一种基于知识图谱的新药临床证据关联分析系统的制作方法

本发明涉及临床证据数据组织与信息检索，具体为一种基于知识图谱的新药临床证据关联分析系统。

背景技术：

1、现有的新药临床证据关联分析通常以关系型数据库为基础，从临床试验注册资料、研究论文、药品说明书和监管审评资料中采集数据，经文本抽取、字段清洗及术语归一后，按照药物、适应证、试验标识、受试人群、干预措施、评价终点、试验结果和不良事件等字段形成结构化记录。系统利用药物名称、疾病分类编码及试验标识完成跨来源记录对齐，通过主外键连接、字段映射规则和检索条件建立药物与临床证据之间的关联，再按照试验阶段、资料来源及结果类型生成证据列表或统计报表。资料内容发生修订时，数据库通常采用覆盖原字段或追加新记录的方式保存更新内容，并重新执行既定连接规则以刷新关联结果。

2、上述处理方式面对试验方案修订、结果公告更正、论文勘误或证据撤回时，存在证据版本变化与既有证据关联结果之间缺少可计算依赖的问题。以整项试验或整篇文献作为记录粒度，会使局部结论变化无法直接映射到对应的证据片段；覆盖更新会丢失旧版本所处的时间状态，追加更新又可能使相互替代的记录同时参与检索。由于数据库未记录关联路径对具体证据版本的引用关系，系统难以确定版本变化实际影响哪些下游结果，只能重新连接较大范围的数据，或者继续保留由旧证据生成的关联内容，造成关联结果与当前证据状态不一致。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种基于知识图谱的新药临床证据关联分析系统，可以解决上述背景技术中的问题。

2、为实现上述目的，本发明采取的技术方案为：

3、一种基于知识图谱的新药临床证据关联分析系统，包括图谱处理器和与所述图谱处理器连接的证据存储器，所述证据存储器存储临床证据知识图谱；

4、所述图谱处理器将多来源临床证据转换为证据断言节点，将每一证据断言节点关联临床实体节点及来源位置，并连接记录临床事件时间和系统生效时间的版本节点，依据来源修订依赖及结论依赖在证据断言节点之间建立依赖关系边；

5、所述图谱处理器比较来源的前后版本以生成版本差异事件，将所述版本差异事件映射至对应的证据断言节点，沿所述依赖关系边确定受影响的证据关联路径，对所述证据关联路径进行局部重建并保存更新前的历史快照。

6、优选的，所述图谱处理器按照文档段落边界及表格数据边界切分多来源临床证据，将切分所得的证据片段转换为由主客体对和限定主客体对语义的断言关系构成的证据断言节点；

7、所述临床实体节点包括药物实体节点及临床研究实体节点，所述主客体对引用所述临床实体节点，所述证据断言节点绑定由来源标识与原文位置标识组成的来源锚点，并通过试验标识关联同一临床试验的不同来源证据。

8、优选的，所述版本节点包括临床事件时间节点和系统生效时间节点，所述图谱处理器按照临床资料记载的事件先后连接所述临床事件时间节点以形成第一有向版本链，并按照所述证据断言节点在所述临床证据知识图谱中的生效及失效顺序连接系统生效时间节点以形成第二有向版本链；

9、每一证据断言节点分别连接所述第一有向版本链中的事件位置和所述第二有向版本链中的有效区间。

10、优选的，所述图谱处理器依照来源位置及断言语义标识对齐来源的前后版本，将未对齐的证据内容和已对齐证据内容的语义变化写入版本差异事件；

11、以所述版本差异事件对应的证据断言节点作为种子节点，沿指向下游证据关联路径的依赖关系边进行连续有向遍历，直至到达未引用变化版本的路径节点或不存在下游依赖关系边的路径节点，形成受影响子图，并将所述受影响子图确定为局部重建范围。

12、优选的，所述图谱处理器基于试验标识形成候选断言集合，按照所述主客体对的标准实体引用及断言关系的语义标识对候选断言进行配对；

13、对于配对一致的证据断言节点，保留各自的来源锚点并在所述证据断言节点之间建立共指关系边；

14、对于配对后存在语义差异的证据断言节点，按照各自连接的版本节点形成相互独立的断言分支。

15、优选的，所述第二有向版本链中的每一系统生效时间节点连接对应证据断言节点的有效起点或有效终点，所述图谱处理器接收包含临床事件查询时点和系统生效查询时点的检索请求，先依据所述第一有向版本链筛选不晚于临床事件查询时点的证据断言节点，再依据所述第二有向版本链保留有效区间覆盖系统生效查询时点的证据断言节点，并由保留的证据断言节点生成查询子图。

16、优选的，所述依赖关系边关联上游证据断言节点的版本标识与下游证据关联路径的路径标识；

17、所述图谱处理器从所述版本差异事件读取变化版本标识，为每一证据关联路径生成由依赖版本标识构成的依赖签名，将所述依赖签名包含所述变化版本标识的路径节点写入传播队列，按照所述传播队列继续遍历所述下游依赖关系边，并在所述依赖签名不包含所述变化版本标识时终止对应遍历分支，同时记录已访问的路径标识。

18、优选的，所述图谱处理器在所述受影响子图与未受影响子图的连接处保留接口节点，将局部重建生成的证据断言节点及依赖关系边写入与当前图谱分离的候选图谱分支；

19、对所述候选图谱分支与所述接口节点执行引用完整性校验，并在校验通过后将查询索引由当前图谱分支切换至所述候选图谱分支，将切换前的当前图谱分支连接至历史快照。

20、优选的，所述图谱处理器对所述共指关系边连接的证据断言节点执行客体语义一致性校验，在具有相同主客体标准实体引用的证据断言节点之间存在互斥断言关系时，建立与对应证据断言节点连接的冲突节点；

21、所述冲突节点分别关联对应证据断言节点的来源锚点和版本节点，并通过所述依赖关系边连接引用所述证据断言节点的证据关联路径。

22、优选的，所述图谱处理器读取所述候选图谱分支内每条重建证据关联路径的依赖关系边，校验连接的证据断言节点是否具有来源锚点，并依据所述临床事件时间和系统生效时间校验对应版本节点处于选定查询时点的有效区间；

23、在校验结果一致时生成包含当前查询索引标识和候选查询索引标识的切换记录，依据所述切换记录更新活动索引指针，并将切换前的活动索引指针写入所述历史快照的入口节点。

24、与现有技术相比，本发明的有益效果在于：

25、1.通过将多来源临床资料转换为绑定来源位置的证据断言节点，并为证据断言节点连接同时记录临床事件时间和系统生效时间的版本节点，证据内容的局部变化能够被限定到对应断言及其版本。来源前后版本比较形成版本差异事件后，版本差异事件被映射至发生变化的证据断言节点，再沿来源修订依赖和结论依赖形成的关系边遍历下游证据关联路径，由此确定受影响子图并仅重建所述受影响子图。该数据处理链将全量关系重连转化为以变化断言为起点的局部图谱更新，减少无关图节点的重复遍历以及未变化索引记录的重复写入，并使重建后的关联结果与当前生效证据保持一致。

26、2.双时间轴版本链分别保存临床事件发生顺序和证据在系统中的生效区间，结合历史快照能够按照指定事件时点及系统时点恢复对应的证据查询子图，避免不同时间状态的断言被混合调用。共指关系边保留同一试验不同来源证据的独立来源锚点，互斥断言通过冲突节点关联各自版本，使来源差异及版本替代关系能够沿图谱路径追溯。局部重建内容先写入与当前图谱分离的候选图谱分支，经来源锚点、版本区间及依赖关系的完整性校验后再切换活动索引，并将原索引写入历史快照入口，避免未完成的图谱分支进入检索过程，保持更新期间查询结果的结构完整性。