能性动作，在模型诱导之后每周进行评定一次，总计2次。这些量度均未注意到缺陷，所有动物在任一时间点均未表现出未引发的疼痛或窘迫的明显体征。表2提供这些数据。
[0195]
表2：动物福利/模型参数的量度
[0196][0197]
结论
[0198]
此研究的结果支持以下结论，口服施用产氢营养型布劳特氏菌对若干有助于促进纤维肌痛症的酸-盐水模型中的更积极结果的因素具有有益作用。lyobuffer治疗未提供任何保护，始终导致表现不如疾病对照水平。重要的是注意到，尽管与疾病对照相比，产氢营养型布劳特氏菌治疗动物中所见的差异未实现统计学显著，但这不排除它们的生物学意义，尤其是因为此模型本来就是固有可变的。
[0199]
若干结果支持此研究的结论。首先，正常对照大鼠和产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠显示与疾病对照组和lyobuffer组相比在模型诱导之后增加的体重增加的趋势。
[0200]
在行为测试中，产氢营养型布劳特氏菌治疗大鼠表现出处于或好于正常对照水
平，这些组中的任一个均未表现出与阳性对照的统计学显著的差异。此外，躯体感觉测试指示，产氢营养型布劳特氏菌治疗似乎在诱导后第2周表现改善，任一其他组中均未说明实现。
[0201]
正常对照组与疾病对照组之间缺少统计差异，而基于较早先导工作预料不到，可能归因于此整个项目所需的操作增加。在模型诱导之前经由口服管饲每天施用实验化合物并持续贯穿研究的剩余数周以及重复抽血均需要规律地操作和约束动物，常常每天多次。此外，行为测试计划需要上文重复操作，这在更短、更简化的先导研究中进行。人文献中的报导指示，锻炼可有益于调节纤维肌痛症的症状[51]。在大鼠中，锻炼也显示减轻疼痛反应[52]。在当前项目中，当将疾病对照动物与阳性对照动物相比较时，常观察到可测量的变化。鉴于这些结果，有可能模型只是缺少用于检测更细微变化的诱导后第2周中所需的稳健性。
[0202]
序列
[0203]
seq id no:1(粪便布劳特氏菌菌株gam6-1 16s核糖体rna基因，部分序列-hm626177)
[0204][0205]
seq id no:2(韦克斯勒布劳特氏菌菌株wal 14507 16s核糖体rna基因，部分序列-ef036467)
[0206][0207]
seq id no:3(粪便布劳特氏菌菌株830的共有16s rrna序列)
[0208][0209]
seq id no:4(韦克斯勒布劳特氏菌菌株ncimb 42486的共有16s rrna序列)
[0210][0211]
seq id no:5(产氢营养型布劳特氏菌菌株s5a36 16s核糖体rna基因，部分序列-x95624.1)
[0212][0213][0214]
seq id no:6(延长布劳特氏菌菌株ncimb 43170 16s rrna基因序列-共有)
[0215][0216]
seq id no:7-类球布劳特氏菌菌株16s rrna基因序列-使用geneious组装的重叠群15共有序列2读数
[0217][0218][0219]
seq id no:8-类球布劳特氏菌菌株16s rrna基因序列-使用geneious组装的重叠群共有序列2读数
[0220][0221]
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