一种基于U型网络对医疗图像进行语义分割的方法

一种基于u型网络对医疗图像进行语义分割的方法
技术领域
1.本发明属于目标检测识别技术领域，特别涉及一种基于u型网络对医疗图像进行语义分割的方法。


背景技术：

2.医疗图像的语义分割识别是其图像处理上非常重要的一个环节，由于人体内部构造较为复杂，传统的机器视觉算法很难完整检出医疗图像特征，并且，仍然依赖丰富的经验与基础知识，且人工很难完全提取出数据中所包含的信息。同时，其复用性不大，导致浪费大量的人力成本。
3.深度学习的方法可以根据数据自动提取特征，免除了高昂的入门成本及人为因素的干扰。在图像处理、语音识别、医疗健康诊断等领域，机器学习和深度学习都已经在预测和聚类等方面取得了良好的结果。然而，在医疗图像的语义分割识别中，一方面要确保完整检出图像特征，另一方面还要具有较快的检测速度，现有的模型和算法尚无法有效兼顾这两方面的需求。
4.其中，u型网络以其素级识别的分割，在高像素、小缺陷的背景下具有应用前景。但是，目前的u型网络训练时间长，推理时间也较长，并且准确率较低，在进行完普通的语义分割后，还需要应用分类网络才能对图像进行识别。


技术实现要素：

5.为了克服上述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种基于u型网络对医疗图像进行语义分割的方法，以期快速、准确地完成识别医疗图像中的目标检测识别。
6.为了实现上述目的，本发明采用的技术方案是：
7.一种基于u型网络对医疗图像进行语义分割的方法，包括以下步骤：
8.步骤1，获取样本集，并划分训练集和测试集；
9.所述样本集中，每张医疗图像及其自身掩图作为一组样本；
10.步骤2，构建识别模型，并利用所述训练集训练该识别模型，利用所述测试集测试训练效果，得到满足要求的优化模型；
11.所述识别模型基于改进的u型网络，所述改进的u型网络包括主干提取网络和特征加强网络；所述改进的u型网络，是在经典u型网络结构上，加入了二值化操作；
12.步骤3，将待识别的医疗图像输入所述优化模型，完成目标识别。
13.与现有技术相比，本发明的有益效果是：
14.在模型结构上借鉴了语义分割中的u型网络架构，有着很强的表达能力，可以看到非常长的历史和未来信息，相比普通的u型网络在鲁棒性和准确率上更出色。
15.本发明的优点在于可以准确快速的完成对医疗图像的语义分割，比传统的u型网络，速度更快，准确率更高，提高了医疗图像研究的效率。
附图说明
16.图1是本发明采用的网络结构。
17.图2是本发明所采用的图像示例图。
18.图3是本发明采用的掩图示例图。
19.图4是测试所用原图，所用原图的掩图，推理结果。
20.图5是本发明模型对测试集的结果。
21.图6是普通u型网络对测试集的结果。
具体实施方式
22.下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述，但是本领域的技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本发明，而不应视为限制本发明的范围。
23.如前所述，由于人体内部构造复杂，因此现有机器视觉算法很难完整地检出医疗图像特征，更难以提取出完整的信息，使得算法缺乏复用性和时效性。
24.为此，本发明提供了一种基于u型网络对医疗图像进行语义分割的方法，在经典u型网络结构的基础上加入了二值化操作作为语义分割网络，能够提取高级语义信息和浅层特征，且可以根据数据自动提取特征，预测时间短，准确率高，本发明将u型网络与医疗图像识别联系起来，提高了工作效率。
25.具体地，本发明对医疗图像进行语义分割的方法包括以下步骤：
26.步骤1，获取样本集，并划分训练集和测试集。
27.具体的，从现有的医疗图像数据库中获取医疗图像，将医疗图像及其自身掩图作为一组样本，将所有的样本组集合起来，作为样本集。
28.为便于训练模型，本发明还对样本进行了预处理，方法如下：
29.医疗图像的每个像素范围是[0-255]，将每张医疗图像的每个像素值除以255，使其范围在[0-1]之间，并转换成tensor类型数据，再通过平均值和标准差标准化tensor图像，即，将医疗图像转换为标准的tensor图像。预处理的公式可表达为：
[0030]
output[channel]＝(input[channel]-mean[channel])/std[channel]
[0031]
其中，channel代表通道数，一般图片是rgb(red green blue)图像，就是三个通道；output代表输出，input代表输入，mean代表均值，std代表标准差。
[0032]
得到的第一个(0.5,0.5,0.5)即三个通道的平均值，分别和tensor图像的三个通道对应，对每个通道做均值。
[0033]
得到的第二个(0.5,0.5,0.5)即三个通道的标准差，分别和tensor图像的三个通道对应，对每个通道做标准差。
[0034]
通过在每个通道上，将像素值除以255后的最大值和最小值，之后带入公式，从而使每个像素点的值除以255后的值映射到[-1,1]之间。
[0035]
通过预处理，使本发明对医疗图像的识别不仅仅停留在普通的框图，而是提升到像素集的识别，对医疗图像中的每个像素进行分类，更加准确。
[0036]
步骤2，构建识别模型，并利用训练集训练该识别模型，利用测试集测试训练效果，得到满足要求的优化模型。
[0037]
在本发明中，识别模型基于前述加入了二值化操作的改进的u型网络，参考图1，改
进的u型的网络结构主要包括两部分。第一部分为主干提取网络，第二部分为特征加强网络(上采样部分)。由于网络像u型，所以叫做u型网络。本发明识别模型中，在卷积之后和上采样过程中，加入了二值卷积(binarizeconv2d)操作，可加强特征的提取。
[0038]
其中，主干提取网络用于提取主干特征，利用主干提取网络获得若干有效特征层，并进行特征融合即得到主干特征，其依次包括：卷积层一、二值卷积层一、最大池化层一，卷积层二、二值卷积层二、最大池化层二，卷积层三、二值卷积层三、最大池化层三，卷积层四、二值卷积层四、最大池化层四、卷积层五、二值卷积层五、卷积层六，卷积层七、卷积层八、卷积层九、卷积层十和输出层sigmoid。也即，在本发明中，利用主干提取网络获得了五个有效特征层。
[0039]
特征加强网络用于提取加强特征，利用所述特征加强网络对所述若干有效特征层进行上采样，并进行特征融合，得到获得一个最终的，融合了所有特征的有效特征层，即加强特征。在本发明的实施例中，特征加强网络依次包括二值上采样层六、二值上采样层七、二值上采样层八和二值上采样层九。
[0040]
具体地，二值上采样层六和二值卷积层四的结果进行通道数堆叠；二值上采样层七和二值卷积层三的结果进行通道数堆叠；二值上采样层八和二值卷积层二的结果进行通道数堆叠；二值上采样层九和二值卷积层一的结果进行通道数堆叠。例如，在主干提取网络的二值卷积层结果是128*128*64，二值上采样的结果是128*128*64，其中64为通道数，通道数堆叠后为128*128*128，从而进行特征融合。
[0041]
各卷积层用于提取数据特征，每个卷积层包含两次卷积操作，卷积操作具体包括卷积(conv2d)，归一化(bn)和非线性映射(采用激活函数relu)，在一个卷积层中，两次卷积操作之间为串行关系，两次卷积操作的顺序为：conv relu bn conv relu bn，即，先进行完一次卷积操作，再做一次卷积操作。其中各卷积层的卷积核大小相同，kernel为3，padding为1。批量归一化单元用于加快网络预测模型的收敛速度，防止过拟合。relu激活函数用于完成数据的非线性变化，避免梯度爆炸和梯度消失。
[0042]
二值卷积层用于加强特征提取，使局部特征更加明显，每个二值卷积层包含一个二值卷积单元(binarizeconv2d)，各二值卷积层的卷积核统一大小，kernel为3，stride为1，padding为1，本实施例的五个二值卷积层大小依次为：32*32*3*3、64*64*3*3、128*128*3*3、256*256*3*3、512*512*3*3。
[0043]
最大池化层采用kernel为2的最大池化(maxpool)，将整个图像不重叠地分割成若干个同样大小的小块(pooling size)，每个小块内只取最大的数字，再舍弃其他节点后，保持原有的平面结构得出output，主要功能是下采样(down-sampling)。
[0044]
每个二值上采样层包括上采样单元(upsample)、二值卷积(binarizeconv2d)单元，归一化单元(bn)和激活函数单元，激活函数单元采用hardtanh函数，是由于sign(x)函数的梯度，在二值当中几乎处处为0，不利于反向传播。
[0045]
示例地，本发明中，训练时，利用损失函数来衡量预测值与预期结果的匹配程度，并更新网络权重，得到优化模型；其中损失函数采用bcewithlogitsloss，bcewithlogitsloss损失函数更有利于二分类。更新网络权重采用adam算法。
[0046]
在训练时，将测试集数据输入训练完成的模型，评估其预测准确率和推理时间，得到预测掩图；其中单个测试数据的准确率有两个指标，为单个测试数据的交并比(iou)和单
个测数据的dice系数，测试集的准确率有三个指标，为整体测试集的miou、整体测试集的aver_hd和整体测试集的dv。
[0047]
其中，单个测试数据的交并比(iou)，即原始测试数据的掩图a和模型推理出的掩图b之间的交并比，公式如下：
[0048][0049]
单个测数据的dice系数是一种集合相似度度量指标，通常用于计算两个样本的相似度，值阈为[0,1]。其用于图像分割时，分割的最好结果是1，最差结果为0，其方法是先获取两个图像的mask，mask中的前景用1表示，背景图像用0表示，将两个mask等成数组进行计算，公式如下：
[0050][0051]
pred为预测值，true为真实值；
[0052]
整体测试集的miou，是将每个图像的iou加起来求平均；
[0053]
整体测试集的aver_hd，是将每个图像和推理出的结果计算hausdorff距离，加起来再求平均。hd是豪斯多夫(hausdorff)距离，h(image_mask,predict)称为双向hausdorff距离，h(image_mask,predict)称为从点集image_mask到点集predict的单向hausdorff距离。相应地h(image_mask,predict)称为从点集predict到点集image_mask的单向hausdorff距离。双向hausdorff距离是单向hausdorff距离两者中的较大者，它度量了两个点集间的最大不匹配程度。
[0054]
整体测试集的dv，是将每个图像的dice加起来求平均。
[0055]
步骤3，将待识别的医疗图像做前述的预处理，之后输入步骤2得到的优化模型，完成目标识别。
[0056]
在本发明的一个具体实施例中，需要识别的医疗图像为肝脏超声图像，目的是识别出其中的肝脏信息，原始图像如图2所示，其中(a)和(b)为划分的训练集中原始的肝脏超声图像，图3是中(a)和(b)为相应的掩图，图4显示出了测试过程和结果，其中(a)和(b)分别示出了两个不同的输入，自左到右均分别包含了测试所用原图，利用本发明的模型推理结果以及原图的掩图，可以看出，利用本发明推理出来的结果和原图掩图重合度比较高。
[0057]
图5示出了本发明模型对测试集的测试结果，图6示出了普通u型网络对相同测试集的测试结果，其中测试集中包含了20个样本，图5和图6均分别示出了每个样本的iou、dice和time。可以明显看出，本发明的iou，dice，time的结果比普通u型网络的iou，dice，time更好，也即本发明推理的准确率和时间均明显优于现有的普通u型网络模型。